单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-05-26	Elucidating the tumor microenvironment interactions in breast, cervical, and ovarian cancer through single-cell RNA sequencing 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03017-4 PMID:40404741	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌肿瘤微环境中的关键细胞类型及其相互作用	识别了四种癌症相关成纤维细胞（CAF）亚型，并揭示了它们与肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在肿瘤进展中的关键作用及信号通路	研究依赖于GEO数据库中的样本，可能受到数据来源的限制	解析妇科肿瘤（乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌）微环境中的细胞类型及其相互作用	乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌的肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌	单细胞RNA测序	SingleR, CellChat	RNA测序数据	来自GEO数据库的妇科肿瘤样本
782	2025-05-26	Single cell analysis of diverse immune cell in pneumococcal meningitis 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02258-7 PMID:40404806	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺炎球菌性脑膜炎(PM)患者和健康个体的外周血单核细胞，揭示了PM中免疫细胞亚群的组成变化和功能特征	首次在单细胞分辨率下全面描绘了PM的免疫反应转录组景观，发现了中性粒细胞过度激活和适应性免疫反应相对抑制的新机制	样本量有限，且仅分析了外周血免疫细胞而未涉及中枢神经系统局部免疫反应	阐明肺炎球菌性脑膜炎的免疫病理机制	肺炎球菌性脑膜炎患者和健康个体的外周血单核细胞	单细胞转录组学	脑膜炎/肺炎球菌感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	PM患者和健康个体的外周血单核细胞(具体数量未明确说明)
783	2025-05-26	Integrating Mendelian randomization and multi-transcriptomic analyses to unveil the genetic association risk of regulatory T cell-mediated free cholesterol and gastric cancer 2025-May-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02739-1 PMID:40405007	research paper	该研究通过整合孟德尔随机化和多转录组分析，揭示了调节性T细胞介导的游离胆固醇与胃癌的遗传关联风险	首次结合孟德尔随机化和多转录组分析方法，探讨游离胆固醇通过调节性T细胞影响胃癌的因果机制	研究结果主要基于遗传数据，需要进一步的实验验证	阐明游离胆固醇与胃癌之间的因果关系及其免疫调节机制	游离胆固醇、调节性T细胞和胃癌	生物医学研究	胃癌	孟德尔随机化(MR)、GWAS、单细胞测序	NA	遗传数据、转录组数据	233种代谢物、731种免疫细胞的GWAS数据，以及TCGA数据库和单细胞测序数据
784	2025-05-26	Identification of shared mechanisms between Alzheimer's disease and atherosclerosis by integrated bioinformatics analysis 2025-May-22, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02642-z PMID:40405226	研究论文	通过整合生物信息学分析，识别阿尔茨海默病与动脉粥样硬化之间的共同机制	首次通过加权基因共表达网络分析、基于机器学习的Lasso Cox回归分析和随机森林分析，识别出WIPF3作为两种疾病中最受影响的基因，并揭示了炎症在两种疾病共现中的关键作用	研究依赖于公开的测序数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索阿尔茨海默病与动脉粥样硬化的共同发病机制	阿尔茨海默病患者脑组织和动脉粥样硬化斑块的测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 动脉粥样硬化	加权基因共表达网络分析, Lasso Cox回归分析, 随机森林分析, 单细胞RNA测序	机器学习	测序数据	NA
785	2025-05-26	Identification of m5C RNA modification-related gene signature for predicting prognosis and immune microenvironment-related characteristics of heart failure 2025-May-22, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00454-z PMID:40405297	研究论文	本研究通过识别m5C RNA修饰相关基因特征，预测心力衰竭的预后和免疫微环境相关特征	首次系统地研究了m5C RNA修饰在心力衰竭中的作用及其与免疫微环境的关系，并开发了基于4个m5C RNA修饰生物标志物的诊断模型	研究主要基于公开数据集GSE141910和GSE183852，样本量相对有限，且实验验证仅在HF大鼠模型中进行	探索m5C RNA修饰在心力衰竭中的作用及其与免疫微环境的关系	心力衰竭患者样本和心肌梗死后HF大鼠模型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, WB, WGCNA, PPI网络分析	随机森林(RF), LASSO逻辑回归, SVM-RFE	基因表达数据	训练队列：200例HF患者和166例NFDs；验证队列：HF大鼠模型
786	2025-05-26	Heterologous prime-boost with an mRNA vaccine and an oncolytic virus enhances tumor regression through overcoming intratumoral immune suppression 2025-May-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115745 PMID:40411783	research paper	研究探讨了mRNA疫苗与溶瘤病毒异源初免-加强策略在HPV相关癌症治疗中的效果	首次提出并验证了mRNA疫苗与溶瘤病毒联合使用的异源初免-加强策略，显著增强了肿瘤消退效果	研究仅在小鼠同种移植肿瘤模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索克服肿瘤内免疫抑制的新型联合免疫治疗策略	HPV相关癌症	肿瘤免疫治疗	HPV相关癌症	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠同种移植肿瘤模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	未明确说明具体样本量（小鼠模型）
787	2025-05-26	Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using STMiner 2025-May-22, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103838 PMID:40411788	研究论文	本文介绍了一种使用STMiner解析复杂空间转录组数据的协议	提出了一种无需额外参考数据即可应用于不同分辨率和平台的STMiner协议	未提及具体的数据集验证或性能比较	开发一种解析复杂空间转录组数据的协议	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
788	2025-05-26	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101260 PMID:40215972	research paper	该研究利用单细胞测序技术分析CAR信号传导，揭示影响体内持久性的关键因素	首次系统性地研究了不同ICD结构如何通过分子水平调控T细胞功能，并发现了一种与持久性相关的独特信号特征	发现的信号特征仅适用于液体肿瘤，不适用于实体瘤	解码CAR信号传导设计原则，优化下一代ICD结构	工程化表达嵌合抗原受体(CARs)的T细胞	免疫治疗	肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	临床相关ICD结构库
789	2025-05-26	Unveiling the hidden dance: SPP1 + macrophages identified in ulcerative colitis reveal crosstalk with CHI3L1 + fibroblasts 2025-May-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06565-5 PMID:40399882	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了溃疡性结肠炎中SPP1+巨噬细胞与CHI3L1+成纤维细胞的相互作用及其在疾病进展中的作用	首次识别出SPP1+巨噬细胞和CHI3L1+成纤维细胞作为溃疡性结肠炎发病机制中的关键参与者，并揭示了它们在炎症部位的富集与疾病严重程度的相关性	研究样本量有限，且主要依赖于公共数据库数据进行验证	探索巨噬细胞和成纤维细胞在溃疡性结肠炎发病机制中的具体作用及其相互作用	溃疡性结肠炎患者的外周血和结肠活检样本中的巨噬细胞和成纤维细胞	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、多重免疫组化(mIHC)	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组化数据	UC患者的外周血和结肠活检样本（具体数量未明确说明）
790	2025-05-26	Long noncoding RNAs in familial hypercholesterolemia: biomarkers, therapeutics, and AI in precision medicine 2025-May-21, Lipids in health and disease IF:3.9Q2 DOI:10.1186/s12944-025-02605-7 PMID:40399983	review	探讨长链非编码RNA（lncRNA）在家族性高胆固醇血症（FH）中的机制作用及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	揭示了lncRNA在胆固醇代谢中的关键作用，并探讨了AI驱动的lncRNA发现和单细胞转录组学在FH诊断和治疗中的创新应用	生物标志物验证、RNA递送效率及监管批准等挑战仍需解决	研究lncRNA在FH发病机制中的作用及其在精准医学中的应用	家族性高胆固醇血症（FH）患者及其相关lncRNA	精准医学	心血管疾病	AI驱动的lncRNA发现、单细胞转录组学、反义寡核苷酸、siRNA、CRISPR基因编辑	NA	转录组数据	NA
791	2025-05-26	Identification of MAGE-A10 specific T cell receptor promising in immunotherapy of hepatocellular carcinoma 2025-May-14, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144243 PMID:40379175	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序技术，识别出针对肝癌细胞特异性抗原MAGE-A10的T细胞受体，为肝癌的TCR-T免疫治疗提供了新策略	首次利用单细胞测序技术识别出MAGE-A10特异性TCR，并验证其针对肝癌细胞的杀伤效果	研究样本量有限，且未进行大规模临床验证	探索肝癌的新型免疫治疗方法	肝癌患者样本中的T细胞受体	免疫治疗	肝癌	scRNA-seq, scTCR-seq, GLIPH2, TCRMatch, NetMHCpan, DLpTCR	NA	单细胞测序数据	肝癌患者样本（具体数量未明确说明）
792	2025-05-26	Single-Cell Transcriptomics Uncovers Core Signature for Regulating Mitochondrial Homeostasis During Testicular Ageing 2025-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13797 PMID:39731228	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了睾丸衰老过程中线粒体稳态调控的核心特征	首次在果蝇模型中利用单细胞RNA测序技术系统揭示了睾丸衰老过程中生殖细胞亚群的线粒体功能变化及其调控机制	研究仅基于果蝇模型，需要在哺乳动物中进行验证	探究睾丸衰老过程中线粒体功能变化的分子机制	年轻和年老果蝇的睾丸组织	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	年轻和年老果蝇睾丸样本（具体数量未说明）
793	2025-05-11	Unraveling Tissue Complexity Through Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2025-May, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500710 PMID:40342283	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
794	2025-05-26	Optineurin Cooperates With NRF2 to Regulate Tooth Root Morphogenesis by Controlling Mitochondrial Dynamics and Apoptosis 2025-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13799 PMID:39762159	研究论文	本研究探讨了Optineurin (OPTN)与NRF2在牙齿根部形态发生中的协同作用，通过调控线粒体动力学和凋亡影响牙齿发育	首次揭示了OPTN通过促进线粒体分裂与NRF2协同调控牙齿根部发育的机制	研究主要基于小鼠模型，人类牙齿样本数据较少	阐明OPTN在牙齿根部发育中的作用机制	小鼠胚胎及出生后牙齿、人类胚胎及成人牙齿、根尖乳头干细胞(SCAPs)	发育生物学	牙齿发育异常	单细胞测序、RNA-seq分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	E16.5、P1、P7小鼠牙齿及人类牙齿样本
795	2025-05-26	[Public Database-based Study to Explore the Expression and Role of DDB1  in Lung Adenocarcinoma] 2025-Apr-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2025.102.12 PMID:40404474	研究论文	本研究通过公共数据库探讨了DDB1在肺腺癌中的表达及其作用	首次系统分析了DDB1在肺腺癌中的表达模式、临床意义及其与免疫微环境的潜在关联	研究主要基于公共数据库和回顾性分析，需要进一步实验验证DDB1的具体作用机制	探究DDB1在肺腺癌中的表达特征及其临床意义	肺腺癌组织和正常肺组织	肿瘤生物学	肺腺癌	生物信息学分析、组织微阵列、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞数据	公共数据库中的肺腺癌样本及验证用的组织微阵列样本
796	2025-05-26	HMOX1-LDHB interaction promotes ferroptosis by inducing mitochondrial dysfunction in foamy macrophages during advanced atherosclerosis 2025-04-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.011 PMID:39731912	研究论文	本研究揭示了高级动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞铁死亡的细胞和分子机制	发现了HMOX1-LDHB相互作用通过诱导线粒体功能障碍促进泡沫巨噬细胞铁死亡的新机制	未明确说明样本量及实验模型的局限性	探索高级动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞死亡的分子机制	泡沫巨噬细胞	分子生物学	心血管疾病	RNA测序（bulk和single-cell）	NA	基因表达数据	NA
797	2025-05-26	Identification of prognostic biomarkers for endometrioid endometrial carcinoma based on the miRNA and mRNA co-expression network regulated by estradiol 2025, Clinics (Sao Paulo, Brazil) DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100672 PMID:40319860	研究论文	本研究通过miRNA和mRNA共表达网络识别了与雌二醇调控相关的子宫内膜样子宫内膜癌预后生物标志物	首次发现miR-142-5p-SACS和miR-30a-5p-GPR157作为雌二醇调控的潜在诊断和预后生物标志物	样本量相对有限（n=408 TCGA数据 + n=9实验数据），且需要进一步实验验证	识别与雌二醇调控相关的子宫内膜样子宫内膜癌预后生物标志物	子宫内膜样子宫内膜癌（EEC）患者和经雌二醇处理的子宫内膜癌Ishikawa细胞	生物信息学	子宫内膜癌	RNA测序、单细胞转录组测序、生物信息学分析	共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络	RNA表达谱数据、单细胞转录组数据	408例TCGA数据 + 9例实验样本（3×250nM雌二醇组、3×50nM雌二醇组、3×对照组）
798	2025-05-26	Single cell RNA-sequencing identified CCR7+/RELB+/IRF1+ T cell responding for juvenile idiopathic arthritis pathogenesis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528446 PMID:40406113	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了CCR7+/RELB+/IRF1+ T细胞在青少年特发性关节炎（JIA）发病机制中的关键作用	首次在单细胞水平上鉴定了HLA-B27阳性和阴性JIA患者的免疫细胞异质性，并发现CCR7+/RELB+/IRF1+三重阳性T细胞在HLA-B27阳性JIA患者中特异性存在	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于假设，需要进一步实验验证	探索青少年特发性关节炎不同亚型的疾病异质性并分析其发病机制	青少年特发性关节炎患者的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞组学	青少年特发性关节炎	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明（包含HLA-B27阳性和阴性JIA患者、pSS患者和SLE患者的外周血样本）
799	2025-05-26	Decoding multiple myeloma: single-cell insights into tumor heterogeneity, immune dynamics, and disease progression 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1584350 PMID:40406148	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析多发性骨髓瘤的肿瘤异质性、免疫动态和疾病进展	利用单细胞RNA测序技术识别了多发性骨髓瘤中的11种不同细胞类型，并揭示了神经免疫调控在肿瘤微环境中的关键作用	研究样本可能不足以完全代表多发性骨髓瘤的所有亚型	探索多发性骨髓瘤的肿瘤异质性、免疫动态和疾病进展机制	多发性骨髓瘤（MM）和高危冒烟型多发性骨髓瘤（SMMh）样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CytoTRACE, Monocle2, Slingshot	RNA-seq数据	NA
800	2025-05-26	Identification of common hub genes and construction of immune regulatory networks in aplastic anemia, myelodysplastic syndromes, and acute myeloid leukemia 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1547289 PMID:40406144	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，识别了再生障碍性贫血(AA)、骨髓增生异常综合征(MDS)和急性髓系白血病(AML)的共同枢纽基因，并构建了免疫调控网络	首次发现POLG和MAP2K7作为AA、MDS和AML的共同枢纽基因，揭示了MIF介导的细胞通讯在20多条免疫调控通路中的作用	枢纽基因对细胞增殖和迁移没有显著影响，体外验证结果有限	探索AA、MDS和AML的共同发病机制，为预防疾病进展提供基础	再生障碍性贫血、骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病	生物信息学	血液系统疾病	基因表达差异分析、基因集富集分析、加权基因共表达网络分析、免疫浸润分析、单细胞测序、细胞通讯分析、孟德尔随机化、RT-qPCR、ELISA	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的相关数据集（具体数量未说明）