单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-07-19	Alternative splicing as a novel pathogenic mechanism in chronic kidney disease 2025-Jul-03, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111972 PMID:40614890	综述	本文综述了选择性剪接（AS）在慢性肾脏病（CKD）中的新型致病机制及其潜在治疗策略	提出选择性剪接（AS）作为CKD的新型致病机制，并探讨其作为治疗靶点的潜力	未来研究需进一步探究AS及其调节因子在CKD中的动态变化和功能贡献	阐明AS与CKD之间的功能联系，探索AS靶向治疗策略	肾小管上皮细胞	生物医学	慢性肾脏病	单细胞测序	NA	NA	NA
782	2025-07-19	Myeloma cell-intrinsic ANXA1 elevation and T cell dysfunction contribute to BCMA-negative relapse after CAR-T therapy 2025-Jul-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.03.001 PMID:40057828	研究论文	本研究探讨了多发性骨髓瘤（MM）在抗BCMA CAR-T细胞治疗后复发的原因，发现ANXA1的高表达与BCMA阴性复发相关	首次发现ANXA1在BCMA阴性多发性骨髓瘤复发中的关键作用，并验证了ANXA1作为潜在治疗靶点的可能性	研究样本量有限，需要更大规模的临床验证	探究多发性骨髓瘤在CAR-T治疗后BCMA阴性复发的机制	多发性骨髓瘤患者和细胞模型	肿瘤免疫治疗	多发性骨髓瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	1例CAR-T治疗后复发的MM患者样本
783	2025-07-19	Targeting IGF1-Induced Cellular Senescence to Rejuvenate Hair Follicle Aging 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70053 PMID:40159808	研究论文	本研究探讨了胰岛素样生长因子-1（IGF-1）信号通路在毛囊衰老中的作用及其潜在的治疗策略	揭示了IGF-1通过诱导毛囊干细胞衰老导致毛囊老化的新机制，并提出了针对IGF-1信号通路的干预措施	研究主要基于小鼠模型，人类皮肤中的具体机制需要进一步验证	探究IGF-1信号通路如何调控器官衰老，特别是毛囊老化过程	小鼠和人类皮肤中的毛囊干细胞	衰老生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及转基因小鼠和人类皮肤样本
784	2025-07-19	Pyrroloquinoline Quinone Reprograms the Single-Cell Landscape of Immune Aging in Hematopoietic Immune System 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70050 PMID:40192736	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了吡咯喹啉醌（PQQ）对造血免疫系统衰老的单细胞景观的重编程作用	首次利用单细胞RNA测序技术全面解析PQQ对衰老免疫系统的调控机制，并鉴定出关键分子靶点如ASPP1、Yy1和CD62L	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索PQQ作为抗氧化剂在改善免疫衰老和恢复免疫稳态方面的潜在治疗作用	小鼠的脾脏和骨髓细胞	免疫学	衰老相关免疫功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型（未明确说明具体类型）	单细胞转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
785	2025-07-19	Deciphering Immunosenescence From Child to Frailty: Transcriptional Changes, Inflammation Dynamics, and Adaptive Immune Alterations 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70082 PMID:40285422	研究论文	本研究通过整合分析从儿童到虚弱老年人的PBMCs的bulk-cell和single-cell RNA-seq数据，探讨了与年龄相关的免疫系统变化	首次全面描绘了从儿童到虚弱老年人PBMCs的转录组动态变化，揭示了免疫衰老的复杂机制	研究样本可能不足以代表所有人群的免疫衰老特征	解析免疫衰老的转录变化、炎症动态和适应性免疫改变	从儿童到虚弱老年人的外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	老年疾病	bulk-cell RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	涵盖从儿童到虚弱老年人的多个年龄段样本
786	2025-07-19	C-COUNT: a convolutional neural network-based tool for automated scoring of erythroid colonies 2025-Jul, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786 PMID:40287006	research paper	介绍了一种基于卷积神经网络（CNN）的工具C-COUNT，用于自动评分红细胞集落形成实验（CFA）中的集落	开发了C-COUNT工具，通过CNN自动识别和评分CFU-e集落，提高了传统手动方法的效率和准确性	未明确提及工具在不同实验室环境或不同样本类型中的泛化能力	提高红细胞集落形成实验的评分效率和准确性，以支持血液学研究和临床诊断	红细胞集落形成实验中的CFU-e集落	digital pathology	NA	automated microscopy, convolutional neural network	CNN	image	未明确提及具体样本数量，但涉及CFU-e集落和骨髓集落的混合样本
787	2025-07-19	Spatial Analysis Identifies CD147 as a Novel Marker of High-Grade Childhood Posterior Fossa Ependymoma 2025-Jul, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104175 PMID:40250710	research paper	该研究通过空间表型分析，发现CD147是儿童后颅窝高级别室管膜瘤的一个新型标志物	首次将CD147与儿童后颅窝高级别室管膜瘤的肿瘤微环境特征及疾病进展联系起来	样本量较小（G2 n=5，G3 n=7），且仅针对后颅窝A型室管膜瘤	探索儿童后颅窝室管膜瘤肿瘤微环境的异质性及其与肿瘤分级的关系	儿童后颅窝A型室管膜瘤（WHO 2级和3级）样本	digital pathology	ependymoma	multiplex immunofluorescence, single-cell RNA sequencing	NA	image, RNA-seq	12例肿瘤样本（5例G2，7例G3）
788	2025-07-19	Single-cell and spatial transcriptome analysis revealed cellular heterogeneity of glycosyltransferases in cervical cancer, and identified GALNT3-negative epithelial cells as a protective factor: a retrospective cohort study based on public database 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002520 PMID:40387729	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了糖基转移酶在宫颈癌中的异质性及其作用	首次揭示了糖基转移酶相关基因在宫颈癌上皮细胞中的富集情况，并发现GALNT3阴性上皮细胞可作为宫颈癌患者的保护因素	研究基于公共数据库进行回顾性分析，缺乏前瞻性临床验证	探究糖基转移酶在宫颈癌发展中的作用机制	宫颈癌组织中的上皮细胞及相关免疫细胞	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, stRNA-seq	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	基于公共数据库的回顾性队列研究（具体样本量未明确说明）
789	2025-07-19	Asperosaponin VI Promotes Osteoporotic Fracture Healing by Targeting Piezo1 to Enhance the Coupling of LEPR+ BMSCs and PODXL+ ECs 2025-Jul, Phytotherapy research : PTR IF:6.1Q1 DOI:10.1002/ptr.8523 PMID:40393465	研究论文	本研究探讨了Asperosaponin VI (ASP)通过靶向Piezo1增强LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，促进骨质疏松性骨折愈合的机制	首次揭示了ASP通过激活Piezo1/ERK1/2/YAP/VEGF信号通路促进LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，为骨质疏松性骨折治疗提供了新策略	研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	阐明骨质疏松性骨折的分子发病机制并探索新的治疗方法	LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs	骨生物学	骨质疏松性骨折	单细胞RNA测序、分子对接、CETSA、DARTS、三维培养、划痕愈合实验、管形成实验	OVX模型结合股骨骨折	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，使用了OVX模型小鼠和体外培养的细胞
790	2025-07-19	Evaluation of tumor pseudocapsule using computed tomography-based radiomics in pancreatic neuroendocrine tumors to predict prognosis and guide surgical strategy: a cohort study 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002511 PMID:40395025	研究论文	本研究通过基于计算机断层扫描的放射组学评估胰腺神经内分泌肿瘤的假包膜状态，以预测预后并指导手术策略	结合放射组学和机器学习技术，术前识别假包膜状态，为小肿瘤的手术决策提供依据	研究样本来自单一医疗中心，可能存在选择偏差	评估胰腺神经内分泌肿瘤假包膜状态对手术策略和预后的影响	胰腺神经内分泌肿瘤患者	数字病理学	胰腺神经内分泌肿瘤	scRNA-seq, 放射组学分析	机器学习模型	影像数据, 临床病理数据	475例胰腺神经内分泌肿瘤患者
791	2025-07-19	Potential of SPHK1 as a prognostic marker and therapeutic target in colorectal cancer: insights from bioinformatics and experimental analysis 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002506 PMID:40434736	研究论文	本研究通过生物信息学和实验分析探讨了SPHK1在结直肠癌(CRC)进展中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次系统评估SPHK1在CRC中的预后价值，并通过多组学分析和实验验证揭示其通过调控上皮-间质转化促进肿瘤转移的分子机制	样本量相对有限(90例CRC组织)，且需要更多体内实验验证SPHK1作为治疗靶点的可行性	探究SPHK1在结直肠癌进展中的分子机制及其临床转化价值	结直肠癌组织样本(90例)和细胞系	数字病理学	结直肠癌	多组学分析(TCGA/GEPIA2数据库)、单细胞RNA测序、孟德尔随机化(MR)分析、多重荧光免疫组化	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、组织图像数据	90对CRC和正常组织样本+公共数据库数据
792	2025-07-19	Role of Defense/Immunity Proteins in Non-Obstructive Azoospermia: Insights from Gene Expression and Single-Cell RNA Sequencing Analyses 2025-Jul, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01916-5 PMID:40537735	研究论文	本研究探讨了防御/免疫蛋白在非梗阻性无精子症（NOA）中的作用，通过基因表达和单细胞RNA测序分析揭示了免疫失调与NOA发病机制的关联	首次通过单细胞RNA测序技术确认了免疫相关基因在NOA患者不同睾丸细胞群体中的差异表达，为NOA的免疫病理机制提供了新见解	研究主要基于基因表达数据分析，缺乏直接的蛋白质水平验证和功能实验	探索免疫相关基因在非梗阻性无精子症发病机制中的作用	非梗阻性无精子症患者	生殖医学	男性不育症	基因表达分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个数据集（具体数量未明确说明）
793	2025-07-19	Single-cell mutational burden distributions in birth-death processes 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013241 PMID:40623094	研究论文	本文通过引入动态矩阵分析和统一SFS、DD和MBD三种分布，推导了这些分布的期望递推关系，并揭示了单细胞MBD主要由DD中的随机性驱动	引入了动态矩阵来分析和统一SFS、DD和MBD三种分布，推导了新的MBD表达式，并揭示了单细胞MBD主要由DD中的随机性驱动	在引入死亡的情况下，所有三种分布都是近似推导的，可能存在一定的误差	研究肿瘤细胞群体中突变积累的统计分布，以更好地理解肿瘤的生态和进化动态	肿瘤细胞群体中的突变积累	肿瘤进化	癌症	单细胞测序	动态矩阵	基因组数据	NA
794	2025-07-19	Age-dependent accumulation of mitochondrial tRNA mutations in mouse kidneys linked to mitochondrial kidney diseases 2025-Jul, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00909-y PMID:40579478	研究论文	研究探讨了小鼠肾脏中与线粒体肾病相关的线粒体tRNA突变随年龄积累的模式及其病理机制	使用DddA衍生的胞嘧啶碱基编辑器技术创建携带不同致病性线粒体tRNA突变的小鼠模型，揭示了肾脏细胞类型中独特的异质性动态	研究主要基于小鼠模型，人类线粒体肾病的确切机制可能需要进一步验证	探究线粒体DNA突变在衰老过程中的组织特异性积累及其与线粒体肾病的关联	携带致病性线粒体tRNA突变的小鼠模型	分子生物学	线粒体肾病	DddA-derived cytosine base editor, mtscATAC-seq, 单细胞RNA测序, 空间增强分辨率组学测序	小鼠模型	基因组数据, 转录组数据	三种携带不同线粒体tRNA突变的小鼠模型
795	2025-07-19	Bidirectional mendelian randomization and single-cell sequencing reveal T cell-mediated causal links between COPD and lung adenocarcinoma 2025-Jul-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002448 PMID:40676822	研究论文	通过双向孟德尔随机化和单细胞测序技术，研究T细胞介导的慢性阻塞性肺病（COPD）与肺腺癌（LA）之间的因果关系	首次结合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术，揭示了CXCR4基因在CD4+T细胞中对肺腺癌的保护作用及其与免疫细胞的相互作用	研究样本量有限，且仅关注了CD4+T细胞亚群，未涵盖其他可能的免疫细胞类型	探索COPD与肺腺癌之间的潜在关系及其分子机制	COPD和肺腺癌患者的CD4+T细胞	生物医学	肺腺癌和慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）分析、表达数量性状位点（eQTL）和全基因组关联研究（GWAS）	NA	单细胞RNA测序数据	COPD和肺腺癌患者的外周血单细胞RNA测序数据
796	2025-07-19	Chikungunya virus persists in joint associated macrophages and promotes chronic disease 2025-Jun-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1 PMID:40678223	research paper	该研究探讨了基孔肯雅病毒在关节相关巨噬细胞中的持续存在及其对慢性疾病的促进作用	通过scRNA-seq、空间转录组学和流式细胞术，发现了关节相关组织中炎症性巨噬细胞的积累及其与慢性疾病的关联	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚需进一步研究	探究基孔肯雅病毒等关节致病性甲病毒导致慢性疾病的机制	感染甲病毒的小鼠关节相关组织	病毒学	基孔肯雅病毒感染	scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术	NA	RNA-seq数据, 流式细胞数据	感染甲病毒的小鼠关节相关组织样本
797	2025-07-19	Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice 2025-Jun, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008 PMID:40419113	research paper	该研究通过建立衰老小鼠的COVID-19模型，揭示了衰老个体中SARS-CoV-2感染后免疫细胞景观的变化及炎症反应加剧的机制	首次在衰老小鼠模型中复制了COVID-19的严重病程，并揭示了efferocytosis（凋亡细胞清除）功能受损与老年个体高炎症反应的关系	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究衰老个体COVID-19病情加重的免疫学机制	衰老小鼠模型	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析	小鼠疾病模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
798	2025-07-19	Identification of Prognostic Biomarkers in Gene Expression Profile of Neuroblastoma Via Machine Learning 2025-Jun, Pediatric discovery DOI:10.1002/pdi3.70009 PMID:40666234	research paper	该研究通过机器学习方法识别神经母细胞瘤的预后生物标志物，并探索其与肿瘤微环境和化疗药物的关联	提出了一种基于网络的机器学习方法，整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，发现了11个与神经母细胞瘤预后相关的核心生物标志物	未提及样本量大小，可能影响结果的普遍性	识别神经母细胞瘤的预后生物标志物，探索潜在治疗靶点	神经母细胞瘤的基因表达谱和肿瘤微环境	machine learning	neuroblastoma	RNA-seq, single-cell RNA sequencing	support vector machine	gene expression data	NA
799	2025-07-19	Cross-expression meta-analysis of 695 brain samples reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells 2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.17.613579 PMID:39345494	研究论文	该研究通过跨表达元分析揭示了大脑样本中相邻细胞间基因表达的协调性	提出跨表达概念，避免基因列表筛选或细胞类型注释，整合多个数据集构建跨表达网络	研究主要基于小鼠大脑数据，人类大脑的适用性有待验证	探究相邻细胞间基因表达的协调机制及其在组织功能中的作用	695个小鼠大脑样本中的基因表达数据	空间转录组学	帕金森病	空间转录组学技术	NA	基因表达数据	约2500万个细胞，695个样本，8种技术
800	2025-07-19	Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112498 PMID:40475851	研究论文	本文探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的发育轨迹及其在癌症中的重编程机制	揭示了干扰素-γ（IFNγ）依赖的免疫刺激编程在肿瘤微环境中的作用，并发现D基因失活可阻止TAMs向免疫抑制和促肿瘤状态的转变	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，人类癌症中的验证仍需进一步研究	探究肿瘤相关巨噬细胞的发育轨迹及其在免疫治疗中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠癌症模型和部分癌症患者的肿瘤样本