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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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61 | 2025-10-17 |
Leptin Aggravates Thoracic Aortic Dissection Through Impairment of Energy Metabolism in Nrip2+ Smooth Muscle Cells
2025-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202502027
PMID:40667784
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研究论文 | 本研究探讨瘦素通过影响Nrip2+平滑肌细胞的能量代谢加剧胸主动脉夹层的机制 | 发现新型Nrip2平滑肌细胞亚群及其在瘦素诱导的血管平滑肌细胞表型转换中的保护作用 | 研究主要基于动物模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 阐明肥胖相关瘦素升高在胸主动脉夹层发病机制中的作用 | 瘦素敲除小鼠和胸主动脉夹层患者的血管平滑肌细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 动物模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
62 | 2025-10-17 |
PLAUR+ Neutrophils Drive Anti-PD-1 Therapy Resistance in Patients with Hepatocellular Carcinoma by Shaping an Immunosuppressive Microenvironment
2025-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507167
PMID:40673864
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研究论文 | 本研究揭示PLAUR+中性粒细胞通过塑造免疫抑制微环境驱动肝细胞癌患者抗PD-1治疗耐药 | 首次发现PLAUR+中性粒细胞是免疫治疗耐药的关键驱动因素,并开发出新型PLAUR抑制剂 | NA | 探索肝细胞癌免疫治疗耐药的机制并开发逆转策略 | 肝细胞癌患者和临床前模型中的中性粒细胞亚群 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,多组学分析,基于结构的虚拟筛选 | NA | 转录组数据,空间表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
63 | 2025-10-17 |
Single-Cell Analyses Reveal a Functionally Heterogeneous Exhausted CD8+ T-cell Subpopulation That Is Correlated with Response to Checkpoint Therapy in Melanoma
2025-Apr-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3918
PMID:40042995
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研究论文 | 通过单细胞分析发现与黑色素瘤检查点治疗反应相关的功能异质性耗竭CD8+ T细胞亚群 | 识别出PD-1和CTLA4共表达(CPHi)的CD8+ TIL亚群与治疗反应相关,并揭示该亚群的功能异质性 | 研究主要关注晚期黑色素瘤患者,结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 寻找能够预测免疫检查点抑制剂治疗反应的生物标志物 | 晚期黑色素瘤患者的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞(TIL) | 免疫肿瘤学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
64 | 2025-10-17 |
Comprehensive analysis of cuproptosis-related genes involved in immune infiltration and their use in the diagnosis of hepatic ischemia-reperfusion injury: an experimental study
2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001893
PMID:38935114
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研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证,研究铜死亡相关基因在肝缺血再灌注损伤中的免疫浸润作用及诊断价值 | 首次系统分析铜死亡相关基因在HIRI中的作用,构建基于8个特征DE-CRGs的诊断模型,并验证其与免疫浸润的关联 | 研究主要基于公共数据库数据,动物模型验证仅部分确认了7个DE-CRGs | 探索铜死亡在肝缺血再灌注损伤中的作用机制及诊断价值 | 肝缺血再灌注损伤患者样本和动物模型 | 生物信息学 | 肝缺血再灌注损伤 | 基因表达分析,单细胞测序,机器学习算法 | LASSO逻辑回归,诺模图模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | GSE151648数据集,GSE14951微阵列数据集,GSE171539单细胞测序数据集,HIRI小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,微阵列 | NA | NA |
65 | 2025-10-17 |
Antibiotic use attenuates response to immune checkpoint blockade in urothelial carcinoma via inhibiting CD74-MIF/COPA: revealing cross-talk between anti-bacterial immunity and ant-itumor immunity
2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001901
PMID:38995167
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研究论文 | 本研究探讨抗生素使用通过抑制CD74-MIF/COPA信号通路削弱尿路上皮癌患者对免疫检查点阻断治疗的应答 | 首次通过单细胞分析揭示肿瘤内细菌通过CD74-MIF/COPA信号通路连接抗菌免疫与抗肿瘤免疫的分子机制 | 研究基于观察性数据和回顾性分析,需要进一步实验验证因果关系 | 评估抗生素使用对尿路上皮癌患者免疫检查点阻断治疗效果的影响并探索分子机制 | 尿路上皮癌患者 | 肿瘤免疫学 | 尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序,单细胞微生物组分析,批量RNA测序 | NA | 临床数据,转录组数据,微生物组数据 | 3496例尿路上皮癌患者,8个UC样本和63185个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
66 | 2025-10-17 |
Artificial intelligence-based multi-modal multi-tasks analysis reveals tumor molecular heterogeneity, predicts preoperative lymph node metastasis and prognosis in papillary thyroid carcinoma: a retrospective study
2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001875
PMID:38990290
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研究论文 | 本研究通过人工智能多模态多任务分析揭示甲状腺乳头状癌的分子异质性,并预测术前淋巴结转移和预后 | 开发了整合组织病理学图像、基因组、转录组和免疫细胞数据的深度学习多模态模型,首次在PTC中实现多维度预测 | 回顾性研究设计,样本来源有限,需要前瞻性验证 | 探索PTC分子异质性,预测淋巴结转移和疾病无进展生存期 | 甲状腺乳头状癌患者 | 数字病理 | 甲状腺癌 | DNA二代测序,单细胞RNA测序,深度学习 | 深度学习多模态模型,GradCAM | 组织病理图像,基因组数据,转录组数据,免疫细胞数据 | 1011例PTC患者(256例来自队列1,275例来自队列2,490例来自TCGA) | NA | 单细胞RNA测序,DNA二代测序 | NA | NA |
67 | 2025-10-17 |
Integrative Multiomics in the Lung Reveals a Protective Role of Asporin in Pulmonary Arterial Hypertension
2024-Oct-15, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 通过整合多组学方法研究肺动脉高压,发现asporin在肺血管中发挥保护作用 | 发现ASPN基因编码的asporin是肺动脉高压中的新型保护性靶点,具有治疗潜力 | 获取人类肺动脉高压肺样本较为困难,样本量相对有限 | 阐明肺动脉高压的病理生物学机制并发现新的治疗靶点 | 肺动脉高压患者肺组织样本、肺动脉平滑肌细胞、Sugen-低氧大鼠模型 | 多组学整合分析 | 肺动脉高压 | 转录组分析、全基因组关联研究、贝叶斯调控网络、单细胞转录组学、药物转录组学 | 贝叶斯网络、动物模型 | 转录组数据、临床病理数据、单细胞数据 | 96例疾病样本和52例对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析, 多组学整合 | NA | NA |
68 | 2025-10-17 |
YAP1 Status Defines Two Intrinsic Subtypes of LCNEC with Distinct Molecular Features and Therapeutic Vulnerabilities
2024-Oct-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0361
PMID:39150543
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研究论文 | 本研究通过YAP1状态将大细胞神经内分泌癌分为两个具有不同分子特征和治疗脆弱性的亚型 | 首次发现YAP1状态可定义LCNEC的两个内在亚型,并揭示了各自独特的分子特征和治疗脆弱性 | 研究样本量有限,主要基于细胞系和核心针活检样本 | 阐明大细胞神经内分泌癌的生物学特征并探索个性化治疗策略 | LCNEC细胞系、患者基因组数据和临床前模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组化、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、图像、序列数据 | LCNEC患者核心针活检样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
69 | 2025-10-17 |
A call for a unified and multimodal definition of cellular identity in the enteric nervous system
2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.15.575794
PMID:38293133
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评论 | 本文呼吁建立统一的多模态细胞身份定义方法以研究肠神经系统 | 强调整合多组学数据和创新技术来重新定义肠神经系统细胞身份 | 当前研究过度依赖转录组数据且缺乏组织验证 | 建立肠神经系统细胞身份的统一定义标准 | 小鼠和人类肠神经系统数据集 | 单细胞生物学 | 肠神经病变 | 单细胞转录组测序, 多重成像, 电生理学, 空间转录组学, 表观基因组分析, 蛋白质组学, 代谢组学 | 差异基因表达分析, 模块评分, 共表达分析, 层次聚类, 数据整合, 标签转移 | 单细胞转录组数据, 多组学数据 | 多个独立报告的ENS数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学分析 | NA | NA |
70 | 2025-10-17 |
Stomach encyclopedia: Combined single-cell and spatial transcriptomics reveal cell diversity and homeostatic regulation of human stomach
2023-10-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113236
PMID:37819756
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学技术构建人类胃部细胞图谱,揭示胃部细胞多样性和稳态调控机制 | 构建了迄今为止最大的胃部单细胞和空间转录组数据集,发现LEFTY1作为未表征的干细胞标志物 | NA | 阐明人类胃部的精确细胞生物学特征和稳态调控机制 | 人类胃部组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 约380,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
71 | 2025-10-16 |
From Harmony to Discord: Multicellular Coordination in Tissues and Its Rewiring in Cancer
2025-Oct-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3155
PMID:40698653
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评论 | 讨论CoVarNet计算框架如何通过单细胞和空间转录组学解析多细胞模块在组织中的协调作用及其在癌症中的重编程 | 提出从细胞中心生物学向生态系统水平生物学的概念转变,开发可映射跨组织多细胞模块的通用计算框架 | 模块化组织生物学中仍存在未解决的问题 | 研究组织水平的多细胞协调机制及其在癌症中的重编程 | 35种人体组织中的多细胞模块 | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | CoVarNet | 单细胞数据, 空间转录组数据 | 35种人体组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
72 | 2025-10-16 |
Tumor-resident probiotic Clostridium butyricum improves aPD-1 efficacy in colorectal cancer models by inhibiting IL-6-mediated immunosuppression
2025-Oct-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.07.012
PMID:40780216
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研究论文 | 本研究鉴定出丁酸梭菌作为益生菌可通过抑制IL-6介导的免疫抑制增强抗PD-1疗法在结直肠癌模型中的疗效 | 首次发现丁酸梭菌表面蛋白secD通过结合GRP78受体抑制PI3K-AKT-NF-κB通路,减少免疫抑制因子IL-6分泌,从而增强免疫检查点阻断疗效 | 研究主要基于小鼠模型和类器官共培养系统,尚未在人体临床试验中验证 | 探索增强结直肠癌免疫检查点阻断疗法疗效的新策略 | 结直肠癌模型、丁酸梭菌、免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 类器官共培养 | NA | 基因表达数据 | 多种结直肠癌模型(原位移植瘤、AOM/DSS诱导模型、无菌小鼠、人源化小鼠) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
73 | 2025-10-16 |
Fibroblast-derived PI16 enhances tumor immune-suppressive microenvironment via inducing Tregs differentiation
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01090-5
PMID:40694273
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研究论文 | 本研究探讨了成纤维细胞来源的PI16通过诱导调节性T细胞分化增强食管鳞癌免疫抑制微环境的作用机制 | 首次发现PI16+成纤维细胞亚群通过DOCK2依赖性机制促进初始CD4+ T细胞向Tregs分化,揭示了肿瘤免疫抑制微环境的新调控机制 | 研究主要聚焦于PI16-DOCK2轴,可能还存在其他未被发现的调控通路;临床样本量有限 | 探究成纤维细胞来源的PI16在食管鳞癌肿瘤微环境中的免疫调节功能 | 食管鳞癌患者样本、成纤维细胞、初始CD4+ T细胞、调节性T细胞 | 肿瘤免疫学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序,细胞共培养,免疫沉淀,质谱分析,多重荧光免疫组化 | NA | 单细胞RNA测序数据,蛋白质相互作用数据,免疫组化图像数据 | 公共单细胞RNA测序数据集GSE203115,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
74 | 2025-10-16 |
Single-cell transcriptomics redefines focal neuroendocrine differentiation as a distinct prostate cancer pathology
2025-Oct, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70099
PMID:40705968
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研究论文 | 通过单细胞转录组学重新定义局灶性神经内分泌分化为独特的前列腺癌病理类型 | 首次在单细胞水平揭示不同神经内分泌前列腺癌病理亚型具有独特的转录特征和信号通路富集模式 | 研究样本量相对有限(9个患者来源的异种移植模型),需要更大规模验证 | 探究神经内分泌前列腺癌不同病理亚型的转录异质性 | 神经内分泌前列腺癌肿瘤细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18,632个肿瘤细胞,来自9个患者来源的异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
75 | 2025-10-16 |
Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues
2025-Sep, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190
PMID:40311874
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研究论文 | 评估临床来源人体组织中空间转录组学技术的严谨性和可重复性 | 首次系统评估数字空间分析技术在临床样本中的技术性能,并比较多细胞与单细胞分辨率平台的差异 | 主要聚焦于数字空间分析技术,仅使用肾脏组织和活检样本作为示例 | 评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的应用可行性 | 临床来源的人类肾脏组织和活检样本 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学,数字空间分析,单分子成像 | NA | 基因表达空间定位数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 数字空间分析平台,单分子成像仪 |
76 | 2025-10-16 |
Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection and bystander activation
2025-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645108
PMID:40196489
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研究论文 | 本研究通过CRISPR筛选和单细胞RNA测序技术,揭示了RSV感染细胞与旁观者细胞的转录差异和宿主依赖性 | 首次结合全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序技术,系统分析RSV感染细胞与旁观者激活细胞的转录差异 | 未在摘要中明确说明研究局限性 | 阐明RSV感染的宿主决定因素和宿主反应机制 | RSV感染细胞和未感染的旁观者细胞 | 基因组学 | 呼吸道病毒感染 | 全基因组CRISPR敲除筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
77 | 2025-10-16 |
Comprehensive multi-omics analysis reveals the core role of glycerophospholipid metabolism in the influence of short-chain fatty acids on the development of sepsis
2025-Aug-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13322-7
PMID:40783504
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研究论文 | 通过多组学分析揭示短链脂肪酸通过甘油磷脂代谢途径影响脓毒症发展的核心机制 | 首次整合代谢组学、转录组学、单细胞测序和孟德尔随机化方法,系统阐明短链脂肪酸通过调节甘油磷脂代谢影响脓毒症发展的因果机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据的验证仍需进一步扩展 | 探究短链脂肪酸在脓毒症发展中的具体作用机制 | C57BL/6小鼠和人类转录组数据 | 多组学分析 | 脓毒症 | 非靶向代谢组学, 转录组学, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 | SVM-RFE, LASSO回归 | 代谢组数据, 转录组数据, 单细胞数据 | 60只C57BL/6小鼠,多个公共数据库数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 代谢组学 | NA | NA |
78 | 2025-10-16 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2025-Jul-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03682-8
PMID:40702544
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研究论文 | 提出一种名为Decipher的深度生成模型,用于整合单细胞基因组学数据并可视化正常与异常细胞状态间的转变 | 开发首个能联合建模和可视化正常与扰动单细胞RNA-seq数据中基因表达和细胞状态的深度生成模型 | NA | 开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征正常到异常细胞状态的转变 | 单细胞RNA测序数据中的细胞状态 | 机器学习 | 胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
79 | 2025-10-16 |
Multiplexed single-cell transcriptomics reveals diverse phenotypic outcomes for pathogenic SHP2 variants
2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.30.662374
PMID:40631144
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示致病性SHP2变异导致的不同表型结果 | 结合单细胞转录谱分析与蛋白质生物化学、结构分析和细胞生物学,系统解释致病突变如何失调信号传导 | NA | 理解SHP2结构扰动、细胞结果与人类疾病之间的联系 | 表达临床多样性SHP2变异的细胞 | 单细胞组学 | 努南综合征、癌症 | 单细胞转录组分析、蛋白质生物化学、结构分析、细胞生物学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
80 | 2025-10-16 |
Single-cell and spatial detection of senescent cells using DeepScence
2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.21.568150
PMID:38045252
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研究论文 | 开发基于深度神经网络的DeepScence方法,用于在单细胞和空间转录组数据中检测衰老细胞 | 提出了CoreScence衰老相关基因集,并开发了DeepScence深度学习方法,在多种数据平台上均能准确识别衰老细胞 | NA | 开发准确识别衰老细胞的方法,研究其空间和分子特征 | 衰老细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |