单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8101	2024-10-04	Single-cell transcriptomic analysis of radiation-induced lung injury in rat 2024-Sep-06, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2024.10357 PMID:38552230	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了放射线诱导的肺损伤在大鼠中的细胞机制	揭示了放射线暴露后肺组织中细胞间通讯增加以及不同细胞类型的亚群特征	仅限于大鼠模型，且样本量较小	探究放射线诱导肺损伤的细胞机制	大鼠肺组织中的单细胞	数字病理学	肺损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	大鼠肺组织样本
8102	2024-10-04	Inactivated cGAS-STING Signaling Facilitates Endocrine Resistance by Forming a Positive Feedback Loop with AKT Kinase in ER+HER2- Breast Cancer 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403592 PMID:39023171	研究论文	本文研究了cGAS-STING信号通路在ER+HER2-乳腺癌内分泌抵抗中的作用及其与AKT激酶的正反馈机制	首次揭示了cGAS-STING信号通路在ER+HER2-乳腺癌内分泌抵抗中的作用，并发现其与AKT1激酶形成正反馈循环	研究主要基于RNA测序数据和空间转录组学分析，缺乏直接的细胞和动物实验验证	探讨ER+HER2-乳腺癌内分泌抵抗的分子机制及潜在治疗策略	ER+HER2-乳腺癌细胞及其内分泌抵抗机制	NA	乳腺癌	RNA测序	NA	基因表达数据	ER+HER2-乳腺癌患者样本
8103	2024-10-04	Single-Cell RNA Sequencing Deconstructs the Distribution of Immune Cells Within Abdominal Aortic Aneurysms in Mice 2024-09, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321129 PMID:39051127	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了小鼠腹主动脉瘤中CD45+细胞的分布和相互作用	首次在单细胞水平上解析了腹主动脉瘤中免疫细胞的分布和相互作用，并发现了AAA组织中特有的常规树突状细胞类型1	研究仅限于小鼠模型，尚未完全验证在人类AAA中的适用性	探讨腹主动脉瘤发展过程中免疫细胞的作用及其相互作用	小鼠腹主动脉瘤组织中的免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个时间点的小鼠腹主动脉瘤组织样本
8104	2024-10-04	IL-33 Facilitates Fibro-Adipogenic Progenitors to Establish the Pro-Regenerative Niche after Muscle Injury 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405299 PMID:39037903	研究论文	研究探讨了肌肉损伤后IL-33通过激活纤维脂肪祖细胞（FAPs）促进肌肉再生的机制	首次揭示了IL-33/IL1RL1信号通路在肌肉再生中的作用，为肌肉相关疾病和损伤的治疗提供了新的策略	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	探讨肌肉损伤后促进肌肉再生的机制	肌肉干细胞（MuSCs）、纤维脂肪祖细胞（FAPs）和巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	14种不同的肌肉细胞
8105	2024-10-04	Cross-modal integration of bulk RNA-seq and single-cell RNA sequencing data to reveal T-cell exhaustion in colorectal cancer 2024-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70101 PMID:39344205	研究论文	本文提出了一种名为DeepTEX的多组学深度学习方法，通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA测序数据，研究结直肠癌中T细胞耗竭的异质性	本文创新性地提出了DeepTEX方法，通过跨模态数据整合和知识蒸馏模型，预测T细胞耗竭的异质性，并识别关键功能通路和基因	NA	研究结直肠癌中T细胞耗竭的异质性，并探索相关的治疗靶点	结直肠癌中的T细胞耗竭	机器学习	结直肠癌	RNA-seq	深度学习模型	RNA-seq数据	NA
8106	2024-10-04	Single-cell multiomic analysis identifies macrophage subpopulations in promoting cardiac repair 2024-Aug-27, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175297 PMID:39190625	研究论文	研究通过单细胞多组学分析，揭示了在心脏修复过程中巨噬细胞亚群的作用及其命运调控机制	首次通过时空单细胞表观基因组分析，揭示了再生和非再生心脏中特定巨噬细胞亚群的功能及其命运调控机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨心脏修复过程中巨噬细胞亚群的功能及其命运调控机制	再生和非再生心脏中的巨噬细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	再生（P1）和非再生（P10）小鼠心脏样本
8107	2024-10-04	High-resolution Inference of Multiplexed Anti-HIV Gene Editing using Single-Cell Targeted DNA Sequencing 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.24.576921 PMID:38328062	研究论文	本文介绍了一种用于评估抗HIV基因治疗策略的高分辨率单细胞靶向DNA测序平台	开发了一种单细胞DNA测序平台，能够同时分析HIV基因组和50个宿主依赖因子基因，以评估多重基因编辑的效果	研究结果显示，在单个细胞中观察到多个位点的抗病毒基因编辑的情况很少	评估抗HIV基因治疗策略的疗效和治疗潜力	HIV基因组和宿主依赖因子基因	基因编辑	HIV感染	单细胞靶向DNA测序	CRISPR-Cas9	DNA序列	涉及小胶质细胞和原代单核细胞衍生的巨噬细胞
8108	2024-10-04	Pediatric glioma immune profiling identifies TIM3 as a therapeutic target in BRAF fusion pilocytic astrocytoma 2024-Aug-13, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177413 PMID:39137048	研究论文	本文研究了儿童胶质瘤的免疫特征，并确定了TIM3作为BRAF融合型毛细胞星形细胞瘤的治疗靶点	首次在BRAF融合型毛细胞星形细胞瘤中发现了激活的微胶质细胞群MG-Act，并证明了TIM3在肿瘤微环境中的表达上调，以及抗TIM3治疗在MAPK驱动的低级别胶质瘤中的疗效	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行临床试验	探讨儿童胶质瘤的免疫特征，并寻找新的治疗靶点	儿童胶质瘤，特别是BRAF融合型毛细胞星形细胞瘤	数字病理学	脑瘤	全转录组测序、单细胞测序、顺序多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据	涉及人类和小鼠的胶质瘤样本
8109	2024-10-04	Molecular Changes Implicate Angiogenesis and Arterial Remodeling in Systemic Sclerosis-Associated and Idiopathic Pulmonary Hypertension 2024-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320005 PMID:38841857	研究论文	研究分析了系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压患者的肺组织中单细胞RNA测序数据，揭示了血管重塑和血管生成的分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压患者的肺血管内皮细胞和周围间充质细胞的转录组变化，揭示了新的血管生成和重塑机制	研究样本量较小，且仅限于特定类型的肺动脉高压患者，可能影响结果的普适性	探究系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压中血管重塑和血管生成的分子机制	系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压患者的肺组织中的血管内皮细胞和周围间充质细胞	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA	系统性硬化症相关肺动脉高压患者16例，特发性肺动脉高压患者3例，健康对照15例
8110	2024-10-04	Circadian control of tumor immunosuppression affects efficacy of immune checkpoint blockade 2024-Jul, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01859-0 PMID:38806707	研究论文	研究昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响	首次揭示了昼夜节律对免疫抑制细胞丰度的调控作用，并展示了时间依赖的免疫检查点阻断疗法效果	NA	探讨昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响	结直肠癌模型中的免疫抑制细胞和细胞毒性CD8 T细胞	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
8111	2024-10-04	Antitumor efficacy and potential mechanism of FAP-targeted radioligand therapy combined with immune checkpoint blockade 2024-Jun-03, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01853-w PMID:38825657	研究论文	研究了FAP靶向放射配体疗法与免疫检查点阻断联合使用的抗肿瘤效果及其潜在机制	首次展示了Lu-LNC1004与抗PD-L1免疫疗法联合使用在MC38/NIH3T3-FAP肿瘤小鼠模型中的完全肿瘤消除效果，并通过单细胞RNA测序和TCR测序揭示了联合疗法对肿瘤微环境的重新编程	初步临床研究样本量较小，需要进一步的大规模临床试验验证	探讨FAP靶向放射配体疗法与免疫检查点阻断联合使用的抗肿瘤效果及其机制	MC38/NIH3T3-FAP和CT26/NIH3T3-FAP肿瘤异种移植小鼠模型及难治性癌症患者	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), TCR测序	NA	单细胞RNA, T细胞受体	MC38/NIH3T3-FAP和CT26/NIH3T3-FAP肿瘤异种移植小鼠模型，以及难治性癌症患者
8112	2024-10-04	Large-scale neurophysiology and single-cell profiling in human neuroscience 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07405-0 PMID:38898291	研究论文	本文探讨了大规模单单位人类神经生理学、单细胞RNA测序、空间转录组学和长期体外组织培养等技术在人类神经科学中的应用	介绍了Neuropixels和近期脑细胞图谱工作的发展，并讨论了这些技术的融合如何进一步研究人类大脑网络级活动的细胞基础	NA	旨在为人类神经科学领域提供一个统一的框架，以理解人类大脑的功能细胞结构	人类大脑的细胞基础和网络级活动	神经科学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、Neuropixels	NA	单细胞RNA数据、空间转录组数据	NA
8113	2024-10-04	Integrated analyses reveal the diagnostic and predictive values of COL5A2 and association with immune environment in Crohn's disease 2024-06, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00276-5 PMID:38789829	研究论文	研究通过综合分析揭示了COL5A2在克罗恩病中的诊断和预测价值及其与免疫环境的关联	首次揭示了COL5A2在克罗恩病中的诊断和预测价值，并探讨了其与免疫环境的关联	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	探讨克罗恩病中免疫细胞异常及其与COL5A2的关联，以寻找潜在的诊断和预测标志物	克罗恩病患者的单细胞和批量RNA测序数据，以及COL5A2的表达和功能	数字病理学	消化系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq），免疫组化（IHC）	NA	RNA	克罗恩病患者和对照组的RNA测序数据，具体样本数量未明确提及
8114	2024-10-04	Identification of Colorectal Cancer Cell Stemness from Single-Cell RNA Sequencing 2024-04-02, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-23-0468 PMID:38156967	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别结直肠癌中的癌症干细胞	提出了一个单细胞干细胞特征（SCS_sig），能够稳健地识别表达所有标记基因的结直肠癌干细胞	SCS_sig评分在不同肿瘤间差异较大，反映了结直肠癌转录组的异质性	研究结直肠癌中的癌症干细胞及其与复发的关系	结直肠癌中的癌症干细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6个原发性结肠肿瘤、9个肝转移肿瘤和11个正常对照样本
8115	2024-10-04	APP-CD74 axis mediates endothelial cell-macrophage communication to promote kidney injury and fibrosis 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1437113 PMID:39351084	研究论文	研究揭示了APP-CD74轴在肾损伤和纤维化过程中介导内皮细胞与巨噬细胞之间的通信机制	首次揭示了APP-CD74轴在肾损伤修复过程中内皮细胞与巨噬细胞之间的重要通信作用	研究主要基于体外细胞共培养和小鼠模型，需要进一步的临床验证	探讨肾损伤修复过程中内皮细胞与巨噬细胞之间的复杂动态和多样性	肾损伤和纤维化过程中的内皮细胞与巨噬细胞	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序、Western blot分析、流式细胞术、免疫组化、免疫荧光染色	NA	RNA	使用了单侧输尿管梗阻（UUO）模型和肾缺血再灌注损伤（IRI）模型的数据，以及体外细胞共培养系统
8116	2024-10-04	Integrated analyses reveal IDO1 as a prognostic biomarker coexpressed with PD-1 on tumor-associated macrophages in esophageal squamous cell carcinoma 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1466779 PMID:39351094	研究论文	研究探讨了IDO1在食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤微环境中的表达模式及其对患者预后和治疗反应的影响	首次揭示了IDO1与PD-1在肿瘤相关巨噬细胞中的共表达，并探讨了其对化疗药物敏感性和免疫检查点阻断抵抗性的影响	研究样本量较小，且仅基于TCGA数据库和临床中心的数据，可能存在数据偏倚	研究IDO1在食管鳞状细胞癌中的表达及其对患者预后和治疗反应的影响	食管鳞状细胞癌患者及其肿瘤微环境中的IDO1表达	数字病理学	食管癌	RNA测序、数字免疫组化、多重免疫荧光	NA	RNA序列数据、图像	95名食管鳞状细胞癌患者
8117	2024-10-04	Identification and validation of ferroptosis-related biomarkers in intervertebral disc degeneration 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1416345 PMID:39351146	研究论文	本研究通过分析公共数据集和FerrDb数据库，鉴定并验证了与椎间盘退变相关的铁死亡相关生物标志物	本研究首次系统地鉴定了与椎间盘退变相关的铁死亡相关基因，并验证了其在疾病进展中的表达模式和潜在的免疫调节功能	本研究的样本量较小，且仅限于特定的公共数据集和数据库，未来需要更大规模和多样化的样本进行验证	揭示椎间盘退变中铁死亡的关键基因及其分子机制，为疾病的诊断和治疗提供新的靶点	椎间盘退变中的铁死亡相关基因及其在疾病进展中的表达和功能	生物信息学	骨科疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	临床样本和鼠模型
8118	2024-10-04	Differential modulation of mutant CALR and JAK2 V617F-driven oncogenesis by HLA genotype in myeloproliferative neoplasms 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1427810 PMID:39351227	研究论文	研究HLA基因型对CALR突变和JAK2 V617F驱动的骨髓增殖性肿瘤（MPN）中癌症发生的影响	首次探讨了HLA基因型在CALR突变和JAK2 V617F驱动的MPN中的潜在作用，并发现HLA基因型对这两种突变驱动的癌症发生有不同的限制作用	研究样本量相对较小，且仅限于特定类型的MPN患者	探讨HLA基因型在CALR突变和JAK2 V617F驱动的MPN中的潜在作用	CALR突变和JAK2 V617F驱动的MPN患者	NA	骨髓增殖性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因型数据	42名CALR突变阳性患者，158名JAK2 V617F阳性患者，1083名健康对照
8119	2024-10-04	From single-cell to spatial transcriptomics: decoding the glioma stem cell niche and its clinical implications 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1475235 PMID:39355251	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，解析了胶质瘤干细胞微环境及其临床意义	首次全面描述了胶质瘤干细胞及其与髓源抑制细胞的相互作用，并开发了一种新的预后标志物GSCS	NA	识别和表征胶质瘤干细胞，分析其与其他细胞类型的相互作用，并开发预后标志物	胶质瘤干细胞及其微环境中的细胞类型	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因调控网络分析、CellChat分析	机器学习算法	RNA测序数据	44个原发性胶质瘤样本
8120	2024-10-04	Machine learning-based identification of an immunotherapy-related signature to enhance outcomes and immunotherapy responses in melanoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1451103 PMID:39355255	研究论文	本文开发了一种基于机器学习的免疫治疗相关基因模型（ITRGM）签名，用于预测黑色素瘤患者的免疫治疗反应和预后	本文通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和多种机器学习算法，识别出66个共识免疫治疗预后基因（CITPGs），并构建了ITRGM签名，该签名在多个黑色素瘤队列中表现优于已发表的37个签名	NA	开发一种稳定的、强健的预测模型，用于将黑色素瘤患者分为'免疫热'和'免疫冷'肿瘤，以增强免疫治疗的效果和预后	黑色素瘤患者的免疫治疗反应和预后	机器学习	黑色素瘤	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、共识聚类、机器学习算法	机器学习模型	RNA测序数据、病理切片	包括两个黑色素瘤队列、三个额外黑色素瘤队列、TCGA-SKCM队列以及八个其他癌症队列