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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 781 | 2026-04-25 |
Transcriptional determinants of goal-directed learning and representational drift in the parahippocampal cortex
2025-01-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.115175
PMID:39792551
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研究论文 | 本文通过双光子钙成像与空间转录组学技术,揭示了内嗅皮层中目标导向学习的转录决定因素及表征漂移机制 | 首次结合空间转录组学和钙成像技术,识别出即刻早期基因定义的神经元网络,并发现脑源性神经营养因子缺失会破坏该网络及学习能力 | 未说明 | 解析内嗅皮层中表征漂移的分子机制及其在目标导向学习中的作用 | 小鼠内嗅皮层神经元 | 神经科学 | NA | 双光子钙成像, 空间转录组学 | NA | 钙成像图像, 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 双光子成像 | NA | NA |
| 782 | 2026-04-25 |
Dissecting the cell microenvironment of ovarian endometrioma through single-cell RNA sequencing
2025-01, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2638-9
PMID:39470923
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析卵巢子宫内膜瘤的细胞微环境 | 首次利用单细胞转录组学揭示卵巢子宫内膜瘤中IGFBP5巨噬细胞激活、NK细胞耗竭及IQCG和KLF2上皮异常增殖等关键细胞和分子特征 | 样本量有限且仅聚焦于组织水平,可能未完全反映疾病进展中的动态变化 | 阐明卵巢子宫内膜瘤的分子和细胞机制,以改善诊断和治疗策略 | 卵巢子宫内膜瘤患者和健康捐赠者的子宫内膜组织细胞 | 单细胞转录组学 | 卵巢子宫内膜瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过52,000个来自卵巢子宫内膜瘤患者和健康捐赠者的单个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 783 | 2026-04-25 |
Resolving the developmental mechanisms of cardiac microthrombosis of SARS-CoV-2 based on single-cell transcriptome analysis
2025-01, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2624-9
PMID:39470924
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研究论文 | 利用单细胞转录组分析解析SARS-CoV-2引发心脏微血栓的发育机制 | 首次通过单细胞测序分析揭示了SARS-CoV-2感染后心脏微血栓形成的关键细胞类型(MYO1ERASGEF1B单核来源巨噬细胞)及其通过激活趋化因子CCL3和CCL5启动外源性凝血通路的机制,并发现铁含量升高、氧化应激和代谢改变在其中的作用 | 样本来源仅限于死亡患者,可能无法完全代表整体病程;缺乏对活体患者动态变化的验证 | 阐明SARS-CoV-2感染引起心脏微血栓的细胞和分子机制 | 健康捐赠者、COVID-19伴凝血异常高凝期死亡患者和纤溶期死亡患者的右心室游离壁组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 61,187个细胞,来自24种免疫细胞亚群和13种心脏驻留细胞亚群 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 784 | 2026-04-25 |
Lung macrophages in pulmonary homeostasis and disease: from basic biology to clinical applications
2025, Central-European journal of immunology
DOI:10.5114/ceji.2025.154651
PMID:42028388
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综述 | 总结了肺巨噬细胞在肺部稳态和疾病中的基本生物学功能及其作用机制 | 通过单细胞转录组学、CRISPR基因编辑和蛋白质组学等先进技术,系统揭示了肺巨噬细胞的异质性、发育起源和功能景观 | 该领域仍面临挑战,未来研究需要跨学科努力以阐明巨噬细胞在疾病中的分子机制 | 探讨肺巨噬细胞在肺部疾病中的作用机制及临床应用的潜在治疗靶点 | 肺巨噬细胞 | machine learning | lung cancer, acute respiratory distress syndrome, asthma, chronic obstructive pulmonary disease, influenza, tuberculosis | 单细胞转录组学、CRISPR基因编辑、蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 785 | 2026-04-25 |
[Current applications and translational prospects of omics technologies in urothelial carcinoma]
2024-Nov-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery]
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综述 | 本文综述了组学技术在尿路上皮癌诊断和治疗中的当前应用与转化前景 | 结合国家关键策略,深入探讨组学技术如何推动尿路上皮癌诊疗的新发展,包括单细胞组学和空间转录组学在细胞异质性和肿瘤微环境中的新见解 | 尚未提及具体局限性 | 探讨组学技术在尿路上皮癌诊疗中的应用和转化前景 | 尿路上皮癌 | 机器学习 | 尿路上皮癌 | 组学技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 786 | 2026-04-25 |
Single-cell transcriptomics of rectal organoids from individuals with perianal fistulizing Crohn's disease reveals patient-specific signatures
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75947-4
PMID:39477985
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研究论文 | 通过对肛周瘘管型克罗恩病患者直肠类器官进行单细胞转录组测序,揭示了患者特异性基因表达特征 | 首次利用单细胞转录组技术对直肠类器官进行分析,发现了与疾病、性别和祖源相关的基因表达特征,并确认类器官保留了干细胞和扩增区的疾病信号 | 类器官缺乏在病变粘膜上皮细胞中观察到的许多炎症信号,可能限制了其模拟炎症微环境的能力 | 探讨肛周瘘管型克罗恩病患者直肠上皮干细胞区室在转录水平上的病理决定因素 | 肛周瘘管型克罗恩病患者和健康对照的直肠类器官与粘膜上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 13例患者(8例CD、5例对照)提供77,044个类器官细胞;29例患者(18例CD、11例对照)提供141,367个粘膜上皮细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 787 | 2026-04-25 |
Characterization of cell states in biliary tract cancers identifies mechanisms of therapeutic resistance in a phase II trial of DKN-01/nivolumab
2024-Oct-08, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.10.08.24315092
PMID:39417106
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临床试验/研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析胆道癌患者在接受DKN-01联合纳武利尤单抗治疗前后的细胞状态,揭示治疗耐药机制 | 首次系统分类胆道癌恶性细胞状态(包括此前未描述的神经样和内皮样状态),并阐明联合免疫治疗的耐药机制 | 单臂II期试验未观察到客观缓解,样本量有限,需进一步验证细胞状态分类的普适性 | 探索胆道癌对DKN-01/纳武利尤单抗联合治疗的耐药机制 | 晚期胆道癌患者配对的治疗前和治疗中活检样本 | 数字病理学 | 胆道癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 晚期胆道癌患者(具体数量未在摘要中提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 788 | 2026-04-25 |
A Prime-Boost Vaccination Approach Induces Lung Resident Memory CD8+ T Cells Derived from Central Memory T Cells That Prevent Tumor Lung Metastasis
2024-Oct-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3257
PMID:39350665
|
研究论文 | 通过初免-加强疫苗接种策略诱导源自中央记忆T细胞的肺部常驻记忆CD8+ T细胞,从而预防肿瘤肺转移 | 发现通过肌肉注射DNA疫苗初免后鼻腔喷注减毒流感病毒载体疫苗加强的免疫策略,能高效诱导肺部CD8+常驻记忆T细胞,并证实这些细胞来源于DNA疫苗诱导的中央记忆T细胞,且通过单细胞RNA测序揭示了其转录组重编程过程 | 未提及具体限制 | 探究疫苗诱导的肺部常驻记忆T细胞的来源及其在预防肿瘤肺转移中的作用 | 小鼠模型中的中央记忆T细胞、肺部常驻记忆T细胞及转移性黑色素瘤和间皮瘤 | 免疫学 | 黑色素瘤、间皮瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 789 | 2026-04-25 |
Periportal macrophages protect against commensal-driven liver inflammation
2024-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07372-6
PMID:38658756
|
研究论文 | 揭示了门静脉周围区域富含一种表达Marco的免疫抑制性巨噬细胞,该细胞由肠道微生物群诱导,通过白细胞介素-10和Marco受体抑制炎症,其功能缺失会促进肝脏炎性疾病 | 首次通过活体成像和区域特异性单细胞转录组学发现门静脉周围区域存在免疫抑制性巨噬细胞,并鉴定出Odoribacteraceae菌科及其后生元isoallolithocholic acid诱导该细胞亚群,阐明了共生菌与肝脏免疫稳态之间的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外验证,缺乏直接的人类临床数据支持 | 探究肝脏门静脉周围与中央静脉周围区域免疫系统的功能差异及其在炎症调控中的作用机制 | 肝脏门静脉周围区域富含Marco的免疫抑制性巨噬细胞及其与肠道微生物群的互作关系 | 免疫学 | 原发性硬化性胆管炎、非酒精性脂肪性肝炎 | 活体成像、区域特异性单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型及体外培养细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'基因表达分析平台 |
| 790 | 2026-04-25 |
spVC for the detection and interpretation of spatial gene expression variation
2024-04-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03245-3
PMID:38641849
|
研究论文 | 提出 spVC 方法,用于检测和解释空间基因表达变异 | 基于广义泊松模型,整合协变量的常数和空间变化效应,提高连续表达模式捕获能力和可解释性 | 未明确提及局限性 | 开发一种统计方法来检测和解释空间转录组数据中的基因表达变异 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 广义泊松模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 791 | 2026-04-25 |
