单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31986 篇文献，本页显示第 8061 - 8080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8061 | 2025-10-06 |
scRNA-seq of the intestine reveals the key role of mast cells in early gut dysfunction associated with acute pancreatitis
2025-Mar-28, World journal of gastroenterology
IF:4.3Q1
DOI:10.3748/wjg.v31.i12.103094
PMID:40182603
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究急性胰腺炎早期肠道功能障碍中肥大细胞的关键作用 | 首次在单细胞水平揭示急性胰腺炎早期肠道屏障功能障碍中肥大细胞通过分泌CCL5促进中性粒细胞和巨噬细胞浸润的新机制 | 研究样本量相对有限，仅包含正常组和两个不同时间点的急性胰腺炎模型 | 探索急性胰腺炎相关肠道损伤的生物学过程和机制，寻找早期预防或治疗肠道屏障损伤的潜在靶点 | 小鼠小肠组织细胞 | 单细胞组学 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 33232个细胞，包含正常组、AP1组(4次雨蛙素注射)和AP2组(8次雨蛙素注射) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8062 | 2025-10-06 |
A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.25.609458
PMID:39229123
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了小鼠胚胎颅神经管闭合过程中时空基因表达图谱 | 首次系统分析了颅神经板闭合过程中870个基因的空间调控表达模式，并揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同转录调控程序 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种验证 | 研究早期哺乳动物大脑发育过程中的转录调控事件 | 小鼠胚胎颅神经板 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8063 | 2025-10-06 |
MAEST: accurately spatial domain detection in spatial transcriptomics with graph masked autoencoder
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf086
PMID:40052440
|
研究论文 | 提出一种名为MAEST的图神经网络模型，用于空间转录组数据中的空间域检测 | 使用图掩码自编码器进行去噪和表示精炼，结合图对比学习防止特征崩溃，集成单跳和多跳表示捕获局部和全局空间关系 | 未在摘要中明确说明 | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性和鲁棒性 | 人类大脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎等多种组织的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 图神经网络(GNN)、图掩码自编码器、图对比学习 | 基因表达谱空间数据 | 多个数据集，包括人类大脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8064 | 2025-10-06 |
Inferring gene regulatory networks from time-series scRNA-seq data via GRANGER causal recurrent autoencoders
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf089
PMID:40062616
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研究论文 | 提出一种名为GRANGER的无监督深度学习方法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 整合循环变分自编码器、格兰杰因果关系、稀疏诱导惩罚和基于负二项分布的损失函数，专门针对时间序列scRNA-seq数据的高噪声和稀疏性问题 | 未明确提及具体局限性 | 开发能够准确推断时间序列单细胞RNA测序数据中基因调控网络的新方法 | 小鼠全脑单细胞RNA测序数据和五个转录调控因子(E2f7, Gbx1, Sox10, Prox1, Onecut2) | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 循环变分自编码器 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8065 | 2025-10-06 |
scMUG: deep clustering analysis of single-cell RNA-seq data on multiple gene functional modules
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf138
PMID:40188497
|
研究论文 | 本文提出了一种整合基因功能模块信息的单细胞RNA测序数据深度聚类分析方法scMUG | 首次将基因功能关联信息整合到单细胞RNA测序聚类分析中，并提出了结合局部密度和全局分布的新型相似性度量方法 | NA | 解决单细胞RNA测序数据的高维稀疏性问题，提升细胞聚类分析性能 | 人类单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度聚类 | 基因表达数据 | 9个人类单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8066 | 2025-10-06 |
Exploring the regulatory role of CNPY3 as a prognostic biomarker on human glioma cell migration, invasion and immune infiltration
2025-Mar, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592251328162
PMID:40171811
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研究论文 | 本研究探讨CNPY3作为预后生物标志物在胶质瘤细胞迁移、侵袭和免疫浸润中的调控作用 | 首次系统研究CNPY3在胶质瘤中的调控机制，揭示其与免疫微环境和肿瘤细胞迁移侵袭的关系 | 研究主要基于公共数据库分析和体外细胞实验，缺乏体内实验验证 | 探索CNPY3作为预后生物标志物在胶质瘤中的调控作用 | 人类胶质瘤细胞和公共数据库中的胶质瘤临床数据 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 生物信息学分析，细胞划痕实验，transwell实验，单细胞测序 | COX回归分析，GSVA分析 | 基因表达数据，临床数据，单细胞测序数据 | 公共数据库中的胶质瘤样本和U87MG细胞系 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 8067 | 2025-10-06 |
CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.18.576317
PMID:38328105
|
研究论文 | 介绍了一种名为CHOIR的聚类方法，通过随机森林和置换测试优化单细胞数据中的细胞类型识别 | 提出了一种基于随机森林分类器和置换测试的层次聚类优化框架，能够统计确定不同细胞群体 | NA | 解决单细胞数据聚类中过度聚类或不足聚类的问题，提高细胞类型识别的准确性 | 单细胞数据中的细胞类型和状态 | 生物信息学 | NA | 随机森林, 置换测试, 层次聚类 | 随机森林 | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 空间转录组, 多组学数据 | 100个模拟数据集和4个真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 8068 | 2025-10-06 |
Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis
2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.24.554649
PMID:37662229
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学与空间图像分析整合，识别出14个沿肠道拓扑组织的肠嗜铬细胞亚群 | 首次系统性地识别出14个功能各异的肠嗜铬细胞亚群，并揭示其沿肠道的空间分布规律 | 肠嗜铬细胞功能多样性的分子和细胞基础仍需进一步明确 | 解析肠嗜铬细胞的功能多样性及其分子机制 | 肠嗜铬细胞 | 单细胞生物学 | 肠道疾病 | 单细胞转录组测序, 空间图像分析, 遗传学方法, 化学遗传学, 药理学方法 | NA | 单细胞转录组数据, 空间图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8069 | 2025-10-06 |
CENPF as a Potential Biomarker Associated with the Immune Microenvironment of Renal Cancer
2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment
IF:2.7Q3
DOI:10.1177/15330338251330791
PMID:40165474
|
研究论文 | 本研究探讨CENPF作为肾癌潜在预后生物标志物的作用及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 首次系统揭示CENPF在肾癌中的表达特征及其与免疫细胞浸润的关联机制 | 研究主要基于公共数据库和回顾性样本，需要进一步实验验证 | 探索CENPF作为肾癌预后生物标志物的潜力及其在肿瘤免疫微环境中的作用 | 肾癌患者组织样本、血浆样本及公共数据库中的肾癌数据 | 生物信息学 | 肾癌 | qPCR, 单细胞测序, 生物信息学分析 | Cox回归分析, CIBERSORT算法 | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 临床数据 | TCGA数据库中的KICH、KIRP、KIRC样本及GSE159115单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 8070 | 2025-10-06 |
T-cell receptors identified by a personalized antigen-agnostic screening approach target shared neoantigen KRAS Q61H
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1509855
PMID:40165973
|
研究论文 | 开发了一种个性化抗原无关筛选方法识别T细胞受体，靶向共享新抗原KRAS Q61H | 提出不依赖已知抗原直接识别肿瘤特异性T细胞克隆型的方法，突破了当前TCR选择需要预先知道靶抗原的限制 | 研究样本量较小（7例NSCLC患者），需要在更大队列中验证 | 开发抗原无关的TCR筛选方法，推进实体瘤的过继性细胞治疗 | 非小细胞肺癌患者的手术标本和T细胞受体 | 免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，TCR测序 | NA | 基因表达数据，TCR序列数据 | 7例NSCLC患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8071 | 2025-10-06 |
Enhancing pancreatic cancer treatment: the role of H101 oncolytic virus in irreversible electroporation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1546242
PMID:40170848
|
研究论文 | 本研究探讨H101溶瘤病毒联合不可逆电穿孔治疗胰腺癌的效果及机制 | 首次提出将H101溶瘤病毒与可逆电穿孔结合，通过激活JNK-MAPK通路增强胰腺癌治疗效果 | 研究主要基于细胞实验和小鼠模型，尚未进行临床试验验证 | 评估H101溶瘤病毒作为不可逆电穿孔辅助治疗胰腺癌的有效性 | 胰腺癌细胞系和小鼠皮下肿瘤模型 | 癌症治疗 | 胰腺癌 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 生化分析技术 | NA | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 8072 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing in non-obstructive azoospermia: insights from primary and re-analysis studies
2025, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2025.1539063
PMID:40177631
|
综述 | 本文系统评估了单细胞测序在非梗阻性无精症中的原发性研究和数据再分析研究 | 首次整合了NOA领域的原发性单细胞测序研究和数据再分析研究，揭示了转录调控因子、RNA转录、内分泌干扰物和微管细胞骨架等新发现 | 缺乏对单细胞研究结果向临床应用转化的深入探讨 | 系统评估单细胞测序在非梗阻性无精症研究中的应用和进展 | 人类睾丸组织中的生殖细胞、支持细胞和间质细胞 | 单细胞测序 | 男性不育症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 10项原发性研究和22项再分析研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8073 | 2025-10-06 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals SH3D21 promotes hepatocellular carcinoma progression by activating the PI3K/AKT/mTOR pathway
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0302766
PMID:40179068
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，揭示SH3D21通过激活PI3K/AKT/mTOR通路促进肝细胞癌进展 | 首次发现SH3D21作为新型遗传生物标志物在肝细胞癌中的促癌作用机制 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探究SH3D21在肝细胞癌中的表达、功能及其分子机制 | 肝细胞癌患者样本和肝细胞癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, CCK-8检测, 集落形成实验, Western blot分析 | NA | 基因表达数据, 实验数据 | 来自TCGA、ICGC和GEO数据库的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 8074 | 2025-10-06 |
Predicting and comparing transcription start sites in single cell populations
2025, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012878
PMID:40179341
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研究论文 | 开发了scTSS计算流程，用于在单细胞水平预测和比较转录起始位点 | 首个同时支持双端和单端5'单细胞RNA测序数据的TSS分析工具，能够进行多样本联合分析和差异TSS使用检测 | 未明确说明样本数量和技术验证的局限性 | 开发单细胞水平转录起始位点的预测和比较分析方法 | 转录起始位点在单细胞群体中的使用模式 | 生物信息学 | NA | 5'单细胞RNA测序 | 二项广义线性混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及两种不同疾病的单细胞数据 | NA | single-cell RNA-seq | NA | 5' scRNA-seq |
| 8075 | 2025-10-06 |
Unraveling the spatial and signaling dynamics and splicing kinetics of immune infiltration in osteoarthritis synovium
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1521038
PMID:40181977
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了骨关节炎滑膜中免疫细胞浸润的空间动态和信号通路 | 首次构建骨关节炎滑膜的空间转录图谱，识别了OA特异性空间吸引子，发现OLR1和CD69基因的异常剪接动力学驱动炎症通路 | 样本量相对有限（8个OA和4个健康样本），需要更大规模验证 | 解析骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态和信号通路机制 | 骨关节炎患者和健康人的滑膜组织 | 空间转录组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 剪接动力学分析 | 空间转移张量分析, 非负矩阵分解 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 8个骨关节炎滑膜样本和4个健康滑膜样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8076 | 2025-10-06 |
Temporal and spatial distribution of histone acetylation in mouse molar development
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19215
PMID:40183048
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研究论文 | 本研究通过绘制小鼠磨牙发育过程中组蛋白H3和H4及其乙酰化位点的分布模式，揭示组蛋白乙酰化在牙齿发育中的作用机制 | 首次系统揭示小鼠磨牙发育过程中组蛋白乙酰化的时空分布特征及其调控机制 | 研究局限于小鼠模型，尚未在人类或其他物种中验证 | 探究组蛋白乙酰化修饰与牙齿发育的关联机制 | 小鼠磨牙发育过程中的上皮细胞和间充质细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,组织切片图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8077 | 2025-10-06 |
Characterizing macrophage diversity in colorectal malignancies through single-cell genomics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1526668
PMID:40191203
|
综述 | 通过单细胞基因组学方法表征结直肠恶性肿瘤中巨噬细胞的多样性 | 从单细胞组学角度探索近年定义的独特巨噬细胞亚型，并基于其潜在功能进行分类 | 缺乏对巨噬细胞多样性命名和分子特征的统一阐述 | 评估传统巨噬细胞极化亚型在结直肠恶性肿瘤中的应用 | 结直肠癌肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞基因组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8078 | 2025-10-06 |
Successful cryopreservation of marine invertebrates immune cells enables long-term studies of common octopus, Octopus vulgaris Cuvier 1797, hemocyte immune functions
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1543587
PMID:40191212
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研究论文 | 本研究建立了普通章鱼血细胞冷冻保存方法，实现了长期保存后细胞仍保持高活性和免疫功能 | 首次报道了海洋无脊椎动物免疫细胞成功冷冻保存的方法，并验证了冷冻保存后细胞的功能活性 | 仅针对普通章鱼血细胞进行研究，方法在其他软体动物中的适用性需要进一步验证 | 开发软体动物免疫细胞的长期保存方法，为免疫机制研究提供可靠细胞来源 | 普通章鱼(Octopus vulgaris)的血细胞(免疫细胞) | 细胞生物学 | NA | 细胞冷冻保存技术、基因表达分析、吞噬功能检测 | NA | 细胞功能数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 8079 | 2025-10-06 |
Molecular biology of the deadliest cancer - glioblastoma: what do we know?
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1530305
PMID:40191211
|
综述 | 本文整合了当前关于胶质母细胞瘤细胞及其微环境的生物学特性和分子通讯模式的知识 | 强调单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤的新见解，并提出个性化多免疫疗法的重要性 | NA | 总结胶质母细胞瘤的分子生物学特征并探讨潜在治疗策略 | 胶质母细胞瘤细胞及其肿瘤微环境 | 分子生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8080 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals immunosuppressive microenvironment and highlights tumor-promoting macrophage cells in Glioblastoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0312764
PMID:40193323
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示胶质母细胞瘤免疫抑制微环境特征及肿瘤促进性巨噬细胞亚型 | 首次在单细胞水平系统鉴定胶质母细胞瘤中五种肿瘤相关巨噬细胞亚型，并发现具有M2极化特征的TAM_MRC1亚型和耗竭表型的CD56dim_DNAJB1自然杀伤细胞亚群 | 样本量相对有限（24名患者），未进行功能性验证实验 | 解析胶质母细胞瘤微环境的细胞异质性和免疫抑制机制 | 胶质母细胞瘤患者肿瘤组织中的免疫细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 24名胶质母细胞瘤患者的48个肿瘤片段 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |