单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8161	2024-10-10	Melanoma differentiation associated gene-9/syndecan binding protein promotes hepatocellular carcinoma 2023-12-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.32797 PMID:36120720	研究论文	研究MDA-9/SDCBP基因在肝细胞癌中的作用	首次详细研究了MDA-9在肝细胞癌中的作用，并揭示了其通过NF-κB和Spp1促进肝细胞癌的机制	研究主要基于转基因小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探讨MDA-9/SDCBP基因在肝细胞癌中的功能及其潜在的治疗应用	MDA-9/SDCBP基因在肝细胞癌中的表达和作用	NA	肝细胞癌	RNA测序	NA	RNA	转基因小鼠模型
8162	2024-10-10	A single-cell atlas of Plasmodium falciparum transmission through the mosquito 2021-05-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23434-z PMID:34045457	研究论文	本文利用单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况	首次通过单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的发育轨迹和转录特征，并识别了人类和啮齿动物寄生虫之间的保守和非保守基因使用	NA	揭示恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况，为寻找抗疟药物和疫苗靶点提供依据	恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况	NA	疟疾	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
8163	2024-10-10	Co-culture of functionally enriched cancer stem-like cells and cancer-associated fibroblasts for single-cell whole transcriptome analysis 2019-12-31, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1093/intbio/zyz029 PMID:31820801	研究论文	开发了一种平台，用于分离单细胞并培养单细胞衍生的球体，以功能性富集癌症干细胞样细胞（CSCs），并研究CSCs与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的相互作用	首次通过单细胞转录组测序分析了CSCs与CAFs共培养对癌症干细胞特性和上皮/间充质状态的影响，并发现了与患者生存相关的关键基因	研究仅限于SUM149乳腺癌细胞系，需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性	研究CSCs与CAFs的相互作用及其对乳腺癌发展和转移的影响	乳腺癌干细胞样细胞（CSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	SUM149乳腺癌细胞和CAFs共培养的单细胞衍生的球体
8164	2024-10-09	Enhancing metastatic colorectal cancer prediction through advanced feature selection and machine learning techniques 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113033 PMID:39226823	研究论文	本研究通过先进的特征选择和机器学习技术，提高了转移性结直肠癌的预测准确性	引入了创新的成本敏感快速相关性过滤（CS-FCBF）算法，显著提高了预测模型的性能	NA	提高转移性结直肠癌的预测准确性，改善患者生存结果	转移性结直肠癌的预测和诊断	机器学习	结直肠癌	成本敏感快速相关性过滤（CS-FCBF）算法	NA	单细胞RNA测序数据	184个基因特征减少到9个关键基因
8165	2024-10-09	A multi-task deep learning model based on comprehensive feature integration and self-attention mechanism for predicting response to anti-PD1/PD-L1 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113099 PMID:39265355	研究论文	本文提出了一种基于综合特征集成和自注意力机制的多任务深度学习模型，用于预测抗PD1/PD-L1治疗的反应	本文创新性地整合了多层次的特征，并利用自注意力机制构建了多任务深度学习模型，以提高预测免疫检查点抑制剂疗效的准确性	本文的模型在不同癌症类型中的表现存在差异，且样本量较小，可能影响模型的泛化能力	本研究旨在通过多维特征选择和深度学习模型构建，提高免疫检查点抑制剂疗效预测的准确性	本研究主要针对抗PD1/PD-L1治疗的反应进行预测	机器学习	NA	深度学习	多任务深度学习模型	基因表达数据	本研究涉及的样本包括膀胱尿路上皮癌测试集1（n=298）、膀胱尿路上皮癌测试集2（n=89）、非小细胞肺癌测试集（n=27）和皮肤黑色素瘤测试集（n=27）
8166	2024-10-09	RNA-seq and bulk RNA-seq data analysis of cancer-related fibroblasts (CAF) in LUAD to construct a CAF-based risk signature 2024-10-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74336-1 PMID:39369095	研究论文	研究通过分析LUAD中的CAF相关RNA-seq数据，构建了一个基于CAF的风险特征，用于预测LUAD患者的预后	构建了一个新的基于CAF的风险特征，并验证了其在预测LUAD预后和免疫治疗反应中的有效性	NA	开发一种基于CAF的风险特征，用于预测LUAD患者的预后和免疫治疗反应	LUAD中的CAF及其相关基因表达数据	数字病理学	肺癌	RNA-seq	Lasso回归	RNA-seq数据	2811个差异表达基因，其中1002个与CAF簇显著相关
8167	2024-10-09	Lumican promotes calcific aortic valve disease through H3 histone lactylation 2024-Oct-05, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehae407 PMID:38976370	研究论文	研究揭示了lumican在钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）中的关键调节作用，特别是通过H3组蛋白乳酸化促进钙化过程	首次发现lumican通过介导H3组蛋白乳酸化促进主动脉瓣钙化	NA	探讨lumican在钙化性主动脉瓣疾病中的作用机制	主动脉瓣间质细胞（VICs）及其在钙化过程中的转变	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	9个人类主动脉瓣
8168	2024-10-09	Imputing spatial transcriptomics through gene network constructed from protein language model 2024-Oct-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06964-2 PMID:39369061	研究论文	本文介绍了一种基于蛋白质语言模型构建基因网络的空间转录组学插补方法stImpute	stImpute利用蛋白质语言模型ESM-2构建基因网络，通过图神经网络进行基因表达插补，显著提高了插补和聚类的准确性	NA	开发一种新的计算方法来克服空间转录组学中基因数量有限的挑战	空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	空间转录组学	图神经网络	基因表达数据	多个数据集
8169	2024-10-09	Spatial multi-omics in whole skeletal muscle reveals complex tissue architecture 2024-Oct-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06949-1 PMID:39369093	研究论文	本文通过结合RNA断层扫描和质谱成像技术，揭示了小鼠胫骨前肌的完整组织结构	首次在全组织水平上展示了基因表达、代谢差异和肌纤维类型比例的区域化特征	NA	阐明骨骼肌的完整组织结构	小鼠胫骨前肌的基因表达、代谢和脂质组织	数字病理学	NA	RNA断层扫描和质谱成像	NA	空间转录组学、空间代谢组学和空间脂质组学数据	小鼠胫骨前肌、趾长伸肌和比目鱼肌
8170	2024-10-09	C-ziptf: stable tensor factorization for zero-inflated multi-dimensional genomics data 2024-Oct-05, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05886-4 PMID:39369208	研究论文	本文介绍了一种新的零膨胀多维基因组数据分解方法，名为零膨胀泊松张量分解（ZIPTF），并提出了共识ZIPTF（C-ZIPTF）以解决随机性问题	提出了ZIPTF和C-ZIPTF方法，能够有效处理零膨胀的多维基因组数据，并在重建精度和一致性方面优于传统方法	NA	开发一种能够有效处理零膨胀多维基因组数据的稳定张量分解方法	零膨胀的多维基因组数据，特别是单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	张量分解（TF）	基因组数据	涉及合成数据、模拟scRNA-seq数据和真实的多样本多条件scRNA-seq数据
8171	2024-10-09	The G4 resolvase Dhx36 modulates cardiomyocyte differentiation and ventricular conduction system development 2024-Oct-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52809-1 PMID:39366945	研究论文	研究揭示了G4解旋酶Dhx36在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的调节作用	首次揭示了Dhx36在心脏传导系统发育和心肌细胞分化中的关键作用，并识别了调控心室传导系统和浦肯野纤维网络发育和功能的关键基因和通路	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨Dhx36在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的作用机制	Dhx36基因缺失的小鼠心脏	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据	Dhx36基因缺失的小鼠胚胎和新生心脏样本
8172	2024-10-09	Distinctive CD39+CD9+ lung interstitial macrophages suppress IL-23/Th17-mediated neutrophilic asthma by inhibiting NETosis 2024-Oct-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53038-2 PMID:39366998	研究论文	研究发现了CD39+CD9+肺间质巨噬细胞通过抑制NETosis来抑制IL-23/Th17介导的嗜中性哮喘	首次揭示了CD39+CD9+肺间质巨噬细胞在抑制IL-23/Th17介导的嗜中性哮喘中的作用	研究主要基于模型和患者数据，缺乏临床试验验证	探索抑制嗜中性哮喘的新途径	CD39+CD9+肺间质巨噬细胞和IL-23/Th17轴	NA	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及哮喘患者的转录组数据
8173	2024-10-09	A versatile tissue-rolling technique for spatial-omics analyses of the entire murine gastrointestinal tract 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01001-2 PMID:38906985	研究论文	本文介绍了一种用于小鼠整个胃肠道空间组学分析的多功能组织滚动技术	开发了一种简单的固定技术，可以最大化分析的组织面积，涵盖小鼠整个胃肠道，并结合了先进的转录组学和蛋白质组学方法	整个过程需要2-3天，对于空间转录组学和蛋白质组学分析分别需要额外2天和3-4天	全面表征和理解组织内生物过程背后的细胞电路	小鼠整个胃肠道	数字病理学	NA	组织滚动技术、Visium空间转录组学、ChipCytometry和CODEX-PhenoCycler蛋白质组学	NA	基因和蛋白质表达数据	小鼠整个胃肠道
8174	2024-10-09	Antagonistic effects of the cytotoxic molecules granzyme B and TRAIL in the immunopathogenesis of sclerosing cholangitis 2024-10-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000830 PMID:38441998	研究论文	研究了细胞毒性分子GzmB和TRAIL在硬化性胆管炎免疫发病机制中的拮抗作用	首次揭示了GzmB和TRAIL在硬化性胆管炎中的不同作用机制，GzmB促进细胞凋亡和纤维化，而TRAIL则调节炎症和细胞毒性免疫反应，减少肝损伤和纤维化	研究主要基于Mdr2-/-小鼠模型和患者样本，可能不完全适用于所有硬化性胆管炎病例	探讨GzmB和TRAIL在硬化性胆管炎中的作用及其对疾病进展的影响	硬化性胆管炎患者样本和Mdr2-/-小鼠	NA	肝病	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	NA	基因表达数据	患者样本和Mdr2-/-小鼠
8175	2024-10-09	Single cell RNA sequencing of human eosinophils from nasal polyps reveals eosinophil heterogeneity in chronic rhinosinusitis tissue 2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.014 PMID:38797240	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析鼻息肉组织中的嗜酸性粒细胞，揭示其在慢性鼻窦炎中的异质性和作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了鼻息肉组织中嗜酸性粒细胞的异质性及其在慢性鼻窦炎中的潜在病理作用	研究样本量较小，且仅限于鼻息肉和对照鼻窦组织，可能影响结果的普遍性	揭示嗜酸性粒细胞在鼻息肉组织中的作用及其异质性	鼻息肉组织中的嗜酸性粒细胞	数字病理学	鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5名对照患者和5名慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻息肉组织和外周血样本
8176	2024-10-09	Single-cell RNA-sequencing of human eosinophils in allergic inflammation in the esophagus 2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.029 PMID:38871184	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了过敏性炎症中食管嗜酸性粒细胞的转录组特征	首次全面描述了食管嗜酸性粒细胞在过敏性炎症中的转录组特征和生物学功能	样本量较小，仅包括6名患者和6名对照个体	全面表征过敏性炎症中食管嗜酸性粒细胞的转录组和生物学功能	过敏性炎症中食管嗜酸性粒细胞	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	586个嗜酸性粒细胞（血液中188个，食管中398个）
8177	2024-10-09	All-optical voltage imaging-guided postsynaptic single-cell transcriptome profiling with Voltage-Seq 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01005-y PMID:38834919	研究论文	本文介绍了一种名为Voltage-Seq的新技术，结合光学电压成像和单细胞转录组测序，用于研究神经元突触后反应类型	开发了Voltage-Seq技术，结合遗传编码电压指示剂Voltron和单细胞RNA测序，实现了基于特定突触后反应类型的高通量光学成像和单细胞转录组分析	技术需要基本实验室技能、显微操作技能以及分子生物学和生物信息学经验	克服传统低通量电生理方法的限制，实现基于特定突触后反应类型的高通量单细胞RNA测序	神经元突触后反应类型及其与基因表达的关系	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自小鼠急性脑切片的多个动物的连接组数据
8178	2024-10-09	ProBac-seq, a bacterial single-cell RNA sequencing methodology using droplet microfluidics and large oligonucleotide probe sets 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01002-1 PMID:38769144	研究论文	介绍了一种名为ProBac-seq的细菌单细胞RNA测序方法，该方法利用液滴微流控技术和大型寡核苷酸探针集	ProBac-seq克服了现有技术在细菌样本中的技术难题，提供了高质量的单细胞基因表达数据	从探针扩增到文库制备需要约7天时间	开发一种适用于细菌单细胞RNA测序的新方法	细菌单细胞的基因表达数据	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	数千个细菌细胞
8179	2024-10-09	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2024-Sep-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52440-0 PMID:39333113	研究论文	开发了一种多组学数据整合算法（MUDI），结合单细胞Hi-C和单细胞RNA测序数据，定义了3D调控和生物学背景依赖的细胞亚群	首次展示了在单细胞分辨率下整合3D染色质结构和基因表达数据，并定义了拓扑结构整合的亚群（TISPs）	NA	研究3D染色质结构和基因表达在单细胞分辨率下的整合，并定义生物学背景依赖的细胞亚群	乳腺癌细胞模型系统中的3D染色质结构和基因表达	生物信息学	乳腺癌	单细胞Hi-C和单细胞RNA测序	多组学数据整合算法（MUDI）	基因表达数据	公开数据和新产生的单细胞Hi-C和单细胞RNA测序数据
8180	2024-10-09	COFFEE: consensus single cell-type specific inference for gene regulatory networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae457 PMID:39311699	研究论文	本文介绍了一种基于Borda投票的共识算法COFFEE，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	COFFEE算法通过整合10种已建立的基因调控网络推断方法，提高了在合成、精选和实验数据集上的性能	COFFEE算法目前仅在10种算法上进行了基准测试，未来可能需要扩展到更多算法	开发一种适用于单细胞RNA测序数据的共识基因调控网络推断方法	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识算法	基因调控网络	NA