[Prediction of prognosis of patients with radical resection of intrahepatic cholangiocarcinoma based on single cell omics]
2024-Apr-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery]
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研究论文 | 基于单细胞组学分析肝内胆管癌根治术后患者预后预测 | 首次通过单细胞测序整合多个数据集,识别与预后相关的关键上皮细胞亚群,并提出抗氧化型与非抗氧化型的ICC组织分型概念,构建预后预测模型 | 研究为回顾性病例系列,样本量有限,且模型验证仅基于公开数据集,可能需进一步外部验证 | 分析基于单细胞组学的肝内胆管癌根治术后患者预后预测 | 肝内胆管癌患者(46例单细胞测序、100例微阵列数据) | 计算机视觉, 机器学习 | 肝内胆管癌 | 单细胞测序, 微阵列分析, ssGSEA算法, Cox比例风险模型 | Cox比例风险模型 | 单细胞测序数据, 微阵列表达数据 | 46例患者(单细胞测序),100例患者(微阵列数据) | Gene Expression Omnibus数据库, EMBI数据库 | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 792 | 2026-04-25 |
Elucidating the changes in the heterogeneity and function of radiation-induced cardiac macrophages using single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1363278
PMID:38601160
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示辐射诱导心脏巨噬细胞的异质性和功能变化 | 首次在辐射诱导心脏损伤动物模型中,表征早期阶段巨噬细胞的多样性、特征及演化 | NA | 探究辐射后心脏功能的早期变化及心脏巨噬细胞在此过程中的作用 | 辐射诱导心脏损伤小鼠模型中的心脏巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠心脏组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 793 | 2026-04-25 |
ΔNp63 Regulates Homeostasis, Stemness, and Suppression of Inflammation in the Adult Epidermis
2024-01, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.07.005
PMID:37543242
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研究论文 | 本研究揭示ΔNp63在成年表皮中调控稳态、干细胞性和抑制炎症的关键作用 | 首次通过急性基因敲除实验证明ΔNp63在成年表皮中维持角质形成细胞增殖和自我更新,并抑制银屑病样炎症 | 仅在小鼠模型中研究,未在人体表皮中验证;ΔNp63敲除后细胞消失机制未完全阐明 | 探究ΔNp63在成年表皮中的功能及其调控机制 | 成年小鼠表皮角质形成细胞 | 分子生物学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠表皮样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 794 | 2026-04-25 |
[Single-cell transcriptome analysis reveals development atlas of mouse molar pulp cells]
2023-May-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析小鼠磨牙发育过程,构建牙髓细胞时空发育图谱 | 首次构建小鼠磨牙牙髓细胞发育的时空图谱,揭示牙髓细胞分化为成熟牙髓细胞和成牙本质细胞的两条发育轨迹 | 仅使用小鼠模型,研究时间点有限(出生后第0、3、7天) | 研究牙齿发育过程中牙髓细胞的发育过程和调控机制 | C57BL/6小鼠的十颗下颌第一磨牙(出生后第0天和第3天)及之前研究中的第7天数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 10颗小鼠下颌第一磨牙(出生后第0天和第3天各5颗) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics平台进行单细胞RNA测序 |
| 795 | 2026-04-25 |
Single-cell transcriptomics reveals conserved cell identities and fibrogenic phenotypes in zebrafish and human liver
2022-07, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1930
PMID:35315595
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示斑马鱼与人类肝脏中保守的细胞身份和纤维化表型 | 首次建立成年斑马鱼肝脏的单细胞RNA测序图谱,发现colec11作为斑马鱼肝星状细胞的新保守标记物,并通过比较分析验证斑马鱼作为肝纤维化研究模型的实用性 | 未明确提及局限性 | 表征成年斑马鱼肝脏的单细胞转录组以确定其作为研究肝纤维化模型的效用 | 成年斑马鱼肝脏和人类肝脏中的单细胞,尤其是肝星状细胞 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 斑马鱼肝脏样本和人类肝脏样本(具体数量未提供) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 796 | 2026-04-25 |
CD16+CD163+ monocytes traffic to sites of inflammation during necrotizing enterocolitis in premature infants
2021-09-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20200344
PMID:34269788
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研究论文 | 利用悬浮和成像质谱流式技术结合单细胞RNA测序,揭示了早产儿坏死性小肠结肠炎(NEC)中CD16+CD163+单核细胞/巨噬细胞从外周向炎症部位迁移的机制 | 首次鉴定出与NEC相关的CD16+CD163+单核细胞/巨噬细胞新亚型,并证明其从外周循环向肠道炎症组织迁移,为手术性NEC的生物标志物和治疗靶点开发提供新方向 | 未明确说明,但可能包括样本量有限及功能验证需进一步动物实验支持 | 阐明早产儿坏死性小肠结肠炎中炎症相关免疫细胞的亚型及迁移机制 | 早产儿坏死性小肠结肠炎患者的肠道黏膜组织和外周血中的免疫细胞(中性粒细胞、单核细胞/巨噬细胞) | 数字病理学 | 早产儿坏死性小肠结肠炎 | 悬浮质谱流式技术、成像质谱流式技术、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、质谱流式细胞图像数据 | NA(未明确说明患者数量) | NA | 单细胞RNA测序、质谱流式技术 | NA | NA |
| 797 | 2026-04-25 |
Spatial Transcriptomics and In Situ Sequencing to Study Alzheimer's Disease
2020-08-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.06.038
PMID:32702314
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研究论文 | 利用空间转录组学和原位测序研究阿尔茨海默病中淀粉样斑块周围的转录变化和细胞相互作用 | 首次使用全基因组空间转录组学分析揭示AD小鼠模型淀粉样斑块周围100微米范围内的早期和晚期转录变化,并定义了两个基因共表达网络(OLIGs和PIGs),且通过原位测序在细胞水平验证 | 未提及具体局限性 | 研究阿尔茨海默病中淀粉样斑块周围的分子变化和细胞相互作用 | 阿尔茨海默病小鼠模型和人类脑切片 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学, 原位测序 | NA | 基因表达数据, 图像 | 小鼠和人类脑切片 | 10x Genomics | 空间转录组学, 原位测序 | 10x Visium, 原位测序平台 | 10x Visium空间转录组学, 原位测序(具体平台未说明) |
| 798 | 2026-04-25 |
A discriminative learning approach to differential expression analysis for single-cell RNA-seq
2019-02, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0303-9
PMID:30664774
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA-seq差异表达分析的判别学习方法 | 通过检测大量细胞中的转录动态和基因丰度变化来识别差异表达,并利用伪比对获得的转录本兼容性计数进行无需量化的3'单细胞RNA-seq分析,可识别之前无法检测的标记基因 | 未提及 | 开发一种改进的单细胞RNA-seq差异表达分析方法 | 单细胞RNA-seq数据中的差异表达基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 判别学习模型 | 单细胞转录组数据 | 大量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 799 | 2026-04-24 |
PPP1R14A in male erectile dysfunction: key role in smooth muscle cells
2026-Jun, Sexual medicine
IF:2.6Q2
DOI:10.1093/sexmed/qfag021
PMID:42022378
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序与全基因组关联分析,揭示PPP1R14A在男性勃起功能障碍中通过调控平滑肌细胞功能发挥关键作用 | 首次通过多组学整合分析(scRNA-seq、GWAS、蛋白质数量性状位点)系统性解析勃起功能障碍的分子机制,发现PPP1R14A作为候选治疗靶点,并筛选出黄体酮和氨苄西林等潜在结合化合物 | 样本量有限,缺乏直接体内外功能验证实验,药物候选的安全性和有效性需进一步临床验证,未能涵盖所有勃起功能障碍亚型和人群多样性 | 识别勃起功能障碍的新型治疗靶点并阐明其分子机制 | 勃起功能障碍患者及糖尿病和老年小鼠模型的阴茎海绵体组织 | 机器学习 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析, 孟德尔随机化, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数量性状位点数据, 表达数量性状位点数据 | 2579个差异表达基因(来自单细胞RNA测序预处理), 113种血浆蛋白(孟德尔随机化分析涉及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 800 | 2026-04-24 |
Dissecting placental host-pathogen interactions: Rift Valley fever virus infection in early human trophoblast stem cells
2026-May-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115584
PMID:42023155
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研究论文 | 利用早期人类滋养层干细胞模型解析裂谷热病毒感染胎盘的宿主-病原体互作机制 | 首次使用早期人类滋养层干细胞(hTSC)建立胎盘感染的体外模型,并结合单细胞转录组学与病毒链特异性转录组学揭示裂谷热病毒在早期胎盘中的致病机制 | 未明确说明,但可能包括体外模型与体内环境的差异以及仅使用第一孕期细胞的局限性 | 探究裂谷热病毒在母胎界面的垂直传播机制及其对滋养层细胞的感染和病理影响 | 人早期滋养层干细胞(hTSC) | 数字病理学 | 裂谷热病毒感染相关妊娠疾病 | 免疫荧光、qRT-PCR、蛋白质印迹、单细胞转录组学、病毒链特异性转录组学 | NA | 图像、文本(转录组数据) | 人类早期滋养层干细胞(未明确具体数量) | Illumina | 单细胞转录组学 | Illumina NovaSeq | 单细胞转录组测序及链特异性病毒转录组分析 |