单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27667 篇文献，本页显示第 8121 - 8140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8121 | 2024-09-30 |
Single-nuclei transcriptome analysis of channel catfish spleen provides insight into the immunome of an aquaculture-relevant species
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0309397
PMID:39325796
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研究论文 | 本文通过单核RNA测序技术分析了养殖相关物种——通道鲶鱼脾脏的转录组，揭示了其免疫系统的细胞组成和基因表达特征 | 首次对通道鲶鱼脾脏进行单核RNA测序，识别了多种免疫细胞亚群及其基因表达特征 | 研究仅限于通道鲶鱼脾脏，未涉及其他组织或物种 | 深入研究通道鲶鱼的免疫系统，特别是脾脏的免疫细胞组成和基因表达 | 通道鲶鱼脾脏的免疫细胞及其基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从8,157个细胞中生成了278,717,872条reads，整合数据包括19,613个细胞和20,121个基因 |
| 8122 | 2024-09-30 |
Specific cell subclusters of dental pulp stem cells respond to distinct pathogens through the ROS pathway
2024, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2024.1452124
PMID:39328360
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研究论文 | 研究分析了牙髓干细胞在受到口腔真菌和细菌感染时的细胞和分子特性 | 发现了一个特定的牙髓干细胞亚群对不同病原体感染有特异性反应，并通过ROS途径激活MAPK和NF-κB通路引发免疫反应 | NA | 研究牙髓干细胞在不同病原体感染下的反应机制 | 牙髓干细胞及其在真菌和细菌感染下的反应 | NA | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | mRNA | 6名健康受试者的阻生第三磨牙中的牙髓干细胞 |
| 8123 | 2024-09-30 |
Monocytes as an early risk factor for acute graft-versus-host disease after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1433091
PMID:39328417
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了异基因造血干细胞移植后急性移植物抗宿主病（aGVHD）的早期风险因素 | 首次发现移植后第21天外周血单核细胞的显著增加和激活与aGVHD的发生密切相关 | 研究样本量较小，需要进一步验证和扩大样本以确认结果的普遍性 | 识别异基因造血干细胞移植后急性移植物抗宿主病的潜在生物标志物，以预防和治疗该疾病 | 异基因造血干细胞移植后发生或未发生急性移植物抗宿主病的患者 | NA | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及发生和未发生急性移植物抗宿主病的患者样本 |
| 8124 | 2024-09-30 |
CD28/PD1 co-expression: dual impact on CD8+ T cells in peripheral blood and tumor tissue, and its significance in NSCLC patients' survival and ICB response
2023-Oct-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02846-3
PMID:37898752
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研究论文 | 研究探讨了CD28和PD1在CD8+ T细胞中的共表达及其对非小细胞肺癌患者生存和免疫检查点抑制剂反应的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和多参数流式细胞术分析了CD8+ T细胞在不同组织中的功能状态和转录特征，揭示了CD28在免疫检查点抑制剂反应中的关键作用 | 研究样本仅限于治疗前的非小细胞肺癌患者，可能无法完全代表所有患者的情况 | 探讨CD28和PD1在CD8+ T细胞中的共表达及其对非小细胞肺癌患者生存和免疫检查点抑制剂反应的影响 | CD8+ T细胞在周围血液、肿瘤组织和非肿瘤组织中的功能状态和转录特征 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、多参数流式细胞术 | NA | RNA | 治疗前的非小细胞肺癌患者 |
| 8125 | 2024-09-30 |
Mitochondrial dysfunction promotes the transition of precursor to terminally exhausted T cells through HIF-1α-mediated glycolytic reprogramming
2023-10-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42634-3
PMID:37891230
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研究论文 | 研究线粒体功能障碍如何通过HIF-1α介导的糖酵解重编程促进前体T细胞向终末耗竭T细胞的转变 | 揭示了线粒体功能障碍是T细胞功能耗竭的细胞内在触发因素，并通过HIF-1α介导的代谢重编程机制促进前体T细胞向终末耗竭T细胞的转变 | NA | 探讨线粒体功能障碍在T细胞耗竭中的作用及其分子机制 | 前体T细胞（Tpex）和终末耗竭T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 基因缺陷小鼠模型、单细胞转录组学和代谢组分析 | NA | 转录组数据、代谢数据 | 基因缺陷小鼠 |
| 8126 | 2024-09-30 |
stVAE deconvolves cell-type composition in large-scale cellular resolution spatial transcriptomics
2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad642
PMID:37862237
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研究论文 | 本文介绍了一种基于变分自编码器框架的方法stVAE，用于解析大规模细胞分辨率空间转录组数据的细胞类型组成 | stVAE能够准确识别细胞类型及其在空间转录组数据中的相对比例，有助于理解细胞群体的异质性及其在组织中的相互作用 | NA | 开发一种新的方法来解析大规模细胞分辨率空间转录组数据的细胞类型组成 | 细胞分辨率空间转录组数据中的细胞类型组成 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 变分自编码器 | 转录组数据 | 五个数据集，涵盖三种不同的生物组织 |
| 8127 | 2024-09-30 |
LPS-induced acute neuroinflammation, involving interleukin-1 beta signaling, leads to proteomic, cellular, and network-level changes in the prefrontal cortex of mice
2023-Mar, Brain, behavior, & immunity - health
DOI:10.1016/j.bbih.2023.100594
PMID:36713475
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研究论文 | 研究了外周感染诱导的神经炎症对小鼠前额叶皮层电生理和蛋白质组学的影响 | 首次比较了IL-1β对前额叶皮层锥体细胞和中间神经元的电生理效应，并发现了LPS处理后前额叶皮层电生理和分子水平的显著变化 | NA | 探讨外周感染诱导的急性系统性炎症对前额叶皮层认知功能的影响 | 小鼠前额叶皮层的电生理和蛋白质组学变化 | 神经科学 | NA | 电生理记录、2-D差异凝胶电泳、质谱分析 | NA | 电生理数据、蛋白质组数据 | 雄性小鼠 |
| 8128 | 2024-09-30 |
Reconstruction of the tumor spatial microenvironment along the malignant-boundary-nonmalignant axis
2023-02-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36560-7
PMID:36806082
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研究论文 | 开发了一种名为Cottrazm的工具，结合空间转录组学、苏木精和伊红染色图像以及单细胞转录组学，用于描绘肿瘤边界并重建细胞类型特异性基因表达谱 | 首次将空间转录组学与病理学图像和单细胞转录组学结合，以描绘肿瘤边界并重建细胞类型特异性基因表达谱 | NA | 揭示肿瘤空间微环境的结构和功能特征 | 肿瘤边界及其与恶性细胞和非恶性细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学、苏木精和伊红染色、单细胞转录组学 | NA | 图像、基因表达数据 | NA |
| 8129 | 2024-09-30 |
CPA-Perturb-seq: Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators
2023-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.09.527751
PMID:36798324
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研究论文 | 本文介绍了CPA-Perturb-seq方法，用于多重单细胞分析替代多聚腺苷酸化调控因子 | 开发了一种新的统计框架，用于识别扰动依赖的内含子和串联多聚腺苷酸化的变化，并训练了一个多任务深度神经网络来预测扰动响应 | NA | 更好地理解CPA调控机制如何影响多聚腺苷酸位点的选择 | 42个已知的CPA调控因子及其对多聚腺苷酸位点使用的影响 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | 多任务深度神经网络 | RNA序列 | 42个已知的CPA调控因子 |
| 8130 | 2024-09-30 |
Intracellular Spatial Transcriptomic Analysis Toolkit (InSTAnT)
2023-Jan-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2481749/v1
PMID:36747718
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研究论文 | 本文介绍了InSTAnT，一个用于从空间转录组数据中提取分子关系的计算工具包 | InSTAnT能够检测基因对和模块在细胞内和细胞间的有趣共定位模式，并使用专门的统计测试和图挖掘技术 | NA | 开发新的分析工具以实现空间转录组技术的全部潜力 | 人类癌细胞系和小鼠下丘脑前视区的空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术（如MERFISH） | NA | 空间转录组数据 | 人类癌细胞系和小鼠下丘脑前视区的数据 |
| 8131 | 2024-09-30 |
Overview of single-cell RNA sequencing analysis and its application to spermatogenesis research
2023 Jan-Dec, Reproductive medicine and biology
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/rmb2.12502
PMID:36726594
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序分析及其在精子发生研究中的应用 | 单细胞RNA测序识别出成鼠睾丸中的间充质细胞和II型先天淋巴细胞作为新的睾丸细胞类型，以及详细的生殖细胞亚型 | 单细胞RNA测序分析需要广泛的实验技术和生物信息学知识，对许多实验生物学家和临床医生来说难以使用 | 使单细胞RNA测序分析更加普及，并总结了使用该技术在人类和小鼠精子发生研究中获得的最新见解 | 人类和小鼠的精子发生过程 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 8132 | 2024-09-30 |
Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data
2022-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.12.13.520181
PMID:36561173
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研究论文 | 提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的基因共表达 | CS-CORE方法在表达测量模型中明确考虑了测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在高测序深度变化和测量误差下的问题 | 未提及 | 开发一种新的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中准确推断特定细胞类型的基因共表达 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 基因表达数据 | 包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的死后脑样本和血液样本 |
| 8133 | 2024-09-30 |
Deep learning explains the biology of branched glycans from single-cell sequencing data
2022-Oct-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105163
PMID:36217547
|
研究论文 | 本文利用单细胞测序数据和深度学习模型，预测了小鼠T淋巴细胞的糖链表型，并揭示了糖链的生物学功能和调控机制 | 首次使用深度学习模型从转录组数据中预测细胞的糖链表型，并通过SHAP解释模型识别出高度预测性的基因 | NA | 揭示糖链在细胞水平上的功能和调控机制 | 小鼠T淋巴细胞的糖链表型 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 深度学习模型 | 转录组数据和糖链数据 | 小鼠T淋巴细胞 |
| 8134 | 2024-09-30 |
Normalization and de-noising of single-cell Hi-C data with BandNorm and scVI-3D
2022-10-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02774-z
PMID:36253828
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研究论文 | 本文开发了BandNorm归一化方法和scVI-3D深度生成模型，用于单细胞Hi-C数据的归一化和去噪 | 提出了BandNorm和scVI-3D两种新方法，分别用于处理单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差 | NA | 解决单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差问题 | 单细胞Hi-C数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞Hi-C | 深度生成模型 | 基因组数据 | NA |
| 8135 | 2024-09-30 |
Spatially informed cell-type deconvolution for spatial transcriptomics
2022-09, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01273-7
PMID:35501392
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研究论文 | 本文介绍了一种基于条件自回归的解卷积方法（CARD），用于空间转录组学中的细胞类型解卷积 | CARD方法结合了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的细胞类型特异性表达信息与细胞类型组成在组织位置间的相关性，能够提高解卷积的准确性，并能在没有scRNA-seq参考数据的情况下进行解卷积 | NA | 开发一种新的解卷积方法，以提高空间转录组学数据中细胞类型组成的准确性 | 空间转录组学数据中的细胞类型组成和基因表达水平 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 条件自回归模型 | 基因表达数据 | 四个数据集，包括一个胰腺癌数据集 |
| 8136 | 2024-09-30 |
Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with an adaptive graph attention auto-encoder
2022-04-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29439-6
PMID:35365632
|
研究论文 | 本文开发了一种名为STAGATE的图注意力自编码器框架，用于从空间转录组学数据中准确识别空间域 | STAGATE通过集成空间信息和基因表达谱，采用注意力机制自适应学习相邻点的相似性，并可选地集成预聚类的基因表达，以更好地表征空间域边界的相似性 | NA | 开发一种新的方法来准确识别空间转录组学数据中的空间域 | 空间转录组学数据中的空间域 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 图注意力自编码器 | 基因表达数据 | 多种空间转录组学数据集，由不同平台生成，具有不同的空间分辨率 |
| 8137 | 2024-09-30 |
Recent advances and application of whole genome amplification in molecular diagnosis and medicine
2022-Mar, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.116
PMID:35281794
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综述 | 本文综述了全基因组扩增（WGA）技术在分子诊断和医学中的最新进展和应用 | 介绍了WGA技术在单细胞测序中的应用，并讨论了其在分子诊断和医学中的应用前景和挑战 | 未提及具体的技术局限性 | 综述WGA技术在分子诊断和医学中的应用 | 全基因组扩增技术及其在分子诊断和医学中的应用 | 分子生物学 | NA | 全基因组扩增（WGA） | NA | DNA | 少量DNA样本，特别是单细胞样本 |
| 8138 | 2024-09-30 |
Cell specific peripheral immune responses predict survival in critical COVID-19 patients
2022-02-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28505-3
PMID:35169146
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研究论文 | 研究了外周免疫细胞激活与重症COVID-19患者生存率之间的关系 | 使用单细胞RNA测序和CITE-seq技术，揭示了与重症COVID-19患者生存相关的特定细胞类型转录特征，并利用机器学习预测死亡率 | 需要进一步验证和独立数据集的支持 | 探讨外周免疫细胞激活与重症COVID-19患者生存率的关系，并开发预测模型 | 重症COVID-19患者的免疫细胞和生存率 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序，CITE-seq | 机器学习 | 转录组数据 | 多个重症COVID-19患者样本 |
| 8139 | 2024-09-30 |
Comparison and evaluation of statistical error models for scRNA-seq
2022-01-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02584-9
PMID:35042561
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研究论文 | 本文比较和评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中统计误差模型的性能 | 本文分析了59个scRNA-seq数据集，发现负二项分布模型在处理具有足够测序深度的基因时表现更好，并提出了数据驱动的方法来进行参数估计 | 本文主要集中在统计误差模型的比较和评估，未涉及其他可能影响scRNA-seq数据质量的因素 | 评估不同统计误差模型在scRNA-seq数据中的适用性，并提供建模建议 | scRNA-seq数据中的统计误差模型 | NA | NA | scRNA-seq | 负二项分布模型 | scRNA-seq数据 | 59个scRNA-seq数据集 |
| 8140 | 2024-09-30 |
Single-cell multi-omics sequencing: application trends, COVID-19, data analysis issues and prospects
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab229
PMID:34111889
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综述 | 本文综述了单细胞多组学测序技术的最新进展及其在理解复杂疾病（特别是COVID-19）中的应用，并总结了用于分析多层异质数据的相关机器学习和生物信息学技术 | 本文介绍了变分推断和基于图的学习方法在单细胞多组学数据分析中的应用，并讨论了Seurat V3等常用工具在处理缺失变量和标签中的作用 | 本文主要讨论了数据一致性和多样性问题，以及数据对错误校正和数据插补方法的关注，但未深入探讨具体的解决方案 | 综述单细胞多组学测序技术的发展及其在复杂疾病研究中的应用，并探讨相关的数据分析问题和未来展望 | 单细胞多组学测序技术及其在COVID-19等复杂疾病中的应用 | 生物信息学 | 传染病 | 单细胞多组学测序 | NA | 多层异质数据 | NA |