单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8081	2025-02-06	Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis 2025-Jan-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5743704/v1 PMID:39801521	研究论文	本文提出了一种多尺度细胞间交互空间转录组学（MCIST）分析方法，结合多尺度拓扑表示和空间深度学习技术，用于空间转录组数据分析	首次提出多尺度细胞间交互空间转录组学分析方法，填补了当前空间转录组分析中忽视多尺度细胞间交互的空白	未明确提及具体局限性	改进空间转录组数据分析方法，提升空间域检测、轨迹推断、差异表达基因检测和信号通路富集分析的性能	空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学分析	空间深度学习技术	空间转录组数据	37个基准空间转录组数据集
8082	2025-02-06	Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types 2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.02.530774 PMID:39803528	研究论文	本文开发了一种结合统计和机制模型的混合建模方法，通过基因表达模式预测细胞的电生理活动	结合统计和生物物理模型，将基因表达与细胞电生理特性联系起来，克服了数学模型与数据不匹配的挑战	NA	研究基因表达与细胞电生理特性之间的关系	皮质细胞类型	生物信息学	NA	单细胞转录组学	Hodgkin-Huxley模型	多模态Patch-seq数据	多种皮质细胞类型
8083	2025-02-06	Biologically inspired heterogeneous learning for accurate, efficient and low-latency neural network 2025-Jan, National science review IF:16.3Q1 DOI:10.1093/nsr/nwae301 PMID:39758128	研究论文	本文提出了一种受生物启发的异质学习机制，用于构建准确、高效且低延迟的神经网络	结合了自抑制突触和神经元异质性的神经科学发现，创新性地提出了具有增强学习和记忆能力的脉冲神经网络（SNN）	未明确提及具体限制	追求与生物神经网络相媲美的准确性、效率和低延迟的人工神经网络	脉冲神经网络（SNN）及其在AI任务中的应用	机器学习	脑部疾病	scRNA-seq	SNN	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
8084	2025-02-06	Single-Cell RNA-Sequencing of Zebrafish Olfactory Epithelium Identifies Odor-Responsive Candidate Olfactory Receptors 2025-Jan, Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms IF:1.3Q4 DOI:10.1111/gtc.13191 PMID:39789807	研究论文	本文采用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼嗅觉感觉神经元，以识别对特定气味刺激响应的候选嗅觉受体	通过优化单细胞分离程序和使用冷活性蛋白酶，最小化神经元激活的假象，成功分类了不同细胞类型，并验证了嗅觉受体在不同嗅觉感觉神经元簇中的非重叠表达	NA	分析斑马鱼嗅觉感觉神经元的基因表达谱，识别对特定气味刺激响应的候选嗅觉受体	斑马鱼嗅觉感觉神经元	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
8085	2025-02-06	Acquisition of discrete immune suppressive barriers contributes to the initiation and progression of preinvasive to invasive human lung cancer 2025-Jan-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.31.630523 PMID:39803458	研究论文	本文通过单细胞技术构建了高分辨率的肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的细胞组成、功能状态、发育轨迹和多细胞交互网络图谱	首次构建了肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的高分辨率单细胞图谱，揭示了免疫抑制细胞表型的演变及其在疾病进展中的作用	研究主要基于单细胞技术，可能无法完全反映体内复杂的微环境变化	揭示肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的早期疾病发生和进展的决定因素	肺癌前侵袭和侵袭性腺癌的微解剖非固体（前侵袭）和固体（侵袭）部分	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, 多重成像质谱流式细胞术, 空间转录组学	NA	单细胞数据, 空间数据	个体部分固体结节的微解剖样本
8086	2025-02-06	Intratumoural CD8+ CXCR5+ follicular cytotoxic T cells have prognostic value and are associated with CD19+ CD38+ B cells and tertiary lymphoid structures in colorectal cancer 2024-Dec-30, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03887-z PMID:39739032	研究论文	本研究探讨了结直肠癌中CD8+ CXCR5+滤泡细胞毒性T细胞（TFC细胞）的特性及其在微卫星稳定（MSS）和微卫星不稳定（MSI-high）结直肠癌中的生物学功能	首次在结直肠癌中系统研究了TFC细胞的特性，并开发了基于TFC细胞的结直肠癌预后预测模型	未明确TFC细胞调控CD19+ CD38+ B细胞和三级淋巴结构（TLSs）的具体分子机制	探讨TFC细胞在结直肠癌中的特性及其在MSS和MSI-high结直肠癌中的生物学功能差异	结直肠癌患者肿瘤组织和外周血中的TFC细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、流式细胞术、共培养实验	预后预测模型	RNA测序数据、流式细胞数据	临床队列和公共数据集中的结直肠癌样本
8087	2025-02-06	A novel biomarker of COVI-19: MMP8 emerged by integrated bulk RNAseq and single-cell sequencing 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82227-8 PMID:39730651	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞测序数据，发现MMP8作为COVID-19的新型生物标志物，并探讨了其在疾病进展中的潜在作用	首次将MMP8识别为COVID-19的潜在治疗靶点，并通过单细胞测序揭示了其在髓细胞中的异质性表达及与其他细胞的相互作用	研究主要基于测序数据的分析，缺乏实验验证，且样本量有限	探索COVID-19的病理进展和分子变化，以解决诊断和治疗问题	健康供体、非重症和重症COVID-19患者	数字病理学	COVID-19	RNA-seq, 单细胞测序	NA	RNA测序数据	健康供体、非重症和重症COVID-19患者的RNA-seq数据
8088	2025-02-06	Dendritic cells type 1 control the formation, maintenance, and function of tertiary lymphoid structures in cancer 2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.27.628014 PMID:39763802	研究论文	本文研究了在癌症中1型树突状细胞（cDC1）对三级淋巴结构（TLS）形成、维持和功能的关键作用	揭示了cDC1在肿瘤早期和进展阶段对TLS形成和维持的不同机制，并提出了cDC1靶向治疗作为增强TLS功能和抗肿瘤免疫的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类癌症患者中验证	探讨1型树突状细胞在癌症中三级淋巴结构形成和维持中的作用	非小细胞肺癌（NSCLC）小鼠模型	免疫学	肺癌	空间转录组学、多重成像	小鼠模型	图像、转录组数据	多种人类肿瘤样本及小鼠模型
8089	2025-02-06	Integration of bulk and single-cell RNA-seq reveals prognostic gene signatures in patients with bladder cancer treated with immune checkpoint inhibitors 2024-Dec-21, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03839-7 PMID:39708127	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者的预后基因特征	结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，开发了一种预测膀胱癌基因特征（BC-GS），并验证了其在预后分层中的重要性	研究依赖于特定数据集（GSE176307和GSE135337），可能需要更多独立数据集进行进一步验证	识别可靠的生物标志物以增强对膀胱癌患者免疫检查点抑制剂治疗结果的预测	接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GSE176307和GSE135337数据集的膀胱癌患者样本
8090	2025-02-06	Identifying cell-type-specific spatially variable genes with ctSVG 2024-Dec-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5655066/v1 PMID:39764138	研究论文	本文介绍了一种名为ctSVG的计算方法，用于在单细胞分辨率下识别Visium HD空间转录组学中的细胞类型特异性空间变异基因	ctSVG方法能够准确地将Visium方块分配给细胞，并识别出细胞类型特异性的空间变异基因，这些基因与样本范围内的空间变异基因或细胞类型标记基因不重叠，揭示了真实空间数据集中的重要生物学功能	NA	开发一种计算方法，以在单细胞分辨率下识别细胞类型特异性的空间变异基因	Visium HD空间转录组学数据	数字病理学	NA	Visium HD空间转录组学	ctSVG	空间转录组学数据	NA
8091	2025-02-06	Decoding the muscle transcriptome of patients with late-onset Pompe disease reveals markers of disease progression 2024-Dec-03, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae249 PMID:39045638	研究论文	本文通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了晚发型庞贝病（LOPD）患者肌肉转录组的变化，以及与疾病进展相关的早期异常	首次应用单核RNA测序技术分析LOPD患者肌肉活检样本，结合GeoMx空间转录组学技术，揭示了肌肉细胞核内的转录异质性及疾病进展的分子机制	样本量较小（8名患者和4名健康对照），且研究结果需要进一步验证	研究晚发型庞贝病（LOPD）患者肌肉损伤的分子机制及疾病进展的早期标志物	8名LOPD患者和4名年龄和性别匹配的健康对照的肌肉活检样本	数字病理学	庞贝病	单核RNA测序，GeoMx空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	8名LOPD患者和4名健康对照的肌肉活检样本
8092	2025-02-06	AnnoGCD: a generalized category discovery framework for automatic cell type annotation 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae166 PMID:39660254	研究论文	本文提出了一种名为AnnoGCD的计算框架，用于单细胞RNA测序数据中的自动细胞类型注释	结合广义类别发现（GCD）和异常检测（AD），提出了一种半监督方法，能够准确分类已知细胞类型并发现新细胞类型	依赖于标记和未标记数据的结合，可能在某些数据稀缺的情况下表现受限	解决单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的挑战	人类和小鼠的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	半监督学习	单细胞RNA测序数据	五个人类scRNA-seq数据集和一个小鼠模型图谱
8093	2024-12-21	Exploring transcription modalities from bimodal, single-cell RNA sequencing data 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae179 PMID:39703422	研究论文	本文提出了一种椭圆参数化方法来分析双模态单细胞RNA测序数据，揭示了四种不同的转录模式	首次利用椭圆参数化方法分析双模态单细胞RNA测序数据，揭示了四种转录模式，这些模式反映了剪接、转录或降解速率的变化	研究仅在细胞周期和结直肠癌数据集上进行了验证，需要进一步在更多数据集上验证其普适性	探索双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式，以揭示基因表达分析中未被发现的基因	双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式	基因组学	结直肠癌	RNA测序	NA	基因表达数据	细胞周期和结直肠癌数据集
8094	2025-02-06	Circulating Adenoid Cystic Carcinoma associated MYB transcripts enable rapid and sensitive detection of metastatic disease in blood liquid biopsies 2024-Dec, The journal of liquid biopsy DOI:10.1016/j.jlb.2024.100276 PMID:39801676	研究论文	本研究开发了一种基于qPCR的检测方法，通过监测血液中MYB转录本的水平来检测腺样囊性癌（ACC）的转移	利用肿瘤特异性MYB表达特征，开发了一种敏感、经济且微创的诊断测试，用于早期检测ACC的转移	样本量较小，特别是转移性ACC组仅有5例样本	开发一种通过血液液体活检检测腺样囊性癌（ACC）转移的快速且敏感的方法	腺样囊性癌（ACC）患者及健康对照组的血液样本	数字病理学	腺样囊性癌	qPCR, scRNA-seq	NA	血液样本	49例样本（23例健康对照，15例无病ACC患者，6例局部ACC患者，5例转移性ACC患者）
8095	2024-11-15	Correction: Study on the mechanism of heterogeneous tumor-associated macrophages in three subtypes of breast cancer through the integration of single-cell RNA sequencing and in vitro experiments 2024-Nov-08, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-10053-2 PMID:39514125	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
8096	2025-02-06	ScRNA-seq and bulk RNA-seq identified NUPR1 as novel biomarkers related to CD4 + T cells infiltration for abdominal aortic aneurysm 2024-Nov-07, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-10050-5 PMID:39508893	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与腹主动脉瘤（AAA）中CD4+ T细胞浸润相关的生物标志物，特别是NUPR1基因	首次将NUPR1基因与AAA中CD4+ T细胞浸润联系起来，并验证了其在血管平滑肌细胞中的表达及其对AAA直径的影响	研究主要依赖于GEO数据库的现有数据，且实验验证部分样本量可能有限	识别与AAA中CD4+ T细胞浸润相关的分子标志物，以提高AAA的诊断和治疗策略	腹主动脉瘤（AAA）患者	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），qPCR，免疫组化，免疫荧光	NA	RNA测序数据	NA
8097	2025-02-06	Ly6E on tumor cells impairs anti-tumor T-cell responses: a novel mechanism of tumor-induced immune exclusion 2024-Nov-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03851-x PMID:39487896	研究论文	本文研究了肿瘤细胞上的Ly6E如何通过影响肿瘤微环境中的M2巨噬细胞来抑制抗肿瘤T细胞反应	首次揭示了Ly6E通过促进M2巨噬细胞在肿瘤微环境中的积累，导致CD8+ T细胞排斥的免疫调节机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨Ly6E在肿瘤微环境中的免疫调节机制及其对癌症免疫治疗的影响	人类乳腺癌组织和肿瘤细胞系，以及小鼠肿瘤模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、细胞表型数据	人类乳腺癌组织样本、肿瘤细胞系、小鼠肿瘤模型
8098	2025-02-06	Overcoming barriers to single-cell RNA sequencing adoption in low- and middle-income countries 2024-Oct, European journal of human genetics : EJHG IF:3.7Q2 DOI:10.1038/s41431-024-01564-4 PMID:38565638	评论	本文讨论了在低收入和中等收入国家（LMICs）中采用单细胞RNA测序技术的障碍及其克服方法	强调了在基因组和单细胞转录组研究中实现祖先包容性的重要性，并提出了在LMICs中建立、扩展和采用单细胞测序研究的合作努力	未具体提及研究的局限性	探讨如何在低收入和中等收入国家中克服单细胞RNA测序技术的采用障碍	低收入和中等收入国家的研究人员和捐赠者	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
8099	2025-02-06	Screening and identification of susceptibility genes for cervical cancer via bioinformatics analysis and the construction of an mitophagy-related genes diagnostic model 2024-Sep-19, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05952-7 PMID:39294534	研究论文	本研究通过生物信息学方法筛选和识别宫颈癌的易感基因，并构建了一个与线粒体自噬相关基因（MRGs）的诊断模型，旨在提高对疾病发病机制的理解并改善早期诊断和治疗	通过单细胞RNA测序数据提取MRGs，并基于细胞间相互作用数据构建网络图，利用机器学习算法构建临床预后模型，并通过大量临床数据进行验证和优化	NA	提高对宫颈癌发病机制的理解并改善早期诊断和治疗	宫颈癌患者和对照组的基因组数据	生物信息学	宫颈癌	单细胞RNA测序、差异基因表达分析、通路富集分析	机器学习算法	基因表达谱、单核苷酸多态性（SNP）数据	NA
8100	2025-02-06	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	本文提出了一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合多条件和多模态的单细胞时间序列数据	Sunbear框架能够填补单细胞时间序列数据中的缺失，对齐多数据集和多模态数据，并预测缺失模态的单细胞数据	由于单细胞测量的破坏性，无法捕捉特定细胞的完整时间轨迹	研究小鼠胚胎发育过程中多条件和多模态单细胞时间序列数据的建模	小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	Sunbear	单细胞时间序列数据	NA