单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
801	2025-06-09	3D reconstruction of a human Carnegie stage 9 embryo provides a snapshot of early body plan formation 2025-Jun-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.04.007 PMID:40345192	研究论文	利用空间转录组学技术对Carnegie stage 9人类胚胎进行3D重建，揭示了早期身体计划形成的转录组和空间复杂性	首次在空间详细层面上分析了完整的人类CS9胚胎，识别了多种细胞类型，并观察到了后脑发育的两条不同轨迹	研究仅基于一个胚胎样本，可能无法完全代表所有CS9胚胎的变异性	理解人类早期胚胎发育过程中身体计划形成的机制	Carnegie stage 9人类胚胎	发育生物学	NA	空间转录组学	3D重建模型	空间转录组数据	1个完整的人类CS9胚胎，75个横断面冷冻切片
802	2025-06-09	Transmembrane emp24 domain-containing protein 3 promotes the malignant progression of glioma by regulating the ZBTB7A signaling axis 2025-Jun-05, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-025-00274-7 PMID:40471367	研究论文	本研究探讨了跨膜emp24结构域包含蛋白3（TMED3）在胶质母细胞瘤（GBM）恶性进展中的作用及其通过调控ZBTB7A信号轴的机制	首次揭示了TMED3通过调控ZBTB7A信号轴促进GBM恶性进展的机制	研究主要基于TCGA数据库和实验模型，临床样本验证有待进一步开展	探索GBM新的治疗靶点	胶质母细胞瘤（GBM）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、免疫共沉淀、体外和体内实验	NA	基因表达数据、实验数据	TCGA数据库中的GBM样本及实验模型
803	2025-06-09	Multi-omics exploration of CAV1+ tumor epithelial subcelltype in oral squamous cell carcinoma and its impact on the immune microenvironment 2025-Jun-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02843-2 PMID:40471478	研究论文	本研究通过多组学方法探索口腔鳞状细胞癌中CAV1+肿瘤上皮亚细胞类型的特征及其对免疫微环境的影响	首次鉴定出CAV1+上皮亚细胞类型(CAV1+EIP)并揭示其通过NECTIN1-CD96信号网络与T细胞相互作用导致免疫逃逸的机制	研究样本量有限，且未在更大规模的队列中验证发现	揭示口腔鳞癌肿瘤上皮细胞亚型的特征及其在肿瘤进展中的作用	口腔鳞状细胞癌(OSCC)肿瘤上皮细胞亚型和免疫微环境	数字病理	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学	NA	单细胞转录组数据和空间转录组数据	未明确说明具体样本数量，仅提及来自口腔鳞癌患者的样本
804	2025-06-09	Muscle stem cells in Duchenne muscular dystrophy exhibit molecular impairments and altered cell fate trajectories impacting regenerative capacity 2025-Jun-05, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07755-1 PMID:40473604	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了杜氏肌营养不良症（DMD）中卫星细胞的分子损伤和细胞命运轨迹变化，及其对再生能力的影响	首次使用单细胞RNA测序技术揭示DMD卫星细胞的转录组和细胞组成变化，并发现自噬诱导可以挽救DMD前体细胞的分化能力	研究主要基于小鼠模型，结果在人类DMD患者中的适用性需要进一步验证	探究DMD中卫星细胞功能障碍的分子机制及其对肌肉再生的影响	杜氏肌营养不良症（DMD）小鼠模型中的卫星细胞	分子生物学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用mdx和D2-mdx两种DMD小鼠模型的卫星细胞
805	2025-06-09	Machine learning and multi-omics analysis reveal key regulators of proneural-mesenchymal transition in glioblastoma 2025-Jun-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04862-z PMID:40473799	研究论文	该研究通过机器学习和多组学分析揭示了胶质母细胞瘤中前神经-间质转化的关键调控因子	鉴定了17个与PMT相关的关键基因，并发现这些基因主要在免疫细胞和血管中表达，为胶质母细胞瘤治疗提供了新靶点	PMT的细胞和分子机制仍不完全清楚	探索胶质母细胞瘤前神经-间质转化(PMT)的关键调控机制	胶质母细胞瘤(GBM)及其前神经和间质亚型	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组分析、蛋白组学、单细胞转录组分析	Lasso、Cox、Step机器学习算法	转录组数据、蛋白组数据、单细胞数据	NA
806	2025-06-09	Multi-omics analyses reveal interactions between GREM1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in gastric cancer 2025-Jun-05, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00967-w PMID:40473882	研究论文	通过多组学分析揭示了胃癌中GREM1+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用	整合了bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学技术，首次揭示了GREM1+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞在胃癌中的相互作用及其临床意义	研究主要基于转录组数据，缺乏功能性实验验证这些细胞相互作用的分子机制	探索胃癌微环境中细胞间相互作用的特征及其治疗潜力	胃癌组织中的GREM1+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞	肿瘤微环境研究	胃癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫组化染色	NA	转录组数据, 空间转录组数据	12个独立的胃癌数据集
807	2025-06-09	Dissecting the tumor microenvironment in primary breast angiosarcoma: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun-05, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-02022-9 PMID:40474296	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析原发性乳腺血管肉瘤的肿瘤微环境，揭示其细胞异质性及潜在治疗靶点	首次利用单细胞RNA测序技术对原发性乳腺血管肉瘤的肿瘤微环境进行深入分析，识别出关键信号通路和细胞间通讯网络	样本量较小（仅3例患者），可能限制结果的广泛适用性	阐明原发性乳腺血管肉瘤的致病机制并改善治疗策略	原发性乳腺血管肉瘤和浸润性乳腺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	3例患者（1例双侧原发性乳腺血管肉瘤，2例浸润性乳腺癌）共31,771个细胞
808	2025-06-09	Scalable inference of transcriptional variability with BASiCS 2025-Jun-05, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2025.112157 PMID:40479909	research paper	本文介绍了一种扩展的BASiCS方法，用于单细胞RNA测序数据的可扩展贝叶斯推断	引入了分治推理方案，使BASiCS能够处理大规模数据集，同时保持其解释性和灵活性	未明确提及具体的数据集大小限制或计算资源需求	开发一种可扩展的贝叶斯推断方法，用于分析单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	BASiCS (贝叶斯层次模型), MCMC, ADVI	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
809	2025-06-09	Treatment with senolytic drugs ameliorates steroid-induced osteonecrosis of the femoral head by inhibiting osteoclastogenesis 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114963 PMID:40480005	研究论文	本研究探讨了通过清除衰老细胞来改善类固醇诱导的股骨头坏死（ONFH）的治疗效果	揭示了巨噬细胞中的细胞衰老促进破骨细胞过度活化和ONFH进展的新机制，并展示了使用senolytic药物（Dasatinib和Quercetin）的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中进行验证	探索细胞衰老在ONFH发病机制中的作用及senolytic药物的治疗效果	股骨头坏死（ONFH）患者和小鼠模型，以及骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs）	骨科疾病研究	股骨头坏死	单细胞测序、TRAP染色、SA-β-gal染色	小鼠ONFH模型	基因表达数据、细胞染色数据	未明确提及具体样本数量，涉及ONFH患者数据和小鼠模型
810	2025-06-09	SPaSE: Spatially resolved pathology scores using optimal transport on spatial transcriptomics data 2025-Jun-03, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101301 PMID:40480226	research paper	提出了一种基于最优传输的空间转录组数据分析算法SPaSE，用于量化疾病组织中的病理影响	SPaSE算法通过最优传输方法比较疾病和对照组织的空间转录组数据，为每个点计算病理评分，创新性地量化了病理影响	NA	开发一种能够量化空间变异病理影响的分析方法	小鼠心肌梗死后的心脏组织、人类心肌梗死后的数据、创伤性脑损伤和杜氏肌营养不良小鼠模型	digital pathology	cardiovascular disease	spatial transcriptomics (ST)	optimal transport-based algorithm	spatial transcriptomics data	小鼠和人类的心肌梗死后数据、创伤性脑损伤和杜氏肌营养不良小鼠模型数据
811	2025-06-09	Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics 2025-Jun-02, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014 PMID:40482637	研究论文	通过时空转录组学分析R6/2亨廷顿病小鼠脑部的分子模式	整合10× Genomics Visium空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了亨廷顿病小鼠脑部区域、时间和细胞类型特异的调控通路	研究仅针对R6/2小鼠模型，结果可能不完全适用于人类亨廷顿病	理解亨廷顿病的发病机制	R6/2亨廷顿病小鼠模型	转录组学	亨廷顿病	10× Genomics Visium空间转录组学, 单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	转录组数据	R6/2小鼠脑部组织(出生后0天[P0], 4周和12周)
812	2025-06-09	ICOSL, OX40L, and CD30L control persistence of asthmatic CD4 tissue-resident memory CD4 T cells 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1097 PMID:39921040	research paper	研究探讨了ICOSL、OX40L和CD30L这三种共刺激分子在控制哮喘CD4组织驻留记忆T细胞持久性中的作用	首次发现联合抑制ICOSL与OX40L或CD30L能有效减少肺部炎症性Trm细胞的积累，并提出潜在的治疗哮喘的新方法	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	寻找控制过敏原诱导的记忆CD4 T细胞再激活的共刺激分子，并评估其靶向治疗对哮喘相关记忆T细胞群体的影响	哮喘患者和小鼠模型中的肺CD4 T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
813	2025-06-09	Injury and obesity differentially and synergistically induce dysregulation of synovial immune cells in osteoarthritis 2025-Jun, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.03.001 PMID:40188009	研究论文	研究探讨了损伤和肥胖如何差异性和协同性地影响骨关节炎（OA）中滑膜免疫细胞的失调	揭示了损伤和肥胖独立及协同作用对滑膜免疫细胞景观失调的影响，为OA发病机制提供了新见解	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性有待验证	探究损伤和肥胖对骨关节炎滑膜免疫细胞的影响	小鼠膝关节囊中的免疫细胞	免疫学	骨关节炎	单细胞转录组学、免疫分析、转基因小鼠模型、遗传命运图谱方法	转基因小鼠模型	转录组数据、免疫分析数据	未明确提及具体样本数量，但使用了对照组和肥胖组小鼠
814	2025-06-09	Identification of MAGE-A10 specific T cell receptor promising in immunotherapy of hepatocellular carcinoma 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144243 PMID:40379175	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序技术，鉴定了针对肝细胞癌（HCC）中MAGE-A10抗原的特异性T细胞受体（TCR），为HCC的TCR-T免疫治疗提供了新策略	首次鉴定了针对HCC中MAGE-A10抗原的特异性TCR，并通过功能验证证实了其识别和杀伤HCC细胞的能力	研究样本量有限，且未进行体内实验验证TCR-T的治疗效果	探索肝细胞癌的新型免疫治疗方法	肝细胞癌患者样本中的T细胞受体	免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、TCR测序（scTCR-seq）、NetMHCpan、DLpTCR	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	肝细胞癌患者样本（具体数量未说明）
815	2025-06-09	SpaLinker identifies phenotype-associated spatial tumor microenvironment features by integrating bulk and spatial sequencing data 2025-May-29, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100893 PMID:40480216	研究论文	介绍SpaLinker，一种创新的集成框架，利用空间转录组学数据在分子、细胞和组织结构水平上解析空间分辨的肿瘤微环境，并通过整合大量RNA测序数据评估空间定义特征的预后意义	开发了SpaLinker框架，首次实现了空间转录组学数据与临床表型的定量关联，显著提升了空间测序技术的临床应用价值	空间测序样本的临床注释稀缺可能影响分析结果的可靠性	建立空间分辨的肿瘤微环境特征与临床表型之间的关联	肿瘤微环境	数字病理学	泛癌	空间转录组学(ST), bulk RNA-seq	NA	空间转录组数据, bulk RNA-seq数据	多种肿瘤ST数据集
816	2025-06-09	HMG Box-containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025-May-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	research paper	该研究探讨了HMG盒包含蛋白1（HBP1）在急性胰腺炎（AP）和胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用	首次揭示了HBP1在急性胰腺炎中的保护作用及其在致癌KRAS存在下促进胰腺上皮内瘤变（PanIN）进展的双重功能	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	阐明HBP1在胰腺炎和胰腺癌早期进展中的功能角色	人类胰腺炎样本、cerulein诱导的AP小鼠模型、胰腺特异性条件性HBP1敲除小鼠	分子病理学	胰腺癌	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织学图像	人类慢性胰腺炎样本、小鼠模型、诱导性HBP1过表达的人胰腺导管上皮细胞
817	2025-06-09	Case report: single-cell transcriptome sequencing reveals the clonal origin of mature plasmacytoid dendritic cell proliferation in early T-cell precursor lymphoblastic leukemia 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06301-5 PMID:40085211	病例报告	通过单细胞转录组测序揭示早期T细胞前体淋巴细胞白血病中成熟浆细胞样树突状细胞增殖的克隆起源	首次报告了与淋巴恶性肿瘤相关的MPDCP病例，并利用单细胞RNA测序技术揭示了T-ALL原始细胞与pDCs之间的转录连续性	需要进一步研究以确认这些发现并探索其临床意义	探讨MPDCP在淋巴恶性肿瘤中的存在及其与淋巴细胞分化和发育的潜在联系	一名69岁男性患者，诊断为早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病伴MPDCP	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1例患者
818	2025-06-09	Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06321-1 PMID:40186663	research paper	本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇，并构建了一个风险预后模型	开发了一个包含五个LMRGs的风险预后模型，揭示了高风险患者的不良预后与免疫微环境及治疗反应的关系，并通过单细胞RNA测序发现B细胞中高LMRG风险评分可能通过MIF-CD74/CXCR4通路促进免疫抑制	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索LMRGs与DLBCL预后及免疫微环境的关系，构建风险预后模型	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	digital pathology	lymphoma	Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序	风险预后模型	基因表达数据	来自GSE10846和GSE87371数据集的样本
819	2025-06-09	Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907 PMID:40300424	研究论文	本研究通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了缺血性心肌病(ICM)中巨噬细胞自噬相关的新型诊断生物标志物	首次整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析ICM中巨噬细胞自噬相关生物标志物，鉴定出6个具有诊断意义的hub基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于大鼠模型	探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的生物标志物及其相关通路	缺血性心肌病患者和大鼠模型的基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR	WGCNA, PPI网络分析	基因表达数据	两个公共数据集(GSE46224和GSE116250)和大鼠模型
820	2025-06-09	Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904 PMID:40305898	研究论文	该研究通过单细胞RNA和TCR库分析，识别了病毒特异性T细胞的标记物	发现了7个上调基因作为增殖抗原特异性T细胞的标记物，并验证了其在早期分离病毒抗原反应性T细胞中的准确性	研究样本来自健康供体，未在患者群体中验证标记物的适用性	识别用于抗原特异性T细胞鉴定的生物标记物，以改进过继性细胞疗法	健康供体的外周血单个核细胞和CD3/CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序、TCR库分析	NA	RNA测序数据、TCR序列数据	健康供体的外周血单个核细胞