单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-05-17	Single-Cell RNA-Seq Reveals Aging-Related Impairment of Microglial Efferocytosis Contributing to Apoptotic Cells Accumulation After Retinal Injury 2025-May-15, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70097 PMID:40374315	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了衰老如何影响小胶质细胞的胞葬功能，进而导致视网膜损伤后凋亡细胞的积累	首次在单细胞水平揭示了衰老视网膜中小胶质细胞胞葬功能受损的分子机制，并验证了AXL-GAS6和MERTK-GAS6等配体-受体互作的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类视网膜衰老的类似机制仍需进一步验证	阐明衰老对小胶质细胞胞葬功能的影响及其在视网膜疾病中的作用	年轻和老年小鼠的视网膜细胞	数字病理学	老年性疾病	sc-RNA-seq	小鼠视网膜缺血/再灌注损伤模型	单细胞转录组数据	74,412个来自年轻和老年小鼠的视网膜细胞
782	2025-05-17	Single-cell sequencing and spatial transcriptomics reveal FAS+ T cell and autophagy-related signatures predicting chemoimmunotherapy response in diffuse large B-cell lymphoma patients 2025-May-15, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2849-2 PMID:40374987	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了FAS阳性T细胞和自噬相关特征在预测弥漫大B细胞淋巴瘤患者对化疗免疫治疗反应中的作用	首次构建了基于自噬相关基因的预后模型，并鉴定FAS作为预后生物标志物，发现FAS阳性Treg和Tfh细胞富集的肿瘤微环境与良好预后相关	样本量相对有限，特别是单细胞测序数据仅来自4例患者，需要更大规模的研究验证	研究自噬相关基因在弥漫大B细胞淋巴瘤中的预后效应	弥漫大B细胞淋巴瘤患者	数字病理学	弥漫大B细胞淋巴瘤	单细胞测序, 空间转录组学, 抗体阵列	自噬相关预后模型	转录组数据, 蛋白质组数据	1409例DLBCL患者转录组数据, 531例健康对照, 4例单细胞测序数据, 10例空间转录组数据, 110例本地队列蛋白质组数据
783	2025-05-17	CD49d promotes T-cell senescence in chronic lymphocytic leukaemia 2025-May-15, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.20135 PMID:40375447	research paper	该研究探讨了CD49d在慢性淋巴细胞白血病（CLL）中对T细胞衰老的影响	揭示了CD49d在CLL患者T细胞衰老中的新作用，并提出了针对CD49d依赖性衰老途径可能逆转T细胞功能障碍的治疗策略	研究未涉及CD49d如何具体调控T细胞衰老的分子机制	探究CD49d对CLL患者T细胞生物学的影响	CLL患者和健康捐赠者的CD4+和CD8+ T细胞	免疫学	慢性淋巴细胞白血病	流式细胞术和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据和基因表达数据	未明确提及样本数量，但包括CLL患者和健康捐赠者的T细胞
784	2025-05-17	Deciphering the Immunomodulatory Function of GSN+ Inflammatory Cancer-Associated Fibroblasts in Renal Cell Carcinoma Immunotherapy: Insights From Pan-Cancer Single-Cell Landscape and Spatial Transcriptomics Analysis 2025-May-15, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70062 PMID:40375605	研究论文	本研究通过泛癌单细胞RNA测序和空间转录组学分析，探讨了GSN+炎症性癌症相关成纤维细胞在肾细胞癌免疫治疗中的免疫调节功能	首次利用泛癌单细胞RNA测序和空间转录组学分析GSN iCAFs的亚型及其在ICI治疗中的空间分布特征，并开发了预测ICI反应的Caf.Sig模型	研究主要基于体外和动物模型实验，临床验证仍需进一步扩大样本量	探究GSN+炎症性癌症相关成纤维细胞在免疫检查点抑制剂治疗中的作用机制	泛癌患者样本和肾透明细胞癌(ccRCC)样本	癌症免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学测序(ST-seq)、机器学习	Caf.Sig模型	RNA测序数据	泛癌患者样本和ccRCC样本(具体数量未明确说明)
785	2025-05-17	METAB-HTX: prospective, longitudinal cohort study evaluating cardiac and systemic metabolism after heart transplantation 2025-May-15, ESC heart failure IF:3.2Q2 DOI:10.1002/ehf2.15330 PMID:40375600	研究论文	METAB-HTX是一项前瞻性纵向队列研究，评估心脏移植后的心脏和全身代谢情况	该研究首次全面评估心脏移植后代谢恶化与心脏功能及生存率的关系，并采用多种先进技术进行深度代谢和心脏表型分析	研究仅纳入400名患者，样本量相对有限，且随访时间为5年，可能无法完全反映长期代谢变化的影响	探究心脏移植后代谢变化与心脏功能及预后的关系，优化移植后代谢监测和治疗策略	心脏移植患者	心血管疾病研究	心血管疾病	心脏磁共振成像和光谱学(cMRI/MRS)、冠状动脉造影、第三代和第四代测序技术(长短读长测序)、单细胞测序	NA	临床数据、影像数据、基因组数据	400名心脏移植患者，随访5年
786	2025-05-17	Spatiotemporal analysis of lung immune dynamics in lethal Coccidioides posadasii infection 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.02562-24 PMID:39611685	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析致命性球孢子菌感染中的肺部免疫动态	识别了单核细胞来源的表达巨噬细胞作为组织重塑和纤维化的潜在介导者，并揭示了TGF-β和IL-6信号通路的激活	研究聚焦于致命性急性感染，可能不适用于所有类型的球孢子菌病	深入了解致命性球孢子菌感染中的免疫反应机制	致命性球孢子菌感染中的肺部免疫细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA序列数据	NA
787	2025-05-17	Tumor-colonizing Pseudoalteromonas elyakovii metabolically reprograms the tumor microenvironment and promotes breast ductal carcinoma 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03873-24 PMID:40192290	研究论文	探讨肿瘤内微生物群与乳腺癌导管癌发展的关系及其对肿瘤微环境的代谢重编程作用	揭示了肿瘤内微生物群在乳腺癌发展中的具体作用及其促进肿瘤生长的机制	样本量较小（102例），且研究仅针对乳腺癌导管癌，未涵盖其他类型乳腺癌	研究肿瘤内微生物群对乳腺癌导管癌发展的影响及其潜在临床应用价值	乳腺癌导管癌患者肿瘤组织中的微生物群	肿瘤微生物学	乳腺癌	qRT-PCR、双免疫荧光染色、SweAMI探针杂交、scRNA-seq	NA	微生物组成数据、基因表达数据	102例乳腺癌导管癌样本
788	2025-05-17	Single-cell RNA sequencing reveals SLC31A1-mediated M2 polarization of macrophages promotes malignant progression in triple-negative breast cancer 2025-May-14, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06191-0 PMID:40360897	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示SLC31A1介导的巨噬细胞M2极化促进三阴性乳腺癌的恶性进展	发现SLC31A1在巨噬细胞中的过表达与M2极化及TNBC恶性表型相关	未涉及SLC31A1调控M2极化的具体分子机制	探究三阴性乳腺癌免疫微环境中的关键调控基因及其功能	三阴性乳腺癌组织中的巨噬细胞亚群	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qPCR、流式细胞术、Transwell实验、划痕实验	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
789	2025-05-17	Comprehensive single-cell transcriptomic reveals different destinies of melanocytes and dynamic changes of immune microenvironment in a psychological stress-induced leukoderma and leukotrichia mouse model 2025-May-14, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01236-z PMID:40361040	research paper	通过单细胞转录组学分析心理压力诱导的白癜风和白毛小鼠模型中黑色素细胞的不同命运及免疫微环境的动态变化	发现了两种具有不同命运的黑色素细胞簇以及CXCL16-CXCR6轴激活的促炎微环境，为压力诱导的白癜风发病机制提供了新见解	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究心理压力诱导的白癜风和白毛的发病机制	C57BL/6 J小鼠模型中的黑色素细胞和免疫微环境	digital pathology	vitiligo	single-cell RNA sequencing, immunohistochemistry	chronic unpredictable mild stimulation (CUMS) mouse model	RNA-seq data, immunohistochemistry data	C57BL/6 J小鼠模型
790	2025-05-17	Dual oxic-anoxic co-culture enables direct study of anaerobe-host interactions at the airway epithelial interface 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01338-24 PMID:40366160	research paper	该研究介绍了一种双氧-缺氧共培养（DOAC）方法，用于研究厌氧菌与宿主细胞在气道上皮界面的相互作用	开发了一种新的双氧-缺氧共培养（DOAC）平台，能够在维持宿主细胞氧供的同时，研究厌氧菌与上皮细胞的相互作用	共培养时间限制在约48小时，可能无法完全模拟长期相互作用	研究厌氧菌与宿主细胞在气道疾病病理生理学中的相互作用机制	厌氧菌和气道上皮细胞	微生物学与细胞生物学	气道疾病	双氧-缺氧共培养（DOAC）、bulk RNAseq、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
791	2025-05-17	scSTD: A Swin Transformer-Based Diffusion Model for Recovering scRNA-seq Data 2025-May-14, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3570265 PMID:40366848	research paper	介绍了一种名为scSTD的新型框架，结合Swin Transformer和潜在扩散模型，用于恢复单细胞RNA测序数据	首次将Swin Transformer架构与潜在扩散模型结合，用于scRNA-seq数据的恢复，能够更准确地恢复基因表达谱并保留细微的生物变异	未提及具体的数据集规模或计算资源需求，可能在实际应用中存在限制	解决单细胞RNA测序数据中的丢失事件和技术噪声问题，提高下游分析的可靠性	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	Swin Transformer, latent diffusion model	gene expression data	NA
792	2025-05-17	Potential mechanisms of epigenetic regulation in diabetic retinopathy from the perspectives of multi-omics 2025-May-14, Diabetology & metabolic syndrome IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13098-025-01723-7 PMID:40369608	research paper	本研究通过多组学数据探索了糖尿病视网膜病变（DR）的表观遗传调控机制	构建了DR相关的全面表观遗传调控网络，并鉴定了关键调控基因	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探索糖尿病视网膜病变的表观遗传调控机制	糖尿病视网膜病变（DR）相关的表观遗传修饰	生物信息学	糖尿病视网膜病变	DNA甲基化分析、mRNA和miRNA表达分析、单细胞RNA测序	NA	基因组学数据、转录组学数据	包括10,716个差异甲基化基因、1,181个差异表达mRNA和615个差异表达miRNA
793	2025-05-17	Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells 2025-May-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473 PMID:40185089	研究论文	研究通过诱导系统将成纤维细胞重编程为造血祖细胞，揭示了重编程过程中的基因调控网络	开发了通过表达SCL和LMO2转录因子诱导成纤维细胞重编程为造血祖细胞的系统，并识别了早期/中期重编程事件及相关通路	重编程过程的随机性限制了策略的应用	提高体细胞直接重编程为造血细胞的效率和功能性	成纤维细胞和造血祖细胞	基因调控与细胞重编程	NA	转录组和表观基因组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA
794	2025-05-17	Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease 2025-May-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019 PMID:40311614	研究论文	本文探讨了Krabbe病中巨噬细胞的作用，并通过直接替换小胶质细胞揭示了其在病理和治疗中的贡献	使用单细胞测序揭示了早期干扰素反应特征，并通过直接小胶质细胞替换显著改善了疾病模型小鼠的生存和病理	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究巨噬细胞在Krabbe病病理生理和造血干细胞移植中的作用	Krabbe病小鼠模型和人类脑标本	神经科学	Krabbe病	单细胞测序	twitcher (Galc) 小鼠模型	基因表达数据	NA
795	2025-05-17	Microglia transcriptional states and their functional significance: Context drives diversity 2025-May-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.009 PMID:40328255	综述	探讨小胶质细胞在不同环境下的转录状态多样性及其功能意义	综述了单细胞测序技术揭示的小胶质细胞转录状态多样性，并评估非稳态条件如何诱导特定环境下的转录特征	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的总结	理解小胶质细胞转录状态与功能的关系，并推动针对小胶质细胞的治疗策略	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
796	2025-05-17	Combining spatial transcriptomics with tissue morphology 2025-May-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58989-8 PMID:40360467	review	本文介绍了一种将空间转录组学与组织形态学相结合的框架，重点讨论了将形态学特征转化为或整合到空间转录组学中的方法	提出了一个分类框架，用于结合空间转录组学和组织形态学，包括转化和整合两种方法	NA	探索空间转录组学与组织形态学相结合的方法及其应用	空间转录组学数据和组织形态学特征	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, imaging AI	NA	gene expression data, morphological features	NA
797	2025-05-17	Single-cell and spatial transcriptomics reveals an anti-tumor neutrophil subgroup in microwave thermochemotherapy-treated lip cancer 2025-May-13, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00366-8 PMID:40360503	research paper	该研究利用单细胞转录组学和空间转录组学揭示了微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌中抗肿瘤中性粒细胞亚群的作用机制	发现了MTC治疗后具有抗肿瘤活性的MNDA TANs亚群(N1表型)，并构建了与预后正相关的N1-TANs标记物MX2，开发了基于深度学习的H&E图像预测MX2表达的方法	研究样本量未明确说明，临床转化应用仍需进一步验证	探究微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌的分子机制和免疫微环境变化	唇鳞状细胞癌(LSCC)患者样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	digital pathology	lip cancer	scRNA-seq, ST, deep learning	deep learning	single-cell transcriptomics data, spatial transcriptomics data, H&E-stained images	NA
798	2025-05-17	TAT-CRE inhalation enables tumor induction corresponding to adenoviral Cre-recombinase in a lung cancer mouse model 2025-May-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08146-0 PMID:40360735	research paper	该研究比较了TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导小鼠肺癌模型中的效果，发现TAT-CRE是一种安全且有效的替代方法	提出TAT-CRE作为一种生物安全级别S1的替代方法，用于诱导肺癌，并可能应用于其他癌症模型	研究中发现的TAT-CRE诱导的肺肿瘤在微血管和巨噬细胞方面存在差异，可能影响某些研究结果	比较TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导肺癌模型中的效果，寻找更安全的基因工程方法	小鼠肺癌模型	癌症研究	肺癌	计算机断层扫描、单细胞RNA测序、免疫组织化学和流式细胞术	NA	图像、RNA序列数据	NA
799	2025-05-17	Arginine methylation modulates tumor fate and prognosis in clear cell renal cell carcinoma 2025-May-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02505-3 PMID:40360844	research paper	该研究探讨了精氨酸甲基化相关基因在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的预后价值，并开发了一个基于精氨酸甲基化的预后模型	首次系统地评估了精氨酸甲基化相关基因在ccRCC中的预后意义，并构建了一个具有临床指导价值的预后特征模型	需要进一步的临床验证来确认模型的预测准确性，并且未涉及实验验证	评估精氨酸甲基化相关基因在ccRCC中的预后价值并开发预后模型	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者	digital pathology	肾癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	Cox回归模型	转录组数据	来自TCGA、E-MTAB-1980和ICGC数据库的公共数据集
800	2025-05-17	Profiling triple-negative breast cancer-specific super-enhancers identifies high-risk mesenchymal development subtype and BETi-Targetable vulnerabilities 2025-May-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02342-6 PMID:40361105	研究论文	该研究通过分析三阴性乳腺癌（TNBC）中的超级增强子（SEs）异质性，识别出一个高风险间充质发育亚型，并发现其对BET抑制剂（BETi）具有更高的敏感性	发现了由SE-VAX2核心转录调控回路驱动的高风险间充质发育亚型，并验证了其对BETi的敏感性	临床样本和实验模型的多样性可能影响结果的广泛适用性	研究TNBC中SEs的异质性及其对BETi疗效的影响，以推进BETi的精准治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系和临床样本	肿瘤生物学	三阴性乳腺癌	H3K27ac ChIP-Seq, bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, stRNA-Seq, CERES评分	NA	测序数据	TNBC细胞系和临床样本