单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30257 篇文献，本页显示第 801 - 820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2025-07-23 |
Deficiency of histone lysine methyltransferase SETDB2 in hematopoietic cells promotes vascular inflammation and accelerates atherosclerosis
2021-06-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147984
PMID:34003795
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research paper | 该研究探讨了组蛋白赖氨酸甲基转移酶SETDB2在造血细胞中的缺失如何促进血管炎症并加速动脉粥样硬化 | 首次发现SETDB2在动脉粥样硬化病变中表达上调，并揭示其在调控巨噬细胞活化和炎症反应中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究SETDB2在动脉粥样硬化发展中的分子机制 | 人类和小鼠的动脉粥样硬化病变及造血细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | Ldlr敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 小鼠模型及人类动脉粥样硬化病变样本 |
| 802 | 2025-07-23 |
TWO-SIGMA: A novel two-component single cell model-based association method for single-cell RNA-seq data
2021-03, Genetic epidemiology
IF:1.7Q3
DOI:10.1002/gepi.22361
PMID:32989764
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研究论文 | 本文开发了一种名为TWO-SIGMA的新型双组分单细胞模型关联方法，用于单细胞RNA测序数据中的差异表达分析 | TWO-SIGMA是首个能够同时实现多项特性的scRNA-seq数据分析方法，包括不要求对数转换结果、允许过度分散和零膨胀计数、通过随机效应项适应同一样本细胞间的相关性结构等 | 未明确提及具体局限性，但可能包括对特定数据结构的依赖或计算复杂度 | 开发一种灵活且功能全面的单细胞RNA测序数据分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 混合效应逻辑回归模型和混合效应负二项回归模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 803 | 2025-07-22 |
Single-cell transcriptomic profiling uncovers cellular complexity and microenvironment in gastric tumorigenesis associated with Helicobacter pylori
2025-Aug, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.10.012
PMID:39414226
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了幽门螺杆菌相关胃癌发生过程中的细胞复杂性和微环境变化 | 首次构建了涵盖胃炎、肠上皮化生和胃癌的单细胞图谱，揭示了幽门螺杆菌阳性样本中特异的细胞间通讯网络 | 样本量相对较小(18例)，验证队列需要进一步扩大 | 阐明幽门螺杆菌驱动的胃癌发生过程中的细胞异质性和分子机制 | 人类胃组织样本(胃炎、肠上皮化生和胃癌) | 单细胞组学 | 胃癌 | scRNA-seq, 免疫荧光, 免疫组化, qRT-PCR, 生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 18例胃组织标本(胃炎/肠上皮化生/胃癌) |
| 804 | 2025-07-22 |
Derlin-3 manipulates the endoplasmic reticulum stress and IgG4 secretion of plasma cells in lung adenocarcinoma
2025-Aug, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03435-8
PMID:40369338
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研究论文 | 本研究探讨了Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中通过内质网应激调控浆细胞IgG4分泌的机制 | 首次揭示了Derlin-3通过Hrd1/p38/PRDM1通路调控浆细胞内质网应激和IgG4分泌的分子机制，并发现其与M2型巨噬细胞极化的关联 | 研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证 | 阐明Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的免疫调控功能 | 肺腺癌组织、B淋巴细胞（特别是浆细胞）和巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肺腺癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据、组织样本 | NA（文中未明确说明具体样本数量） |
| 805 | 2025-07-22 |
TREM-1 as a potential biomarker for malignant transformation risk in oral leukoplakia: Insights from bioinformatics and dual immunofluorescence analysis
2025-Aug, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.156088
PMID:40555060
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研究论文 | 本研究通过生物信息学和双重免疫荧光分析探讨TREM-1在口腔白斑(OLK)恶性转化中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 首次将TREM-1与OLK恶性转化风险联系起来，并通过单细胞RNA测序确定巨噬细胞是主要的TREM-1表达细胞 | 虽然TREM-1表达与恶性转化显著相关，但Cox回归未能确认这一关联 | 探索TREM-1在OLK恶性转化中的作用机制并评估其作为预后生物标志物的潜力 | 口腔白斑(OLK)患者组织样本(69例OLK和63例对照组织) | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 双重免疫荧光分析 | Cox回归模型, Kaplan-Meier分析 | 基因表达数据, 组织图像数据 | 69例OLK组织和63例对照组织 |
| 806 | 2025-07-22 |
Heterogeneity of lymphoid cells in PBMCs in the acute phase of SFTS: single-cell transcriptome profiling
2025-Jul-25, Journal of biomedical research
IF:2.2Q3
DOI:10.7555/JBR.39.20250250
PMID:40685857
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了严重发热伴血小板减少综合征（SFTS）急性期淋巴细胞功能异常的机制及糖皮质激素对淋巴细胞的调节作用 | 首次在单细胞水平解析SFTS急性期淋巴细胞异质性，揭示糖皮质激素治疗对炎症反应和病毒特异性抗体产生的双重影响 | 样本量较小（13例患者+3例健康对照），未进行长期随访验证临床结局 | 阐明SFTS急性期免疫功能障碍机制及糖皮质激素治疗对淋巴细胞的影响 | 外周血单个核细胞（PBMCs）中的淋巴细胞亚群 | 免疫学 | 病毒感染（严重发热伴血小板减少综合征） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 16例（13例急性期SFTS患者+3例健康志愿者） |
| 807 | 2025-07-22 |
A Deep Learning Approach to Assessing Cell Identity in Stem Cell-Based Embryo Models
2025-Jul-22, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2025_654
PMID:40690128
|
research paper | 使用深度学习评估干细胞胚胎模型中细胞身份的研究 | 开发了一个集成模型，利用单细胞RNA测序数据对体外细胞类型进行分类并评估分类可靠性 | 未提及具体样本量或模型验证的详细结果 | 评估干细胞胚胎模型与真实胚胎发育的相似性 | 胚胎干细胞（ESCs）和体外培养的细胞类型 | digital pathology | NA | scRNA-seq, scvi-tools | DL | RNA-seq数据 | NA |
| 808 | 2025-07-22 |
Defining the Ovarian Cancer Precancerous Landscape through Modeling Fallopian Tube Epithelium Reprogramming Driven by Extracellular Vesicles
2025-Jul-21, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0064
PMID:40689422
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研究论文 | 通过模拟细胞外囊泡驱动的输卵管上皮重编程，定义卵巢癌前病变的分子景观 | 开发了一种结合空间转录组学和蛋白质组学读数的微流体组织培养平台，用于研究小细胞外囊泡（sEVs）对输卵管上皮组织的影响 | 研究仅关注了短期和长期暴露于sEVs后的转录组和蛋白质组变化，未涉及其他可能的分子机制 | 探索卵巢癌前病变的分子机制，特别是sEVs在其中的作用 | 人类输卵管上皮组织（hFTE）和卵巢癌来源的小细胞外囊泡（sEVs） | 癌症研究 | 卵巢癌 | 空间转录组学、蛋白质组学、微流体组织培养 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | NA |
| 809 | 2025-07-22 |
IGCLAPS: an interpretable graph contrastive learning method with adaptive positive sampling for scRNA-seq data analysis
2025-Jul-21, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf411
PMID:40689508
|
研究论文 | 提出了一种名为IGCLAPS的可解释图对比学习方法，用于单细胞RNA测序数据分析 | 结合图变换器和双头图对比学习模块，同时进行降维和细胞聚类，并设计了自适应正采样模块动态识别真实正样本对 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中的细胞聚类性能并生成可解释的基因表达模式 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 图变换器, 对比学习 | 基因表达数据 | 一系列真实数据集 |
| 810 | 2025-07-22 |
Epithelial Lining Fluid Cystatin SN is a Noninvasive Biomarker for Predicting Type 2 Chronic Rhinosinusitis
2025-Jul-21, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16652
PMID:40689541
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research paper | 本研究旨在鉴定一种非侵入性上皮衬液（ELF）生物标志物，用于预测2型慢性鼻窦炎（T2 CRS） | 首次发现CST1在T2 CRS上皮细胞中特异性表达，并通过免疫荧光染色证实，同时发现ELF中的cystatin SN水平与T2炎症显著相关 | 研究样本量未明确说明，且未提及多中心验证 | 鉴定T2 CRS的非侵入性生物标志物以实现个体化治疗 | 慢性鼻窦炎患者和对照个体的鼻组织和ELF样本 | 生物标志物研究 | 慢性鼻窦炎 | scRNA-seq、Luminex多重检测、酶联免疫吸附试验 | NA | 基因表达数据、蛋白质水平数据 | NA |
| 811 | 2025-07-22 |
Cellular-resolution spatial transcriptomics of skin remodelling after fractional CO2 laser treatment
2025-Jul-21, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.20870
PMID:40689597
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 812 | 2025-07-22 |
GraphCellNet: A deep learning method for integrated single-cell and spatial transcriptomic analysis with applications in development and disease
2025-Jul-21, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-025-02575-4
PMID:40690004
|
研究论文 | 提出了一种名为GraphCellNet的深度学习方法，用于整合单细胞和空间转录组分析，应用于发育和疾病研究 | 结合了细胞类型去卷积和空间域识别的模型，采用Kolmogorov-Arnold Network层（KAN）增强非线性特征表示和上下文整合 | NA | 提高空间转录组分析的精确度，解决细胞边界模糊和高异质性问题 | 心肌梗死、果蝇发育、人类心脏发育 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | GraphCellNet、KAN | 基因表达数据、空间位置数据 | NA |
| 813 | 2025-07-22 |
Integrating scRNA-seq and spatial transcriptomics to explore the implication of G6PD on immune microenvironment in lymphatic metastasis of breast cancer
2025-Jul-21, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-02943-7
PMID:40690087
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研究论文 | 本研究通过整合scRNA-seq和空间转录组学技术，探讨了G6PD在乳腺癌淋巴转移免疫微环境中的作用 | 发现了G6PD在乳腺癌淋巴转移过程中的高表达及其与Treg细胞介导的免疫抑制微环境的关联 | 样本量相对较小（8名患者），需要在更大队列中验证结果 | 探索G6PD在乳腺癌淋巴转移免疫微环境中的作用机制 | 乳腺癌患者及其转移性腋窝淋巴结 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq, 空间转录组学 | NA | 单细胞测序数据, 空间转录组数据 | 8名患者的118,127个细胞 |
| 814 | 2025-07-22 |
Single-cell RNA sequencing in tuberculosis: Application and future perspectives
2025-Jul-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003095
PMID:39111829
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review | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在结核病（TB）研究中的应用及其未来前景 | 强调了scRNA-seq在结核病临床生物标志物探索、宿主导向治疗和精准治疗研究中的潜力 | 讨论了scRNA-seq在结核病相关研究中广泛应用需要克服的瓶颈 | 探讨scRNA-seq在结核病研究中的应用及未来发展方向 | 结核病（TB）及其免疫反应机制 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 815 | 2025-07-22 |
The Icarian flight of antibody-drug conjugates: target selection amidst complexity and tackling adverse impacts
2025-Jul-19, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwaf002
PMID:39813112
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综述 | 本文综述了抗体药物偶联物（ADCs）在癌症治疗中的发展现状、挑战及优化策略 | 探讨了多靶点策略、pH依赖性抗体和掩蔽肽技术等提高ADC疗效和安全性的新方法，以及单细胞测序和人工智能在靶点选择优化中的应用 | 未提及具体临床数据或实验验证结果 | 优化抗体药物偶联物的靶点选择和抗体工程，提高其疗效和安全性 | 抗体药物偶联物（ADCs） | 生物医学 | 癌症 | 单细胞测序、人工智能 | NA | NA | NA |
| 816 | 2025-07-22 |
Identification of biomarkers for Laryngeal squamous cell carcinoma through Mendelian randomization and integrated bioinformatics analysis
2025-Jul-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03114-w
PMID:40679719
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和整合生物信息学分析，识别喉鳞状细胞癌的生物标志物 | 整合多组学数据，全面分析泛凋亡相关基因在喉鳞状细胞癌预后中的作用，并构建了一个具有临床预测价值的风险模型 | 样本量相对较小，且仅基于公开数据库的数据，未进行大规模临床验证 | 探索泛凋亡相关基因在喉鳞状细胞癌预后中的作用，并构建预测模型 | 喉鳞状细胞癌患者样本和正常样本 | 生物信息学 | 喉鳞状细胞癌 | RNA-seq, scRNA-seq, CNV分析, 差异表达分析, GO/KEGG/Metascape富集分析, Lasso-Cox方法, CIBERSORT算法, qRT-PCR | Lasso-Cox模型 | RNA-seq数据, scRNA-seq数据, CNV数据 | 训练集: 114例喉鳞状细胞癌样本和12例正常样本；验证集: 270例喉鳞状细胞癌样本；scRNA-seq数据: 2例喉鳞状细胞癌样本 |
| 817 | 2025-07-22 |
Image-based inference of tumor cell trajectories enables large-scale cancer progression analysis
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv9466
PMID:40680117
|
研究论文 | 开发了一种基于人工智能的模型，利用细胞形态学特征和组织学空间组织，从H&E染色的全切片图像中分类肿瘤细胞分化状态、推断细胞动态轨迹并量化肿瘤进展 | 提出了一种成本效益高的方法，利用常规病理切片进行大规模肿瘤进展动态分析，揭示了肿瘤内异质性 | 依赖于H&E染色的图像，可能无法捕捉到所有分子层面的信息 | 估计细胞轨迹、肿瘤进展动态和肿瘤微环境中的细胞群体多样性 | 肺腺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | AI模型 | NA | 图像 | 三个独立的肺腺癌队列 |
| 818 | 2025-07-22 |
Architecture mechanics mediated osteogenic progression in bone regeneration of artificial scaffolds
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv8804
PMID:40680128
|
research paper | 本研究探讨了支架结构通过应力传递对骨再生的影响，并揭示了支架结构诱导的应力刺激（SASS）对细胞的生物力学机制 | 首次揭示了支架结构诱导的应力刺激（SASS）对细胞的生物力学机制，并通过单细胞RNA测序技术明确了SASS对骨间充质干细胞粘着斑和成骨分化途径的富集作用 | 研究未涉及不同支架材料对SASS效应的影响，且体内实验仅针对临界尺寸缺陷进行了验证 | 阐明支架结构与成骨进展之间的生物力学线索 | 石墨、富勒烯和金刚石支架及其对骨间充质干细胞和破骨细胞的影响 | 组织工程 | 骨缺损 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量，但涉及体外细胞实验和体内临界尺寸骨缺损模型 |
| 819 | 2025-07-22 |
Nicotinamide boosts oocyte quantity and quality by promoting N4-acetylation modification in lupus mice
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adu0955
PMID:40680131
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research paper | 该研究探讨了烟酰胺通过促进N4-乙酰化修饰提高狼疮小鼠卵母细胞数量和质量的作用机制 | 首次揭示了NAT10介导的acC修饰在系统性红斑狼疮(SLE)异常卵母细胞发育中的关键作用，并发现烟酰胺治疗可安全有效地改善SLE小鼠的生育能力 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证烟酰胺的治疗效果 | 探究SLE影响卵母细胞减数分裂和发育的分子机制，并寻找潜在治疗方法 | 系统性红斑狼疮(SLE)小鼠模型的卵母细胞 | 生殖医学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞转录组测序、翻译组测序、微量细胞acC-RNA免疫沉淀测序(acRIP-seq) | NA | RNA测序数据 | SLE小鼠模型的卵母细胞 |
| 820 | 2025-07-22 |
Single cell transcriptomic profiling of eosinophils and airway immune cells in childhood asthma
2025-Jul-18, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.034
PMID:40684957
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研究论文 | 本研究通过优化单细胞RNA测序技术，提高了儿童哮喘患者鼻灌洗样本中粒细胞（尤其是嗜酸性粒细胞）的检测效率，并揭示了不同哮喘表型中的细胞组成和转录差异 | 采用10x Genomics Flex平台结合定制化数据处理流程，实现了粒细胞检测效率的显著提升（>16倍），并首次在儿童哮喘中识别出具有独特功能特征的嗜酸性粒细胞和中性粒细胞亚群 | 研究仅基于鼻灌洗样本，可能无法完全反映下呼吸道情况；样本量未明确说明 | 优化单细胞RNA测序技术以更好地捕获粒细胞，并探索儿童哮喘的发病机制 | 儿童哮喘患者的鼻灌洗样本中的粒细胞（尤其是嗜酸性粒细胞）和其他免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | scRNA-seq（10x Genomics Flex平台） | 定制化数据处理流程 | 单细胞转录组数据 | NA |