单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-13	Calceolarioside B targets MMP12 in the tumor microenvironment to inhibit M2 macrophage polarization and suppress hepatocellular carcinoma progression 2025-Apr-26, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156805 PMID:40347889	研究论文	本研究探讨了Calceolarioside B通过靶向MMP12抑制M2型肿瘤相关巨噬细胞极化，从而抑制肝细胞癌进展的机制	首次发现Calceolarioside B作为新型MMP12抑制剂调节肿瘤微环境中TAMs的功能	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行临床验证	探究Calceolarioside B对肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的影响及其分子机制	肝细胞癌模型中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序、TCGA数据库分析、细胞热转移实验、表面等离子共振	小鼠肝内移植HCC模型、巨噬细胞-HCC细胞共培养系统	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明具体样本数量（使用小鼠模型和细胞系）
62	2025-05-13	Single-cell analysis of proximal tubular cells with different DNA content reveals functional heterogeneity in the acute kidney injury to chronic kidney disease transition 2025-Apr-21, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.03.025 PMID:40268163	研究论文	通过单细胞RNA测序分析不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞，揭示其在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性	发现不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞在转录组水平上存在异质性，特别是多倍体细胞表现出促纤维化特征，并鉴定出SPP1作为多倍体细胞的关键枢纽基因	研究仅关注了缺血再灌注损伤后的特定时间点（第3天和第14天），未涵盖AKI-to-CKD转变的全过程	探究近端肾小管上皮细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性	近端肾小管上皮细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	缺血再灌注损伤后第3天和第14天的近端肾小管上皮细胞
63	2025-05-13	MultiOmics analysis of metabolic dysregulation and immune features in breast cancer 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114376 PMID:40054322	研究论文	通过多组学分析乳腺癌中的代谢失调和免疫特征，构建代谢风险模型以预测患者预后	首次全面整合代谢和免疫因素，构建基于代谢相关特征基因的乳腺癌预后预测模型	样本量相对较小（247例），且仅基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据	评估代谢和免疫因素在乳腺癌预后预测中的作用	乳腺癌患者	多组学分析	乳腺癌	GSVA、单细胞测序分析、机器学习算法	代谢风险模型	基因表达数据、临床病理数据	247例乳腺癌样本（来自TCGA和GEO数据库）
64	2025-05-13	Comprehensive pan-cancer single-cell analysis reveals glycolysis-related signatures as predictive biomarkers for immunotherapy response and their role in bladder cancer 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114381 PMID:40058104	研究论文	本研究通过全面的泛癌单细胞分析，揭示了糖酵解相关特征作为免疫治疗反应的预测生物标志物及其在膀胱癌中的作用	发现Glycolysis.Sig与免疫治疗反应强烈相关，并展示了在预后和免疫反应中的优秀预测性能，同时鉴定了COPB2作为膀胱癌的潜在治疗靶点	研究主要基于已有数据集的分析，需要进一步的实验验证	探究糖酵解在泛癌尤其是膀胱癌中的作用及其与免疫治疗反应的关系	泛癌及膀胱癌的单细胞和批量RNA测序数据	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	34个scRNA-seq队列、8个ICI治疗的bulk RNA-seq队列及TCGA泛癌bulk RNA-seq队列
65	2025-05-13	How fish intestinal cells responded to dietary methylmercury exposure? A single-cell transcriptomic analysis 2025-Apr-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.125967 PMID:40043872	research paper	通过单细胞转录组分析研究鱼类肠道细胞对膳食甲基汞暴露的响应	首次在单细胞水平上揭示了不同肠道细胞群体对甲基汞的异质性响应	研究仅针对gilthead seabream，结果可能不适用于其他鱼类	探究鱼类肠道细胞对甲基汞暴露的特定响应机制	gilthead seabream的肠道细胞	单细胞转录组学	重金属中毒	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
66	2025-05-13	TransST: Transfer Learning Embedded Spatial Factor Modeling of Spatial Transcriptomics Data 2025-Apr-15, ArXiv PMID:40321945	research paper	提出了一种名为TransST的新型迁移学习框架，用于从空间转录组学数据中推断细胞水平的异质性	TransST通过自适应地利用外部来源的细胞标记信息，提高了从空间转录组学数据中提取真实生物信号的可靠性	技术限制包括相对较低的分辨率和测序深度不足	提高空间转录组学数据分析的准确性和可靠性	空间转录组学数据	生物医学研究	乳腺癌	空间转录组学	迁移学习框架TransST	空间转录组学数据	多个真实研究和模拟设置
67	2025-05-13	Paradoxical Effect of Myosteatosis on the Immune Checkpoint Inhibitor Response in Metastatic Renal Cell Carcinoma 2025-Apr, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13758 PMID:40052383	research paper	该研究探讨了在转移性肾细胞癌（mRCC）患者中，治疗前低骨骼肌质量（LSMM）和肌脂肪变性对一线免疫检查点抑制剂（ICI）治疗预后的影响	首次揭示了肌脂肪变性在PD-1抑制剂联合CTLA-4抑制剂治疗组和PD-1抑制剂联合TKI治疗组中对预后的相反影响，并结合单细胞RNA测序分析了免疫微环境差异	样本量较小（90例患者），且为回顾性研究	评估LSMM和肌脂肪变性对mRCC患者ICI治疗预后的影响	90例接受一线ICI治疗的转移性肾细胞癌患者	肿瘤免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据和单细胞RNA测序数据	90例mRCC患者（26.7%女性，中位年龄60.5岁）
68	2025-05-13	A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation 2025-Apr-01, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2025.02.004 PMID:40054462	research paper	该研究揭示了PIEZO2机械敏感离子通道在脂肪感觉神经支配中的关键作用	首次发现PIEZO2在脂肪神经支配的背根神经节神经元中作为主要机械感受器，并揭示了其在脂肪组织感觉调控中的重要作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	探索脂肪组织中感觉传入神经的分子机制	脂肪组织的感觉神经支配	神经生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
69	2025-05-13	Central FGF19 signaling enhances energy homeostasis and adipose tissue thermogenesis through sympathetic activation in obese mice 2025-Apr-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00488.2024 PMID:40059865	research paper	该研究探讨了中枢FGF19信号通过激活交感神经增强肥胖小鼠能量稳态和脂肪组织产热的作用	揭示了FGF19通过激活交感神经促进白色和棕色脂肪组织产热的新机制，而不仅限于减少食物摄入	研究仅在肥胖小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究中枢FGF19信号对肥胖小鼠能量代谢和脂肪组织功能的调控机制	饮食诱导肥胖(DIO)小鼠	代谢研究	肥胖症	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本量，使用饮食诱导肥胖小鼠模型
70	2025-05-13	Genome-Scale Metabolic Modeling of Human Pancreas with Focus on Type 2 Diabetes 2025-Apr, Omics : a journal of integrative biology IF:2.2Q3 DOI:10.1089/omi.2024.0211 PMID:40068171	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和通用Human1模型，生成了非糖尿病和2型糖尿病状态下α、β、δ和PP细胞的特定基因组规模代谢模型，并在单细胞分辨率下进行了代谢活动分析	首次在单细胞分辨率下生成非糖尿病和2型糖尿病状态下胰腺细胞的基因组规模代谢模型，并通过改变葡萄糖和氧气的摄取研究了代谢活动的变化	研究仅关注胰腺细胞，未考虑其他组织在2型糖尿病中的作用	深入了解2型糖尿病的病理生理学并发现新的分子靶点	非糖尿病和2型糖尿病状态下的胰腺α、β、δ和PP细胞	计算生物学	2型糖尿病	单细胞RNA测序、基因组规模代谢建模、通量平衡分析	Human1模型	RNA测序数据	NA
71	2025-05-13	Expression of co-signaling molecules TIM-3/Galectin-9 at the maternal-fetal interface 2025-Apr, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.03.002 PMID:40068377	研究论文	研究Galectin-9和TIM-3在母胎界面的表达及其在维持免疫耐受微环境中的作用	首次使用单细胞转录组学、空间转录组学和多重免疫组化技术研究Galectin-9和TIM-3在母胎界面的分布和功能	未涉及Galectin-9和TIM-3在复发性流产中的具体机制研究	探究Galectin-9和TIM-3在母胎界面的表达及其在维持妊娠免疫耐受中的作用	母体蜕膜组织和胎盘来源的细胞	生殖免疫学	妊娠相关疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	NA	转录组数据、免疫组化数据	未明确说明样本数量，但涉及多种细胞类型（T细胞、NK细胞、巨噬细胞、内皮细胞、基质细胞等）
72	2025-05-13	Single-Cell Proteomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes 2025-Apr, Molecular & cellular proteomics : MCP IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.mcpro.2025.100949 PMID:40090465	研究论文	本研究通过单细胞蛋白质组学技术揭示了耐药前列腺癌细胞的蛋白质组特征及其与形态变化的关联	采用优化的高通量数据非依赖采集（DIA）方法进行单细胞蛋白质组分析，平均每个细胞鉴定超过1300种蛋白质，并发现了与细胞大小变化相关的蛋白质亚群	NA	探索前列腺癌耐药细胞的蛋白质组特征及其在治疗抵抗和癌症进展中的作用	耐药前列腺癌细胞（DRCs）和亲本PC3细胞	蛋白质组学	前列腺癌	单细胞蛋白质组学（SCP）、数据非依赖采集（DIA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	NA
73	2025-05-13	Deciphering the role of pyroptosis-related genes and natural killer T cells in sepsis pathogenesis: a comprehensive bioinformatics and Mendelian randomization analysis 2025-Apr, Journal of physiology and pharmacology : an official journal of the Polish Physiological Society IF:2.0Q3 DOI:10.26402/jpp.2025.2.10 PMID:40350654	research paper	该研究通过生物信息学和孟德尔随机化分析，探讨了焦亡相关基因和自然杀伤T细胞在脓毒症发病机制中的作用	首次综合分析了焦亡相关基因和自然杀伤T细胞在脓毒症中的角色，并发现了多个潜在的诊断生物标志物	研究主要基于公开数据库数据，缺乏实验验证	阐明焦亡相关基因和自然杀伤T细胞在脓毒症发病机制中的作用	脓毒症患者样本和健康对照样本	生物信息学	脓毒症	WGCNA, ssGSEA, scRNA-seq, 孟德尔随机化分析	机器学习方法	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE57065, GSE95233, GSE65682, GSE167363）
74	2025-05-13	iMetAct: An integrated systematic inference of metabolic activity for dissecting tumor metabolic preference and tumor-immune microenvironment 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115375 PMID:40053454	research paper	介绍了一种名为iMetAct的框架，用于从基因表达数据推断酶活性，并应用于肝癌亚型分类和肿瘤微环境中的代谢与免疫调节研究	iMetAct整合了代谢-转录网络和信息传播策略，能够考虑翻译后修饰的影响，优于基于表达的方法	未明确提及具体局限性	开发高精度推断代谢酶活性的方法，并研究肿瘤代谢偏好及其与肿瘤免疫微环境的相互作用	代谢酶活性、肝癌亚型、肿瘤微环境	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序	信息传播策略	基因表达数据	NA
75	2025-05-13	Secreted neurofilament light chain after neuronal damage induces myeloid cell activation and neuroinflammation 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115382 PMID:40056413	研究论文	研究神经元损伤后释放的神经丝轻链（NfL）如何激活骨髓细胞并引发神经炎症	揭示了NfL在神经元损伤后的释放机制及其在神经退行性疾病中的作用，证明了NfL可作为神经退行性疾病的潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究NfL在神经退行性疾病中的作用及其潜在的治疗应用	神经元、小胶质细胞、骨髓细胞	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	单细胞RNA测序	SOD1小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型
76	2025-05-13	Protocol for single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics of bladder Ewing sarcoma 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103687 PMID:40067823	研究论文	介绍了一种从膀胱尤文肉瘤组织中分离单细胞并获取高质量空间转录组数据的实验方案	结合单细胞RNA测序和空间转录组技术，研究膀胱尤文肉瘤的基因表达模式和细胞异质性	未提及实验结果的验证或应用范围	开发一种用于膀胱尤文肉瘤研究的单细胞RNA测序和空间转录组学实验方案	膀胱尤文肉瘤组织	数字病理学	膀胱尤文肉瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	未提及具体样本数量
77	2025-05-13	Protocol for interpretable and context-specific single-cell-informed deconvolution of bulk RNA-seq data 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103670 PMID:40042970	研究论文	提出一种从批量RNA测序数据中提取单细胞相关信息的协议	使用PLIER算法和单细胞签名训练模型CLIER，生成可解释的潜在变量	协议的具体应用和效果依赖于特定数据集和生物学背景	从批量RNA测序数据中提取单细胞相关信息	批量RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	PLIER, CLIER	RNA测序数据	NA
78	2025-05-13	Interferon-γ-stimulated antigen-presenting cancer-associated fibroblasts hinder neoadjuvant chemoimmunotherapy efficacy in lung cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102017 PMID:40056907	research paper	该研究揭示了抗原呈递癌症相关成纤维细胞（apCAFs）如何通过干扰素-γ刺激的途径阻碍肺癌新辅助化疗免疫疗法的效果，并提出了针对PD-L2/RGMB轴的潜在治疗策略	首次发现apCAFs通过IFN-γ-JAK1/2-STAT1-IFI6/27途径扩增，并通过PD-L2-RGMB轴促进FOXP1调节性T细胞的积累，从而影响NCIT疗效	研究样本可能有限，且未涉及所有可能的耐药机制	探究新辅助化疗免疫疗法（NCIT）在非小细胞肺癌（NSCLC）中疗效受限的机制	非小细胞肺癌（NSCLC）患者及癌症相关成纤维细胞（apCAFs）	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序分析	NA	单细胞测序数据	NCIT队列中的患者样本
79	2025-05-13	Periarteriolar niches become inflamed in aging bone marrow, remodeling the stromal microenvironment and depleting lymphoid progenitors 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412317122 PMID:40063797	研究论文	研究探讨了衰老过程中骨髓基质细胞的变化及其对造血干细胞和淋巴祖细胞的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了衰老骨髓中LepR细胞亚群的转录特征及其对造血干细胞维持的作用，并发现动脉周围微环境炎症化导致淋巴祖细胞减少	研究仅基于小鼠模型，人类骨髓衰老的类似机制尚需验证	探究骨髓基质细胞在衰老过程中的变化及其对造血微环境的影响	小鼠骨髓基质细胞（LepR细胞和内皮细胞）及造血干细胞/祖细胞	细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2月龄、12月龄和24月龄小鼠骨髓基质细胞
80	2025-05-13	Cell type and region-specific transcriptional changes in the endometrium of women with RIF identify potential treatment targets 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421254122 PMID:40063812	研究论文	利用空间转录组学技术研究复发性植入失败（RIF）患者子宫内膜中不同区域和细胞类型的基因表达差异，以识别潜在的治疗靶点	首次在RIF患者中应用空间转录组学技术，揭示了子宫内膜不同区域和细胞类型的特异性基因表达变化，并发现了与胚胎植入异常相关的基因	样本量较小（RIF组和对照组各8例），可能影响结果的普遍性	探索RIF患者子宫内膜的分子机制并识别潜在治疗靶点	复发性植入失败（RIF）患者和生育能力正常对照组的子宫内膜组织	生殖医学	不孕症	空间转录组学	NA	基因表达数据	16例（8例RIF患者和8例生育能力正常对照）