单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27504 篇文献，本页显示第 7981 - 8000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7981 | 2024-09-28 |
Scaling cross-tissue single-cell annotation models
2023-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.07.561331
PMID:37873298
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研究论文 | 本文提出了一种名为scTab的自动化、基于特征注意力的细胞类型预测模型，用于单细胞RNA测序数据，并在大规模数据集上进行了训练和验证 | scTab模型能够处理大规模数据集，并利用深度集成进行不确定性量化，同时考虑了标签之间的本体关系，提高了跨组织注释的准确性 | NA | 开发一种能够跨组织进行细胞类型预测的自动化模型，并验证其在单细胞RNA测序数据中的应用 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 表格数据 | 2220万个人类细胞 |
| 7982 | 2024-09-28 |
Single-Cell RNA Sequencing (scRNA-seq) Identifies L1CAM as a Key Mediator between Epithelial Tuft Cell and Innate Lymphoid Cell in the Colon of Hnrnp I Knockout Mice
2023-Oct-09, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines11102734
PMID:37893107
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了Hnrnp I敲除小鼠结肠中上皮细胞与先天淋巴细胞之间的关键介质L1CAM，揭示了炎症和结肠炎的细胞间通讯机制 | 首次揭示了L1CAM在结肠上皮细胞与先天淋巴细胞之间的关键作用，并通过L1CAM-整合素相互作用促进了2型免疫反应 | 研究仅限于Hnrnp I敲除小鼠模型，结果的普遍性和适用性有待进一步验证 | 探讨Hnrnp I敲除小鼠结肠中上皮细胞谱系动态和细胞间通讯机制，揭示炎症和结肠炎的潜在机制 | Hnrnp I敲除小鼠和野生型小鼠的结肠上皮细胞和先天淋巴细胞 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | Hnrnp I敲除小鼠和野生型小鼠的结肠单细胞样本 |
| 7983 | 2024-09-28 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis of the Early Postnatal Mouse Lens Epithelium
2023-10-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.64.13.37
PMID:37870847
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研究论文 | 本文使用单细胞RNA测序技术分析了出生后第2天小鼠晶状体上皮的转录异质性，并识别出不同的上皮细胞亚型 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠晶状体上皮细胞在出生后第2天的转录异质性，并识别出七个亚群，这些亚群反映了上皮细胞在增殖、信号传导和维持中的多样性角色 | NA | 研究小鼠晶状体上皮细胞在出生后第2天的转录异质性，识别不同的上皮细胞亚型，以更好地理解晶状体的生长、分化和稳态 | 出生后第2天的小鼠晶状体上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 出生后第2天的小鼠晶状体样本 |
| 7984 | 2024-09-28 |
A Specialized Epithelial Cell Type Regulating Mucosal Immunity and Driving Human Crohn's Disease
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.30.560293
PMID:37873404
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组学分析，揭示了一种新型上皮细胞类型LND在克罗恩病中的作用 | 首次发现并描述了一种新型上皮细胞类型LND，其在克罗恩病中的表达显著增加，并与免疫调节和抗菌反应相关 | 研究样本仅限于65名克罗恩病患者和18名非炎症性肠病对照，样本量有限 | 探讨克罗恩病中上皮细胞的异质性及其在疾病发病机制中的作用 | 克罗恩病患者和非炎症性肠病对照的回肠末端和升结肠样本 | NA | 克罗恩病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 170个样本，包括65名克罗恩病患者和18名非炎症性肠病对照 |
| 7985 | 2024-09-28 |
Multi-modal transcriptomic analysis unravels enrichment of hybrid epithelial/mesenchymal state and enhanced phenotypic heterogeneity in basal breast cancer
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.30.558960
PMID:37873432
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研究论文 | 本文通过多模态转录组数据分析，揭示了基底乳腺癌中混合上皮/间充质状态的富集和表型异质性的增强 | 本文创新性地整合了批量、单细胞和空间转录组数据，揭示了上皮-间充质转化与管腔-基底可塑性之间的关联，并提出了基于数学模型的机制解释 | 本文主要基于转录组数据和数学模型，未涉及实验验证，可能影响结论的直接应用 | 研究肿瘤内表型异质性的分子起源，并开发新的治疗策略 | 乳腺癌细胞系和原发肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组学 | 数学模型 | 转录组数据 | 涉及乳腺癌细胞系和原发肿瘤样本 |
| 7986 | 2024-09-28 |
Identification of the regulatory circuit governing corneal epithelial fate determination and disease
2023-10, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002336
PMID:37856539
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研究论文 | 研究通过多组学分析和单细胞RNA测序，揭示了角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞的分子特征及其在角膜上皮命运决定和疾病中的调控机制 | 首次通过基因调控网络分析和单细胞RNA测序，揭示了角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞的共同和特异性转录因子，并发现了与角膜不透明相关的FOSL2基因 | NA | 揭示角膜上皮命运决定和疾病的调控机制 | 角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞 | NA | NA | 多组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞 |
| 7987 | 2024-09-28 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals transcriptional heterogeneity of multiple primary lung cancer
2023-10, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1453
