单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7981	2024-09-27	High infiltration of immune cells with lower immune activity mediated the heterogeneity of gastric adenocarcinoma and promoted metastasis 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37092 PMID:39319155	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析胃腺癌的转移特征	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了低免疫活性的免疫细胞高浸润与胃腺癌异质性和转移的关系	研究仅限于体外实验验证，缺乏体内实验数据	探索胃腺癌的转移特征	胃腺癌的免疫细胞和基因表达	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	7697个细胞样本
7982	2024-09-27	A Quantitative Computational Framework for Allopolyploid Single-Cell Data Integration and Core Gene Ranking in Development 2024-Sep-04, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msae178 PMID:39213378	研究论文	开发了一种名为“伪基因组分化量化”（pgDQ）的定量计算框架，用于量化和追踪异源多倍体单细胞数据中的亚基因组分化	提出了pgDQ方法，能够直接在细胞水平上量化和追踪亚基因组分化，并能与单细胞RNA测序数据得出的细胞分化轨迹进行比较	未提及	探讨异源多倍体发育过程中不同基因组融合对发育的影响	异源多倍体单细胞数据中的亚基因组分化	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未提及
7983	2024-09-27	Scywalker: scalable end-to-end data analysis workflow for long-read single-cell transcriptome sequencing 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae549 PMID:39254601	研究论文	介绍了一种名为Scywalker的可扩展端到端数据分析工作流程，用于长读长单细胞转录组测序	开发了新的可扩展方法用于细胞条形码解复用和单细胞异构体调用与定量，并将其整合到一个易于部署的软件包中	NA	解决现有纳米孔单细胞数据分析工具在处理当前数据规模上的严重局限性	长读长单细胞或单核cDNA的转录组测序数据	生物信息学	NA	长读长单细胞转录组测序	NA	转录组数据	涉及人类大脑、拟南芥叶片和混合细胞系的数据集
7984	2024-09-26	Transcriptomic dysregulation and autistic-like behaviors in Kmt2c haploinsufficient mice rescued by an LSD1 inhibitor 2024-Sep, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-024-02479-8 PMID:38528071	研究论文	研究探讨了Kmt2c基因半合子缺失小鼠的转录组失调和自闭症样行为，并发现LSD1抑制剂可以改善这些行为	首次揭示了Kmt2c基因半合子缺失导致的神经发育缺陷的分子机制，并证明了LSD1抑制剂在治疗这些缺陷中的有效性	研究主要集中在成年小鼠，未探讨LSD1抑制剂对幼年小鼠的影响	探讨Kmt2c基因半合子缺失如何导致神经发育缺陷及其治疗方法	Kmt2c基因半合子缺失小鼠及其行为和转录组变化	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年和新生小鼠脑组织样本
7985	2024-09-27	Irradiated tumor cell-released microparticles enhance the therapeutic efficacy of PD-1 inhibitors by promoting M1-TAMs polarization in NSCLC brain metastases 2024-Aug-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217133 PMID:39079563	研究论文	研究探讨了放射治疗后肿瘤细胞释放的微粒子（RT-MPs）如何通过促进M1型肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的分化，增强PD-1抑制剂在非小细胞肺癌脑转移中的治疗效果	首次研究了RT-MPs在跨越血脑屏障后，通过改变TAMs的微环境，从M2型转变为M1型，从而增强免疫治疗效果	研究基于动物模型，尚未在临床试验中验证	探索提高非小细胞肺癌脑转移患者对免疫治疗反应的新方法	放射治疗后肿瘤细胞释放的微粒子（RT-MPs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	肺癌	单细胞测序分析	NA	单细胞数据	动物模型
7986	2024-09-27	The Impact of Low Protein Diet on the Molecular and Cellular Development of the Fetal Kidney 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.04.569988 PMID:38106143	研究论文	研究低蛋白饮食对胎儿肾脏分子和细胞发育的影响	首次全面分析了低蛋白饮食对肾脏发育的影响，特别是对分支形态发生和肾元形成过程中细胞和分子变化的影响	研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探讨低蛋白饮食对胎儿肾脏发育的影响及其分子和细胞机制	胎儿肾脏的发育过程，特别是肾元的形成	NA	慢性肾脏疾病	单细胞RNA测序，光学投影断层扫描，共聚焦显微镜	NA	图像，基因表达数据	小鼠模型中的多个发育阶段样本
7987	2024-09-27	CellCover Captures Neural Stem Cell Progression in Mammalian Neocortical Development 2024-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.06.535943 PMID:37383947	研究论文	本文提出了一种新的方法CellCover，用于在哺乳动物新皮质发育过程中捕捉神经干细胞的进展	CellCover方法通过将基因面板选择视为组合优化中的“最小集合覆盖问题”，克服了单细胞RNA测序数据中的零膨胀问题，并能够同时分析多个基因，捕捉到细胞类别的特异性信号	NA	旨在识别能够区分细胞类别的基因面板	神经干细胞在哺乳动物新皮质发育中的进展	生物医学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	组合优化	基因表达数据	涉及小鼠、灵长类和人类的数据集
