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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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61 | 2025-10-15 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Adventitial Fibroblast Alterations during Mouse Atherosclerosis
2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.05.616802
PMID:39868275
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示小鼠动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的动态变化 | 首次在动脉粥样硬化发生过程中对外膜细胞进行单细胞RNA测序分析,并发现SERPINH1基因在成纤维细胞中的差异表达及其功能影响 | 研究仅使用雄性Ldlr -/-小鼠模型,样本量较小(每组两个样本,每个样本来自三只小鼠混合) | 探究外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用机制 | 小鼠主动脉外膜细胞和人类外膜成纤维细胞 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 雄性Ldlr -/-小鼠,每组两个样本(每个样本由三只小鼠混合) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
62 | 2025-10-15 |
Unsupervised multi-scale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes
2024-Dec-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5671748/v1
PMID:39764102
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研究论文 | 开发了一种无监督多尺度聚类方法,用于识别单细胞转录组数据中的细胞类型和亚型层次结构 | 构建稀疏细胞-细胞相关性网络,以无监督方式在多尺度分辨率下识别细胞类型和亚型 | NA | 改进单细胞RNA测序数据中的细胞聚类方法,以揭示更精细的细胞景观结构 | 单细胞转录组数据中的细胞类型和亚型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多尺度聚类 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
63 | 2025-10-15 |
Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.12.612751
PMID:39314376
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术验证了骨髓微环境中不同空间区室对炎症的反应差异 | 首次结合scRNA-seq和流式细胞术系统验证了骨髓中央区和骨内膜区7个关键基质细胞群体,并揭示了I型干扰素反应特异性影响中央区基质细胞的炎症表型 | 研究主要基于小鼠模型,人类骨髓微环境的可比性仍需验证 | 探究炎症对造血干细胞和骨髓微空间区室的调控机制 | 小鼠骨髓中的造血干细胞/祖细胞(HSPC)和基质细胞 | 单细胞生物学 | 炎症性疾病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 多个小鼠品系的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
64 | 2025-10-15 |
FlyBase: updates to the Drosophila genes and genomes database
2024-05-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyad211
PMID:38301657
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研究论文 | 介绍果蝇数据库FlyBase的最新开发进展和功能更新 | 新增单细胞RNA测序数据、改进功能信息展示、更新直系同源分析流程、新增化学报告功能以及加强科普资源 | NA | 维护和更新果蝇基因组数据库资源 | 黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)基因和基因组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、功能注释数据、化学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
65 | 2025-10-15 |
Differential detection workflows for multi-sample single-cell RNA-seq data
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.17.572043
PMID:38187695
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研究论文 | 开发用于单细胞转录组数据中差异检测分析的工作流程 | 提出差异检测(DD)概念,关注基因在样本或细胞中被检测到的平均比例差异,而非传统差异基因表达(DE)的平均表达量差异 | NA | 建立联合评估差异基因表达和差异检测的统一工作流程 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
66 | 2025-10-12 |
CITEViz: interactively classify cell populations in CITE-Seq via a flow cytometry-like gating workflow using R-Shiny
2024-Apr-02, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05762-1
PMID:38566005
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研究论文 | 开发了一个名为CITEViz的R-Shiny应用,用于通过流式细胞术样门控工作流程交互式分类CITE-Seq数据中的细胞群体 | 首个能够处理多组学测序数据集并允许用户交互式门控细胞的工具,无需编写冗余代码指定门边界 | 仅适用于经过Seurat处理的CITE-Seq数据,功能相对基础 | 简化CITE-Seq数据中的细胞群体分类流程 | 外周血单个核细胞CITE-Seq数据集 | 生物信息学 | NA | CITE-Seq, 单细胞多组学测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学, CITE-Seq | NA | NA |
67 | 2025-10-12 |
Programmed Death Ligand 1-Expressing Macrophages and Their Protective Role in the Joint During Arthritis
2024-Apr, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42749
PMID:37997621
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研究论文 | 本研究探讨了表达程序性死亡配体1的巨噬细胞在关节炎中对关节的保护作用 | 首次揭示PD-L1+巨噬细胞通过表达MerTK和IL-10在关节炎中发挥保护作用,并在人类和小鼠滑膜中得到验证 | 研究主要基于胶原诱导性关节炎小鼠模型,人类样本验证仍需扩展 | 研究PD-L1在滑膜中的保护作用及其在关节炎中的机制 | 小鼠模型和人类滑膜组织 | 免疫学 | 关节炎 | 流式细胞术, 逆转录聚合酶链反应, 单细胞RNA测序 | 胶原诱导性关节炎小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 小鼠模型和人类滑膜样本(健康个体和类风湿关节炎患者) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
68 | 2025-10-12 |
A transcriptional response to replication stress selectively expands a subset of Brca2-mutant mammary epithelial cells
2023-08-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40956-w
PMID:37626143
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研究论文 | 本研究揭示了BRCA2突变乳腺上皮细胞在复制压力下通过转录反应选择性扩增激素受体阴性管腔细胞的机制 | 首次发现BRCA2杂合突变乳腺器官在复制压力下通过激活特定转录反应选择性扩增HR-管腔细胞,并鉴定出Tspan8和Thrsp基因在此过程中的关键作用 | 研究主要基于乳腺器官模型,需要在体内环境中进一步验证这些发现 | 探究BRCA2突变如何影响乳腺上皮亚群在复制压力下的行为 | Brca2突变乳腺器官和乳腺上皮细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | CyTOF质谱流式,scRNA-seq单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 野生型和Brca2突变乳腺器官 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
69 | 2025-10-11 |
Decoding Alzheimer's Disease: Single-Cell Sequencing Uncovers Brain Cell Heterogeneity and Pathogenesis
2025-Nov, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-04997-0
PMID:40304967
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综述 | 系统总结单细胞测序技术在阿尔茨海默病研究中的应用,揭示脑细胞异质性与疾病发病机制 | 整合单细胞转录组、表观基因组和空间转录组数据,阐明疾病轨迹和细胞通讯网络 | NA | 通过单细胞测序技术深入理解阿尔茨海默病的发病机制 | 阿尔茨海默病患者脑组织细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, ATAC测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
70 | 2025-10-11 |
Reduced Availability of Essential Amino Acids Disrupts Differentiation of Anorexigenic POMC Neurons in the Fetal Rat Hypothalamus
2025-Nov, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05201-z
PMID:40681826
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研究论文 | 本研究探讨妊娠期蛋白质限制对胎儿下丘脑发育的影响,特别是对调节食欲和能量平衡的神经元群体形成的影响 | 首次揭示必需氨基酸减少通过mTOR信号通路和表观遗传机制选择性破坏ISL1前体细胞向POMC神经元分化 | 仅研究了特定发育窗口期,需要进一步研究其他发育阶段 | 探究宫内生长受限与长期代谢紊乱风险的机制联系 | 妊娠期蛋白质限制的大鼠模型及其胎儿下丘脑发育 | 发育生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序, EdU标记, 免疫组织化学, RNAscope, mTOR信号分析, DNA甲基化分析 | NA | 基因表达数据, 组织图像, 甲基化数据 | 妊娠15天和17天的大鼠胎儿下丘脑组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
71 | 2025-10-11 |
Biology as vulnerability in follicular lymphoma: genetics, epigenetics, and immunogenetics
2025-Oct-09, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024026020
