单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
801	2025-07-24	Single-Cell Transcriptome Analyses of Four Pain Related Genes in Osteosarcoma 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251331508 PMID:40686838	research paper	通过单细胞转录组分析研究骨肉瘤中四个疼痛相关基因的表达模式	首次在骨肉瘤中利用单细胞转录组测序技术分析四个疼痛相关基因（ARTN、PSPN、GDNF、NRTN）在不同细胞类型中的表达差异	研究仅分析了基因表达模式，未验证这些基因在疼痛调控中的具体功能机制	探究骨肉瘤中疼痛相关基因的细胞特异性表达模式	人类骨肉瘤组织和16种骨肉瘤细胞系	digital pathology	osteosarcoma	scRNA-seq	NA	gene expression data	骨肉瘤组织和16种骨肉瘤细胞系
802	2025-07-24	Integrated Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis Identifies ISR-Related Genes Driving Immune Regulation in Parkinson's Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S521744 PMID:40687147	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组分析，识别了帕金森病中与整合应激反应(ISR)相关的基因，这些基因在免疫调控中起关键作用	首次在帕金森病中系统研究了ISR相关基因的作用，并发现了DDIT4等关键基因在神经炎症调控中的新机制	研究主要基于公开数据库数据，部分发现需进一步实验验证	探索帕金森病进展中的分子机制，特别是ISR相关基因的作用	帕金森病患者和小鼠模型的脑组织	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, Lasso回归, 随机森林算法	随机森林, Lasso回归	转录组数据	公开数据库GEO中的数据集(具体数量未明确说明)
803	2025-07-24	Integrated Analysis of Ferroptosis- and Cellular Senescence-Related Biomarkers in Atherosclerosis Based on Machine Learning and Single-Cell Sequencing Data 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S529581 PMID:40687151	研究论文	本研究通过生物信息学方法结合机器学习算法和单细胞测序数据，识别了与铁死亡和细胞衰老相关的动脉粥样硬化生物标志物	首次整合铁死亡和细胞衰老相关基因，利用多种机器学习算法和单细胞测序技术分析动脉粥样硬化的分子亚型和诊断标志物	研究结果主要基于生物信息学分析，虽然进行了动物实验验证，但临床样本验证仍需进一步开展	探索铁死亡和细胞衰老在动脉粥样硬化中的作用机制并寻找诊断生物标志物	动脉粥样硬化相关基因表达数据和单细胞测序数据	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞测序, WGCNA	机器学习算法(8种)	基因表达数据	来自GEO数据库的动脉粥样硬化基因表达数据集
804	2025-07-24	Leveraging multiple labeled datasets for the automated annotation of single-cell RNA and ATAC data 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.043 PMID:40687986	研究论文	本文介绍了一种名为JIND-Multi的新框架，用于在多个标注数据集之间传递细胞类型标签，适用于scRNA-Seq和scATAC-Seq数据	JIND-Multi能够处理scRNA-Seq和scATAC-Seq数据，且不需要配对的scRNA-Seq数据，显著减少了未分类细胞的比例	需要相同类型的标注数据，可能对罕见细胞类型的适应性有限	提高单细胞RNA和ATAC数据的自动化注释精度	单细胞RNA和ATAC测序数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq	JIND-Multi	单细胞测序数据	NA
805	2025-07-24	dandelionR: Single-cell immune repertoire trajectory analysis in R 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.047 PMID:40687995	research paper	介绍了一个名为dandelionR的R包，用于单细胞免疫组库轨迹分析	填补了R语言中缺乏类似Python包scirpy的功能空白，实现了VDJ特征空间构建和基于扩散映射与吸收马尔可夫链的轨迹分析	未提及该工具在特定数据集上的性能验证或与其他工具的对比结果	开发R语言环境下的单细胞RNA测序和VDJ测序整合分析工具	淋巴细胞发育过程中的单细胞免疫组库数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scVDJ-seq	扩散映射, 吸收马尔可夫链	单细胞测序数据	NA
806	2025-07-24	Integrated multiomics analysis identifies PHLDA1+ fibroblasts as prognostic biomarkers and mediators of biological functions in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1592416 PMID:40688078	研究论文	通过整合多组学分析，识别PHLDA1+成纤维细胞作为胰腺癌预后生物标志物及生物学功能介导者	提出了一个新颖的7基因风险模型，能够稳健地分层胰腺癌患者，并揭示了PHLDA1在肿瘤-间质相互作用中的关键作用	CAF亚型的预后和功能贡献尚未充分理解	研究胰腺癌肿瘤微环境中CAF亚型的预后和功能贡献	胰腺癌患者及其肿瘤微环境中的CAF亚型	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序	机器学习算法构建的7基因mCAF相关风险模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
807	2025-07-24	S100A8/A9 in herpes zoster neuralgia: molecular mechanisms and therapeutic perspectives 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1615638 PMID:40688076	综述	本文全面综述了S100A8/A9在带状疱疹神经痛中的分子机制及治疗前景	揭示了S100A8/A9通过TLR4/TNF信号通路调节神经炎症过程的关键作用，并提出了其作为治疗靶点的潜力	当前治疗方法存在局限性，需要更多个性化干预策略的研究	探讨S100A8/A9在带状疱疹相关神经痛中的分子机制及其治疗潜力	带状疱疹（HZ）及疱疹后神经痛（PHN）患者	神经科学	带状疱疹神经痛	单细胞测序、多组学分析	NA	分子生物学数据	NA
808	2025-07-24	Integrative single-cell and spatial transcriptomics uncover ELK4-mediated mechanisms in NDUFAB1+ tumor cells driving gastric cancer progression, metabolic reprogramming, and immune evasion 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1591123 PMID:40688093	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了ELK4介导的NDUFAB1+肿瘤细胞在胃癌进展、代谢重编程和免疫逃逸中的核心机制	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术全面分析胃癌，发现C1 NDUFAB1+亚型及其通过PARs信号通路与成纤维细胞和周细胞的相互作用，并验证了ELK4的关键调控作用	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索胃癌中肿瘤异质性、代谢重编程和免疫逃逸的分子机制	胃癌组织和细胞	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, 空间转录组学	Seurat, Robust Cell Type Decomposition, CellChat, StLearn	RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确说明样本数量
809	2025-07-24	Key immune regulators in retinal ischemia-reperfusion injury via RNA sequencing 2025, International journal of ophthalmology IF:1.9Q2 DOI:10.18240/ijo.2025.07.06 PMID:40688775	研究论文	通过RNA测序技术探索视网膜缺血再灌注损伤中的关键免疫调节因子	结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别了视网膜缺血再灌注损伤中的关键免疫调节基因和细胞类型	研究仅关注急性期的视网膜缺血再灌注损伤，未涉及慢性期或其他相关疾病模型	探索视网膜缺血再灌注损伤的免疫细胞浸润和分子机制，以识别潜在的治疗靶点	视网膜缺血再灌注损伤模型	生物信息学	视网膜疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	NA
810	2025-07-24	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.16.628827 PMID:39763829	研究论文	本文介绍了一种名为Nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中实现高效条形码标记	使用脂质纳米颗粒（LNPs）进行条形码标记，提高了标记密度和稳定性，解决了现有DNA标记方法在异质细胞群体中的局限性	尽管在脂肪组织等复杂样本中表现出高标记率，但在其他组织类型中的表现尚未验证	开发一种高效、稳定的样本多重标记方法，以降低单细胞RNA测序的成本和批次效应	培养细胞系和组织消化物中的异质细胞	单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化物和肥胖啮齿动物脂肪组织中的细胞
811	2025-07-24	Single cell and TCR analysis of immune cells from AAV gene therapy-dosed Duchenne muscular dystrophy patients 2024-Dec-12, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2024.101349 PMID:39524974	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析AAV基因治疗杜氏肌营养不良症患者的免疫细胞变化	首次在AAV基因治疗杜氏肌营养不良症患者中应用单细胞RNA测序和TCR测序技术，揭示了治疗后T细胞克隆扩增与人类疱疹病毒感染的相关性	样本量较小（仅5名参与者），且仅观察了外周血单个核细胞的变化	探究AAV基因治疗在杜氏肌营养不良症患者中引发的免疫反应机制	接受AAV基因治疗的杜氏肌营养不良症患者	基因治疗	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序，TCR测序	NA	单细胞RNA测序数据，TCR序列数据	5名参与者的外周血单个核细胞样本
812	2025-07-24	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-12-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	该研究探讨了多样化NKT细胞在心脏骤停及复苏后早期炎症和神经学结果中的调节作用	首次发现多样化NKT细胞与良好神经学结果相关，并证实磺酸脂特异性dNKT细胞在小鼠模型中具有神经保护作用	研究结果主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	探索心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制并寻找潜在治疗靶点	院外心脏骤停患者和小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠心脏骤停模型	RNA测序数据、临床数据	大规模OHCA患者队列和独立验证队列
813	2025-07-24	Single-Cell Transcriptomics of Human Tonsils Reveals Nicotine Enhances HIV-1-Induced NLRP3 Inflammasome and Mitochondrial Activation 2024-11-20, Viruses DOI:10.3390/v16111797 PMID:39599911	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了尼古丁如何增强HIV-1诱导的NLRP3炎症小体和线粒体激活	首次在人类扁桃体组织中揭示了HIV-1感染与尼古丁暴露的协同作用机制	研究仅使用扁桃体组织样本，未涉及其他免疫组织	探究HIV-1感染与尼古丁对免疫细胞功能的协同影响	人类扁桃体组织	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类扁桃体组织样本
814	2025-07-24	Exposure to BaA inhibits trophoblast cell invasion and induces miscarriage by regulating the DEC1/ARHGAP5 axis and promoting ubiquitination-mediated degradation of MMP2 2024-11-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.135594 PMID:39191013	研究论文	本研究探讨了苯并[a]蒽（BaA）通过调控DEC1/ARHGAP5轴和促进MMP2的泛素化降解抑制滋养层细胞侵袭并导致流产的机制	首次发现BaA通过调控DEC1/ARHGAP5轴和MID1/MMP2通路导致流产的分子机制	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，人类样本的临床验证仍需进一步研究	阐明BaA导致流产的分子机制	人类绒毛外滋养层细胞（EVTs）和小鼠模型	生殖毒理学	流产	RNA-seq、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	人类绒毛组织样本和原代EVTs细胞
815	2025-07-24	Human Anti-Glycan Reactivity is Driven by the Selection of B cells Utilizing Private Antibody Gene Rearrangements that are Affinity Maturated in Germinal Centers 2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618486 PMID:39464096	研究论文	该研究通过BCR受体克隆与表达及单细胞转录组学技术，分析了人类群体中对普遍存在的N-乙酰-D-葡萄糖胺（GlcNAc）表位的B细胞库，并解析了这类主要抗体的免疫系统发育史	揭示了循环抗GlcNAc B细胞在出生后迅速出现，并提供了早期儿童期糖类特异性B细胞受体在生发中心依赖性亲和力成熟的证据	研究主要关注GlcNAc表位，可能未涵盖其他糖类抗原的免疫反应	探究人类抗体库对广泛存在的糖类抗原的反应性及其发育机制	人类B细胞库及抗GlcNAc B细胞	免疫学	NA	BCR受体克隆与表达、单细胞转录组学	NA	基因表达数据	人类群体样本
816	2025-07-24	Identification of kidney cell types in scRNA-seq and snRNA-seq data using machine learning algorithms 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38567 PMID:39403515	研究论文	该研究利用五种监督分类方法自动注释肾脏细胞类型，以解决scRNA-seq和snRNA-seq数据中细胞类型注释的挑战	首次比较了五种机器学习算法在肾脏细胞类型自动注释中的性能，并展示了它们在跨数据集应用中的高准确性和泛化能力	研究样本数量有限，且当模型主要在scRNA-seq数据上训练时，在snRNA-seq数据上的表现有所下降	开发自动注释肾脏细胞类型的方法，以促进肾脏疾病细胞机制的研究	肾脏细胞	机器学习	肾脏疾病	scRNA-seq, snRNA-seq	支持向量机、随机森林、多层感知器、k近邻、极端梯度提升	RNA测序数据	79个肾脏活检样本中的62,120个细胞
817	2025-07-24	Tumor editing suppresses innate and adaptive antitumor immunity and is reversed by inhibiting DNA methylation 2024-Oct, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01932-8 PMID:39169233	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺癌基因工程小鼠模型中肿瘤编辑对先天和适应性抗肿瘤免疫的抑制作用，并发现抑制DNA甲基化可以逆转这种效应	首次在全基因组范围内研究了早期肿瘤发生过程中的基因编辑现象，并发现低剂量地西他滨可以逆转免疫基因的抑制，恢复免疫控制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肿瘤中进行验证	探究肿瘤编辑对免疫逃逸的影响及可能的干预策略	乳腺癌基因工程小鼠模型及植入的乳腺癌和黑色素瘤肿瘤	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型(GEMM)	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但使用了GEMM和植入肿瘤模型
818	2025-07-24	Transcriptomic analysis of mouse TRAMP cell lines and tumors provide insights into shared pathways and therapeutic targets 2024-Oct, Cell insight DOI:10.1016/j.cellin.2024.100184 PMID:39175940	研究论文	本研究通过比较不同小鼠前列腺癌模型的基因表达谱，重点关注TRAMP转基因模型及其衍生细胞系，并扩展到相关基因工程小鼠模型和人类前列腺癌数据集	发现了TC2R肿瘤中与侵袭性肿瘤行为和不良生存相关的基因特征，并在人类样本中通过单细胞RNA-seq验证了免疫细胞景观的变化	研究主要基于小鼠模型，人类数据集的验证仍需进一步扩展	探索前列腺癌的共享通路和治疗靶点	TRAMP转基因小鼠模型及其衍生细胞系(TC2, TC2R)和人类前列腺癌数据集	转录组学	前列腺癌	RNA测序(RNA-seq), 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	多种小鼠模型(TRAMP, TC2, TC2R)和人类前列腺癌数据集
819	2025-07-24	Lysosomal dysfunction-derived autophagy impairment of gingival epithelial cells in diabetes-associated periodontitis with altered protein acetylation 2024-09, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111273 PMID:38950874	研究论文	本研究探讨了糖尿病相关牙周炎中牙龈上皮细胞溶酶体功能障碍导致的自噬障碍及其与炎症反应的关系	揭示了高糖环境下溶酶体功能障碍通过阻断自噬流加剧炎症反应的机制，并发现相关蛋白质乙酰化修饰的改变	研究主要基于体外细胞实验和部分临床样本分析，需要更多体内实验验证	探索糖尿病相关牙周炎中牙龈上皮细胞过度炎症反应的分子机制	糖尿病相关牙周炎患者的牙龈上皮细胞和体外培养的人牙龈上皮细胞	分子病理学	牙周炎/糖尿病并发症	单细胞RNA测序、免疫组化分析、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	临床牙龈上皮样本和体外培养的人牙龈上皮细胞
820	2025-07-24	Machine Learning Uncovers Vascular Endothelial Cell Identity Genes by Expression Regulation Features in Single Cells 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609808 PMID:39253493	研究论文	本文介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因	SCIG方法利用细胞身份基因独特的遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	NA	识别细胞身份基因以理解细胞分化、发育和细胞身份失调相关疾病	血管内皮细胞	机器学习	NA	单细胞RNA-seq	机器学习	基因表达数据	人类内皮细胞图谱数据