单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
801	2025-07-24	Automated denoising of CITE-seq data with ThresholdR 2025-Jul-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101088 PMID:40633544	研究论文	本文介绍了一种名为ThresholdR的自动化工具，用于去噪CITE-seq数据中的抗体衍生标签(ADT)信号	开发了ThresholdR这一新型工具，能够可靠且系统地找到区分信号与噪声的阈值，解决了现有方法DSB和CellBender高假阴性率的问题	未提及该方法在不同实验条件下的普适性或计算效率方面的局限性	提高CITE-seq数据中ADT信号的质量，改善细胞类型注释和下游分析	CITE-seq数据中的抗体衍生标签(ADT)信号	单细胞测序数据分析	NA	CITE-seq, scRNA-seq	ThresholdR（基于R的算法）	单细胞测序数据	多个数据集和平台（具体数量未说明）
802	2025-07-24	Biomimetic phosphorus dendrimer multi-epitope nanovaccine enhances humoral and cellular immune response against African swine fever virus 2025-Jul-21, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03593-7 PMID:40685337	研究论文	本研究开发了一种针对非洲猪瘟病毒(ASFV)的树突状细胞靶向仿生纳米疫苗，通过增强体液和细胞免疫反应来对抗ASFV	首次开发了一种结合纳米抗体、多表位抗原和仿生膜技术的ASFV纳米疫苗，显著提高了免疫反应	研究仅在老鼠模型中进行，尚未进行猪类动物实验或临床试验	开发一种有效的ASFV疫苗	非洲猪瘟病毒(ASFV)	疫苗开发	非洲猪瘟	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 仿生纳米技术	NA	免疫学数据, 基因表达数据	老鼠模型
803	2025-07-24	An adeno-associated virus gene therapy strategy for anti-obesity treatment by nanocarrier-based delivery systems 2025-Jul-21, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03595-5 PMID:40685368	研究论文	本文探讨了通过纳米载体递送系统使用腺相关病毒基因疗法治疗肥胖的策略	设计了能够长期粘附于肠道上皮的交联纳米颗粒，其中吸附了AAV，增强了体内稳定性和保留性，为持续高效的基因递送提供了平台	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果和安全性	探索通过增强结肠内分泌细胞中Scg2表达来治疗代谢紊乱的潜在治疗方法	无菌小鼠和常规饲养小鼠，以及高脂饮食或ob/ob基因型小鼠	基因治疗	肥胖症	腺相关病毒(AAV)基因递送，单细胞转录组分析，多组学分析	NA	基因表达数据，代谢激素水平数据	无菌小鼠和常规饲养小鼠，高脂饮食或ob/ob基因型小鼠
804	2025-07-24	Differential expression pattern of CC chemokine receptor 7 guides precision treatment of hepatocellular carcinoma 2025-Jul-21, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02308-6 PMID:40685403	研究论文	本研究通过分析CC趋化因子受体7（CCR7）在肝细胞癌（HCC）中的差异表达模式，探索了其对精准治疗的指导作用	揭示了肿瘤细胞和基质细胞来源的CCR7表达的相反效应，并发现VEGF-C通过激活淋巴管生成和CCL21/CCR7轴促进三级淋巴结构形成，从而增强抗PD-1免疫治疗效果	研究主要基于临床前实验，需要进一步临床试验验证	探索HCC精准治疗的新策略	肝细胞癌（HCC）	肿瘤微环境研究	肝细胞癌	组织微阵列（TMA）、空间转录组学、单细胞测序、CRISPR-Cas9基因敲除	NA	基因表达数据、临床数据	未明确说明样本数量
805	2025-07-24	Immune signaling mediates stromal changes to support epithelial reprogramming in celiac duodenum 2025-Jul-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116039 PMID:40694474	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了乳糜泻患者十二指肠组织的细胞变化，揭示了免疫信号介导的间质变化如何支持上皮重编程	构建了迄今为止最全面的乳糜泻单细胞RNA测序数据集，揭示了T-髓系-间质-上皮细胞通讯在乳糜泻中的作用	样本量相对有限（21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本）	研究乳糜泻中免疫信号如何介导间质变化以支持上皮重编程	乳糜泻患者和对照组的十二指肠组织	生物医学	乳糜泻	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	203,555个细胞，来自21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本
806	2025-07-24	Deciphering the prognostic value and immunotherapeutic strategy of aggrephagy in melanoma: Integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Jul-21, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152371 PMID:40695191	研究论文	本研究探讨了聚集自噬（aggrephagy）在皮肤黑色素瘤（CM）中的作用，并探索其作为预后和治疗靶点生物标志物的潜力	结合单细胞测序技术和机器学习算法，构建了聚集自噬相关特征（ARS），并验证其在预后预测和免疫治疗策略中的价值	研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证	研究聚集自噬在皮肤黑色素瘤中的预后价值和免疫治疗策略	皮肤黑色素瘤（CM）患者数据和小鼠模型	数字病理学	黑色素瘤	单细胞测序, 机器学习	NA	转录组数据	TCGA数据库数据及3个独立的GEO数据库数据集
807	2025-07-24	Exploring Immunogenetic Mechanisms in Parkinson's Disease Using Single-Cell Transcriptomics and Mendelian Randomization 2025-Jul-21, Current pharmaceutical biotechnology IF:2.2Q3 DOI:10.2174/0113892010378080250711022253 PMID:40696559	研究论文	本研究通过整合孟德尔随机化、表达数量性状位点分析和单细胞RNA测序，探索帕金森病中的免疫遗传机制	首次结合单细胞转录组学和孟德尔随机化方法，揭示了SAT1-PARK7和FGR-ABCA4等新型免疫遗传调控网络在帕金森病中的作用	研究受限于人群异质性和因果关系推断的挑战	阐明帕金森病进展中的免疫遗传机制	帕金森病患者与对照组的免疫细胞组成和基因调控网络	基因组学	帕金森病	单细胞RNA测序、孟德尔随机化、表达数量性状位点分析	NA	基因组数据	未明确说明样本数量（帕金森病患者与对照组）
808	2025-07-24	Single-cell RNA sequencing uncovers abnormal Sertoli-cell elevation and testicular niche impairment in the transfemales's testis 2025-Jul-20, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01445-3 PMID:40685388	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究跨性别女性睾丸中Sertoli细胞异常增多及睾丸微环境损伤	首次在跨性别女性睾丸中发现Sertoli细胞异常增多及β-catenin核转位现象，揭示了生殖细胞-Sertoli细胞互作在睾丸损伤中的作用	样本量相对有限(49,385个单细胞转录组)，且未探讨激素治疗剂量与时间对结果的影响	探究性别肯定激素治疗(GAHT)对跨性别女性睾丸的影响机制	跨性别女性睾丸组织与顺性别男性睾丸组织的单细胞转录组	单细胞组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化、实时定量PCR、免疫染色	NA	单细胞转录组数据	约49,385个单细胞转录组
809	2025-07-24	CXCL12/CXCR4 modulates macrophage efferocytosis to induce glomerular crescent formation and fibrosis via ELMO1/DOCK180/RAC1 signaling in ANCA-associated glomerulonephritis 2025-Jul-19, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05750-5 PMID:40682610	research paper	该研究揭示了CXCL12/CXCR4信号轴在ANCA相关性肾小球肾炎（AAGN）病理过程中的关键调控作用	通过单细胞测序和体内外实验，阐明了CXCL12/CXCR4信号轴通过ELMO1/DOCK180/RAC1通路调控巨噬细胞胞葬作用，促进AAGN新月体形成和纤维化的分子机制	研究主要关注CXCL12/CXCR4信号轴，可能忽略了其他潜在的重要信号通路	探究ANCA相关性肾小球肾炎中单核细胞募集和巨噬细胞极化的调控机制	ANCA相关性肾小球肾炎患者样本和实验动物模型	分子病理学	ANCA相关性肾小球肾炎	单细胞测序、蛋白质相互作用分析	动物模型（EAV模型）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
810	2025-07-24	Cardiomyocyte OTUD1 drives diabetic cardiomyopathy via directly deubiquitinating AMPKα2 and inducing mitochondrial dysfunction 2025-Jul-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61901-z PMID:40683882	研究论文	本文研究了去泛素化酶OTUD1在糖尿病心肌病中的作用及其调控机制	首次发现OTUD1通过直接去泛素化AMPKα2并抑制其磷酸化，从而驱动糖尿病心肌病的发生	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性动物模型	阐明OTUD1在糖尿病心肌病中的分子机制	糖尿病小鼠心肌细胞	分子生物学	糖尿病心肌病	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质互作数据	雄性糖尿病小鼠（1型和2型）
811	2025-07-24	Multi-cohort analysis identifies a blood-based immune transcriptomic signature for early lung cancer detection 2025-Jul-19, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01043-z PMID:40684032	研究论文	通过多队列分析鉴定出一种基于血液的免疫转录组特征，用于肺癌的早期检测	发现了一个由6个基因组成的血液免疫基因特征，这些基因在肺癌患者中差异表达，并构建了一个肺癌评分系统	需要进一步临床验证以确认其在早期癌症检测和诊断中的实际应用效果	开发一种基于血液的早期肺癌检测方法	肺癌患者、健康对照及其他疾病患者的血液样本	数字病理学	肺癌	批量血液转录组测序、单细胞RNA测序	诊断分类器	转录组数据	发现阶段：432例肺癌、8154例健康对照和14187例其他疾病样本；验证阶段：371名前瞻性队列受试者（172例肺癌）和454名Framingham心脏研究受试者（42例肺癌）；单细胞RNA测序数据来自260个样本的1022063个细胞
812	2025-07-24	From preneoplastic lesion to heterogenous tumor: recent insights into hepatoblastoma biology and therapeutic opportunities 2025-Jul-19, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02405-8 PMID:40684183	综述	本文综述了肝母细胞瘤生物学的最新发现和治疗机会，包括肿瘤异质性、疾病进展和治疗反应的分子机制	利用单细胞RNA-seq、多组学、空间转录组学和功能基因组学筛查揭示了肝母细胞瘤的复杂性和肿瘤微环境的作用	未提及具体临床应用的限制或挑战	探讨肝母细胞瘤的生物学特性和潜在治疗靶点	肝母细胞瘤细胞、肿瘤相关细胞类型和遗传依赖性	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	单细胞RNA-seq、多组学、空间转录组学、功能基因组学筛查	NA	基因组数据、转录组数据	未提及具体样本数量
813	2025-07-24	Spatial-scERA: a method for reconstructing spatial single-cell enhancer activity in multicellular organisms 2025-Jul-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf684 PMID:40694852	研究论文	提出了一种名为spatial-scERA的新方法，用于重建多细胞生物中空间单细胞增强子活性	结合了并行报告基因检测、单细胞RNA测序和最优传输的空间重建技术，能够在3D虚拟样本上以单细胞分辨率映射细胞类型特异性增强子活性	NA	准确预测复杂多细胞样本中增强子活性模式并将增强子与其潜在靶基因联系起来	多细胞生物中的候选增强子区域	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、最优传输	NA	转录组数据、空间数据	25个候选增强子在果蝇胚胎中进行了评估
814	2025-07-24	GeneSurfer enables transcriptome-wide exploration and annotation of gene co-expression modules in 3D spatial transcriptomics data 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112713 PMID:40678514	research paper	介绍GeneSurfer，一种用于探索3D空间转录组数据中基因共表达模式的交互式工具	GeneSurfer提供了转录组范围内的基因过滤和基于空间局部共表达的基因聚类功能，支持多切片3D渲染和实时基因本体注释	未明确提及具体局限性	开发工具以探索和分析大规模3D空间转录组数据中的局部基因共表达模式	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自Allen Brain Cell Atlas的数据
815	2025-07-24	Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings 2025-Jul-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60898-9 PMID:40681510	research paper	提出了一种名为Bering的图深度学习模型，用于在2D和3D空间转录组数据中进行联合噪声感知细胞分割和分子注释	利用转录共定位关系进行细胞分割和分子注释，通过转移学习和自蒸馏构建预训练模型，提高了在新数据中的分割准确性	当前方法仍依赖于细胞核或细胞体染色，可能导致转录组深度的显著损失和空间共定位模式学习能力的限制	提高空间转录组学中的细胞分割和注释准确性	2D和3D空间转录组数据	digital pathology	NA	空间转录组学	graph deep learning model	spatial transcriptomics data	NA
816	2025-07-24	The pro-cancer and immunosuppressive activity of macrophage-transformed cancer-associated fibroblasts in oral squamous cell carcinoma 2025-Jul-18, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.027 PMID:40684939	研究论文	本研究探讨了口腔鳞状细胞癌(OSCC)中巨噬细胞转化的癌症相关成纤维细胞(MMT)的促癌和免疫抑制功能	首次揭示了MMT在OSCC中的存在及其通过CXCL10途径促进肿瘤免疫抑制微环境的机制	研究主要基于小鼠模型，人类OSCC中的验证仍需进一步研究	阐明MMT的起源、功能特征及其在OSCC中的作用机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的巨噬细胞-肌成纤维细胞转化(MMT)细胞	肿瘤微环境研究	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、流式细胞术	小鼠皮下OSCC肿瘤模型	基因表达数据、病理切片图像、流式细胞数据	未明确说明具体样本数量，使用OSCC异种移植肿瘤和小鼠模型
817	2025-07-24	Machine learning assisted immune profiling of COPD identifies a unique emphysema subtype independent of GOLD stage 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112966 PMID:40687815	研究论文	本研究利用机器学习辅助免疫分析，识别出一种独立于GOLD分期的独特肺气肿亚型	通过多层次的免疫炎症特征分析和机器学习算法，揭示了COPD患者中一种独特的免疫特征亚型，该亚型与肺气肿严重程度增加和气体交换参数降低相关	研究中未明确说明样本的具体数量或代表性	探索COPD的免疫炎症特征及其与疾病异质性的关系	慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者	机器学习	慢性阻塞性肺疾病	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞转录组学、空间转录组学	机器学习算法	生物医学数据	NA
818	2025-07-24	Single cell immune profiling in ankylosing spondylitis reveals resistance of CD8+ T cells to immune exhaustion 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112715 PMID:40687839	research paper	该研究通过单细胞免疫分析揭示了强直性脊柱炎中CD8+ T细胞对免疫耗竭的抵抗机制	发现了一种在强直性脊柱炎滑液中克隆扩增的CTL亚群，该亚群表达抑制性受体但保持效应功能，且下调了典型的耗竭标志物	研究样本仅限于强直性脊柱炎患者的滑液，未涉及其他组织或疾病对照	探究强直性脊柱炎中慢性炎症持续存在的免疫学机制	强直性脊柱炎患者的CD8+ T细胞	免疫学	强直性脊柱炎	质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞基因表达数据, 蛋白质表达数据	强直性脊柱炎患者的滑液样本(具体数量未明确说明)
819	2025-07-24	Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover distinct cellular subtypes involved in neural invasion in pancreatic cancer 2025-Jul-17, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.020 PMID:40680743	研究论文	通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺癌神经侵袭中不同细胞亚型的作用	首次整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺癌神经侵袭中独特的细胞亚型和空间组织模式	样本量相对较小（25名患者，62个样本），可能限制结果的普遍性	探索胰腺癌神经侵袭的细胞机制和微环境特征	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤组织	数字病理学	胰腺癌	sc/snRNA-seq（单细胞/单核RNA测序），空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录数据	25名PDAC患者的62个样本
820	2025-07-24	Molecular characterization and functional prioritization of CD46, IL6R, KLRC1, LEAP2 and SMOX as candidate targets in acute kidney injury 2025-Jul-17, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146096 PMID:40683494	研究论文	本研究通过多组学整合框架鉴定并验证了急性肾损伤（AKI）的候选治疗靶点	利用遗传信息筛选和多组学整合方法，鉴定了五个具有生物学合理性和治疗潜力的候选靶点，并进行了体内外验证	研究仅针对五个候选靶点进行了验证，可能忽略了其他潜在的重要靶点	鉴定和验证急性肾损伤的潜在治疗靶点	CD46、IL6R、KLRC1、LEAP2和SMOX五个候选靶点	分子生物学	急性肾损伤	多组学整合分析、bulk和单细胞RNA测序、计算机药物重定位	NA	基因组数据、转录组数据	NA