PMID:37846760
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了多发性原发性肺癌的转录异质性 | 首次全面揭示了多发性原发性肺癌的细胞特征和细胞间连接 | 研究样本量有限，仅包括六名患者 | 全面揭示多发性原发性肺癌的细胞特征和细胞间连接 | 多发性原发性肺癌患者的肿瘤和邻近组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 23个样本，来自6名患者 |
| 7988 | 2024-09-28 |
Modeling idiopathic autism in forebrain organoids reveals an imbalance of excitatory cortical neuron subtypes during early neurogenesis
2023-09, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01399-0
PMID:37563294
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研究论文 | 使用皮质类器官和单细胞转录组学研究自闭症谱系障碍（ASD）患者前脑发育的改变 | 首次通过皮质类器官和单细胞转录组学研究自闭症谱系障碍患者前脑发育的改变，揭示了兴奋性皮质神经元亚型在早期神经发生中的不平衡 | 未发现基因组变异解释观察到的转录组改变 | 研究自闭症谱系障碍患者前脑发育的改变及其潜在机制 | 自闭症谱系障碍患者及其未受影响的父亲的前脑发育 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 13个家庭的自闭症谱系障碍男孩及其未受影响的父亲 |
| 7989 | 2024-09-28 |
Best practices for single-cell analysis across modalities
2023-08, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-023-00586-w
PMID:37002403
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review | 本文总结了单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程 | 本文通过独立基准测试研究，总结了单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程，并为新手和高级用户提供了指导 | NA | 总结单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程 | 单细胞转录组学、染色质可及性、表面蛋白表达、适应性免疫受体谱分析和空间信息等多模态数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞技术 | NA | 多模态数据 | NA |
| 7990 | 2024-09-28 |
Transcriptomics for Clinical and Experimental Biology Research: Hang on a Seq
2023-Jun, Advanced genetics (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/ggn2.202200024
PMID:37288167
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研究论文 | 本文比较了RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的优缺点 | 提出重新评估和广泛使用现代高密度微阵列数据，以修订现有的解剖RNA参考图谱并更准确地研究长非编码RNA | RNA测序技术在常表达基因的异质性覆盖方面存在局限，影响通路分析的有效性和可重复性 | 探讨RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的应用和局限性 | RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的性能和适用性 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7991 | 2024-09-28 |
SARS CoV-2 spike protein variants exploit DC-SIGN/DC-SIGNR receptor for evolution and severity: an in-silico insight
2023-May-24, Virusdisease
DOI:10.1007/s13337-023-00820-3
PMID:37363363
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研究论文 | 本文通过计算分析研究了SARS-CoV-2刺突蛋白变异体如何利用DC-SIGN/DC-SIGNR受体进行进化和加重病情 | 首次详细分析了SARS-CoV-2刺突蛋白在DC-SIGN相互作用区域的变异及其对免疫逃避的影响 | 主要基于计算模拟分析，缺乏实验验证 | 探讨SARS-CoV-2刺突蛋白变异体与DC-SIGN/DC-SIGNR受体的相互作用及其对病毒进化和病情严重性的影响 | SARS-CoV-2刺突蛋白变异体及其与DC-SIGN/DC-SIGNR受体的相互作用 | 生物信息学 | COVID-19 | 计算模拟 | NA | 基因组数据 | 使用了GISAID数据库中的SARS-CoV-2刺突蛋白数据，样本量未明确提及 |
| 7992 | 2024-09-28 |
Expression pattern analysis of m6A regulators reveals IGF2BP3 as a key modulator in osteoarthritis synovial macrophages
2023-05-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04173-9
PMID:37217897
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研究论文 | 研究探讨了m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式，并识别出IGF2BP3作为关键调节因子在滑膜巨噬细胞中的作用 | 首次揭示了m6A调节因子在骨关节炎滑膜炎中的作用，并识别出IGF2BP3作为关键调节因子 | 研究主要基于RNA-seq数据和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探索m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式，并识别关键调节因子 | m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式及IGF2BP3的作用 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-seq | LASSO-Cox回归预测模型 | RNA | 大量和单细胞RNA-seq数据 |
| 7993 | 2024-08-05 |
scTIE: data integration and inference of gene regulation using single-cell temporal multimodal data
2023-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.18.541381
PMID:37292801
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研究论文 | 本文介绍了一种统一的方法scTIE，用于整合时间多模态数据并推断基因调控关系 | scTIE通过迭代最优传输将单细胞时间点嵌入到共同空间，提取可解释信息以预测细胞轨迹，优于现有方法，特别是在批次效应和噪声存在时 | 本文未提及具体的局限性 | 本研究旨在提升基因调控机制的解析能力，特别是在时间动态的背景下 | 使用合成和真实的时间多模态数据集进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | 自动编码器 | 时间序列数据 | 使用多种合成和真实的时间多模态数据集 |
