单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
801	2025-04-20	Evaluating the role of wound-healing genes in conjunction with stool routine and serum tumor markers for colorectal cancer diagnosis and prognostic implications 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14768 PMID:38446012	研究论文	本研究探讨了伤口愈合基因与粪便常规和血清肿瘤标志物在结直肠癌诊断和预后中的联合应用价值	结合粪便常规和血清肿瘤标志物提高了结直肠癌的诊断准确性，并探索了伤口愈合基因在疾病进展中的潜在作用	样本量较小（56例结直肠癌患者和56例健康对照）	评估伤口愈合基因与粪便常规和血清肿瘤标志物在结直肠癌诊断和预后中的联合应用价值	结直肠癌患者和健康对照	数字病理学	结直肠癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序	NA	临床信息、粪便样本、血清样本、RNA测序数据	56例结直肠癌患者和56例健康对照
802	2025-04-20	Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveals intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits 2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.30.569494 PMID:38076932	研究论文	介绍了一种结合CRISPR筛选和空间转录组学的新方法Perturb-FISH，用于研究单细胞水平的遗传和分子关联	首次将成像空间转录组学与并行光学检测扩增的引导RNA相结合，揭示了细胞内、细胞间及功能转录回路	NA	开发一种新方法来研究空间和功能生物学的遗传和分子关联	培养的单核细胞和诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞	分子生物学	自闭症谱系障碍	CRISPR筛选、空间转录组学、Perturb-FISH	NA	转录组数据、光学成像数据	NA
803	2025-04-20	Heterogeneity of human prostate carcinoma-associated fibroblasts implicates a role for subpopulations in myeloid cell recruitment 2020-02, The Prostate DOI:10.1002/pros.23929 PMID:31763714	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术鉴定了人类前列腺癌相关成纤维细胞（CAF）的异质性亚群，并探讨了这些亚群在肿瘤微环境中对髓系细胞招募的作用	首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序技术揭示了CAF的异质性亚群，并发现特定亚群通过分泌趋化因子CCL2和CXCL12促进髓系细胞招募	研究主要基于体外实验和小鼠模型，需要进一步在人体组织中验证这些发现	探索前列腺癌相关成纤维细胞亚群的特征及其在肿瘤微环境中的功能	人类前列腺癌相关成纤维细胞（CAF）及其亚群	肿瘤微环境研究	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），贝叶斯分析，体外迁移实验	无特定模型（主要使用聚类分析）	基因表达数据	3321个CAF细胞
804	2025-04-19	OmniClust: A versatile clustering toolkit for single-cell and spatial transcriptomics data 2025-Jun, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2025.03.007 PMID:40057293	research paper	介绍了一个名为OmniClust的工具包，用于单细胞和空间转录组学数据的聚类分析	开发了一个整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据的算法工具包，采用深度学习和机器学习算法进行特征学习和聚类	未提及具体局限性	开发一个适用于单细胞和空间转录组学数据的聚类工具	单细胞RNA测序和空间转录组学数据	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学	深度学习, 机器学习	RNA测序数据	12个空间转录组学基准数据集和4个scRNA-seq基准数据集
805	2025-04-19	Spatial proteomic landscape of primary and relapsed hepatocellular carcinoma reveals immune escape characteristics in early relapse 2025-May-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000979 PMID:38900411	研究论文	通过空间蛋白质组学分析，揭示了原发性与复发性肝细胞癌的免疫逃逸特征	首次描绘了原发性与复发性HCC单细胞动态空间景观及多细胞结构，发现了一种与术后早期复发相关的新型树突状细胞亚群（PDL1+CD103+DCs）	样本量相对有限（46例患者），外部验证队列规模未明确说明	探究肝细胞癌术后复发的空间分子结构变化机制	46例HCC患者的92份手术标本（原发与复发肿瘤）	数字病理学	肝细胞癌	成像质谱流式细胞技术（IMC）、单细胞RNA测序	NA	蛋白质表达数据、单细胞转录组数据	358,729个单细胞（来自46例患者的92份标本）
806	2025-04-19	Senescent Syncytiotrophoblast Secretion During Early Onset Preeclampsia 2025-May, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.23362 PMID:39440423	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了早发型子痫前期中胎盘合体滋养层细胞的衰老相关分泌表型及其在母血中的早期预测价值	首次发现早发型子痫前期胎盘合体滋养层细胞存在衰老相关分泌表型，并鉴定出PAI-1和activin A等可在妊娠早期预测疾病的生物标志物	研究样本量有限，且需要进一步验证这些标志物在更大规模人群中的预测效能	探索早发型子痫前期的发病机制并寻找早期预测标志物	人类母胎界面单位（胎儿绒毛和母体蜕膜）	生殖医学	子痫前期	单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	早发型子痫前期患者和健康对照的胎盘组织样本（具体数量未明确说明），来自多中心临床队列
807	2025-02-23	Decoding cell-cell communication using spatial transcriptomics 2025-May, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00824-3 PMID:39984677	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
808	2025-04-19	Identification of the crucial roles of BAXhigh NK cells in human derived mesenchymal stem cell therapy for chronic heart failure patients 2025-May, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.155924 PMID:40174277	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，探讨了间充质干细胞治疗慢性心力衰竭患者中BAX高表达NK细胞的关键作用	首次发现BAX高表达NK细胞在心力衰竭发病机制中的作用，并揭示间充质干细胞通过抑制BAX表达改善NK细胞功能的机制	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步实验验证	探究间充质干细胞治疗心力衰竭的分子机制	慢性心力衰竭患者的外周血单个核细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR)分析	NA	单细胞转录组数据	NA
809	2025-04-19	Identification of a cancer stem cell-like subpopulation that promotes HCC metastasis 2025-May, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101302 PMID:40242316	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，鉴定并表征了肝细胞癌（HCC）中促进转移的癌症干细胞样亚群	首次在HCC中发现并表征了一个促进转移的癌症干细胞样亚群，揭示了其通过ICAM1信号通路抑制抗肿瘤免疫的新机制	样本量相对较小（19例单细胞RNA测序和12例空间转录组学样本），需要更大规模研究验证	探索癌症干细胞在HCC转移中的作用机制	肝细胞癌（HCC）中的癌症干细胞样细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学测序、生物信息学分析	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	19例HCC患者的单细胞RNA测序数据和12例HCC患者的空间转录组数据
810	2025-04-19	Semaphorin 6A phase separation sustains a histone lactylation-dependent lactate buildup in pathological angiogenesis 2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2423677122 PMID:40244673	research paper	该研究揭示了Semaphorin 6A通过相分离机制维持乳酸积累和组蛋白乳酸化修饰，从而促进病理性血管生成的过程	首次发现SEMA6A的C端无序区通过液-液相分离形成凝聚体，招募RHOA和P300，促进P300磷酸化和组蛋白乳酸化循环	研究主要聚焦于视网膜病变模型，其他血管疾病中的适用性尚需验证	阐明病理性血管生成中乳酸积累和组蛋白乳酸化修饰的调控机制	视网膜内皮细胞	分子生物学	视网膜缺血性疾病	CUT&Tag, scRNA-seq	氧诱导视网膜病变模型	基因组数据	NA
811	2025-04-19	St3gal5-mediated sialylation of glyco-CD177 on neutrophils restricts neuroinflammation following CNS injury 2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426187122 PMID:40244680	研究论文	研究揭示了St3gal5介导的中性粒细胞上glyco-CD177的唾液酸化在限制中枢神经系统损伤后神经炎症中的作用	首次发现CD177中性粒细胞作为抗炎亚群在中枢神经系统损伤后调节神经炎症中的关键作用，并鉴定了St3gal5作为调控glyco-CD177唾液酸化及细胞表面呈现的关键酶	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究中性粒细胞CD177糖生物学在中枢神经系统损伤后神经炎症中的作用及调控机制	人类和小鼠的中性粒细胞	免疫学	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序、遗传学方法、糖蛋白组学	NA	RNA测序数据、糖蛋白组学数据	人类和小鼠样本（具体数量未明确说明）
812	2025-04-19	CRISPR/Cas9-mediated SHP-1-knockout T cells combined with simvastatin enhances anti-tumor activity in humanized-PDX HCC model 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112266 PMID:40241752	研究论文	本研究利用CRISPR/Cas9技术敲除SHP-1基因的CD8 T细胞，并结合辛伐他汀增强抗肿瘤活性，在人源化PDX肝癌模型中验证其效果	首次提出结合SHP-1靶向细胞疗法和代谢调节的双重策略来克服肝癌免疫治疗的耐药性	研究仅在人源化PDX模型中进行验证，尚未进行临床试验	增强肝癌免疫治疗的抗肿瘤活性	肝癌（HCC）和CD8 T细胞	癌症免疫治疗	肝癌	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序	人源化PDX模型	基因表达数据、细胞功能数据	肝癌患者的T细胞样本和人源化PDX模型
813	2025-04-19	CXCR4+ PD-L1+ neutrophils are increased in non-survived septic mice 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112083 PMID:40241761	研究论文	通过单细胞RNA测序分析存活与未存活CLP脓毒症小鼠的免疫细胞，揭示未存活小鼠血液中未成熟CXCR4+ PD-L1+中性粒细胞频率增加及其在肺部的积累	发现未存活脓毒症小鼠中CXCR4+ PD-L1+中性粒细胞的增加及其与炎症和器官损伤的关联，并指出IFN-gamma在其中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床样本中验证	探讨中性粒细胞在脓毒症高炎症表型中的免疫学机制	CLP脓毒症小鼠的免疫细胞	免疫学	脓毒症	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	存活与未存活的CLP脓毒症小鼠
814	2025-04-19	Identifying causal brain structures, genes and proteins for osteoarthritis: A large-scale genetic correlation study based on brain imaging-derived phenotypes, transcriptomes, and proteomes 2025-Apr-18, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences DOI:10.1093/gerona/glaf083 PMID:40247738	research paper	该研究通过整合脑成像衍生表型、转录组和蛋白质组数据，验证了脑结构与骨关节炎（OA）风险之间的相关性，并识别了关键因果基因	首次大规模整合脑结构、转录组和蛋白质组数据，揭示脑-关节轴在OA遗传学中的作用，并识别出与OA相关的特定脑区、基因和蛋白质	研究主要基于欧洲人群数据，可能限制结果在其他人群中的普适性	验证脑结构与OA风险的遗传相关性，并识别关键因果基因和蛋白质	826,690名参与者的OA汇总统计数据，5,138个脑转录组和152个人脑蛋白质组	遗传学	骨关节炎	LDSC、孟德尔随机化(MR)、TWAS、PWAS、单细胞RNA-Seq eQTL分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	826,690名参与者
815	2025-04-19	CeiTEA: Adaptive Hierarchy of Single Cells with Topological Entropy 2025-Apr-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503539 PMID:40245302	研究论文	介绍了一种基于拓扑熵的自适应层次聚类算法CeiTEA，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	结合了自底向上和自顶向下的策略，通过最小化拓扑熵构建多叉分割树，优化细胞类型间关系和多样性的表示	未提及算法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性	解决现有聚类方法难以捕捉细胞类型和亚型复杂层次结构的问题	单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	生物信息学	肿瘤异质性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	自适应层次聚类算法	基因表达数据	模拟和真实世界的scRNA-seq数据集
816	2025-04-19	Peripheral blood neutrophils contribute to Claudin18.2-specific CAR-T cell treatment resistance in advanced gastric cancer 2025-Apr-17, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03015-3 PMID:40246985	research paper	本研究探讨了中性粒细胞与淋巴细胞比率（NLR）在Claudin18.2特异性CAR-T细胞治疗晚期胃癌中的预后价值，并阐明了治疗抵抗的分子机制	首次发现循环中性粒细胞亚群（NE-3）与疾病进展相关，并揭示了其通过表达促肿瘤因子（如MMP-9）和IL-17信号通路富集介导治疗抵抗的机制	需要进一步验证并探索减轻中性粒细胞诱导的免疫抑制的策略	评估NLR在CAR-T细胞治疗中的预后价值并阐明治疗抵抗的分子机制	接受CLDN18.2特异性CAR-T细胞治疗的晚期胃癌患者	digital pathology	gastric cancer	single-cell RNA sequencing	NA	clinical data, RNA sequencing data	未明确提及具体样本数量，但涉及接受CAR-T细胞治疗的胃癌患者
817	2025-04-19	Circular RNA discovery with emerging sequencing and deep learning technologies 2025-Apr-17, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02157-7 PMID:40247051	review	本文综述了环状RNA（circRNA）的发现、特征及功能分析算法的最新突破	结合长读长和单细胞RNA测序技术与深度学习算法，革命性地提高了circRNA研究的解析度和规模	整合大规模circRNA测序数据仍面临挑战	探索circRNA在基因调控和疾病发病机制中的作用	circRNA及其在生物医学应用中的潜力	自然语言处理	NA	长读长和单细胞RNA测序	深度学习	RNA测序数据	NA
818	2025-04-19	Progranulin deficiency in the brain: the interplay between neuronal and non-neuronal cells 2025-Apr-16, Translational neurodegeneration IF:10.8Q1 DOI:10.1186/s40035-025-00475-8 PMID:40234992	综述	本文综述了脑内颗粒蛋白前体（PGRN）缺乏的临床表型及其在额颞叶痴呆（FTD）中的作用，探讨了神经元与非神经元细胞之间的相互作用	强调了PGRN缺乏在多种细胞类型中的特异性表现及其对神经退行性变的影响，特别是脂滴积累的小胶质细胞和髓鞘脂质含量的改变	综述性文章，未提出新的实验数据，主要基于现有研究的总结和分析	探讨PGRN缺乏如何通过神经元与非神经元细胞的相互作用导致神经退行性变和神经炎症	神经元、小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞、内皮细胞和周细胞	神经科学	额颞叶痴呆	单细胞转录组学、诱导多能干细胞技术	NA	患者脑组织、生物流体数据	NA
819	2025-04-19	An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice 2025-Apr-16, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707 PMID:40245497	research paper	该研究揭示了HCK作为非传统T细胞轴的顶端调节因子，在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理过程	发现HCK通过调控非传统T细胞轴（Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关不变T细胞）驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞级联反应，阐明了COPD的新型免疫病理机制	研究主要基于基因修饰小鼠模型，人类COPD患者中的验证仍需进一步研究	阐明HCK在COPD发病机制中的分子调控网络	基因靶向小鼠（Hck功能获得性突变体）和骨髓嵌合体	免疫病理学	慢性阻塞性肺疾病	基因靶向技术、骨髓嵌合体、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序	基因修饰小鼠模型	实验数据	基因工程小鼠模型（具体数量未明确说明）
820	2025-04-19	Knockdown TNF family prognosis index crucial gene PDE4B promoted PANoptosis of ovarian carcinoma cell:Based in vitro and in vivo experiments 2025-Apr-16, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102333 PMID:40245751	研究论文	通过体外和体内实验，研究PDE4B基因在卵巢癌细胞PANoptosis中的作用及其预后意义	首次构建了一个包含14个基因的预后模型，并验证了其在卵巢癌诊断和预后中的能力	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	阐明卵巢癌的发病机制并开发预后模型	卵巢癌组织和正常卵巢组织	生物信息学	卵巢癌	转录组数据分析、单细胞测序、GSVA、WGCNA、GO富集分析、多变量Cox回归、LASSO分析	预后模型	转录组数据、单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了公开数据库中的大量数据