单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8101	2024-09-25	Single-cell RNA sequencing reveals intratumoral heterogeneity and multicellular community in primary hepatocellular carcinoma underlying microvascular invasion 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37233 PMID:39309949	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了原发性肝细胞癌中微血管侵犯的肿瘤内异质性和多细胞社区	首次对肝细胞癌中的微血管侵犯进行了详细的单细胞分析，揭示了免疫抑制生态系统和与微血管侵犯相关的上调信号	样本量较小，仅包括3个微血管侵犯阳性样本和14个阴性样本	研究肝细胞癌中微血管侵犯的肿瘤微环境，为免疫治疗提供潜在靶点	肝细胞癌患者的肿瘤组织及其配对的非肿瘤组织	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	3个微血管侵犯阳性样本和14个阴性样本，以及它们的配对非肿瘤组织
8102	2024-09-25	Smyd3-mediated immuno-modulation in HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma mouse models 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110854 PMID:39310755	研究论文	研究了SMYD3在HPV阴性头颈鳞状细胞癌小鼠模型中的免疫调节作用	发现SMYD3通过表观遗传抑制I型IFN反应基因，使用SMYD3 ASO和抗PD-1疗法联合治疗可以增强肿瘤对治疗的敏感性	NA	探讨SMYD3在HPV阴性头颈鳞状细胞癌中的免疫调节功能及其对治疗抵抗机制的影响	SMYD3在HPV阴性头颈鳞状细胞癌中的作用及其对免疫治疗的影响	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了MOC1小鼠口腔癌模型
8103	2024-09-25	Single-cell transcriptome and crosstalk analysis reveals immune alterations and key pathways in the bone marrow of knee OA patients 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110827 PMID:39310769	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，研究了膝骨关节炎患者骨髓抽吸物中的免疫变化和关键通路	本文首次深入研究了骨髓在膝骨关节炎中的免疫变化，不同于以往关注损伤部位或外周血的研究	NA	揭示膝骨关节炎患者骨髓中的免疫变化和关键通路	膝骨关节炎患者的骨髓抽吸物	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自随机临床试验（MILES: NCT03818737）的骨髓抽吸物样本
8104	2024-09-25	Single-cell sequencing reveals the heterogeneity of pancreatic neuroendocrine tumors under genomic instability and histological grading 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110836 PMID:39310774	研究论文	本文通过单细胞测序分析了胰腺神经内分泌肿瘤在基因组不稳定性和组织学分级下的异质性	揭示了肿瘤细胞在不同组织学分级和基因组不稳定性模式下激活的核心通路存在显著差异，并发现多种细胞类型可能参与肝转移过程	NA	研究胰腺神经内分泌肿瘤在基因组不稳定性和组织学分级下的异质性	胰腺神经内分泌肿瘤细胞及其在不同分级和基因组不稳定性下的异质性	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
8105	2024-09-25	Detecting anomalous anatomic regions in spatial transcriptomics with STANDS 2024-Sep-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52445-9 PMID:39300113	研究论文	本文介绍了一种基于生成对抗网络的创新框架STANDS，用于从多样本空间转录组数据中检测和解剖异常组织域	STANDS整合了多模态学习、迁移学习和风格迁移技术，解决了多样本异常组织域检测中的主要挑战	NA	开发一种能够从多样本空间转录组数据中进行异常组织域检测和解剖的新方法	多样本空间转录组数据中的异常组织域	生物信息学	NA	生成对抗网络	生成对抗网络	空间转录组数据	多样本
8106	2024-09-25	Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements 2024-Sep-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52490-4 PMID:39294132	研究论文	本文描述了一种结合高多重扰动和单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）的实验框架，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应顺式调控元件及其调控的基因	本文创新性地将高多重扰动与单细胞RNA测序结合，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应顺式调控元件	本文未提及具体的局限性	识别细胞类型特异性的CRISPRa响应顺式调控元件及其调控的基因	K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元中的候选顺式调控元件	基因组学	神经发育障碍	CRISPRa, 单细胞RNA测序	NA	RNA	493个gRNAs，K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元
8107	2024-09-25	PRDM3/16 regulate chromatin accessibility required for NKX2-1 mediated alveolar epithelial differentiation and function 2024-Sep-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52154-3 PMID:39284798	研究论文	研究探讨了PRDM3/16如何通过调节染色质可及性来影响NKX2-1介导的肺泡上皮细胞分化和功能	首次揭示了PRDM3和PRDM16在调节NKX2-1转录靶点的染色质可及性中的关键作用，以及它们在肺泡上皮细胞分化和功能中的重要性	研究主要集中在早期肺内胚层和AT2细胞中，未涵盖其他细胞类型和发育阶段	探讨NKX2-1与其他共激活因子在肺泡上皮细胞分化和功能中的相互作用机制	PRDM3和PRDM16在肺泡上皮细胞分化中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序、bulk ATAC测序、CUT&RUN技术	NA	RNA、染色质可及性数据	涉及早期肺内胚层和AT2细胞的多个样本
8108	2024-09-25	Single-cell RNA-seq analysis of rat molars reveals cell identity and driver genes associated with dental mesenchymal cell differentiation 2024-Sep-11, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01996-w PMID:39256700	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析大鼠磨牙，揭示了与牙髓间充质细胞分化相关的细胞身份和驱动基因	首次在大鼠磨牙的晚期钟形阶段使用单细胞RNA测序分析，揭示了牙髓间充质细胞的异质性和分化轨迹，并鉴定了新的细胞标记基因	研究仅限于大鼠磨牙的晚期钟形阶段，未涵盖其他物种或发育阶段	研究牙齿形态发生中的分子机制和信号通路，特别是牙髓间充质细胞的分化	大鼠下颌第一和第二磨牙的牙髓间充质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大鼠下颌第一和第二磨牙的多个细胞样本
8109	2024-09-25	Genomic and immune heterogeneity of multiple synchronous lung adenocarcinoma at different developmental stages 2024-Sep-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52139-2 PMID:39256403	研究论文	研究分析了不同病理阶段的多发性同步肺腺癌的基因组和免疫异质性	揭示了多发性同步肺腺癌在不同发展阶段的克隆独立性和趋同进化，以及免疫微环境的动态变化	样本量较小，仅包括8名患者的16个肿瘤样本	探讨多发性同步肺腺癌在不同病理阶段的基因组和免疫异质性	多发性同步肺腺癌及其在不同发展阶段的基因组和免疫特征	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、单细胞TCR测序和全外显子组测序	NA	基因组数据和免疫数据	8名患者的16个肿瘤样本
8110	2024-09-25	A single-cell transcriptomic dataset of pluripotent stem cell-derived astrocytes via NFIB/SOX9 overexpression 2024-Sep-10, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03823-x PMID:39256463	研究论文	本文通过NFIB/SOX9过表达诱导多能干细胞分化为星形胶质细胞，并进行了单细胞转录组测序分析	建立了NFIB/SOX9诱导的星形胶质细胞分化路径的全面图谱，揭示了分化过程中的分子变化	对诱导星形胶质细胞的精确分化路径和分子特征的理解仍不完全	研究人类神经疾病并识别治疗靶点	多能干细胞衍生的星形胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	64,736个细胞
8111	2024-09-25	Characterization of prostate macrophage heterogeneity, foam cell markers, and CXCL17 upregulation in a mouse model of steroid hormone imbalance 2024-09-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71137-4 PMID:39251671	研究论文	研究使用激素失衡小鼠模型，分析前列腺巨噬细胞异质性、泡沫细胞标志物及CXCL17上调	首次在激素失衡小鼠模型中详细描述了前列腺巨噬细胞的异质性，并确认了泡沫细胞在前列腺中的潜在病理作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	进一步表征激素失衡模型中前列腺的细胞异质性，并识别招募的泡沫细胞的特定转录组特征	前列腺巨噬细胞、泡沫细胞及其标志物	NA	前列腺增生	scRNA-seq	NA	转录组数据	C57BL/6J雄性小鼠，植入睾酮和雌二醇缓释颗粒或假手术，共两周
8112	2024-09-25	Differential expression of small bowel TGFβ1 and TGFβ3 characterizes intestinal strictures in patients with fibrostenotic Crohn's disease 2024-Sep, Histochemistry and cell biology IF:2.1Q2 DOI:10.1007/s00418-024-02290-0 PMID:38705911	研究论文	研究了TGFβ1和TGFβ3在小肠狭窄患者中的表达差异，以了解其在克罗恩病肠道纤维化中的作用	首次通过原位杂交和单细胞转录组学研究了TGFβ1和TGFβ3在小肠狭窄中的表达差异，揭示了TGFβ3在肠道纤维化中的潜在作用	研究仅限于小肠狭窄的黏膜和黏膜下层，未涉及其他组织或细胞类型	探讨TGFβ1和TGFβ3在克罗恩病小肠狭窄形成中的作用，为治疗提供理论依据	克罗恩病患者的小肠狭窄组织	NA	克罗恩病	原位杂交、单细胞转录组学	NA	基因表达数据	克罗恩病患者的小肠狭窄组织与正常小肠组织
8113	2024-09-25	Human organoids with an autologous tissue-resident immune compartment 2024-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07791-5 PMID:39143209	研究论文	本文描述了一种新型的人类肠道免疫器官（IIOs），通过自组织形成包含自体组织驻留记忆T细胞的肠道器官，用于研究组织驻留免疫反应	首次在器官模型中引入自体组织驻留记忆T细胞，模拟了组织水平的免疫过程	NA	研究组织驻留免疫反应在肿瘤发生、感染和自身免疫疾病中的作用	人类肠道免疫器官（IIOs）及其在癌症治疗相关肠道炎症中的作用	生物医学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
8114	2024-09-25	Heme oxygenase 1-mediated ferroptosis in Kupffer cells initiates liver injury during heat stroke 2024-Sep, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2024.05.007 PMID:39309491	研究论文	研究热射病期间库普弗细胞中的血红素氧合酶1介导的铁死亡如何引发肝脏损伤	首次揭示了库普弗细胞中的血红素氧合酶1在热射病期间介导铁死亡，并通过IL-1介导的炎症引发肝脏损伤	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨热射病期间库普弗细胞功能障碍与肝脏损伤的关系	库普弗细胞、血红素氧合酶1、铁死亡、热射病	NA	肝脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠的巨噬细胞
8115	2024-09-25	Innate immune memory after brain injury drives inflammatory cardiac dysfunction 2024-Aug-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.06.028 PMID:39043180	研究论文	本文探讨了脑损伤后先天免疫记忆对心脏炎症功能障碍的影响	首次揭示了脑损伤后单核细胞/巨噬细胞在多个器官中持续的促炎性变化，并发现IL-1β在先天免疫记忆中的关键作用	实验主要在老鼠和少数中风患者中进行，需要进一步在更多人类样本中验证	研究脑损伤后先天免疫记忆对心脏功能的影响及其潜在治疗策略	脑损伤后的先天免疫记忆、心脏功能、IL-1β的作用	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	单细胞数据	老鼠和少数中风患者
8116	2024-09-25	ZEB1-mediated fibroblast polarization controls inflammation and sensitivity to immunotherapy in colorectal cancer 2024-Aug, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-024-00186-7 PMID:38937629	研究论文	研究ZEB1在结直肠癌相关成纤维细胞中的作用及其对免疫治疗敏感性的影响	首次揭示ZEB1在癌症相关成纤维细胞中的极化作用，及其对炎症和免疫治疗敏感性的调控机制	NA	探讨ZEB1在结直肠癌相关成纤维细胞中的功能及其对肿瘤免疫治疗的影响	ZEB1在癌症相关成纤维细胞中的表达及其对肿瘤微环境的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用免疫功能正常的结直肠癌小鼠模型进行研究
8117	2024-09-25	Targeting Adenosine A2b Receptor Promotes Penile Rehabilitation of Refractory Erectile Dysfunction 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202306514 PMID:38874549	研究论文	研究探讨了腺苷及其特定受体亚型在促进阴茎康复中的机制	首次揭示了A2b受体在腺苷诱导的阴茎勃起中的作用	研究主要集中在动物模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证	探讨腺苷及其受体亚型在治疗难治性勃起功能障碍中的作用	人阴茎海绵体、腺苷脱氨酶和腺苷受体敲除小鼠、阴茎海绵体平滑肌细胞	NA	勃起功能障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括ED患者和多种ED模型的大鼠
8118	2024-09-25	Causal association of monocytes with chronic kidney disease and the mediation role of frailty: A study integrating large-scale two-sample Mendelian randomization and single-cell analysis 2024-08, Archives of gerontology and geriatrics IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.archger.2024.105435 PMID:38583266	研究论文	本研究通过整合大规模的两样本孟德尔随机化分析和单细胞转录组分析，探讨了单核细胞与慢性肾病及虚弱之间的因果关系	首次通过大规模孟德尔随机化分析和单细胞转录组分析，揭示了单核细胞与慢性肾病及虚弱之间的因果关系，并发现了潜在的共同遗传变异位点	研究依赖于现有的基因组关联研究数据集，可能存在数据偏倚；单细胞转录组分析的样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨单核细胞与慢性肾病及虚弱之间的因果关系，并确定单核细胞在其中的中介作用	慢性肾病患者、虚弱患者及单核细胞	NA	慢性肾病	孟德尔随机化分析、单细胞转录组分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	基于441个全基因组关联研究数据集
8119	2024-09-25	Single Cell Analysis of Peripheral TB-Associated Granulomatous Lymphadenitis 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.596301 PMID:38853908	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了结核病患者淋巴结中的细胞类型及其通信网络	首次使用单细胞RNA测序技术检测结核分枝杆菌RNA转录本，并将其与宿主细胞的转录组关联，识别单个感染细胞	样本量较小，仅涉及23名患者	研究结核病患者淋巴结中的细胞组成及其通信网络	结核病患者的淋巴结组织	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序	NA	RNA	23名结核病患者
8120	2024-09-25	Cholesterol efflux from C1QB-expressing macrophages is associated with resistance to chimeric antigen receptor T cell therapy in primary refractory diffuse large B cell lymphoma 2024-Jun-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49495-4 PMID:38890370	研究论文	研究报告了C1QB表达的巨噬细胞中胆固醇外流与原发性难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤对嵌合抗原受体T细胞疗法的抵抗性之间的关系	首次揭示了C1QB表达的巨噬细胞中胆固醇外流通过诱导CD8 T细胞的免疫抑制状态，导致其衰竭，从而抑制CAR-T细胞的细胞毒性	研究样本量较小，仅包括12名患者，可能影响结果的普适性	探讨原发性难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤对CAR-T细胞疗法的抵抗机制	C1QB表达的巨噬细胞、CAR-T细胞、CD8 T细胞	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	12名患者