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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8041 | 2025-10-06 | Functional maturation of preterm intestinal epithelium through CFTR activation 
          2025-Apr-02, Communications biology
          
          IF:5.2Q1
          
         
          DOI:10.1038/s42003-025-07944-w
          PMID:40169914
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析和人源早产肠道模型,探索了人源脐带间充质干细胞外泌体促进早产儿肠道上皮功能成熟的机制 | 首次发现EV39外泌体通过CFTR依赖机制促进人源早产肠道模型的功能成熟,这一效应在小鼠肠道类器官中未观察到 | 研究主要基于体外模型,缺乏体内实验验证 | 探索促进早产儿肠道上皮功能成熟的治疗方法 | 早产儿回肠组织来源的肠道模型和人源脐带间充质干细胞外泌体 | 单细胞组学 | 早产儿肠道发育不全 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学分析, 基因集富集分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 涵盖胎儿至成人阶段的单细胞RNA测序数据集和早产儿回肠组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 8042 | 2025-10-06 | Knockout of cyclin-dependent kinases 8 and 19 leads to depletion of cyclin C and suppresses spermatogenesis and male fertility in mice 
          2025-Apr-02, eLife
          
          IF:6.4Q1
          
         
          DOI:10.7554/eLife.96465
          PMID:40172945
         | 研究论文 | 本研究通过构建CDK8和CDK19双敲除小鼠模型,揭示了这两个激酶通过稳定细胞周期蛋白C调控精子发生和雄性生育能力的机制 | 首次证明CDK8/CDK19双敲除而非单敲除或抑制剂处理会导致细胞周期蛋白C耗竭,并确定其通过激酶非依赖性功能影响精子发生 | 研究主要基于小鼠模型,在人体中的适用性需要进一步验证;抑制剂处理未能完全复制基因敲除表型,机制尚未完全阐明 | 探究CDK8和CDK19在雄性生殖系统发育和生育能力中的功能 | CDK8和CDK19双敲除小鼠模型及其生殖系统组织 | 生殖生物学 | 男性不育症 | 基因敲除技术,单细胞RNA测序,细胞培养,激素检测 | NA | 基因表达数据,激素水平数据,组织形态数据 | CDK8/CDK19双敲除小鼠及对照组小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 8043 | 2025-10-06 | A donor PD-1+CD8+ TSCM-like regulatory subset mobilized by G-CSF alleviates recipient acute graft-versus-host-disease 
          2025-Apr-02, Signal transduction and targeted therapy
          
          IF:40.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41392-025-02183-1
          PMID:40175340
         | 研究论文 | 本研究首次鉴定出一种新型供体PD-1+CD8+ TSCM样调节性T细胞亚群,能够抑制急性移植物抗宿主病同时促进免疫重建 | 首次发现G-CSF动员后供体中存在具有双重功能(Treg和Teff)的PD-1+CD8+ TSCM样调节性T细胞亚群,并证实其通过BCL6依赖性方式上调PD-1表达 | 样本量相对有限(初始队列80例,验证队列30例),需要更大规模研究验证 | 优化allo-HSCT临床供体选择标准,鉴定与更好受者预后相关的供体淋巴细胞亚群 | 80例G-CSF动员的造血干细胞移植供体及其对应的80例单倍体相合和全相合移植受者 | 免疫学 | 急性移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,临床数据 | 80例供体-受体对(初始队列)+30例验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 8044 | 2025-10-06 | A realistic FastQ-based framework FastQDesign for ScRNA-seq study design issues 
          2025-Apr-02, Communications biology
          
          IF:5.2Q1
          
         
          DOI:10.1038/s42003-025-07938-8
          PMID:40175506
         | 研究论文 | 提出首个基于FastQ的单细胞RNA测序研究设计框架FastQDesign,可在固定预算内优化实验设计 | 首个基于原始FastQ文件而非UMI矩阵的单细胞RNA测序研究设计框架 | NA | 解决单细胞RNA测序研究中的实验设计问题,优化细胞数量和测序深度配置 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | FastQ测序数据 | 1个合成数据集和9个真实数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA | 
| 8045 | 2025-10-06 | Identification of potential shared gene signatures between periodontitis and breast cancer by integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq data 
          2025-Apr-02, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-95703-6
          PMID:40175565
         | 研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,识别牙周炎与乳腺癌之间的共享基因特征 | 首次系统性地整合多种组学数据识别牙周炎与乳腺癌的共享基因特征,并验证ANKRD29和TDO2作为诊断标志物的潜力 | 机制研究仍需进一步深入,样本量可能有限 | 探究牙周炎与乳腺癌之间相互作用的基因、通路和免疫细胞 | 牙周炎和乳腺癌患者样本 | 生物信息学 | 牙周炎,乳腺癌 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 差异表达分析, WGCNA, 机器学习, ssGSEA, qRT-PCR, 免疫组织化学染色 | 机器学习方法 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的牙周炎和乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA | 
| 8046 | 2025-10-06 | Life-long microbiome rejuvenation improves intestinal barrier function and inflammaging in mice 
          2025-Apr-02, Microbiome
          
          IF:13.8Q1
          
         
          DOI:10.1186/s40168-025-02089-8
          PMID:40176137
         | 研究论文 | 本研究通过终身粪便微生物移植验证年轻微生物群对改善小鼠肠道屏障功能和炎症衰老的积极作用 | 首次证明终身微生物群年轻化策略可通过调节微生物生态相互作用和宿主细胞表型延缓衰老进程 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类或其他哺乳动物中验证 | 探究终身微生物群年轻化是否能够延缓或预防非反刍哺乳动物的衰老过程 | 小鼠模型 | 微生物组学 | 衰老相关疾病 | 16S rRNA基因分析、宏基因组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因测序数据、行为测试数据、生理指标数据 | 小鼠实验群体(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 16S rRNA基因分析, 宏基因组学 | NA | NA | 
| 8047 | 2025-10-06 | Faecalibacterium prausnitzii-derived outer membrane vesicles reprogram gut microbiota metabolism to alleviate Porcine Epidemic Diarrhea Virus infection 
          2025-Apr-02, Microbiome
          
          IF:13.8Q1
          
         
          DOI:10.1186/s40168-025-02078-x
          PMID:40176190
         | 研究论文 | 本研究揭示了普拉梭菌及其外膜囊泡通过调节肠道菌群代谢缓解猪流行性腹泻病毒感染的作用机制 | 首次发现普拉梭菌外膜囊泡是主要功能成分,通过增加磷脂酰胆碱水平调节肠道细胞组成并抑制细胞坏死性凋亡 | 研究主要基于猪仔模型,人类临床应用价值需要进一步验证 | 探究普拉梭菌及其外膜囊泡对猪流行性腹泻病毒感染的缓解作用及机制 | 猪仔模型、IPEC-J2和Vero细胞系 | 微生物学 | 猪流行性腹泻 | 蛋白质组学、非靶向代谢组学、小RNA测序、宏基因组分析、单细胞测序 | NA | 蛋白质组数据、代谢组数据、基因组数据、单细胞数据 | 猪仔模型及细胞系 | NA | 单细胞RNA测序,宏基因组测序 | NA | NA | 
| 8048 | 2025-10-06 | BRD4 as the key lactylation related gene in heart failure identified through bioinformatics analysis 
          2025-Apr-01, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-91506-x
          PMID:40169651
         | 研究论文 | 本研究通过生物信息学分析识别出BRD4作为心力衰竭中关键的乳酸化相关基因 | 首次运用多种生物信息学分析方法确定BRD4是心力衰竭中的关键乳酸化相关基因 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 识别与心力衰竭相关的乳酸化修饰基因并探讨其作用机制 | 心力衰竭患者基因表达数据和体外细胞模型 | 生物信息学 | 心力衰竭 | 生物信息学分析,单细胞测序,体外细胞实验 | LASSO,WGCNA | 基因表达数据 | GSE5406和GSE161470数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 8049 | 2025-10-06 | Integrating single-cell RNA sequencing, WGCNA, and machine learning to identify key biomarkers in hepatocellular carcinoma 
          2025-Apr-01, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-95493-x
          PMID:40169794
         | 研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、WGCNA和机器学习方法,识别肝细胞癌的关键生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序、WGCNA和三种机器学习算法识别肝细胞癌诊断标志物,并进行分子对接验证药物结合能力 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证和前瞻性临床验证 | 识别肝细胞癌的诊断生物标志物并开发预测模型 | 肝细胞癌患者基因表达数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 微阵列, WGCNA, 机器学习, 分子对接 | 逻辑回归, 三种机器学习算法 | 基因表达数据 | 从GEO数据库下载的肝细胞癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA | 
| 8050 | 2025-10-06 | STopover captures spatial colocalization and interaction in the tumor microenvironment using topological analysis in spatial transcriptomics data 
          2025-Apr-01, Genome medicine
          
          IF:10.4Q1
          
         
          DOI:10.1186/s13073-025-01457-1
          PMID:40170080
         | 研究论文 | 提出一种利用空间转录组学数据和拓扑分析研究肿瘤微环境空间共定位和相互作用的新方法STopover | 通过逐步降低特征阈值提取连通组件,基于空间距离和持久性量化空间重叠,并通过转录组谱置换评估统计显著性 | NA | 研究肿瘤微环境的空间配置以阐明肿瘤-免疫相互作用 | 肺癌和乳腺癌的空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 肺癌, 乳腺癌 | 空间转录组学, 拓扑分析 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 8051 | 2025-10-06 | Landscape of T Cells in Tuberculous Pleural Effusion 
          2025-Apr, The clinical respiratory journal
          
         
          DOI:10.1111/crj.70066
          PMID:40170555
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结核性胸腔积液中T淋巴细胞亚群的分布特征和功能状态 | 首次在单细胞水平揭示结核性胸腔积液中T淋巴细胞亚群的特异性分布模式,发现CD4CD8双阳性T细胞在胸腔积液中的富集现象 | 样本量较小(仅4例患者),需要更大规模研究验证发现 | 探索结核性胸腔积液中T淋巴细胞亚群的表达模式、调控机制和功能特性 | 结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血中的CD3 T细胞 | 单细胞组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序,ELISA,T-SNE投影,基因集变异分析,伪时间分析 | NA | 单细胞转录组数据,细胞因子浓度数据 | 4例结核性胸腔积液患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 8052 | 2025-10-06 | scTrans: Sparse attention powers fast and accurate cell type annotation in single-cell RNA-seq data 
          2025-Apr, PLoS computational biology
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1371/journal.pcbi.1012904
          PMID:40184563
         | 研究论文 | 开发了一种基于稀疏注意力机制的Transformer模型scTrans,用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 采用稀疏注意力机制利用所有非零基因,在降低输入数据维度的同时最小化信息损失 | 未明确说明模型在特定疾病或组织类型上的性能限制 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的速度和准确性 | 小鼠细胞图谱中的31种不同组织 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 接近百万细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 8053 | 2025-10-06 | CD4+CD25- T-Cell-Secreted IFN-γ Promotes Corneal Nerve Degeneration in Diabetic Mice 
          2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science
          
          IF:5.0Q1
          
         
          DOI:10.1167/iovs.66.4.15
          PMID:40192636
         | 研究论文 | 本研究探讨了糖尿病小鼠角膜神经退化与CD4+CD25- T细胞分泌IFN-γ之间的关系 | 首次发现CD4+CD25- T细胞通过分泌IFN-γ介导糖尿病角膜神经退化,而非传统认为的树突状细胞或CD8+ T细胞 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探索糖尿病角膜病变中角膜神经退化与免疫细胞浸润的因果关系 | 糖尿病小鼠的角膜组织、三叉神经节神经元和免疫细胞 | 免疫学 | 糖尿病角膜病变 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 细胞共培养 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 糖尿病和健康对照小鼠的角膜样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA | 
| 8054 | 2025-10-06 | Circadian Rhythm Disruption in Triple-Negative Breast Cancer: Molecular Insights and Treatment Strategies 
          2025-Apr, Journal of pineal research
          
          IF:8.3Q1
          
         
          DOI:10.1111/jpi.70042
          PMID:40193174
         | 研究论文 | 探讨昼夜节律紊乱对三阴性乳腺癌的影响及其分子机制 | 首次系统分析三阴性乳腺癌中昼夜节律紊乱的分子特征及其与免疫逃逸的关联 | 未明确说明样本量大小,主要依赖生物信息学分析缺乏实验验证 | 研究昼夜节律紊乱对三阴性乳腺癌发生发展的影响机制 | 三阴性乳腺癌患者样本 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA测序,代谢组学分析,生物信息学工具 | CYCLOPS(周期性结构循环排序) | RNA测序数据,代谢组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA | 
| 8055 | 2025-10-06 | Identification of drug-resistant individual cells within tumors by semi-supervised transfer learning from bulk to single-cell transcriptome 
          2025-Mar-31, Communications biology
          
          IF:5.2Q1
          
         
          DOI:10.1038/s42003-025-07959-3
          PMID:40164749
         | 研究论文 | 提出一种半监督少样本迁移学习方法SSDA4Drug,用于从批量转录组向单细胞转录组迁移药物敏感性知识,识别肿瘤中的耐药细胞 | 首次采用半监督对抗域适应方法从批量转录组向单细胞转录组迁移药物敏感性知识,仅需1-2个标记样本即可显著提升单细胞药物反应预测性能 | 未明确说明方法在更大规模数据集上的泛化能力及计算效率 | 开发单细胞水平药物反应预测方法,识别肿瘤中的耐药细胞亚群 | 肿瘤细胞(肺癌细胞、口腔鳞状细胞癌细胞、前列腺癌细胞) | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | 半监督对抗域适应,迁移学习 | 转录组数据 | 多个独立单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 8056 | 2025-10-06 | The neutrophil extracellular trap-related gene FPR1 (formyl peptide receptor 1) as a potential prognostic and therapeutic target in osteosarcoma 
          2025-Mar-31, BMC musculoskeletal disorders
          