| 7994 | 2024-09-28 |
The potential crosstalk between tumor and plasma cells and its association with clinical outcome and immunotherapy response in bladder cancer
2023-05-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04151-1
PMID:37138324
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研究论文 | 研究膀胱癌中肿瘤细胞与浆细胞之间的潜在交叉对话及其与临床结果和免疫治疗反应的关联 | 首次探讨了浆细胞与膀胱癌肿瘤细胞之间的异质性和潜在交叉对话模式，并构建了基于配体/受体的风险模型来预测患者生存和免疫治疗反应 | 研究样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探索浆细胞与膀胱癌肿瘤细胞之间的交叉对话模式及其对临床结果和免疫治疗反应的影响 | 膀胱癌患者中的浆细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA测序 | 风险模型 | RNA数据 | 728个批量RNA测序样本和8个单细胞RNA测序样本（共41,894个过滤细胞） |
| 7995 | 2024-09-28 |
TissUUmaps 3: Improvements in interactive visualization, exploration, and quality assessment of large-scale spatial omics data
2023-May, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e15306
PMID:37131430
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研究论文 | 本文介绍了TissUUmaps 3在交互式可视化、探索和大规模空间组学数据质量评估方面的改进 | TissUUmaps 3通过优化减少了交互数据探索的时间和成本，显著提高了对大规模多重数据集的处理能力 | NA | 改进大规模空间组学数据的交互式可视化和探索工具 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 7996 | 2024-09-28 |
Comparison of transformations for single-cell RNA-seq data
2023-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01814-1
PMID:37037999
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研究论文 | 本文比较了四种用于单细胞RNA测序数据转换的方法，并评估了它们在模拟和真实数据上的表现 | 本文提出了四种基于不同理论基础的数据转换方法，并发现简单的对数变换结合伪计数和主成分分析在实际应用中表现最佳 | 目前的理论分析在实际性能基准测试中存在局限性 | 比较不同数据转换方法在单细胞RNA测序数据分析中的效果 | 单细胞RNA测序数据的转换方法 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 模拟数据和真实世界数据 |
| 7997 | 2024-09-28 |
Pan-cancer classification of single cells in the tumour microenvironment
2023-03-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37353-8
PMID:36959212
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scATOMIC的模块化注释工具，用于恶性与非恶性细胞的分类，并展示了其在肿瘤微环境中的应用 | scATOMIC通过训练超过30万细胞的数据，定义了19种常见癌症的泛癌参考，采用分层方法，优于当前的分类方法 | NA | 开发一种高精度的细胞分类工具，以深入理解肿瘤微环境中的细胞机制 | 恶性与非恶性细胞的分类 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过30万癌症、免疫和基质细胞，以及225个肿瘤活检样本，包含超过35万癌症和多种肿瘤微环境细胞 |
| 7998 | 2024-09-28 |
Location, location, location: mapping the lymphoma tumor microenvironment using spatial transcriptomics
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1258245
PMID:37869076
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研究论文 | 本文总结了当前空间转录组技术及其在淋巴瘤研究中的应用，以揭示淋巴瘤肿瘤微环境中的复杂细胞相互作用 | 空间转录组技术提供了基因表达的全面分析，弥补了单细胞RNA测序缺乏空间信息的局限 | 目前研究主要集中在技术总结和初步应用，尚未深入探讨具体的治疗策略 | 深入理解淋巴瘤肿瘤微环境，识别关键的淋巴瘤与免疫细胞相互作用，为个性化治疗提供基础 | 淋巴瘤肿瘤微环境中的免疫与非免疫细胞及其相互作用 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 7999 | 2024-09-28 |
Vancomycin-induced gut microbial dysbiosis alters enteric neuron-macrophage interactions during a critical period of postnatal development
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1268909
PMID:37901245
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研究论文 | 研究万古霉素引起的肠道微生物失调如何影响新生期关键阶段的肠神经-巨噬细胞相互作用 | 首次揭示了新生期万古霉素暴露通过影响巨噬细胞数量和表型，进而改变肠神经系统发育的机制 | 研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨万古霉素引起的肠道微生物失调对新生期肠神经-巨噬细胞相互作用的影响 | 新生期小鼠的肠神经系统和巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 新生期小鼠 |
| 8000 | 2024-09-28 |
Using combined single-cell gene expression, TCR sequencing and cell surface protein barcoding to characterize and track CD4+ T cell clones from murine tissues
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1241283
PMID:37901204
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研究论文 | 本文描述了从鼠类组织中分离scRNA/TCR-seq兼容的CD4 T细胞的方法，并详细介绍了细胞处理、质量控制、样本多路复用和测序策略，以及从测序数据生成的生物信息学分析流程 | 本文结合了单细胞基因表达、TCR测序和细胞表面蛋白条形码技术，以无偏的方式研究细胞转录程序及其异质性 | NA | 开发和优化从鼠类组织中分离和分析CD4 T细胞克隆的方法 | 鼠类组织中的CD4 T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、TCR测序 | NA | 基因表达数据 | 鼠类皮肤、脾脏和淋巴结中的CD4 T细胞 |