本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2026-03-28 |
Modeling reproductive and pregnancy-associated tissues using organ-on-chip platforms: challenges, limitations, and the high throughput data frontier
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1568389
PMID:40236940
|
综述 | 本文综述了使用器官芯片平台建模生殖和妊娠相关组织的挑战、局限性以及高通量数据前沿 | 探讨了器官芯片技术在生殖和妊娠领域应用的创新点,包括克服现有平台限制的新方法,如空间转录组学和成像流式细胞术 | 描述了器官芯片平台的局限性,如细胞数量少、上清液体积低、制造材料限制以及分子和生化检测的不足 | 旨在评估器官芯片技术在生殖和妊娠相关生理病理建模及药物评估中的应用潜力和挑战 | 生殖和妊娠相关的器官芯片平台 | 生物医学工程 | NA | 空间转录组学、成像流式细胞术、外泌体分析 | NA | 图像、分子数据 | NA | NA | 器官芯片、微生理系统 | NA | NA |
| 802 | 2026-03-28 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Links DNMT3B and PFKFB4 Transcriptional Profiles with Metastatic Traits in Hepatoblastoma
2024-10-31, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14111394
PMID:39595571
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-Seq分析,将DNMT3B和PFKFB4的转录谱与肝母细胞瘤的转移特性联系起来 | 利用弹性网络机器学习方法识别了DNMT3B和PFKFB4作为肝母细胞瘤转移的关键预测因子,并构建了一个基于这两个酶表达的代谢评分,该评分在预测转移方面比现有分类器更敏感 | 研究基于GSE131329转录组数据集,样本来源可能有限,且未涉及实验验证或机制探讨 | 探究肝母细胞瘤中代谢酶的过表达与转移风险之间的关联,并开发预测转移的临床-生物学模型 | 肝母细胞瘤肿瘤组织与非癌性肝组织,重点关注代谢酶的表达差异 | 单细胞组学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA-Seq,转录组分析 | ElasticNet机器学习,逻辑回归模型 | 转录组数据 | 基于GSE131329转录组数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 803 | 2024-08-07 |
A New Immunological Index for the Elderly: High Proportion of Multiple TCR T Cells Based on scRNA-Seq
2024-05-07, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2023.0509-1
PMID:38722790
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 804 | 2026-03-28 |
Spatiotemporal molecular dynamics of the developing human thalamus
2023-10-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf9941
PMID:37824646
|
研究论文 | 本研究利用单细胞和多重空间转录组学技术,揭示了人类丘脑发育过程中的分子动态和细胞命运轨迹 | 首次在人类丘脑发育中应用单细胞和空间转录组学,明确了丘脑神经元在妊娠中期的分化及其分子和空间核团组织 | 研究主要聚焦于妊娠中期,未涵盖丘脑发育的完整时间范围,且样本数量有限 | 阐明人类丘脑发育过程中的分子轨迹和细胞命运特化机制 | 人类丘脑发育过程中的神经元细胞 | 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组学,空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 805 | 2026-03-28 |
Protocol for using single-cell sequencing to study the heterogeneity of NF1 nerve sheath tumors from clinical biospecimens
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102297
PMID:37167059
|
研究论文 | 本文介绍了一种从神经纤维瘤病1型相关神经鞘肿瘤中获取单细胞悬液,并在10x平台上进行转录组分析的实验方案 | 提出了一种针对临床神经鞘肿瘤样本的单细胞测序实验方案,并整合了生物信息学工具进行发育轨迹构建和比较分析 | 该方案主要针对神经纤维瘤病1型相关肿瘤,可能不适用于其他类型肿瘤,且依赖于10x平台技术 | 研究神经纤维瘤病1型相关神经鞘肿瘤的异质性 | 神经纤维瘤病1型相关的神经鞘肿瘤临床样本 | 数字病理学 | 神经纤维瘤病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x平台单细胞转录组分析 |
| 806 | 2026-03-28 |
Differentiation and single-cell RNA-seq analyses of human pluripotent-stem-cell-derived renal organoids
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102314
PMID:37220001
|
研究论文 | 本文介绍了一种将人类多能干细胞分化为肾脏类器官的协议,包括维护、分化、单细胞RNA-seq分析和验证步骤 | 提供了一种快速、可重复的人类肾脏发育和疾病建模模型,并详细描述了使用CRISPR-Cas9同源定向修复进行基因组工程以生成肾脏疾病模型 | NA | 开发人类肾脏发育和疾病建模的协议 | 人类多能干细胞衍生的肾脏类器官 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA-seq,CRISPR-Cas9 | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 807 | 2026-03-28 |
Protocol to assess fatal embolism risks from human stem cells
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102268
PMID:37133989
|
研究论文 | 本文提出了一种协议,用于识别人类脂肪来源多能基质细胞(ADSCs)中促栓塞亚群并预测ADSC输注的致命栓塞风险 | 开发了一种结合单细胞RNA-seq数据分析和数学建模的协议,以预测干细胞治疗中的栓塞风险 | 协议细节依赖于先前研究(Yan et al., 2022),可能需进一步验证 | 评估干细胞治疗中的栓塞风险,以提升细胞质量和临床应用安全性 | 人类脂肪来源多能基质细胞(ADSCs) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq | 数学模型 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 808 | 2026-03-28 |
Isolation of human cutaneous immune cells for single-cell RNA sequencing
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102239
PMID:37120815
|
研究论文 | 本文介绍了一种从人类皮肤中分离高活性免疫细胞用于单细胞RNA测序的协议 | 提出了一种针对人类皮肤屏障特性的高活性免疫细胞分离方法,适用于单细胞RNA测序 | 协议依赖于酶解和流式细胞术,可能对细胞活性有特定要求,且未详细讨论所有潜在技术挑战 | 开发一种从人类皮肤中分离免疫细胞的方法,以支持单细胞RNA测序在炎症性疾病研究中的应用 | 人类皮肤活检样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 809 | 2026-03-28 |
Protocol for analyzing γδ T cells from the vagina of diet-induced obese mice using single-cell RNA sequencing and flow cytometry
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102278
PMID:37289592
|
研究论文 | 本文介绍了一种在高脂饮食诱导的肥胖小鼠中,通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析阴道γδ T细胞的实验方案 | 开发了针对肥胖小鼠阴道γδ T细胞分析的综合实验方案,结合单细胞RNA测序和流式细胞术,以研究肥胖对生殖器疱疹易感性的影响 | NA | 研究肥胖如何影响生殖器疱疹(由HSV-2引起)的易感性,并分析阴道γδ T细胞在其中的作用 | 高脂饮食诱导的肥胖小鼠的阴道γδ T细胞 | 数字病理学 | 生殖器疱疹 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 810 | 2026-03-28 |
Protocol for tumor dissociation and fluorescence-activated cell sorting of human head and neck cancers
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102294
PMID:37149858
|
protocol | 本文描述了一种用于新鲜人类头颈部肿瘤标本解离及荧光激活细胞分选获取活性单细胞的逐步操作方案 | 提供了一种标准化的头颈部肿瘤组织解离与单细胞分选流程,支持下游单细胞RNA测序和三维患者来源类器官生成等应用 | NA | 建立头颈部肿瘤单细胞研究的前处理实验方案 | 人类头颈部肿瘤组织 | digital pathology | head and neck cancer | fluorescence-activated cell sorting (FACS), single-cell RNA sequencing, organoid culture | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 811 | 2026-03-28 |
Isolating peripheral blood mononuclear cells from HIV-infected patients for single-cell RNA sequencing and integration analysis
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102222
PMID:37060557
|
研究论文 | 本文介绍了一种从HIV感染患者中分离外周血单个核细胞并进行单细胞RNA测序及整合分析的实验方案 | 结合10x Genomics单细胞测序技术和Illumina NovaSeq平台,对HIV感染患者的PBMCs进行单细胞转录组分析,并整合B细胞亚群功能和BCR受体库轨迹分析 | 未提及样本量大小或具体患者特征,可能限制结果的普适性 | 研究HIV感染对免疫细胞转录组的影响 | HIV感染患者的外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics protocol, Illumina NovaSeq 6000 | 10x Genomics单细胞测序方案结合Illumina NovaSeq 6000测序平台 |
| 812 | 2026-03-27 |
Retinoic acid regulates fetoplacental vascularization via notch signaling and a SEMA3E/F-PLEXIND1 axis
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115205
PMID:41884003
|
研究论文 | 本研究探讨了视黄酸通过Notch信号和SEMA3E/F-PLEXIND1轴调控胎盘血管化的机制 | 首次揭示了视黄酸缺乏通过影响Notch信号和PLEXIND1-SEMA3E/F轴导致胎盘内皮细胞过度增殖和动静脉重塑障碍 | 研究主要基于小鼠模型,人类胎盘中的机制仍需进一步验证 | 研究视黄酸在胎盘血管化中的作用机制 | Raldh2缺陷胚胎的胎盘细胞 | 发育生物学 | 妊娠并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | E9.5胚胎的胎盘细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 813 | 2026-03-27 |
Small and Large Extracellular Vesicles in Circulation of Diffuse Large B-Cell Lymphoma Patients Originate From Different Cell Types of the Tumor Microenvironment
2026-Apr, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70259
PMID:41885389
|
研究论文 | 本研究探讨了弥漫性大B细胞淋巴瘤患者循环中小型与大型细胞外囊泡的来源及其在肿瘤微环境中的细胞特异性分泌差异 | 首次通过单细胞测序数据反卷积分析揭示循环中小型与大型细胞外囊泡分别源自肿瘤微环境中的恶性细胞与非恶性免疫细胞 | 研究样本量有限,且主要基于体外细胞培养和血浆分析,未直接验证体内分泌动态 | 解析弥漫性大B细胞淋巴瘤患者循环细胞外囊泡的细胞来源及其作为液体活检标志物的潜力 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的血浆样本及体外培养的DLBCL细胞 | 肿瘤生物学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 密度梯度分离、可调电阻脉冲传感分析、小RNA测序、信使RNA测序、单细胞测序 | Statescope算法 | 测序数据、传感数据 | 17例DLBCL肿瘤组织的单细胞测序数据及患者血浆样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 814 | 2026-03-27 |
LLOT: application of Laplacian Linear Optimal Transport in spatial transcriptome reconstruction
2026-Jan-06, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujag046
PMID:41885893
|
研究论文 | 本文提出了一种名为LLOT的可解释方法,用于整合单细胞和空间转录组学数据,以在全基因组和单细胞分辨率下重建缺失的空间信息 | LLOT通过迭代校正平台效应并利用拉普拉斯最优传输,将空间转录组学数据中的每个点分解为空间平滑的单细胞概率混合,提供了一种可解释且通用的框架 | NA | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,以重建组织中的空间基因表达和推断细胞位置 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据(如原位杂交、Slide-seq、10x Visium和Visium HD) | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学技术(如原位杂交、Slide-seq、10x Visium、Visium HD) | 拉普拉斯线性最优传输(LLOT) | 基因表达数据(包括单细胞和空间数据) | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, Visium HD | 10x Visium和Visium HD用于空间转录组学测量 |
| 815 | 2026-03-27 |
ANGPTL3 in Podocytes Contributes to the Pathogenesis of Lupus Nephritis by Activating MSR1 in Macrophages
2026 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000550803
PMID:41883862
|
研究论文 | 本研究揭示了ANGPTL3在足细胞中通过激活巨噬细胞上的MSR1,促进狼疮性肾炎中干扰素偏向性炎症的关键机制 | 首次发现ANGPTL3作为MSR1的配体,并证实其在狼疮性肾炎中连接足细胞损伤与巨噬细胞驱动炎症的新轴心 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证相对有限,且未深入探讨其他潜在受体或信号通路 | 探究ANGPTL3在足细胞中是否通过激活巨噬细胞的MSR1驱动狼疮性肾炎的干扰素偏向性炎症 | 狼疮性肾炎的足细胞与巨噬细胞相互作用 | NA | 狼疮性肾炎 | 分泌组蛋白-蛋白相互作用筛选、免疫共沉淀、RNA测序、siRNA沉默、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、组织标本数据 | 小鼠模型、人类肾活检标本、Nephroseq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 816 | 2026-03-27 |
Integrating Single-Cell and Microarray Data to Explore the Role of Autophagy-Related Gene Atg7 in Osteoporosis
2026, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S579167
PMID:41884166
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和微阵列数据,探索自噬相关基因Atg7在骨质疏松症中的作用 | 整合单细胞转录组学和芯片数据筛选骨质疏松相关自噬基因,并结合细胞通讯和拟时序分析揭示Atg7与EYA1间充质干细胞亚群的联系 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证 | 探索自噬相关基因Atg7在骨质疏松症发生发展中的作用机制 | 骨质疏松症患者相关数据及卵巢切除(OVX)小鼠模型 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序, 微阵列, qRT-PCR, Western blot, 微CT, 免疫组化, 双标三色荧光技术 | NA | 单细胞转录组数据, 微阵列数据, 图像数据 | OVX小鼠模型及正常对照小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 817 | 2026-03-27 |
