单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-25	[Public Database-based Study to Explore the Expression and Role of DDB1  in Lung Adenocarcinoma] 2025-Apr-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2025.102.12 PMID:40404474	research paper	本研究通过公共数据库和组织微阵列技术，探讨了DDB1在肺腺癌中的表达及其作用	首次系统地研究了DDB1在肺腺癌中的表达、临床病理特征、预后价值及其与免疫细胞浸润的关系	研究主要基于公共数据库和组织微阵列，缺乏体内外实验验证	探讨DDB1在肺腺癌中的表达及其临床意义	肺腺癌组织和正常组织	digital pathology	lung cancer	UALCAN, Kaplan-Meier Plotter, GEPIA, GeneMANIA, Metascape, TISIDB, 单细胞测序, 组织微阵列	NA	基因表达数据, 临床数据, 单细胞测序数据	公共数据库中的肺腺癌样本和组织微阵列样本
62	2025-05-25	Targeting KIT With Antibody-Drug Conjugates in Chromophobe Renal Cell Carcinoma 2025-Apr-15, Clinical genitourinary cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1016/j.clgc.2025.102359 PMID:40408838	research paper	该研究探讨了在嗜铬性肾细胞癌（ChRCC）中靶向KIT的抗体-药物偶联物（ADC）的治疗潜力	首次在ChRCC中测试了靶向KIT的ADC，并证实其有效性	研究未涉及临床患者试验，仅限于体外和数据库分析	探索KIT作为ChRCC治疗靶点的可行性	嗜铬性肾细胞癌（ChRCC）及其细胞系	肿瘤学	肾细胞癌	抗体-药物偶联物（ADC）、单细胞RNA测序、Western blot分析	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据	15例转移性ChRCC标本、5个ChRCC细胞系
63	2025-05-25	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-Feb-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40036846	research paper	该研究构建了一个名为TcEVdb的数据库，用于探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类，基于单细胞RNA测序数据	通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中构建了首个全面的TcEV数据库，揭示了TcEV的异质性及其在免疫调节和肿瘤微环境中的作用	数据库的覆盖范围可能受限于现有的单细胞RNA测序数据，且技术限制可能影响EV分析的准确性	构建一个全面的数据库以探索TcEV的表达和聚类，促进基于EV的诊断和治疗研究	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	SEVtras方法	RNA测序数据	包含277,265个EV液滴，来自51种T细胞类型，覆盖221个样本和21个项目，涉及9种组织来源和23种疾病状态
64	2025-05-25	Pro-Fibrotic Macrophage Subtypes: SPP1+ Macrophages as a Key Player and Therapeutic Target in Cardiac Fibrosis? 2025-02-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14050345 PMID:40072075	research paper	本文探讨了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的关键作用，并探索了针对这些细胞的新型治疗策略	研究主要基于动物模型，临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	研究心脏纤维化的发病机制并探索新的治疗靶点	SPP1+巨噬细胞及其在心脏纤维化中的作用	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	动物模型（具体数量未提及）
65	2025-05-25	Gene module reconstruction identifies cellular differentiation processes and the regulatory logic of specialized secretion in zebrafish 2025-Feb-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.015 PMID:39591963	研究论文	利用单细胞RNA测序技术重建斑马鱼分泌组织的分化过程，揭示基因模块及其调控逻辑	提出MIMIR方法，通过整合表达和功能相似性识别基因模块，揭示了分化过程中的新关联及其动态变化	研究仅基于斑马鱼的两种分泌组织，可能不适用于其他生物或组织类型	研究细胞分化过程中基因模块的重建及其调控机制	斑马鱼的脊索和孵化腺	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	斑马鱼胚胎
66	2025-05-25	A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.636192 PMID:40027755	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，构建了一个发育中的抑制性神经元转录组图谱，揭示了多样化的扩展和收缩模式	开发了一种计算流程来富集和整合多个数据集中的稀有细胞类型，并构建了包含超过51,000个SST+神经元的Dev-SST-Atlas资源	稀有抑制性神经元类型在单细胞RNA测序数据集中代表性不足，可能影响发育轨迹的深入理解	探究大脑皮层抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制	小鼠和人类胎儿皮层中的SST+抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	超过51,000个小鼠SST+神经元
67	2025-05-25	Distinct myeloid-derived suppressor cell populations in human glioblastoma 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abm5214 PMID:39818911	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，鉴定了人类胶质母细胞瘤中两种不同的髓系来源抑制细胞（MDSC）群体，并揭示了它们与肿瘤细胞的相互作用机制	首次在IDH野生型胶质母细胞瘤中发现两种功能不同的MDSC亚群（E-MDSC和M-MDSC），并阐明其空间分布特征及与肿瘤干细胞的互作网络	样本量相对有限（33例胶质瘤），且仅关注了IDH野生型与突变型之间的差异	探究胶质瘤相关髓系细胞在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用机制	人类胶质瘤组织中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	33例胶质瘤样本
68	2025-05-25	Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6 PMID:39240518	研究论文	本文描述了从斑马鱼胚胎视网膜中分离和制备单细胞用于单细胞RNA测序的方法	提供了一种可重复生成高质量单细胞悬浮液的方法，适用于斑马鱼眼睛及其他发育或再生组织的scRNA-Seq实验	方法主要针对斑马鱼胚胎视网膜细胞，可能不直接适用于其他物种或组织类型	开发适用于斑马鱼眼睛单细胞RNA测序的高质量单细胞悬浮液制备方法	斑马鱼胚胎视网膜细胞	单细胞测序	NA	scRNA-Seq, 10× Genomics v3.1系统	NA	RNA序列数据	斑马鱼胚胎视网膜细胞（具体数量未提及）
69	2025-05-25	Insights into early acne pathogenesis: Exploring intercellular dynamics and key dysregulated genes 2025, Cell signaling DOI:10.46439/signaling.3.053 PMID:40401196	评论	探讨早期痤疮发病机制中的细胞间动态和关键失调基因	利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据集分析痤疮患者的细胞通讯，识别与炎症反应和角化过度相关的失调基因	NA	探索早期痤疮的发病机制和潜在治疗靶点	痤疮患者的主要皮肤细胞类型，包括内皮细胞、成纤维细胞、淋巴细胞、髓系细胞、角质形成细胞和平滑肌细胞	生物医学研究	痤疮	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
70	2025-05-25	Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment 2024-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553 PMID:38885318	研究论文	该研究探讨了致癌性钙网蛋白（CALRdel52）通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞扩增在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制	发现了CALRdel52通过ERK/Sp1/TGFβ1轴在骨髓增殖性肿瘤中诱导免疫抑制的新机制，并提出了靶向该轴作为免疫治疗策略的潜在方法	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本分析仅限于观察性研究	探究致癌性CALRdel52在骨髓增殖性肿瘤中诱导免疫逃逸的分子机制	骨髓微环境中的TGFβ1产生性红系祖细胞和FoxP3+调节性T细胞	肿瘤免疫学	骨髓增殖性肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠MPN模型	基因表达数据	四个独立患者队列的骨髓样本
71	2025-05-25	Huntington's disease cellular phenotypes are rescued non-cell autonomously by healthy cells in mosaic telencephalic organoids 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50877-x PMID:39095390	research paper	研究亨廷顿病（HD）细胞表型在镶嵌端脑类器官中通过健康细胞的非细胞自主机制得到挽救	揭示了健康细胞通过非细胞自主机制改善HD细胞表型，强调了细胞间通讯在疾病进展和治疗中的潜在作用	研究局限于端脑类器官模型，未涉及体内环境或其他脑区	探究HD细胞与健康细胞间的非细胞自主机制及其对疾病表型的影响	亨廷顿病（HD）细胞和健康细胞在端脑类器官中的相互作用	神经科学	亨廷顿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	端脑类器官模型	转录组数据	健康或HD细胞单独培养或混合培养的端脑类器官
72	2025-05-25	Spatial transcriptomics reveal neuron-astrocyte synergy in long-term memory 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-07011-6 PMID:38326616	研究论文	本研究利用空间和单细胞转录组学揭示了基底外侧杏仁核在长期记忆中的细胞和分子结构	发现了神经元和星形胶质细胞亚群中记忆特异性的转录特征，并揭示了神经元与星形胶质细胞的相互作用对长期记忆编码的必要性	NA	阐明基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的细胞和分子机制	基底外侧杏仁核中的神经元和星形胶质细胞	神经科学	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
73	2025-05-24	Response of astrocytes and their interaction with surrounding brain cells after acute ischemia-reperfusion analyzed by single-cell transcriptome sequencing 2025-Jun-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111355 PMID:40286940	研究论文	通过单细胞转录组测序分析急性缺血再灌注后星形胶质细胞的反应及其与周围脑细胞的相互作用	揭示了星形胶质细胞在缺血再灌注后12小时的异质性，并鉴定了9个潜在的治疗靶点基因和6个特异性抵抗缺血再灌注损伤的基因	研究仅关注缺血再灌注后12小时的时间点，未涉及其他时间段的动态变化	揭示星形胶质细胞在缺血性中风中的抗损伤反应机制	小鼠星形胶质细胞及其与周围脑细胞的相互作用	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠星形胶质细胞
74	2025-05-24	The janus face of astrocytes in multiple sclerosis: Balancing protection and pathology 2025-Jun-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111356 PMID:40288545	review	本文综述了星形胶质细胞在多发性硬化症（MS）中的双重作用及其治疗潜力	揭示了人类星形胶质细胞状态的连续性，超越了传统的A1/A2二分法，并探讨了星形胶质细胞-小胶质细胞串扰和代谢重编程在MS病理中的关键作用	将小鼠A1/A2概念转化到人类MS研究中存在挑战，人类星形胶质细胞表现出异质性、依赖于区域微环境和疾病阶段的反应	探讨星形胶质细胞在MS中的双重作用及其作为治疗靶点的潜力	多发性硬化症（MS）中的星形胶质细胞	神经科学	多发性硬化症	单细胞转录组学、空间转录组学、空间多组学	NA	转录组数据	NA
75	2025-05-24	Single-cell analysis reveals fibroblast heterogeneity and myofibroblast conversion in ligamentum flavum hypertrophy 2025-Jun, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.001 PMID:39653186	研究论文	通过单细胞分析揭示韧带黄韧带肥大中的成纤维细胞异质性和肌成纤维细胞转化	识别了成纤维细胞向肌成纤维细胞的转分化过程，以及新的信号通路如GAS和GRN在黄韧带肥大中的作用	样本量较小，仅来自3名患者	研究黄韧带肥大中的细胞比例和信号通路	黄韧带组织	单细胞分析	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3名患者的黄韧带组织
76	2025-05-24	Characterization of ROMK cellular heterogeneity along the mouse kidney thick ascending limb 2025-Jun, Pflugers Archiv : European journal of physiology DOI:10.1007/s00424-025-03086-4 PMID:40358700	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重成像技术，揭示了小鼠肾脏厚升支中ROMK通道的细胞异质性	首次发现ROMK蛋白在厚升支细胞中的分布与分子不同的细胞类型一致，揭示了ROMK的功能异质性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	探究肾脏厚升支中ROMK通道的细胞异质性及其功能意义	小鼠肾脏厚升支细胞	肾脏生理学	NA	单细胞RNA测序、RNAscope原位杂交、迭代间接免疫荧光成像(4i多重成像)、机器学习	NA	RNA测序数据、图像数据	NA
77	2025-05-24	The immune system in cardiovascular diseases: from basic mechanisms to therapeutic implications 2025-May-23, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02220-z PMID:40404619	综述	本文综述了免疫系统在心血管疾病中的基本机制及其治疗意义	详细探讨了免疫系统在心血管疾病中的多级调控机制及免疫治疗的最新进展	NA	探讨免疫系统在心血管疾病中的作用及其治疗潜力	心血管疾病中的免疫系统调控机制	心血管疾病研究	心血管疾病	多组学分析（单细胞测序、空间转录组等）、免疫治疗技术（如CAR-T细胞疗法）	NA	NA	NA
78	2025-05-24	Viral tropism in plants, reproductive tissues, and seeds 2025-May-23, Archives of microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00203-025-04353-9 PMID:40404962	综述	本文综述了植物病毒趋向性的分子和细胞决定因素，包括病毒如何通过特定机制感染和复制于特定细胞类型、组织或宿主	探讨了病毒如何克服抗病毒屏障以在生殖器官、分生组织和种子中建立持久感染，并利用超分辨率显微镜、单细胞转录组学和蛋白质组学等新技术揭示病毒-宿主相互作用的新机制	NA	理解植物病毒趋向性的分子和细胞机制，以提高作物抗性和设计综合疾病管理策略，并探索植物病毒在靶向递送和生物技术应用中的潜力	植物病毒及其与宿主细胞的相互作用	植物病理学	植物病毒感染	超分辨率显微镜、单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	分子和细胞数据	NA
79	2025-05-24	Single-cell transcriptomic profiling of the whole colony of Botrylloides diegensis: Insights into tissue specialization and blastogenesis 2025-May-23, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204265 PMID:40406997	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对Botrylloides diegensis整个群体进行了转录组分析，揭示了细胞异质性和组织特异性标记	首次对整个B diegensis群体进行单细胞转录组测序，识别了29个主要细胞簇，并发现了胃上皮特定区域的独特标记基因	NA	解析B diegensis的细胞异质性、组织特化和芽殖过程	Botrylloides diegensis群体的所有细胞(包括个体、芽体和血管被膜)	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位杂交	NA	单细胞转录组数据	整个B diegensis群体(包含多种组织类型)
80	2025-05-24	Comprehensive single-cell RNA atlas of human laryngeal normal, preneoplastic and tumorigenic states 2025-May-23, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3679 PMID:40407728	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，构建了人类喉部正常、癌前和肿瘤状态的全面单细胞图谱	首次生成了声带息肉(VCP)和声带白斑(VCL)的单细胞图谱，并扩展了喉鳞状细胞癌(LSCC)的癌细胞图谱，揭示了VCL作为良恶性过渡病变的混合微环境特征	样本量相对有限(36例患者)，且仅基于手术组织样本，可能无法完全反映疾病发展的全过程	阐明声带白斑(VCL)向喉鳞状细胞癌(LSCC)进展的分子机制，为早期诊断和靶向治疗提供依据	36例诊断为声带息肉(VCP)、声带白斑(VCL)和喉鳞状细胞癌(LSCC)患者的手术组织标本	单细胞组学	喉癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	36例患者(318,907个细胞和12,679个空间转录组位点)