单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-10	scAGCI: an anchor graph-based method for cell clustering from integrated scRNA-seq and scATAC-seq data 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf244 PMID:40622484	研究论文	提出了一种基于锚图的细胞聚类方法scAGCI，用于整合scRNA-seq和scATAC-seq数据	通过动态锚点统一过程捕获特定和共享的锚图，挖掘高阶共享信息以完成组学表示	未明确提及具体局限性	解决单细胞多组学聚类中的噪声和异质性问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	锚图方法	单细胞多组学数据	未明确提及具体样本量
62	2025-07-10	Enhancing Sirt1-mediated deacetylation of p62 with a self-assembling nanopeptide and resveratrol hydrogel to mitigate sepsis-induced inflammation 2025-Jul-02, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157047 PMID:40627928	研究论文	本研究探讨了Sirtuin 1 (Sirt1)在调控巨噬细胞线粒体自噬和免疫代谢重塑中的作用，以减轻脓毒症休克相关的炎症	开发了一种自组装纳米肽和resveratrol复合水凝胶，通过增强Sirt1介导的p62去乙酰化，促进线粒体自噬和免疫代谢重塑，从而减轻脓毒症引起的炎症	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究Sirt1在脓毒症炎症中的调控机制，并开发新的治疗策略	小鼠脓毒症模型和腹膜巨噬细胞	免疫代谢	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫染色、透射电子显微镜(TEM)、代谢组学	小鼠脓毒症模型	基因表达数据、代谢组数据、显微镜图像	未明确说明具体数量，但使用了小鼠模型和体外实验
63	2025-07-10	Multiplexed single-cell transcriptomics reveals diverse phenotypic outcomes for pathogenic SHP2 variants 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.30.662374 PMID:40631144	研究论文	通过单细胞转录组学分析，揭示了致病性SHP2变体的多样化表型结果	结合单细胞转录组学、蛋白质生物化学、结构分析和细胞生物学，解释了致病性突变如何失调信号传导	未提及具体样本量或实验设计的局限性	理解SHP2结构扰动、细胞结果与人类疾病之间的联系	表达临床多样化SHP2变体的细胞	分子生物学	Noonan综合征与多种癌症	单细胞转录组学、蛋白质生物化学、结构分析	NA	转录组数据	NA
64	2025-07-10	MORPH Predicts the Single-Cell Outcome of Genetic Perturbations Across Conditions and Data Modalities 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661992 PMID:40631143	研究论文	本文介绍了一种名为MORPH的模块化框架，用于预测细胞对遗传扰动的响应	MORPH结合了基于差异的变分自编码器和注意力机制，能够预测未见过的扰动、扰动组合以及新细胞环境中的扰动	NA	开发一个预测模型，以支持跨数据类型和细胞环境的遗传扰动响应预测	单细胞转录组学和成像数据	计算生物学	NA	变分自编码器、注意力机制	VAE、注意力机制	单细胞转录组学数据、成像数据	NA
65	2025-07-10	Tissue architecture dynamics underlying immune development and decline in the thymus 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.28.662120 PMID:40631279	研究论文	本研究通过高分辨率空间转录组学和T细胞受体测序技术，揭示了小鼠胸腺在生命周期中的结构和转录变化，以及年龄相关的适应性免疫功能下降的机制	首次结合高分辨率空间转录组学和TCR测序技术，全面解析了胸腺衰老过程中的组织结构变化和免疫微环境重塑	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究胸腺衰老过程中结构和功能的改变及其对适应性免疫功能的影响	小鼠胸腺组织	免疫学	衰老相关免疫衰退	高分辨率空间转录组学，T细胞受体(TCR)测序	NA	空间转录组数据，TCR序列数据	21个小鼠胸腺样本（覆盖整个生命周期）
66	2025-07-10	Linking single-cell transcriptomes with secretion using SEC-seq 2025-Jul, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01112-w PMID:39979460	研究论文	介绍了一种名为SEC-seq的新协议，能够将单个细胞的转录组与分泌蛋白量联系起来	SEC-seq技术首次实现了在单细胞水平上同时分析转录组和分泌蛋白量，为理解细胞分泌机制提供了新工具	技术操作需要特定设备（如流式细胞仪和单细胞RNA测序平台），可能限制其广泛应用	研究细胞分泌表型与基因表达状态之间的关系	T细胞、间充质基质细胞、浆细胞等分泌细胞	单细胞组学	NA	SEC-seq、scRNA-seq、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、分泌蛋白数据	数千个单细胞
67	2025-07-10	HMBOX1 reverses autophagy mediated 5-fluorouracil resistance through promoting HACE1-induced ubiquitination and degradation of ATG5 in colorectal cancer 2025-07, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2025.2477443 PMID:40126194	研究论文	本研究揭示了转录因子HMBOX1通过促进HACE1介导的ATG5泛素化和降解，逆转自噬介导的5-氟尿嘧啶耐药性，从而增强结直肠癌对化疗的敏感性	首次发现HMBOX1通过调控HACE1介导的ATG5泛素化降解途径来抑制自噬，进而逆转结直肠癌对5-FU的耐药性	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	探索结直肠癌化疗耐药性的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞和组织	肿瘤生物学	结直肠癌	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、质谱蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	耐药性结直肠癌细胞和组织样本
68	2025-07-10	Identification and validation of fibroblast-related biomarkers in rheumatoid arthritis by bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-07, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2 DOI:10.55563/clinexprheumatol/x6am51 PMID:40153321	研究论文	通过bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	首次结合单细胞分析和高维加权基因共表达网络分析，识别出与类风湿性关节炎高度相关的成纤维细胞生物标志物AIM2和PSMB9	研究结果需要进一步在更大规模的临床样本中进行验证	识别和验证类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	类风湿性关节炎患者和正常对照的基因表达数据	生物信息学	类风湿性关节炎	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质互作网络分析, 机器学习方法(LASSO, SVM-RFE, 随机森林), 蛋白质印迹分析	LASSO, SVM-RFE, 随机森林	基因表达数据	训练集包含GSE55235和GSE55457数据集，外部验证集为GSE77298数据集
69	2025-07-10	Setdb1 ablation in macrophages attenuates fibrosis in heart allografts 2025-Jul, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424534122 PMID:40553495	研究论文	本研究探讨了Setdb1在巨噬细胞中对心脏同种异体移植物纤维化的影响及其潜在机制	揭示了Setdb1通过调控组蛋白甲基化影响巨噬细胞重编程，从而调节纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	探索巨噬细胞中Setdb1对心脏同种异体移植物纤维化的调控作用及其治疗潜力	人类和小鼠的心脏同种异体移植物及肿瘤组织	生物医学	心血管疾病	单细胞转录组测序	基因敲除小鼠模型	转录组数据	人类和小鼠的心脏同种异体移植物及肿瘤组织样本
70	2025-07-10	HECLIP: histology-enhanced contrastive learning for imputation of transcriptomics profiles 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf363 PMID:40569046	research paper	提出了一种名为HECLIP的深度学习框架，用于从H&E染色组织学图像直接推断空间基因表达谱	采用以图像为中心的对比学习策略，捕捉与分子表达相关的形态特征，减少对空间转录组数据的依赖	NA	开发可扩展的计算方法，弥合成像与转录组学之间的鸿沟	H&E染色组织学图像	digital pathology	NA	对比学习	深度学习框架	图像	公开可用数据集
71	2025-07-10	dbscATAC: a resource of single-cell super-enhancers/enhancers and gene markers derived from scATAC-seq data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf364 PMID:40581357	研究论文	介绍了一个名为dbscATAC的专用单细胞数据库，用于注释从scATAC-seq数据中获得的超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用	利用改进的机器学习算法，从大量scATAC-seq数据中识别出超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用，填补了该领域的资源空白	未提及具体的技术或算法局限性	为单细胞表观基因组学研究提供一个全面的资源，促进增强子景观、基因调控和细胞类型特异性特征的探索	从scATAC-seq数据中获得的超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用	表观基因组学	NA	scATAC-seq	改进的机器学习算法	单细胞表观基因组数据	1,668,076个单细胞，覆盖13个物种的1028种组织/细胞类型
72	2025-07-10	scGT:integration algorithm for single-cell RNA-seq and ATAC-seq based on graph transformer 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf357 PMID:40581778	研究论文	提出了一种基于Graph Transformer的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合算法scGT，用于多组学数据的整合和标签传递	利用原始数据中的相关性特征增强图结构，提高了多组学数据整合的性能	未明确提及具体局限性	开发高性能的单细胞多组学数据整合算法	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	Graph Transformer	单细胞多组学数据	数百万细胞的数据集
73	2025-07-10	Dynamic WT1 expression during gastrulation specifies peritoneal smooth muscle fate independently of mesothelial fate 2025-Jul-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204332 PMID:40554754	研究论文	本研究揭示了WT1在小鼠原肠胚形成期间动态表达，独立于间皮细胞命运指定腹膜平滑肌细胞命运的新机制	首次发现WT1在原肠胚形成期间表达并独立于间皮细胞命运指定平滑肌细胞前体细胞	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证人类发育过程中的保守性	探究WT1在发育过程中对平滑肌细胞命运的调控机制	小鼠胚胎发育过程中的WT1表达细胞和平滑肌细胞前体	发育生物学	NA	他莫昔芬诱导的遗传谱系追踪、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜	NA	基因表达数据、显微镜图像	小鼠胚胎（E7.5-E12.5阶段）
74	2025-07-10	The foraging gene coordinates brain and heart networks to modulate socially cued interval timing in Drosophila 2025-Jul, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011752 PMID:40627675	研究论文	本研究探讨了果蝇中foraging基因在间隔时间行为中的作用，特别是交配时长的调节	揭示了foraging基因通过神经和非神经机制调节间隔时间行为的复杂等位基因互作及其在心脏钙动态中的新作用	研究仅限于果蝇模型，未验证在高等生物中的保守性	阐明foraging基因如何整合社会线索与生理状态来调节间隔时间行为	黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）的rover（forR）和sitter（forS）等位基因变体	行为遗传学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除实验、CaLexA钙信号成像	NA	基因表达数据、钙成像数据、行为观测数据	果蝇基因变体群体（具体数量未说明）
75	2025-07-10	Resolving the design principles that control post-natal vascular growth and scaling 2025-Jul-01, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101324 PMID:40628258	研究论文	本文通过多尺度实验和计算方法，揭示了主动脉在出生后生长和缩放的设计原则	发现了主动脉扩张遵循独特的生长原则，与脊柱成比例，并通过两个时间协调、空间随机的增殖波进行扩张，揭示了内皮细胞挤出对维持主动脉稳态大小的重要性	研究主要聚焦于主动脉，其他器官的生长原则可能不同	探究出生后组织生长的设计原则，特别是主动脉的生长和缩放机制	主动脉	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	实验数据、计算模型	NA
76	2025-07-10	Controlling mitochondrial membrane architecture via MIC60 determines viral replication to promote anti-viral immunity 2025-Jul-01, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115922 PMID:40628273	research paper	研究线粒体膜结构如何通过MIC60调控病毒复制并促进抗病毒免疫	揭示了线粒体内膜（IMM）结构和嵴架构对病毒复制的影响，并首次将FF ATP合酶和MICOS复合物与病毒复制及免疫激活联系起来	研究主要基于小鼠模型和特定病毒（水泡性口炎病毒），结果在其他病毒或生物模型中的普适性尚待验证	探究线粒体膜结构在病毒复制和免疫反应中的作用	线粒体内膜（IMM）和嵴架构、FF ATP合酶、MICOS复合物（特别是MIC60）、骨髓来源的树突状细胞	免疫学	病毒感染	单细胞转录组学、基因敲除（Mic60CD11c-Cre小鼠模型）	小鼠模型	转录组数据、细胞成像数据	骨髓来源的树突状细胞（具体样本量未明确说明）
77	2025-07-10	IGF2BP2 binding to CPSF6 facilitates m6A-mediated alternative polyadenylation of PUM2 and promotes malignant progression in ovarian cancer 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70388 PMID:40629911	研究论文	本研究揭示了m6A通过IGF2BP2和CPSF6的相互作用调控卵巢癌中PUM2的选择性多聚腺苷酸化(APA)及其在恶性进展中的作用	首次揭示了m6A通过IGF2BP2与CPSF6的相互作用调控APA的新机制，并发现PUM2通过m6A甲基化和APA加工促进卵巢癌恶性进展	研究主要基于体外实验和公共数据库分析，临床样本验证相对有限	探究m6A依赖性APA调控在卵巢癌中的作用机制	卵巢癌细胞和临床样本	分子生物学	卵巢癌	RNA甲基化测序、单细胞测序、RNA pull-down、免疫沉淀、质谱分析、PAS-seq、eCLIP-seq、RIP-seq、meRIP-seq等	NA	测序数据、蛋白质相互作用数据	公共数据库中的临床样本和实验室培养的卵巢癌细胞
78	2025-07-10	Underlining the Molecular Mechanism of Nonalcoholic Fatty Liver Disease and Coronary Artery Disease in Lipid Metabolism by Combining Multiple Sets of Data Sets 2025-Jul, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70040 PMID:40631874	研究论文	本研究通过整合多组数据集，揭示了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）与冠状动脉疾病（CAD）在脂质代谢中的共同遗传特征和分子机制	识别了GPD1、MVK和PIK3R2三个关键基因，并发现它们与NAFLD和CAD的调控基因显著相关，为这两种疾病的治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明NAFLD和CAD在脂质代谢中的共同分子机制	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和冠状动脉疾病（CAD）患者	生物信息学	非酒精性脂肪肝病和冠状动脉疾病	单细胞测序分析、基因表达分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
79	2025-07-10	Guanylate-Binding Proteins Promote Host Defense Against Leishmania major by Balancing iNOS/Arg-1 in Myeloid Cells 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.26.661809 PMID:40631203	research paper	该研究探讨了鸟苷酸结合蛋白（GBPs）在宿主防御利什曼原虫（Leishmania major）感染中的作用，特别是在调节iNOS/Arg-1平衡中的关键角色	首次揭示了GBPs在皮肤利什曼病（CL）中的免疫调节作用，特别是通过平衡iNOS和Arg-1的表达来影响寄生虫的控制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证，且GBPs的具体作用机制仍需进一步探索	探究GBPs在宿主防御利什曼原虫感染中的免疫调节作用	C57Bl/6小鼠及其GBPChr3敲除（KO）模型的骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）和单核细胞	免疫学	皮肤利什曼病	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq	GBPChr3 KO小鼠模型	RNA测序数据	C57Bl/6小鼠及其GBPChr3 KO模型的骨髓来源巨噬细胞和单核细胞
80	2025-07-10	Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661935 PMID:40631318	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究老年小鼠白色脂肪组织中Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累及其细胞毒性和炎症潜能	首次在老年小鼠白色脂肪组织中鉴定出Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞，并揭示其具有调节、细胞毒性和炎症潜能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	比较生理性衰老与高脂饮食诱导的肥胖对脂肪组织炎症的影响，寻找独特的调控靶点	年轻小鼠（正常或高脂饮食）和老年小鼠（正常饮食）的性腺白色脂肪组织（gWAT）	单细胞转录组学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	年轻小鼠（正常或高脂饮食）和老年小鼠（正常饮食）的性腺白色脂肪组织