单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-07	Comment on "Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network pharmacology" 2025-Sep-06, Urolithiasis IF:2.0Q2 DOI:10.1007/s00240-025-01839-5 PMID:40913665	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
62	2025-09-07	Systemic comparison of molecular characteristics in different skin fibroblast senescent models 2025-Sep-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003312 PMID:39329281	研究论文	本研究系统比较了不同皮肤成纤维细胞衰老模型的分子特征，包括转录组差异及其对免疫微环境的影响	首次对四种不同诱导方式（UVB照射、D-半乳糖刺激、阿扎那韦处理、复制衰竭诱导）的衰老模型与天然衰老成纤维细胞进行多维度对比分析	D-半乳糖刺激模型未能清晰呈现衰老特征，模型间存在显著差异可能导致适用范围受限	比较人类原代皮肤成纤维细胞在不同衰老模型中的转录组特征	人类皮肤原代成纤维细胞（来自儿童和老年供体）及四种衰老诱导模型	细胞生物学	皮肤疾病	流式细胞术、免疫荧光染色、实时定量PCR、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、细胞表型数据	儿童和老年供体的皮肤原代成纤维细胞，以及四种诱导衰老模型
63	2025-09-07	Differential phagocytosis induces diverse macrophage activation states in malignant gliomas 2025-Sep-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012211 PMID:40912739	研究论文	本研究探讨放疗和CD47阻断如何协同调节巨噬细胞吞噬活性及其激活状态在恶性胶质瘤中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示吞噬性巨噬细胞的转录异质性，并证明放疗与抗CD47联合治疗可协同诱导促炎性巨噬细胞表型	研究主要基于体外和小鼠模型，临床转化潜力仍需进一步验证	解析恶性胶质瘤中巨噬细胞吞噬作用的调控机制及治疗策略	弥漫中线胶质瘤(DMG)和胶质母细胞瘤(GBM)细胞系及小鼠模型	肿瘤免疫学	脑肿瘤	流式细胞术, ELISA, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 原位移植瘤模型	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	人和小鼠胶质瘤细胞系，以及外周血单核细胞来源和骨髓来源的巨噬细胞
64	2025-09-07	What makes the human brain special - from cellular function to clinical translation 2025-Sep-05, Journal of neurophysiology IF:2.1Q3 DOI:10.1152/jn.00120.2025 PMID:40912899	综述	本文回顾并强调了人类大脑从分子表达到细胞特性及临床转化挑战与前景的专门化研究	采用多模态方法直接研究人类神经元、胶质细胞和皮质回路与其他物种的显著差异，并推动人类组织样本疾病建模的发展	NA	理解人类大脑从细胞到系统水平的独特差异，并克服从动物研究到患者护理的转化鸿沟	人类神经元、胶质细胞、皮质回路及人类组织样本	神经科学	NA	单细胞和网络记录、单细胞转录组学、形态学分析	NA	组织样本、转录组数据、形态数据	NA
65	2025-09-07	Unraveling cellular dynamic changes in tumor evolution induced by long-term low dose-rate radiation 2025-Sep-05, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03128-9 PMID:40913060	研究论文	本研究通过单细胞测序等技术探究长期低剂量率辐射诱导肿瘤演化的细胞动态变化与分子机制	首次揭示长期低剂量率辐射通过ANGPTL4-SDC4配体-受体对增强细胞恶性程度，并系统阐明其促进肺癌早期演化的动态过程	研究主要基于BEAS-2B细胞模型，临床相关性及人体适用性需进一步验证	揭示长期低剂量率辐射对肿瘤恶性演化的生物学影响及分子机制	BEAS-2B细胞系及辐射诱导的肺癌肿瘤细胞	肿瘤生物学	肺癌	scRNA-seq, FACS, 分子对接, 多重免疫组化, qRT-PCR, 免疫共沉淀	细胞轨迹分析模型	单细胞转录组数据, 蛋白互作数据, 基因表达数据	BEAS-2B细胞辐射模型及衍生肿瘤细胞（具体数量未明确说明）
66	2025-09-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Granzyme K+ CD8+ T Cells as a Target for Mitigating Plaque Instability Following Radiation 2025-Sep-05, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.040632 PMID:40913272	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了放疗后斑块不稳定的机制，并识别出GZMK+ CD8+ T细胞的关键作用	首次结合双模态同步OCT-IVUS成像和单细胞转录组学，动态解析放疗诱导的斑块不稳定性与免疫细胞亚群的关联	研究基于兔和小鼠动物模型，人类临床适用性需进一步验证	探究放疗诱发心血管斑块不稳定的分子机制并寻找治疗靶点	ApoE-/-小鼠的动脉粥样硬化病变组织和兔颈动脉斑块	生物医学研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 光学相干断层扫描-血管内超声(OCT-IVUS), 流式细胞术, 基因敲除	NA	基因表达数据, 医学影像数据	ApoE-/-小鼠的三个阶段病变组织（未照射、早期照射、晚期照射）及兔模型系列时间点观测
67	2025-09-07	Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Dynamic Cell Populations and Immune Infiltration in Moyamoya Disease 2025-Sep-05, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.041168 PMID:40913267	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示烟雾病病理动脉中的细胞组成动态变化和免疫浸润机制	首次构建烟雾病浅颞动脉的单细胞转录组图谱，发现自然杀伤T细胞通过特定通路促进血管细胞增殖和迁移的新机制	样本量较小（2例患者和3例对照），仅分析浅颞动脉而未涉及其他血管类型	解析烟雾病病理动脉的细胞组成和分子改变机制	烟雾病患者和健康对照的浅颞动脉样本	单细胞组学	烟雾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体外实验验证	NA	单细胞转录组数据	5例样本（2例患者+3例对照），共26,371个细胞
68	2025-09-07	STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging 2025-Sep-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027 PMID:40532697	研究论文	开发了一种名为STAMP的可扩展单细胞多模态分析技术，通过成像平台替代测序实现低成本、高通量的细胞转录组和蛋白质组分析	利用成像技术替代传统测序，首次实现同时保留细胞结构和形态的多模态（RNA、蛋白质和H&E）单细胞分析，支持百万级细胞的高效分析	NA	克服单细胞RNA测序的可扩展性限制和高成本问题，开发更经济高效的单细胞分析技术	外周血单个核细胞、细胞系和干细胞	数字病理学	NA	转录组和蛋白质组成像技术	NA	图像、转录组数据、蛋白质组数据	10,962,092个高质量细胞/核和6,030,429,954个转录本
69	2025-09-07	Combination antiretroviral therapy and MCL-1 inhibition mitigate HTLV-1 infection in vivo 2025-Sep-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.023 PMID:40645177	研究论文	本研究探讨了针对HTLV-1c感染的预防和治疗策略，通过人源化小鼠模型验证联合抗逆转录病毒疗法与MCL-1抑制的有效性	首次建立HTLV-1c人源化小鼠模型，发现MCL-1特异性抑制剂（而非其他BCL-2家族抑制剂）可选择性清除感染细胞，并与抗病毒药物协同作用	研究基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证；未探讨长期毒副作用	开发针对HTLV-1c病毒感染的预防和治疗方案	人源化小鼠模型及HTLV-1c感染的细胞	病毒学与免疫治疗	病毒性感染（HTLV-1相关疾病）	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、细胞内流式细胞术、BH3模拟化合物药理抑制	NA	基因表达数据、流式细胞数据	人源化小鼠模型（具体数量未明确说明）
70	2025-09-07	Dissecting microbial communities with single-cell transcriptome analysis 2025-Sep-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp6252 PMID:40906858	综述	本文回顾了单细胞转录组分析技术在微生物群落研究中的进展、挑战及应用	将单细胞基因表达分析技术从人类生物学拓展至微生物群落研究，揭示亚群间相互作用和功能异质性	技术应用仍面临挑战（如微生物样本的特殊处理需求），且尚处于发展阶段	解析微生物群落功能及亚群相互作用机制	微生物群落（重点关注人类肠道微生物组）	微生物组学	NA	单细胞转录组分析（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA（综述类文章未指定具体样本量）
71	2025-09-07	Bone marrow immune remodeling in depression: TNF/NF-κB mediated leukocyte redistribution and construction of an interpretable predictive model 2025-Sep-04, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115487 PMID:40911995	研究论文	本研究通过多组学分析和机器学习模型，揭示了压力诱导抑郁中骨髓免疫重塑的分子机制并开发了预测模型	发现TNF/NF-κB通路介导的白细胞重新分布机制，并首次构建基于外周血多参数的可解释抑郁症预测模型	研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明压力通过神经免疫相互作用导致抑郁的分子机制并开发诊断生物标志物	心理应激小鼠模型和人类外周血参数	机器学习	抑郁症	单细胞RNA测序、转录组学、蛋白质相互作用网络、SHAP分析	随机森林(RF)	外周血多参数数据、单细胞测序数据	小鼠应激模型及对应外周血参数数据集
