单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8001	2024-09-27	Generation and molecular characterization of human pluripotent stem cell-derived pharyngeal foregut endoderm 2023-09-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.024 PMID:37751684	研究论文	本文介绍了一种从人类多能干细胞高效生成咽前肠内胚层的方法，并对其进行了分子表征	开发了一种高效的逐步分化方法，并引入了计算分类工具CellMatch，用于确认细胞成熟度	NA	研究与咽部发育和器官发生相关的人类综合征，并提供疾病相关位点和基因调控网络的研究方法	人类咽前肠内胚层及其衍生物	NA	NA	转录组分析、染色质分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
8002	2024-09-27	Inferring single-cell transcriptomic dynamics with structured latent gene expression dynamics 2023-09-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100581 PMID:37708894	研究论文	本文提出了一种名为LatentVelo的方法，利用深度学习计算单细胞RNA测序数据的基因表达动态的低维表示	LatentVelo通过变分自编码器将细胞嵌入潜在空间，并使用神经常微分方程在基于动态的潜在空间中建模分化动态，能够推断潜在的调节状态以模拟多个谱系	NA	开发一种新的方法来推断单细胞RNA测序数据中的基因表达动态	单细胞RNA测序数据中的基因表达动态	机器学习	NA	深度学习	变分自编码器，神经常微分方程	单细胞RNA测序数据	NA
8003	2024-09-27	Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558548 PMID:37786667	研究论文	本文提出了一种基于图深度学习模型的方法，用于联合细胞分割和分子注释，以解决空间转录组学数据中的细胞边界确定问题	本文提出的方法利用转录共定位关系进行细胞分割和分子注释，并通过转移图嵌入作为多模态输入的一部分来丰富基因关系	NA	解决空间转录组学数据中的细胞分割和注释问题	空间转录组学数据中的细胞分割和分子注释	机器学习	NA	图深度学习	图深度学习模型	空间转录组学数据	涉及多种空间技术和组织类型的数据
8004	2024-09-27	A spatially mapped gene expression signature for intestinal stem-like cells identifies high-risk precursors of gastric cancer 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558462 PMID:37786704	研究论文	本研究通过多组学方法识别并验证了26个基因的表达特征，这些基因在胃肠道化生（GIM）的高风险前体细胞中表达，可能预示胃癌（GC）的风险	本研究首次通过多组学整合方法识别出26个基因的表达特征，这些基因在GIM的高风险前体细胞中表达，为胃癌的预防和早期检测提供了新的分子标志物	本研究样本量较小，且仅限于特定的GIM和GC样本，未来需要更大规模的验证	识别胃肠道化生（GIM）中高风险胃癌（GC）前体的分子标志物，以改进癌症预防策略	胃肠道化生（GIM）和胃癌（GC）的临床和基因组数据	基因组学	胃癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、单分子多重荧光原位杂交（smFISH）	NA	基因表达数据	共涉及303个GIM样本、198个癌症基因组图谱样本、40个scRNA-seq数据样本和5个空间验证样本
8005	2024-09-27	Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina 2023-Sep-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3294233/v1 PMID:37790324	研究论文	研究斑马鱼视网膜损伤后神经再生的基因调控网络	揭示了不同视网膜神经元亚型损失后激活的基因调控网络的差异，以及视网膜再生与发育之间的差异	NA	探讨斑马鱼视网膜损伤后神经再生的机制及其与发育过程的异同	斑马鱼视网膜损伤后的神经再生过程	发育生物学	NA	单核RNA测序和单细胞RNA测序，ATAC测序	NA	基因表达数据	发育和再生视网膜样本
8006	2024-09-27	Single-cell multi-omics defines the cell-type-specific impact of splicing aberrations in human hematopoietic clonal outgrowths 2023-09-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.07.012 PMID:37582363	研究论文	本文通过整合基因型转录组学（GoT）与长读长单细胞转录组学和蛋白质组学，研究了人类造血克隆性增殖中剪接异常的细胞类型特异性影响	本文创新性地应用了GoT-Splice技术，结合单细胞多组学分析，揭示了SF3B1突变在不同造血祖细胞群体中的隐秘3'剪接位点使用情况及其在红细胞分化过程中的阶段特异性异常剪接	本文主要集中在SF3B1突变相关的骨髓增生异常综合征（MDS）患者样本，未来研究可以扩展到其他类型的血液疾病和突变	研究剪接因子突变在人类造血克隆性增殖中的细胞类型特异性影响	骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞	数字病理学	血液疾病	基因型转录组学（GoT）、长读长单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	转录组、表面蛋白、体细胞突变、RNA剪接	骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞样本
8007	2024-09-27	TGF-β1 mediates tumor immunosuppression aggravating at the late stage post-high-light-dose photodynamic therapy 2023-Sep, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03479-3 PMID:37351605	研究论文	本研究探讨了光动力疗法（PDT）后肿瘤微环境中免疫状态的动态变化，揭示了高剂量PDT诱导的早期免疫激活和晚期免疫抑制的机制	首次系统阐述了高剂量PDT后免疫抑制的机制，并提出了TGF-β阻断治疗策略作为逆转免疫抑制的潜在组合策略	研究主要集中在体外实验和动物模型上，尚未进行临床试验验证	揭示光动力疗法后肿瘤免疫抑制的机制，并提出改进策略	光动力疗法后的肿瘤微环境及免疫状态变化	肿瘤学	肿瘤	光动力疗法	NA	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量
8008	2024-09-27	Epstein-Barr virus evades restrictive host chromatin closure by subverting B cell activation and germinal center regulatory loci 2023-08-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112958 PMID:37561629	研究论文	研究EB病毒如何通过改变B细胞激活和生发中心调控位点的染色质可及性来逃避宿主的限制	首次捕捉到EB病毒感染期间单个B细胞的动态染色质景观，并整合了scATAC-seq、scRNA-seq和ChIP-seq数据进行基因组范围的cis-调控预测	NA	研究EB病毒如何通过改变染色质可及性来逃避宿主的限制	EB病毒感染的B细胞及其染色质可及性	数字病理学	NA	scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq	NA	基因组数据	单个B细胞
8009	2024-09-27	The brain's dark transcriptome: Sequencing RNA in distal compartments of neurons and glia 2023-08, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2023.102725 PMID:37196598	综述	本文综述了单细胞数据和亚转录组数据在哺乳动物大脑中的应用，探讨了细胞和亚细胞多样性的发展	本文介绍了大脑中'暗转录组'的概念，即位于细胞体之外的亚转录组，这些转录组在脑发育和功能中起重要作用	本文主要讨论了单细胞RNA测序在捕捉远离细胞体的转录本方面的局限性	探讨大脑中细胞和亚细胞多样性的发展，并介绍新兴技术在亚转录组发现中的应用	哺乳动物大脑中的神经元和胶质细胞的亚转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
8010	2024-09-27	Single-cell profiling of Arabidopsis leaves to Pseudomonas syringae infection 2023-07-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112676 PMID:37342910	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析拟南芥叶片对丁香假单胞菌感染的响应	首次通过单细胞RNA测序揭示了拟南芥叶片在感染丁香假单胞菌后的细胞异质性	研究仅限于拟南芥叶片对丁香假单胞菌的响应，未涉及其他植物或病原体	探讨植物叶片在病原体感染下的细胞异质性及其响应机制	拟南芥叶片在丁香假单胞菌感染下的单细胞响应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过11,000个单细胞样本
8011	2024-09-27	Independent prognostic biomarker FERMT3 associated with immune infiltration and immunotherapy response in glioma 2023, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2023.2264325 PMID:37795794	研究论文	研究探讨了FERMT3作为胶质瘤独立预后生物标志物及其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系	首次揭示了FERMT3在胶质瘤中的独立预后价值及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关联	研究主要基于现有数据集和临床组织样本的分析，缺乏大规模前瞻性临床试验验证	探讨FERMT3在胶质瘤中的预后价值及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关系	胶质瘤患者的FERMT3表达及其与免疫细胞浸润和免疫治疗反应的关系	数字病理学	脑肿瘤	免疫组化、多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	组织样本、基因表达数据	多个数据集和临床组织样本
8012	2024-09-27	Preparing Arabidopsis thaliana root protoplasts for cryo electron tomography 2023, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2023.1261180 PMID:37810374	研究论文	本文描述了一种用于冷冻电子断层扫描（cryo-ET）的拟南芥根原生质体制备工作流程	首次将原生质体用于冷冻电子显微镜（cryo-EM）和冷冻电子断层扫描（cryo-ET）研究	整个工作流程从植物生长到倾斜系列采集可能需要几个月时间	开发一种新的方法，将植物原生质体作为冷冻电子断层扫描的工具	拟南芥根原生质体	NA	NA	冷冻电子显微镜（cryo-EM）、冷冻电子断层扫描（cryo-ET）、冷冻聚焦离子束铣削（cryo-FIB）	NA	NA	NA
8013	2024-09-27	New insight into the role of fibroblasts in the epithelial immune microenvironment in the single-cell era 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1259515 PMID:37809065	综述	本文综述了单细胞时代下成纤维细胞在表皮免疫微环境中的作用	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了成纤维细胞在表皮免疫微环境中的功能和空间异质性及其与其他细胞类型的相互作用	NA	总结成纤维细胞在炎症性皮肤病表皮免疫微环境中的最新进展，并讨论其在纤维化和非纤维化炎症性皮肤病中的不同功能和分子机制	成纤维细胞在表皮免疫微环境中的作用	NA	炎症性皮肤病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 (ST)	NA	RNA	NA
8014	2024-09-27	Spatially and temporally distinct patterns of expression for VPS10P domain receptors in human cerebral organoids 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1229584 PMID:37842085	研究论文	研究了人类大脑类器官中VPS10P域受体在神经发育和分化过程中的时空表达模式	首次在人类大脑类器官中详细描述了VPS10P域受体在神经发育和分化过程中的时空表达模式，并揭示了其在不同细胞类型和亚细胞定位中的独特功能	研究主要基于类器官模型，可能与真实的人类大脑环境存在差异	探讨VPS10P域受体在人类大脑发育和神经退行性疾病中的作用	VPS10P域受体在人类大脑类器官中的表达模式	NA	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
8015	2024-09-27	A hub gene signature as a therapeutic target and biomarker for sepsis and geriatric sepsis-induced ARDS concomitant with COVID-19 infection 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1257834 PMID:37822934	研究论文	研究探讨了COVID-19感染与老年脓毒症诱发的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）之间的分子机制，并识别了潜在的治疗靶点和生物标志物	揭示了COVID-19与脓毒症之间的189个差异表达基因，并构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络，识别出关键的枢纽基因和模块	研究主要基于生物信息学和系统生物学方法，缺乏临床试验验证	阐明COVID-19与脓毒症在老年患者中的相互作用，识别潜在的治疗干预措施	COVID-19感染、脓毒症及其诱发的ARDS在老年患者中的分子机制	生物信息学	脓毒症	生物信息学、系统生物学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了小鼠脓毒症-ARDS模型和老年脓毒症诱发ARDS患者的血液样本
8016	2024-09-27	An integrated analysis of hypoxic-ischemic encephalopathy-related cell sequencing outcomes via genes network construction 2022, Ibrain DOI:10.1002/ibra.12025 PMID:37786415	研究论文	本研究通过单细胞测序技术和基因网络构建，分析了缺氧缺血性脑病（HIE）相关的核心基因及其潜在作用	首次通过单细胞测序和基因网络构建，揭示了STAT家族基因在HIE中的关键作用，并发现了VIM基因与神经发育的密切关系	研究仅基于Pubmed数据库中的数据集，样本量较小，且未涉及临床验证	旨在通过单细胞测序和基因网络构建，发现HIE相关的核心基因及其在疾病中的潜在作用	缺氧缺血性脑病（HIE）相关的基因及其在疾病中的作用	生物信息学	新生儿疾病	单细胞测序（SCS）	蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络	基因表达数据	12,093个基因，其中217个共享基因，11,876个独特基因
8017	2024-09-27	Embryonic Origin and Subclonal Evolution of Tumor-Associated Macrophages Imply Preventive Care for Cancer 2021-04-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10040903 PMID:33919979	研究论文	研究肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的起源和亚克隆进化，并探讨其在癌症预防中的潜在作用	提出了TAMs的胚胎起源和亚克隆进化模型，揭示了TAMs的功能异质性与微环境提示和代谢重塑的关系	NA	探讨TAMs的起源和功能异质性，以及其在癌症发展中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在癌症中的作用	生物医学	癌症	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
8018	2024-09-27	Eleven grand challenges in single-cell data science 2020-02-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-1926-6 PMID:32033589	评论	本文概述了单细胞数据科学领域的十一个重大挑战	本文提出了单细胞数据科学领域的十一个关键挑战，为该领域的未来发展指明了方向	本文主要集中在挑战的提出和概述，未深入探讨每个挑战的具体解决方案	探讨单细胞数据科学领域的重大挑战，推动该领域的进一步发展	单细胞数据科学领域的挑战和未来研究方向	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	数千至数百万个细胞
8019	2024-09-26	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing identifies POSTN as a potential biomarker and therapeutic target for rheumatoid arthritis 2024-Nov-30, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148798 PMID:39067546	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出POSTN作为类风湿性关节炎的潜在生物标志物和治疗靶点	首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，通过生物信息学分析和分子对接验证，识别出POSTN作为类风湿性关节炎的潜在生物标志物和治疗靶点	NA	识别类风湿性关节炎的潜在生物标志物和治疗靶点	类风湿性关节炎的生物标志物和治疗靶点	生物信息学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、分子对接	NA	RNA测序数据	NA
8020	2024-09-26	Immunoinhibitory effects of hypoxia-driven reprogramming of EGR1hi and EGR3 positive B cells in the nasopharyngeal carcinoma microenvironment 2024-Nov, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2024.106999 PMID:39197193	研究论文	研究探讨了在鼻咽癌微环境中，缺氧条件下EGR1和EGR3阳性B细胞的免疫抑制作用及其机制	首次揭示了EGR1和EGR3在缺氧条件下对Breg细胞分化的调控作用，并阐明了其通过MAPK途径和免疫抑制因子表达影响肿瘤微环境的机制	研究主要基于单细胞转录组测序和移植实验，缺乏体内实验验证	探讨鼻咽癌微环境中Breg细胞的分化及其免疫抑制机制	鼻咽癌微环境中的Breg细胞及其在缺氧条件下的分化和调控机制	NA	鼻咽癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	涉及人类鼻咽癌样本