7988	2024-09-27	Dermal fibroblasts retain site-specific transcriptomic identity in keloids 2024-Aug-17, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2024.08.002 PMID:39322512	研究论文	研究探讨了瘢痕疙瘩中成纤维细胞是否保留了部位特异性的转录组身份	首次揭示了瘢痕疙瘩中不同部位的成纤维细胞保留了独特的解剖学相关的基因表达谱	研究仅限于瘢痕疙瘩中的成纤维细胞，未涉及其他皮肤细胞类型	评估不同解剖部位的瘢痕疙瘩中是否存在空间异质性和部位特异性	瘢痕疙瘩中的成纤维细胞	数字病理学	皮肤疾病	转录组测序	NA	转录组数据	139个瘢痕疙瘩皮肤组织和19个瘢痕疙瘩成纤维细胞样本
7989	2024-09-27	Early-stage lung cancer is driven by a transitional cell state dependent on a KRAS-ITGA3-SRC axis 2024-Jul, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00113-5 PMID:38755258	研究论文	研究探讨了KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系	通过单细胞RNA测序揭示了AT2细胞在早期肺腺癌中的过渡状态，并发现KRAS突变通过ITGA3-SRC轴影响这一状态	研究主要基于AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者的样本，可能需要更多临床样本验证	探讨KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系	AT2细胞、小鼠、早期肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者
7990	2024-09-27	The predictive value of E2F7 in immunotherapy efficacy for lung adenocarcinoma: An observational study 2024-Jun-21, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038574 PMID:38905387	研究论文	研究E2F7在肺腺癌免疫治疗疗效中的预测价值	首次探讨E2F7表达与肺腺癌免疫治疗疗效之间的关系，并验证E2F7作为预测免疫治疗反应的生物标志物的潜力	研究基于现有数据库和单细胞测序数据，未进行临床试验验证	探讨E2F7在肺腺癌免疫治疗中的预测作用	E2F7表达与肺腺癌免疫治疗疗效的关系	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	基于Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的数据
7991	2024-09-27	Lysophospholipid Acyltransferase 9 Promotes Emphysema Formation via Platelet-activating Factor 2024-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0253OC PMID:38377392	研究论文	研究LPLAT9通过血小板活化因子促进肺气肿形成的机制	首次揭示了LPLAT9在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用及其通过血小板活化因子促进肺气肿形成的机制	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证	探讨LPLAT9在COPD发病机制中的作用	LPLAT9基因表达、单细胞RNA测序数据、肺泡巨噬细胞	NA	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	LPLAT9敲除小鼠和对照小鼠
7992	2024-09-27	Microglia and macrophages alterations in the CNS during acute SIV infection: a single-cell analysis in rhesus macaques 2024-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.04.588047 PMID:38617282	研究论文	研究了急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的单细胞RNA测序分析	首次使用单细胞RNA测序技术分析了急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的动态变化	样本量较小，仅包括三只感染SIV的猕猴和三只未感染的对照组	探讨急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的响应机制	急性SIV感染的猕猴中枢神经系统中的微胶质细胞和巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三只感染SIV的猕猴和三只未感染的对照组
7993	2024-09-27	Single-cell transcriptomic landscape reveals the role of intermediate monocytes in aneurysmal subarachnoid hemorrhage 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1401573 PMID:39318997	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了动脉瘤性蛛网膜下腔出血后的单核细胞，揭示了中间单核细胞在神经炎症中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了动脉瘤性蛛网膜下腔出血后中间单核细胞在神经炎症中的关键作用	研究样本量较小，仅包括两名男性患者，可能影响结果的普遍性	探讨动脉瘤性蛛网膜下腔出血后神经炎症的机制	单核细胞及其亚群在动脉瘤性蛛网膜下腔出血后的表达和功能	数字病理学	脑血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共17,242个细胞，包括7,224个脑脊液细胞和10,018个外周血细胞
7994	2024-09-27	Protocol for multispectral imaging on cryosections to map myeloid cell heterogeneity in its spatial context 2023-Dec-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102601 PMID:37742177	研究论文	本文介绍了一种用于在组织冷冻切片上进行多光谱成像以映射骨髓细胞异质性的协议	该协议结合了单细胞RNA测序和质谱流式细胞术的优点，能够在保留细胞和分子背景的情况下识别细胞类型和亚型	NA	开发一种能够在组织冷冻切片上进行多光谱成像以映射骨髓细胞异质性的方法	骨髓细胞在组织冷冻切片中的异质性	数字病理学	NA	多光谱成像	NA	图像	NA
7995	2024-09-27	Comprehensive analysis of scRNA-Seq and bulk RNA-Seq data reveals dynamic changes in tumor-associated neutrophils in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma and leads to the establishment of a neutrophil-related prognostic model 2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03567-4 PMID:38006433	研究论文	研究分析了肝细胞癌中单细胞测序和批量RNA测序数据，揭示了肿瘤相关中性粒细胞在肿瘤微环境中的动态变化，并建立了一个与中性粒细胞相关的预后模型	首次通过单细胞测序数据识别出271个肿瘤相关中性粒细胞的标记基因，并基于TCGA数据建立了包含八个基因的预后模型	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在数据偏差和样本量不足的问题	探索肿瘤相关中性粒细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用，并建立预后模型	肝细胞癌肿瘤微环境中的肿瘤相关中性粒细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	预后模型	RNA测序数据	12个肝细胞癌肿瘤核心和5个肝细胞癌癌旁组织
7996	2024-09-27	Unraveling intratumoral complexity in metastatic dermatofibrosarcoma protuberans through single-cell RNA sequencing analysis 2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03577-2 PMID:37938367	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示转移性皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内复杂性	利用单细胞RNA测序技术揭示了皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性，并提供了全面的单细胞转录组图谱	NA	揭示皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性和分子机制	皮肤纤维肉瘤的原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本	数字病理学	皮肤纤维肉瘤	单细胞RNA测序	t-分布随机邻域嵌入分析	RNA	原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本
7997	2024-09-27	Defects in microvillus crosslinking sensitize to colitis and inflammatory bowel disease 2023-Oct-09, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202357084 PMID:37691494	研究论文	研究探讨了微绒毛交叉连接缺陷在结肠炎和炎症性肠病中的作用	首次揭示了微绒毛交叉连接缺陷与肠道屏障功能受损及结肠炎易感性之间的关系	研究仅在动物模型和小部分患者样本中进行，需进一步验证其在人类中的普遍性	探究微绒毛交叉连接在肠道屏障功能和结肠炎中的作用	CDHR5缺陷小鼠和溃疡性结肠炎患者	NA	炎症性肠病	电子显微镜、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA序列	CDHR5缺陷小鼠、溃疡性结肠炎患者
7998	2024-09-27	Machine learning-based metabolism-related genes signature, single-cell RNA sequencing, and experimental validation in hypersensitivity pneumonitis 2023-Oct-06, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000034940 PMID:37800807	研究论文	本文通过机器学习算法筛选与代谢相关的基因特征，结合单细胞RNA测序和实验验证，研究了过敏性肺炎中代谢相关基因与M2巨噬细胞的关系	本文首次通过机器学习算法筛选出NPR3、GPX3和SULF1作为过敏性肺炎的诊断特征生物标志物，并发现SULF1表达与M2巨噬细胞比例呈正相关	本文主要依赖于基因表达数据和实验验证，未涉及临床样本的广泛验证	识别基于代谢相关基因的诊断特征生物标志物，并研究其与过敏性肺炎患者中M2巨噬细胞的相关性	过敏性肺炎患者与健康对照组的代谢相关基因表达差异及M2巨噬细胞的浸润状态	机器学习	过敏性肺炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、流式细胞术	机器学习算法	基因表达矩阵	健康对照组与过敏性肺炎患者
7999	2024-09-27	Single-cell RNA sequencing reveals the effects of capsaicin in the treatment of sepsis-induced liver injury 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.395 PMID:37808269	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了辣椒素对脓毒症诱导的肝损伤中不同细胞类型的动态响应	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用及其机制	正常小鼠、盲肠结扎穿刺诱导的脓毒症模型小鼠和辣椒素处理的小鼠的肝细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA	86,830个肝细胞
8000	2024-09-27	Single-cell assignment using multiple-adversarial domain adaptation network with large-scale references 2023-09-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100577 PMID:37751689	研究论文	介绍了一种名为SELINA的单细胞RNA-seq数据注释框架，利用多对抗域适应网络和预先整理的参考图谱进行细胞类型注释	提出了SELINA框架，通过多对抗域适应网络消除批次效应，并使用合成少数类过采样技术增强稀有细胞类型的注释	NA	开发一种能够准确注释单细胞RNA-seq数据的自动化框架	单细胞RNA-seq数据中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	多对抗域适应网络	单细胞RNA-seq数据	170万细胞，涵盖230种不同的人类细胞类型