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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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801 | 2025-10-05 |
Single-cell and bulk transcriptomic analyses reveal PANoptosis-associated immune dysregulation of fibroblasts in periodontitis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1671919
PMID:40977731
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研究论文 | 通过单细胞和批量转录组分析揭示牙周炎中成纤维细胞的PANoptosis相关免疫失调 | 首次在牙周炎中系统研究PANoptosis的作用机制,并整合多种机器学习模型筛选关键基因 | 样本量相对有限,需要进一步功能验证 | 探究PANoptosis在牙周炎发病机制中的作用 | 人牙龈组织和牙龈成纤维细胞,牙周炎模型小鼠 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,免疫荧光染色,qPCR,免疫组化 | 113种机器学习模型 | 单细胞转录组数据,批量转录组数据,空间转录组数据 | 牙周炎患者和健康个体的牙龈组织 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
802 | 2025-10-05 |
Myeloid-specific S100A8/A9 deficiency attenuates atrial fibrillation through prevention of TLR4/NF-kB-mediated immune cell recruitment and inflammation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1623486
PMID:40977740
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和基因敲除小鼠模型,揭示了髓系细胞来源的S100A8/A9通过TLR4/NF-κB轴促进心房颤动发生发展的分子机制 | 首次阐明髓系细胞特异性S100A8/A9在心房颤动中的致病作用及其通过TLR4/NF-κB信号通路调控免疫细胞募集和炎症反应的机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需要进一步验证;NF-κB激活剂HY-18739的药理作用机制需更深入研究 | 探究髓系细胞来源的S100A8/A9在心房颤动发病机制中的作用及其治疗潜力 | 心房颤动患者样本和单核细胞/巨噬细胞特异性S100A9条件性基因敲除小鼠 | 心血管疾病研究 | 心房颤动 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 基因敲除, 电生理检测 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 电生理数据, 组织病理数据 | 未明确具体样本数量,包括AF患者样本和基因敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
803 | 2025-10-05 |
ANXA1 and ARG2 drive T cell proliferation in ischemia-reperfusion injury: integrated bulk and single-cell transcriptomic analysis
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1673163
PMID:40977888
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研究论文 | 通过整合性转录组分析揭示ANXA1和ARG2在缺血再灌注损伤中驱动T细胞增殖的分子机制 | 首次通过整合性转录组分析识别ANXA1和ARG2作为缺血再灌注损伤中T细胞增殖的关键调控因子 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步实验验证这些基因的功能机制 | 探究缺血再灌注损伤中T细胞增殖的分子机制 | 缺血再灌注损伤模型中的T细胞 | 生物信息学 | 缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 免疫浸润分析, 分子动力学模拟 | NA | 转录组数据 | 多个器官模型的转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
804 | 2025-10-05 |
Multi-transcriptomics analysis of ferroptosis related genes reveals CAFs exosomal COX4I2 as a novel therapeutic target in osteosarcoma
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1620648
PMID:40977891
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研究论文 | 通过多转录组学分析发现CAFs外泌体COX4I2是骨肉瘤铁死亡治疗的新靶点 | 首次发现CAFs通过外泌体传递COX4I2蛋白抑制骨肉瘤细胞铁死亡的新机制 | 铁死亡在骨肉瘤中的预后意义和调控机制仍需进一步探索 | 探究铁死亡相关基因在骨肉瘤中的预后价值和调控机制 | 骨肉瘤细胞系143B、癌症相关成纤维细胞(CAFs)、裸鼠 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, Western blot, 共聚焦显微镜, 透射电子显微镜 | LASSO回归, SVM, RF, XGBoost, BORUTA | RNA测序数据, 蛋白质数据, 细胞成像数据 | 两个独立GEO队列(GSE21257和GSE39055), 体外细胞实验, 裸鼠体内实验 | NA | 单细胞RNA-seq, 外泌体分析 | NA | NA |
805 | 2025-10-05 |
scAGG: Sample-level embedding and classification of Alzheimer's disease from single-nucleus data
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.08.009
PMID:40977903
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研究论文 | 提出scAGG模型,利用单细胞RNA测序数据进行阿尔茨海默病的样本级分类 | 开发了样本级池化机制来聚合单细胞嵌入,能够从单细胞数据中学习疾病严重程度的细胞排序 | 注意力模型的解释性有限 | 利用单细胞RNA测序数据进行阿尔茨海默病的样本级分类和疾病机制研究 | 阿尔茨海默病患者和健康对照的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 样本级池化模型,注意力模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
806 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cellular Heterogeneity and Microenvironmental Remodeling in Human Ureteral Scar Stricture Tissue
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S540340
PMID:40979497
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了人类输尿管瘢痕狭窄组织的单细胞转录组图谱,揭示了细胞异质性和微环境重塑 | 首次构建了输尿管瘢痕狭窄组织的高分辨率单细胞图谱,揭示了细胞亚群动态变化和细胞间通讯网络 | 样本量较小(3例正常对照和3例患者),需要更大规模研究验证发现 | 揭示输尿管瘢痕狭窄组织的细胞异质性和微环境重塑机制 | 人类输尿管组织(正常对照和瘢痕狭窄患者) | 单细胞转录组学 | 输尿管瘢痕狭窄 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光, 免疫组织化学 | Seurat, Harmony, Monocle2, CellChat, SCP | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 6例样本(3例正常对照,3例患者) | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq 6000, MobiNova-100 | MobiNova-100单细胞平台,Illumina NovaSeq 6000测序系统 |
807 | 2025-10-05 |
Integrative analysis of single-cell and microarray data reveals SPI1-centered macrophage regulatory signatures in ulcerative colitis
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1617834
PMID:40979590
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和微阵列数据分析,揭示了转录因子SPI1在溃疡性结肠炎巨噬细胞极化中的核心调控作用 | 首次构建了以SPI1为中心的巨噬细胞调控网络,并鉴定出IRAK3、IL1RN、CD55和PEA15等关键下游靶基因 | 研究主要基于体外实验,需要进一步的体内验证;样本量相对有限 | 探索溃疡性结肠炎中巨噬细胞极化的分子调控机制 | 溃疡性结肠炎患者的肠道组织巨噬细胞 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 微阵列, 基因调控网络分析, 机器学习算法 | LASSO, RFE-RF, SVM-RFE | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
808 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing in studies of type 1 diabetes mellitus: modern state-of-the-art and technical peculiarities
2025, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2025.1663728
PMID:40979707
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综述 | 本文总结了单细胞RNA测序技术在1型糖尿病研究中的应用现状和技术特点 | 系统梳理了scRNA-seq在T1DM研究中的最新进展,重点关注不同免疫细胞亚群间的相互作用和疾病早期特异性基因表达 | 作为综述文章,不涉及原始研究数据的产生和分析 | 探讨scRNA-seq技术在1型糖尿病发病机制研究中的应用价值 | 1型糖尿病患者和模型动物的胰腺细胞、免疫细胞及外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
809 | 2025-10-05 |
Inducible pluripotent stem cells to study human mast cell trajectories
2024-Oct, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2024.07.003
PMID:39038754
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研究论文 | 本研究开发了一种从诱导多能干细胞分化人类肥大细胞的体外模型,用于研究人类肥大细胞的分化轨迹 | 首次建立了基于iPSC的人类肥大细胞分化模型,通过单细胞RNA测序揭示了肥大细胞前体亚型和成熟状态的转录特征 | 研究仅限于体外模型系统,可能无法完全模拟体内肥大细胞发育的复杂性 | 研究人类肥大细胞的分化轨迹和亚型特征 | 人类诱导多能干细胞分化的肥大细胞及其前体细胞 | 细胞生物学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 细胞学分析 | 体外细胞分化模型 | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 2050个单细胞(来自第4周MCFC培养物) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
810 | 2025-10-05 |
Identification of Regulatory RNA-Binding Proteins Associated with Immune Infiltration in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma
2024-08-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300498
PMID:38912837
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研究论文 | 通过分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,识别与喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的调控性RNA结合蛋白和可变剪接事件 | 首次系统鉴定与喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的RNA结合蛋白及其调控的可变剪接事件,发现RBM47在髓系细胞中上调并与预后显著相关 | 样本量有限(20对癌与癌旁组织),仅使用公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索RNA结合蛋白和可变剪接事件在喉鳞状细胞癌免疫浸润中的作用机制 | 喉鳞状细胞癌组织和免疫细胞 | 生物信息学 | 喉癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,可变剪接分析 | edgeR差异表达分析,科学反卷积算法 | RNA测序数据,单细胞RNA测序数据 | 20对喉癌和癌旁组织,117个喉癌样本,2个单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
811 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies WARS1+ Mesenchymal Stem Cells with Enhanced Immunomodulatory Capacity and Improved Therapeutic Efficacy
2024-08-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300752
PMID:38856632
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定具有增强免疫调节能力的WARS1+间充质干细胞,并验证其在银屑病治疗中的疗效提升 | 首次发现WARS1是增强脐带间充质干细胞免疫调节能力的关键调控因子,并阐明其通过RhoA-Akt轴发挥作用 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 提高脐带间充质干细胞对银屑病的治疗效果 | 脐带来源的间充质干细胞和银屑病小鼠模型 | 单细胞测序 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
812 | 2025-10-05 |
Single-cell landscape of functionally cured chronic hepatitis B patients reveals activation of innate and altered CD4-CTL-driven adaptive immunity
2024-07, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.017
PMID:38423478
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研究论文 | 本研究通过单细胞技术揭示了功能性治愈慢性乙型肝炎患者的免疫病理特征 | 首次在单细胞分辨率下系统比较了慢性乙型肝炎与功能性治愈患者的肝内组织和外周血免疫细胞状态,发现了CD4细胞毒性T淋巴细胞和天然免疫细胞激活等新机制 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 探索慢性乙型肝炎功能性治愈的免疫病理机制和生物标志物 | 慢性乙型肝炎患者和功能性治愈患者的肝内组织及匹配的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据, 免疫荧光图像 | 慢性乙型肝炎和功能性治愈患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
813 | 2025-10-05 |
Lupus dermal fibroblasts are proinflammatory and exhibit a profibrotic phenotype in scarring skin disease
2024-02-15, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173437
PMID:38358820
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研究论文 | 本研究探讨狼疮皮肤成纤维细胞的炎症反应特征及其在瘢痕形成中的作用机制 | 首次揭示系统性红斑狼疮成纤维细胞对炎症的过度反应特性,并发现瘢痕与非瘢痕患者存在差异性的TGF-β反应通路 | 样本量有限(56例),仅针对皮肤成纤维细胞进行研究 | 探究皮肤狼疮患者瘢痕形成的细胞机制 | 系统性红斑狼疮和皮肤狼疮患者的真皮成纤维细胞 | 细胞生物学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序,细胞因子刺激实验 | NA | 基因表达数据 | 22例狼疮患者和34例健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
814 | 2025-10-05 |
Single-cell analyses of metastatic bone marrow in human neuroblastoma reveals microenvironmental remodeling and metastatic signature
2024-02-15, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173337
PMID:38358826
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析神经母细胞瘤骨转移骨髓微环境,揭示免疫细胞重塑和转移特征 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘神经母细胞瘤骨转移微环境的细胞组成和转录重编程特征 | 样本量相对有限,需要更大队列验证发现 | 探究神经母细胞瘤骨转移的微环境机制和开发新治疗策略 | 神经母细胞瘤患者的骨髓样本 | 单细胞组学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包含转移和非转移患者的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
815 | 2025-10-05 |
Identification of type 2 diabetes- and obesity-associated human β-cells using deep transfer learning
2024-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.18.576260
PMID:38328172
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研究论文 | 本研究应用深度迁移学习工具DEGAS识别与2型糖尿病和肥胖相关的人类β细胞亚群 | 首次使用深度迁移学习工具DEGAS将疾病关联映射到单细胞RNA-seq数据中,识别出特定的β细胞亚群 | 研究样本量有限,未来需要扩展到更多人类胰岛组学数据集 | 优先识别与疾病相关的β细胞亚群以更好理解2型糖尿病发病机制并确定靶向治疗相关基因 | 人类胰腺胰岛β细胞 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA-seq, 免疫染色 | 深度迁移学习 | 单细胞RNA-seq数据, 批量表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
816 | 2025-10-05 |
Identification of tumor immunophenotypes associated with immunotherapy response in bladder cancer
2023-12, International journal of urology : official journal of the Japanese Urological Association
IF:1.8Q3
DOI:10.1111/iju.15276
PMID:37602677
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研究论文 | 本研究通过分析膀胱癌的免疫表型特征,开发了预测免疫治疗响应的新方法 | 建立了基于肿瘤免疫细胞评分的免疫表型分类系统,并识别了与免疫治疗响应相关的特征基因 | 研究主要基于公开数据集,缺乏独立验证队列的全面验证 | 揭示膀胱癌中与免疫治疗响应相关的免疫表型特征 | 膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | 风险评分模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 多个数据集(GSE32894、Imvigor210、GSE145140) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
817 | 2025-10-05 |
An integrated study to decipher immunosuppressive cellular communication in the PDAC environment
2023-11-10, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-023-00320-6
PMID:37945567
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研究论文 | 通过整合空间转录组学、单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示胰腺导管腺癌免疫抑制微环境中肿瘤相关巨噬细胞通过LGALS9基因介导的细胞通讯机制 | 首次整合多种转录组学技术系统解析PDAC免疫抑制微环境中的细胞通讯网络,发现TAMs通过LGALS9-P4HB相互作用轴在免疫抑制中的核心作用 | 研究样本量有限,机制验证实验不足,需要进一步功能实验确认LGALS9-P4HB相互作用的生物学意义 | 解析胰腺导管腺癌免疫抑制微环境中的细胞通讯机制 | 胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的各类细胞,特别是肿瘤相关巨噬细胞 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学, scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
818 | 2025-10-05 |
Transgenic ferret models define pulmonary ionocyte diversity and function
2023-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06549-9
PMID:37730992
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研究论文 | 本研究通过构建转基因雪貂模型揭示肺离子细胞的多样性和功能 | 首次在非啮齿类哺乳动物中建立条件性遗传雪貂模型,用于研究肺离子细胞生物学 | 研究仅限于雪貂模型,需要进一步验证在人类中的适用性 | 阐明肺离子细胞在气道生理和囊性纤维化疾病中的作用 | 转基因雪貂模型和囊性纤维化雪貂模型 | 发育生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞转录组测序, 体内谱系追踪 | 条件性遗传模型 | 基因表达数据, 生理功能数据 | 多种转基因雪貂模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
819 | 2025-10-05 |
Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism
2023-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06473-y
PMID:37704762
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研究论文 | 开发CHOOSE系统用于自闭症高风险基因的脑类器官筛选,揭示这些基因对细胞命运决定的影响 | 开发了CRISPR-人类类器官-单细胞RNA测序(CHOOSE)系统,首次在嵌合类器官中进行高通量功能缺失筛选 | 研究仅限于36个高风险自闭症基因,且类器官模型可能无法完全模拟人脑发育的复杂性 | 研究自闭症谱系障碍相关基因在人类大脑发育过程中的作用机制 | 人类脑类器官和患者特异性诱导多能干细胞衍生的类器官 | 发育生物学 | 自闭症谱系障碍 | CRISPR-Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序, 染色质分析 | 基因调控网络 | 单细胞转录组数据, 染色质数据 | 36个高风险自闭症基因的扰动分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
820 | 2025-10-05 |
Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids
2023-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05279-8
PMID:36198796
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术分析人脑类器官发育过程,建立了基因调控网络推断框架Pando,并利用遗传扰动揭示了转录因子GLI3在端脑命运决定中的关键作用 | 开发了整合多组学数据的Pando框架来推断全局基因调控网络,并通过单细胞水平的遗传扰动验证转录因子功能 | 基于类器官模型的研究可能无法完全模拟体内大脑发育的复杂性 | 解析人脑发育过程中的基因调控网络 | 人多能干细胞衍生的神经类器官 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序, 单细胞染色质可及性检测, 遗传扰动 | 基因调控网络推断模型 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 密集时间点的类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |