单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-09-12	Extracellular matrix-myCAF signatures correlate with resistance to neoadjuvant aPD-L1 immune checkpoint inhibition with durvalumab + metformin in HPV+ HNSCC 2025-Sep-11, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-1098 PMID:40932382	研究论文	本研究通过多组学分析探索HPV阳性头颈部鳞状细胞癌对durvalumab联合二甲双胍新辅助免疫治疗的应答与耐药机制	首次发现细胞外基质-肌成纤维癌相关成纤维细胞(ECM-MYCAF)特征与免疫联合治疗耐药相关，并通过空间转录组学定位至肿瘤前沿区域	样本来源于单中心临床试验，样本量有限，且仅针对HPV阳性患者	识别HPV阳性头颈部鳞癌对PD-L1抑制剂联合二甲双胍治疗的预测性生物标志物和耐药机制	HPV阳性头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	多组学分析、空间转录组学、基因集富集分析	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	NCT03618654临床试验中的未治疗非糖尿病HPV+ HNSCC患者样本
782	2025-09-12	Unveiling the genetic overlap and causal links between gastroesophageal reflux disease and asthma 2025-Sep-11, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003283 PMID:40932390	研究论文	本研究通过遗传学方法揭示了胃食管反流病（GERD）与哮喘之间的遗传重叠和因果联系	新发现了51个GERD与哮喘共有的风险位点，识别了三个新的共享基因（RBM6、SUOX、MPHOSPH9），并利用单细胞RNA测序验证了这些基因在GERD患者免疫细胞中的高表达	研究基于GWAS汇总统计数据，未涉及个体层面数据；因果推断依赖于孟德尔随机化假设	探究GERD与哮喘之间的遗传关联和潜在因果关系	GERD和哮喘患者及对照人群的遗传数据	遗传学	胃食管反流病和哮喘	GWAS, LDSC, 孟德尔随机化, 跨性状meta分析, 共定位分析, SMR, TWAS, scRNA-seq	NA	遗传汇总统计数据，单细胞RNA测序数据	GERD: 71,522病例和261,079对照；哮喘: 56,167病例和352,255对照
783	2025-09-12	The PAR-score based on PANoptosis genes predicts the progression of ulcerative colitis and the response to anti-TNF-α treatment 2025-Sep-11, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01675-2 PMID:40932643	研究论文	基于PANoptosis基因开发PAR-score模型，用于预测溃疡性结肠炎进展及抗TNF-α治疗反应	首次将PANoptosis（整合焦亡、凋亡和坏死性凋亡的协调细胞死亡机制）特征应用于UC和CAC的风险预测，并发现EGFR抑制剂潜在治疗价值	研究基于公共数据库和动物模型，需进一步临床验证	阐明PANoptosis在UC和CAC中的作用并开发预测模型	溃疡性结肠炎患者、结肠炎相关结直肠癌病例及对照样本	生物信息学	溃疡性结肠炎	转录组分析、Western blot、单细胞测序、孟德尔随机化、分子对接	风险评分模型（PAR-Score）	基因表达数据	来自GEO数据库的UC患者、CAC病例和对照样本（具体数量未明确说明）
784	2025-09-12	Epigenetic drift score captures directional methylation variability and links aging to transcriptional, metabolic, and genetic alterations 2025-Sep-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280155.124 PMID:40750330	研究论文	本研究通过大规模表观基因组分析，开发了表观遗传漂变分数（EDS）来量化个体漂变负担，并揭示其与衰老相关转录、代谢和遗传变化的关联	首次在大型中国队列中开展全面表观基因组漂变研究，开发了量化个体表观遗传漂变负担的EDS分数，并发现了漂变的方向性特征（99%为正漂变）	NA	探究表观遗传漂变的程度、生物学意义和人群特异性，及其在人类衰老中的作用	人类DNA甲基化变异与衰老过程	表观遗传学	衰老相关疾病	850K EPIC阵列、单细胞RNA-seq、GWAS	NA	DNA甲基化数据、转录组数据、基因型数据	中国队列3538人，验证队列包括中国1467人和欧洲956人
785	2025-09-12	Intergenic accumulation of RNA polymerase II maintains the potential for swift transcriptional restart upon release from quiescence 2025-Sep-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279874.124 PMID:40796281	研究论文	研究芽殖酵母静止期细胞中RNA聚合酶II的基因组重分布及其在转录快速重启中的作用	发现静止期细胞中RNAPII在基因间区域积累，确保重返生长时快速转录响应	研究仅基于芽殖酵母模型，未涉及其他生物体系	探究静止期细胞转录机制关闭与快速重启的分子基础	芽殖酵母静止期细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、转录组数据	分选的芽殖酵母静止期细胞群体
786	2025-09-12	scGraphDap: Integrating Functional State Pseudo-labels and Graph Structure Learning for Robust Cell Type Annotation in Tumor Microenvironments 2025-Sep-10, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3607687 PMID:40928910	研究论文	提出scGraphDap图神经网络框架，通过整合功能状态伪标签和图结构学习改进肿瘤微环境中的细胞类型注释和细胞间通讯推断	利用通路活性评分作为伪标签优化细胞-细胞图，捕捉功能邻近性而非几何相似性，并采用图域适应模块增强跨个体泛化能力	NA	改进肿瘤微环境中细胞类型注释和细胞间通讯推断的准确性	肿瘤微环境中的细胞	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 图神经网络	GNN	单细胞RNA测序数据	15名患者的38,667个细胞，涵盖三种癌症类型
787	2025-09-12	scSPAF: Cell Similarity Purified Adaptive Fusion Network for Single-Cell Multi-Omics Clustering 2025-Sep-10, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3608251 PMID:40928916	研究论文	提出一种名为scSPAF的单细胞多组学聚类网络，通过细胞相似性纯化和自适应融合机制提升聚类性能	采用多级融合方法探索组学数据的一致性和互补性，设计细胞相似性纯化模块准确整合细胞间邻域信息	NA	提升单细胞多组学聚类分析的准确性和判别性	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞测序技术	自适应融合网络	多组学数据	六个真实世界数据集
788	2025-09-12	Interferon-induced senescent CD8+ T cells reduce anti-PD1 immunotherapy efficacy in early triple-negative breast cancer 2025-Sep-10, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adj7808 PMID:40929245	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术发现干扰素诱导的衰老CD8+ T细胞是早期三阴性乳腺癌免疫治疗无效的关键因素，并提出烟酰胺单核苷酸治疗可恢复其功能	首次揭示HLA-DR单核细胞来源的干扰素诱导CD8+ T细胞衰老的机制，并证明烟酰胺单核苷酸可逆转该过程并增强免疫治疗效果	研究样本量有限（171例患者），且机制验证主要依赖体外模型和小鼠实验	探究早期三阴性乳腺癌免疫治疗无效的机制并寻找改善策略	早期三阴性乳腺癌患者样本、患者来源类器官及小鼠模型	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、批量转录组学、病理学检测	NA	基因表达数据、病理图像数据	171例早期三阴性乳腺癌患者样本
789	2025-09-12	Innate and adaptive immune features associated with immune-related adverse events 2025-Sep-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012414 PMID:40930749	研究论文	本研究通过多维度免疫分析揭示免疫检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件（irAE）的基线免疫特征与机制	首次系统鉴定irAE患者的基线促炎症免疫状态特征，并发现TNF信号通路是最高度富集的通路	样本量有限（162例），且仅为观察性研究，需进一步验证	探究免疫检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件的生物学机制	接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者	免疫学	癌症	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、多重细胞因子检测、抗核抗体分析	NA	基因组数据、蛋白质数据、细胞数据	162例患者
790	2025-09-12	Igf2 regulates early postnatal DPP4+ preadipocyte pool expansion 2025-Sep-10, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.352710.125 PMID:40930990	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了早期小鼠皮下脂肪组织中IGF2通过促进DPP4+前体脂肪细胞增殖而非分化来调控脂肪组织扩张的机制	首次发现DPP4阳性前体脂肪细胞群在断奶前小鼠皮下脂肪网状间质中的存在，并证实IGF2特异性驱动该细胞群的增殖	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类组织中验证	阐明早期生命阶段脂肪组织快速扩张的细胞机制	小鼠皮下脂肪组织	细胞生物学	肥胖代谢疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠皮下脂肪组织样本
791	2025-09-12	Endothelial cell-ILC3 crosstalk via the ET-1/EDNRA axis promotes NKp46+ILC3 glycolysis to alleviate intestinal inflammation 2025-Sep-10, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01345-z PMID:40931105	研究论文	本研究揭示了肠道内皮细胞与ILC3通过ET-1/EDNRA轴促进NKp46+ILC3糖酵解以缓解肠道炎症的新机制	首次发现肠道内皮细胞与ILC3之间的crosstalk，并阐明ET-1/EDNRA轴通过调控HIF-1α和糖酵解代谢适应维持肠道稳态	NA	探究肠道内皮细胞与ILC3相互作用在肠道炎症调控中的作用机制	肠道内皮细胞、ILC3细胞、ET-1/EDNRA信号轴	免疫学	肠道炎症	单细胞转录组分析、蛋白表达检测	NA	转录组数据、蛋白表达数据	NA
792	2025-09-12	Influence of Age on Fracture Healing in Young and Middle-Aged Mice in a Proximal Femur Fracture Model 2025-Sep-10, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society IF:2.1Q2 DOI:10.1002/jor.70063 PMID:40931376	研究论文	本研究通过小鼠股骨近端骨折模型探讨年龄对骨折愈合的影响，发现中年小鼠愈合能力下降与衰老细胞及SASP因子表达相关	首次在年轻与中年小鼠中结合空间转录组学与多维度分析（细胞因子、µCT、组织形态计量）揭示年龄相关性骨折愈合延迟的分子机制	研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠，未涵盖性别差异或更老年龄组	探究年龄对小鼠股骨近端骨折愈合的影响及分子机制	12周龄（年轻）和52周龄（中年）雄性C57BL/6J小鼠	骨科学研究	骨质疏松性骨折	多因子细胞因子分析、µCT、组织形态计量、免疫染色、空间转录组学	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据、组织学数据	年轻组与中年组雄性C57BL/6J小鼠（具体数量未明确）
793	2025-09-12	Immunological microenvironment differences between left and right colon cancer: dynamic interactions of CASC15+KLK6+ epithelial subpopulation with T cells and mast cells 2025-Sep-10, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003453 PMID:40932351	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光验证，揭示右半结肠癌与左半结肠癌在免疫微环境中的差异，特别是CASC15⁺KLK6⁺上皮亚群与T细胞和肥大细胞的动态相互作用	首次在单细胞水平鉴定出RCC特异性富集的CASC15⁺KLK6⁺上皮恶性亚群，并发现其与T细胞耗竭、肥大细胞重编程共同构成免疫抑制微环境	样本量较小（单细胞测序仅6例肿瘤），需更大队列验证	探究左右半结肠癌免疫微环境差异及其机制	结肠癌患者肿瘤组织（3例LCC和3例RCC用于单细胞测序，70例用于验证）	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序，免疫荧光，inferCNV，Monocle2，GSVA，CellChat	NA	单细胞转录组数据，组织影像数据	6例肿瘤样本（单细胞测序），70例患者样本（验证研究）
794	2025-09-12	Single-cell transcriptome analysis reveals regulatory programs associated with tumor resistance during immunotherapy in colorectal cancer 2025-Sep-10, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003459 PMID:40932376	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示结直肠癌免疫治疗耐药相关的T细胞调控程序	首次在单细胞水平系统解析T细胞亚群在免疫治疗耐药中的作用机制，并发现KLRB1作为新型生物标志物	样本来源限于转移性dMMR结直肠癌患者，耐药机制验证仍需进一步功能实验	探究结直肠癌免疫治疗耐药的细胞分子机制	转移性DNA错配修复缺陷结直肠癌患者	单细胞测序分析	结直肠癌	单细胞RNA测序，基因集富集分析，细胞通讯分析，免疫组化	NA	单细胞转录组数据，临床样本	190例结直肠癌患者组织样本及癌旁正常组织
795	2025-09-12	CRISPR-based genetic tools for the study of host-microbe interactions 2025-Sep-09, Infection and immunity IF:2.9Q2 DOI:10.1128/iai.00510-24 PMID:40757822	综述	本文综述了基于CRISPR的遗传工具在研究宿主-微生物相互作用中的应用及其进展	高效、准确、高通量地探索微生物组，结合单细胞RNA测序等新兴技术揭示宿主与微生物复杂互作	当前工具存在一定局限性，未来需要开发更先进的遗传工具包	研究宿主-微生物相互作用的遗传基础及其在健康与疾病中的作用	宿主细胞、微生物细胞及动物模型	NA	NA	CRISPR筛选、靶向基因组编辑、记录系统、单细胞RNA测序	NA	遗传数据	NA
796	2025-09-12	Analyzing the toxicological effects of PET-MPs on male infertility: Insights from network toxicology, mendelian randomization, and transcriptomics 2025-Sep-09, Reproductive biology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.repbio.2025.101076 PMID:40929757	研究论文	本研究探讨PET微塑料通过靶向CLK4基因影响Th1细胞浸润和精子发生过程导致男性不育的分子机制	首次整合网络毒理学、孟德尔随机化和转录组学方法，发现CLK4作为PET-MPs诱导男性不育的关键靶点，并揭示其双相表达模式	研究主要基于生物信息学分析和体外模拟，缺乏体内实验验证	探究PET微塑料导致男性不育的潜在分子机制	男性不育相关基因和细胞类型	毒理学与生殖医学	男性不育	网络毒理学、孟德尔随机化(SMR)、RNA-seq、scRNA-seq、分子对接、分子动力学模拟	生物信息学分析模型	基因组数据、转录组数据、表达数量性状位点数据	基于公共数据库的GWAS汇总数据和eQTL数据
797	2025-09-12	Targeting annexin A2 enhances anti-PD-1 immunotherapy in pancreatic ductal adenocarcinoma by remodeling the tumor immune microenvironment 2025-Sep-09, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115504 PMID:40929955	研究论文	本研究探讨Annexin A2（ANXA2）在胰腺导管腺癌（PDAC）进展中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	首次通过单细胞RNA测序发现ANXA2高表达与PDAC患者预后不良相关，并证明ANXA2抑制可增强抗PD-1免疫疗法效果	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果仍需进一步验证	探索ANXA2作为PDAC免疫治疗新靶点的可行性	胰腺导管腺癌细胞及肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blotting、共培养系统	小鼠PDAC模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	PDAC组织样本（具体数量未明确说明）
798	2025-09-12	Combinatorial BMP4 and activin direct the choice between alternate routes to endoderm in a stem cell model of human gastrulation 2025-Sep-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.009 PMID:40930099	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、活细胞成像和数学模型探索activin和BMP4信号如何协同和拮抗调控人类原肠胚形成阶段的细胞命运决定	发现内胚层通过两条路径产生——直接从多能性状态分化及经由中胚层祖细胞状态的间接路径，并揭示BMP4在诱导中胚层基因同时促进多能性退出的双重作用	NA	解析组合信号（activin和BMP4）如何指导人类原肠胚形成过程中的细胞命运特化	人类干细胞模型中的内胚层和中胚层祖细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学、活细胞成像、数学建模	NA	转录组数据、成像数据	NA
799	2025-09-12	Single-cell MultiOmics and spatial transcriptomics demonstrate neuroblastoma developmental plasticity 2025-Sep-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.013 PMID:40347947	研究论文	本研究利用单细胞多组学和空间转录组学技术解析神经母细胞瘤发育可塑性的转录和表观遗传调控机制	识别了高危神经母细胞瘤中的发育中间状态，揭示了具有多向状态转换潜能的广泛表观遗传预编程现象	NA	探究神经母细胞瘤发育可塑性的调控机制	小鼠自发肿瘤模型和人类患者样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞多组学, 空间转录组学	NA	单细胞测序数据, 空间转录组数据	NA
800	2025-09-12	Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover distinct cellular subtypes involved in neural invasion in pancreatic cancer 2025-Sep-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.020 PMID:40680743	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示胰腺癌神经侵袭中涉及的独特细胞亚型及其微环境特征	首次系统描绘了不同神经侵袭状态下的细胞组成、谱系动态和空间组织结构，并鉴定出新型NRP2成纤维细胞群体和三种施万细胞亚型	样本量相对有限（25例患者62个样本），且主要聚焦于胰腺导管腺癌	探究胰腺癌神经侵袭的细胞微环境机制和关键细胞亚型的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者组织样本和其中的神经-肿瘤微环境	单细胞组学与空间转录组学	胰腺癌	sc/snRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	25例患者的62个组织样本