PMID:40089999
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综述 | 本文综述了滤泡性淋巴瘤的遗传学、表观遗传学和免疫遗传学特征及其作为治疗脆弱性的生物学基础 | 整合了高通量测序、空间转录组学和成像技术的最新发现,系统阐述了滤泡性淋巴瘤的生物学脆弱性 | 主要基于现有研究综述,缺乏原始实验数据验证 | 探讨滤泡性淋巴瘤的生物学特征及其治疗脆弱性 | 滤泡性淋巴瘤及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 高通量测序, 空间转录组学, 成像技术 | NA | 基因组数据, 表观遗传数据, 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
72 | 2025-10-11 |
Profiling the spatial architecture of multiple myeloma in human bone marrow trephine biopsy specimens with spatial transcriptomics
2025-Oct-09, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025028896
PMID:40643106
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研究论文 | 使用空间转录组学技术分析多发性骨髓瘤患者骨髓活检样本中的空间结构特征 | 首次应用亚细胞空间转录组学解析多发性骨髓瘤骨髓微环境的空间异质性,发现恶性浆细胞亚群形成不同的微环境 | 样本量相对有限(21例个体),需要更大规模研究验证发现 | 探索多发性骨髓瘤骨髓微环境的细胞和分子特征 | 人类骨髓环钻活检样本 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 21例个体(7例癌前病变,10例新诊断多发性骨髓瘤,4例健康) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
73 | 2025-10-11 |
Epigenetic dynamics and molecular mechanisms in oncogenesis, tumor progression, and therapy resistance
2025-Oct, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04217-5
PMID:40358685
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综述 | 本文综述了癌症发生发展过程中遗传、表观遗传和分子机制的动态相互作用,重点关注肿瘤发生、转移和治疗抵抗的关键分子通路 | 整合了分子、遗传和表观遗传多维度视角,强调肿瘤微环境在癌症进展中的作用,并探讨CRISPR-Cas9表观基因组编辑和单细胞RNA测序等前沿技术的应用 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,主要基于现有文献综合分析 | 阐明癌症发生发展、转移和治疗抵抗的分子机制,为开发创新靶向治疗方法提供理论基础 | 癌症细胞及其分子调控机制,包括肿瘤微环境 | 癌症生物学 | 癌症 | CRISPR-Cas9表观基因组编辑,单细胞RNA测序 | NA | 文献资料 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
74 | 2025-10-11 |
Neutrophils predominate as IL1B-expressing cells in Schnitzler syndrome: Insights from the SCan study to evaluate the efficacy and safety of canakinumab in Japanese patients
2025-Oct, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.alit.2025.04.003
PMID:40393905
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组分析,揭示了施尼茨勒综合征中IL1B表达细胞主要为中性粒细胞 | 首次在施尼茨勒综合征患者中鉴定出中性粒细胞是IL1B表达的主要细胞来源 | 样本量较小(仅5名日本患者),仅对2例患者进行了单细胞分析 | 评估卡那单抗在日本施尼茨勒综合征患者中的疗效和安全性,并探究疾病发病机制 | 5名日本施尼茨勒综合征患者 | 数字病理学 | 自身炎症性疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析, 细胞因子检测 | NA | RNA测序数据, 蛋白质检测数据, 临床数据 | 5名患者(2名进行了单细胞分析) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
75 | 2025-10-11 |
Engineering CRISPR System-Based Bacterial Outer Membrane Vesicle Potentiates T Cell Immunity for Enhanced Cancer Immunotherapy
2025-Oct, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202501565
PMID:40495695
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研究论文 | 本研究开发了一种基于CRISPR系统的工程化细菌外膜囊泡,用于增强T细胞免疫以改善癌症免疫治疗 | 通过工程化改造大肠杆菌BL21来源的外膜囊泡,实现了多基因的高效包装和递送,显著增强了T细胞的趋化和活化能力 | 研究主要在小鼠模型中进行验证,在人类患者中的有效性和安全性仍需进一步评估 | 开发新型癌症免疫治疗策略,克服免疫检查点阻断治疗的局限性 | 细菌外膜囊泡(OMVs)、T细胞免疫、癌症免疫治疗 | 生物医学工程 | 膀胱癌、乳腺癌 | CRISPR系统、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | MB49和B16F10小鼠肿瘤模型、人源化小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
76 | 2025-10-11 |
Precision Medicine in Surgery: Immunomodulation and Cellular Regeneration Strategies for Immunologic and Surgical Diseases
2025-Oct-01, Annals of surgery
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/SLA.0000000000006849
PMID:40698837
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研究论文 | 本文提出了一种研究lacritin肽对β细胞增殖、胰岛存活和免疫调节作用的方法学框架 | 首次结合体外和体内模型系统研究lacritin肽在免疫调节和细胞再生中的双重作用 | 研究仍处于临床前阶段,需要进一步验证其在人类疾病治疗中的效果 | 开发针对免疫性和外科疾病的精准医疗策略 | 胰岛β细胞、免疫细胞、糖尿病小鼠模型 | 精准医疗 | 自身免疫疾病、糖尿病、克罗恩病、心力衰竭、肺纤维化、慢性肾病、神经损伤 | 质谱流式细胞术、成像质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、体外胰岛测试、体内移植 | NA | 单细胞测序数据、质谱数据、影像数据 | 非肥胖糖尿病小鼠模型和糖尿病小鼠受体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
77 | 2025-10-11 |
CRISPR for cystic fibrosis: Advances and insights from a systematic review
2025-Sep-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.06.021
PMID:40534129
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系统综述 | 本文系统综述了基于CRISPR的基因编辑技术在囊性纤维化治疗中的应用进展 | 通过跨研究比较分析27篇研究文章,系统评估了不同CRISPR技术对CFTR基因突变的编辑效率和功能恢复效果 | 缺乏编辑效率和功能恢复的标准化报告,需要更多单细胞RNA测序和体内研究来获得临床相关结论 | 为基于CRISPR的基因编辑方法在囊性纤维化治疗中的进一步探索提供技术见解 | 囊性纤维化致病突变和CFTR基因 | 基因编辑 | 囊性纤维化 | CRISPR基因编辑技术,包括同源定向修复、碱基编辑和引物编辑 | NA | 文献数据 | 27篇研究文章,涉及超过15种CF致病突变 | NA | NA | NA | NA |
78 | 2025-10-11 |
Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase protects from experimental acute kidney injury
2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00138.2025
PMID:40602784
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研究论文 | 本研究通过抑制甲基硫代腺苷磷酸化酶(MTAP)在小鼠急性肾损伤模型中展示保护作用 | 首次证明MTAP抑制在实验性急性肾损伤中的保护作用,并通过单细胞RNA测序在人类AKI活检中验证其表达特征 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅为观察性分析,缺乏临床干预验证 | 探索MTAP抑制对急性肾损伤的保护机制及治疗潜力 | 小鼠急性肾损伤模型和人类肾脏单细胞RNA测序数据 | 肾脏病学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | 基因表达数据,组织病理学数据 | 小鼠实验模型和人类肾脏活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
79 | 2025-10-11 |
Kidney organoids demonstrate that PTH1R drives a cystogenic cAMP-pPKA-pCREB axis in developmental polycystic kidney disease
2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00056.2025
PMID:40602764
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研究论文 | 本研究利用肾脏类器官模型揭示了PTH1R在发育性多囊肾病中驱动囊肿形成的cAMP-pPKA-pCREB信号轴 | 首次发现PTH1R作为G蛋白偶联受体在发育性多囊肾病中启动囊肿形成信号级联反应 | 研究主要基于体外类器官模型,缺乏体内验证 | 探索发育性多囊肾病的囊肿形成机制和潜在治疗靶点 | 人类诱导多能干细胞衍生的ARPKD类器官、等基因野生型类器官、人类ARPKD组织 | 发育生物学 | 多囊肾病 | 单细胞RNA测序、靶向机制研究 | 肾脏类器官模型 | 基因表达数据、组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
80 | 2025-10-11 |
Unified integration of spatial transcriptomics across platforms
2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646238
PMID:40236180
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研究论文 | 提出Lloki框架,实现跨平台空间转录组数据的统一整合 | 无需共享基因面板即可整合不同平台的空间转录组数据,通过最优传输引导的特征传播和批量对齐技术 | NA | 解决跨平台空间转录组数据整合的技术挑战 | 小鼠脑组织和卵巢癌数据集 | 空间转录组学 | 卵巢癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | scGPT,图神经网络 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 五个不同技术的小鼠脑样本和五个卵巢癌数据集 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |