单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27773 篇文献，本页显示第 8001 - 8020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8001 | 2024-10-07 |
RAS/RAF landscape in monoclonal plasma cell conditions
2024-Jul-11, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023022295
PMID:38643494
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研究论文 | 研究多发性骨髓瘤中RAS/RAF通路的突变情况 | 首次在大规模患者群体中分析了RAS/RAF通路的突变情况，并发现其在不同亚克隆中的分布 | 研究仅限于RAS/RAF通路的突变分析，未涉及其他可能的分子机制 | 探讨RAS/RAF通路在多发性骨髓瘤中的突变情况及其临床意义 | 多发性骨髓瘤患者及其RAS/RAF通路的突变 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 下一代测序（NGS）和单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 超过10,000名患者，其中29名患者进行了单细胞测序 |
| 8002 | 2024-10-07 |
Inferring single-cell spatial gene expression with tissue morphology via explainable deep learning
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.12.598686
PMID:38915550
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研究论文 | 开发了一种基于视觉变换器（ViT）的框架SPiRiT，用于推断单细胞空间基因表达，并结合组织形态学信息 | 提出了SPiRiT框架，通过整合交叉验证和模型解释在超参数调优中，显著提高了预测准确性，并揭示了ViT模型用于预测基因表达的高分辨率高关注区域（HAR） | NA | 探索利用组织形态学信息推断单细胞空间基因表达的可行性 | 人类乳腺癌和小鼠幼崽的组织切片 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 视觉变换器（ViT） | 视觉变换器（ViT） | 图像 | 人类乳腺癌和小鼠幼崽的组织切片，评估数据来自Xenium（10x Genomics）数据集 |
| 8003 | 2024-10-07 |
Allele-specific expression reveals genetic drivers of tissue regeneration in mice
2023-10-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.08.010
PMID:37714154
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研究论文 | 研究通过杂交MRL和非再生小鼠，利用等位基因特异性基因表达分析，揭示了与小鼠组织再生相关的顺式调控变异 | 首次通过等位基因特异性基因表达分析，识别出与小鼠耳部再生相关的顺式调控变异，并发现补体因子H在促进伤口修复和再生中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现 | 揭示小鼠组织再生的分子机制，并探索其临床应用潜力 | MRL小鼠和非再生小鼠的杂交后代，以及不同细胞类型的基因表达 | 分子生物学 | NA | 等位基因特异性基因表达分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | MRL和非再生小鼠的杂交后代，涉及免疫细胞、成纤维细胞和内皮细胞三种主要细胞类型 |
| 8004 | 2024-10-07 |
Single-cell dissection of cellular and molecular features underlying mesenchymal stem cell therapy in ischemic acute kidney injury
2023-Oct-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2023.07.024
PMID:37533253
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了间充质干细胞在缺血性急性肾损伤中的治疗机制 | 揭示了间充质干细胞通过抑制Zeb2表达和抑制成纤维化上皮细胞来介导治疗效果的新机制 | NA | 探讨间充质干细胞在急性肾损伤中的治疗机制 | 间充质干细胞、急性肾损伤、肾小管上皮细胞、免疫细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 8005 | 2024-10-07 |
TATA and paused promoters active in differentiated tissues have distinct expression characteristics
2021-02, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209866
PMID:33543829
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研究论文 | 研究了在分化组织中活跃的TATA和暂停启动子的不同表达特征 | 首次探讨了RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响，并提出了组织特异性基因在不同组织中表达的两种不同策略 | 研究仅限于果蝇晚期胚胎，可能无法完全推广到其他物种或发育阶段 | 探讨RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响 | TATA和暂停启动子在分化组织中的表达特征 | 基因组学 | NA | ChIP-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据 | 果蝇晚期胚胎 |
| 8006 | 2024-10-07 |
Probabilistic harmonization and annotation of single-cell transcriptomics data with deep generative models
2021-01, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209620
PMID:33491336
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研究论文 | 本文介绍了一种基于深度生成模型的单细胞转录组数据概率调和与注释方法 | 提出了scANVI，一种半监督变分推断方法，用于利用现有细胞状态注释进行单细胞注释，并展示了scVI和scANVI在数据整合和细胞状态注释方面的优越性 | 未提及 | 旨在解决单细胞转录组数据整合和细胞类型注释的挑战 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成模型 | 基因表达数据 | 未提及 |
| 8007 | 2024-10-07 |
The Gustatory Sensory G-Protein GNAT3 Suppresses Pancreatic Cancer Progression in Mice
2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.08.011
PMID:32882403
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研究论文 | 研究了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用 | 首次探讨了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用，并发现其缺失会增强CXCL1/2-CXCR2轴，促进肿瘤进展 | NA | 探讨味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用 | 胰腺导管腺癌（PDA）进展中的免疫抑制性炎症反应 | NA | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了Gnat3-null (Gnat3-/-)小鼠和携带Cre-inducible KrasLSL-G12D/+等位基因的小鼠进行交叉繁殖 |
| 8008 | 2024-10-06 |
Immune escape between endoplasmic reticulum stress-related cancer cells and exhausted CD8+T cells leads to neoadjuvant chemotherapy resistance in ovarian cancer
2024-Nov-12, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150686
PMID:39278093
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研究论文 | 研究探讨了新辅助化疗对高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤细胞和免疫细胞的影响 | 揭示了新辅助化疗抵抗的机制，并提出了针对ERS标记HSP90B1和免疫逃逸标记MDK的治疗策略 | 研究样本量较小，仅涉及11名患者 | 探索新辅助化疗对高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤微环境中肿瘤细胞和免疫细胞的影响 | 高级别浆液性卵巢癌患者的肿瘤细胞和CD8+T细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11名高级别浆液性卵巢癌患者 |
| 8009 | 2024-10-06 |
CALB2 drives pancreatic cancer metastasis through inflammatory reprogramming of the tumor microenvironment
2024-Oct-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-03201-w
PMID:39358777
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研究论文 | 研究探讨了CALB2在胰腺癌转移中的作用及其通过炎症重编程肿瘤微环境的机制 | 首次揭示了CALB2作为炎症重编程的关键调节因子，促进胰腺癌转移的机制，并提出了αCXCL14单克隆抗体与吉西他滨联合治疗的新策略 | NA | 探讨CALB2在胰腺癌转移中的作用及其通过炎症重编程肿瘤微环境的机制，并开发针对性的治疗策略 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及其相关成纤维细胞（CAFs）和患者来源的类器官（PDOs） | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、多色免疫荧光、CUT&RUN测定、荧光素酶报告基因测定、RNA测序、功能获得或丧失测定 | NA | 基因表达数据 | 涉及人类PDAC样本、CAFs和PDOs的体外和体内共培养系统，以及免疫活性KPC类器官异种移植模型 |
| 8010 | 2024-10-06 |
Exploring the prognostic value of BRMS1 + microglia based on single-cell anoikis regulator patterns in the immunologic microenvironment of GBM
2024-Oct, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04781-5
PMID:39143438
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和非负矩阵分解技术，探讨了胶质母细胞瘤（GBM）中BRMS1+小胶质细胞在免疫微环境中的预后价值 | 首次揭示了BRMS1+小胶质细胞在GBM免疫微环境中的重要作用，并提出其可能成为未来治疗的潜在靶点 | NA | 探讨BRMS1+小胶质细胞在GBM免疫微环境中的预后价值及其对免疫治疗的影响 | 胶质母细胞瘤（GBM）中的BRMS1+小胶质细胞及其在免疫微环境中的作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组RNA测序（stRNA-seq）、非负矩阵分解（NMF） | NA | 基因表达数据 | 使用了TCGA和CGGA数据集，具体样本数量未在摘要中提及 |
| 8011 | 2024-10-06 |
Iron-laden macrophage-mediated paracrine profibrotic signaling induces lung fibroblast activation
2024-Oct-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00675.2023
PMID:39183565
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研究论文 | 研究探讨了铁在肺纤维化中的作用，特别是巨噬细胞介导的机制 | 揭示了铁在巨噬细胞中积累引发脂质过氧化，从而放大TGF-β1产生，并通过旁分泌信号激活成纤维细胞的新机制 | NA | 研究铁代谢在肺纤维化中的作用及其机制 | 肺纤维化中的巨噬细胞和成纤维细胞 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用小鼠模型，包括博来霉素和胺碘酮诱导的肺纤维化模型 |
| 8012 | 2024-10-06 |
Single-cell analysis revealing the metabolic landscape of prostate cancer
2024-Sep-01, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja20243
PMID:38657119
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌的代谢景观 | 首次通过单细胞RNA测序技术展示了前列腺癌中上皮细胞和基质细胞的代谢活性差异，并识别了神经内分泌细胞的高代谢率 | 研究主要集中在前列腺癌的代谢特征，未涉及其他癌症类型的比较 | 揭示前列腺癌的代谢重编程机制及其在治疗中的应用潜力 | 前列腺癌中的上皮细胞、基质细胞和神经内分泌细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 8013 | 2024-10-06 |
Integrated single-cell and bulk RNA-seq analysis identifies a prognostic T-cell signature in colorectal cancer
2024-08-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-70422-6
PMID:39215032
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出结直肠癌中的预后T细胞特征 | 本研究创新性地利用单细胞测序数据，通过加权基因共表达网络分析、Lasso回归和StepCox分析，开发了一种基于六个T细胞相关基因的预后风险模型TRGS，相比现有免疫相关预后模型，具有更高的预测效能 | NA | 识别结直肠癌中的预后T细胞特征，优化患者对免疫治疗和化疗的反应 | 结直肠癌患者的T细胞特征及其预后影响 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序和批量RNA测序 | 加权基因共表达网络分析、Lasso回归和StepCox分析 | 基因表达数据 | NA |
| 8014 | 2024-10-06 |
Quantification of escape from X chromosome inactivation with single-cell omics data reveals heterogeneity across cell types and tissues
2024-Aug-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100625
PMID:39084228
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研究论文 | 开发了一种名为scLinaX的方法，用于量化单细胞组学数据中的X染色体失活逃逸现象，揭示了不同细胞类型和组织间的异质性 | 首次开发了scLinaX方法，用于直接量化单细胞RNA测序数据中的失活X染色体相对基因表达，并扩展到10x多组学数据集 | 需要进一步验证和扩展到更多类型的细胞和组织中 | 研究X染色体失活逃逸现象在不同细胞类型和组织中的差异 | X染色体失活逃逸现象及其在不同细胞类型和组织中的表现 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多个器官的单细胞RNA测序数据集 |
| 8015 | 2024-10-06 |
A fibroblast-dependent TGF-β1/sFRP2 noncanonical Wnt signaling axis promotes epithelial metaplasia in idiopathic pulmonary fibrosis
2024-Jul-09, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI174598
PMID:38980870
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研究论文 | 研究了纤维母细胞依赖的TGF-β1/sFRP2非经典Wnt信号轴在特发性肺纤维化中促进上皮化生的机制 | 发现了TGF-β1信号通过sFRP2激活非经典Wnt信号轴，促进特发性肺纤维化中的上皮化生 | 研究仅限于细胞和组织水平，未涉及临床试验 | 探讨特发性肺纤维化中纤维母细胞与上皮细胞相互作用的机制 | 特发性肺纤维化患者的肺组织和纤维母细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自特发性肺纤维化患者和非疾病捐赠者的肺组织样本 |
| 8016 | 2024-10-06 |
Impending HCC diagnosis in patients with cirrhosis after HCV cure features a natural killer cell signature
2024-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000804
PMID:38381525
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研究论文 | 研究探讨了在HCV治愈后肝硬化患者中自然杀伤细胞（NK细胞）的特征，以预测肝细胞癌（HCC）的发展 | 首次揭示了HCV治愈后肝硬化患者中NK细胞的特征与HCC发展的关联，特别是TIM-3和CD38的高表达 | 研究样本量较小，仅涵盖8个队列，可能影响结果的普适性 | 探讨HCV治愈后肝硬化患者中NK细胞的特征，以预测HCC的发展 | HCV治愈后肝硬化患者的NK细胞特征及其与HCC发展的关联 | NA | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 8个队列，包括HCV治愈后肝硬化患者和健康对照 |
| 8017 | 2024-10-06 |
Oleic acid-PPARγ-FABP4 loop fuels cholangiocarcinoma colonization in lymph node metastases microenvironment
2024-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000784
PMID:38377465
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研究论文 | 研究探讨了油酸-PPARγ-FABP4循环在胆管癌淋巴结转移微环境中的作用 | 揭示了油酸-PPARγ-FABP4正反馈循环在胆管癌淋巴结转移中的关键作用，并提出了针对这一循环的潜在治疗策略 | NA | 探究胆管癌在淋巴结微环境中的定植机制，特别是代谢重编程的作用 | 胆管癌及其淋巴结转移 | NA | 胆管癌 | 单细胞RNA测序、代谢组学、CRISPR/Cas9筛选 | NA | RNA | 来自患者的原发肿瘤病灶和配对的淋巴结转移样本 |
| 8018 | 2024-10-06 |
Multiomics identifies metabolic subtypes based on fatty acid degradation allocating personalized treatment in hepatocellular carcinoma
2024-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000553
PMID:37540187
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研究论文 | 本文通过多组学分析，基于脂肪酸降解途径对肝细胞癌进行分子分类，并评估其指导个性化治疗的能力 | 本文首次基于脂肪酸降解途径对肝细胞癌进行分子分类，并发现不同亚型对特定治疗的响应差异 | 本文的样本量较小，且主要基于已有的公开数据集进行分析，需要进一步的临床验证 | 开发基于脂肪酸降解途径的肝细胞癌分子分类，并评估其指导个性化治疗的能力 | 肝细胞癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序、PCR阵列、脂质组学、代谢组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | 41名肝细胞癌患者，其中17名接受PD-1治疗 |
| 8019 | 2024-08-07 |
Pegylated interferon-α for chronic hepatitis B … not ready to be shelved yet! New insights on its role using single-cell transcriptomics
2024-01-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000560
PMID:37676248
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8020 | 2024-10-06 |
Enhanced mitophagy driven by ADAR1-GLI1 editing supports the self-renewal of cancer stem cells in HCC
2024-01-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000299
PMID:36683360
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研究论文 | 研究探讨了ADAR1通过编辑GLI1促进肝癌干细胞自我更新的机制 | 首次揭示了ADAR1通过编辑GLI1在肝癌干细胞中调控线粒体自噬的新机制 | NA | 探讨ADAR1编辑在肝癌干细胞生成和维持中的作用机制 | 肝癌干细胞和ADAR1编辑的GLI1 | 癌症研究 | 肝癌 | RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |