单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27924 篇文献，本页显示第 8041 - 8060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8041 | 2024-10-12 |
Syntaxin 4 Enrichment in β-Cells Prevents Conversion to Autoimmune Diabetes in Non-Obese Diabetic (NOD) Mice
2021-12, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db21-0170
PMID:34556496
|
研究论文 | 研究探讨了Syntaxin 4在β细胞中的富集如何防止非肥胖糖尿病（NOD）小鼠向自身免疫性糖尿病的转化 | 首次通过诱导β细胞特异性表达Syntaxin 4，显著降低了NOD小鼠的糖尿病转化率，并揭示了Syntaxin 4在β细胞保护中的机制 | 研究仅在NOD小鼠模型中进行，尚未在人类中验证Syntaxin 4富集的策略 | 探讨Syntaxin 4在β细胞保护中的作用及其在预防或逆转1型糖尿病中的潜力 | Syntaxin 4在β细胞中的表达及其对NOD小鼠糖尿病转化的影响 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NOD-iβSTX4小鼠和NOD-Ctrl小鼠各一组，每组样本数量未明确提及 |
| 8042 | 2024-10-12 |
Modular, efficient and constant-memory single-cell RNA-seq preprocessing
2021-07, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-00870-2
PMID:33795888
|
研究论文 | 描述了一种平衡效率和准确性的单细胞RNA测序数据预处理工作流程 | 工作流程基于kallisto和bustools程序，具有接近最优的速度和恒定的内存需求，适用于任意大规模数据集 | NA | 开发一种高效的单细胞RNA测序数据预处理方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8043 | 2024-10-11 |
Machine learning based on biological context facilitates the identification of microvascular invasion in intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Oct-10, Carcinogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/carcin/bgae052
PMID:39086220
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研究论文 | 本研究利用随机森林模型构建了一个预测微血管侵犯（MVI）的模型，并揭示了其生物学基础 | 本研究首次结合单细胞转录组测序、全外显子测序和蛋白质组测序，构建了一个高准确性的MVI预测模型，并揭示了MVI相关的生物学机制 | 本研究仅限于肝内胆管癌，未涵盖其他类型的癌症 | 开发一个高准确性的微血管侵犯预测模型，并揭示其生物学机制 | 肝内胆管癌中的微血管侵犯 | 机器学习 | 肝内胆管癌 | 单细胞转录组测序、全外显子测序、蛋白质组测序 | 随机森林模型 | 基因组数据、蛋白质组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 8044 | 2024-10-11 |
Restoring social deficits in IRSp53-deleted mice: chemogenetic inhibition of ventral dentate gyrus Emx1-expressing cells
2024-Oct-07, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-024-03104-6
PMID:39375329
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研究论文 | 研究通过化学遗传学抑制IRSp53缺失小鼠的腹侧齿状回Emx1表达细胞，恢复其社交缺陷 | 首次确定腹侧齿状回是IRSp53缺失导致社交缺陷的关键脑区，并通过化学遗传学抑制恢复社交缺陷 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨IRSp53缺失导致社交缺陷的脑区机制，并寻找潜在的治疗方法 | IRSp53缺失小鼠的腹侧齿状回Emx1表达细胞 | 神经科学 | 精神疾病 | 化学遗传学抑制 | NA | RNA测序 | IRSp53缺失小鼠和对照小鼠 |
| 8045 | 2024-10-11 |
The axis of tumor-associated macrophages, extracellular matrix proteins, and cancer-associated fibroblasts in oncogenesis
2024-Oct-07, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03518-8
PMID:39375726
|
综述 | 本文综述了肿瘤相关巨噬细胞、细胞外基质蛋白和癌症相关成纤维细胞在肿瘤发生中的相互关系 | 利用单细胞测序技术揭示了肿瘤微环境中细胞外基质蛋白的多样性及其在细胞间信号传导中的作用 | 需要整合单细胞数据并建立一个连贯的框架 | 探讨肿瘤微环境中细胞外基质蛋白、肿瘤相关巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞之间的相互作用 | 肿瘤相关巨噬细胞、细胞外基质蛋白和癌症相关成纤维细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 8046 | 2024-10-11 |
Phenotype remodelling of HNSCC cells in the muscle invasion environment
2024-Oct-07, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05607-8
PMID:39375763
|
研究论文 | 研究探讨了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞在肌肉侵袭环境中的表型重塑及其与肿瘤微环境的相互作用 | 首次揭示了肌肉侵袭性HNSCC细胞的表型功能及其与肿瘤微环境的相互作用，并发现了G0S2作为肌肉侵袭性癌细胞的新标记物 | NA | 研究肌肉侵袭性HNSCC细胞的表型功能及其与肿瘤微环境的相互作用 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞及其在肌肉侵袭环境中的表型变化 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间RNA测序（ST） | NA | RNA测序数据 | 共使用了来自多个数据集的168个样本，包括scRNA-seq数据（N=55）、空间RNA-seq数据（N=4）和转录组数据（N=109） |
| 8047 | 2024-10-11 |
The generation of stable microvessels in ischemia is mediated by endothelial cell derived TRAIL
2024-Oct-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn8760
PMID:39365855
|
研究论文 | 本文探讨了肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体（TRAIL）在缺血条件下促进新血管生成和血管稳定中的作用 | 发现TRAIL在健康循环中的内皮细胞中起重要作用，并在外周动脉疾病（PAD）中受损 | NA | 研究TRAIL在缺血条件下促进新血管生成和血管稳定的作用机制 | 内皮细胞（EC）和周细胞在缺血条件下的相互作用 | NA | 外周动脉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 8048 | 2024-10-11 |
MerTK+ macrophages promote melanoma progression and immunotherapy resistance through AhR-ALKAL1 activation
2024-Oct-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ado8366
PMID:39365866
|
研究论文 | 研究了MerTK+巨噬细胞通过AhR-ALKAL1激活促进黑色素瘤进展和免疫治疗抵抗的机制 | 首次揭示了ALKAL1作为AhR的靶基因促进MerTK磷酸化，增强MerTK巨噬细胞的吞噬活性和免疫抑制表型的机制 | 仅在实验小鼠模型中验证了机制，尚未在人体中进行验证 | 揭示MerTK+巨噬细胞在黑色素瘤进展和免疫治疗抵抗中的作用机制 | MerTK+巨噬细胞及其在黑色素瘤中的功能 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 实验小鼠模型 |
| 8049 | 2024-10-11 |
Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response
2024-Oct-04, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843
PMID:39365874
|
研究论文 | 研究使用基于LIPSTIC的单细胞转录组学方法，识别出能够向CD4 T细胞呈递抗原的树突状细胞（DCs），并探讨了这些DCs在肿瘤引流淋巴结（tdLN）和肿瘤微环境（TME）中的作用 | 首次使用LIPSTIC技术识别出在tdLN和TME中与CD4 T细胞相互作用的DCs，并发现这些DCs具有相似的超激活转录表型 | NA | 探讨树突状细胞在肿瘤特异性CD4+ T细胞反应中的作用及其与免疫检查点阻断疗法的关系 | 树突状细胞（DCs）、肿瘤引流淋巴结（tdLN）、肿瘤微环境（TME）、CD4 T细胞 | 免疫学 | NA | LIPSTIC（Labeling Immune Partnerships by SorTagging Intercellular Contacts） | NA | 单细胞转录组 | NA |
| 8050 | 2024-10-11 |
Absent, but not glucocorticoid-modulated, corticotropin-releasing hormone (Crh) regulates anxiety-like behaviors in mice
2024-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614550
PMID:39386648
|
研究论文 | 研究探讨了皮质酮释放激素（Crh）在调节小鼠焦虑样行为中的作用，特别是在下丘脑-垂体-肾上腺（HPA）轴中的作用 | 发现下丘脑Crh的表达在原发性肾上腺功能不全或地塞米松（DEX）治疗下并不改变小鼠的焦虑行为 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨Crh在下丘脑-垂体-肾上腺轴中的作用及其对焦虑样行为的影响 | 小鼠的焦虑样行为和下丘脑Crh的表达 | NA | NA | 空间转录组学和ELISA | NA | 行为数据和生物标志物 | 野生型（WT）小鼠、原发性肾上腺功能不全（KO）小鼠和Crh全局缺失（KO）小鼠 |
| 8051 | 2024-10-11 |
Synergy Between NK Cells and Monocytes in Potentiating Cardiovascular Disease Risk in Severe COVID-19
2024-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321085
PMID:38989579
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研究论文 | 研究探讨了自然杀伤细胞（NK细胞）和单核细胞在严重COVID-19患者中增加心血管疾病风险的协同作用 | 首次揭示了NK细胞和单核细胞在严重COVID-19患者中心血管疾病风险增加中的具体机制 | 研究样本量较小，且仅限于严重COVID-19患者，可能限制了结果的普适性 | 探讨严重COVID-19患者中心血管疾病风险增加的免疫机制 | 严重COVID-19患者、康复患者和未感染SARS-CoV-2的对照组 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 光谱流式细胞术、单细胞转录组分析 | NA | 血液样本 | 共77名参与者，包括31名严重COVID-19患者、29名康复患者和17名未感染对照组 |
| 8052 | 2024-10-11 |
Unveiling the dynamics and molecular landscape of a rare chronic lymphocytic leukemia subpopulation driving refractoriness: insights from single-cell RNA sequencing
2024-Oct, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.13663
PMID:38770541
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，分析了一名慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者在疾病进展和治疗反应中的动态变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了耐药CLL细胞的克隆进化过程，并追踪了高基因组复杂性细胞的早期形成 | 研究仅基于单一患者的数据，结果的普适性有待进一步验证 | 揭示耐药CLL细胞的动态变化和分子特征，为早期识别耐药细胞提供新视角 | 慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者的耐药细胞 | 数字病理学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 单一患者 |
| 8053 | 2024-10-11 |
Tobacco smoking is associated with sex- and plaque-type specific upregulation of CRLF1 in atherosclerotic lesions
2024-10, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 研究探讨了烟草吸烟对动脉粥样硬化斑块中CRLF1基因表达的影响，并分析了性别和斑块类型的特异性上调 | 首次揭示了烟草吸烟导致的动脉粥样硬化斑块中CRLF1基因的性别和斑块类型特异性上调 | 研究样本量相对较小，且仅限于颈动脉斑块 | 探讨烟草吸烟对动脉粥样硬化斑块基因表达的影响及其性别特异性 | 动脉粥样硬化斑块中的基因表达 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 625个颈动脉斑块（151个女性和474个男性） |
| 8054 | 2024-10-11 |
Combined inhibition of CTPS1 and ATR is a metabolic vulnerability in p53-deficient myeloma cells
2024-Oct, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1002/hem3.70016
PMID:39380841
|
研究论文 | 研究评估了在p53缺陷的多发性骨髓瘤细胞中，CTPS1和ATR的联合抑制是否会导致代谢上的可操作弱点 | 首次展示了CTPS1和ATR的联合抑制在p53缺陷的多发性骨髓瘤细胞中诱导细胞死亡的协同效应 | NA | 探索p53缺陷的多发性骨髓瘤细胞的代谢弱点，并评估CTPS1和ATR联合抑制的治疗潜力 | p53缺陷的多发性骨髓瘤细胞 | NA | 多发性骨髓瘤 | scRNA-seq | NA | RNA | 24个患者样本，10个STP-B处理的多发性骨髓瘤细胞系，以及NCI-H929异种移植的NOD-scid IL2Rgamma小鼠 |
| 8055 | 2024-10-11 |
Spatial transcriptomics reveals modulation of transcriptional networks across brain regions after auditory threat conditioning
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614979
PMID:39386587
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研究论文 | 研究通过空间转录组学分析揭示了听觉威胁条件反射后大脑区域间转录网络的调节 | 首次通过空间转录组学技术全面分析了听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达差异及其转录连接性 | 研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探讨听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达变化及其转录网络的调节 | 小鼠大脑的皮质和皮质下区域 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 RNAseq 分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本 |
| 8056 | 2024-10-11 |
ELLA: Modeling Subcellular Spatial Variation of Gene Expression within Cells in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614515
PMID:39386706
|
研究论文 | 介绍了一种名为subcellular expression localization analysis (ELLA)的计算方法，用于建模高分辨率空间转录组学中的mRNA亚细胞定位和检测显示细胞内空间变异的基因 | ELLA创建了一个统一的细胞坐标系统来锚定不同的细胞形状和形态，利用非均匀泊松过程建模空间计数数据，利用表达梯度函数表征亚细胞表达模式，并有效控制I类错误和高统计功效 | NA | 建模高分辨率空间转录组学中的mRNA亚细胞定位和检测显示细胞内空间变异的基因 | mRNA的亚细胞定位和显示细胞内空间变异的基因 | 空间转录组学 | NA | 非均匀泊松过程 | NA | 空间转录组数据 | 四个来自不同技术的空间转录组数据集 |
| 8057 | 2024-10-11 |
Collaborative Structure-Preserved Missing Data Imputation for Single-Cell RNA-Seq Clustering
2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3404013
PMID:38776196
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ColImpute的协作结构保持缺失数据插补方法，用于单细胞RNA-seq聚类分析 | 本文提出了一种新的协作结构保持缺失数据插补方法ColImpute，通过集成聚类结构保持插补模块和子空间聚类模块，实现了缺失数据插补和细胞亚型识别的协同训练 | NA | 提高单细胞RNA-seq数据中缺失值插补的准确性，并改善细胞类型识别的效果 | 单细胞RNA-seq数据中的缺失值插补和细胞类型识别 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8058 | 2024-10-11 |
IMPLICATIONS OF YWHAH GENE EXPRESSION IN THE EARLY DETECTION OF SEPSIS
2024-Sep-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002409
PMID:38904460
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研究论文 | 研究探讨了YWHAH基因在脓毒症早期检测中的表达及其潜在意义 | 首次发现YWHAH基因在感染和脓毒症患者中的表达差异，可能为脓毒症的早期检测和治疗提供新思路 | 研究主要基于公共单细胞转录组数据库和体外实验，缺乏临床样本的验证 | 探讨YWHAH基因在脓毒症早期检测中的潜在作用 | YWHAH基因在感染和脓毒症患者中的表达 | NA | 脓毒症 | 实时聚合酶链反应 | NA | 转录组数据 | NA |
| 8059 | 2024-10-11 |
scVSC: Deep Variational Subspace Clustering for Single-Cell Transcriptome Data
2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3405731
PMID:38801694
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研究论文 | 提出了一种基于深度表示神经网络的无监督聚类算法scVSC，用于单细胞转录组数据分析 | 将变分推断引入子空间模型，对潜在空间施加正则化约束，防止过拟合 | 未提及 | 提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和运行效率 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度变分子空间聚类模型 | 转录组数据 | 多个数据集 |
| 8060 | 2024-10-11 |
scATAcat: cell-type annotation for scATAC-seq data
2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae135
PMID:39380946
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研究论文 | 提出了一种名为scATAcat的新方法，利用批量ATAC-seq数据作为原型来注释scATAC-seq数据 | scATAcat方法的创新之处在于利用已知的批量ATAC-seq数据作为原型，而不是依赖基因表达模式 | 文章未明确提及scATAcat方法的局限性 | 开发一种新的方法来注释scATAC-seq数据中的细胞类型 | scATAC-seq数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq | NA | scATAC-seq数据 | 多个数据集，具体样本数量未明确提及 |