单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-06-07	Single-cell RNA sequencing identifies two fibroblast subtypes and a Trem2+ macrophage subtype as the possible specific cellular targets in abdominal aortic aneurysms 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1551308 PMID:40463378	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，识别出两种成纤维细胞亚型和一个Trem2+巨噬细胞亚型，作为腹主动脉瘤可能的特异性细胞靶点	首次在腹主动脉瘤中识别出特定的成纤维细胞亚型和巨噬细胞亚型，并揭示了它们在疾病发展中的协同作用	研究仅基于小鼠模型，临床治疗效果尚未验证	探究腹主动脉瘤发病机制并寻找新的治疗靶点	腹主动脉瘤小鼠模型中的细胞组成和功能表型	单细胞测序	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型样本（具体数量未提及）
782	2025-06-07	Single-cell transcriptomics in colorectal cancer uncover the potential of metastasis and immune dysregulation of a cell cluster overexpressed PRSS22 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586428 PMID:40463392	research paper	该研究通过单细胞转录组学技术，在结直肠癌中发现了一个过度表达PRSS22的细胞亚群，该亚群具有转移和免疫失调的潜力	发现了一个与结直肠癌进展、免疫失调和预后密切相关的细胞亚群，并确定了PRSS22作为其枢纽基因，具有成为新的免疫治疗靶点的潜力	样本量相对较小，仅包括25个结直肠癌和10个相邻正常组织样本	探究结直肠癌中肿瘤细胞亚群的特征及其生物学意义，寻找新的免疫治疗靶点	结直肠癌组织和相邻正常组织	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing	Boruta feature selection algorithm	RNA-seq	25个结直肠癌样本和10个相邻正常组织样本
783	2025-06-07	Unveiling the Therapeutic Potential of Baicalin in Intervertebral Disc Degeneration: Integrative Bulk and Single-Cell Transcriptome Analysis with Experimental Validation of PANoptosis Inhibition 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S519179 PMID:40463856	研究论文	本文通过整合批量转录组和单细胞RNA-seq分析，结合实验验证，探讨了PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗潜力	首次揭示了PANoptosis在椎间盘退变中的关键作用，并验证了黄芩素通过抑制PANoptosis缓解椎间盘退变的新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证有限	探索PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗机制	椎间盘退变(IVDD)及其相关细胞死亡过程	生物医学研究	椎间盘退变	批量转录组分析、单细胞RNA-seq、体外细胞模型、动物模型	IL-1β诱导的NPC退变模型、穿刺诱导的大鼠IVDD模型	转录组数据、临床样本数据	多个公开数据集(GSE167199, GSE245147, GSE266883, GSE244889)及实验样本
784	2025-06-07	Depletion of Adipose Stroma-Like Cancer-Associated Fibroblasts Potentiates Pancreatic Cancer Immunotherapy 2025-01-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0298 PMID:39620946	研究论文	本研究探讨了表达血小板衍生生长因子受体β（Pdgfrb）和脂肪基质细胞（ASC）标记的癌症相关成纤维细胞（CAF）在胰腺导管腺癌小鼠模型中的作用，并发现靶向ASC样CAF可增强免疫检查点阻断疗法的效果	揭示了不同CAF亚群对胰腺癌进展和治疗抵抗的独特影响，特别是ASC样CAF的耗竭可增强免疫检查点阻断疗法的抗肿瘤和抗转移效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究CAF亚群在胰腺癌进展和免疫治疗抵抗中的作用，并开发新的联合治疗策略	胰腺导管腺癌小鼠模型中的CAF亚群	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序	小鼠胰腺导管腺癌模型	基因表达数据	未明确说明，但涉及雌性和雄性小鼠
785	2025-06-07	Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310 PMID:39485042	研究论文	通过单细胞分析骨髓CD8+ T细胞在髓系肿瘤中的作用，揭示了与疾病进展和阿扎胞苷治疗反应相关的通路	发现了CD57+CXCR3+ CD8+ T细胞亚群与阿扎胞苷治疗反应及患者生存率的关系，并揭示了IFN和TGF-β信号通路在治疗反应中的作用	样本量相对较小（104例），且仅针对髓系肿瘤患者	探究CD8+ T细胞在髓系肿瘤进展和治疗反应中的作用	骨髓CD8+ T细胞	数字病理学	髓系肿瘤（包括骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病）	质谱流式细胞术、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	104例治疗前骨髓样本
786	2025-06-07	Tumor Expression of CD83 Reduces Glioma Progression and Is Associated with Reduced Immunosuppression 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0281 PMID:39601621	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了胶质瘤中CD83表达对肿瘤进展和免疫抑制的影响	首次发现胶质瘤细胞表达CD83可抑制肿瘤生长并增强T细胞抗肿瘤反应	尚未验证CD83表达是否能增强免疫治疗效果并改善患者预后	探究胶质瘤细胞CD83表达对肿瘤微环境和免疫治疗的影响	人类和小鼠胶质瘤样本	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
787	2025-06-07	DLL1/NOTCH1 signaling pathway maintain angiogenesis in meniscus development and degeneration 2024-07, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106589 PMID:38772475	研究论文	研究探讨了DLL1/NOTCH1信号通路在半月板发育和退化过程中维持血管生成的作用	揭示了DLL1/NOTCH1信号通路在半月板血管生成中的关键作用，为骨关节炎治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于人类胚胎和成熟半月板组织，未涉及其他年龄段或更广泛的样本	探究半月板发育和退化过程中内皮细胞和血管的特征	人类胚胎和成熟半月板组织	生物医学	骨关节炎	单细胞RNA测序、计算机分析、多种染色技术	NA	RNA测序数据、组织学图像	人类胚胎和成熟半月板组织样本
788	2025-06-07	Defining mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived suppressor cells using single-cell transcriptomics 2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.04.026 PMID:38627968	研究论文	通过单细胞转录组学定义间充质干细胞/基质细胞诱导的髓系来源的抑制细胞	揭示了MSC诱导的MDSCs的独特转录谱，并鉴定出CSF-1R作为检测和治疗性富集MDSCs的关键细胞表面标记物	RELM-γ对T细胞增殖、Treg扩增或脾细胞活化无直接影响，其具体作用机制尚不明确	探究间充质干细胞/基质细胞如何通过调节免疫细胞来缓解自身免疫性炎症	间充质干细胞/基质细胞(MSCs)及其诱导的髓系来源的抑制细胞(MDSCs)	免疫学	自身免疫性葡萄膜视网膜炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和体外培养细胞
789	2025-06-07	Single-nucleus RNA sequencing demonstrates an autosomal dominant Alzheimer's disease profile and possible mechanisms of disease protection 2024-Jun-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.02.009 PMID:38417436	研究论文	通过单核RNA测序技术比较了常染色体显性阿尔茨海默病(ADAD)与散发性阿尔茨海默病的转录组差异，并探讨了可能的疾病保护机制	首次在单细胞水平上揭示了ADAD与散发性AD的转录组差异，并发现APOE3-Christchurch变异可能通过调节特定基因表达提供神经保护	样本量相对较小(27例)，且仅针对PSEN1-E280A这一特定ADAD突变进行研究	比较不同形式阿尔茨海默病的细胞水平差异并探索神经保护机制	PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组	基因组学	阿尔茨海默病	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学	NA	转录组数据	27例(包括ADAD携带者、散发性AD患者和对照组)
790	2024-08-07	Single-cell transcriptomics unveil a unique molecular profile of mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived immune suppressor cells 2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.009 PMID:38795702	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
791	2025-06-07	The reparative immunologic consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596699 PMID:38895305	research paper	该研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	提出将SCT重新构想为一种细胞疗法，通过造血祖细胞恢复免疫细胞群体，实现免疫“重置”，并揭示了SCT如何通过高维细胞表型和功能研究重建细胞免疫	研究样本来自难治性CD患者，可能不适用于所有CD患者，且HSCs的异质性可能影响SCT效果	探索SCT作为难治性CD细胞疗法的免疫修复机制及其临床效果	难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本，以及造血干细胞移植的干细胞移植物	免疫学	克罗恩病	CyTOF、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术、异种移植模型	NA	外周血和肠道组织样本的免疫表型和功能数据	难治性克罗恩病患者的样本，具体数量未明确说明
792	2025-06-07	Protocol to dissect and dissociate the mouse brainstem for single-cell RNA-seq applications 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102908 PMID:38461411	研究论文	本文提出了一种用于小鼠脑干单细胞RNA测序的解剖、解离和冷冻保存方案	该方案允许异步样本收集和下游处理，适用于脑干组织中的细胞，特别是新生儿小鼠	虽然该方案以孤立的preBötzinger复合体和SmartSeq3 cDNA文库制备为例，但可能不适用于所有脑干区域和文库制备方法	开发一种适用于小鼠脑干单细胞RNA测序的样本处理方案	小鼠脑干组织，特别是新生儿小鼠的脑干细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），SmartSeq3 cDNA文库制备	NA	RNA测序数据	新生儿小鼠的脑干组织
793	2025-06-07	Protocol for acquiring high-quality fresh mouse lung spatial transcriptomics data 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102825 PMID:38280199	研究论文	本文提出了一种获取高质量新鲜小鼠肺空间转录组数据的实验方案	针对肺肺泡中存在空腔导致切片困难的问题，提出了一种新的实验方案，包括肺灌注、获取冷冻切片、收集肺切片cDNA及数据分析等步骤	NA	解决肺组织空间转录组实验中切片困难的问题，获取高质量的空间转录组数据	小鼠肺组织	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	NA
794	2025-06-07	An optimized protocol for isolation of murine pancreatic single cells with high yield and purity 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102836 PMID:38219150	研究论文	本文提出了一种从小鼠胰腺中快速分离单细胞的优化方案，旨在减少消化酶对胰腺外分泌细胞的损伤	优化了解剖顺序、酶组成和操作步骤，从而获得高产量且高纯度的胰腺单细胞	NA	开发一种高效的小鼠胰腺单细胞分离方案	小鼠胰腺单细胞	细胞生物学	NA	单细胞分离技术	NA	NA	NA
795	2025-06-07	Protocol for flow cytometry-assisted single-nucleus RNA sequencing of human and mouse adipose tissue with sample multiplexing 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102893 PMID:38416649	研究论文	开发了一种用于人类和小鼠脂肪组织的流式细胞术辅助单核RNA测序工作流程，整合了样本多重标记	整合流式细胞术进行质量控制、计数和精确核池化，显著减少低质量核、环境RNA污染及试剂浪费	未提及具体样本量或实验验证的广泛性	优化脂肪组织的单核RNA测序流程，提高信息内容和成本效率	人类和小鼠脂肪组织	单细胞测序	NA	流式细胞术, 单核RNA测序, 10× Chromium控制器	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
796	2025-06-07	Protocol for inferring epithelial-to-mesenchymal transition trajectories from single-cell RNA sequencing data using R 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102819 PMID:38183653	研究论文	介绍了一个名为COMET的R包，用于从单细胞RNA测序数据推断上皮-间质转化(EMT)轨迹和状态间转换速率	开发了COMET这一新工具，能够优化EMT基因数量并拟合连续时间马尔可夫链来估计状态转换速率	未提及具体验证数据集或应用范围的限制	开发从单细胞RNA测序数据推断EMT轨迹的分析方法	上皮-间质转化过程	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	连续时间马尔可夫链	基因表达数据	NA
797	2025-06-07	Establishing a 3D culture system for early organogenesis of monkey embryos ex vivo and single-cell transcriptome analysis of cultured embryos 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102835 PMID:38224493	研究论文	建立了一个用于猴子胚胎早期器官发生的3D体外培养系统，并对培养的胚胎进行了单细胞转录组分析	开发了一种能够在体外培养食蟹猴胚胎长达25天的3D培养系统，并利用单细胞RNA测序技术解析了原肠胚形成和早期器官发生的关键发育事件	NA	理解灵长类动物胚胎发生最初4周的发育过程	食蟹猴胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、生物信息学分析	3D培养系统	转录组数据	NA
798	2025-06-07	Protocol for optimized dissociation of human scalp tissue for hair follicle transcriptomics by scRNA-seq 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102848 PMID:38319786	research paper	本文提出了一种优化的人体头皮组织解离方案，用于通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究毛囊转录组学	优化了人体头皮组织的解离步骤，以获得高质量的单细胞悬液用于scRNA-seq	NA	研究人体毛囊的转录组学	人体头皮组织	转录组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
799	2025-06-07	Protocol for functional profiling of patient-derived organoids for precision oncology 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102887 PMID:38367233	研究论文	本文提出了一种用于精准肿瘤学的患者来源类器官功能分析协议	提供了一种全面的协议，涵盖结直肠癌患者来源类器官的生成和培养、肿瘤浸润淋巴细胞的分离和扩增，以及外周血单个核细胞的分离和培养	需要参考Plattner等人的研究以获取完整的协议执行细节	开发一种用于精准肿瘤学的功能分析方法	结直肠癌患者来源的类器官、肿瘤浸润淋巴细胞和外周血单个核细胞	精准医学	结直肠癌	RNA-seq, WES, scRNA-seq, (磷酸化)蛋白质组学	NA	多组学数据	NA
800	2025-06-07	BATF2 inhibits the stem cell-like properties and chemoresistance of gastric cancer cells through PTEN/AKT/β-catenin pathway 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.98389 PMID:39629124	研究论文	本文研究了BATF2通过PTEN/AKT/β-catenin通路抑制胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性	揭示了BATF2通过抑制ABCG2药物转运体和促进PTEN稳定性来增强5-Fu敏感性，并减少胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性	研究样本量较小，仅包括9个胃癌样本	探究BATF2在胃癌干细胞样特性和化疗耐药性中的作用	胃癌细胞	癌症研究	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞培养、肿瘤细胞球体和类器官实验、皮下肿瘤形成实验、免疫组织化学和免疫印迹	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	9个胃癌样本