单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-07	A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma 2025-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02161-3 PMID:40399607	研究论文	应用单细胞空间转录组学揭示健康和哮喘状态下气道壁的细胞生态系统及其相互作用	首次揭示了健康和哮喘气道壁中促炎细胞生态系统的空间分布及其相互作用机制，并发现ACKR1受体和表达双调蛋白的肥大细胞在这些生态系统中起关键作用	未明确说明样本数量和研究人群特征，且仅关注哮喘未涉及其他呼吸道疾病	解析气道壁细胞的空间分布及其在健康和哮喘状态下的相互作用机制	健康和哮喘患者的气道壁细胞	空间转录组学	哮喘	单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
62	2025-06-07	Intrathecal nivolumab and IL-2 for treatment of leptomeningeal metastases in EGFR-mutated lung adenocarcinoma 2025-Jun, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108586 PMID:40412102	研究论文	该研究报道了一例使用鞘内注射nivolumab和IL-2治疗EGFR突变肺腺癌软脑膜转移的病例，并进行了单细胞RNA测序分析	首次报道了鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗对标准系统性和鞘内治疗耐药的NSCLC软脑膜转移病例	仅为一例病例报告，需要在前瞻性临床研究中进一步验证	评估鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗NSCLC软脑膜转移的可行性、安全性和潜在疗效	EGFR突变非小细胞肺癌(NSCLC)伴软脑膜转移患者	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	临床数据和单细胞测序数据	1例患者，治疗前后脑脊液样本
63	2025-06-07	Molecular Mechanisms of Intervertebral Disc Degeneration: Significance of SPARC Gene Expression 2025-Jun-01, Journal of musculoskeletal & neuronal interactions IF:1.7Q4 PMID:40452200	研究论文	探讨SPARC基因在椎间盘退变中的作用，结合生物信息学分析和体外实验	发现SPARC基因在退变的髓核细胞中显著上调，并与COL2A1和ACAN表达变化相关	未提及样本量大小或实验设计的潜在局限性	探索椎间盘退变的分子机制，特别是SPARC基因的作用	椎间盘退变（IDD）中的髓核细胞	生物信息学	椎间盘退变	单细胞测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光、免疫组化	NA	基因表达数据	NA
64	2025-06-07	CXCL10highTNFαhighKi67+ Microglia Recruit and Activate CD8+ T Cells in the Brainstem During Experimental Cerebral Malaria 2025-Jun, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70425 PMID:40457525	研究论文	本研究探讨了实验性脑疟疾(ECM)中小胶质细胞的异质性及其在招募和激活CD8+ T细胞中的作用	发现了一种独特的ECM相关小胶质细胞亚型CXCL10highTNFαhighKi67+，并揭示了其通过持续相互作用介导CD8+ T细胞招募和持续激活的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究小胶质细胞在实验性脑疟疾神经炎症发病机制中的作用	C57BL/6J小鼠、小胶质细胞、CD8+ T细胞	神经免疫学	脑疟疾	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色、电子显微镜、transwell实验、粘附实验、细胞毒性测试	小鼠脑疟疾模型	基因表达数据、显微镜图像	未明确说明小鼠数量，但使用了单细胞RNA测序等技术
65	2025-06-07	Single-cell and spatial transcriptome profiling identifies cellular heterogeneity and immunosuppressive tumor microenvironment in inflammatory breast cancer 2025-Jun-01, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.061 PMID:40460936	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析，揭示了炎症性乳腺癌（IBC）的细胞异质性和免疫抑制性肿瘤微环境	首次在单细胞和空间水平上分析IBC的免疫细胞群和信号通路，并发现CXCL13的表达与患者预后相关，同时筛选出具有免疫调节潜力的天然产物	研究样本量未明确说明，且体外和体内实验的转化效果需进一步验证	探究IBC的病理和分子基础，开发精准医疗策略	炎症性乳腺癌（IBC）和非IBC样本	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, qRT-PCR, 荧光染色, NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler, 肿瘤-免疫细胞共培养实验	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
66	2025-06-07	Single-cell RNA-seq analysis reveals the multi-step process of cellular senescence 2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102042 PMID:40476058	research paper	通过单细胞RNA-seq分析揭示细胞衰老的多步骤过程	整合单细胞轨迹和转录因子动态，解码复制性衰老过程中的阶段特异性分子特征	仅基于人类脐静脉内皮细胞（HUVECs）的数据，未验证其他细胞类型	阐明细胞衰老的机制	人类脐静脉内皮细胞（HUVECs）	生物信息学	NA	scRNA-Seq	Seurat, Monocle 3, SCENIC	RNA-seq数据	公开可用的HUVECs单细胞RNA-Seq数据
67	2025-06-07	Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654940 PMID:40475580	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索了1型糖尿病（T1D）自然病程中胰腺及胰腺引流淋巴结（pLN）的炎症反应	整合空间转录组学与单细胞RNA测序数据，揭示了T1D发病过程中胰腺和pLN的转录变化及潜在的炎症特征	样本来源有限，仅包括非糖尿病患者和高易感性非糖尿病自身抗体阳性个体	研究1型糖尿病发病机制中的炎症反应	胰腺和胰腺引流淋巴结（pLN）组织	空间转录组学	1型糖尿病	空间转录组学（ST），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	非糖尿病患者和高易感性非糖尿病自身抗体阳性个体的胰腺及pLN样本
68	2025-06-07	A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases 2025-May-27, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.05.22.25328104 PMID:40475139	研究论文	本研究提供了一个B细胞激活的多组学资源，揭示了免疫介导疾病的遗传机制	首次全面表征了B细胞在不同激活状态下的基因表达、剪接效应和染色质可及性，并揭示了这些变化与免疫介导疾病遗传风险的关联	研究仅纳入了26名健康女性捐赠者的B细胞，样本量和多样性可能有限	探索B细胞激活状态对免疫介导疾病遗传风险的分子机制	人类B细胞	基因组学	免疫介导疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq(CITE-seq), ATAC-seq	NA	基因组数据	26名健康女性捐赠者的B细胞
69	2025-06-07	Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens 2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655669 PMID:40475436	研究论文	本文探讨了在胚胎体（EBs）中进行CRISPR筛选的方法，并提出了单克隆胚胎体作为解决嵌合体筛选中的瓶颈问题的潜在方案	开发了一种可扩展的单克隆胚胎体协议，通过遗传条形码技术解决了嵌合体筛选中的克隆复杂性降低问题	研究结果在生物学重复中不可重现，表明EB分化过程中存在细胞瓶颈	探索基因组学与发育生物学交叉领域的发现，特别是转录因子在谱系规范中的作用	小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs）	发育生物学	NA	CRISPR筛选、scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
70	2025-06-07	Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies 2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654974 PMID:40475448	研究论文	本文对商业单细胞RNA测序技术的实用性和性能进行了全面评估	对七种最新可用的单细胞转录组测序试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒进行了标准化比较，提供了性能与实用因素的平衡依据	研究仅基于PBMCs样本，可能不适用于其他细胞类型或组织	评估和比较不同商业单细胞RNA测序技术的性能和实用性	多种供体的标准化PBMCs样本	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个不同供体的标准化PBMCs样本
71	2025-06-07	Patient-Derived Three-Dimensional Lung Tumor Models to Evaluate Response to Immunotherapy 2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654890 PMID:40475675	research paper	开发了一种新型患者来源的三维肺肿瘤模型（3D-LTM），用于评估免疫检查点抑制剂（ICI）的快速反应	该模型保持了人类细胞外基质、细胞间相互作用和组织结构的特征，能够重现非小细胞肺癌（NSCLC）患者对免疫治疗的异质性反应	未明确提及具体局限性	评估免疫治疗反应并开发预测NSCLC患者早期反应的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics	3D-LTM	gene expression data	未明确提及具体样本数量
72	2025-06-07	A Multimodal Spatial and Epigenomic Atlas of Human Adult Lung Topography 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655666 PMID:40475598	research paper	本文介绍了一个整合的多模态单核人类肺图谱（snHLA），通过分析来自11名健康成年人的746,047个细胞核，绘制了临床相关的远端气道、肺泡和间质的高分辨率参考图谱	整合了snRNA-seq和SNARE-seq2技术，同时分析了同一细胞核的染色质可及性和基因表达，识别了70个分子上不同的细胞群体和332,846个可及染色质区域，提出了新的转录调控因子	研究仅基于11名健康成年人的样本，可能无法完全代表所有人群的肺组织结构	开发高分辨率的肺疾病易感空间参考图谱，以减轻肺疾病的深远影响	人类肺组织的远端气道、肺泡和间质	digital pathology	lung cancer	snRNA-seq, SNARE-seq2, MERFISH, 多重免疫荧光	NA	单核RNA测序数据、空间转录组数据、染色质可及性数据	746,047个细胞核，来自11名健康成年人的49个肺组织块
73	2025-06-07	Exploring the immune environment of glioblastoma through single-cell RNA sequencing in humanized mouse models 2025-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.17.654526 PMID:40475625	研究论文	通过在人源化小鼠模型中进行单细胞RNA测序，探索胶质母细胞瘤的免疫环境	建立了一种独特的人源化胶质母细胞瘤小鼠模型，该模型利用患者来源的异种移植（PDXs）在人源化小鼠中，增强了肿瘤多样性并模拟了复发性人类胶质母细胞瘤的免疫细胞特征	研究中使用的免疫缺陷小鼠模型可能无法完全模拟人类免疫系统的复杂性	分析胶质母细胞瘤的肿瘤免疫景观并评估新疗法，特别是免疫疗法	人源化小鼠模型中的胶质母细胞瘤患者来源的异种移植（PDXs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学	人源化小鼠模型	RNA测序数据、图像数据	两种免疫缺陷小鼠模型，使用人脐带血来源的CD34+造血干细胞祖细胞进行人源化
74	2025-06-07	3D organoids containing endothelial and neural cells generation by serial inductions of differentiation on human iPSC-derived embryoid bodies 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.20.653559 PMID:40475416	研究论文	通过在人iPSC衍生的胚胎体上连续诱导分化，生成包含内皮细胞和神经细胞的3D器官样体	开发了一种新型3D器官样体，同时包含神经细胞和内皮细胞，模拟了体内神经和内皮细胞的发育过程	NA	研究人脑发育和神经障碍中内皮细胞与神经细胞的相互作用	人iPSC衍生的胚胎体	数字病理学	神经障碍	scRNA-Seq, RNA-Seq, siRNA处理	3D器官样体模型	基因表达数据	NA
75	2025-06-07	Mapping satellite glial cell heterogeneity reveals distinct spatial organization and signifies functional diversity in the dorsal root ganglion 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654813 PMID:40475507	research paper	该研究首次全面描述了小鼠背根神经节（DRG）中卫星胶质细胞（SGCs）的异质性，并通过单细胞RNA测序、免疫组化和先进成像技术识别、验证并空间定位了不同的SGC亚群	首次在小鼠DRG中识别并空间定位了四种不同的SGC亚群，揭示了它们在感觉处理中的潜在功能多样性	研究主要基于小鼠模型，人类DRG的发现仅为初步观察，需要进一步验证	探索背根神经节中卫星胶质细胞的异质性及其功能意义	小鼠和人类背根神经节中的卫星胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序、免疫组化、杂交和先进成像技术	NA	基因表达数据和图像数据	NA
76	2025-06-07	Oncogenic drivers shape the tumor microenvironment in human gliomas 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654515 PMID:40475555	研究论文	本文通过多组学和空间转录组学分析，研究了人类胶质瘤中致癌驱动因素对肿瘤微环境的影响	揭示了致癌基因扩增方式（线性染色体增益与ecDNA）如何塑造不同的肿瘤结构和转录动态，以及IDH突变型胶质瘤与胶质母细胞瘤在微环境中的差异	样本量相对较小（93个胶质瘤样本），且仅针对特定类型的胶质瘤进行了分析	探讨基因组改变如何影响胶质瘤微环境	人类胶质瘤（IDH突变型胶质瘤和IDH野生型胶质母细胞瘤）	数字病理学	胶质瘤	全基因组测序、染色质构象捕获（Hi-C）、RNA-seq、单细胞空间转录组学（Xenium）	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	93个胶质瘤样本（来自69名患者，包括46个IDH突变型胶质瘤和47个IDH野生型胶质母细胞瘤）
77	2025-06-07	Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654622 PMID:40475635	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了视网膜髓系细胞在人类神经元移植后的反应，揭示了小胶质细胞激活的可逆性	首次展示了视网膜髓系细胞在移植后的双向激活轨迹，并发现其激活过程与神经退行性疾病中的小胶质细胞激活模式相似	研究仅观察了移植后3天的细胞反应，缺乏长期跟踪数据	探究视网膜髓系细胞在神经元移植后的激活机制及其异质性	视网膜小胶质细胞/巨噬细胞和移植的人类视网膜神经节细胞(RGC)	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 10X Genomics Chromium平台, RNA Velocity分析	NA	单细胞转录组数据, 免疫荧光图像	3-6月龄knock-in小鼠视网膜样本，每个样本最多10,000个活细胞用于测序
78	2025-06-07	Optimizing Single-Cell Long-Read Sequencing for Enhanced Isoform Detection in Pancreatic Islets 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.30.651101 PMID:40475445	研究论文	本研究优化了单细胞长读长测序协议，以提高胰腺胰岛中异构体的检测能力	优化了5'端文库制备协议，并展示了靶向胰岛素转录本耗竭策略在提高信息读长检测中的效用	技术挑战包括读长不足和较高的错误率	提高胰腺胰岛中异构体的检测能力，以更深入地了解转录组复杂性和细胞异质性	胰腺胰岛中的单细胞RNA测序	基因组学	糖尿病	单细胞长读长测序	NA	RNA序列数据	NA
79	2025-06-07	Efficient profiling of total RNA in single cells with STORM-seq 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.03.14.484332 PMID:40475517	研究论文	介绍了一种名为STORM-seq的单细胞总RNA测序技术，能够高效检测非编码转录本和全长RNA覆盖	STORM-seq是目前复杂度最高的单细胞RNA测序技术，能够准确测量转录异构体和临床相关基因融合，并重建转座因子的表达谱	需要标准实验室设备，可能对某些实验室实施存在限制	开发一种更高效、更全面的单细胞RNA测序技术	单细胞中的总RNA，包括非编码转录本和转录异构体	基因组学	NA	scRNA-seq, STORM-seq	NA	RNA测序数据	人类输卵管上皮细胞
80	2025-06-07	Tacrolimus prolongs corneal allograft survival and prevents dendritic cell infiltration in a myeloid-derived suppressor cell-dependent manner 2025-May-19, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2025.05.018 PMID:40398562	研究论文	研究他克莫司（FK506）通过诱导髓源性抑制细胞（MDSC）抑制早期树突状细胞（DC）激活，从而延长角膜移植物存活的细胞机制	揭示了FK506通过MDSC依赖性方式抑制DC激活和免疫细胞浸润，从而延长角膜移植物存活的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究FK506在角膜移植术后免疫抑制和移植物存活延长的细胞机制	小鼠角膜穿透性角膜移植模型	免疫学	角膜移植排斥	单细胞RNA测序分析、免疫荧光染色	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明小鼠数量