单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
8021 2025-10-06
Single-cell transcriptome integrated with genome-wide association study reveals heterogeneity of carotid and femoral plaques and its association with plaque stability
2025-Apr-07, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 通过单细胞转录组与全基因组关联研究整合分析,揭示颈动脉和股动脉斑块的异质性及其与斑块稳定性的关联 首次结合单细胞RNA测序和全基因组关联研究分析不同位置动脉斑块的细胞和基因差异,发现NK细胞是斑块栓塞最相关的细胞类型 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 研究颈动脉和股动脉斑块的异质性及其与斑块稳定性的关系 颈动脉和股动脉斑块 生物信息学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 机器学习 七种机器学习模型 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
8022 2025-10-06
A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate
2025-Apr-07, eLife IF:6.4Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序构建了小鼠胚胎颅神经管闭合过程中时空基因表达图谱 首次系统分析了颅神经板区域化和形态发生过程中的转录变化,揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同调控程序 研究仅限于小鼠胚胎模型,未验证其他物种的适用性 研究早期哺乳动物大脑发育过程中的基因表达调控机制 小鼠胚胎颅神经板细胞 单细胞组学 神经发育疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
8023 2025-10-06
Single-cell transcriptomics reveals liver developmental trajectory during lineage reprogramming of human induced hepatocyte-like cells
2025-Apr-06, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1
研究论文 通过单细胞转录组学揭示人类诱导肝细胞样细胞在谱系重编程过程中的肝脏发育轨迹 首次在单细胞分辨率下揭示hiHeps诱导过程中肝细胞特异性基因调控网络的建立机制,并发现重编程晚期阶段模拟天然肝脏发育轨迹 研究主要关注转录组层面,缺乏对表观遗传调控机制的深入探索 研究肝细胞特异性基因调控网络在重编程过程中的建立机制 人类诱导肝细胞样细胞(hiHeps) 单细胞生物学 肝脏疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 谱系重编程模型 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
8024 2025-10-06
Single-cell transcriptional responses of T cells during microsporidia infection
2025-Apr-05, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析小鼠脾脏T细胞在微孢子虫感染期间的转录反应 首次在单细胞分辨率下系统揭示微孢子虫感染期间不同T细胞亚群的活化状态和功能特征 仅观察了脾脏T细胞反应,未涉及其他组织部位;研究局限于小鼠模型 阐明微孢子虫感染过程中T细胞各亚群的作用和功能 小鼠脾脏T细胞 单细胞转录组学 微孢子虫感染 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
8025 2025-10-06
Machine learning-based in-silico analysis identifies signatures of lysyl oxidases for prognostic and therapeutic response prediction in cancer
2025-Apr-05, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1
研究论文 通过机器学习方法系统分析赖氨酰氧化酶家族在癌症中的表达特征及其预后和治疗预测价值 开发了基于LOX/LOXL表达及其共表达基因的新型胶质瘤预后模型,并首次发现复发性胶质瘤中LOXL2过表达的恶性细胞群体特征 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 评估LOX/LOXL家族在癌症中的转录调控、预后价值和治疗靶向潜力 33种癌症类型,特别关注胶质瘤、膀胱癌和肾癌 机器学习 癌症 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 生物信息学分析 无监督共识聚类, 10种机器学习算法 基因表达数据 来自GEO、CGGA和TCGA的六个数据集 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
8026 2025-10-06
PRMT5 deficiency in myeloid cells reprograms macrophages to enhance antitumor immunity and synergizes with anti-PD-L1 therapy
2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本研究揭示了PRMT5在髓系细胞中通过调控脂质代谢和巨噬细胞极化影响肿瘤免疫微环境的新机制 首次发现PRMT5缺失可通过STAT6-PPARγ通路重编程巨噬细胞向抗肿瘤表型转化,并与抗PD-L1疗法产生协同抗肿瘤效应 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 探究PRMT5在髓系细胞中对巨噬细胞极化和抗肿瘤免疫的调控作用 肿瘤浸润髓系细胞和巨噬细胞 肿瘤免疫学 癌症 单细胞转录组分析,bulk转录组学 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
8027 2025-10-06
Conformation-sensitive targeting of CD18 depletes M2-like tumor-associated macrophages resulting in inhibition of solid tumor progression
2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本文发现活化CD18可作为M2样肿瘤相关巨噬细胞的特异性靶点,并验证了肽药物偶联物TB511通过靶向CD18清除M2-TAMs抑制实体瘤进展的疗效 首次阐明活化CD18在M2-TAMs中的特异性表达及其作为治疗靶点的潜力,揭示了TB511通过靶向CD18诱导M2-TAMs凋亡的新机制 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果需进一步验证;CD18靶向治疗可能存在的脱靶效应未充分评估 开发靶向M2样肿瘤相关巨噬细胞的癌症免疫治疗新策略 肿瘤相关巨噬细胞、结直肠癌、非小细胞肺癌、胰腺导管腺癌小鼠模型 癌症免疫治疗 结直肠癌, 非小细胞肺癌, 胰腺癌 LC-MS/MS, 表面等离子共振, 肽-蛋白质相互作用3D建模, 空间转录组学 NA 蛋白质组学数据, 转录组学数据, 体内实验数据 多种实体瘤小鼠模型(结直肠癌、非小细胞肺癌、胰腺导管腺癌) NA 空间转录组学 NA NA
8028 2025-10-06
scRNA-seq uncovers the transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages
2025-Apr-05, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫的转录动态 首次在单细胞水平同时揭示寄生虫和宿主巨噬细胞在感染过程中的转录变化 基于体外实验模型,未涉及体内感染环境 探究微孢子虫感染过程中寄生虫发育轨迹和宿主免疫反应 人类巨噬细胞和Encephalitozoon intestinalis寄生虫 单细胞组学 机会性感染疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
8029 2025-10-06
Large-scale bulk and single-cell RNA sequencing combined with machine learning reveals glioblastoma-associated neutrophil heterogeneity and establishes a VEGFA+ neutrophil prognostic model
2025-Apr-05, Biology direct IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过大规模单细胞RNA测序和机器学习方法揭示了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的异质性,并建立了VEGFA+中性粒细胞预后模型 首次系统性地鉴定了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的四个亚型,并开发了基于VEGFA+中性粒细胞的预后风险模型 研究主要基于IDH野生型胶质母细胞瘤样本,结果可能不适用于其他亚型 探索胶质母细胞瘤微环境中中性粒细胞的异质性及其临床意义 胶质母细胞瘤患者的中性粒细胞 生物信息学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序, 机器学习 机器学习组合模型 单细胞RNA测序数据 127例IDH野生型胶质母细胞瘤样本,共498,747个细胞,其中5,032个中性粒细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
8030 2025-10-06
Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis
2025-Apr-04, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学与空间图像分析相结合,识别了14个沿肠道拓扑组织的肠嗜铬细胞亚群 首次整合单细胞转录组学和空间图像分析构建肠嗜铬细胞的分子图谱,识别了14个功能各异的亚群 肠嗜铬细胞功能多样性的分子和细胞基础尚未完全阐明 解析肠嗜铬细胞的功能多样性及其在肠道稳态中的作用 肠嗜铬细胞 单细胞生物学 肠道疾病 单细胞转录组学, 空间图像分析, 遗传学方法, 化学遗传学, 药理学方法 NA 单细胞RNA测序数据, 空间图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
8031 2025-10-06
Atf3 controls transitioning in female mitochondrial cardiomyopathy as identified by spatial and single-cell transcriptomics
2025-Apr-04, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 通过空间转录组学和单细胞转录组学识别Atf3在女性线粒体心肌病转捩过程中的调控作用 首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术揭示线粒体心肌病中心肌细胞从代偿到功能不全的转捩机制,并发现Atf3在女性特异性心肌病进展中的关键作用 研究样本量有限,仅基于一名患者数据和动物模型,需要在更大人群中验证 探究代谢缺陷情况下从代偿到功能障碍转捩的分子机制 线粒体心肌病患者心脏组织和Ndufs6基因敲除小鼠模型 空间转录组学,单细胞转录组学 线粒体心肌病 空间转录组学,单核RNA测序(snRNA-seq),假时间轨迹分析 NA 空间转录组数据,单细胞转录组数据 一名患者心脏样本和基因敲除小鼠模型 NA 空间转录组学,单核RNA测序 NA NA
8032 2025-10-06
RIPK2 promotes colorectal cancer metastasis by protecting YAP degradation from ITCH-mediated ubiquitination
2025-Apr-04, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 本研究揭示了RIPK2通过保护YAP免受ITCH介导的泛素化降解促进结直肠癌转移的机制 首次发现RIPK2通过调节ITCH介导的YAP泛素化平衡促进结直肠癌转移,并证实细菌入侵通过NOD2-RIPK2通路激活该过程 NA 探索结直肠癌转移机制并寻找治疗靶点 结直肠癌细胞 癌症生物学 结直肠癌 单细胞RNA测序,空间转录组学,蛋白质组学 NA 测序数据,蛋白质数据 NA NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
8033 2025-10-06
Partially characterized topology guides reliable anchor-free scRNA-integration
2025-Apr-04, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 提出scCRAFT自编码器模型,通过分离细胞类型相关信号与批次效应实现可靠的单细胞RNA测序批次整合 引入创新的双分辨率三元组损失机制,有效对抗领域适应损失在异质细胞分布中的过校正效应 NA 解决单细胞RNA测序批次整合中可靠批次校正与生物信号异质性保留的挑战 单细胞RNA测序数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 自编码器 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
8034 2025-10-06
CCR8 antagonist suppresses liver cancer progression via turning tumor-infiltrating Tregs into less immunosuppressive phenotype
2025-Apr-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1
研究论文 本研究通过CCR8拮抗剂IPG0521m将肿瘤浸润性Tregs转化为免疫抑制性较低的表型,从而抑制肝癌进展 首次揭示CCR8拮抗剂在肝癌中的作用机制,证明其能将肿瘤浸润性Tregs从高免疫抑制表型转化为低免疫抑制表型 研究主要基于小鼠肝癌模型,人类临床效果仍需进一步验证 探究CCR8拮抗剂在肝癌治疗中的作用及机制 人类肝癌组织、TCGA数据库、小鼠肝癌模型 肿瘤免疫学 肝癌 流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、实时PCR NA 基因表达数据、单细胞测序数据 人类肝癌组织和小鼠肝癌模型 NA 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 NA NA
8035 2025-10-06
Identification of biomarkers for endometriosis based on summary-data-based Mendelian randomization and machine learning
2025-Apr-04, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 本研究通过整合基因组关联数据与机器学习方法,识别子宫内膜异位症的核心生物标志物 首次结合汇总数据孟德尔随机化与机器学习方法筛选子宫内膜异位症生物标志物,并通过单细胞RNA测序验证表达模式 样本量相对有限(77例子宫内膜异位症样本),仅使用FinnGen数据库数据 开发子宫内膜异位症的非侵入性早期诊断生物标志物 子宫内膜异位症患者基因组数据和基因表达数据 机器学习 子宫内膜异位症 全基因组关联研究,单细胞RNA测序,孟德尔随机化,机器学习 机器学习模型 基因组数据,基因表达数据 77例子宫内膜异位症样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
8036 2025-10-06
Synaptic deregulation of cholinergic projection neurons causes olfactory dysfunction across five fly Parkinsonism models
2025-Apr-03, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本研究通过五种果蝇帕金森病模型和人类样本的单细胞测序,揭示了胆碱能投射神经元突触功能障碍是导致嗅觉减退的早期病理机制 首次在五种家族性帕金森病模型中系统鉴定胆碱能投射神经元为最易感细胞类型,并发现突触功能相关基因是最显著失调的分子通路 研究主要基于果蝇模型,人类验证样本有限,且机制研究集中在胆碱能通路 探究帕金森病早期非运动症状(特别是嗅觉减退)的细胞和分子机制 五种家族性帕金森病果蝇模型和帕金森病患者脑组织样本 神经科学 帕金森病 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 NA 基因表达数据 五种果蝇帕金森病模型的年轻大脑样本和三名帕金森病患者三个特定脑区样本 NA 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 NA NA
8037 2025-10-06
Integrated proteogenomic characterization of localized prostate cancer identifies biological insights and subtype-specific therapeutic strategies
2025-Apr-03, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 通过整合蛋白质基因组学分析局限性前列腺癌,揭示其分子亚型并发现潜在治疗策略 首次对中国人群局限性前列腺癌进行基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组的全面整合分析,发现基于蛋白质组的三种分子亚型,并鉴定NANS蛋白作为预后生物标志物和治疗靶点 研究样本量相对有限(145例),且主要针对中国人群,需要在更大人群中验证 探索局限性前列腺癌的分子异质性并开发亚型特异性治疗策略 145例中国患者的局限性前列腺癌样本 蛋白质基因组学 前列腺癌 基因组测序,转录组测序,蛋白质组学,磷酸化蛋白质组学,单细胞RNA测序,免疫荧光分析 NA 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据,磷酸化蛋白质组数据 145例局限性前列腺癌患者样本 NA 单细胞RNA测序,蛋白质组学,多组学整合分析 NA NA
8038 2025-10-06
Development and validation of basement membrane-related signatures for predicting postoperative recurrence, tumor microenvironment and drug candidates in chordomas
2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2
研究论文 本研究开发并验证了基于基底膜相关基因的签名,用于预测脊索瘤术后复发、评估肿瘤微环境和筛选候选药物 首次建立基底膜相关基因签名预测脊索瘤预后,并通过单细胞RNA测序揭示肿瘤细胞和成纤维细胞对基底膜特征的贡献 样本量相对较小(77例批量转录组测序,6例单细胞RNA测序),需要更大规模研究验证 探索基底膜相关基因在颅底脊索瘤预后评估和生物学行为中的作用 接受内镜鼻内手术的颅底脊索瘤患者 生物信息学 脊索瘤 批量转录组测序,单细胞RNA测序,LASSO Cox回归分析 Cox回归模型,列线图 基因表达数据 77例患者进行批量转录组测序,6例患者进行单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA NA
8039 2025-10-06
Microwave ablation of non-small cell lung cancer enhances local T-cell abundance and alters monocyte interactions
2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析微波消融后非小细胞肺癌微环境中免疫细胞群的变化 首次在单细胞水平揭示微波消融后肿瘤微环境中T细胞丰度增加及单核细胞相互作用改变 样本量较小,仅基于9例患者的活检样本 探究微波消融对非小细胞肺癌微环境中免疫细胞群和基因表达的影响 非小细胞肺癌患者肿瘤活检样本 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 9例非小细胞肺癌患者 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Genomics单细胞RNA测序流程
8040 2025-10-06
FOSB is a key factor in the genetic link between inflammatory bowel disease and acute myocardial infarction: multiple bioinformatics analyses and validation
2025-Apr-03, BMC medical genomics IF:2.1Q3
研究论文 通过生物信息学分析揭示FOSB等关键基因在炎症性肠病与急性心肌梗死共病机制中的核心作用 首次系统识别IBD与AMI共病的5个关键枢纽基因,并构建高精度诊断模型 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 探索炎症性肠病与急性心肌梗死之间的遗传机制联系 IBD和AMI相关的基因表达数据 生物信息学 心血管疾病, 炎症性肠病 微阵列分析, WGCNA, 机器学习, qRT-PCR, Western blotting, 单细胞测序 LASSO, 随机森林, Boruta 基因表达数据 来自NCBI GEO数据库的多个微阵列数据集 NA 单细胞测序, 微阵列 NA NA
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