          IF:2.2Q3
          
         
          DOI:10.1186/s12891-024-08231-1
          PMID:40165145
         | 研究论文 | 本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网相关基因FPR1在骨肉瘤中的预后价值和生物学功能 | 首次构建了骨肉瘤中NET相关基因预后模型,并在单细胞分辨率验证了FPR1的抑癌作用和免疫调节功能 | 研究主要基于公共数据库分析,需要进一步实验验证 | 探究FPR1基因在骨肉瘤中的预后意义和生物学功能 | 骨肉瘤患者和骨肉瘤细胞系 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | LASSO算法, 单细胞RNA测序, CIBERSORT算法, CCK-8检测, Transwell实验 | 预后模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TARGET和GEO数据库中的骨肉瘤数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 8057 | 2025-10-06 | Enhancing anti-CD3 mAb-mediated diabetes remission in autoimmune diabetes through regulation of dynamin-related protein 1(Drp1)-mediated mitochondrial dynamics in exhausted CD8+T-cell subpopulations 
          2025-Mar-31, BMC medicine
          
          IF:7.0Q1
          
         
          DOI:10.1186/s12916-025-04001-5
          PMID:40165248
         | 研究论文 | 本研究通过调控耗竭CD8+T细胞中线粒体动力学,增强抗CD3单抗在自身免疫性糖尿病中的治疗效果 | 首次发现富亮氨酸重复激酶2通过磷酸化动力相关蛋白1调控线粒体分裂,影响耗竭CD8+T细胞亚群间的相互转化 | 研究主要基于小鼠模型,人体验证样本有限 | 探索通过调控T细胞能量代谢增强糖尿病免疫治疗效果的机制 | NOD小鼠、NY8.3小鼠、HEK-293T细胞系、原代细胞及1型糖尿病患者外周血单个核细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序、T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据 | 小鼠模型和1型糖尿病患者PBMCs | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA | 
| 8058 | 2025-10-06 | Chromosome-level genome assembly and single-cell analysis unveil molecular mechanisms of arm regeneration in the ophiuroid Ophiura sarsii vadicola 
          2025-Mar-31, Genome biology
          
          IF:10.1Q1
          
         
          DOI:10.1186/s13059-025-03542-5
          PMID:40165295
         | 研究论文 | 本研究通过染色体级别基因组组装和单细胞分析揭示了蛇尾类动物臂再生的分子机制 | 首次报道了Ophiura sarsii vadicola的染色体级别基因组,并结合单细胞RNA测序揭示了再生过程中的细胞动态变化 | NA | 探究蛇尾类动物臂再生的分子机制 | 蛇尾类动物Ophiura sarsii vadicola | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA | 
| 8059 | 2025-10-06 | Dynamic single-cell transcriptomic reveals the cellular heterogeneity and a novel fibroblast subpopulation in laryngotracheal stenosis 
          2025-Mar-31, Biology direct
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.1186/s13062-025-00639-6
          PMID:40165307
         | 研究论文 | 本研究通过动态单细胞转录组测序揭示了喉气管狭窄发展过程中的细胞异质性,并发现了一种新型成纤维细胞亚群 | 首次对喉气管狭窄进行动态单细胞RNA测序,发现并鉴定了一个表达软骨生成标志物的新型成纤维细胞亚群CIRF | 研究基于大鼠模型,结果向人类临床转化的有效性需要进一步验证 | 探索喉气管狭窄发展过程中的细胞异质性及其分子机制 | 喉气管狭窄大鼠模型的喉气管组织 | 单细胞转录组学 | 喉气管狭窄 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 喉气管狭窄大鼠模型多个时间点的组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 8060 | 2025-10-06 | Exploring the mechanisms of PANoptosis in osteoarthritis and the therapeutic potential of andrographolide through bioinformatics and single-cell analysis 
          2025-Mar-31, Biology direct
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.1186/s13062-025-00629-8
          PMID:40165317
         | 研究论文 | 通过生物信息学和单细胞分析探索骨关节炎中PANoptosis机制及穿心莲内酯的治疗潜力 | 首次系统分析骨关节炎中PANoptosis相关基因,并发现穿心莲内酯作为潜在治疗药物 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,需要进一步体内实验验证 | 探索骨关节炎中PANoptosis机制及寻找治疗药物 | 骨关节炎软骨组织和软骨细胞 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,分子对接,Western blotting,qRT-PCR | NA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |