单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 40356 篇文献，本页显示第 781 - 800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 781 | 2026-06-06 |
Inference of spatial chromatin accessibility via integration of spatial transcriptomics and single-cell multi-omics data
2026-Jun-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73948-7
PMID:42243114
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研究论文 | 提出了一个统一的计算方法ISON，通过整合空间转录组学和单细胞多组学数据，推断空间染色质可及性 | ISON能够准确预测空间位点的染色质可及性图谱，并重建空间分辨的基因调控网络，且在时间和内存上具有可扩展性；其预测的染色质可及性可捕捉顺式和反式调控信息，并能估计位点水平的转录因子活性，区分同一家族内的转录因子，这是仅依靠染色质可及性数据的方法所不具备的特点 | 当前尚无商用试剂盒可同时进行空间多组学分析，阻碍了广泛数据生成 | 开发一种统一的计算方法，通过整合空间转录组学和单细胞多组学数据，实现空间多组学分析 | 空间转录组数据和单细胞多组学数据（基因表达和染色质可及性） | 计算生物学、机器学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞多组学、空间转录组学、计算建模 | 深度学习模型 | 基因表达数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | 阿尔茨海默病数据（样本数量未在摘要中明确） | 不适用 | 空间转录组学、单细胞多组学（单细胞RNA-seq与单细胞ATAC-seq联合分析） | 不适用 | 不适用 |
| 782 | 2026-06-06 |
Insights gained from single-cell transcriptomics on the cellular identity and plasticity of prostate epithelial cells
2026-Jun-04, Prostate cancer and prostatic diseases
IF:5.1Q1
DOI:10.1038/s41391-026-01127-2
PMID:42243465
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 783 | 2026-06-06 |
Microglia and neuroinflammation: function, heterogeneity, and crosstalk
2026-Jun-04, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-026-01438-3
PMID:42243476
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综述 | 综述了小胶质细胞在中枢神经系统中介导神经炎症的功能、异质性及其与其他细胞间的相互作用 | 整合了单细胞测序揭示的小胶质细胞激活状态谱（如DAMs、IRMs、LDAMs），超越了传统的促炎/抗炎二分法，并突出了小胶质细胞在神经炎症网络中的核心通信枢纽作用 | 未说明 | 综述小胶质细胞的起源、发育、分类及其在神经炎症中的动态细胞状态，以及其与其他中枢神经系统细胞的相互作用机制 | 小胶质细胞及其与神经元、星形胶质细胞、少突胶质细胞和外周免疫细胞的相互作用 | 机器学习 | 神经炎症疾病 | 单细胞测序 | 未说明 | 未说明 | 未说明 | 未说明 | 单细胞RNA测序 | 未说明 | 未说明 |
| 784 | 2026-06-06 |
Human microglial transitions at the Aβ-tau inflection point associate with divergent pathways to dementia and resilience
2026-Jun-04, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-026-04393-8
PMID:42243549
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研究论文 | 结合空间转录组学和单核RNA测序，研究人类小胶质细胞在Aβ-tau拐点处的转变与痴呆和韧性不同路径的关联 | 首次在人类大脑中识别出Aβ-tau拐点，并发现小胶质细胞状态转变是该拐点的关键特征，同时揭示了老年痴呆患者与认知健康百岁老人不同的韧性机制 | 研究样本量有限，仅来自高龄人群，可能无法代表更广泛的AD患者群体 | 解析大脑细胞对淀粉样蛋白-β和tau蛋白的反应，理解阿尔茨海默病的动态过程及韧性机制 | 老年痴呆患者、无痴呆的八旬老人以及认知健康的百岁老人 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 转录组数据,组织图像数据 | 来自老年痴呆患者、无痴呆八旬老人和认知健康百岁老人的样本 | 10x Genomics | 空间转录组学,单核RNA测序 | 10x Visium,10x Chromium | 10x Visium空间转录组学平台和10x Chromium单核RNA测序平台 |
| 785 | 2026-06-06 |
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing reveals regulated necrosis-associated heterogeneity in pancreatic cancer
2026-Jun-04, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-026-04437-y
PMID:42243587
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序，揭示了胰腺癌中调控性坏死相关的异质性 | 首次在单细胞分辨率下发现非恶性细胞的调控性坏死状态对胰腺癌异质性有显著贡献，并识别出免疫抑制功能的免疫细胞表现出更高的调控性坏死活性 | 研究依赖于公共数据库的数据，可能存在批次效应和样本选择偏差；候选基因A2ML1的功能验证尚未在实验中进行 | 确定调控性坏死相关基因在胰腺癌中的异质性及其预后价值 | 胰腺癌患者样本的单细胞RNA测序数据、转录组数据、体细胞突变和拷贝数变异数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自TCGA和ICGC数据库的胰腺癌样本 | Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Illumina NovaSeq | 从GEO数据库下载的单细胞RNA测序数据，TCGA和ICGC数据库的批量RNA测序数据 |
| 786 | 2026-06-06 |
scKSFD: federated distillation model with knowledge sharing for cell type classification of clinical transcriptome data
2026-Jun-04, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-026-06508-x
PMID:42243648
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研究论文 | 提出一个联邦蒸馏框架scKSFD，通过知识共享进行隐私保护的细胞类型分类，适用于临床转录组数据 | 在预测空间通过共享参考数据集的概率级软标签输出实现知识聚合，降低隐私风险；集成分层代理采样以保留稀有细胞群体，并使用概率级聚合缓解批次特异表达偏移 | 依赖参考数据集的质量和代表性；概率级知识共享可能在某些极端异质性场景下性能有限 | 开发一种保护隐私的细胞类型分类方法，解决跨机构单细胞转录组数据协作中的隐私和分布异质性挑战 | 42个临床单细胞转录组数据集 | 机器学习 | 新型冠状病毒病 | scRNA-seq | CNN | 基因表达数据 | 42个临床单细胞转录组数据集 | 未明确提及 | 单细胞RNA测序 | 未明确提及 | 未明确提及 |
| 787 | 2026-06-06 |
Disease-dependent airway epithelial responses to acute electronic cigarette aerosol exposure: a pilot single-cell analysis
2026-Jun-04, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfag068
PMID:42244142
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析急性和电子烟暴露对健康和哮喘供体气道上皮细胞的细胞类型特异性反应 | 首次在单细胞水平揭示哮喘相关的气道上皮细胞状态如何决定急性电子烟暴露后的炎症、应激和衰老相关转录反应差异 | 该研究为试点研究，样本量较小（来自健康和哮喘供体的细胞培养），且仅分析了急性暴露后的单时间点反应 | 探究电子烟暴露在哮喘和非哮喘气道中引发的细胞类型特异性上皮反应 | 人原代气道上皮细胞（取自健康供体和哮喘供体），在气液界面分化培养 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康供体和哮喘供体来源的细胞培养物，具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 788 | 2026-06-06 |
Integrated Single-Cell Profiling Reveals Dichotomous NK Cell Populations Associated with Immunosuppression in Solid Tumors
2026-Jun-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-1229
PMID:41758966
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序系统描绘肿瘤浸润NK细胞的表型和功能景观，发现两种对立的NK细胞群体与免疫抑制相关 | 首次揭示NK细胞中存在由IFNG和TGFB1信号驱动的二分类表型和功能景观，并发现组织驻留适应性NK细胞与免疫检查点阻断疗法响应相关 | 未提及具体局限性 | 研究肿瘤浸润NK细胞的异质性及其对免疫反应和临床预后的影响 | 肿瘤浸润自然杀伤细胞（NK细胞） | 自然语言处理 | 实体瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种肿瘤类型的样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 789 | 2026-06-06 |
A simple cell-cycle control system in Marchantia polymorpha provides a framework for understanding plant cell proliferation
2026-Jun-02, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koag103
PMID:41967031
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研究论文 | 通过研究地钱简单细胞周期控制系统，为理解植物细胞增殖提供框架 | 发现非种子植物具有简单的细胞周期基因系统，揭示种子植物复杂性是衍生特征，并首次利用单细胞RNA-seq和活体成像详细表征了地钱细胞周期基因的时相特异性表达 | 主要聚焦于营养性配子体，未涵盖生殖细胞或胁迫条件下的细胞周期调控 | 揭示早期陆地植物祖先细胞周期控制的基本机制及其进化保守性 | 地钱（Marchantia polymorpha）的细胞周期基因系统 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序、活体成像、系统发育分析 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 地钱营养性配子体样本，未明确数量 | 未提及 | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 790 | 2026-06-06 |
Spatiotemporal regulation of arbuscular mycorrhizal symbiosis at cellular resolution
2026-Jun-02, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koag133
PMID:42108419
|
研究论文 | 通过单细胞分辨率空间转录组学和翻译核糖体亲和纯化RNA测序，揭示水稻与丛枝菌根真菌共生过程中的时空调控机制 | 首次在单细胞水平解析AM共生中的植物与真菌基因空间转录组，并发现相似发育阶段的细胞存在转录异质性，暗示单细胞水平的隐藏功能多样性 | 未明确说明局限性 | 阐明丛枝菌根共生建立过程中植物和真菌在细胞水平的动态时空调控 | 水稻根系被根内球囊霉定殖后的细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学、TRAP-seq | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 用于空间转录组学的10x Visium平台 |
| 791 | 2026-06-06 |
Neural crest cell signatures drive tumorigenesis in tuberous sclerosis complex and lymphangioleiomyomatosis
2026-Jun-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195013
PMID:42241577
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示TSC和LAM肿瘤来源于神经嵴细胞，并鉴定出新的生物标志物 | 首次提出TSC和LAM的神经嵴病理模型，发现肿瘤细胞亚群表达颅神经嵴基因特征，并鉴定SPP1、LCN2和KRT18等新型生物标志物 | 主要基于小鼠模型和有限的患者样本，Tsc2 KO对趋化性影响较小，需进一步验证生物标志物在更大临床队列中的价值 | 阐明TSC和LAM的细胞起源及其肿瘤发生机制 | Tsc2+/-小鼠肾囊腺瘤细胞、LAM患者病灶和血清样本 | 数字病理学 | 结节性硬化症、淋巴管平滑肌瘤病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | Tsc2+/-小鼠肾囊腺瘤样本及LAM患者病灶和血清 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 792 | 2026-06-06 |
Thyroid hormone signaling causally influences pancreatic disease risk: Evidence from Mendelian randomization and multi-omics integration
2026-Jun, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和多组学整合分析揭示甲状腺激素信号因果影响胰腺疾病风险 | 首次利用双向孟德尔随机化建立甲状腺功能与胰腺疾病因果关联，并整合单细胞RNA测序和空间转录组学阐明细胞类型特异性机制 | 未提及具体局限性 | 确定甲状腺功能与胰腺疾病（急性胰腺炎、慢性胰腺炎、胰腺癌）的因果关系及其分子机制 | 超过50万例GWAS个体、172例胰腺腺癌、急性胰腺炎（32,830个细胞）、慢性胰腺炎（30,426个细胞）、胰腺癌（95,751个细胞）、253个空间转录组区域 | 机器学习 | 胰腺疾病 | 孟德尔随机化、全基因组关联研究、RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因型数据、转录组数据、单细胞表达数据、空间转录组数据 | 超过50万例个体、172例肿瘤、158,407个细胞、253个空间区域 | 10x Genomics, NanoString | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, GeoMx Digital Spatial Profiler | 10x Chromium单细胞3'测序, NanoString GeoMx空间转录组学 |
| 793 | 2026-06-06 |
Automatic cell type identification methods for single-cell RNA sequencing based on coordinate convolutional neural network
2026-Jun, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 提出了一种基于坐标卷积神经网络的自动细胞类型识别方法BP-Coord，用于单细胞RNA测序数据分析 | 通过引入坐标信息作为额外通道增强CNN的空间感知能力，并在CoordConv层前添加双三次插值上采样层以捕捉更精确的位置信息 | 未提及具体局限性 | 解决传统CNN在scRNA-seq数据中因平移不变性导致的细胞类型误分类问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | CNN | 基因表达数据 | 5个公开scRNA-seq基准数据集，包括大规模PBMC数据集和小样本不平衡数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 794 | 2026-06-06 |
Single-cell and haplotype-resolved transcriptomics reveal molecular signatures of orchid floral structures
2026-Jun-01, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2026.03.016
PMID:41928475
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研究论文 | 通过单细胞和单倍型分辨转录组学，揭示兰花花朵结构特化的细胞和分子特征 | 首次整合单细胞转录组与单倍型分辨基因组，揭示细胞类型特异性和等位基因特异性表达如何塑造种间杂交性状 | NA | 解析兰花花朵特化结构的细胞异质性和分子基础 | 石斛‘朝拜微笑’的花芽 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 单倍型分辨基因组 | NA | 基因表达数据, 基因组序列 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'基因表达 |
| 795 | 2026-06-06 |
LMCD1 aggravates cardiac fibrosis after myocardial infarction via activating STAT5A
2026-Jun, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research
DOI:10.1016/j.bbamcr.2026.120153
PMID:42066818
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研究论文 | 本研究探索LMCD1在心肌梗死后心脏纤维化中的作用，发现其通过激活STAT5A促进纤维化过程 | 首次揭示LMCD1在心肌梗死后心脏纤维化中的促纤维化作用，并阐明其通过直接结合并激活STAT5A的分子机制 | 仅在小鼠模型和体外细胞实验中验证，缺乏人类样本验证；未探讨STAT5A下游具体靶基因 | 阐明LMCD1在心肌梗死后心脏纤维化中的功能及分子机制，为抗纤维化治疗提供新靶点 | 小鼠心肌梗死模型、TGF-β1诱导的原代心脏成纤维细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、免疫共沉淀、Western blot | NA | 单细胞测序数据、蛋白表达数据 | 小鼠心肌梗死模型（LAD结扎术）；原代心脏成纤维细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 利用公开的单细胞RNA测序数据集进行分析 |
| 796 | 2026-06-06 |
Pathogenic and Clinical Implications of the 2-Way Interplay Between Clonal Hematopoiesis of Indeterminate Potential and Multiple Myeloma
2026-Jun, Clinical lymphoma, myeloma & leukemia
DOI:10.1016/j.clml.2026.04.003
PMID:42067472
|
综述 | 探讨不确定潜能克隆造血与多发性骨髓瘤之间双向相互作用的致病和临床意义 | 首次系统阐述CHIP作为肿瘤微环境修饰因子，通过双向相互作用影响MM进展和治疗反应的新机制 | NA | 总结CHIP在MM中的转化和临床影响证据 | 不确定潜能克隆造血和多发性骨髓瘤 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 797 | 2026-06-06 |
Eosinophils drive intestinal remodelling and innate defence in reproduction
2026-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10531-6
PMID:42129565
|
研究论文 | 揭示嗜酸性粒细胞在妊娠和哺乳期间驱动肠道重塑并增强先天防御功能的新机制 | 首次发现嗜酸性粒细胞在无感染或炎症条件下于小肠中积累，以干细胞内在方式促进杯状细胞分化和黏液产生，从而增强先天防御；并证明产后肠道重塑和防御功能可持续数周 | 研究主要在动物模型（小鼠）中进行，未在人类中验证相关机制 | 探索妊娠至哺乳期间母体肠道免疫适应性的变化及其对先天防御的影响 | 妊娠和哺乳期小鼠的小肠组织及嗜酸性粒细胞 | 数字病理学 | 肠道感染 | 单细胞转录组测序、空间转录组学、类器官培养、遗传和药理学干扰 | NA | 基因表达数据、组织图像 | 妊娠、哺乳期及产后小鼠小肠样本（具体数量未在摘要中提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序、10x Visium空间转录组学 |
| 798 | 2026-06-06 |
Accurate delineation of cellular niches via integrated spatial transcriptomics and histological imaging with SYMOL
2026-Jun-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281603.125
PMID:42134991
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研究论文 | 提出SYMOL协同自监督多模态框架，整合空间转录组学与组织学图像以实现细胞微环境的精确划分 | 通过预训练大视觉模型提取独特视觉特征，并融合空间坐标、基因表达及多通道免疫组化与H&E染色图像，实现跨模态形态学感知嵌入学习 | 未明确提及，但依赖公开数据集验证，可能缺乏新样本类型的泛化性测试 | 开发统一框架有效整合空间转录组学与组织学图像，提升细胞微环境识别和多切片整合能力 | 多个公开空间转录组数据集，包含多通道IHC和H&E图像 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | 自监督多模态框架（SYMOL） | 图像和基因表达数据 | 多个公开空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 799 | 2026-06-06 |
The USP7-VIM axis mediates lipid metabolic remodelling and compromises CD8+ T-cell mitochondrial fitness in glioblastoma
2026-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.152623
PMID:42162598
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研究论文 | 揭示USP7-VIM轴通过调节脂质代谢重塑并损害胶质母细胞瘤中CD8+ T细胞的线粒体适应性 | 首次发现细胞外肿瘤来源的波形蛋白（VIM）与CD8 T细胞抗肿瘤免疫受损及代谢适应性改变相关，并鉴定去泛素化酶USP7为维持VIM蛋白水平的关键调节因子 | 未提及具体局限性 | 研究胶质母细胞瘤中波形蛋白在肿瘤免疫调节中的作用及其机制 | 胶质母细胞瘤肿瘤细胞及CD8+ T细胞 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 功能分析, 代谢分析 | NA | 基因表达数据, 代谢数据 | 未提及具体样本量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 800 | 2026-06-06 |
Beta-Glucan modulates monocyte plasticity and differentiation capacity to mitigate DSS-induced colitis
2026-Jun-01, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.107339
PMID:42220316
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研究论文 | β-葡聚糖通过训练免疫重编程骨髓造血祖细胞和外周单核细胞，诱导单核细胞可塑性转变，减轻DSS诱导的结肠炎严重程度，并通过单细胞RNA测序揭示修复性Cx3cr1巨噬细胞的扩增与结肠上皮再生的加速相关 | 首次揭示β-葡聚糖诱导的训练免疫通过调节单核细胞分化来改善实验性结肠炎，并证明该保护效应可通过过继转移骨髓或外周单核细胞传递，为炎症性肠病治疗提供了基于训练免疫的新型策略 | 仅在DSS诱导的结肠炎小鼠模型中验证，缺乏人体临床试验数据；训练免疫的长期效应和潜在副作用未充分评估 | 探究β-葡聚糖诱导的训练免疫如何影响炎症性肠病发病机制，并评估其治疗潜力 | 小鼠骨髓造血祖细胞、外周单核细胞、Cx3cr1巨噬细胞、结肠上皮细胞 | 机器学习 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |