单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 39582 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-05-20 |
Interpretable MRI-based Multiparametric Radiomics for Preoperative Prediction of CMS4 Colorectal Cancer
2026-May, Radiology
IF:12.1Q1
DOI:10.1148/radiol.251719
PMID:42153825
|
研究论文 | 基于MRI多参数影像组学的机器学习模型用于术前预测结直肠癌CMS4亚型 | 结合多参数MRI影像组学特征与转录组分析，提高CMS4预测性能并探索生物学可解释性 | 回顾性研究设计，样本量有限（253例），需前瞻性验证 | 评估基于影像组学的机器学习方法预测结直肠癌CMS4亚型的效能及生物学意义 | 253例结直肠癌患者（中位年龄63岁，男性163例） | 机器学习 | 结直肠癌 | MRI影像组学 | 机器学习模型（MRC4s），深度学习模型（ResNet50、VGG16、DenseNet201） | MRI影像数据（T2WI和CE T1WI） | 253例患者（训练集和内部测试集随机划分，外部测试集另设） | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2026-05-20 |
Germ layer specification and organotropism in lymphoma invasion
2026-04-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2026.03.009
PMID:41904054
|
研究论文 | 研究弥漫大B细胞淋巴瘤中胚层依赖性外结侵犯的分子特征和发育轨迹 | 首次揭示外结侵犯模式与胚层发育的关联性，通过单细胞RNA测序发现恶性B细胞遵循类似胚层发育的轨迹，并提出依赖性免疫检查点靶向策略 | 未明确说明但可能涉及样本量有限及胚层依赖性机制在临床转化中的验证需求 | 探究淋巴瘤侵犯模式与胚层发育之间的关联，并解析其分子机制和临床意义 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者的外结侵犯样本，分为外胚层、内胚层和中胚层起源亚组 | 机器学习 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | 发育轨迹分析模型 | 基因表达数据、临床生存数据 | 未明确说明具体数量，但涉及多组外结侵犯患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 63 | 2026-05-20 |
Enhancer-directed gene delivery for digit regeneration based on conserved epidermal factors
2026-Apr-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2532804123
PMID:41980086
|
研究论文 | 本研究基于保守的表皮因子，设计了增强子导向的基因递送平台，用于小鼠指尖再生，部分挽救了SP基因敲除小鼠的再生缺陷并加速了野生型小鼠的再生过程 | 首次利用从高再生能力物种（斑马鱼、蝾螈）中发现的保守表皮因子SP家族，结合增强子导向的基因递送平台，实现了哺乳动物指尖再生的部分恢复和加速 | 未明确说明局限性，但基于摘要，可能存在基因治疗效率、长期安全性或临床应用转化方面的潜在限制 | 开发一种基于保守表皮因子的增强子导向基因递送平台，以实现哺乳动物的指尖再生 | 斑马鱼尾鳍再生、蝾螈肢体再生、小鼠指尖再生模型 | 计算机视觉 | 老年病 | 单细胞RNA测序、腺相关病毒载体基因递送、增强子导向基因表达 | NA | 基因表达数据 | 涉及斑马鱼、蝾螈和小鼠模型，具体样本数量未在摘要中提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 64 | 2026-05-20 |
ADAM8 mediates eosinophil and neutrophil infiltration and tissue remodeling in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2026-Apr-22, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2026.04.005
PMID:42031098
|
研究论文 | 探究ADAM8在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中调控嗜酸性粒细胞和中性粒细胞浸润及组织重塑的作用 | 首次明确ADAM8在慢性鼻窦炎伴鼻息肉发病机制中的关键作用，揭示其通过促进炎症细胞迁移和组织重塑参与疾病进展 | 尚未阐明ADAM8在人类患者中的长期治疗效果及具体分子信号通路细节 | 阐明ADAM8在慢性鼻窦炎伴鼻息肉发病机制中的作用及其分子机制 | 人类鼻腔组织、嗜酸性粒细胞、中性粒细胞、人类鼻上皮细胞系、小鼠CRSwNP模型 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | 人类鼻腔组织样本（数量未明确）、小鼠模型（数量未明确） | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2026-05-20 |
A sequence knowledge-guided deep learning method for single-cell multi-omics translation
2026-Apr-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04070-6
PMID:41975483
|
研究论文 | 提出一种序列知识引导的深度学习方法scProTrans，实现单细胞多组学翻译，将转录组数据转换为蛋白质组信息 | 融合序列知识与多组学整合，通过层次注意力机制、双向编码器架构和细胞特异性关联组件实现跨组学翻译，并在三组学场景中验证其可扩展性 | 未明确提及，但依赖CITE-seq训练数据，可能对训练数据外的条件泛化能力有限 | 开发一种可解释的深度学习框架，利用序列知识引导多组学整合，实现单细胞分辨率下的跨组学翻译 | 单细胞RNA测序数据与蛋白质组数据的关系，涉及基因-蛋白质关联和细胞异质性 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、CITE-seq | 深度学习模型（层次注意力机制、双向编码器架构） | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 | 17个多组学数据集 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium Single Cell 3', CITE-seq训练数据 |
| 66 | 2026-05-20 |
MELK is Required for G2/M Phase Progression in Cortical Progenitors: Insights from Rare ASD-Associated Variants
2026-Apr-13, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-026-01728-4
PMID:41973119
|
研究论文 | 研究MELK基因在皮质前体细胞G2/M期进程中的作用，并探讨与自闭症谱系障碍相关的罕见变异 | 首次发现MELK基因的罕见功能丧失变异与自闭症谱系障碍相关，并揭示其在皮质发育中调控G2/M期进程和神经元形态发生的双重作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类中的直接验证有限 | 阐明MELK在胚胎皮质发育中的细胞周期调控功能及其与神经发育疾病的关联 | 小鼠皮质前体细胞 | 分子生物学 | 自闭症谱系障碍 | 子宫内电穿孔、单细胞转录组学、流式细胞分选、转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据、转录组数据 | 小鼠皮质组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2026-05-20 |
SpaPheno: linking spatial transcriptomics to clinical phenotypes with interpretable machine learning
2026-Apr-13, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-026-01645-7
PMID:41975540
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2026-05-20 |
Experimental and computational methods for allelic imbalance analysis from single-nucleus RNA-seq data
2026-Apr-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04062-6
PMID:41965748
|
研究论文 | 探讨从单核RNA-seq数据中分析等位基因失衡的实验和计算方法，并开发了一套单细胞等位基因特异性表达计算工具 | 发现从单核RNA-seq的内含子区域可提取更多等位基因特异性表达信息，并证明读长和杂交选择可提高检测效能 | 未提及 | 研究实验和计算选择如何影响基于等位基因特异性表达方法的能力 | 帕金森病队列样本 | 自然语言处理, 机器学习 | 帕金森病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 单核RNA-seq | NA | 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2026-05-20 |
Urolithin A blocks colorectal cancer progression by AKT1 inhibition-driven immune activation
2026-Apr-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-45621-y
PMID:41922440
|
研究论文 | 本研究通过网络药理学、分子对接和单细胞转录组学，发现天然多酚Urolithin A可通过抑制AKT1信号通路激活免疫反应，从而抑制结直肠癌进展 | 首次揭示Urolithin A通过抑制AKT1/FOXO1轴并增强CD8 T细胞效应功能来重塑肿瘤免疫微环境的机制，提出了饮食-微生物-AKT1-免疫轴模型 | 研究中主要使用体外细胞系和动物模型，缺乏临床样本验证；单细胞转录组学分析的具体数据和结果在摘要中未详细说明 | 探索天然多酚Urolithin A抗结直肠癌的潜在机制及其对免疫微环境的调控作用 | 结直肠癌细胞系（HCT15、HCT116、MC38）以及原位结直肠癌小鼠模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 三种结直肠癌细胞系（HCT15、HCT116、MC38）和小鼠原位肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2026-05-20 |
scRNA-seq reveals different cell clusters in the testes of Mongolian cattle and EGR1/FOS/JUN regulation in Sertoli cells
2026-Apr-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-44429-0
PMID:41922521
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2026-05-20 |
Taming autoimmunity: Alpha-1 antitrypsin overexpressing mesenchymal stromal cells promote regulatory T cell crosstalk to reverse diabetes
2026-Mar-31, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2026.03.032
PMID:41918165
|
研究论文 | 研究过表达α-1抗胰蛋白酶的间充质基质细胞通过调节性T细胞互作逆转糖尿病的机制 | 首次利用单细胞RNA测序揭示AAT-MSCs通过增强Treg与其他细胞的通讯来调节免疫反应 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证 | 探究AAT-MSCs如何调节CD4和CD8 T细胞以逆转新发糖尿病 | 雌性非肥胖糖尿病小鼠的胰腺淋巴结和胰岛中的T细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | CellChat | 单细胞转录组数据 | 15只雌性非肥胖糖尿病小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 72 | 2026-05-20 |
Integrated single-cell transcriptomic atlas of human gastric and colorectal tissues across diverse phenotypes
2026-Mar-26, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-026-07108-3
PMID:41888163
|
研究论文 | 构建了涵盖多种表型的人类胃和结直肠组织的综合单细胞转录组图谱 | 首次整合大规模单细胞转录组数据，涵盖574,532个胃部细胞和479,629个结直肠细胞，跨越70种细胞类型和多种临床表型，并通过多种计算工具严格验证数据质量和细胞类型注释 | 未明确提及局限性 | 构建人类胃和结直肠组织的综合单细胞转录组图谱，以促进对胃癌和结直肠癌的元分析 | 来自229个人类胃组织和220个人类结直肠组织的细胞 | 数字病理学 | 胃癌, 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 229个胃组织样本（574,532个细胞）和220个结直肠组织样本（479,629个细胞） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 73 | 2026-05-20 |
Single cell transcriptomic atlas reveals distinct immune signatures following transfusion of COVID-19 convalescent plasma in severe COVID-19
2026-03, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111191
PMID:41500480
|
研究论文 | 通过单细胞转录组图谱揭示新冠肺炎康复者血浆输注对重症COVID-19患者的免疫特征影响 | 首次在单细胞水平上分析重症COVID-19患者接受CCP输注前后的免疫细胞变化，发现S100A8在CD4记忆T细胞和B细胞中上调，以及CCP输注选择性地破坏NK细胞与TCR阴性T细胞和BCR阳性B细胞的通讯 | 样本量较小且仅观测了输注后24小时的时间点，可能未能完全反映长期免疫反应变化 | 阐明重症COVID-19患者接受康复者血浆输注后的免疫应答和促炎因子特征 | 重症COVID-19患者的PBMC样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞表达数据 | 重症COVID-19患者在CCP输注前后的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 对PBMCs进行单细胞RNA测序 |
| 74 | 2026-05-20 |
Molecular profiling of sacral chordomas through methylation, spatial transcriptomics and multiplexed immunofluorescence
2026-Mar, ESMO rare cancers
DOI:10.1016/j.esmorc.2025.100115
PMID:41924303
|
研究论文 | 通过甲基化、空间转录组学和多重免疫荧光分析骶骨脊索瘤的分子特征 | 首次结合DNA甲基化谱、空间转录组学和多重免疫荧光对骶骨脊索瘤进行综合分子分析，发现两个不同的表观遗传聚类，并揭示肿瘤与基质区域间的差异基因表达及免疫检查点标志物的表达 | 样本量较小（29例患者），需要功能验证进一步证实研究结果 | 揭示骶骨脊索瘤的分子异质性及免疫微环境特征 | 29例骶骨脊索瘤患者的存档组织样本 | 数字病理学, 计算机视觉 | 脊索瘤（骶骨） | DNA甲基化测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光 | 无监督聚类, 多元线性回归 | 图像, 文本 | 29例骶骨脊索瘤患者，120个感兴趣区域 | NA | 空间转录组学, 多重免疫荧光 | Digital Spatial Profiler (DSP) | Digital Spatial Profiler (DSP) 用于基因表达分析，多重免疫荧光用于细胞群检测 |
| 75 | 2026-05-20 |
Neoadjuvant modified FOLFIRINOX plus nivolumab in borderline-resectable pancreatic ductal adenocarcinoma: a pilot phase 1 trial
2026-01-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68976-2
PMID:41620440
|
研究论文 | 一项评估新辅助改良FOLFIRINOX联合nivolumab治疗交界可切除胰腺导管腺癌的1期试验 | 首次在交界可切除胰腺导管腺癌中评价新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂的安全性和病理反应率，并通过空间转录组学揭示治疗后的免疫微环境变化 | 单臂、样本量较小（28例），缺乏随机对照组，且分析为事后分析 | 评估新辅助改良FOLFIRINOX联合nivolumab在交界可切除胰腺导管腺癌患者中的安全性和疗效 | 交界可切除胰腺导管腺癌患者 | 肿瘤学 | 胰腺导管腺癌 | 空间转录组学、基因表达分析、免疫组化 | NA | 基因表达数据、病理学图像、空间转录组数据 | 28例患者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 76 | 2026-05-20 |
Tumor-Infiltrating Mast Cells Enhance Neoadjuvant Therapy Efficacy in ESCC via Modulation of the Desmoplastic Microenvironment
2026, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S564090
PMID:41926528
|
研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序、免疫荧光分析和体外实验，揭示了肿瘤浸润性肥大细胞通过调节促结缔组织增生微环境增强食管鳞状细胞癌新辅助治疗疗效的作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序与免疫荧光分析，发现肥大细胞通过非脱颗粒的LPS激活途径（上调CCL19等趋化因子）调节肿瘤基质，与新辅助治疗疗效及生存改善相关 | 单细胞测序仅来自1例患者配对样本，验证队列为回顾性且样本量较小（68例），机制研究仅停留在体外实验 | 探究肿瘤浸润性肥大细胞在局部晚期食管鳞状细胞癌新辅助治疗应答及预后中的作用 | 食管鳞状细胞癌患者的肿瘤组织标本及肥大细胞 | 机器学习, 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光分析, 生物信息学分析 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 1例食管鳞状细胞癌患者新辅助治疗前后配对样本；68例初治食管鳞状细胞癌手术标本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 77 | 2026-05-20 |
Unraveling the indolence of papillary thyroid carcinoma: an exploratory study on B-cell subsets based on genetic predisposition and tumor immunity
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1769020
PMID:41929497
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化、流式细胞术和单细胞转录组学，探索B细胞亚群在甲状腺乳头状癌惰性行为中的因果作用 | 首次整合孟德尔随机化和多组学数据，从遗传和免疫角度揭示外周和肿瘤浸润B细胞亚群与甲状腺乳头状癌惰性行为的因果关系 | 样本量较小且为探索性研究，结论需在大规模独立队列中验证 | 评估外周B细胞亚群作为区分惰性与进展性甲状腺乳头状癌的非侵入性生物标志物的潜力 | 甲状腺乳头状癌患者的外周血B细胞和肿瘤浸润B细胞 | 自然语言处理 | 甲状腺乳头状癌 | NA | NA | 基因表达数据、流式细胞术数据、单细胞RNA测序数据 | 甲状腺乳头状癌患者外周血样本（惰性组与进展组比较）及TCGA-THCA队列样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2026-05-20 |
Dual role of icaritin in attenuating allograft rejection and exerting antitumor effects in mice
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1762553
PMID:41929489
|
研究论文 | 探讨淫羊藿素在减轻小鼠同种异体移植排斥反应和发挥抗肿瘤作用中的双重角色 | 首次揭示淫羊藿素通过靶向CEBPB/PIM1轴抑制CD4+ T细胞活化和Th1分化，从而在减轻移植排斥的同时发挥抗肿瘤作用 | 研究仅在动物模型中进行，未涉及临床患者验证；具体分子机制需进一步深入探索 | 评估淫羊藿素是否具有免疫抑制和抗肿瘤的双重功效，并探索其潜在机制 | BALB/c小鼠作为供体，C57BL/6J小鼠作为受体，进行异位心脏移植模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、分子对接、分子动力学模拟、细胞热移位分析 | NA | 图像、文本 | 涉及多组小鼠，具体样本量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2026-05-20 |
Multi-omics and experimental validation identify USP54 as a prognostic deubiquitinase promoting pancreatic ductal adenocarcinoma progression within the immune microenvironment
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1791707
PMID:41929495
|
研究论文 | 通过多组学整合分析结合实验验证，发现去泛素酶USP54在胰腺导管腺癌的免疫微环境中促进肿瘤进展，并可作为预后标志物和潜在治疗靶点 | 首次通过多组学策略（包括单细胞RNA测序、空间转录组学和机器学习）系统揭示去泛素酶USP54在PDAC免疫微环境中的促癌作用及其转录调控机制 | 研究基于公共数据集和有限细胞系验证，未在更大临床队列中验证USP54的预后价值，且KLF5作为USP54转录激活因子的直接证据需进一步实验确认 | 探究去泛素酶在胰腺导管腺癌免疫微环境中的整体活性及其驱动肿瘤进展的机制 | 胰腺导管腺癌肿瘤组织、BxPC-3和PANC-1细胞系、皮下移植瘤小鼠模型 | 机器学习, 数字病理学, 单细胞组学 | 胰腺导管腺癌 | 多组学分析, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习, 实时定量PCR, 蛋白质印迹, 免疫组化 | Coxnet, Fuzzy SVM, inferCNV, SCENIC, LIANA+, cell2location | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 蛋白质表达数据 | 多种公共数据集（未明确具体样本数），BxPC-3和PANC-1细胞系，小鼠皮下移植瘤和尾静脉注射实验 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2026-05-20 |
CX3CR1 identifies a potent effector CD8+ T cell subset associated with anti-PD-1 therapeutic efficacy in colorectal cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1770119
PMID:41929510
|
研究论文 | 通过多维度方法鉴定出CX3CR1+CD8+T细胞亚群与结直肠癌抗PD-1治疗效果相关 | 首次发现CX3CR1+CD8+T细胞亚群具有终末效应表型（Temra-like），具有强细胞毒性和低耗竭特征，并揭示ETS1、PRDM1和STAT1驱动的调控网络在PD-1抑制后增强代谢适应性和细胞招募 | 未明确说明局限性 | 解码肿瘤浸润CD8+T细胞的异质性，寻找驱动肿瘤控制的效应亚群以优化患者分层和治疗策略 | 结直肠癌肿瘤浸润的CX3CR1+CD8+T细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫组化（mIHC）、体内小鼠模型 | SCENIC分析 | 基因表达数据、组织图像 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |