单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-05-28	Dissecting PTPN7-driven aggressiveness in IDH-wildtype astrocytomas: multi-omics, clinical validation, and spatial transcriptomics for prognostic insights 2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02662-5 PMID:40413344	研究论文	本研究探讨了PTPN7在IDH野生型星形细胞瘤中的预后意义、空间分布及免疫相关功能，旨在阐明其作为胶质瘤治疗预后标志物和治疗靶点的潜力	首次全面评估PTPN7在胶质瘤中的预后价值和免疫调节作用，并利用空间转录组学技术揭示其空间分布特征	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证PTPN7的具体作用机制	探索PTPN7作为胶质瘤预后生物标志物和免疫调节因子的潜力	IDH野生型星形细胞瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫组化	NA	基因表达数据、空间转录组数据、免疫组化图像	TCGA和CGGA数据库的胶质瘤样本，70例免疫组化验证病例
782	2025-05-28	Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice 2025-May-24, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008 PMID:40419113	研究论文	本研究通过建立老年小鼠COVID-19模型，揭示了老年个体中SARS-CoV-2感染后免疫细胞景观的变化及炎症反应过度激活的机制	首次在老年小鼠模型中揭示了efferocytosis（凋亡细胞清除）功能受损与COVID-19严重程度的关系	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究老年个体COVID-19病情加重的免疫学机制	老年小鼠的肺组织免疫细胞	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析	老年小鼠COVID-19模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
783	2025-05-28	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-Binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2025-May-22, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321173 PMID:40401371	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4/5在肺动脉高压（PAH）中调控内皮细胞糖酵解和动脉编程的作用	首次发现FABP4/5在肺动脉高压中的关键作用，并阐明其通过调控内皮细胞糖酵解和动脉编程促进血管重塑的分子机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化仍需进一步验证	探究FABP4/5在肺动脉高压发病机制中的作用	肺动脉内皮细胞、肺动脉高压患者样本和PH大鼠模型	digital pathology	pulmonary hypertension	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomic analysis, bulk RNA-seq	Egln1Tie2Cre (CKO) mice, Egln1Tie2Cre/Fabp4/5-/- (TKO) mice	RNA-seq data, histology images	患者样本和PH大鼠模型（具体数量未明确说明）
784	2025-05-28	Cell simulation as cell segmentation 2025-May-22, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	research paper	该论文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用ab initio细胞模拟方法，提出Proseg算法，显著提高了细胞分割的形态学合理性和计算效率	仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，未涵盖所有可能的实验条件	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	digital pathology	renal cell carcinoma	spatial transcriptomics	probabilistic segmentation model (Proseg)	spatial transcriptomics data	来自肾细胞癌患者的样本数据
785	2025-05-28	Regulatory network analysis of Dclk1 gene expression reveals a tuft cell-ILC2 axis that inhibits pancreatic tumor progression 2025-May-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115734 PMID:40408246	研究论文	本研究通过Dclk1报告小鼠模型和单细胞RNA测序技术，揭示了Dclk1基因表达的调控网络及其在胰腺肿瘤进展中的作用	发现了Dclk1表达的两种细胞群在胰腺肿瘤进展中的对立作用，并揭示了一种保护性的tuft细胞-ILC2轴机制	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺肿瘤中的相关性需要进一步验证	阐明Dclk1基因表达的调控网络及其在胰腺肿瘤进展中的作用机制	Dclk1表达的细胞群及其在胰腺肿瘤微环境中的功能	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Dclk1报告小鼠模型	基因表达数据	NA
786	2025-05-28	Embryonic mast cells arise from the Cpa3-expressing precursors but not granulocyte-monocyte progenitors 2025-May-22, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2891-1 PMID:40419842	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和新的遗传命运图谱模型，揭示了胚胎期皮肤肥大细胞的起源和发育路径	发现了表达Cpa3的前体细胞群在卵黄囊、胎儿肝脏和外周组织中的顺序出现，并证实它们是皮肤肥大细胞的来源，而非粒细胞-单核细胞前体	研究主要聚焦于胚胎期的发育过程，对成年期肥大细胞的维持和功能未做深入探讨	阐明胚胎期肥大细胞的起源和发育路径	胚胎期肥大细胞及其前体细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞RNA测序、遗传命运图谱模型	NA	基因表达数据	小鼠胚胎期组织（卵黄囊、胎儿肝脏等）及人类早期卵黄囊和胎儿肝脏样本
787	2025-05-28	Controlling Human Stem Cell-Derived Islet Composition Using Magnetic Sorting 2025-May-21, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.29030 PMID:40400171	研究论文	本研究开发了一种磁性激活细胞分选方法，用于富集干细胞来源的胰岛中的CD49a标记细胞，以改善其治疗1型糖尿病的潜力	利用磁性激活细胞分选技术控制干细胞来源胰岛的细胞组成，显著提高了β细胞比例和功能	研究仅针对CD49a标记进行富集，未探索其他可能的细胞表面标记	改善干细胞来源胰岛的细胞组成和功能，以增强其治疗1型糖尿病的效果	人类多能干细胞来源的胰岛细胞	干细胞治疗	1型糖尿病	磁性激活细胞分选、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、免疫染色图像	未明确说明具体数量，使用了人类多能干细胞来源的胰岛细胞
788	2025-05-28	OrthologAL: A Shiny application for quality- aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2025-May-20, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311 PMID:40392208	研究论文	介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据质量感知地转换为人类直系同源数据	开发了一个无需用户编写代码即可进行直系同源转换的工具，并支持多种转录组数据类型	未明确提及工具的转换准确率或性能限制	促进非人类转录组数据的人类直系同源转换，并将药物转录组数据库应用于临床前研究模型	单细胞、单核和空间转录组数据	生物信息学	成神经管细胞瘤和脊髓损伤	单细胞转录组测序、空间转录组测序	Shiny应用程序	基因表达数据	使用了来自GSE129730、E-MTAB-11720、GSE213240和GSE234774等多个数据库的数据
789	2025-05-28	Bi-allelic variants in POPDC2 cause an autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and hypertrophic cardiomyopathy 2025-May-20, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.04.016 PMID:40409267	研究论文	研究发现POPDC2基因的双等位基因变异导致一种表现为心脏传导缺陷和肥厚型心肌病的常染色体隐性综合征	首次发现POPDC2基因的双等位基因变异与人类心脏传导缺陷和肥厚型心肌病的直接关联，并通过实验证实这些变异会削弱POPDC2结合cAMP的能力	肌肉活检未显示明显的肌病，且样本量相对较小（四个家族）	探究POPDC2基因变异与心脏传导缺陷和肥厚型心肌病之间的关系	四个携带POPDC2双等位基因变异的家族	遗传学	心血管疾病	同源建模、体外电生理研究、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据、电生理数据、RNA测序数据	四个家族，超过100万人的群体遗传数据
790	2025-05-28	AI-Driven Multiscale Study on the Mechanism of Polygonati Rhizoma in Regulating Immune Function in STAD 2025-May-20, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.5c00981 PMID:40415801	研究论文	本研究利用AI驱动的网络药理学、生物信息学和单细胞RNA测序技术，揭示了黄精在调节胃腺癌(STAD)肿瘤免疫微环境中的多靶点机制	首次结合AI技术、网络药理学和单细胞RNA测序，系统揭示黄精在STAD中的免疫调节和抗肿瘤机制	研究主要基于计算预测和体外实验，需要进一步的体内实验和临床研究验证	探索黄精在胃腺癌中的免疫调节机制	黄精的活性成分及其在胃腺癌中的作用靶点	生物信息学	胃腺癌	AI驱动的网络药理学、生物信息学分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	5,569个免疫相关基因(来自GeneCards)，18个重叠差异表达基因
791	2025-05-28	Single-Cell RNA Sequencing in Incontinentia Pigmenti With Neonatal Encephalopathy Reveals Broad Immune Activation Moderated by Steroids 2025-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200358 PMID:40020213	研究论文	通过单细胞RNA测序研究色素失禁症伴新生儿脑病患者的免疫激活状态及类固醇治疗的影响	首次在单细胞水平上揭示了色素失禁症患者的广泛免疫激活状态及类固醇治疗的调节作用	样本量较小（n=1），研究结果可能需要更大样本验证	探究色素失禁症伴新生儿脑病患者的细胞特异性基因表达及类固醇治疗的影响	色素失禁症伴新生儿脑病患者	单细胞测序	色素失禁症	scRNAseq	NA	RNA测序数据	1例患者（治疗前后）和1例健康对照
792	2025-05-28	Spatially resolved transcriptomic profiling for glomerular and tubulointerstitial gene expression in C3 glomerulopathy 2025-May, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfaf139 PMID:40416397	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探究了C3肾小球病的肾小球和肾小管间质基因表达特征	首次在C3肾小球病中应用空间转录组学技术进行亚结构特异性基因表达分析	样本量较小（3例C3G病例），且仅使用体外实验进行验证	揭示C3肾小球病的转录组特征及其病理机制	C3肾小球病患者的肾脏活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学（GeoMx Digital Spatial Profiler）	NA	转录组数据	3例C3G病例、7例对照样本和41例其他肾小球肾炎样本
793	2025-05-28	Data standards for single-cell RNA-sequencing of paediatric cancer 2025-May, Clinical & translational immunology IF:4.6Q2 DOI:10.1002/cti2.70033 PMID:40416408	研究论文	本文系统评估了公开可用的儿科癌症单细胞RNA测序数据集，提出了改进数据存储实践的建议框架	首次系统评估儿科癌症scRNA-seq数据的存储现状，并提出标准化建议框架	仅关注儿科癌症领域，未涉及其他疾病类型的scRNA-seq数据	改善儿科癌症研究中单细胞RNA测序数据的存储标准和使用效率	公开可用的儿科癌症单细胞RNA测序数据集	基因组学	儿科癌症	scRNA-seq	NA	基因表达数据	488个临床样本，超过130万个细胞
794	2025-05-28	Revolutionizing cancer treatment: Navigating the intricate landscape of cellular signaling networks 2025-May, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University IF:2.1Q3 DOI:10.17219/acem/205024 PMID:40418208	research paper	探讨癌症治疗中细胞信号网络的动态重编程及其对治疗抵抗的影响	利用单细胞多组学、空间转录组学和AI驱动的网络建模等创新技术解析癌症的适应性机制	未提及具体研究样本大小或数据类型的限制	通过整合系统生物学与计算和实验方法，设计能够克服癌症进化抵抗力的适应性疗法	肿瘤细胞、非编码基因组和微环境之间的动态交互作用	systems biology	cancer	single-cell multi-omics, spatial transcriptomics, AI-powered network modeling	AI-powered network modeling	multi-omics data, spatial transcriptomics data	NA
795	2025-05-28	An integrated machine learning model of transcriptomic genes in multi-center chronic obstructive pulmonary disease reveals the causal role of TIMP4 in airway epithelial cell 2025-Apr-23, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03238-1 PMID:40269868	研究论文	本研究通过整合多中心慢性阻塞性肺疾病(COPD)的转录组数据，利用机器学习方法识别了13个潜在致病基因，并验证了TIMP4在COPD发病机制中的关键作用	首次整合多中心COPD数据构建13基因模型，并发现TIMP4作为核心致病基因在纤毛细胞中的作用机制	研究样本来自两个中心，可能需要更大规模验证；体外功能验证仍需进一步深入	识别COPD发病机制中独立于患者变异性的核心基因集	COPD患者的肺组织样本	机器学习	慢性阻塞性肺疾病	加权基因共表达网络分析(WGCNA)，单细胞测序，孟德尔随机化	机器学习模型	转录组数据	来自两个中心的COPD患者肺组织样本
796	2025-05-28	Piezo1-Mediated Calcium Flux Transfers Mechanosignal to Yes-Associated Protein to Stimulate Matrix Production in Keloid 2025-Apr-18, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.03.039 PMID:40254148	研究论文	该研究揭示了Piezo1介导的钙流通过Yes相关蛋白（YAP）刺激瘢痕疙瘩中基质产生的机制	首次发现Piezo1和YAP在瘢痕疙瘩成纤维细胞中的相关性，并证实它们作为促粘连信号环的上游信号	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探索机械力诱导的促粘连信号通路在瘢痕疙瘩形成中的作用	人类瘢痕疙瘩成纤维细胞和患者来源的瘢痕疙瘩异种移植模型	细胞生物学	瘢痕疙瘩	单细胞转录组分析、原子力显微镜、钙离子敏感荧光指示剂Fluo-3/AM、双标记免疫荧光染色	NA	转录组数据、显微镜图像数据	人类瘢痕疙瘩成纤维细胞和患者来源的异种移植模型
797	2025-05-28	Multiparametric Profiling of Circulating Immune Cells Identifies an Expansion of CD25high Switched Memory B Cells in Osteoarthritis 2025-Apr-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43186 PMID:40229860	research paper	该研究通过单细胞分辨率的多参数分析，识别出骨关节炎患者循环免疫细胞中的CD25高表达转换记忆B细胞扩增	首次在骨关节炎患者中鉴定出CD25高表达转换记忆B细胞亚群作为潜在的细胞生物标志物	样本量较小（21名健康供体，17名OA患者，10名DMT患者），且仅分析了外周血单个核细胞	寻找骨关节炎的新型生物标志物	骨关节炎患者的循环免疫细胞	免疫学	骨关节炎	质谱流式细胞术（CyTOF），单细胞RNA测序	NA	单细胞蛋白质组数据，单细胞转录组数据	48人（21名健康供体，17名OA患者，10名DMT患者）
798	2025-05-28	A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies 2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770 PMID:39745391	research paper	该研究是一项I期临床试验，评估在低级别B细胞淋巴瘤患者中，将OX40激动剂与SD101原位疫苗联合使用的效果	首次在人体临床试验中测试OX40激动剂与TLR9激动剂SD101联合使用的效果，探索从小鼠模型到人类研究的转化挑战	临床结果与临床前小鼠模型结果存在显著差异，治疗效果不如单独使用TLR9激动剂和低剂量放疗	评估OX40激动剂与SD101联合治疗低级别B细胞淋巴瘤的安全性和有效性	14名低级别B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	B细胞淋巴瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	临床数据、分子生物学数据	14名患者
799	2025-05-28	A single-cell RNA sequencing dataset of peripheral blood cells in long COVID patients on herbal therapy 2025-Jan-30, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04510-1 PMID:39885244	research paper	该研究提供了一个关于长期COVID患者在接受草药治疗后外周血细胞的单细胞RNA测序数据集	首次提供了针对长期COVID患者使用草药治疗后的单细胞RNA测序数据，为理解草药在长期COVID管理中的作用提供了新资源	对草药治疗长期COVID的有效性和安全性的理解仍然有限	研究草药治疗对长期COVID患者免疫细胞群的影响	长期COVID患者的外周血细胞	digital pathology	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	181,205个通过质量控制的外周血细胞
800	2025-05-28	A quantitative prediction method utilizing whole omics data for biosensing 2025-01-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84323-1 PMID:39870652	research paper	本文介绍了一种名为OmicSense的定量预测方法，利用全组学数据进行生物传感	OmicSense采用高斯混合模型作为概率分布，能够准确且稳健地预测生物标志物，避免过拟合，并在单细胞转录组、代谢组和微生物组数据中表现出高预测性能	未明确提及具体局限性	开发一种能够充分利用组学数据进行生物标志物预测的方法	组学数据（转录组、代谢组、微生物组）	生物信息学	NA	加权基因共表达网络分析	高斯混合模型	组学数据（转录组、代谢组、微生物组）	未明确提及具体样本数量