单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
801	2025-07-22	Network inference with Granger causality ensembles on single-cell transcriptomics 2022-02-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110333 PMID:35139376	研究论文	本文提出了一种名为SINGE的算法，用于从有序单细胞基因表达数据推断基因调控网络	SINGE算法使用基于核的Granger因果关系回归来平滑不规则伪时间和缺失的表达值，并通过回归分析集合来编译转录调控因子与靶基因之间的候选相互作用排名列表	在个别调控因子和非信息性伪时间上表现不佳	推断基因调控网络	小鼠胚胎干细胞分化数据集中的单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学	Granger因果关系回归	基因表达数据	两个小鼠胚胎干细胞分化数据集
802	2025-07-22	Multiomic analysis reveals decidual-specific transcriptional programing of MAIT cells 2021-12, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989) DOI:10.1111/aji.13495 PMID:34411378	研究论文	通过多组学分析揭示了蜕膜MAIT细胞的特异性转录编程	首次在单细胞分辨率下揭示了蜕膜MAIT细胞与外周MAIT细胞之间的转录编程差异	研究样本量有限，且仅针对E.coli刺激下的MAIT细胞功能进行了评估	探究妊娠期间蜕膜MAIT细胞的转录编程及其功能	蜕膜基底和壁层MAIT细胞及匹配的外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	妊娠相关疾病	多组学分析、流式细胞术、CITE-seq、scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	蜕膜和外周血样本
803	2025-07-22	Integration of spatial and single-cell transcriptomics localizes epithelial cell-immune cross-talk in kidney injury 2021-06-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147703 PMID:34003797	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，定位了肾脏损伤中上皮细胞与免疫细胞的相互作用	首次优化了空间转录组学和单核测序数据集的协调，将30种主要细胞类型映射到人类肾切除样本中，并揭示了AKI模型中免疫细胞浸润的空间分布机制	研究仅基于两种小鼠AKI模型，人类样本仅来自肾切除患者，可能无法完全代表所有AKI情况	探索急性肾损伤(AKI)中细胞类型空间分布特征及免疫-上皮细胞相互作用机制	人类肾切除样本和两种小鼠AKI模型(缺血/再灌注损伤和盲肠结扎穿刺)	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学, 单核测序, CODEX免疫荧光	NA	转录组数据, 图像数据	人类肾切除样本1例，两种小鼠AKI模型(具体数量未明确说明)
804	2025-07-21	CRABP2 promotes peritoneal metastasis in CRC through TGF-β/Smad-mediated EMT signaling and invadopodia formation 2025-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111927 PMID:40505846	研究论文	本研究探讨了CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的作用及其通过TGF-β/Smad介导的EMT信号和侵袭伪足形成的机制	首次揭示了CRABP2作为腹膜转移相关基因，通过调控侵袭伪足形成和TGF-β/Smad信号通路促进结直肠癌腹膜转移的新机制	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的分子机制及其临床意义	结直肠癌细胞系、动物模型和临床样本	肿瘤生物学	结直肠癌	整合生物信息学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及临床样本和实验模型
805	2025-07-21	Identification of lactylation-related hub genes as novel therapeutic and diagnostic targets for thoracic aortic dissection 2025-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111944 PMID:40527360	研究论文	本研究通过识别与乳酸化相关的枢纽基因，探索了其在胸主动脉夹层（TAD）中的治疗和诊断潜力	首次揭示了乳酸化在TAD中的关键作用，并鉴定了12个乳酸化相关枢纽基因（LRHGs），包括LDHA，作为潜在的治疗靶点和诊断标志物	研究主要基于小鼠模型和有限的人类主动脉组织样本，需要进一步在更大规模的人类队列中验证	探索乳酸化在胸主动脉夹层（TAD）发病机制中的作用，并寻找新的治疗和诊断靶点	胸主动脉夹层（TAD）患者和小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），WGCNA，ROC分析	β-氨基丙腈（BAPN）诱导的小鼠模型	基因表达数据，单细胞RNA测序数据	小鼠模型和人类主动脉组织样本，具体数量未明确说明
806	2025-07-21	Rab27a+CAF exosomal miR-9-5p promotes osteosarcoma progression via CREBRF/MAPK signaling pathway 2025-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111964 PMID:40581265	研究论文	探讨Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过CREBRF/MAPK信号通路促进骨肉瘤进展的机制	首次揭示Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过靶向抑制CREBRF激活MAPK信号通路促进骨肉瘤进展和化疗耐药的新机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明癌症相关成纤维细胞(CAFs)外泌体miRNA调控骨肉瘤进展的分子机制	骨肉瘤患者血清和组织样本、骨肉瘤细胞系、小鼠模型	肿瘤分子生物学	骨肉瘤	小RNA测序、qRT-PCR、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因检测、CCK8、Edu实验	小鼠皮下骨肉瘤模型	RNA测序数据、细胞功能实验数据、动物实验数据	骨肉瘤患者血清和组织样本(数量未明确)、体外细胞实验、小鼠模型
807	2025-07-21	Amorphous calcium zinc phosphate promotes macrophage-driven alveolar bone regeneration via modulation of energy metabolism and mitochondrial homeostasis 2025-Oct, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.06.053 PMID:40677756	研究论文	研究无定形钙锌磷酸盐（ACZP）纳米颗粒通过调节能量代谢和线粒体稳态促进巨噬细胞驱动的牙槽骨再生	开发了ACZP纳米颗粒作为免疫调节纳米材料，通过抑制内质网-线粒体耦联、减少病理性钙转移，并将巨噬细胞代谢从糖酵解转向氧化磷酸化（OXPHOS）来加速骨再生	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证其效果	探索钙磷酸盐基材料促进骨形成的机制，并开发新型免疫调节材料用于牙槽骨再生	新西兰白兔的牙槽骨缺损	组织工程与再生医学	牙槽骨缺损	单细胞RNA测序	NA	NA	新西兰白兔的牙槽骨缺损模型
808	2025-07-21	Tumor-associated Schwann cells promote salivary adenoid cystic carcinoma stem-like reprogramming via IGF2/IGF1R induced histone H3 lysine 18 lactylation 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217847 PMID:40466903	研究论文	本研究探讨了唾液腺腺样囊性癌（SACC）中肿瘤相关雪旺细胞（TA-SCs）通过IGF2/IGF1R信号通路诱导组蛋白H3赖氨酸18乳酸化（H3K18la）促进肿瘤干细胞样重编程的机制	首次揭示了TA-SCs通过IGF2/IGF1R-H3K18la轴促进SACC干细胞样重编程的分子机制，并发现同时阻断TGF-βR1和IGF1R可最大程度抑制这一过程	未明确TA-SCs与其他肿瘤微环境成分的相互作用机制，且临床样本量有限	阐明TA-SCs在SACC进展和干细胞样重编程中的作用机制	唾液腺腺样囊性癌（SACC）及其肿瘤微环境中的雪旺细胞	肿瘤微环境研究	唾液腺腺样囊性癌	组织透明化三维成像、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、三维成像数据	未明确说明具体样本数量（使用GEO数据库单细胞RNA测序数据）
809	2025-07-21	Dynamic evolution of venetoclax resistance in acute myeloid leukemia unveiled by longitudinal single-cell RNA-seq 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217853 PMID:40482912	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示急性髓系白血病中venetoclax耐药的动态演变	首次在单细胞分辨率下系统描绘了venetoclax治疗过程中骨髓微环境的重塑动态，并提出了预测治疗反应的预后标志物及克服耐药性的临床策略	研究样本量有限，且耐药机制验证主要在细胞系模型中进行	阐明急性髓系白血病患者对venetoclax治疗的耐药机制及骨髓微环境动态变化	接受DAV方案（venetoclax/地西他滨/阿糖胞苷）治疗的AML患者骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	治疗前后配对的AML患者骨髓样本（具体数量未明确）
810	2025-07-21	Characterizing chromosome instability reveals its association with lipid-associated macrophages and clonal evolution of lymph node metastasis in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217874 PMID:40516322	研究论文	本研究探讨了染色体不稳定性（CIN）在食管鳞状细胞癌（ESCC）淋巴结转移中的作用及其机制	揭示了CIN与脂质相关巨噬细胞（LA-TAMs）之间的新联系，以及CIN在ESCC淋巴结转移克隆进化中的关键作用	研究主要基于实验室数据和临床标本分析，需要更多临床验证	探究CIN在ESCC淋巴结转移中的功能影响和分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）的淋巴结转移	肿瘤生物学	食管癌	单细胞RNA测序、全外显子测序、基因组测序、空间蛋白质分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质数据	匹配的原发性ESCC样本、ESCC类器官和临床标本
811	2025-07-21	The role of tumor microenvironment and immune cell crosstalk in triple-negative breast cancer (TNBC): Emerging therapeutic opportunities 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217865 PMID:40516902	综述	本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）中肿瘤微环境（TME）与免疫细胞互作的研究现状，并探讨了新兴的治疗机会	整合了单细胞RNA测序、空间分析等多组学数据，揭示了TME中免疫细胞的异质性及关键调控因子，如TK1、MUC1-C和CXCL9，并提出了针对免疫检查点、Treg活性和细胞焦亡的新疗法	未来研究需结合多组学数据、空间转录组学和患者来源模型以优化治疗策略	探讨TNBC中TME与免疫细胞的互作机制，并开发个性化治疗方案	三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤微环境及免疫细胞	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、表观遗传学分析（如HDAC抑制）	NA	基因组数据、转录组数据、空间互作数据	NA（未提及具体样本量，但涉及患者种族差异的免疫浸润分析）
812	2025-07-21	Targeting the cholinergic-astrocyte axis: A novel strategy for brain metastasis prevention in lung adenocarcinoma 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217870 PMID:40516905	研究论文	本研究探讨了胆碱能代谢在肺腺癌脑转移中的作用，并提出了通过靶向胆碱能-星形胶质细胞轴预防脑转移的新策略	首次揭示了胆碱能代谢通过双重促转移机制（免疫抑制和血脑屏障破坏）促进脑转移，并发现AChE抑制剂多奈哌齐具有显著的预防效果	研究样本量相对有限（875例RNA测序数据和280例组织微阵列验证），且机制研究主要基于体外实验	探索肺腺癌脑转移的发病机制并开发预防策略	肺腺癌患者及其脑转移病灶	癌症研究	肺腺癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序、组织微阵列	NA	基因表达数据、组织样本	875例RNA测序病例和280例组织微阵列验证病例，以及26个脑转移灶和8个正常脑组织样本
813	2025-07-21	Neoadjuvant PD-1 blockade induces the autophagy of immune cells: a new target for synergistic therapy of recurrent glioblastoma 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102119 PMID:40678806	研究论文	研究探讨了新辅助PD-1阻断如何通过调节免疫细胞自噬影响复发性胶质母细胞瘤的治疗效果	发现新辅助PD-1阻断显著增加淋巴样细胞的自噬比例，并鉴定出L + M细胞作为关键免疫组分以及核糖霉素作为潜在协同治疗药物	未完全阐明新辅助PD-1阻断影响的具体免疫细胞亚群及其调控机制	探索新辅助PD-1阻断对免疫细胞自噬的调控作用及其在复发性胶质母细胞瘤治疗中的潜在应用	复发性胶质母细胞瘤（GBM.rec）及接受新辅助PD-1阻断治疗的胶质母细胞瘤（GBM.PD1）组织样本	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，涉及GBM.rec和GBM.PD1组织样本
814	2025-07-21	Chemokine CCL12 in trigeminal ganglion contributes to CFA-induced mechanical allodynia in mice 2025-Aug-06, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.06.026 PMID:40517940	研究论文	本研究探讨了CCL12在三叉神经节中对CFA诱导的小鼠机械性痛觉过敏的作用	首次揭示CCL12通过促进巨噬细胞浸润及IL-6和TNF-α的产生，在CFA诱导的口面部痛觉过敏中发挥作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究CCL12在慢性炎症性疼痛中的作用机制	小鼠三叉神经节及脊髓三叉神经尾侧核	神经科学	慢性疼痛	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、腺相关病毒(AAV)干扰	小鼠CFA诱导的口面部疼痛模型	基因表达数据、行为学数据	未明确提及具体样本量，使用小鼠模型
815	2025-07-21	Subtypes of tumor-associated neutrophils and their roles in cancer immunotherapy 2025-Aug, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104763 PMID:40334802	综述	本文总结了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在癌症免疫治疗中的亚型及其作用	通过单细胞测序技术揭示了TANs的广泛亚型，并探讨了促肿瘤和抗肿瘤亚群之间的区别与共性	目前缺乏全面的TANs分类系统	探讨TANs在癌症免疫治疗中的亚型及其功能	肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
816	2025-07-21	Piezo1 regulates fibrocartilage stem cell in cartilage growth and osteoarthritis 2025-Aug, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.04.013 PMID:40345612	研究论文	探讨Piezo1在软骨生长和骨关节炎中对纤维软骨干细胞（FCSC）的调控作用	首次揭示Piezo1作为机械敏感离子通道在颞下颌关节（TMJ）软骨发育和骨关节炎中的关键作用，并证明其在病理条件下的保护性功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用有限，且未深入探讨Piezo1的具体分子机制	研究Piezo1在颞下颌关节软骨发育和骨关节炎中的作用及其潜在治疗价值	人类颞下颌关节样本和小鼠模型	骨科学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除（CKO）、组织学和免疫组织化学分析	Gli1-CreERT2; Piezo1fl/fl 条件性敲除小鼠	基因表达数据、组织学图像	人类TMJ样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）
817	2025-07-21	Macrophage heterogeneity in autoimmune diseases 2025-Aug, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2025.104993 PMID:40516246	综述	本文全面探讨了不同自身免疫疾病中巨噬细胞的异质性，并总结了针对巨噬细胞的潜在治疗靶点	利用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞的显著异质性，为探索疾病分子机制提供了新视角	自身免疫疾病的病因仍不明确，且巨噬细胞异质性的研究尚处于初级阶段	推进自身免疫疾病的精准治疗及相关研究	巨噬细胞	生命科学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
818	2025-07-21	Timp2-modified gelatinhydroxyphenylpropionic acid hydrogels reverse enhanced scleral recovery and suppress myopia development in mice 2025-Aug, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101942 PMID:40677403	research paper	研究了一种通过Timp2修饰的巩膜干细胞（SSC）嵌入明胶-羟基苯丙酸（Gtn-HPA）水凝胶的新型治疗策略，用于抑制形觉剥夺性近视（FDM）的发展	首次将Timp2修饰的SSC与Gtn-HPA水凝胶结合，用于促进巩膜恢复并抑制近视发展	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	开发一种新型治疗策略以抑制形觉剥夺性近视的发展	形觉剥夺性近视（FDM）小鼠模型及人类巩膜成纤维细胞（HSF）	生物医学工程	近视	转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞行为数据	小鼠模型及人类巩膜成纤维细胞
819	2025-07-21	Single-cell analysis of mature hepatocytes reveals an IRF1-driven restriction of HDV infection 2025-Aug, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101429 PMID:40677689	研究论文	通过单细胞RNA测序分析成熟肝细胞，发现IRF1在限制HDV感染中起关键作用	首次在单细胞水平上揭示了IRF1作为HDV感染的限制因子，并阐明了其抗病毒机制	研究主要基于体外培养的肝细胞样细胞(HLCs)，可能与体内真实情况存在差异	探究成熟肝细胞中限制HDV感染的分子机制	干细胞衍生的肝细胞样细胞(HLCs)和肝癌细胞系	分子生物学	肝炎	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用对照和HDV感染的HLCs进行分析
820	2025-07-21	Single-cell transcriptome atlas and genome-wide Mendelian randomization reveal chemokine involvement in diverse immune cells in type 2 diabetes 2025-Jul-20, International journal of obesity (2005) DOI:10.1038/s41366-025-01846-x PMID:40684027	研究论文	该研究通过单细胞转录组图谱和全基因组孟德尔随机化分析，揭示了趋化因子在2型糖尿病(T2D)多种免疫细胞中的参与	首次结合孟德尔随机化、小鼠模型验证和单细胞RNA测序技术，系统性地研究了趋化因子在T2D免疫病理中的作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类患者中进行验证	阐明趋化因子在2型糖尿病免疫发病机制中的因果作用	2型糖尿病相关的免疫细胞和趋化因子	生物医学	2型糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR), 全基因组关联研究(GWAS)	链脲佐菌素诱导的小鼠T2D模型	基因组数据, 转录组数据	外周血单个核细胞(PBMC)的单细胞测序数据