本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
8121 | 2025-10-06 |
scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data
2023-Jan-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2476875/v1
PMID:36747874
|
研究论文 | 开发了一种基于互信息的计算框架scMINER,用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子 | 利用互信息捕获非线性的细胞-细胞和基因-基因关系,能够识别常规表达分析难以检测的隐藏驱动因子 | 未在摘要中明确说明具体限制 | 解决单细胞组学数据稀疏性问题,识别调控细胞状态的隐藏转录和信号驱动因子 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 互信息框架 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8122 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals correct developmental dynamics and high-quality midbrain cell types by improved hESC differentiation
2023-01-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.016
PMID:36400027
|
研究论文 | 本研究通过改进人类胚胎干细胞分化方案,获得高质量中脑细胞类型并揭示其发育动态 | 发现层粘连蛋白-511、双重WNT激活联合GSK3β抑制和FGF8b能改善中脑模式化,并首次通过单细胞转录组分析显示与内源性人类腹侧中脑相似的发育动态 | 未提及具体样本数量限制,研究主要聚焦于体外分化系统 | 优化人类胚胎干细胞向中脑多巴胺能神经元的分化方案并验证细胞类型质量 | 人类胚胎干细胞(hESCs)及其分化产物 | 单细胞生物学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8123 | 2025-10-06 |
Cell type-specific changes identified by single-cell transcriptomics in Alzheimer's disease
2022-11-30, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01136-5
PMID:36447241
|
综述 | 整合阿尔茨海默病单细胞转录组学研究的主要发现,并探讨空间组学和多模态研究的新进展 | 首次系统整合多篇单细胞研究,揭示特定细胞类型在阿尔茨海默病中的变化,并展望空间组学技术前景 | 基于已有研究数据的二次分析,未包含原始实验数据 | 系统梳理阿尔茨海默病单细胞转录组学研究进展 | 阿尔茨海默病患者与健康对照的尸检脑组织 | 单细胞组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | 多个研究涉及的尸检脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
8124 | 2025-10-06 |
CD8+ T cells in breast cancer tumors and draining lymph nodes: PD-1 levels, effector functions and prognostic relevance
2025-Dec, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2025.2502354
PMID:40351118
|
研究论文 | 本研究评估了乳腺癌患者不同组织中CD8 T细胞的PD-1表达水平、功能状态及其预后意义 | 首次在乳腺癌中系统比较肿瘤组织、瘤旁组织和引流淋巴结中CD8 T细胞的耗竭阶段分布特征 | 研究主要聚焦于luminal型乳腺癌,样本来源组织类型有限 | 探究CD8 T细胞在不同组织中的耗竭状态及其临床意义 | 乳腺癌患者的肿瘤组织、瘤旁组织和肿瘤引流淋巴结中的CD8 T细胞 | 免疫肿瘤学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, TCR-β测序 | NA | 基因表达数据, T细胞受体序列数据 | 乳腺癌患者组织样本(肿瘤、瘤旁、引流淋巴结) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8125 | 2025-10-06 |
COL1A1-positive endothelial cells promote gastric cancer progression via the ANGPTL4-SDC4 axis driven by endothelial-to-mesenchymal transition
2025-Jul-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217731
PMID:40254092
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现COL1A1阳性内皮细胞通过内皮-间质转化驱动的ANGPTL4-SDC4轴促进胃癌进展 | 首次在胃癌中鉴定出COL1A1阳性内皮细胞亚群,揭示其通过EndoMT过程促进肿瘤进展的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仍需进一步扩展 | 探究内皮-间质转化在胃癌进展中的具体作用和机制 | 胃癌患者样本中的内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 细胞功能实验 | ssGSEA, Monocle2, CellChat | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | 97个胃癌样本(来自6个单细胞RNA测序队列) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8126 | 2025-10-06 |
Spatial lipidomics reveals sphingolipid metabolism as anti-fibrotic target in the liver
2025-Jul, Metabolism: clinical and experimental
DOI:10.1016/j.metabol.2025.156237
PMID:40127860
|
研究论文 | 本研究通过空间脂质组学等多组学技术揭示了鞘脂代谢在肝脏纤维化中的作用机制 | 首次结合空间脂质组学、转录组学和成像质谱流式技术,系统揭示了鞘脂代谢在肝纤维化中的细胞类型特异性机制 | 研究样本量有限,且动物模型与人类疾病存在差异 | 探索脂肪肝疾病中脂毒性机制和纤维化发生的分子基础 | SLD患者肝组织和3种小鼠模型,以及肝星状细胞和人类精准肝切片 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 空间脂质组学, bulk/spatial转录组学, 成像质谱流式, 单细胞RNA测序 | NA | 脂质组数据, 转录组数据, 图像数据 | SLD患者和3种小鼠模型的肝组织样本 | NA | 空间脂质组学, 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 成像质谱流式 | NA | NA |
8127 | 2025-10-06 |
Pan-cancer analysis reveals BAF complexes as immune-related biomarkers and validation in triple-negative breast cancer
2025-Jul-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123607
PMID:40194763
|
研究论文 | 通过泛癌分析揭示BAF复合物作为免疫相关生物标志物并在三阴性乳腺癌中进行验证 | 首次构建BAF复合物预后模型并发现ACTL6A在三阴性乳腺癌中作为免疫相关生物标志物和治疗靶点的双重作用 | NA | 解码特定BAF复合物在癌症病理、免疫和靶向治疗中的潜力 | 多种人类癌症,重点关注三阴性乳腺癌 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | 预后模型,列线图 | 基因表达数据 | 来自TCGA、GEO和IMvigor210数据库的多组数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8128 | 2025-10-06 |
Fibroblast to macrophage-like cell transition in renal inflammatory injury through the MR/CSF1 pathway induced by aldosterone
2025-Jul-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123627
PMID:40216224
|
研究论文 | 本研究验证了醛固酮通过MR/CSF1通路诱导肾间质成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转化的新机制 | 首次发现成纤维细胞可通过MR/CSF1信号通路转化为巨噬细胞样细胞,揭示了肾脏炎症损伤中巨噬细胞的新来源 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验,临床样本验证相对有限 | 探究肾脏炎症损伤中巨噬细胞的新来源及其形成机制 | Wistar大鼠、大鼠肾间质成纤维细胞(RKF)、慢性肾脏病患者肾活检样本 | 病理生理学 | 慢性肾脏病 | 流式细胞术、免疫荧光染色、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据、图像数据 | Wistar大鼠分组研究、体外培养的肾间质成纤维细胞、慢性肾脏病患者肾活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8129 | 2025-10-06 |
IL-4 alters TLR7-induced B cell developmental program in lupus
2025-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2025.110472
PMID:40068727
|
研究论文 | 本研究揭示IL-4通过改变TLR7诱导的B细胞发育程序,抑制系统性红斑狼疮中自身抗体的产生 | 首次发现IL-4能重编程TLR7驱动的B细胞发育轨迹,促进向滤泡B细胞和记忆B细胞分化 | 研究主要基于小鼠模型,人类患者样本验证尚不充分 | 探究IL-4对TLR7诱导的狼疮B细胞发育程序的影响机制 | BXD2自身免疫小鼠和系统性红斑狼疮患者B细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 自身免疫小鼠模型和SLE患者B细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8130 | 2025-10-06 |
MAP4K4 aggravates microvascular anomalies in diabetic retinopathy in a YTHDF2-dependent manner
2025-Jun, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-025-06398-3
PMID:40072537
|
研究论文 | 本研究揭示了MAP4K4通过YTHDF2依赖的方式加重糖尿病视网膜病变中的微血管异常 | 首次发现MAP4K4在糖尿病视网膜病变中通过YTHDF2调控mRNA稳定性,并通过NF-κB信号通路影响内皮细胞功能 | 样本量有限,仅使用db/db小鼠模型和体外细胞实验,缺乏更广泛的临床验证 | 探究MAP4K4在糖尿病视网膜病变微血管异常中的作用机制 | 糖尿病视网膜病变患者纤维血管膜、db/db小鼠、人原代视网膜内皮细胞 | 分子生物学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序,蛋白质表达分析,信号通路抑制实验 | 动物模型,细胞模型 | 基因表达数据,蛋白质数据 | 8例增殖性糖尿病视网膜病变患者,11例非糖尿病正常视网膜,db/db小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8131 | 2025-10-06 |
Intrapancreatic adipocytes and beta cell dedifferentiation in human type 2 diabetes
2025-Jun, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-025-06392-9
PMID:40072535
|
研究论文 | 本研究探讨胰腺脂肪沉积与2型糖尿病患者β细胞去分化的空间关系及分子机制 | 首次在人类胰腺中揭示脂肪细胞聚集与β细胞去分化的空间关联,并通过单细胞RNA测序发现ALDH1A3标记的表达变化 | 样本量有限(50例器官捐献者),主要依赖相关性分析 | 探究胰腺脂肪含量与胰岛β细胞功能失调的关联机制 | 人类胰腺组织(15例2型糖尿病患者,35例非糖尿病患者) | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 组织学分析,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 伪时间分析 | 组织切片图像,单细胞转录组数据 | 50例器官捐献者(15例糖尿病患者+35例对照),11例糖尿病患者单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 人类胰腺分析项目数据库 |
8132 | 2025-10-06 |
Understanding Enzalutamide-Resistance Based on a Functional Single-Cell Approach
2025-Jun, The Prostate
DOI:10.1002/pros.24895
PMID:40211483
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和功能验证研究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药的机制 | 首次在治疗前前列腺癌细胞中发现并分离出AR低表达亚群,并证实其在恩杂鲁胺治疗中被选择性扩增导致耐药 | 研究主要基于细胞系模型,临床样本验证有限 | 阐明前列腺癌对恩杂鲁胺耐药的分子机制 | 前列腺癌细胞系LNCaP及其亚群 | 单细胞生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,基因集富集分析,单细胞克隆,异种移植模型 | NA | 单细胞转录组数据 | LNCaP细胞系及其亚群 | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq | NA | NA |
8133 | 2025-10-06 |
High-resolution transcriptome analysis on a mouse model of neonatal hypoxic-ischemic encephalopathy using single-nucleus RNA-seq
2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102026
PMID:40342532
|
研究论文 | 本研究使用单核RNA测序技术分析新生小鼠缺氧缺血性脑病模型的转录组变化 | 首次在HIE模型中应用单核RNA测序技术研究海马体特异性神经元损伤 | 研究仅使用小鼠模型,未涉及人类样本 | 深入理解新生儿缺氧缺血性脑病的发病机制 | 新生小鼠HIE模型的海马体组织 | 转录组学 | 新生儿缺氧缺血性脑病 | 单核RNA测序,免疫染色 | NA | RNA测序数据,图像数据 | 小鼠HIE模型 | NA | 单核RNA-seq | NA | NA |
8134 | 2025-10-06 |
The human endometrium: atlases, models, and prospects
2025-Jun, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2025.102341
PMID:40154154
|
综述 | 概述人类子宫内膜单细胞转录组图谱和体外模型的研究进展及其在子宫内膜生物学研究中的应用前景 | 整合单细胞分析揭示WNT、NOTCH和TGFβ信号通路的调控作用,并利用先进体外模型捕捉子宫内膜细胞异质性和结构 | 子宫内膜病因学研究不足,现有模型仍存在局限性 | 研究子宫内膜生物学及其功能障碍的机制 | 人类子宫内膜组织 | 单细胞组学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8135 | 2025-10-06 |
Cyclopamine Attenuates Pulmonary Arterial Hypertension Development: Implications of Hedgehog Signaling Involvement for the Pathophysiology
2025-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202403350R
PMID:40353829
|
研究论文 | 本研究探讨环巴明通过抑制Hedgehog信号通路改善肺动脉高压的作用机制 | 首次揭示环巴明通过抑制Hedgehog信号通路改善肺动脉高压的血管重构机制 | 研究主要基于动物模型,人体临床应用效果需进一步验证 | 探索Hedgehog信号通路抑制剂环巴明对肺动脉高压的治疗潜力 | C57BL/6J雄性小鼠和人肺动脉平滑肌细胞 | 病理生理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人肺动脉平滑肌细胞 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
8136 | 2025-10-06 |
Multifaceted profiling of virus-specific CD8 T cells reveals distinct immune signatures against cytomegalovirus infection states during pregnancy
2025-May-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112416
PMID:40343282
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了孕妇体内巨细胞病毒特异性CD8 T细胞的免疫特征 | 首次揭示了不同巨细胞病毒感染状态下病毒特异性CD8 T细胞的表型和抗原识别特征差异 | 样本数量有限,需要更大规模研究验证 | 研究孕妇体内抗巨细胞病毒细胞免疫特征及其与血清学诊断的关系 | 具有不同抗巨细胞病毒血清学模式的孕妇 | 免疫学 | 巨细胞病毒感染 | MHC-葡聚糖体单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据 | 具有不同血清学模式的孕妇样本(IgGIgM/AI-low、IgGIgM/AI-high和IgGIgM) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | MHC-葡聚糖体单细胞RNA测序 |
8137 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing highlights a significant retinal Müller glial population in dry age-related macular degeneration
2025-May-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112464
PMID:40343286
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了干性年龄相关性黄斑变性中一个重要的视网膜Müller胶质细胞亚群 | 首次在AMD小鼠模型和患者中鉴定出表达高水平Sox2的Müller细胞亚群,并发现铁死亡和凋亡是导致这些细胞损伤的关键机制 | NA | 描述干性年龄相关性黄斑变性的全面细胞图谱并识别关键致病细胞群 | 小鼠AMD模型和干性AMD患者 | 单细胞组学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8138 | 2025-10-06 |
Schwann cells secrete IGFBP5 to facilitate the growth of keloids
2025-May-15, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123534
PMID:40049369
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现雪旺细胞通过分泌IGFBP5蛋白促进瘢痕疙瘩生长 | 首次揭示雪旺细胞在瘢痕疙瘩中的浸润现象及其通过分泌IGFBP5促进病变生长的分子机制 | 研究样本量有限,分子机制仍需进一步验证 | 探究瘢痕疙瘩的分子病理机制及潜在治疗靶点 | 瘢痕疙瘩组织、正常瘢痕组织、瘢痕疙瘩成纤维细胞、兔耳瘢痕模型 | 单细胞生物学 | 皮肤纤维增生性疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8139 | 2025-10-06 |
Construction of a novel CD8T cell-related index for predicting clinical outcomes and immune landscape in ovarian cancer by combined single-cell and RNA-sequencing analysis
2025-May-12, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02582-4
PMID:40354001
|
研究论文 | 通过结合单细胞和RNA测序分析构建CD8T细胞相关指数,用于预测卵巢癌临床结局和免疫景观 | 开发了基于机器学习的新型CD8T细胞相关指数(CCAI),首次整合多个CD8T细胞相关分子作为卵巢癌预后生物标志物 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索CD8T细胞相关生物标志物在预测卵巢癌预后和免疫治疗疗效中的潜在作用 | 卵巢癌患者 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞测序,RNA测序,机器学习 | 机器学习模型 | 基因表达数据,单细胞数据 | 多个卵巢癌队列(EMTAB8107, TCGA-OV, GSE26712, GSE26193) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
8140 | 2025-10-06 |
Multi-omics identify ribosome related causal genes methylation, splicing, and expression in prostate cancer
2025-May-12, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02584-2
PMID:40354008
|
研究论文 | 通过多组学方法识别核糖体相关基因NSUN4和MPHOSPH6在甲基化、剪接和表达水平上与前列腺癌风险的因果关系 | 首次整合mQTL、sQTL和eQTL多组学数据,结合孟德尔随机化和共定位分析,系统揭示核糖体基因在前列腺癌中的因果作用机制 | 研究基于汇总数据,缺乏个体层面验证;样本来源有限(仅使用公共数据库数据) | 探究核糖体相关基因在前列腺癌发生发展中的分子机制 | 前列腺癌患者基因组和转录组数据 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 多组学整合分析,单细胞测序,SMR分析,共定位分析 | 孟德尔随机化模型 | 基因组数据,转录组数据,表观遗传数据 | 来自前列腺癌协会基因组研究(PRACTICAL)和FinnGen研究的汇总数据 | NA | 单细胞测序,多组学分析 | NA | NA |