单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27773 篇文献，本页显示第 7981 - 8000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7981 | 2024-10-08 |
A TGF-β-dominant chemoresistant phenotype of hepatoblastoma associated with aflatoxin exposure in children
2024-03-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000534
PMID:37459556
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研究论文 | 本文研究了儿童肝母细胞瘤（HB）中与黄曲霉素暴露相关的TGF-β主导的化疗耐药表型 | 首次定义了HB的四种转录亚型，并发现S2A亚型是一种新的化疗耐药亚型，与TGF-β上调和黄曲霉素暴露相关 | NA | 探讨黄曲霉素与肝母细胞瘤化疗耐药性的关系 | 肝母细胞瘤（HB）样本及其化疗耐药性 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、全外显子测序、批量RNA测序 | NA | RNA | 180个HB样本 |
| 7982 | 2024-10-08 |
Single-cell immune profiling of mouse liver aging reveals Cxcl2+ macrophages recruit neutrophils to aggravate liver injury
2024-03-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000590
PMID:37695548
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析不同年龄小鼠肝脏免疫细胞，揭示Cxcl2+巨噬细胞招募中性粒细胞加剧肝脏损伤的机制 | 首次揭示Cxcl2+巨噬细胞通过CXCL2-CXCR2轴招募中性粒细胞，加剧老年小鼠肝脏损伤 | 研究主要基于小鼠模型，需进一步验证在人类中的适用性 | 探究年龄相关肝脏损伤中局部免疫微环境的动态变化及其机制 | 不同年龄小鼠肝脏中的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 89,542个免疫细胞 |
| 7983 | 2024-10-08 |
An IL-4 signalling axis in bone marrow drives pro-tumorigenic myelopoiesis
2024-Jan, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06797-9
PMID:38057662
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研究论文 | 研究揭示了IL-4信号轴在骨髓中驱动肿瘤促进性髓系生成的作用 | 首次发现IL-4在骨髓中通过调节粒细胞-单核细胞前体细胞的转录程序，促进免疫抑制性肿瘤促进髓系细胞的生成 | 研究主要基于小鼠模型和临床试验的初步结果，需要更多临床数据验证 | 探讨IL-4信号轴在肿瘤免疫抑制中的作用及其潜在治疗策略 | 非小细胞肺癌中的髓系细胞和IL-4信号通路 | NA | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及人类和小鼠的非小细胞肺癌样本 |
| 7984 | 2024-10-08 |
Population-level integration of single-cell datasets enables multi-scale analysis across samples
2023-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02035-2
PMID:37813989
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scPoli的开源学习器，用于整合异质性单细胞数据集，并应用于肺和外周血单核细胞的群体水平图谱分析 | scPoli通过生成模型学习样本和细胞表示，实现了数据整合、标签传递和参考映射，并展示了其在解释样本层面生物和技术变异方面的能力 | NA | 开发一种工具，用于整合群体水平的单细胞数据集，促进多尺度分析 | 肺和外周血单核细胞的单细胞数据集 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序 | 生成模型 | 单细胞数据 | 2,375个样本，共780万个细胞 |
| 7985 | 2024-10-08 |
Inference of differential key regulatory networks and mechanistic drug repurposing candidates from scRNA-seq data with SCANet
2023-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad644
PMID:37862243
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCANet的工具，用于从单细胞RNA测序数据中推断差异关键调控网络和机制性药物再利用候选者 | 开发了SCANet，一个集成的单细胞分析工具，涵盖了从基因共表达模块推断、驱动基因检测、转录调控网络重建到机制性药物再利用候选者预测的整个流程 | NA | 解决从单细胞RNA测序数据中重建细胞（亚）类型发育差异的关键调控网络的计算问题 | 急性呼吸疾病患者中的细胞因子风暴机制和肥胖小鼠肠道干细胞中的细胞驱动机制 | 生物信息学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及两个研究的数据，包括急性呼吸疾病患者和肥胖小鼠的肠道干细胞 |
| 7986 | 2024-10-08 |
Chromatin accessibility profiling of targeted cell populations with laser capture microdissection coupled to ATAC-seq
2023-10-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100598
PMID:37776856
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研究论文 | 本研究报告了激光捕获显微切割与ATAC-seq结合（LCM-ATAC-seq）用于新鲜冷冻样本的空间染色质可及性特征分析 | 首次将激光捕获显微切割与ATAC-seq结合，用于空间染色质可及性分析 | 研究仅限于新鲜冷冻样本，未涉及其他类型的样本 | 探索空间表观基因组学领域，提供基因调控的进一步见解 | 染色质可及性在健康和疾病中的作用 | 表观基因组学 | NA | 激光捕获显微切割（LCM），ATAC-seq | NA | 染色质可及性数据 | 新鲜冷冻样本 |
| 7987 | 2024-10-08 |
Diverse clonal fates emerge upon drug treatment of homogeneous cancer cells
2023-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06342-8
PMID:37468627
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研究论文 | 本文开发并应用了FateMap框架，结合DNA条形码和单细胞RNA测序，揭示了数以十万计的克隆在接受抗癌治疗后的命运 | 本文首次展示了单细胞来源的癌症细胞在接受治疗后产生的分子、形态和功能上不同的抗性类型，并发现这些抗性类型主要由药物添加前的细胞分子差异决定，而非外在因素 | 本文主要集中在实验室环境下的研究，尚未充分探讨这些抗性类型在临床环境中的实际应用和影响 | 揭示抗癌治疗后癌症细胞的抗性多样性及其分子机制 | 单细胞来源的癌症细胞及其在接受不同抗癌药物治疗后的抗性类型 | NA | NA | DNA条形码和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数以十万计的克隆 |
| 7988 | 2024-10-08 |
Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia
2023-Jul-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.04.547740
PMID:37461736
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研究论文 | 构建跨物种的DRG和TG细胞图谱，描述了6个物种和19项研究中的18种神经元和11种非神经元细胞类型 | 首次构建了跨物种的DRG和TG细胞图谱，并展示了其在注释新测序的DRG细胞中的应用 | 跨物种的转录组定义细胞类型比较仍然具有挑战性 | 研究外周感觉神经元的多样性及其在不同物种中的转录组特征 | 背根神经节（DRG）和三叉神经节（TG）中的感觉神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及6个物种和19项研究的细胞样本 |
| 7989 | 2024-10-08 |
Studying stochastic systems biology of the cell with single-cell genomics data
2023-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.17.541250
PMID:37292934
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综述 | 本文综述了单细胞基因组学数据在细胞系统生物学中的应用，并提出了一种统一的数学框架来处理单分子生物随机性和基因组学技术变异 | 提出了一个统一的数学框架，通过生成函数的方法整合单细胞RNA测序中的各种现象 | NA | 探讨单细胞基因组学数据在系统生物学中的应用，并提出一个数学框架来处理生物随机性和技术变异 | 单细胞RNA测序中的RNA转录过程和微流控技术中的封装和文库构建步骤 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成函数 | 基因组数据 | NA |
| 7990 | 2024-10-08 |
Spatial genomic, biochemical, and cellular mechanisms drive meningioma heterogeneity and evolution
2023-May-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2921804/v1
PMID:37292686
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研究论文 | 本文整合了空间转录组学和空间蛋白质组学方法，研究了高级别脑膜瘤的基因组、生化和细胞机制，揭示了肿瘤内异质性与分子、时间和空间演化的关系 | 通过空间转录组学和蛋白质组学方法，揭示了高级别脑膜瘤的基因和蛋白质表达差异，并发现了治疗抵抗性的空间扩展亚克隆拷贝数变异 | NA | 研究脑膜瘤的肿瘤内异质性和演化机制，为个性化医疗治疗提供基础 | 高级别脑膜瘤 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、多重顺序免疫荧光（seqIF）、空间解卷积 | NA | 基因组数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据 | NA |
| 7991 | 2024-10-07 |
Serial single-cell RNA sequencing unveils drug resistance and metastatic traits in stage IV breast cancer
2024-Oct-03, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00723-6
PMID:39363009
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了IV期乳腺癌患者的肿瘤细胞在化疗抵抗和转移过程中的转录组、基因组和表观基因组变化 | 首次在单个患者样本中系统分析了化疗抵抗和转移前细胞的特征，揭示了化疗抵抗细胞的克隆扩增和转移前细胞的表达谱变化 | 研究仅基于单个患者样本，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨IV期乳腺癌患者肿瘤细胞在化疗抵抗和转移过程中的分子机制 | IV期乳腺癌患者的原发肿瘤和远处转移瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个IV期乳腺癌患者样本 |
| 7992 | 2024-10-07 |
Multi-scale transcriptomics reveals that specific tumor cells promote lung adenocarcinoma metastasis through crosstalk with the microenvironment
2024-Oct-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01306-4
PMID:39363121
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研究论文 | 研究通过整合单细胞RNA测序、空间RNA测序和批量RNA测序，揭示了特定肿瘤细胞通过与微环境的相互作用促进肺腺癌转移的机制 | 建立了肺腺癌转移风险评分模型（LMRS），并识别出42个转移驱动基因和两种肿瘤上皮细胞亚型 | NA | 揭示肺腺癌转移的机制 | 肺腺癌的转移驱动基因、细胞间相互作用和细胞与配体-受体对的共定位关系 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间RNA测序（stRNA-seq）和批量RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 7993 | 2024-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals immune microenvironment changes and insights into the transition from DCIS to IDC with associated prognostic genes
2024-Oct-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05706-6
PMID:39363164
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析揭示了从导管原位癌（DCIS）到浸润性导管癌（IDC）的免疫微环境变化，并发现了与预后相关的关键基因 | 本文首次通过单细胞转录组分析揭示了DCIS到IDC转变过程中免疫细胞的动态变化，并识别出五个可能作为乳腺癌预后标志物的关键基因 | 本文主要基于单细胞转录组数据进行分析，未涉及其他类型的数据或实验验证 | 研究DCIS向IDC转变的生物学机制，并寻找潜在的预后标志物 | 乳腺癌中的导管原位癌（DCIS）和浸润性导管癌（IDC） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及DCIS和IDC的多个样本 |
| 7994 | 2024-10-07 |
Identification and evaluation of candidate COVID-19 critical genes and medicinal drugs related to plasma cells
2024-Oct-03, BMC infectious diseases
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12879-024-10000-3
PMID:39363208
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研究论文 | 本研究利用DESeq2和xCell算法分析COVID-19患者与对照组的差异表达基因和免疫浸润情况，识别与COVID-19相关的浆细胞模块基因，并构建蛋白质-蛋白质相互作用网络，识别关键基因和潜在药物 | 首次系统探索了浆细胞在COVID-19中的作用，识别了关键基因和潜在治疗药物 | NA | 探索COVID-19中浆细胞的作用，识别关键基因和潜在治疗药物 | COVID-19患者和对照组的差异表达基因、免疫浸润情况、关键基因和潜在药物 | 生物信息学 | COVID-19 | DESeq2, xCell, WGCNA, 单细胞RNA测序, Cytoscape, cMAP, AutoDock | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 使用GSE157103、GSE152641、GSE171524、GSE152418和GSE179627数据集 |
| 7995 | 2024-10-07 |
Tracking changes in functionality and morphology of repopulated microglia in young and old mice
2024-Oct-03, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03242-0
PMID:39363245
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研究论文 | 研究了年轻和老年小鼠中再生的微胶质细胞的功能和形态变化 | 首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫荧光和共聚焦成像技术，研究了再生的微胶质细胞的功能和形态变化 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类的情况 | 探讨再生的微胶质细胞在年轻和老年小鼠中的功能和形态变化 | 年轻和老年小鼠的微胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫荧光、共聚焦成像 | NA | RNA | 年轻和老年小鼠的微胶质细胞样本 |
| 7996 | 2024-10-07 |
A combined analysis of bulk RNA-seq and scRNA-seq was performed to investigate the molecular mechanisms associated with the occurrence of myocardial infarction
2024-Oct-03, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10813-1
PMID:39363266
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，探讨了心肌梗死（MI）相关的分子机制 | 本研究首次整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了心肌梗死中细胞类型的转录变化，特别是内皮细胞的减少和巨噬细胞的增加 | 本研究仅使用了公开的RNA-seq数据，未进行实验验证，可能影响结果的可靠性 | 探讨心肌梗死相关的分子机制 | 心肌梗死模型中的心脏细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用了来自小鼠心肌梗死模型的公开scRNA-seq（GSE136088）和bulk RNA-seq（GSE153485）数据 |
| 7997 | 2024-10-07 |
Yeast9: a consensus genome-scale metabolic model for S. cerevisiae curated by the community
2024-Oct, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-024-00060-7
PMID:39134886
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研究论文 | 本文介绍了由社区维护的S. cerevisiae的共识基因组规模代谢模型Yeast9，并评估了其在不同条件下的预测性能 | Yeast9是基于社区持续更新和改进的代谢模型，结合了单细胞转录组学和蛋白质组学数据，能够更好地预测酵母在不同条件下的代谢重构 | NA | 评估和展示Yeast9在不同条件下的预测性能，并探讨其在系统生物学研究中的应用潜力 | S. cerevisiae的基因组规模代谢模型Yeast9及其在不同条件下的代谢行为 | 代谢组学 | NA | 单细胞转录组学、蛋白质组学 | NA | 代谢模型 | 163个条件特定的GEMs，1229个突变株的ssGEMs |
| 7998 | 2024-10-07 |
Full-length nanopore sequencing of circular RNA landscape in peripheral blood cells following sequential BNT162b2 mRNA vaccination
2024-Sep-27, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2024.148971
PMID:39343185
|
研究论文 | 本研究评估了BNT162b2 mRNA疫苗接种后外周血细胞中内源性circRNA的响应 | 通过纳米孔全长测序技术，识别了4217种在疫苗接种期间特异性表达的新circRNA，并发现这些circRNA富集在应激颗粒组装和SARS-CoV-2 RNA结合蛋白的结合基序中 | 样本量较小，仅包括五名无SARS-CoV-2感染或既往疫苗接种史的医护人员 | 研究BNT162b2 mRNA疫苗接种后外周血细胞中circRNA的表达变化 | circRNA在疫苗接种后的表达变化及其与应激颗粒组装和SARS-CoV-2 RNA结合蛋白的关系 | 数字病理学 | NA | 纳米孔全长测序 | NA | RNA | 15个样本，包括接种前、第一次和第二次接种后的外周血样本 |
| 7999 | 2024-10-07 |
Protocol to study the immune profile of syngeneic mouse tumor models
2024-Sep-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103139
PMID:38878286
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研究论文 | 本文介绍了一种用于研究同基因小鼠肿瘤模型免疫特征的实验方案 | 本文提供了一种系统的方法来表征肿瘤微环境中免疫细胞的特征 | NA | 研究肿瘤微环境中免疫细胞的特征 | 同基因小鼠肿瘤模型中的免疫细胞 | NA | NA | 流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 8000 | 2024-10-07 |
Integrating Multi-omics to Identify Age-Related Macular Degeneration Subtypes and Biomarkers
2024-Aug-07, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-024-02249-9
PMID:39107525
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研究论文 | 本文结合转录组测序和单细胞测序数据，探讨线粒体相关基因在年龄相关性黄斑变性中的作用 | 提出了深度子空间非负矩阵分解算法，对基因表达谱进行多层非线性变换，并利用患者年龄作为先验信息改变数据分布 | NA | 识别年龄相关性黄斑变性的亚型和生物标志物 | 年龄相关性黄斑变性 | 生物信息学 | 眼科疾病 | 转录组测序 (RNA-seq), 单细胞测序 (scRNA-seq) | 深度子空间非负矩阵分解 (DS-NMF) | 基因表达数据 | NA |