A Single-Cell Atlas of Pan-Cancer Liver Metastasis Reveals Dynamic Cellular Programs Driving Metastatic Progression and Immune Modulation
2026, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.1208
PMID:41884334
|
研究论文 | 本研究构建了一个跨多种癌症类型的肝转移单细胞转录组图谱,揭示了驱动转移进展和免疫调节的动态细胞程序 | 首次在泛癌水平上系统描绘肝转移的细胞和分子景观,定义了4个代表性的细胞程序,并阐明了从免疫活跃状态到免疫抑制环境的动态转变机制 | NA | 理解肝转移的异质性和进化机制,为靶向转移肿瘤微环境的治疗策略提供信息 | 肝转移样本中的细胞 | 数字病理学 | 多种癌症的肝转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 100个单细胞RNA测序样本,超过460,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 818 | 2026-03-27 |
Identification and Validation of a Novel Theranostic Target in Triple Negative Breast Cancer with Transcriptomics and Protein Analyses
2026, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S568001
PMID:41884418
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析,在三阴性乳腺癌中鉴定并验证了LY6E作为一个新的治疗诊断靶点 | 首次通过单细胞RNA测序结合批量RNA-seq数据,系统性地在三阴性乳腺癌中鉴定出LY6E等9个差异表达的膜蛋白,并确认LY6E作为高潜力的选择性成像和治疗靶点 | 研究样本量相对有限(8例TNBC患者),且体内验证仅使用了异种移植模型,缺乏临床样本的直接验证 | 识别三阴性乳腺癌的潜在治疗诊断靶点,以解决其因缺乏常规靶点(如雌激素、孕激素和HER2受体)而面临的成像和治疗挑战 | 三阴性乳腺癌细胞、正常乳腺细胞、TNBC患者组织样本、正常乳腺组织样本、人TNBC细胞系及免疫缺陷小鼠的异种移植肿瘤 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,Western blot | NA | 转录组数据,蛋白质表达数据 | 8例TNBC患者和11例正常患者的scRNA-seq数据;TCGA队列中162例TNBC和113例正常乳腺组织的批量RNA-seq数据;代表性TNBC细胞系及小鼠异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 819 | 2026-03-27 |
PD-1/PD-L1-CXCR3 Coexpression and CXCR3 on Intermediate Monocytes Predict Fibrosis, Leukemic Transformation, and Survival in Egyptian Philadelphia-Negative Myeloproliferative Neoplasms
2026, Clinical Medicine Insights. Oncology
DOI:10.1177/11795549261431360
PMID:41884604
|
研究论文 | 本研究探讨了PD-1/PD-L1与CXCR3共表达及CXCR3在中性单核细胞上的表达作为新型生物标志物,用于预测埃及费城染色体阴性骨髓增殖性肿瘤患者的纤维化、白血病转化和生存结局 | 首次在MPN患者中系统评估了PD-1/PD-L1与CXCR3共表达及CXCR3在单核细胞亚群上的表达作为预后生物标志物的价值,并开发了整合这些免疫标志物的增强型预后评分系统 | 研究人群仅限于埃及患者,样本量相对有限,外部验证队列规模较小,需要更大规模的多中心研究进行验证 | 评估新型免疫炎症生物标志物在预测MPN患者纤维化分级、白血病转化和生存结局中的预后效用 | 90名埃及费城染色体阴性骨髓增殖性肿瘤患者和90名匹配对照 | 血液肿瘤学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 流式细胞术、靶向二代测序、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、血清细胞因子分析 | 逻辑回归、Cox回归、随机森林、梯度提升 | 流式细胞数据、基因测序数据、RNA测序数据、血清细胞因子数据、临床数据 | 主要队列:90名MPN患者和90名对照;验证队列:30名独立埃及患者;机制验证:20名原发性骨髓纤维化患者和10名对照(bulk RNA-seq),10名PMF患者和5名对照(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,靶向二代测序 | NA | NA |
| 820 | 2026-03-27 |
Screening and molecular functional analysis of telomere-related genes in abdominal aortic aneurysms based on bioinformatics
2026, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2026.1716161
PMID:41884632
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学方法筛选并分析了腹主动脉瘤中端粒相关基因的分子特征,以识别潜在的治疗靶点 | 结合WGCNA、LASSO、SVM算法及单细胞RNA-seq数据,系统鉴定出KLF15和ZBTB16作为腹主动脉瘤的关键生物标志物,并验证了其在免疫炎症调控中的作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,实验验证仅限于体外细胞模型,缺乏体内动物模型或临床样本的进一步验证 | 探究腹主动脉瘤中端粒相关分子的特征,为开发治疗药物提供潜在靶点 | 腹主动脉瘤患者与正常对照的RNA表达数据及单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qPCR, Western blot, ELISA, 流式细胞术, Trans-well实验 | WGCNA, LASSO, SVM | 基因表达数据, 单细胞数据 | 基于公共数据集GSE57691和GSE237230,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |