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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2026-05-19 |
New algorithms for unsupervised cell clustering from scRNA-seq data
2026, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbag121
PMID:42148048
|
研究论文 | 本文提出了两种新的单细胞RNA测序数据无监督聚类算法:基于-MST图的方法和基于自编码器的高斯混合模型方法 | 提出了一种无需降维直接从输入数据构建-MST图的聚类算法,以及一种基于自编码器学习高斯混合模型参数的替代方案 | 测序深度、细胞数量和组织类型对算法性能有重要影响 | 解决单细胞RNA测序数据无监督聚类中的高维性、稀疏性和技术噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 难治性癫痫 | 单细胞RNA测序 | 自编码器, 高斯混合模型, Louvain算法 | 基因表达数据 | 来自难治性癫痫患者的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 802 | 2026-05-19 |
A machine learning-derived hypoxia- and lactylation-associated gene signature for prognostic stratification and immune landscape characterization in lung adenocarcinoma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1720885
PMID:42148081
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研究论文 | 构建了一个基于缺氧和组蛋白乳酸化相关基因的预后模型,用于肺腺癌患者风险分层和免疫景观分析 | 首次将缺氧和组蛋白乳酸化相关基因结合,利用LASSO、XGBoost和随机森林算法构建预后模型,并整合单细胞RNA测序数据评估细胞类型特异性表达 | NA | 建立基于缺氧和乳酸化相关基因的预后模型,以预测肺腺癌患者预后并揭示其免疫相关特征 | 肺腺癌患者及细胞系 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, CCK-8, 集落形成实验, 伤口愈合实验, Transwell实验 | LASSO, XGBoost, 随机森林 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 803 | 2026-05-19 |
CFD+CD14+ monocytes: potential pathogenic subset in myasthenia gravis uncovered by multi-omics integration and machine learning analysis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1813107
PMID:42148089
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研究论文 | 整合多组学数据和机器学习方法,发现CFD+CD14+单核细胞是重症肌无力发病的关键致病亚群 | 首次整合转录组全关联分析和单细胞RNA测序技术,在单细胞水平解析重症肌无力发病机制,并利用机器学习算法筛选出CFD等六个特征基因 | 未提及 | 解码重症肌无力在细胞层面的发病机制,发现潜在致病细胞亚群和治疗靶点 | 重症肌无力患者和健康对照的外周血单核细胞 | 机器学习 | 重症肌无力 | 单细胞RNA测序, 转录组全关联分析 | CNN, LSTM, GAN | 单细胞转录组数据, 基因组关联研究汇总数据, 表达数量性状位点数据 | 重症肌无力患者和健康对照外周血样本,具体样本量未提及 | Illumina | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 804 | 2026-05-19 |
Spatial transcriptomics uncovers TAC-OGEs heterogeneity and FN1/MMP9 signature in ameloblastoma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1770116
PMID:42148096
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研究论文 | 利用空间转录组学揭示成釉细胞瘤中TAC-OGEs的异质性和FN1/MMP9特征 | 首次通过空间组学方法描绘成釉细胞瘤的肿瘤生态系统,发现肿瘤侵袭前沿的TAC-OGEs具有空间梯度分化状态,并鉴定出FN1和MMP9作为潜在标志物 | 样本量较小,仅涉及15例标本的独立验证,空间转录组结果的临床转化价值需进一步评估 | 探究成釉细胞瘤肿瘤微环境对其侵袭性、恶性和复发的影响 | 成釉细胞瘤临床肿瘤标本 | 数字病理学 | 成釉细胞瘤 | 空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 15例成釉细胞瘤标本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium FFPE空间转录组测序 |
| 805 | 2026-05-19 |
Targeting the TIGIT/CD155-induced metabolic checkpoint in NK cells restores anti-tumor immunity and suppresses hepatocellular carcinoma growth
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1790174
PMID:42148118
|
研究论文 | 揭示TIGIT/CD155轴通过代谢重编程损害NK细胞抗肿瘤免疫并促进肝细胞癌生长的机制 | 首次阐明TIGIT/CD155轴通过SHP-2/STAT3/GLUT1通路调控NK细胞糖酵解代谢,从而影响抗肿瘤免疫 | 主要基于小鼠模型和体外实验,临床验证有限 | 探讨TIGIT/CD155轴如何通过代谢重编程调节NK细胞功能并影响肝细胞癌进展 | 肝细胞癌小鼠模型、CD155过表达肿瘤细胞与NK细胞共培养体系 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 共免疫沉淀, 蛋白质印迹, 免疫荧光, 细胞外酸化率检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质互作数据, 代谢数据 | 小鼠模型样本数量未具体说明 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 806 | 2026-05-19 |
Zone-specific hepatocytes orchestrate the early onset of host immune defenses during Staphylococcus aureus bloodstream infection
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1776887
PMID:42148131
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研究论文 | 本研究揭示了在金黄色葡萄球菌血流感染期间,肝细胞通过区域特异性转录程序协调早期宿主免疫应答 | 首次通过单细胞转录组学证明肝细胞在血流感染中沿门静脉-中央静脉轴呈现区域特异性免疫应答,并发现Bmper基因(BMP信号调节因子)此前未报道与细菌感染相关 | 研究主要基于小鼠模型,缺乏人类样本验证;未深入探究BMPER在急性期反应中的具体分子机制 | 表征肝脏对血源性金黄色葡萄球菌感染早期免疫应答的区室化特征 | 血源性金黄色葡萄球菌感染的小鼠肝脏细胞(包括肝细胞、库普弗细胞、肝窦内皮细胞) | 机器学习 | 血流感染 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 小鼠模型,感染后4小时及24小时时间点样本 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 807 | 2026-05-19 |
Knowledge mapping of DNGR-1 on dendritic cells in immunotherapy: a review and bibliometric study
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1748597
PMID:42148144
|
综述 | 对树突状细胞上DNGR-1在免疫治疗中的知识图谱进行了文献计量学和综述分析 | 首次对DNGR-1全球研究进行系统性文献计量分析,揭示了研究趋势、热点和演化轨迹 | 未明确说明研究的局限性 | 描绘DNGR-1在免疫治疗中的研究知识结构、热点和演化趋势 | DNGR-1(CLEC9A)及其在树突状细胞中的作用 | 文献计量学 | NA | NA | NA | 文本 | 326篇出版物 | NA | NA | NA | NA |
| 808 | 2026-05-19 |
Integrative analysis identifies DCBLD2 and immune-related biomarkers for major depressive disorder: evidence from human peripheral blood, post-mortem brain, and rat models
2026, Frontiers in human neuroscience
IF:2.4Q2
DOI:10.3389/fnhum.2026.1770103
PMID:42148317
|
研究论文 | 通过整合分析人类外周血、死后脑组织和大鼠模型,鉴定出DCBLD2等与重性抑郁障碍相关的免疫生物标志物 | 首次结合孟德尔随机化、多种机器学习方法和单细胞RNA测序,系统鉴定出DCBLD2为MDD的潜在关键生物标志物,并在多个数据集和动物模型中验证 | 研究主要基于公开数据集和动物模型,未在独立大规模临床队列中验证;部分分析依赖已有数据库,可能存在样本异质性和批次效应 | 识别与重性抑郁障碍发展相关的新型生物标志物,并阐明其潜在的免疫机制 | MDD患者的外周血和死后前额叶皮层组织,以及慢性不可预测应激大鼠模型的前额叶皮层 | 机器学习 | 重性抑郁障碍 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 | 逻辑回归, LASSO回归, 随机森林 | 转录组数据 | 多个GEO数据集、独立人类队列外周血样本、大鼠模型前额叶皮层组织 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 809 | 2026-05-19 |
Integrative analysis of RiboSis-related gene expression in colorectal cancer: implications for prognosis and immunotherapy
2025-12, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02166-1
PMID:40839324
|
研究论文 | 综合分析了结直肠癌中核糖体生物合成相关基因的表达,探讨了其在预后和免疫治疗中的意义 | 首次利用单细胞RNA测序和整合机器学习方法,构建了基于核糖体生物合成相关基因的预后模型,并验证了PFDN2作为枢纽基因在结直肠癌中的作用 | 未提及具体局限性 | 探索核糖体生物合成相关基因在结直肠癌中的临床意义,特别是在预后和免疫治疗响应中的潜在作用 | 结直肠癌组织样本中的细胞和基因 | 机器学习 | 结直肠癌 | scRNA-seq, NMF, 机器学习 | 基于十种算法的整合机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | 3个结直肠癌组织的scRNA-seq数据,13个样本的26,961个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 810 | 2026-05-19 |
High-resolution single-cell analyses reveal evolutionary constraints and evolvability of sexual circuits in Drosophila
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2516083122
PMID:41248285
|
研究论文 | 利用高分辨率单细胞转录组学分析揭示了Drosophila物种中性别决定基因标记的神经回路的进化约束和可进化性 | 首次在高分辨率水平上描绘了四种果蝇物种中由性别决定基因标记的84种分子独特的细胞类型,并揭示了神经肽信号通路的细胞类型特异性进化更替 | 研究未探讨这些进化变化在行为层面的直接功能影响,且样本仅限于Drosophila属的少数物种 | 理解神经细胞和分子组成如何进化以编码物种特异性行为,特别是雄性性行为的多样性 | Drosophila属(包括D. melanogaster、D. simulans、D. yakuba和D. erecta)中由性别决定基因标记的性回路神经元 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 四种果蝇物种的性回路细胞,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 811 | 2026-05-19 |
Folliculin Deletion in the Mouse Kidney Results in Cystogenesis of the Loops of Henle via Aberrant TFEB Activation
2025-09, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.010
PMID:40499782
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示卵泡素缺失通过异常激活TFEB导致亨勒环囊肿形成 | 首次明确FLCN-TFEB信号通路在肾单位发育中的关键作用,特别是对亨勒环囊肿形成的调控机制 | 仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证该机制 | 探究卵泡素基因缺失在肾脏不同肾单位节段中的具体作用及囊肿形成机制 | 肾单位特异性Flcn基因敲除小鼠及其双基因敲除小鼠 | 机器学习和组学分析 | Birt-Hogg-Dubé综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及Flcn单敲除、Flcn/Tfe3双敲除和Flcn/Tfeb双敲除小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 812 | 2026-05-19 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Palmitoylation Landscape in Lung Adenocarcinoma and Identifies ABHD17C as a Novel Biomarker
2025-09, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.024
PMID:40582697
|
研究论文 | 通过单细胞测序揭示肺腺癌中棕榈酰化修饰的全景图,并鉴定ABHD17C为新型生物标志物 | 首次在单细胞水平描绘了肺腺癌中棕榈酰化修饰的景观,发现了与上皮间充质转化和血管生成相关的C4上皮亚型,并鉴定ABHD17C作为潜在生物标志物和治疗靶点 | 未提及具体局限性 | 分析肺腺癌中蛋白质棕榈酰化修饰的异质性,并探索其与肿瘤进展的关系 | 肺腺癌上皮细胞 | 单细胞测序 | 肺腺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA(未在标题和摘要中明确样本数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 813 | 2026-05-19 |
Uncovering somatic genetic drivers in prostate cancer through comprehensive genome-wide analysis
2025-06, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01623-8
PMID:40156736
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研究论文 | 通过全基因组分析揭示前列腺癌体细胞遗传驱动因素 | 通过整合多组学数据(GTEx、UK Biobank、PRACTICAL、FinnGen、TCGA和单细胞RNA-seq)和孟德尔随机化分析,首次系统性地识别了150个与前列腺癌有因果关联的前列腺特异性基因,并进一步通过多种验证手段锁定MSMB为关键基因 | 仅67个基因在TCGA数据集中与MR分析结果一致,且研究主要基于欧洲人群队列,可能限制了结果的普适性 | 探索散发性前列腺癌的体细胞遗传驱动因素 | 前列腺特异性基因与前列腺癌的遗传关联 | 机器学习 | 前列腺癌 | 全基因组关联研究、孟德尔随机化、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、总结统计数据、单细胞转录组数据 | UK Biobank: 9131例病例和173493例对照; PRACTICAL: 79148例病例和61106例对照; FinnGen: 13216例病例和119948例对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 814 | 2026-05-19 |
Heterogeneity of fibroblasts from different anatomical sites in healthy human knee ligaments revealed by single-cell RNA sequencing
2025-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111040
PMID:40139473
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示健康人膝关节不同部位韧带的成纤维细胞异质性 | 首次建立健康人膝关节不同部位韧带的全面细胞图谱,并发现与解剖位置相关的三种成纤维细胞亚群及FTH1/FTL_SCARA5信号通路 | 未明确提及局限性 | 研究健康膝关节不同部位韧带的细胞组成和成纤维细胞异质性 | 15名健康受试者膝关节不同部位的韧带组织 | 单细胞组学 | 膝关节韧带疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 15名健康受试者,约106,077个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 815 | 2026-05-19 |
Dectin-2 depletion alleviates osteoclast-induced bone loss in periodontitis via Syk/NOX2/ROS signaling
2025-03-01, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 发现Dectin-2通过Syk/NOX2/ROS信号轴促进破骨细胞分化,在牙周炎骨质流失中起关键作用,敲除Dectin-2可减轻骨吸收 | 首次揭示Dectin-2在破骨细胞生成中的作用及其分子机制,提出Dectin-2作为牙周炎等骨质破坏疾病的新治疗靶点 | 未在人类样本中验证Dectin-2的表达和功能,且仅使用小鼠模型和体外细胞实验,缺乏临床试验支持 | 探究Dectin-2在破骨细胞介导的骨质流失中的调控作用及潜在治疗价值 | 牙周炎疾病模型中的破骨细胞分化与骨吸收 | 机器学习 | 牙周炎 | 单细胞测序, 转录组分析, 基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据, 转录组数据 | 小鼠模型:Dectin-2敲除小鼠和野生型小鼠;细胞样本:RAW264.7细胞和骨髓来源巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 816 | 2026-05-19 |
scRNA-seq reveals involvement of monocytes in immune response in SLE patients
2025-03, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.110994
PMID:39818255
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术揭示单核细胞在系统性红斑狼疮患者免疫反应中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析系统性红斑狼疮患者单核细胞的炎症因子表达,发现IRF1在单核细胞中高度表达,并验证了多种炎症因子的上调 | 未提及具体局限性 | 探索系统性红斑狼疮患者单核细胞在炎症反应中的机制,发现新的诊断靶点 | 系统性红斑狼疮患者和健康志愿者的外周血循环免疫细胞 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | SLE患者和健康志愿者外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 817 | 2026-05-19 |
Single-cell transcriptome reveals three types of adipocytes associated with intramuscular fat content in pigs
2025-03, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.110998
PMID:39855485
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析,在猪肌肉组织中发现了三种与肌内脂肪含量相关的新型脂肪细胞类型 | 首次在猪肌肉组织中鉴定出三种此前未被描述的脂肪细胞亚型(Adipocyte 1、Adipocyte 2和Aregs),并揭示其与肌内脂肪含量的相关性以及跨物种保守性 | 未具体说明局限性 | 探究猪肌肉组织中细胞类型组成及其与肌内脂肪含量的关联机制 | 成年猪的肌肉组织 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、ATAC-seq | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 成年猪肌肉组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序及ATAC-seq |
| 818 | 2026-05-19 |
In silico integrative scRNA analysis of human colonic epithelium indicates four tuft cell subtypes
2025-02-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00182.2024
PMID:39589317
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研究论文 | 通过整合分析人类结肠上皮的单细胞RNA测序数据,揭示了四种簇细胞亚型及其在健康和炎症性肠病中的差异 | 首次通过整合性单细胞RNA-seq分析鉴定出人类结肠中存在四种具有独特基因表达谱的簇细胞亚型,并发现其中两种亚型在健康和炎症性肠病组织中的频率和基因表达显著差异 | 该研究基于公开数据集进行计算机模拟分析,尚需后续生理学实验验证这些簇细胞亚型的确切功能 | 通过整合单细胞RNA测序数据,解析人类结肠簇细胞的异质性和潜在生物学功能 | 人类结肠上皮中的簇细胞亚型 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 四个公开数据集的人类结肠单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 819 | 2026-05-19 |
Spatial transcriptomic analysis reveals significant differences in tumor microenvironment in HPV-dependent and HPV-independent vulvar squamous cell carcinoma
2025-02, Gynecologic oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.ygyno.2025.01.002
PMID:39787746
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研究论文 | 利用空间转录组学分析揭示HPV依赖性和非依赖性外阴鳞状细胞癌肿瘤微环境的显著差异 | 首次将空间转录组学技术应用于外阴鳞状细胞癌,揭示了HPV依赖性和非依赖性亚型之间免疫细胞浸润的显著差异,特别是发现HPV非依赖性肿瘤中CD45+免疫细胞显著增多 | 研究样本量较小(仅4例患者),可能影响结果的普适性 | 探索HPV依赖性和非依赖性外阴鳞状细胞癌的肿瘤微环境基因表达差异 | HPV依赖性和非依赖性外阴鳞状细胞癌组织(包括SCC区域、炎症区域、苔藓硬化区域和高级别鳞状上皮内病变区域) | 空间转录组学 | 外阴鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | CIBERSORTx | 基因表达数据 | 4例早期外阴鳞状细胞癌患者(2例HPV独立性,2例HPV依赖性) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 820 | 2026-05-19 |
Expansion of peripheral cytotoxic CD4+ T cells in Alzheimer's disease: New insights from multi-omics evidence
2025-01, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110976
PMID:39657893
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研究论文 | 通过多组学证据揭示阿尔茨海默病中外周细胞毒性CD4+ T细胞的扩增现象及其机制 | 首次通过单细胞RNA测序结合孟德尔随机化分析,确认CD4-CTLs在阿尔茨海默病患者外周血中显著扩增,并鉴定TBX21和MYBL1为关键转录因子,以及SRGN和ITGB1作为风险基因 | 未明确提及样本量大小及功能验证的体内外模型细节,仅基于现有公共数据集的关联性分析 | 探索阿尔茨海默病中适应性免疫应答的作用,特别是CD4-CTLs的扩增机制及其与认知衰退的关联 | 阿尔茨海默病患者的外周血单核细胞中的CD4细胞毒性T细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基于公共数据集的阿尔茨海默病患者样本,具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 具体配置未在摘要中说明 |