单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
801	2025-05-28	Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria 2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adr0932 PMID:39847624	research paper	该论文介绍了一种名为bacterial-MERFISH的新方法，用于在细菌中实现高通量、空间分辨的转录组分析	结合1000倍体积扩展与MERFISH技术，解决了细菌信使RNA高密度带来的技术难题，实现了对单个细菌内数千个操纵子的空间解析	NA	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌（特别是肠道共生菌）	spatial transcriptomics	NA	multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization (MERFISH)	NA	spatial transcriptomic data	NA
802	2025-05-28	Regionalized cell and gene signatures govern esophageal epithelial homeostasis 2025-01-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.025 PMID:39426382	研究论文	本文通过区域解析的Smart-seq3单细胞测序技术，构建了成年小鼠食管的全面细胞图谱，揭示了食管上皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞的非均匀分布及其区域化特征	首次使用区域解析的单细胞测序技术揭示食管细胞和基因特征的区域化差异，并验证了WNT、BMP、IGF和NRG信号通路在食管轴上的差异性参与	研究仅针对小鼠模型，人类食管可能存在差异	理解食管区域化的细胞和转录框架，为上皮疾病易感性提供功能基础	成年小鼠食管上皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞	单细胞测序	食管疾病	Smart-seq3单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	成年小鼠食管组织
803	2025-05-28	Elucidating the role of pyrimidine metabolism in prostate cancer and its therapeutic implications 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86052-5 PMID:39814835	研究论文	本研究探讨了嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其与免疫微环境、药物敏感性和肿瘤突变负荷的关联	揭示了嘧啶代谢相关基因在前列腺癌P2亚组中的显著上调，以及其与免疫细胞调节和药物敏感性的潜在联系	研究主要基于转录组和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	阐明嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其治疗意义	前列腺癌样本	肿瘤代谢	前列腺癌	转录组分析, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
804	2025-05-28	Integrated bioinformatics analysis identified cuproptosis-related hub gene Mpeg1 as potential biomarker in spinal cord injury 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86170-0 PMID:39814871	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析，确定了铜死亡相关枢纽基因Mpeg1作为脊髓损伤的潜在生物标志物	首次揭示了铜死亡在脊髓损伤中的作用，并鉴定了Mpeg1作为关键基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探索铜死亡在脊髓损伤中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	脊髓损伤样本和铜死亡相关基因	生物信息学	脊髓损伤	RNA测序、ssGSEA、WGCNA、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	GEO数据库中的1、3、7天脊髓损伤样本
805	2025-05-28	Integrating single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq data to explore the key role of fatty acid metabolism in hepatocellular carcinoma 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85506-0 PMID:39814999	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索脂肪酸代谢在肝细胞癌（HCC）中的关键作用	首次结合单细胞RNA测序和WGCNA分析，识别出与HCC预后相关的脂质代谢基因，并发现PTGES3作为核心基因与免疫细胞浸润及不良预后相关	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	探索脂质代谢在肝细胞癌进展中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 分子对接	NA	RNA测序数据, 临床数据	来自TCGA和GEO数据库的HCC患者转录组和临床数据集
806	2025-05-28	Multimodal screen identifies noise-regulatory proteins 2025-01-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.015 PMID:39406240	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、蛋白质组学和调控因子富集分析，识别出32个潜在的噪声调控蛋白，并发现SON蛋白能在不改变平均表达水平的情况下调控转录噪声	首次发现一类能够独立于平均表达水平调控基因表达噪声的蛋白质，特别是SON蛋白的噪声调控功能及其对细胞命运选择的影响	研究仅在小鼠胚胎干细胞中验证了SON蛋白的功能，尚未在其他细胞类型或生物体中广泛验证	探索是否存在能够独立于平均表达水平调控基因表达噪声的蛋白质或通路	基因表达噪声调控蛋白，特别是SON蛋白	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、蛋白质组学、调控因子富集分析、长读长RNA测序、总RNA测序	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	NA
807	2025-05-28	Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02031-y PMID:39753771	research paper	通过多祖先精细定位分析192个风险区域，优化乳腺癌遗传风险和生物学理解	识别了332个独立的乳腺癌风险关联信号，包括131个先前未报告的信号，并将50个信号的潜在因果变异缩小到单个变异	虽然识别了大量关联信号和候选易感基因，但大多数因果变异和目标基因仍未知	优化乳腺癌遗传风险和生物学理解	172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照的基因组关联研究数据	基因组学	乳腺癌	基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、体外实验	NA	基因组数据	172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照
808	2025-05-28	scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data 2025, BMC methods DOI:10.1186/s44330-025-00029-4 PMID:40401145	research paper	介绍了一种名为scAI-SNP的工具，用于直接从单细胞基因组数据推断祖先信息	开发了scAI-SNP工具，能够直接从单细胞数据中推断祖先，解决了自我报告种族和民族信息的偏差和不可用性问题	NA	确保单细胞图谱能够代表人类遗传多样性，通过推断数据捐赠者的祖先信息	单细胞基因组数据	基因组学	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	NA	单细胞基因组数据	3201名来自26个种群群体的个体
809	2025-05-28	Bulk and single-cell RNA sequencing identify prognostic signatures related to FGFBP2+ NK cell in hepatocellular carcinoma 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19337 PMID:40416605	research paper	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别了与FGFBP2+ NK细胞相关的肝细胞癌（HCC）预后标志物	首次利用单细胞RNA测序技术分析FGFBP2+ NK细胞在HCC中的异质性及其与预后的关系，并构建了RiskScore模型	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏独立队列验证	识别与FGFBP2+ NK细胞相关的HCC预后标志物，探索其作为潜在治疗靶点的可能性	肝细胞癌（HCC）组织和FGFBP2+ NK细胞	digital pathology	liver cancer	bulk RNA-seq, scRNA-seq	RiskScore model	RNA sequencing data	未明确说明样本数量，数据来源于公共数据库
810	2025-05-28	Single-cell and spatial transcriptomics reveal correlation between RNA methylation-related miRNA risk model and immune infiltration in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1553239 PMID:40416872	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了RNA甲基化相关miRNA风险模型与肝细胞癌免疫浸润之间的相关性	首次构建了基于RNA甲基化相关miRNAs（RMRMs）的风险评分模型，并发现其与HCC免疫微环境的相关性	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验	探索RNA甲基化相关miRNAs在肝细胞癌免疫微环境中的作用及其预后预测价值	肝细胞癌（HCC）患者样本和Huh-7细胞系	digital pathology	liver cancer	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、miRNA测序	machine learning	RNA-seq数据、单细胞数据、空间转录组数据	未明确说明患者样本量（包含高风险和低风险组），体外实验使用Huh-7细胞系
811	2025-05-28	Uncovering key regulatory pathways and prognostic biomarkers in the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian cancer through single-cell RNA sequencing and experimental validation 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1591430 PMID:40416874	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的关键调控通路和预后生物标志物	发现了PTN信号通路作为潜在治疗靶点，并确定SDC4作为预后不良的生物标志物	需要进一步研究以全面阐明SDC4在卵巢癌进展中的功能作用	识别高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的新型调控靶点和信号通路	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR、Western blotting	NA	RNA测序数据、临床数据	GSE146026数据集中的HGSOC样本、TCGA数据集、OVCAR3和SKOV3卵巢癌细胞系
812	2025-05-28	Acetylcholine from tuft cells promotes M2 macrophages polarization in Hirschsprung-associated enterocolitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559966 PMID:40416975	研究论文	本研究探讨了乙酰胆碱（ACH）在先天性巨结肠相关肠炎（HAEC）中的抗炎机制及其来源	首次发现tuft细胞分泌的ACH通过促进M2巨噬细胞极化在HAEC中发挥抗炎作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索ACH在HAEC中的抗炎机制，为HAEC的防治提供新方向	先天性巨结肠相关肠炎（HAEC）	医学研究	先天性巨结肠	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫荧光、Western blot、RT-qPCR、ELISA、类器官培养	Ednrb-/-小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，使用Ednrb-/-小鼠和体外培养的类器官
813	2025-05-28	Single-cell transcriptomic analysis identifies a stress response Schwann cell subtype 2025, Open medicine (Warsaw, Poland) DOI:10.1515/med-2025-1186 PMID:40417312	research paper	通过单细胞转录组学分析，鉴定出一种与压力感知相关的雪旺细胞亚型（SRSCs），并揭示其在周围神经损伤修复中的关键作用	首次发现并命名了一种新的雪旺细胞亚型（SRSCs），揭示了其在压力感知和神经损伤修复中的独特功能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究雪旺细胞在周围神经系统中的异质性及其在神经损伤修复中的作用	正常和脊髓神经损伤小鼠模型的背根神经节中的雪旺细胞	单细胞转录组学	周围神经疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠背根神经节细胞
