单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8101	2024-09-26	A necroptosis-regulated model from single-cell analysis that predicts survival and identifies the Pivotal role of MAGEA6 in hepatocellular carcinoma 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37711 PMID:39315163	研究论文	本研究开发了一种基于单细胞分析的坏死性凋亡调控模型，用于预测肝细胞癌患者的生存情况，并揭示了MAGEA6在肝细胞癌中的关键作用	本研究首次开发了一种基于坏死性凋亡相关基因的风险特征，用于预测肝细胞癌患者的预后，并通过实验验证了MAGEA6在肝癌中的作用	本研究的样本量较小，且仅基于TCGA和ICGC数据库进行验证，未来需要更大规模的临床验证	开发一种新的坏死性凋亡相关基因风险特征，用于预测肝细胞癌患者的预后	肝细胞癌患者的预后预测和坏死性凋亡在肝癌细胞中的作用	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	25个关键坏死性凋亡调控因子和168个坏死性凋亡相关基因，TCGA-LIHC数据集作为训练集，ICGC数据集用于验证
8102	2024-09-26	Meiotic chromatin-associated HSF5 is indispensable for pachynema progression and male fertility 2024-Sep-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae701 PMID:39162221	研究论文	本研究鉴定了一种新的睾丸特异性蛋白HSF5，该蛋白通过染色质结合调控雄性减数分裂中的粗线期进展	首次发现HSF5在粗线期进展中的关键作用，并揭示了其与SMARCA5、SMARCA4和SMARCE1的生物学相互作用	NA	探讨HSF5在雄性减数分裂粗线期进展中的调控作用	HSF5蛋白及其在减数分裂中的功能	NA	NA	scRNA-seq, CUT&Tag	NA	基因表达数据	Hsf5-/-个体
8103	2024-09-26	Single-cell exome sequencing reveals polyclonal seeding and TRPS1 mutations in colon cancer metastasis 2024-Sep-23, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01960-8 PMID:39307879	研究论文	研究通过单细胞外显子测序揭示了结肠癌肝转移中的多克隆播种和TRPS1基因突变	首次通过单细胞外显子测序揭示了结肠癌肝转移的多克隆播种机制，并发现了TRPS1基因突变在肝转移中的重要作用	研究仅基于一个IV期结肠癌患者的样本，结果的普适性有待进一步验证	探索结肠癌肝转移的克隆进化和遗传异质性，识别驱动基因突变	结肠癌患者的原发肿瘤、肝转移和淋巴转移的单细胞	数字病理学	结肠癌	单细胞外显子测序	NA	基因组数据	150个单细胞
8104	2024-09-26	Patient-derived xenografts and single-cell sequencing identifies three subtypes of tumor-reactive lymphocytes in uveal melanoma metastases 2024-Sep-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.91705 PMID:39312285	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和患者来源的异种移植模型，识别并验证了葡萄膜黑色素瘤肝转移中的肿瘤反应性T细胞的三个亚型	首次结合单细胞测序和功能分析，揭示了葡萄膜黑色素瘤肝转移中肿瘤反应性T细胞的多样性	研究仅限于葡萄膜黑色素瘤肝转移，结果可能不适用于其他类型的黑色素瘤或其他器官的转移	通过识别和功能验证肿瘤反应性T细胞，提高葡萄膜黑色素瘤肝转移的免疫治疗效果	葡萄膜黑色素瘤肝转移中的肿瘤反应性T细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自患者的生物样本和肿瘤浸润淋巴细胞
8105	2024-09-26	SPRR1B+ keratinocytes prime oral mucosa for rapid wound healing via STAT3 activation 2024-Sep-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06864-5 PMID:39300285	研究论文	研究通过综合分析bulk-mRNA和单细胞测序数据，揭示了STAT3激活的SPRR1B+角质形成细胞在口腔黏膜快速愈合中的关键作用	首次揭示了STAT3激活的SPRR1B+角质形成细胞在口腔黏膜快速愈合中的重要作用，并发现这些细胞在未受伤的正常黏膜中丰富，但在正常皮肤中缺失	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨口腔黏膜快速愈合的细胞机制	口腔黏膜和皮肤的伤口愈合过程	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	mRNA	小鼠模型中的口腔黏膜和皮肤样本
8106	2024-09-26	Single-Cell Sequencing: High-Resolution Analysis of Cellular Heterogeneity in Autoimmune Diseases 2024-Jun, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-024-09001-6 PMID:39186216	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在自身免疫性疾病中的创新应用及其对疾病诊断和精准治疗的影响	单细胞测序技术能够以高分辨率分析细胞异质性，揭示驱动疾病进展的分子机制	尽管单细胞测序技术在自身免疫性疾病中有广泛应用，但仍存在一些局限性	研究单细胞测序技术在自身免疫性疾病中的应用，以揭示其发病机制和治疗靶点	自身免疫性疾病中的细胞异质性和分子机制	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞测序技术，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组、表观基因组或转录组信息	NA
8107	2024-09-26	Multi-omics Analysis Identifies Hypoxia Subtypes and S100A2 as an Immunosuppressive Factor in Cervical Cancer 2024-01, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-023-01304-x PMID:37648942	研究论文	本研究通过多组学分析，在宫颈癌样本中识别出三种缺氧亚型，并发现S100A2作为免疫抑制因子	首次在宫颈癌中研究缺氧景观，并识别出S100A2作为缺氧诱导的免疫抑制因子	NA	研究宫颈癌中的缺氧亚型及其对免疫治疗反应的影响	宫颈癌样本及其缺氧相关基因	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	来自The Cancer Genome Atlas数据集的宫颈癌样本
8108	2024-09-26	Single-cell RNA sequencing reveals that MYBL2 in malignant epithelial cells is involved in the development and progression of ovarian cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1438198 PMID:39136009	研究论文	研究利用单细胞RNA测序技术揭示了恶性上皮细胞中的MYBL2在卵巢癌发展和进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术全面研究了卵巢癌患者的细胞组成，并识别了关键的亚群和影响卵巢癌进展的转录因子	研究样本仅限于六名卵巢癌伴网膜转移的患者，可能影响结果的普适性	深入理解恶性上皮细胞在卵巢癌中的作用，并探讨卵巢癌免疫微环境和免疫耗竭的影响	卵巢癌患者的恶性上皮细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	六名卵巢癌伴网膜转移的患者
8109	2024-09-26	γδ T-cells in human malignancies: insights from single-cell studies and analytical considerations 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1438962 PMID:39281674	综述	本文综述了单细胞研究在不同恶性肿瘤中对γδ T细胞的生物学特性和调控机制的见解	介绍了高分辨率单细胞测序技术在γδ T细胞研究中的应用	γδ T细胞的低丰度使得其生物学特性仍不明确	探讨γδ T细胞在人类恶性肿瘤中的作用及其生物学机制	γδ T细胞及其在不同恶性肿瘤中的效应子亚群和调控机制	NA	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
8110	2024-09-26	Platinum-based chemotherapy promotes antigen presenting potential in monocytes of patients with high-grade serous ovarian carcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1414716 PMID:39315092	研究论文	研究探讨了铂类化疗对高级别浆液性卵巢癌患者单核细胞抗原呈递潜力的影响	首次揭示了铂类化疗通过转录上调MHC II类分子在单核细胞中诱导抗原呈递，而非通过表观遗传变化	研究仅限于高级别浆液性卵巢癌患者，且样本量未明确	揭示肿瘤特异性转录和表观遗传变化，以及化疗如何重编程单核细胞	高级别浆液性卵巢癌患者的单核细胞	NA	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
8111	2024-09-26	Causal effects of systemic inflammatory proteins on Guillain-Barre Syndrome: insights from genome-wide Mendelian randomization, single-cell RNA sequencing analysis, and network pharmacology 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1456663 PMID:39315093	研究论文	本研究通过全基因组孟德尔随机化、单细胞RNA测序分析和网络药理学探讨了系统性炎症蛋白对吉兰-巴雷综合征的因果效应	首次通过孟德尔随机化分析确定了四种与吉兰-巴雷综合征因果相关的炎症蛋白，并结合单细胞RNA测序和分子对接技术预测了潜在的治疗靶点	研究样本仅限于欧洲血统的参与者，可能限制了结果的普适性	探讨系统性炎症蛋白与吉兰-巴雷综合征的因果关系，并寻找潜在的治疗靶点	系统性炎症蛋白与吉兰-巴雷综合征的因果关系	生物信息学	神经疾病	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接技术	NA	基因组数据、RNA测序数据	8293名欧洲血统的参与者
8112	2024-09-26	Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations 2023-11-10, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531 PMID:37948512	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和代谢分析，定义了小鼠和人类黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）在不同器官中的群体，并比较了其转录组和代谢状态的差异	首次详细比较了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的转录组和代谢状态，揭示了MAIT17和MAIT1细胞在代谢上的显著差异	研究主要集中在小鼠和人类的MAIT细胞，未涉及其他物种的MAIT细胞	研究小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体定义及其发育路径	小鼠和人类的黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠和人类的多个器官样本
8113	2024-09-26	Metabolic diversity of tumor-infiltrating T cells as target for anti-immune therapeutics 2023-Nov, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03540-1 PMID:37733059	综述	本文讨论了肿瘤浸润性T细胞的代谢多样性及其在精准免疫治疗中的潜在应用	本文强调了T细胞代谢多样性在精准免疫治疗中的重要性，并探讨了代谢靶向药物的潜在应用	NA	探讨肿瘤浸润性T细胞的代谢多样性及其在癌症免疫治疗中的应用	肿瘤浸润性T细胞及其代谢状态	肿瘤学	NA	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	NA
8114	2024-09-26	Role of single-cell ferroptosis regulation in intercellular communication and skin cutaneous melanoma progression and immunotherapy 2023-Nov, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03504-5 PMID:37638981	研究论文	研究了铁死亡在皮肤黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境的影响	首次使用非负矩阵分解方法分析铁死亡相关肿瘤微环境细胞簇，揭示了细胞间通信对肿瘤发展和免疫治疗的重要性	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差	探讨铁死亡在皮肤黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境和免疫治疗的影响	皮肤黑色素瘤患者的肿瘤微环境细胞簇	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	RNA	多个皮肤黑色素瘤患者的样本
8115	2024-09-26	Multi-omics approach reveals dysregulated genes during hESCs neuronal differentiation exposure to paracetamol 2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107755 PMID:37731623	研究论文	研究了扑热息痛对人类胚胎干细胞神经分化过程中基因表达和表观遗传变化的影响	首次通过多组学方法研究扑热息痛对早期人类神经发育模型的影响，并揭示了扑热息痛诱导的染色质开放性变化与基因表达的关联	研究仅限于体外模型，需要进一步验证其在体内的相关性和长期影响	探讨扑热息痛对早期人类神经发育的潜在影响及其因果关系	人类胚胎干细胞在神经分化过程中暴露于扑热息痛后的基因表达和表观遗传变化	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序和ATAC测序	NA	基因表达数据和表观遗传数据	人类胚胎干细胞样本
8116	2024-09-26	Single-cell RNA sequencing of retina revealed novel transcriptional landscape in high myopia and underlying cell-type-specific mechanisms 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.372 PMID:37746666	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析高度近视和对照组小鼠视网膜，揭示了高度近视进展中各细胞类型的参与机制	发现了高度近视视网膜中一种新的杆状细胞亚群，并揭示了高度近视视网膜中神经元和胶质细胞的异常相互作用	研究仅限于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证	揭示高度近视视网膜的转录组景观及其细胞类型特异性机制	高度近视和对照组小鼠的视网膜	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	高度近视和对照组小鼠的视网膜样本
8117	2024-09-26	Colocalization of expression transcripts with COVID-19 outcomes is rare across cell states, cell types and organs 2023-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-023-02590-w PMID:37640912	研究论文	研究探讨了基因表达与COVID-19结果共定位的罕见性及其在不同细胞状态、细胞类型和器官中的影响	使用孟德尔随机化（MR）方法分析单细胞和批量RNA测序数据，评估基因表达与COVID-19结果的共定位情况	大多数基因表达与COVID-19结果的共定位可能是由于连锁不平衡导致的假阳性，共定位在不同细胞类型、细胞刺激和器官中高度可变且有时不一致	确定影响COVID-19结果的基因位点，并探讨基因表达与疾病结果共定位的影响因素	COVID-19严重性和易感性，以及基因表达与疾病结果的共定位	基因组学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	孟德尔随机化（MR）	RNA	NA
8118	2024-09-26	Towards Universal Cell Embeddings: Integrating Single-cell RNA-seq Datasets across Species with SATURN 2023-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.03.526939 PMID:36778387	研究论文	本文介绍了一种名为SATURN的深度学习方法，用于学习跨物种的通用细胞嵌入，通过结合蛋白质语言模型和RNA表达来整合不同物种的单细胞RNA测序数据	SATURN能够检测跨物种共同表达的功能相关基因，重新定义了跨物种分析的差异表达，并展示了其在跨物种注释转移和细胞类型识别中的有效性	NA	开发一种能够整合跨物种单细胞RNA测序数据的方法，以揭示细胞类型的进化保守性和多样性	跨物种的单细胞RNA测序数据，包括三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	涉及三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据
8119	2024-09-26	Novel human pluripotent stem cell-derived hypothalamus organoids demonstrate cellular diversity 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107525 PMID:37646018	研究论文	本文介绍了一种从人类多能干细胞（hPSCs）衍生出的下丘脑类器官分化协议，用于模拟该脑区的细胞多样性	首次建立了从hPSCs衍生出的下丘脑类器官分化协议，并使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了成熟下丘脑类器官中多样化的神经元和非神经元细胞类型	NA	研究下丘脑的发育及其在疾病建模中的应用，以开发针对下丘脑相关疾病的新疗法	人类多能干细胞衍生的下丘脑类器官及其细胞多样性	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了一个带有酪氨酸羟化酶（TH）-TdTomato报告基因的hPSC系，用于多巴胺能神经元（DNs）和其他TH表达细胞的研究
8120	2024-09-26	MoleculeExperiment enables consistent infrastructure for molecule-resolved spatial omics data in bioconductor 2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad550 PMID:37698995	研究论文	本文介绍了一个名为MoleculeExperiment的R/Bioconductor包，用于处理分子级空间组学数据	开发了MoleculeExperiment包，标准化了不同成像技术下的分子级数据，并简化了数据转换过程	NA	开发一个一致的数据结构标准，用于分子级空间组学数据的分析	分子级空间组学数据	生物信息学	NA	成像技术	NA	分子级数据	NA