单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-05-04	High-resolution single-cell RNA-seq data and heterogeneity analysis of human ESCs and ffEPSCs 2025-Apr-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05024-6 PMID:40263373	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术对人类无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)及其亲本人类胚胎干细胞(ESCs)进行了全面的转录组分析，为理解人类早期发育和多能性的细胞异质性提供了新见解	利用Smart-seq2单细胞RNA测序技术比较了ESCs和ffEPSCs的基因表达谱，发现了两种细胞群中的不同亚群，并通过伪时间分析揭示了从ESCs向ffEPSCs转变的关键分子通路	NA	深入理解人类早期多能性和扩展多能状态的分子机制	人类无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)和人类胚胎干细胞(ESCs)	stem cell biology	NA	Smart-seq2-based single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), pseudotime analysis, repeat sequence analysis	NA	single-cell RNA-seq data	NA
782	2025-05-04	Single-cell Rapid Capture Hybridization sequencing reliably detects isoform usage and coding mutations in targeted genes 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279322.124 PMID:39794120	research paper	开发了一种名为scRaCH-seq的单细胞快速捕获杂交测序方法，用于高特异性和高效地捕获目标转录本，以深入分析感兴趣基因的突变状态和转录本使用情况	scRaCH-seq方法结合了长读长测序技术，能够高效捕获目标转录本，并可与现有的短读长RNA-seq数据集结合分析	尽管能够高效捕获目标转录本，但该方法在抗癌药物venetoclax敏感性方面未显示出影响	开发一种高效的单细胞测序方法，用于分析目标基因的突变状态和转录本使用情况	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者的样本	单细胞基因组学	慢性淋巴细胞白血病	scRaCH-seq, 长读长测序, Oxford Nanopore Technologies	NA	RNA-seq数据	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者的样本
783	2025-05-04	Long-read single-cell RNA sequencing enables the study of cancer subclone-specific genotypes and phenotypes in chronic lymphocytic leukemia 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279049.124 PMID:39965935	研究论文	本研究利用长读长单细胞RNA测序技术（MAS-seq）研究慢性淋巴细胞白血病（CLL）中癌症亚克隆的基因型和表型	使用长读长单细胞RNA测序技术（MAS-seq）显著提高转录本覆盖范围，并扩展了将细胞与癌症亚克隆联系起来的信息突变集	研究样本量较小，仅涉及六名CLL患者	研究携带特定突变的癌症亚克隆，并确定这些亚克隆是否表现出独特的转录组行为	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者中的癌症亚克隆	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	长读长单细胞RNA测序（MAS-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scBayes	RNA测序数据	六名CLL患者
784	2025-05-04	Integrating short-read and long-read single-cell RNA sequencing for comprehensive transcriptome profiling in mouse retina 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279167.124 PMID:40050124	研究论文	本研究通过整合短读长和长读长单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠视网膜细胞的转录组	首次系统比较了单细胞长读长和传统短读长RNA测序技术，发现了大量未表征的转录本异构体	研究仅限于小鼠视网膜细胞，未涉及其他组织或人类样本	建立高效的转录本异构体表征方法，研究视网膜生物学中的可变剪接机制	小鼠视网膜细胞	转录组学	NA	单细胞RNA测序（短读长Illumina和长读长ONT技术）	NA	RNA测序数据	约30,000个小鼠视网膜细胞，包含15.4亿条Illumina短读长和14亿条ONT长读长数据
785	2025-05-04	Accurate fusion transcript identification from long- and short-read isoform sequencing at bulk or single-cell resolution 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279200.124 PMID:40086881	研究论文	开发了一种新的计算工具CTAT-LR-Fusion，用于从长读RNA测序中检测融合转录本，适用于批量或单细胞转录组	CTAT-LR-Fusion工具能够从长读RNA测序中高精度检测融合转录本，且支持批量或单细胞样本	未明确提及具体限制，但可能依赖于长读测序技术的可用性和数据质量	提高融合转录本检测的准确性，以支持癌症临床诊断、预后和治疗开发	批量或单细胞转录组数据，包括九种肿瘤细胞系和来自黑色素瘤及三种转移性高级别浆液性卵巢癌样本的肿瘤单细胞	生物信息学	癌症（包括黑色素瘤和卵巢癌）	长读RNA测序（可能包括ONT或PacBio）和短读RNA测序（Illumina）	CTAT-LR-Fusion（专有计算工具）	RNA测序数据	九种肿瘤细胞系的批量转录组数据，以及来自黑色素瘤和三种转移性高级别浆液性卵巢癌样本的单细胞数据
786	2025-05-04	Single-cell transcriptome analysis revealing mechanotransduction via the Hippo/YAP pathway in promoting fibroblast-to-myofibroblast transition and idiopathic pulmonary fibrosis development 2025-Apr-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149271 PMID:39855369	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示机械转导通过Hippo/YAP途径促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转变及特发性肺纤维化发展的分子机制	揭示了机械转导通过Hippo/YAP途径在肌成纤维细胞转化和特发性肺纤维化发展中的关键作用	研究主要基于体外细胞实验，未涉及动物模型验证	探索特发性肺纤维化发展的潜在分子机制	特发性肺纤维化患者的肺组织样本和健康个体的样本	数字病理	特发性肺纤维化	单细胞转录组测序、GO和KEGG富集分析、免疫荧光定位	NA	转录组数据、单细胞测序数据	IPF患者和健康个体的肺组织样本
787	2025-05-04	Comparison of Lean, Obese, and Weight-Loss Models Reveals TREM2 Deficiency Attenuates Breast Cancer Growth Uniquely in Lean Mice and Alters Clonal T-cell Populations 2025-Apr-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3511 PMID:39841585	research paper	本研究探讨了肥胖、瘦身和体重减轻模型下TREM2缺陷对绝经后乳腺癌生长的影响，并揭示了TREM2缺陷在瘦小鼠中独特地抑制肿瘤生长的机制	揭示了TREM2缺陷在瘦小鼠中独特抑制肿瘤生长的机制，并发现体重历史影响TREM2抑制和抗PD-1治疗的疗效	研究局限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨肥胖与乳腺癌关联的机制及体重减轻的潜在益处	瘦、肥胖和体重减轻的小鼠模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、可变-多样-连接测序（VDJ测序）	小鼠模型	RNA测序数据、免疫细胞数据	多种饮食-基因型组合的小鼠样本
788	2025-05-04	Hypoxia Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer by Inducing POSTN+ Cancer-Associated Fibroblast Formation 2025-Apr, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23882 PMID:39835715	research paper	该研究探讨了缺氧如何通过诱导POSTN+癌症相关成纤维细胞（CAF）的形成促进结直肠癌（CRC）的恶性进展	识别了与缺氧密切相关的POSTN+Fib CAF亚群，并开发了POSTNFib缺氧相关风险模型（PFHRM）用于预测CRC患者的生存和免疫治疗反应	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索缺氧对结直肠癌免疫微环境的调控机制	结直肠癌患者和癌症相关成纤维细胞	digital pathology	colorectal cancer	bulk RNA sequencing, scRNA-seq, bioinformatics analysis	machine learning correlation model	RNA sequencing data, clinicopathological information	来自TCGA和GEO数据库的CRC患者数据
789	2025-05-04	Spatial transcriptomics and single-cell RNA-sequencing revealed dendritic cell-mediated inflammation in keratoconus 2025-Apr, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.01.008 PMID:39837422	研究论文	本研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术揭示了树突状细胞介导的炎症在圆锥角膜中的作用	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术揭示了圆锥角膜中复杂的区域性炎症变化及树突状细胞与基质细胞的相互作用机制	研究主要关注炎症机制，可能未全面覆盖圆锥角膜的其他病理因素	探究圆锥角膜的分子和细胞变化机制，特别是炎症反应的作用	圆锥角膜患者的角膜组织	数字病理学	圆锥角膜	空间转录组学, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
790	2025-05-04	Astragalus polysaccharide reduces the severity of acute pancreatitis under a high-fat diet through enriching L. reuteri and propionate 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140021 PMID:39837455	研究论文	研究黄芪多糖在高脂饮食下通过富集罗伊氏乳杆菌和丙酸盐减轻急性胰腺炎严重程度的作用机制	揭示了黄芪多糖通过调节肠道菌群和抑制NF-κB/坏死性凋亡通路减轻急性胰腺炎的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究黄芪多糖对高脂饮食诱导的急性胰腺炎的保护作用及其机制	高脂饮食诱导的急性胰腺炎小鼠模型	消化系统疾病研究	急性胰腺炎	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	分子生物学数据、微生物组数据	未明确提及具体样本数量，使用小鼠模型
791	2025-05-04	Single-cell RNA sequencing reveals the role of immune-related autophagy in aseptic loosening of biomaterials bone-implant 2025-Apr, Biomaterials advances IF:5.5Q2 DOI:10.1016/j.bioadv.2025.214190 PMID:39842168	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了免疫相关自噬在生物材料骨植入物无菌性松动（AL）机制中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示AL组织中细胞景观，并发现自噬相关基因Ctsb在AL中下调，特别是在巨噬细胞中	未明确说明样本量大小及具体实验验证的详细数据	研究免疫相关自噬在生物材料骨植入物无菌性松动机制中的作用	AL组织中的免疫细胞亚群（巨噬细胞和中性粒细胞）	生物医学工程	骨科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
792	2025-05-04	M2 macrophages regulate nucleus pulposus cell extracellular matrix synthesis through the OPN-CD44 axis in intervertebral disc degeneration 2025-Apr, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.12.007 PMID:39842659	研究论文	本研究探讨了M2巨噬细胞通过OPN-CD44轴调节髓核细胞外基质合成在椎间盘退变中的作用	揭示了巨噬细胞通过OPN-CD44轴调节髓核细胞外基质合成的新机制，为椎间盘退变的治疗提供了新的靶点	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	探究巨噬细胞在椎间盘退变中的作用机制	巨噬细胞和髓核细胞	生物医学	椎间盘退变	单细胞转录组测序、免疫中和抗体和siRNA干扰	NA	转录组数据和细胞培养数据	人类髓核标本、腰椎不稳小鼠和纤维环穿刺小鼠
793	2025-05-04	Deciphering chondrocyte diversity in diabetic osteoarthritis through single-cell transcriptomics 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108356 PMID:39848169	research paper	通过单细胞转录组学解析糖尿病骨关节炎中软骨细胞的多样性	发现了一种新的软骨细胞亚群——'热休克'软骨细胞，并揭示了糖尿病骨关节炎中炎症通路的显著上调及细胞间信号传导的减弱	未提及样本量或实验设计的详细限制	阐明骨关节炎和糖尿病骨关节炎在细胞和分子机制上的差异	软骨细胞	digital pathology	骨关节炎, 糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
794	2025-05-04	Insulin-like growth factor 2 as a driving force for exponential expansion and differentiation of the neonatal thymus 2025-Apr-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204347 PMID:40110795	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胰岛素样生长因子2（IGF2）在新生儿胸腺扩张和分化中的关键作用	首次发现成纤维细胞衍生的IGF2在促进皮质胸腺上皮细胞增殖和分化中的核心作用，并揭示了其在胸腺生长转变中的严格调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限	探究胸腺从快速生长期向稳态转变的分子机制	小鼠和人类胸腺基质细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠和人类胸腺组织
795	2025-05-04	Resolving spatiotemporal dynamics in bacterial multicellular populations: approaches and challenges 2025-Mar-27, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR IF:8.0Q1 DOI:10.1128/mmbr.00138-24 PMID:39853129	综述	本文综述了研究细菌多细胞群体时空动态的方法与挑战	强调了单细胞技术在细菌多细胞性研究中的创新应用，包括新型显微技术、质谱成像、流式细胞术、空间转录组学等	未提及具体技术的操作限制或数据解释的潜在偏差	探索细菌多细胞群体的组装与动态，理解个体细胞对集体功能的贡献	分化的细菌生物膜（菌落）中的个体细胞	微生物学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、显微技术、质谱成像、流式细胞术、微流体培养系统	NA	单细胞时空转录组数据、显微图像	未明确样本量，聚焦于技术方法而非具体实验样本
796	2025-05-04	Identify and analyze ferroptosis-related molecular modules and immune signatures in epilepsy using microarray-based transcriptome profiling and single-cell sequencing 2025-Mar-20, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149227 PMID:39848347	research paper	通过微阵列转录组分析和单细胞测序技术，研究癫痫中铁死亡相关分子模块和免疫特征的识别与分析	首次结合两种机器学习算法识别出癫痫中铁死亡相关的三个Hub基因（RELA、TFRC、QSOX1），并通过单细胞分析揭示了SPP1信号通路在星形胶质细胞和小胶质细胞中的过度激活	研究主要基于公开数据库的数据，可能需要进一步实验验证	探索癫痫中铁死亡相关基因的分子机制和免疫学特征	癫痫患者的血液和脑组织样本	生物信息学	癫痫	微阵列转录组分析、单细胞测序、RT-qPCR、Western Blot	机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的癫痫血液和脑组织数据集
797	2025-05-04	The XCL1-XCR1 axis supports intestinal tissue residency and antitumor immunity 2025-Mar-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20240776 PMID:39841133	研究论文	研究XCL1-XCR1轴在肠道组织驻留记忆T细胞（TRM）形成和抗肿瘤免疫中的作用	揭示了XCL1-XCR1轴在指导肠道CD8+ TRM空间分化和肿瘤控制中的非细胞自主作用	未明确XCL1-XCR1轴在其他组织或疾病模型中的作用	探究TRM分化和功能的细胞间相互作用机制	小鼠遗传模型、人类肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和TRM	免疫学	肿瘤	靶向空间转录组学	NA	转录组数据	NA
798	2025-05-04	Novel Meningoencephalomyelitis Associated With Vimentin IgG Autoantibodies 2025-Mar-01, JAMA neurology IF:20.4Q1 DOI:10.1001/jamaneurol.2024.4763 PMID:39836414	研究论文	本研究描述了一种与抗波形蛋白IgG自身抗体相关的新型脑膜脑脊髓炎综合征	首次在未分型的脑膜脑脊髓炎患者中发现针对星形胶质细胞中间丝蛋白波形蛋白的自身抗体	样本量较小（14例患者），且为回顾性研究	鉴定中枢神经系统自身免疫性疾病中未知的星形胶质细胞自身抗体	未分型中枢神经系统自身免疫性疾病患者	神经免疫学	脑膜脑脊髓炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基于细胞的检测、基于组织的检测	NA	临床数据、影像学数据、实验室检测数据	14例患者（10例女性，中位年龄33岁）
799	2025-05-04	Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009 PMID:39837466	review	本文综述了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用，重点介绍了数据处理和分析方法	通过保留细胞的空间定位信息，空间转录组学技术提供了传统转录组学方法无法获得的组织结构和细胞相互作用的关键见解	NA	探讨空间转录组学技术在过敏和炎症研究中的应用及其对疾病机制理解的贡献	过敏和炎症相关疾病（如特应性皮炎和慢性阻塞性肺病）中的细胞网络和相互作用	digital pathology	allergy and inflammation	spatial transcriptomics	NA	gene-level expression data with spatial localization	NA
800	2025-05-04	Targeting MAPK14 by Lobeline Upregulates Slurp1-Mediated Inhibition of Alternative Activation of TAM and Retards Colorectal Cancer Growth 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407900 PMID:39840525	research paper	该研究探讨了洛贝林通过靶向MAPK14上调Slurp1介导的TAM替代激活抑制，从而延缓结直肠癌生长的机制	发现洛贝林通过Slurp1依赖性方式发挥抗肿瘤作用，并揭示其通过抑制MAPK14核转位增强SLURP1转录和分泌的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索结直肠癌免疫抑制微环境的调控机制及潜在治疗策略	结直肠癌小鼠模型、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、Slurp1蛋白	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	scRNA-seq分析、靶向响应可及性分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠肿瘤模型进行研究