单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-08-10	The spatial landscape of glial pathology and T cell response in Parkinson's disease substantia nigra 2025-Aug-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62478-3 PMID:40759663	研究论文	本研究通过单核RNA测序、空间转录组学和T细胞受体测序技术，分析了帕金森病患者脑组织中T细胞和胶质细胞的状态	揭示了帕金森病黑质中CD8+ T细胞的克隆扩增及其与CD44+星形胶质细胞的空间相关性，提出了CD44作为潜在治疗靶点	研究基于死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的病理过程	探究帕金森病中适应性免疫反应的特性及其在神经退行性变中的作用	帕金森病患者死后脑组织中的T细胞和胶质细胞	神经科学	帕金森病	单核RNA测序、空间转录组学、T细胞受体测序	NA	RNA序列数据	帕金森病患者死后脑组织样本
782	2025-08-10	Comprehensive analysis of the PLXNA3 gene on prognosis and immune characteristics in breast cancer 2025-Aug-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13843-1 PMID:40760011	研究论文	本文通过RNA测序和生存分析，探讨了PLXNA3基因在乳腺癌中的预后和免疫特征	首次全面分析了PLXNA3基因在乳腺癌中的生物学意义及其与免疫特征的关联	研究主要基于体外实验和测序数据，缺乏体内实验验证	探索PLXNA3基因在乳腺癌预后和免疫治疗反应中的作用	乳腺癌细胞和肿瘤免疫微环境	癌症研究	乳腺癌	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
783	2025-08-10	OmniCellAgent: Towards AI Co-Scientists for Scientific Discovery in Precision Medicine 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667797 PMID:40766492	研究论文	本文介绍了一种新型的代理AI模型OmniCellAgent，旨在通过整合大规模单细胞RNA测序数据、组学数据分析工具、累积的生物医学知识和文献搜索，促进精准医学中的自主科学发现	开发了首个专门设计的代理AI模型OmniCellAgent，能够系统整合大规模单细胞RNA测序数据、组学数据分析工具、生物医学知识和文献搜索，为非计算专家用户提供专家级的生物医学研究能力	未提及具体的性能评估或与其他方法的比较结果	促进精准医学中的自主科学发现	非计算专家用户（如患者、家庭成员、临床医生和湿实验室研究人员）	精准医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	代理AI模型（OmniCellAgent）	单细胞RNA测序数据	NA
784	2025-08-10	Elucidating prognostic significance of purine metabolism in colorectal cancer through integrating data from transcriptomic, immunohistochemical, and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70010 PMID:40017120	研究论文	本研究通过整合转录组、免疫组化和单细胞RNA测序数据，探讨嘌呤代谢在结直肠癌中的预后意义	首次通过免疫组化验证嘌呤代谢作为结直肠癌预后标志物的临床相关性，并发现五个嘌呤代谢相关基因的低表达与不良预后相关	嘌呤代谢反应的可逆性可能影响标志物的稳定性	评估嘌呤代谢在结直肠癌中的临床预后价值	结直肠癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	结直肠癌	转录组分析、免疫组化(IHC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、免疫组化图像、单细胞RNA测序数据	结直肠癌患者亚群（包括TP53野生型、TP53突变型和微卫星稳定表型患者）
785	2025-08-10	Exploration of heterogeneity and recurrence signatures in hepatocellular carcinoma 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70012 PMID:40018995	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，探索了肝细胞癌的异质性和复发特征，并开发了一个复发肿瘤细胞相关风险评分模型	揭示了复发HCC中恶性细胞与免疫细胞的相互作用机制，并开发了一个新的术后复发预后模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	研究肝细胞癌的异质性和复发特征，以设计更有效的抗癌疗法	肝细胞癌（HCC）的原发性和早期复发性肿瘤	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序，RT-qPCR，机器学习	机器学习模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括原发性和早期复发性HCC样本
786	2025-08-10	Time, the final frontier 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70025 PMID:40126098	research paper	本文主张将时间动态整合到癌症研究中，强调从传统的终点实验转向数据驱动的连续方法	提出将时间动态纳入癌症研究，开发先进的活体成像技术、创新的时间组学方法和新型计算工具	时间维度在肿瘤研究中的探索仍然不足	推动癌症研究中时间动态的整合	肿瘤及其微环境	digital pathology	cancer	live imaging, temporal omics	NA	omics data, imaging data	NA
787	2025-08-10	Human CD4+ T cells regulate peripheral immune responses in rheumatoid arthritis via insulin-like growth factor-like family member 2 2025-Aug, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adr3838 PMID:40749037	研究论文	本文揭示了人类CD4+ T细胞通过胰岛素样生长因子样家族成员2（IGFL2）在类风湿性关节炎（RA）中调节外周免疫反应的机制	首次发现IGFL2在人类T细胞中的特异性表达及其在RA发病机制中的作用，提出IGFL2作为RA疾病严重程度的潜在生物标志物	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序，需要进一步的体内实验验证	阐明人类CD4+ T细胞在自身免疫性疾病中的免疫调节机制	类风湿性关节炎患者的CD4+ T细胞和单核细胞	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因敲除	NA	RNA测序数据, 蛋白质水平数据	血清阳性类风湿性关节炎患者的滑膜组织
788	2025-08-10	Unravelling Osteoporosis: Key Genes and Potential Therapies 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70759 PMID:40764749	研究论文	通过孟德尔随机化和多组学分析，识别与骨质疏松症相关的关键基因及其潜在治疗靶点	首次利用孟德尔随机化结合GWAS数据鉴定出FMO4、PSMA4和VEGFA三个骨质疏松症相关基因，并系统解析其分子机制与免疫微环境调控网络	研究基于欧洲人群（FinnGen联盟）数据，结论在其他种族的普适性需进一步验证	发现骨质疏松症的新型治疗靶点并解析其分子机制	骨质疏松症患者遗传数据与免疫微环境	生物医学	骨质疏松症	孟德尔随机化(MR)、GWAS、scRNA-seq、免疫浸润分析、基因集富集分析	NA	基因组数据、转录组数据	FinnGen联盟GWAS数据集（具体样本量未明确说明）
789	2025-08-10	Integrating Single-Cell Transcriptomics and Machine Learning to Define an ac4C Gene Signature in Lung Adenocarcinoma 2025-Aug, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.70140 PMID:40767620	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和机器学习，定义了肺腺癌中的ac4C基因特征	首次将单细胞转录组学与机器学习结合，开发了ac4C相关基因特征(ARGSig)模型，用于肺腺癌预后预测和个性化治疗指导	研究基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探究ac4C修饰在肺腺癌中的作用并开发预后预测模型	肺腺癌患者	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	机器学习(10种算法)	转录组数据	多个独立队列的公共数据库数据
790	2025-08-10	Tumor-resident probiotic Clostridium butyricum improves aPD-1 efficacy in colorectal cancer models by inhibiting IL-6-mediated immunosuppression 2025-Jul-29, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.07.012 PMID:40780216	研究论文	研究发现益生菌Clostridium butyricum通过抑制IL-6介导的免疫抑制增强抗PD-1疗法在结直肠癌模型中的疗效	首次发现C. butyricum通过结合GRP78受体并抑制PI3K-AKT-NF-κB通路来减少IL-6分泌，从而增强抗PD-1疗法的效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索增强结直肠癌免疫检查点阻断疗法效果的策略	结直肠癌模型（包括MSI-H和MSS亚型）和免疫细胞	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序、人源化小鼠模型、患者来源类器官-CTLs共培养系统	NA	基因表达数据、细胞功能数据	多种结直肠癌小鼠模型（包括AOM/DSS诱导模型和无菌小鼠）和患者来源类器官
791	2025-08-10	Amlodipine as an immunomodulator to enhance dendritic cell activation in cancer therapy with tumor-associated antigens 2025-Jul-23, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.07.030 PMID:40702728	研究论文	本研究探讨了氨氯地平作为免疫调节剂在增强树突状细胞活化和抗肿瘤免疫中的作用	揭示了氨氯地平通过促进树突状细胞成熟和增强CD8 T细胞活化来增强抗肿瘤免疫的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	探索氨氯地平在癌症免疫治疗中的潜在应用	树突状细胞和肿瘤相关抗原	癌症免疫治疗	乳腺癌和结肠癌	流式细胞术、ELISA、单细胞RNA测序	小鼠模型（4T1乳腺癌和CT26结肠癌）	细胞和分子数据	NA
792	2025-08-10	Single-Cell Sequencing Reveals Circadian Sensitivity of Noise-Induced Hearing Loss Mediated by Macrophage-Driven NLRP3 Inflammasome Activation 2025-Jul-20, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-025-01440-1 PMID:40684422	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了噪声性听力损失的昼夜节律敏感性，主要由巨噬细胞驱动的NLRP3炎症小体激活介导	首次在单细胞水平上揭示了巨噬细胞在噪声性听力损失中的昼夜节律敏感性及其通过NLRP3炎症小体激活的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究噪声性听力损失的昼夜节律敏感性机制	小鼠耳蜗细胞	生物医学	听力损失	单细胞RNA测序，多重免疫组化	小鼠模型	RNA测序数据，免疫荧光数据	97,043个耳蜗细胞
793	2025-08-10	Discovery of protein lactylation-associated biomarkers and their potential pathogenic mechanisms in recurrent spontaneous abortion 2025-Jul-18, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146004 PMID:40685048	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，结合机器学习方法，鉴定了与复发性自然流产(RSA)相关的蛋白质乳酸化生物标志物及其潜在致病机制	首次揭示了乳酸化修饰在RSA中的调控作用，并鉴定了四个乳酸化相关枢纽基因，阐明了S100A11通过p38 MAPK-TGF-β1-SMAD-IL-10信号通路调控免疫和滋养细胞功能的机制	研究样本量有限，且未在独立队列中进行验证	探索蛋白质乳酸化修饰在复发性自然流产中的分子机制	复发性自然流产患者	生物信息学	复发性自然流产	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习	NA	RNA测序数据	三个公共数据集(GSE214607, GSE26787, GSE165004)
794	2025-08-10	Integrative scATAC-seq and mtDNA mutation analysis reveals disease-driven regulatory aberrations in AML 2025-Jul-16, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.07.009 PMID:40781032	研究论文	该研究通过整合scATAC-seq和mtDNA突变分析，揭示了急性髓系白血病(AML)中疾病驱动的调控异常	开发了线粒体单细胞ATAC-seq(mtscATAC-seq)方法，结合单细胞RNA-seq，全面表征AML细胞，并发现WT1锌指结构域突变与染色质可及性降低及靶基因下调相关	NA	理解AML的进展机制并识别预后生物标志物以改善治疗结果	急性髓系白血病(AML)细胞	数字病理学	急性髓系白血病	mtscATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 线粒体DNA追踪, 机器学习建模	机器学习模型	单细胞测序数据	NA
795	2025-08-10	Concerted changes in Epithelium and Stroma: a multi-scale, multi-omics analysis of progression from Barrett's Esophagus to adenocarcinoma 2025-Jul-14, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.034 PMID:40695287	research paper	通过多组学分析研究巴雷特食管向腺癌发展的多尺度变化	整合单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学和空间蛋白质组学，揭示了巴雷特食管向腺癌发展过程中的共享和患者特异性特征	样本量相对较小（107个样本来自26名患者），且仅基于两个独立队列	研究巴雷特食管向食管腺癌发展的多尺度变化机制	巴雷特食管患者样本（从鳞状上皮到化生、不典型增生至腺癌的进展路径）	digital pathology	esophageal adenocarcinoma	single-cell transcriptomics, extracellular matrix proteomics, spatial proteomics	NA	multi-omics data	107个样本来自26名患者
796	2025-08-10	Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells 2025-Jul, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70021 PMID:40120139	研究论文	本研究探讨了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）免疫抑制微环境中的作用及其机制	揭示了JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进效应调节性T细胞（eTregs）分化，从而导致免疫逃逸和抗PD-1治疗抵抗的新机制	研究主要基于HGSOC样本，结果在其他类型癌症中的普适性需要进一步验证	阐明JAG2+ TANs在HGSOC肿瘤免疫抑制微环境中的作用机制	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者样本和肿瘤模型	肿瘤免疫学	卵巢癌	多重免疫组化、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	患者来源肿瘤类器官（PDTOs）模型和异种移植小鼠模型	组织样本、流式数据、测序数据	304个HGSOC样本（274个构成两个独立队列，30个用于建立PDTOs）
797	2025-08-10	Spatial transcriptomic applications in orthopedics 2025-Jul, Connective tissue research IF:2.8Q1 DOI:10.1080/03008207.2025.2501703 PMID:40347072	综述	本文综述了空间转录组学在骨科研究中的变革性影响，重点介绍了其在解析肌肉骨骼组织中复杂基因表达模式的应用	空间转录组学方法用于识别新的细胞群体和细胞信号通路，调控发育和疾病	NA	探讨空间转录组学在骨科研究中的应用及其潜力	肌肉骨骼组织（软骨、关节、骨、肌腱、韧带和滑膜）	数字病理学	骨科疾病	空间转录组学方法（10X Visium, 10X Xenium, seqFISH+, MERFISH, NanoString GeoMx DSP）	NA	基因表达数据	29篇已发表的论文涉及软骨、骨、肌腱、滑膜和椎间盘
798	2025-08-10	Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06733-7 PMID:40598539	研究论文	通过整合多组学分析和机器学习算法，识别与基质硬度相关的HCC分子亚型	构建了一个包含57个基因的基质硬度相关特征，并通过多种机器学习算法验证了PPARG在HCC中的关键作用	研究依赖于公开的多组学数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究基质硬度在肝细胞癌（HCC）中的分子机制及其对预后和治疗反应的影响	肝细胞癌（HCC）患者的多组学数据和单细胞RNA测序数据	机器学习	肝癌	多组学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	多种机器学习算法组合	多组学数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了公开的LIHC数据集
799	2025-08-10	Single-cell RNA sequencing reveals anterograde trans-synaptic degeneration and exacerbated synaptic remodeling in myopia 2025-Jul, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01489-y PMID:40610752	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了近视中视网膜神经节细胞的凋亡信号激活及视觉皮层突触重塑	首次发现近视可加剧视网膜神经节细胞凋亡，诱导顺行性跨突触变性并加重突触重塑	未明确说明样本量及具体实验模型	探究跨突触变性在近视发病机制中的作用	视网膜神经节细胞(RGCs)和视觉皮层	digital pathology	myopia	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	NA
800	2025-08-10	Bile acids engage the SIPR-STAT3 signaling axis to modulate regulatory T cell responses in fibrosing cholangiopathies 2025-Jun-20, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.05.032 PMID:40545044	研究论文	该研究探讨了胆汁酸如何通过SIPR-STAT3信号轴调节调节性T细胞（Tregs）在纤维化胆管病中的反应	揭示了胆汁酸通过促进Th17样表型抑制Tregs的调节功能，并提出了恢复Treg功能和amphiregulin表达作为新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更广泛的人类临床试验中验证	研究胆汁酸在纤维化胆管病中对调节性T细胞反应的影响及其潜在治疗策略	调节性T细胞（Tregs）、胆汁酸、纤维化胆管病（如胆道闭锁和原发性硬化性胆管炎）	免疫学	胆管疾病	单细胞RNA测序、ATAC-seq、功能验证实验	小鼠模型（Abcb4-/-等）	基因表达数据、转录组数据	130名胆道闭锁婴儿的肝组织样本及多个小鼠模型