单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-07-09	Unveiling PANoptosis in Acute Kidney Injury: An Integrative Multi-Dimensional Approach to Identify Key Biomarkers 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525222 PMID:40620603	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和转录组数据，结合机器学习算法，识别了与急性肾损伤（AKI）中PANoptosis相关的五个关键基因	首次在AKI中研究了PANoptosis的作用，并识别了五个关键基因作为潜在的生物标志物	研究结果需要进一步的临床验证，以确认这些生物标志物在人类AKI中的适用性	探究PANoptosis在急性肾损伤（AKI）中的具体作用及其相关生物标志物	急性肾损伤（AKI）患者和动物模型	生物信息学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组数据分析	机器学习算法	RNA测序数据	未明确提及样本数量，但包括AKI患者和动物模型数据
782	2025-07-09	Integrating single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq and network pharmacology reveals protective effect of salidroside in peritoneal dialysis-associated peritoneal fibrosis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1558366 PMID:40620673	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和网络药理学分析，探讨了红景天苷在腹膜透析相关腹膜纤维化中的保护作用及其机制	首次探索红景天苷在腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的治疗潜力，并整合多种组学技术揭示其作用机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探究红景天苷对腹膜透析相关腹膜纤维化的保护作用及其分子机制	腹膜透析诱导的腹膜纤维化小鼠模型	网络药理学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
783	2025-07-09	Prognostic implications of high- OXPHOS macrophages in gastric cancer: a single-cell transcriptomics and tumor microenvironment communication study 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1533990 PMID:40620715	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析胃癌肿瘤微环境，揭示了高OXPHOS巨噬细胞的作用并建立了一个新的预后标志物	首次基于高OXPHOS巨噬细胞建立胃癌预后标志物，并鉴定出NPC2、LY96和TPP1等关键巨噬细胞表达标记物	研究样本量相对有限，且仅基于公开数据库数据	解析胃癌肿瘤微环境的单细胞转录组学特征，建立预后标志物	胃癌患者肿瘤组织和正常胃组织	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	转录组数据	435例胃癌患者
784	2025-07-09	BCMA: An integrative and versatile database for multi-scale and multi-omics molecular atlas of breast cancer 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.031 PMID:40621063	研究论文	介绍了一个名为BCMA的多尺度、多组学乳腺癌分子图谱数据库，旨在促进乳腺癌的精准治疗研究	整合了多种组学数据和单细胞转录组数据，提供了一个用户友好的基因中心搜索界面，支持多种分析功能	未提及具体的技术验证或独立数据集的验证结果	建立一个综合的、多尺度的乳腺癌分子图谱数据库，以促进对乳腺癌分子特征的理解和生物标志物的发现	乳腺癌患者的多组学数据和单细胞转录组数据	数字病理学	乳腺癌	多组学分析、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、临床数据	5424例病例和236,363个细胞
785	2025-07-08	Decoding the crossroads of aging and cancer through single-cell analysis: Implications for precision oncology 2025-Sep-01, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35456 PMID:40268523	综述	本文探讨了单细胞分析在理解衰老与癌症之间复杂关系中的应用及其对精准肿瘤学的意义	整合单细胞技术与空间转录组学、分子探针和人工智能等先进工具，揭示衰老在肿瘤微环境中的异质性及其对治疗的影响	未提及具体实验数据或样本量的限制	阐明衰老如何影响癌症的发生、进展和治疗抵抗，并探索衰老相关通路在精准肿瘤学中的潜在应用	衰老与癌症的相互作用，特别是衰老细胞在肿瘤微环境中的角色	精准医学	癌症	单细胞分析、空间转录组学、分子探针、人工智能	NA	单细胞数据	NA
786	2025-07-08	Monocyte-derived macrophages-synovial fibroblasts crosstalk unravels oncostatin signaling network as a driver of synovitis in osteoarthritis 2025-Jul-07, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43299 PMID:40621694	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性及其与基质细胞的相互作用，特别是OSM/OSMR信号网络在滑膜炎中的作用	首次系统地描述了骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性、来源及其与基质细胞的通讯机制，特别是发现了OSM/OSMR信号网络在巨噬细胞-成纤维细胞互作中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本（4例OA患者），需要在更大规模的人类队列中进行验证	探究骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性、来源及其与基质细胞的相互作用机制	胶原酶诱导的骨关节炎小鼠模型和4例OA患者的CD14+巨噬细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、遗传命运图谱、成像质谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	胶原酶诱导的骨关节炎小鼠模型和4例OA患者
787	2025-07-08	Magnifying Glass on Sinonasal NUT Carcinoma Heterogeneity via Spatial Transcriptomics 2025-Jul-07, Head & neck DOI:10.1002/hed.28231 PMID:40621801	研究论文	通过空间转录组学技术探索鼻腔鼻窦NUT癌的肿瘤异质性	首次利用空间转录组学技术揭示NUT癌的肿瘤异质性及其与组织学特征的关系	样本量较小（仅3例），且行为相关性仅为推测性	研究NUT癌的肿瘤异质性及其潜在治疗意义	鼻腔鼻窦NUT癌的肿瘤组织	数字病理	鼻腔鼻窦癌	10X Genomics Visium空间基因表达分析	图神经网络	空间转录组数据	3例福尔马林固定石蜡包埋组织样本
788	2025-07-08	CD8a + GZMK + T Cells Inhibit Osteoclastogenesis in Postmenopausal Osteoporosis via the p38-MAPK Pathway 2025-Jul-07, Calcified tissue international IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s00223-025-01402-9 PMID:40622431	研究论文	本研究探讨了骨髓T细胞在绝经后骨质疏松症（PMOP）中的异质性和功能，发现CD8a + GZMK + T细胞通过p38-MAPK通路抑制破骨细胞生成	首次鉴定并表征了CD8a + GZMK + T细胞亚群，揭示了其通过分泌GzmK抑制破骨细胞生成的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究PMOP中骨髓T细胞的异质性及其在骨质疏松病理过程中的作用	绝经后骨质疏松症小鼠的骨髓T细胞	细胞生物学	骨质疏松症	单细胞转录组测序、流式细胞术、TRAP染色、免疫荧光染色、qPCR、RNA测序、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	小鼠股骨骨髓样本
789	2025-07-08	Deciphering the tumor immune microenvironment: single-cell and spatial transcriptomic insights into cervical cancer fibroblasts 2025-Jul-05, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03432-5 PMID:40616092	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了宫颈癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤免疫微环境中的作用	整合单细胞RNA测序、空间转录组学和解卷积分析，首次系统鉴定了宫颈癌中六种不同的成纤维细胞亚型，并发现C0 MYH11+成纤维细胞通过MDK-SDC1信号轴在肿瘤-成纤维细胞互作中起关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞的异质性及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用	宫颈癌组织样本和体外培养的癌细胞与成纤维细胞	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 解卷积分析, FACS, 多重免疫荧光	预后模型	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 免疫组化数据	未明确提及样本数量，但包括人类宫颈癌组织样本和体外培养细胞
790	2025-07-08	Identification of inflammation-related biomarkers and therapeutic targets for neurogenic bladder fibrosis via multi-omics analysis 2025-Jul-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110721 PMID:40618693	研究论文	通过多组学分析识别炎症相关生物标志物和治疗神经源性膀胱纤维化的潜在药物	首次通过单细胞和批量RNA测序结合机器学习方法，识别出HIF-1α、IL-1β、CD40和IL10RA作为神经源性膀胱纤维化的诊断生物标志物，并发现MEK抑制剂PD-0325901作为潜在治疗药物	研究主要基于大鼠模型，需要在人类患者中进行进一步验证	识别神经源性膀胱纤维化的诊断生物标志物并探索潜在治疗药物	神经源性膀胱纤维化	生物医学	神经源性膀胱	单细胞RNA测序、批量RNA测序、WGCNA、机器学习、分子对接模拟	机器学习	RNA测序数据	NB大鼠模型和NB患者样本
791	2025-07-08	Molecular mechanism and biological pathway of high-expressed RAD51 in regulating cell adhesion and potentially affecting oral squamous cell carcinoma 2025-Jul-04, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03085-y PMID:40613957	研究论文	本研究探讨了RAD51在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中通过调节细胞粘附相关机制促进癌症进展的分子机制和生物学通路	首次全面验证了RAD51在OSCC中的多平台表达模式及其在细胞粘附中的功能作用，并揭示了其与药物敏感性的关联	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究RAD51在OSCC中的表达模式及其通过调节细胞粘附影响癌症进展的分子机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)组织和细胞	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq, 微阵列, 免疫组化(IHC), 单细胞测序(scRNA-seq), CRISPR基因敲除	NA	基因表达数据, 单细胞数据, 组织样本	1,006例OSCC样本(RNA-seq和微阵列), 162例OSCC组织(IHC), 9,693个恶性上皮细胞(scRNA-seq)
792	2025-07-08	Divide-and-conquer strategy with engineered ossification center organoids for rapid bone healing through developmental cell recruitment 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61619-y PMID:40615395	研究论文	本研究设计了一种类似骨化中心的类器官（OCO），通过分而治之的策略促进大尺寸骨缺损的快速愈合	创新性地开发了由MSCs负载3D打印生成的内核骨形态发生和神经营养球体与外层促血管生成神经营养相组成的OCO，实现了快速骨桥接和连续骨化小骨形成	研究未明确探讨OCO在长期体内的稳定性和潜在副作用	开发一种新型骨修复方法，促进大尺寸骨缺损的快速愈合	骨缺损修复	组织工程	骨缺损	3D打印、单细胞RNA测序、机器学习	机器学习	基因表达数据	NA
793	2025-07-08	DOLPHIN advances single-cell transcriptomics beyond gene level by leveraging exon and junction reads 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61580-w PMID:40615408	research paper	本文介绍了一种名为DOLPHIN的深度学习方法，该方法通过整合外显子水平和连接读取数据，将基因表示为图结构，以提高单细胞转录组学的分析能力	DOLPHIN利用外显子水平和连接读取数据，通过变分图自编码器处理基因图结构，从而在细胞聚类、生物标志物发现和选择性剪接检测方面表现出优越性能，并能检测基因水平分析中常被掩盖的外显子水平的细微转录组差异	NA	提高单细胞转录组学的分析能力，特别是在细胞异质性、亚群识别和选择性剪接检测方面	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	变分图自编码器	单细胞转录组数据	NA
794	2025-07-08	Multi-omics and experimental validation reveal mechanism of compound mylabris capsules in treating diffuse large B-cell lymphoma 2025-Jul-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-09767-5 PMID:40615583	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证揭示了复方斑蝥胶囊（CMC）在治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的作用机制	首次通过多组学分析和实验验证揭示了CMC（主要是豆甾醇）通过调控CDK1和CDK2等靶点在DLBCL中的抗肿瘤作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	阐明复方斑蝥胶囊在DLBCL治疗中的作用机制	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）	生物医学	淋巴瘤	多组学分析（包括差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析）、单细胞RNA测序、分子对接和动力学模拟	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自GEO和TCGA的DLBCL相关数据集
795	2025-07-08	Uncovering key markers and therapeutic targets for renal fibrosis in diabetic kidney disease through bulk and single-cell RNA sequencing 2025-Jul-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06554-8 PMID:40615901	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序揭示糖尿病肾病中肾纤维化的关键标志物和治疗靶点	构建了FibrosisScore模型，识别了PROM1和THY1作为肾纤维化的关键基因，并通过分子对接筛选潜在治疗化合物	研究主要基于小鼠模型和数据库数据，临床验证仍需进一步研究	改善糖尿病肾病的早期诊断和开发新型治疗方法	糖尿病肾病患者的肾纤维化相关基因	数字病理学	糖尿病肾病	WGCNA, ssGSEA, scRNA-seq, 分子对接	FibrosisScore模型	RNA测序数据, 临床数据	两个DKD数据集, STZ诱导的小鼠模型, Nephroseq V5数据库的临床数据
796	2025-07-08	Leveraging machine learning and single-cell RNA sequencing strategies to develop a risk prognosis scoring based on liquid-liquid phase separation feature genes in pediatric hepatoblastoma 2025-Jul-04, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110685 PMID:40618698	研究论文	本研究结合机器学习和单细胞RNA测序技术，系统分析了肝母细胞瘤中液液相分离相关基因的分子特征，并建立了首个基于液液相分离的肝母细胞瘤预后预测模型	首次系统分析液液相分离在肝母细胞瘤中的作用，并建立首个基于液液相分离的预后预测模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	探索液液相分离在肝母细胞瘤中的作用，并开发预后预测模型	肝母细胞瘤患者	机器学习	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Random Forest, SVM-RFE, Lasso回归	RNA-seq数据	多个GEO数据集（GSE133039、GSE75271、GSE81928、GSE132037、GSE186975）
797	2025-07-08	Integrative analysis reveals the multilateral inflammatory mechanisms of CD14 monocytes in gout 2025-Jul, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.01.046 PMID:40023733	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了CD14单核细胞在痛风中的多边炎症机制	首次在痛风患者中鉴定了S100Ahigh CD14单核细胞亚群及其在炎症和代谢途径中的关键作用，以及缺氧相关通路HIF1A在白细胞介素-1β产生中的调控作用	样本量较小（8名痛风患者和6名健康对照），且主要依赖体外实验验证	阐明CD14单核细胞在痛风炎症反应中的分子和细胞特征	痛风患者和健康对照者的外周血单个核细胞	生物医学研究	痛风	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	8名痛风患者和6名健康对照者的外周血单个核细胞
798	2025-07-08	KMT2D Regulates Tooth Enamel Development 2025-Jul, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251320922 PMID:40103013	研究论文	该研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用及其机制	首次揭示了KMT2D通过直接激活关键基因参与成釉细胞分化，从而在牙釉质形成中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关病理的验证仍需进一步研究	阐明KMT2D在牙釉质发育过程中的分子机制	KMT2D基因及其在牙釉质形成中的作用	发育生物学	牙釉质发育不全	条件性基因敲除、微计算机断层扫描、扫描电子显微镜、RNA测序、CUT&RUN测序、单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据、组织学数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其牙胚组织
799	2025-07-08	Microglia heterogeneity, modeling and cell-state annotation in development and neurodegeneration 2025-Jul, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01931-4 PMID:40195564	综述	本文回顾了当前对小胶质细胞转录异质性的理解，并概述了小鼠和人类小胶质细胞的多样性，包括发育、神经退行性疾病、性别和中枢神经系统区域等方面	提供了最新的技术和模型系统，以增进对小胶质细胞状态和功能的理解，并提出了基于基因表达的小胶质细胞状态注释工具	NA	增进对小胶质细胞转录异质性及其在健康和疾病中多样性的理解	小鼠和人类的小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
800	2025-07-08	Fibroblast Activation Protein (FAP)+ cancer-associated fibroblasts induce macrophage M2-like polarization via the Fibronectin 1-Integrin α5β1 axis in breast cancer 2025-Jul, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03359-3 PMID:40263422	研究论文	本文研究了表达成纤维细胞激活蛋白（FAP）的癌症相关成纤维细胞（FAP CAFs）在乳腺癌微环境中的免疫调节机制	发现FAP CAFs通过分泌纤维连接蛋白1（FN1）与巨噬细胞上的整合素α5β1结合，触发FAK-AKT-STAT3信号通路，驱动巨噬细胞向免疫抑制性M2样表型极化	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证有限	探究FAP CAFs在乳腺癌免疫微环境中的作用及其机制	FAP CAFs、巨噬细胞、FN1-整合素α5β1轴	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、体内外实验	NA	RNA测序数据、临床标本数据	临床标本及小鼠模型