814	2025-05-28	Integration of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing to Identify RNA Modifications-Related Prognostic Signature in Ovarian Cancer 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S523878 PMID:40417417	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别与RNA修饰相关的卵巢癌预后特征基因	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别与RNA修饰相关的卵巢癌预后基因，并构建风险预测模型	研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立队列验证	识别和验证与RNA修饰相关的卵巢癌预后基因	卵巢癌患者	数字病理	卵巢癌	RNA测序（包括批量RNA测序和单细胞RNA测序），RT-qPCR	LASSO回归	RNA测序数据	公共数据库中的卵巢癌患者RNA测序数据
815	2025-05-28	Association of High Tumor-Stroma Ratio with Prostate Cancer Progression: Insights from Clinical and Genomic Data 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S515066 PMID:40417419	研究论文	本研究探讨了肿瘤间质比例（TSR）在前列腺癌中的预后价值，并通过临床病理数据和RNA测序技术探索了肿瘤-间质相互作用及潜在治疗靶点	首次系统评估TSR在前列腺癌中的预后意义，发现间质细胞相关基因BGN可作为潜在治疗靶点，并预测了针对高TSR患者的抗癌药物靶点	研究采用回顾性设计，需要前瞻性验证	评估肿瘤间质比例在前列腺癌中的预后价值并探索肿瘤-间质相互作用机制	前列腺腺癌患者（两个队列：TCGA队列453例和LUSH队列320例）	数字病理学	前列腺癌	bulk/single-cell RNA测序、数字图像分析、定量实时PCR、体外实验和体内异种移植实验	多变量Cox回归	临床病理数据、RNA测序数据、图像数据	773例前列腺癌患者（TCGA 453例 + LUSH 320例）
816	2025-05-28	Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals increased arachidonic acid metabolism in osteoarthritic chondrocytes 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1552029 PMID:40417665	research paper	通过整合分析大量和单细胞RNA测序数据，揭示了骨关节炎软骨细胞中花生四烯酸代谢的增加	首次揭示了MIF刺激软骨细胞通过激活ERK/PLA2G4A信号通路增加花生四烯酸产生的机制	研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本量有限	探究骨关节炎中软骨细胞的代谢调控机制	人类膝关节软骨细胞	digital pathology	osteoarthritis	RNA-seq, scRNA-seq, GSVA, WGCNA, qPCR, WB, ELISA, IHC	NA	RNA sequencing data, protein expression data	公共数据库数据及OA患者软骨样本
817	2025-05-28	Near-infrared fluorescent nanoprobe enables noninvasive, longitudinal monitoring of graft outcome in RPE transplantation 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1583790 PMID:40417666	研究论文	开发了一种近红外荧光纳米探针，用于无创、长期监测视网膜色素上皮细胞移植后的移植效果和免疫排斥反应	利用近红外荧光纳米探针标记供体RPE细胞，实现了移植细胞在体内的长期追踪和免疫排斥反应的评估	纳米探针信号强度随时间减弱，且信号分布扩展至脉络膜，可能影响长期监测的准确性	开发一种简单有效的方法，用于定量评估RPE细胞移植的治疗效果和免疫排斥反应	视网膜色素上皮细胞（RPE）移植和免疫排斥反应	生物医学工程	视网膜退行性疾病	近红外荧光成像、免疫荧光染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	荧光信号图像、RNA测序数据	小鼠模型
818	2025-05-28	Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer 2024-Dec, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-024-10316-z PMID:39424682	研究论文	本研究探讨了CENP-N介导的SEPT9甲基化在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用	发现CENP-N通过介导SEPT9甲基化促进有氧糖酵解和肝转移的新通路	NA	探索抑制结直肠癌进展和肝转移的潜在治疗靶点	结直肠癌细胞	肿瘤学	结直肠癌	单细胞RNA测序、甲基化特异性PCR (MSP)、ChIP实验	NA	基因表达数据、甲基化数据	NA
819	2025-05-28	OrthologAL: A Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2024-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.25.625000 PMID:39651293	研究论文	介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据质量感知地转换为人类同源数据	利用BioMart数据库访问Ensembl中的不同基因集，无需用户生成代码即可实现非人类转录组的人类同源转换	未提及具体局限性	促进药物转录组学数据库在临床前研究模型中的应用，并简化非人类转录组的人类同源转换	单细胞或其他高维基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	Shiny应用	基因表达数据	包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型、小鼠和大鼠脊髓损伤模型的数据
820	2025-05-28	Controlling human stem cell-derived islet composition using magnetic sorting 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.19.624394 PMID:39605713	research paper	该研究开发了一种使用磁激活细胞分选（MACS）技术富集干细胞衍生胰岛（SC-islets）中CD49a标记的β细胞的方法，以提高其治疗1型糖尿病的潜力	首次利用MACS技术对SC-islets进行CD49a标记的β细胞富集，显著提升了β细胞比例和功能	研究仅针对CD49a标记进行富集，可能忽略了其他潜在的重要细胞标记	提高干细胞衍生胰岛中β细胞的比例和功能，以改善1型糖尿病的细胞替代治疗	人类多能干细胞（hPSCs）衍生的胰岛细胞	干细胞研究	1型糖尿病	磁激活细胞分选（MACS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、免疫染色图像	人类多能干细胞衍生的胰岛细胞样本