单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-19	Current insight into HIV-1 persistence from single-cell transcriptome profiling in acutely treated cohorts of infection 2025-Jul-07, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000962 PMID:40638066	综述	本文综述了利用单细胞转录组学技术研究急性HIV-1感染队列中病毒持久性的最新进展	利用单细胞RNA测序技术揭示了HIV-1感染急性期治疗队列中免疫反应的纵向变化，发现了新的限制和潜伏因子，并鉴定了携带病毒的细胞标志物和病毒库大小	NA	研究HIV-1在宿主中的持久性机制	HIV-1感染者的单细胞	生物信息学	HIV感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	来自急性HIV-1感染队列的数十万个单细胞
62	2025-07-19	Etiological basis for chronic pain genetic variation in brain and dorsal root ganglia cell types 2025-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.07.03.25330832 PMID:40630576	研究论文	该研究通过整合GWAS数据和单细胞RNA测序数据，探讨了慢性疼痛的遗传变异在脑和背根神经节细胞类型中的病因学基础	首次在脑和背根神经节细胞类型中鉴定了慢性疼痛相关的遗传变异，并揭示了这些变异在特定神经元亚型中的富集情况	样本量有限，特别是急性或慢性疼痛患者的背根神经节样本仅有12例	探索慢性疼痛的遗传基础及其在特定细胞类型中的表达模式	人类脑组织、背根神经节(hDRG)以及小鼠背角组织	遗传学	慢性疼痛	GWAS、scRNA-seq、单细胞染色质可及性分析	NA	基因组数据、RNA测序数据、染色质可及性数据	GWAS数据涉及1,235,695个样本，背根神经节样本12例
63	2025-07-19	Alternative splicing as a novel pathogenic mechanism in chronic kidney disease 2025-Jul-03, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111972 PMID:40614890	综述	本文综述了选择性剪接（AS）在慢性肾脏病（CKD）中的新型致病机制及其潜在治疗策略	提出选择性剪接（AS）作为CKD的新型致病机制，并探讨其作为治疗靶点的潜力	未来研究需进一步探究AS及其调节因子在CKD中的动态变化和功能贡献	阐明AS与CKD之间的功能联系，探索AS靶向治疗策略	肾小管上皮细胞	生物医学	慢性肾脏病	单细胞测序	NA	NA	NA
64	2025-07-19	Myeloma cell-intrinsic ANXA1 elevation and T cell dysfunction contribute to BCMA-negative relapse after CAR-T therapy 2025-Jul-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.03.001 PMID:40057828	研究论文	本研究探讨了多发性骨髓瘤（MM）在抗BCMA CAR-T细胞治疗后复发的原因，发现ANXA1的高表达与BCMA阴性复发相关	首次发现ANXA1在BCMA阴性多发性骨髓瘤复发中的关键作用，并验证了ANXA1作为潜在治疗靶点的可能性	研究样本量有限，需要更大规模的临床验证	探究多发性骨髓瘤在CAR-T治疗后BCMA阴性复发的机制	多发性骨髓瘤患者和细胞模型	肿瘤免疫治疗	多发性骨髓瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	1例CAR-T治疗后复发的MM患者样本
65	2025-07-19	Paradigms, innovations, and biological applications of RNA velocity: a comprehensive review 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf339 PMID:40668554	综述	本文全面回顾了RNA速度的范式、创新及其在生物学中的应用	将RNA速度模型分为三类（稳态方法、轨迹方法和状态外推方法），并系统分析了各类别的原理、方法及其优缺点	讨论了模型假设、预处理程序和速度可视化方面的现有局限性	为动态转录组研究提供RNA速度的综合指南	RNA速度模型及其在发育生物学和疾病微环境中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Velocyto, scVelo	转录组数据	NA
66	2025-07-19	Targeting IGF1-Induced Cellular Senescence to Rejuvenate Hair Follicle Aging 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70053 PMID:40159808	研究论文	本研究探讨了胰岛素样生长因子-1（IGF-1）信号通路在毛囊衰老中的作用及其潜在的治疗策略	揭示了IGF-1通过诱导毛囊干细胞衰老导致毛囊老化的新机制，并提出了针对IGF-1信号通路的干预措施	研究主要基于小鼠模型，人类皮肤中的具体机制需要进一步验证	探究IGF-1信号通路如何调控器官衰老，特别是毛囊老化过程	小鼠和人类皮肤中的毛囊干细胞	衰老生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及转基因小鼠和人类皮肤样本
67	2025-07-19	Pyrroloquinoline Quinone Reprograms the Single-Cell Landscape of Immune Aging in Hematopoietic Immune System 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70050 PMID:40192736	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了吡咯喹啉醌（PQQ）对造血免疫系统衰老的单细胞景观的重编程作用	首次利用单细胞RNA测序技术全面解析PQQ对衰老免疫系统的调控机制，并鉴定出关键分子靶点如ASPP1、Yy1和CD62L	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索PQQ作为抗氧化剂在改善免疫衰老和恢复免疫稳态方面的潜在治疗作用	小鼠的脾脏和骨髓细胞	免疫学	衰老相关免疫功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型（未明确说明具体类型）	单细胞转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
68	2025-07-19	Deciphering Immunosenescence From Child to Frailty: Transcriptional Changes, Inflammation Dynamics, and Adaptive Immune Alterations 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70082 PMID:40285422	研究论文	本研究通过整合分析从儿童到虚弱老年人的PBMCs的bulk-cell和single-cell RNA-seq数据，探讨了与年龄相关的免疫系统变化	首次全面描绘了从儿童到虚弱老年人PBMCs的转录组动态变化，揭示了免疫衰老的复杂机制	研究样本可能不足以代表所有人群的免疫衰老特征	解析免疫衰老的转录变化、炎症动态和适应性免疫改变	从儿童到虚弱老年人的外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	老年疾病	bulk-cell RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	涵盖从儿童到虚弱老年人的多个年龄段样本
69	2025-07-19	C-COUNT: a convolutional neural network-based tool for automated scoring of erythroid colonies 2025-Jul, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786 PMID:40287006	research paper	介绍了一种基于卷积神经网络（CNN）的工具C-COUNT，用于自动评分红细胞集落形成实验（CFA）中的集落	开发了C-COUNT工具，通过CNN自动识别和评分CFU-e集落，提高了传统手动方法的效率和准确性	未明确提及工具在不同实验室环境或不同样本类型中的泛化能力	提高红细胞集落形成实验的评分效率和准确性，以支持血液学研究和临床诊断	红细胞集落形成实验中的CFU-e集落	digital pathology	NA	automated microscopy, convolutional neural network	CNN	image	未明确提及具体样本数量，但涉及CFU-e集落和骨髓集落的混合样本
70	2025-07-19	Spatial Analysis Identifies CD147 as a Novel Marker of High-Grade Childhood Posterior Fossa Ependymoma 2025-Jul, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104175 PMID:40250710	research paper	该研究通过空间表型分析，发现CD147是儿童后颅窝高级别室管膜瘤的一个新型标志物	首次将CD147与儿童后颅窝高级别室管膜瘤的肿瘤微环境特征及疾病进展联系起来	样本量较小（G2 n=5，G3 n=7），且仅针对后颅窝A型室管膜瘤	探索儿童后颅窝室管膜瘤肿瘤微环境的异质性及其与肿瘤分级的关系	儿童后颅窝A型室管膜瘤（WHO 2级和3级）样本	digital pathology	ependymoma	multiplex immunofluorescence, single-cell RNA sequencing	NA	image, RNA-seq	12例肿瘤样本（5例G2，7例G3）
71	2025-07-19	Single-cell and spatial transcriptome analysis revealed cellular heterogeneity of glycosyltransferases in cervical cancer, and identified GALNT3-negative epithelial cells as a protective factor: a retrospective cohort study based on public database 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002520 PMID:40387729	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了糖基转移酶在宫颈癌中的异质性及其作用	首次揭示了糖基转移酶相关基因在宫颈癌上皮细胞中的富集情况，并发现GALNT3阴性上皮细胞可作为宫颈癌患者的保护因素	研究基于公共数据库进行回顾性分析，缺乏前瞻性临床验证	探究糖基转移酶在宫颈癌发展中的作用机制	宫颈癌组织中的上皮细胞及相关免疫细胞	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, stRNA-seq	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	基于公共数据库的回顾性队列研究（具体样本量未明确说明）
72	2025-07-19	Asperosaponin VI Promotes Osteoporotic Fracture Healing by Targeting Piezo1 to Enhance the Coupling of LEPR+ BMSCs and PODXL+ ECs 2025-Jul, Phytotherapy research : PTR IF:6.1Q1 DOI:10.1002/ptr.8523 PMID:40393465	研究论文	本研究探讨了Asperosaponin VI (ASP)通过靶向Piezo1增强LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，促进骨质疏松性骨折愈合的机制	首次揭示了ASP通过激活Piezo1/ERK1/2/YAP/VEGF信号通路促进LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，为骨质疏松性骨折治疗提供了新策略	研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	阐明骨质疏松性骨折的分子发病机制并探索新的治疗方法	LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs	骨生物学	骨质疏松性骨折	单细胞RNA测序、分子对接、CETSA、DARTS、三维培养、划痕愈合实验、管形成实验	OVX模型结合股骨骨折	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，使用了OVX模型小鼠和体外培养的细胞
73	2025-07-19	Evaluation of tumor pseudocapsule using computed tomography-based radiomics in pancreatic neuroendocrine tumors to predict prognosis and guide surgical strategy: a cohort study 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002511 PMID:40395025	研究论文	本研究通过基于计算机断层扫描的放射组学评估胰腺神经内分泌肿瘤的假包膜状态，以预测预后并指导手术策略	结合放射组学和机器学习技术，术前识别假包膜状态，为小肿瘤的手术决策提供依据	研究样本来自单一医疗中心，可能存在选择偏差	评估胰腺神经内分泌肿瘤假包膜状态对手术策略和预后的影响	胰腺神经内分泌肿瘤患者	数字病理学	胰腺神经内分泌肿瘤	scRNA-seq, 放射组学分析	机器学习模型	影像数据, 临床病理数据	475例胰腺神经内分泌肿瘤患者
74	2025-07-19	Potential of SPHK1 as a prognostic marker and therapeutic target in colorectal cancer: insights from bioinformatics and experimental analysis 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002506 PMID:40434736	研究论文	本研究通过生物信息学和实验分析探讨了SPHK1在结直肠癌(CRC)进展中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次系统评估SPHK1在CRC中的预后价值，并通过多组学分析和实验验证揭示其通过调控上皮-间质转化促进肿瘤转移的分子机制	样本量相对有限(90例CRC组织)，且需要更多体内实验验证SPHK1作为治疗靶点的可行性	探究SPHK1在结直肠癌进展中的分子机制及其临床转化价值	结直肠癌组织样本(90例)和细胞系	数字病理学	结直肠癌	多组学分析(TCGA/GEPIA2数据库)、单细胞RNA测序、孟德尔随机化(MR)分析、多重荧光免疫组化	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、组织图像数据	90对CRC和正常组织样本+公共数据库数据
75	2025-07-19	Single-cell transcriptomic and chromatin dynamics of the human brain in PTSD 2025-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09083-y PMID:40533550	研究论文	该研究通过单细胞转录组和染色质动态分析，揭示了创伤后应激障碍（PTSD）在人脑中的分子调控机制	首次在单细胞水平上详细描绘了PTSD患者前额叶皮层的分子响应，并发现了特定细胞类型（如抑制性神经元、内皮细胞和小胶质细胞）中的基因表达变化和转录调控因子	研究样本均为死后捐赠者，可能无法完全反映活体状态下的分子变化	揭示PTSD在人脑中的细胞特异性分子调控机制	111例人类大脑（含PTSD和抑郁症患者及对照）的背外侧前额叶皮层	神经科学	创伤后应激障碍	单细胞转录组测序、空间转录组学、表观基因组学	NA	单细胞RNA-seq数据、表观遗传数据、空间转录组数据	超过200万个细胞核（来自111例人类大脑）
76	2025-07-19	Role of Defense/Immunity Proteins in Non-Obstructive Azoospermia: Insights from Gene Expression and Single-Cell RNA Sequencing Analyses 2025-Jul, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01916-5 PMID:40537735	研究论文	本研究探讨了防御/免疫蛋白在非梗阻性无精子症（NOA）中的作用，通过基因表达和单细胞RNA测序分析揭示了免疫失调与NOA发病机制的关联	首次通过单细胞RNA测序技术确认了免疫相关基因在NOA患者不同睾丸细胞群体中的差异表达，为NOA的免疫病理机制提供了新见解	研究主要基于基因表达数据分析，缺乏直接的蛋白质水平验证和功能实验	探索免疫相关基因在非梗阻性无精子症发病机制中的作用	非梗阻性无精子症患者	生殖医学	男性不育症	基因表达分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个数据集（具体数量未明确说明）
77	2025-07-19	Single-cell mutational burden distributions in birth-death processes 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013241 PMID:40623094	研究论文	本文通过引入动态矩阵分析和统一SFS、DD和MBD三种分布，推导了这些分布的期望递推关系，并揭示了单细胞MBD主要由DD中的随机性驱动	引入了动态矩阵来分析和统一SFS、DD和MBD三种分布，推导了新的MBD表达式，并揭示了单细胞MBD主要由DD中的随机性驱动	在引入死亡的情况下，所有三种分布都是近似推导的，可能存在一定的误差	研究肿瘤细胞群体中突变积累的统计分布，以更好地理解肿瘤的生态和进化动态	肿瘤细胞群体中的突变积累	肿瘤进化	癌症	单细胞测序	动态矩阵	基因组数据	NA
78	2025-07-19	Atlas of amnion development during the first trimester of human pregnancy 2025-Jul, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01696-9 PMID:40659869	研究论文	利用单细胞转录组学技术，研究人类妊娠早期羊膜的细胞类型和亚型，揭示其发育过程中的动态重塑和细胞间通讯机制	首次在人类妊娠早期羊膜中鉴定出主要细胞类型和亚型，并发现上皮-间质和上皮-免疫细胞间的转变	研究仅关注妊娠早期的羊膜发育，未涵盖整个妊娠过程	揭示羊膜在早期妊娠中的细胞组成和相互作用机制	人类妊娠早期的羊膜组织	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	人类妊娠早期羊膜组织样本（具体数量未明确说明）
79	2025-07-19	Multi-Omics Analysis and Real-World Data Validation of Serine Metabolism-Related Genes in Colorectal Cancer 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70721 PMID:40660426	研究论文	本研究通过多组学分析和真实世界数据验证，探讨了丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的作用	首次在泛癌分析中系统研究了丝氨酸代谢相关基因的表达模式、遗传改变及临床意义，并在结直肠癌中进行了深入验证	研究主要基于TCGA和GTEx数据库，可能受到样本来源和数量的限制	阐明丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的表达模式及其临床意义	结直肠癌患者及其相关基因	癌症代谢研究	结直肠癌	转录组学、基因组学、表观遗传学分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	TCGA和GTEx数据库中的泛癌样本，两个独立的真实世界结直肠癌队列
80	2025-07-19	Bayesian inference of fitness landscapes via tree-structured branching processes 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf193 PMID:40662787	研究论文	介绍了一种名为FiTree的树状多类型分支过程模型，用于从单细胞肿瘤突变树中学习适应性景观	FiTree模型结合了上位适应性参数化和贝叶斯推断方案，能够更好地推断肿瘤进化的适应性景观，并统一了癌症进展的概率图模型与群体遗传学	模型性能仅在模拟和单细胞急性髓系白血病数据集中进行了验证，可能需要更多真实世界数据的验证	研究肿瘤进化的适应性景观，为理解肿瘤演化和制定治疗策略提供理论框架	单细胞肿瘤突变树	计算生物学	急性髓系白血病	单细胞测序	树状多类型分支过程模型	单细胞测序数据	NA