单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-04-20	Taurine ameliorates liver fibrosis by repressing Fpr2-regulated macrophage M1 polarization 2025-Apr-10, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177614 PMID:40216178	研究论文	本研究探讨了牛磺酸通过抑制Fpr2/NF-κBp65调节的巨噬细胞M1极化来改善肝纤维化的机制	揭示了牛磺酸通过SLC6A6转运体和Fpr2/NF-κBp65通路调控巨噬细胞极化状态的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大	阐明牛磺酸在肝纤维化中的作用机制	人类纤维化肝组织样本和两种不同的小鼠肝纤维化模型	肝脏病理学	肝纤维化	氨基酸代谢组学、基因表达微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	SLC6A6野生型和敲除小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	人类纤维化肝组织样本和两种小鼠模型
782	2025-04-20	Cell-cycle dependence of bursty gene expression: insights from fitting mechanistic models to single-cell RNA-seq data 2025-Apr-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf295 PMID:40240003	研究论文	通过将机制模型拟合到单细胞RNA测序数据中，研究了基因表达的突发性在细胞周期中的依赖性	首次在转录组水平上广泛分析了突发性基因表达的突发频率和突发大小在细胞周期中的依赖性，并发现了DNA复制后突发频率的中位数大约减半，而突发大小基本保持不变	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到技术噪声的影响，尽管研究指出这种影响相对较小	探究突发性基因表达参数（突发频率和突发大小）在细胞周期中的变化规律	小鼠基因的等位基因在G1和G2/M细胞周期阶段的突发性表达参数	基因组学	NA	单细胞RNA测序	机制模型	RNA计数数据	数千个小鼠基因的单细胞RNA测序数据
783	2025-04-20	Benchmarking computational methods for detecting spatial domains and domain-specific spatially variable genes from spatial transcriptomics data 2025-Apr-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf303 PMID:40240000	研究论文	本文对19种用于从空间转录组数据中识别空间域和域特异性空间可变基因的计算方法进行了全面基准测试	提出了一个定量策略来评估域特异性空间可变基因识别结果，并整合不同方法的空间聚类结果以获得更稳健的聚类和基因识别结果	研究未涉及所有现有的空间转录组技术，且未考虑不同生物样本间的异质性	评估和比较现有计算方法在空间域和域特异性空间可变基因检测中的性能	19种计算方法和57个数据集（30个真实数据集和27个合成数据集）	生物信息学	NA	空间转录组技术	GNN	空间转录组数据	30个真实数据集和27个合成数据集
784	2025-04-20	Identification of biomarkers for endometriosis based on summary-data-based Mendelian randomization and machine learning 2025-Apr-04, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000041804 PMID:40193647	研究论文	该研究通过总结数据为基础的孟德尔随机化和机器学习方法，识别了子宫内膜异位症（EM）的生物标志物	结合基因组关联研究数据、差异表达基因分析和机器学习模型，成功识别出三个核心生物标志物，并利用单细胞RNA测序和共识聚类分析其表达模式及EM样本的亚组分类	研究依赖于现有数据集（FinnGen），可能受限于样本量和人群特异性	开发非侵入性生物标志物以改善子宫内膜异位症的早期诊断和个性化治疗	子宫内膜异位症（EM）患者	生物信息学	子宫内膜异位症	全基因组关联研究（GWAS）、多标记基因组注释分析（MAGMA）、单细胞RNA测序、共识聚类	机器学习模型	基因组数据、RNA测序数据	77个EM样本
785	2025-04-20	Single-cell multi-omics profiling uncovers the immune heterogeneity in HIV-infected immunological non-responders 2025-Apr-03, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105667 PMID:40184908	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示HIV感染免疫无应答者的免疫异质性	开发了scGeneANOVA和VILDA两种新工具，用于检测差异表达基因和量化HIV-1转录本，揭示了IFN信号通路在免疫无应答者中的作用	研究样本可能不足以代表所有HIV感染免疫无应答者，且机制研究仍需进一步验证	探究HIV感染免疫无应答者免疫功能障碍的机制	HIV感染免疫无应答者（INRs）、免疫应答者（IRs）和健康对照（HCs）的外周血单个核细胞（PBMCs）	生物医学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞VDJ测序（scVDJ-seq）	scGeneANOVA、VILDA	单细胞转录组数据、VDJ序列数据	未明确提及具体样本数量，但包括INRs、IRs和HCs的PBMCs
786	2025-01-16	Single-cell transcriptomics and epigenomics point to CD58-CD2 interaction in controlling primary melanoma growth and immunity 2025-Apr, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12651 PMID:39812166	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
787	2025-04-20	NAT10 Promotes Gastric Cancer Liver Metastasis by Modulation of M2 Macrophage Polarization and Metastatic Tumor Cell Hepatic Adhesion 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410263 PMID:39985269	研究论文	本文探讨了RNA修饰模式与胃癌肝转移之间的关系，发现RNA乙酰转移酶NAT10在肝转移胃癌细胞中的异常表达及其作用机制	首次揭示了NAT10通过调控CXCL2和KLF5 mRNA的稳定性，促进M2型巨噬细胞极化和胃癌细胞肝粘附的新机制	研究主要基于临床样本分析和小鼠模型，尚未在更大规模的临床队列中验证	探究RNA修饰在胃癌肝转移中的作用机制	胃癌细胞、肝转移病灶、M2型巨噬细胞	癌症生物学	胃癌	单细胞测序、临床样本分析、小鼠模型、类器官模型	NA	基因表达数据、临床数据	临床样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）
788	2025-04-20	CpG-Based Nanovaccines Enhance Ovarian Cancer Immune Response by Gbp2-Mediated Remodeling of Tumor-Associated Macrophages 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412881 PMID:39985265	研究论文	研究开发了一种基于CpG的纳米疫苗，通过Gbp2介导的肿瘤相关巨噬细胞重塑增强卵巢癌免疫反应	开发了一种新型纳米疫苗PLGA-CpG@ID8-M，通过封装CpG于PLGA中并使用ID8卵巢癌细胞膜，有效重编程肿瘤相关巨噬细胞，并揭示了Gbp2-Pin1-NFκB通路的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索纳米疫苗在卵巢癌免疫治疗中的效果及其作用机制	卵巢癌模型小鼠和乳腺癌模型小鼠	肿瘤免疫治疗	卵巢癌	RNA-seq, scRNA-seq, 质谱蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	ID8卵巢癌模型小鼠和4T1乳腺癌模型小鼠
789	2025-04-20	Multiscale Dissection of Spatial Heterogeneity by Integrating Multi-Slice Spatial and Single-Cell Transcriptomics 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413124 PMID:39999288	research paper	提出了一种名为SMILE的深度学习方法，用于整合多切片空间和单细胞转录组学数据，以多尺度解析空间异质性	SMILE方法结合了图对比自编码器和多层感知机，具有局部约束，能够学习多尺度和信息丰富的点表示，同时在空间对齐、区域识别和细胞类型反卷积方面表现出优越性能	未明确提及具体局限性	开发一种能够同时解析不同尺度空间变异和揭示疾病状态下细胞微环境变化的深度学习方法	空间分辨转录组学(SRT)数据	生物信息学	NA	空间分辨转录组学(SRT), 单细胞转录组学	图对比自编码器, 多层感知机(MLP)	空间转录组数据, 单细胞转录组数据	模拟数据集和真实数据集(未明确数量)
790	2025-04-20	Inhibition of bone morphogenetic protein 4 alleviates angiotensin II-induced abdominal aortic aneurysm by reducing inflammation and endothelial-mesenchymal transition 2025-Apr, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2025.119134 PMID:40081251	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地研究了血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤小鼠模型中内皮细胞功能和表型的变化，揭示了BMP4在促进腹主动脉瘤进展中的关键作用	首次揭示了BMP4在腹主动脉瘤进展中的关键作用，通过诱导内皮间质转化和内皮细胞炎症表型重编程促进疾病发展	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性需要进一步验证	探究腹主动脉瘤的发病机制并寻找潜在治疗靶点	血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤小鼠模型和小鼠主动脉内皮细胞	血管生物学	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序、伪时间轨迹分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析、免疫共沉淀	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据	NA
791	2025-04-20	Integrative analysis of single-cell transcriptomics and genetic associations identify cell states associated with vascular disease 2025-Apr, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2025.119108 PMID:40120433	研究论文	通过整合单细胞转录组学和遗传关联分析，识别与血管疾病相关的细胞状态	结合新生成的单核RNA测序数据和已发表数据集，开发新的计算方法整合GWAS数据与单核主动脉表达谱，识别血管疾病相关的细胞类型和状态	样本量相对较小（正常n=7，动脉瘤n=9，动脉粥样硬化n=2），且仅针对人类升主动脉组织	研究血管疾病发病机制中的细胞状态变化	人类升主动脉组织中的内皮细胞（EC）和血管平滑肌细胞（VSMC）	数字病理学	心血管疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	18个样本（7个正常，9个动脉瘤，2个动脉粥样硬化）
792	2025-04-20	Crosstalk Between Gastric Cancer and Adjacent Mucosa Reveals EDN1-EDNRA-Mediated Regulation of Cancer Stemness and Immunomodulation Networks 2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70547 PMID:40245183	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究胃癌与邻近黏膜之间的细胞间通讯，揭示EDN1-EDNRA通路在癌症干性和免疫调节网络中的关键作用	首次绘制了胃癌组织、邻近正常组织和胃黏膜之间的细胞间通讯图谱，并发现EDNRA在胃癌进展中的新功能	研究主要基于两个独立数据集，可能需要更多样本验证	探索胃癌微环境中组织特异性细胞间通讯模式及其调控机制	胃癌组织、邻近正常组织和胃黏膜	癌症生物学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	两个独立研究数据集(GSE183904和GSE184198)
793	2025-04-20	Targeting of arachidonic acid-modulated autophagy to enhance the sensitivity of ROS1 + or ALK + non-small cell lung cancer to crizotinib therapy 2025-Mar-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-2025-105 PMID:40248722	研究论文	本研究探讨了花生四烯酸调节的自噬在增强ROS1+或ALK+非小细胞肺癌对克唑替尼治疗敏感性中的作用	发现了一种新的ALK和ROS1-TKIs耐药机制，揭示了代谢物花生四烯酸在酪氨酸激酶抑制剂耐药中的作用	研究主要基于体外细胞实验，未进行体内动物模型验证	阐明克唑替尼耐药涉及自噬失调的机制并确定克服耐药的新治疗靶点	ROS1+或ALK+非小细胞肺癌细胞系HCC78和H3122	肿瘤学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序、代谢组学分析	细胞耐药模型	基因表达数据、代谢物数据	三种ALK重排肺癌类器官样本和耐药HCC78细胞
794	2025-04-20	ANKRD11 as a potential biomarker for brain metastasis from lung adenocarcinoma via cerebrospinal fluid liquid biopsy 2025-Mar-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-800 PMID:40248734	研究论文	本研究通过脑脊液液体活检探索了ANKRD11作为肺腺癌脑转移潜在生物标志物的可能性	首次发现ANKRD11在肺腺癌脑转移中的表达逐渐降低，并证实其具有抑制肿瘤侵袭和转移的功能	样本量较小（仅7例患者），需要更大规模的研究验证	寻找肺腺癌脑转移的新型生物标志物	肺腺癌脑转移患者的脑脊液样本、肿瘤组织和细胞系	数字病理学	肺癌	ctDNA panel测序、scRNA-seq	NA	DNA测序数据、RNA测序数据	7例BM-LUAD患者的CSF样本，公共数据库中的scRNA-seq数据，裸鼠体内实验
795	2025-04-20	Single cell RNA-seq and bulk RNA-seq analysis identifies MUC1 as a key gene for lung adenocarcinoma to neuroendocrine transformation 2025-Mar-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-806 PMID:40248742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和大块RNA测序分析，识别出MUC1是肺腺癌向神经内分泌癌转化的关键基因	首次通过RNA测序和孟德尔随机化分析确定MUC1与肺腺癌向神经内分泌癌转化的负相关性，并揭示了免疫微环境在组织学转化中的重要作用	样本量相对较小（仅6个组织活检样本），且研究结果需要进一步临床验证	探索肺腺癌向神经内分泌癌转化过程中的遗传和免疫特征	肺腺癌和神经内分泌癌组织样本	数字病理学	肺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, WGCNA, CIBERSORT	NA	RNA测序数据	16,765个细胞（来自6个组织活检样本）
796	2025-04-20	Male-Dominant Spinal Microglia Contribute to Neuropathic Pain by Producing CC-Chemokine Ligand 4 Following Peripheral Nerve Injury 2025-03-23, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14070484 PMID:40214438	research paper	该研究揭示了雄性小鼠脊髓小胶质细胞在神经病理性疼痛中的性别差异作用，特别是通过产生CC-趋化因子配体4（CCL4）加剧疼痛	首次发现雄性小鼠脊髓小胶质细胞亚群在周围神经损伤后显著增加并高表达CCL4，且CCL4-CCR5信号通路仅在雄性小鼠中加剧疼痛	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证人类样本中的类似机制	探究脊髓小胶质细胞在神经病理性疼痛中的性别特异性作用机制	雄性及雌性小鼠的脊髓小胶质细胞	神经科学	神经病理性疼痛	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、部分坐骨神经结扎（PSL）模型	动物模型（小鼠）	RNA测序数据、行为学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及雄性和雌性小鼠的对比实验
797	2025-04-20	Integrative transcriptome profiling elucidates molecular and immunovascular characteristics of macrotrabecular HCC 2025-Feb-26, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001284 PMID:40009602	research paper	该研究通过整合大规模bulk和单细胞RNA测序数据，阐明了肝癌（HCC）中一种侵袭性亚型（macrotrabecular HCC）的分子和免疫血管特征	利用单细胞RNA测序技术揭示了肝癌细胞的不同亚群及其特征，发现了p53和MYC在侵袭性肝癌中的关键作用，并提出了针对肿瘤血管和免疫检查点的联合治疗策略	研究样本量相对有限，且主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明肝癌侵袭性亚型的分子机制和肿瘤微环境特征，探索潜在治疗策略	肝癌细胞及其微环境	digital pathology	liver cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq	syngeneic mouse model	RNA sequencing data	228,564个活细胞（来自6个scRNA-seq数据集）和691个肿瘤样本（bulk RNA-seq分析）
798	2025-04-19	Editorial: Spatial transcriptome and single-cell sequencing for exploring molecular mechanisms of neuroimmunity and discovering novel markers of neurological diseases 2025, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2025.1582019 PMID:40248015	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
799	2025-04-20	Cancer-associated fibroblasts: multidimensional players in liver cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1454546 PMID:40248197	review	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肝癌中的多维作用，特别是通过单细胞RNA测序技术揭示的不同CAF亚群在肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）发展中的具体功能和调控机制	利用先进的单细胞RNA测序技术（scRNAseq）结合多种基因工程小鼠模型，鉴定了肝癌前微环境（PME）和肿瘤微环境（TME）中多样的CAF亚群，深化了对各CAF亚群在癌症发展中具体作用的理解	不同研究针对靶向CAFs以干扰肿瘤进展的结果存在极大争议，表明CAFs的作用机制仍需进一步探索	阐明CAF亚群在不同病理生理条件下的作用和调控机制，以促进发现调节CAF活性的新治疗方法	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）中的亚群	肿瘤微环境研究	肝癌	单细胞RNA测序技术（scRNAseq）	基因工程小鼠模型	基因表达数据	NA
800	2025-04-20	Exploring wound management in dental pulp: Utilizing single-cell RNA sequencing for global transcriptomic analysis in healthy and inflamed pulpal tissues 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14804 PMID:38385817	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了健康与炎症牙髓组织在伤口愈合过程中的转录组学变化	首次在牙髓伤口管理中应用单细胞RNA测序技术，揭示了炎症条件下细胞组成和基因表达的显著变化	样本量相对较小（50例患者），且仅关注了牙髓组织，未考虑其他口腔组织的影响	研究牙髓伤口愈合过程中信号级联、细胞反应和细胞外基质动态的复杂相互作用	健康与炎症状态的人类牙髓组织	数字病理	牙科疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	50例患者的牙髓组织样本