单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
801	2025-07-19	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Apr-16, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨了急性肺移植功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成和转录变化之间的关系	首次将ALAD的进展与小气道细胞组成和转录变化联系起来，并提出了分子表型分析作为识别高风险患者的潜在工具	样本量较小（总样本数20例），属于初步研究	开发新的诊断工具以识别可能进展为慢性肺移植功能障碍（CLAD）的ALAD患者	肺移植受者（包括ALAD患者和功能稳定的对照组）	呼吸系统疾病研究	肺移植相关并发症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PERMANOVA统计模型	转录组数据	20例（8例对照，4例恢复型ALAD，5例持续型ALAD，3例进展型ALAD）
802	2025-07-19	Integration of mass cytometry and single-cell RNA-sequencing of cells in bronchoalveolar lavage 2025-Apr, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.1080/07366205.2025.2505347 PMID:40384395	研究论文	该研究结合了质谱流式细胞技术（CyTOF）和单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）来分析支气管肺泡灌洗液（BAL）中的细胞群体和基因/蛋白表达	首次在同一BAL样本中同时应用sc-RNA-seq和CyTOF技术，比较两种平台在细胞亚群分析中的相关性	研究仅针对健康参与者的BAL样本，未涉及疾病状态	评估sc-RNA-seq和CyTOF在细胞群体和基因/蛋白表达分析中的互补性	健康参与者的支气管肺泡灌洗液（BAL）细胞	单细胞组学	NA	sc-RNA-seq, CyTOF	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	健康参与者的BAL样本（具体数量未明确说明）
803	2025-07-19	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase provides protection from experimental acute kidney injury 2025-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639065 PMID:40027701	研究论文	研究甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）抑制在急性肾损伤（AKI）中的潜在保护作用	首次提出MTAP抑制作为一种新型的肾脏保护策略，并通过RNA测序揭示了其调控炎症、氧化磷酸化和细胞存活相关通路的作用机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	探索MTAP抑制作为急性肾损伤治疗策略的潜力	急性肾损伤小鼠模型及人类单细胞RNA测序数据	代谢调控	急性肾损伤	RNA测序、单细胞RNA测序	小鼠AKI模型	RNA测序数据	小鼠模型及人类单细胞RNA测序数据（具体数量未提及）
804	2025-07-19	Stratifin Is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	研究论文	研究Stratifin (SFN)在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生(SPEM)过程中的作用	首次揭示SFN通过调节EGFR/ERK信号通路促进主细胞转分化为SPEM	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究SFN在胃黏膜损伤后主细胞转分化和SPEM形成中的作用机制	Mist1CreERT2; LSL-tdTomato和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序, 免疫组化	小鼠基因敲除模型	RNA测序数据, 组织学图像	基因工程小鼠模型
805	2025-07-19	Topologically associating domains of chromatin on single-cell Hi-C data: a survey of bioinformatic tools and applications in the light of artificial intelligence 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1602234 PMID:40666074	综述	本文综述了在单细胞Hi-C数据上分析拓扑关联域（TADs）的生物信息学工具及其在人工智能视角下的应用	结合人工智能技术，尤其是深度神经网络，探索单细胞Hi-C数据中TAD结构的复杂模式	单细胞Hi-C数据的超稀疏性、噪声、实验伪影、丢失事件以及细胞异质性带来的分析挑战	探讨单细胞水平TAD结构的计算分析方法及其在基因表达调控中的作用	单细胞Hi-C数据中的拓扑关联域（TADs）	生物信息学	NA	单细胞Hi-C（scHi-C）	深度神经网络	单细胞Hi-C数据	涉及大量细胞的数据分析
806	2025-07-19	SPP1+ tumor-associated macrophages define a high-risk subgroup and inform personalized therapy in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1606195 PMID:40666097	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序数据，建立了一种基于SPP1和FOLR2特征的肿瘤相关巨噬细胞分类系统，并探索了其在肝细胞癌患者分层和个性化治疗中的应用	重新定义了肿瘤相关巨噬细胞的异质性，超越了传统的M1/M2范式，并将TAMs轨迹基因与HCC患者分层联系起来	研究主要基于RNA测序数据，可能未涵盖所有临床相关因素，且需要进一步实验验证SPP1阻断策略的临床效果	探索肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中的临床和治疗意义	肝细胞癌患者和肿瘤相关巨噬细胞	digital pathology	hepatocellular carcinoma	sc-RNA seq, bulk RNA-seq, multiple immunofluorescence	unsupervised clustering	RNA-seq data	大规模sc-RNA seq数据集
807	2025-07-19	Integration of single-cell RNA and bulk RNA sequencing revealed malignant ductal cell heterogeneity and prognosis signatures in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1579184 PMID:40666516	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了胰腺癌中恶性导管细胞的异质性及其预后标志物	发现了ANLN、NT5E和CTSV三个新的预后生物标志物，并揭示了恶性导管细胞与巨噬细胞之间的促肿瘤相互作用	样本量相对较小（74个单细胞RNA测序样本），且需要更多独立队列验证	识别胰腺癌的早期诊断标志物并改善对肿瘤-微环境相互作用的理解	胰腺癌中的恶性导管细胞和巨噬细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、非负矩阵分解（NMF）、机器学习特征选择	NMF、pySCENIC、CellPhoneDB	RNA测序数据	74个单细胞RNA测序样本，TCGA批量RNA数据，两个独立验证队列
808	2025-07-19	Identification and validation of genes related to stem cells and telomere maintenance mechanisms as biomarkers for breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618193 PMID:40666524	研究论文	该研究通过整合转录组和单细胞RNA测序分析，探讨了干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌潜在生物标志物的作用及其细胞机制	首次整合转录组和单细胞RNA测序分析，揭示了JUN、NFKB1和SP1作为乳腺癌潜在生物标志物的作用，并强调了间充质细胞在肿瘤生物学中的关键角色	样本量较小（8个乳腺癌肿瘤样本和8个匹配的癌旁组织），可能影响结果的普遍性	探索干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌生物标志物的潜力及其作用机制	乳腺癌肿瘤样本和匹配的癌旁组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR）	LASSO算法	RNA测序数据	8个乳腺癌肿瘤样本和8个匹配的癌旁组织
809	2025-07-19	Thymic hyperplasia in myasthenia gravis: a narrative review 2025, Mediastinum (Hong Kong, China) DOI:10.21037/med-25-12 PMID:40666538	综述	本文回顾了早期发病型重症肌无力(EOMG)中胸腺病理学的当前知识，探讨了导致胸腺增生的免疫学和环境因素，并指出了未来研究的方向	强调了新兴技术如单细胞和空间转录组学以及胸腺类器官模型在研究胸腺滤泡增生(TFH)机制中的新应用	未具体说明文献检索的时间范围和纳入研究的数量限制	探讨胸腺病理学在早期发病型重症肌无力(EOMG)中的作用及其机制	早期发病型重症肌无力(EOMG)患者的胸腺病理变化	医学研究	重症肌无力	单细胞转录组学, 空间转录组学, 胸腺类器官模型	NA	文献数据	NA
810	2025-07-19	Resolving the design principles that control postnatal vascular growth and scaling 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627758 PMID:39713449	research paper	该研究通过实验和计算多尺度方法，揭示了出生后主动脉扩张的生物学原理及其与脊柱而非体重的比例关系	发现主动脉扩张通过两波独特的动脉细胞增殖波进行，这些波在空间上是随机的但在时间上是协调的，并且揭示了内皮细胞挤出对稳态主动脉生长的重要性	研究主要关注主动脉生长，可能不适用于其他血管或组织的生长机制	探索出生后血管生长和比例控制的生物学原理	主动脉及其细胞增殖动态	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	基因表达数据、细胞增殖数据	NA
811	2025-07-19	Single-cell RNA sequencing reveals vascularization-associated cell subpopulations in dental pulp: PDGFRβ+ DPSCs with activated PI3K/AKT pathway 2024-10-09, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae051 PMID:39167061	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了牙髓中与血管化相关的细胞亚群PDGFRβ+ DPSCs，并探讨了其在牙髓再生治疗中的潜力	发现了一个新的牙髓干细胞亚群PDGFRβ+ DPSCs，证实其具有显著的促血管生成能力，并揭示了PDGFR/PI3K/AKT信号通路的关键作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未进行人体临床试验	解决牙髓再生治疗中的干细胞异质性挑战	牙髓干细胞(DPSCs)，特别是PDGFRβ+ DPSCs亚群	干细胞生物学	牙科疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术，转录组测序	基因编辑小鼠模型	单细胞测序数据，转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了人牙髓干细胞和小鼠模型
812	2025-07-19	Unveiling impaired vascular function and cellular heterogeneity in diabetic donor-derived vascular organoids 2024-09-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae043 PMID:39049437	research paper	该研究通过糖尿病供体来源的血管类器官（VOs）揭示了糖尿病血管功能障碍和细胞异质性	首次在糖尿病供体来源的VOs中发现血管功能受损、ROS水平升高及特定内皮细胞亚群的存在	VOs是否能完全模拟人类血管疾病及细胞组成尚不明确，可能需要额外的器官特异性分化因子诱导	探究糖尿病供体来源VOs的血管功能异常及细胞异质性	糖尿病和非糖尿病供体来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成的血管类器官	digital pathology	diabetes	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	糖尿病和非糖尿病供体来源的VOs样本
813	2025-07-19	Dual-specificity phosphatases 13 and 27 as key switches in muscle stem cell transition from proliferation to differentiation 2024-09-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae045 PMID:38975693	研究论文	该研究揭示了双特异性磷酸酶DUSP13和DUSP27在肌肉干细胞从增殖向分化转变过程中的关键作用	首次发现MyoD直接靶向DUSP13和DUSP27，并阐明其在肌肉干细胞命运转变中的调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类细胞中验证	探究肌肉干细胞从增殖向分化转变的分子机制	肌肉干细胞（MuSCs）	分子生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序、基因敲除	MyoD敲入小鼠模型	基因表达数据	MyoD敲入小鼠的肌肉干细胞
814	2025-07-19	Integrative analysis of long isoform sequencing and functional data identifies distinct cortical layer neuronal subtypes derived from human iPSCs 2024-09-01, Journal of neurophysiology IF:2.1Q3 DOI:10.1152/jn.00045.2024 PMID:38988287	研究论文	通过整合长读长测序和功能数据，鉴定了源自人类iPSCs的不同皮质层神经元亚型	比较了两种培养基（StemFlex Medium和Essential 8 Medium）在iPSCs向神经元分化中的效率，发现E8M培养基能在更短时间内高效生成功能性神经元	研究仅比较了两种培养基，可能未涵盖所有潜在的高效分化条件	提高iPSCs向神经元分化的效率，以促进再生医学和药物发现	人类诱导多能干细胞（iPSCs）及其分化的神经元	再生医学	NA	长读长单细胞RNA测序、免疫细胞化学、全细胞膜片钳记录	NA	RNA测序数据、功能数据	未明确提及具体样本数量，但涉及iPSCs在两种培养基中的分化比较
815	2025-07-19	Re-analysis of single-cell RNA-seq data reveals the origin and roles of cycling myeloid cells 2024-07-08, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae030 PMID:38655770	研究论文	本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据，揭示了循环髓系细胞的起源、分化及其在生理过程中的作用	首次初步揭示了循环髓系细胞（CMCs）的起源、分化及其在生理过程中的作用，特别是确认了循环髓系细胞亚群a（aCMCs）属于特定细胞类型	NA	理解循环髓系细胞（CMCs）的起源、分化及其在各种生理和病理过程中的作用	循环髓系细胞（CMCs）及其亚群a（aCMCs）	单细胞RNA测序	创伤性损伤、癌症、病原体感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
816	2025-07-19	Candida albicans-myeloid cells-T lymphocytes axis in the tumor microenvironment of oral tumor-bearing mice 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216814 PMID:38499264	研究论文	该研究探讨了白色念珠菌感染对口腔肿瘤微环境中髓系细胞和T淋巴细胞轴的影响	揭示了白色念珠菌感染通过改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成促进口腔肿瘤发展的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索白色念珠菌感染如何通过免疫微环境促进口腔肿瘤发展	口腔肿瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	口腔癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
817	2025-07-19	An effective two-stage NMBzA-induced rat esophageal tumor model revealing that the FAT-Hippo-YAP1 axis drives the progression of ESCC 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216813 PMID:38499266	研究论文	本研究建立了一种高效的两阶段NMBzA诱导的大鼠食管鳞状细胞癌(ESCC)模型，并发现FAT-Hippo-YAP1轴驱动ESCC的进展	使用多激酶抑制剂索拉非尼作为肿瘤促进剂，显著提高了肿瘤发生率和缩短了肿瘤形成时间，并通过多组学分析揭示了FAT-Hippo-YAP1轴的激活在ESCC进展中的关键作用	研究仅基于大鼠模型，结果在人类ESCC中的直接应用需要进一步验证	研究ESCC的发病机制和新的治疗策略	NMBzA诱导的大鼠ESCC模型及衍生的肿瘤细胞系	癌症研究	食管鳞状细胞癌	全基因组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、三维器官培养	NA	基因组数据、转录组数据	NA
818	2025-07-19	Therapeutic application of human type 2 innate lymphoid cells via induction of granzyme B-mediated tumor cell death 2024-02-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.12.015 PMID:38211590	研究论文	本文探讨了人类2型先天淋巴样细胞(ILC2s)通过诱导颗粒酶B介导的肿瘤细胞死亡的潜在治疗应用	首次发现人类ILC2s分泌颗粒酶B(GZMB)并通过诱导焦亡和/或凋亡直接溶解肿瘤细胞，揭示了DNAM-1-CD112/CD155相互作用调控FOXO1的机制	未提及具体临床转化面临的挑战或体内应用的潜在副作用	探索人类ILC2s在肿瘤治疗中的潜在应用价值	人类2型先天淋巴样细胞(ILC2s)和肿瘤细胞	免疫治疗	白血病和实体瘤	单细胞RNA测序	NA	分子和细胞数据	未明确提及具体样本数量，但建立了可扩展2000倍的人类ILC2s培养平台
819	2025-07-19	Single-Cell RNA Sequencing Technology Landscape in 2023 2024-01-13, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxad077 PMID:37934608	review	本文综述了2023年单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的现状及其在细胞异质性和基因表达动态研究中的重要性	总结了scRNA-seq和snRNA-seq的优缺点，并概述了当前多种scRNA-seq技术（如基于液滴、平板、水凝胶和空间转录组学）的发展	未具体讨论每种技术的详细性能比较或实际应用案例	探讨单细胞RNA测序技术的现状及其在细胞生物学和疾病机制研究中的应用	单细胞RNA测序技术及其在干细胞研究中的应用	生物信息学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
820	2025-07-19	Involvement of S100A6/S100A11 in T-Cell Immune Regulatory in HCC Revealed by Single Cell RNA-seq 2024 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338241252610 PMID:38766816	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了S100A6/S100A11在肝细胞癌（HCC）T细胞免疫调节中的作用	首次揭示了S100A6/S100A11通过NF-κB通路调控HCC中T细胞亚群的分化和细胞活性，并发现其低表达与良好预后相关	研究机制尚未完全阐明，需要进一步实验验证	探索S100蛋白家族成员在HCC免疫细胞中的功能机制	肝细胞癌（HCC）和乙型肝炎病毒相关HCC的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	TCGA数据集和研究者收集的HCC样本（具体数量未说明）