72	2025-09-07	The food-derived metabolite trimethylamine and trimethylamine-N-oxide promote colorectal cancer progression via SREBF1 2025-Sep-04, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118996 PMID:40912095	研究论文	研究食物代谢物三甲胺（TMA）和三甲胺-N-氧化物（TMAO）通过SREBF1调控机制促进结直肠癌进展	首次揭示TMA和TMAO通过激活PI3K/AKT信号通路并依赖SREBF1介导促进结直肠癌细胞增殖的机制	机制研究主要基于体外实验和动物模型，人类临床相关性需进一步验证	探究TMA和TMAO对结直肠癌进展的影响及其分子机制	结直肠癌细胞系和小鼠皮下肿瘤模型	肿瘤生物学	结直肠癌	实时PCR、Western blotting、细胞活力与迁移实验、凋亡分析、单细胞RNA测序、肿瘤异种移植模型	NA	分子生物学数据、基因表达数据、体内外实验数据	细胞实验和动物模型（具体样本数量未明确说明）
73	2025-09-07	Essential role of CD56dimNKG2C+ NK cells trained by SARS-CoV-2 vaccines in protecting against COVID-19 2025-Sep-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.031 PMID:40450518	研究论文	本研究揭示了SARS-CoV-2灭活疫苗通过训练CD56dimNKG2C+ NK细胞和巨噬细胞等先天免疫细胞在预防COVID-19中的关键作用	首次阐明灭活COVID-19疫苗训练的特定NK细胞亚群（CD56dimNKG2C+）与M2样巨噬细胞协同保护机制，并发现老年人群体中这些适应性细胞缺陷现象	研究主要基于恒河猴模型，人类数据仍需进一步验证；老年人样本的保护性缺陷机制需要更深入研究	评估SARS-CoV-2疫苗在先天免疫层面的保护效果，为疫苗研发提供新视角	恒河猴模型和人类外周血单个核细胞，重点关注NK细胞、巨噬细胞和T细胞	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	单细胞测序数据、流式细胞数据	恒河猴模型和人类参与者（特别包含老年人群）
74	2025-09-07	CRISPR for cystic fibrosis: Advances and insights from a systematic review 2025-Sep-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.06.021 PMID:40534129	系统综述	本文系统综述了CRISPR基因编辑技术在囊性纤维化治疗中的应用进展，分析了27篇相关研究文章	通过跨研究比较，系统分析了多种CRISPR技术对CFTR基因不同突变的编辑效率、策略设计和功能恢复水平	需要更标准化的编辑效率和功能恢复报告标准，缺乏足够的单细胞RNA测序和体内研究数据	为基于CRISPR的基因编辑方法在囊性纤维化治疗中的进一步探索提供技术见解	囊性纤维化患者CFTR基因的致病突变	基因编辑	囊性纤维化	CRISPR基因编辑技术，包括同源定向修复、碱基编辑和引物编辑	NA	研究文献数据	27篇研究文章，涵盖超过15种CFTR基因突变，其中F508del和W1282X突变研究最为广泛
75	2025-09-07	Recognition of molecular clusters and a novel prognostic signature based on natural killer cell-related genes in skin cutaneous melanoma 2025-Sep-03, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03975-z PMID:40903770	研究论文	基于自然杀伤细胞相关基因识别皮肤黑色素瘤的分子亚型并构建新型预后标志物	首次基于NK细胞相关基因对SKCM进行分子分型，并整合多种机器学习算法构建12基因预后特征	基于公共数据库的回顾性分析，需进一步实验验证	开发皮肤黑色素瘤的预后预测模型	皮肤黑色素瘤患者样本	生物信息学	皮肤黑色素瘤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, qPCR, 机器学习算法	Cox回归模型, 多种机器学习算法组合	基因表达数据, 临床预后数据	来自TCGA、GEO等公共数据库的SKCM样本
76	2025-09-07	NUTM2A-AS1 as a potential key regulator in cancer: unraveling its ceRNA networks and impact on tumor biology 2025-Sep-03, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-03019-y PMID:40903777	综述	本文全面综述了长链非编码RNA NUTM2A-AS1在多种癌症中的ceRNA调控机制及其临床意义	系统整合了NUTM2A-AS1在不同癌种中的ceRNA作用网络，揭示了其通过海绵吸附miRNA调控关键致癌通路的新机制	缺乏体内实验和临床试验数据，需要未来研究进一步验证其治疗靶点潜力	阐明NUTM2A-AS1在癌症发生发展中的调控作用及其作为生物标志物的潜力	多种癌症类型（胃癌、肝癌、神经母细胞瘤等）及相关的分子机制	肿瘤生物学	多癌种（包括胃癌、肝癌、肺癌、前列腺癌等）	生物信息学分析、CRISPR、单细胞RNA测序	NA	实验数据、临床数据、生物信息学数据	NA（基于文献系统评价，未报告具体样本量）
77	2025-09-07	Tenascin-C expression in relation to tumor-stroma interaction in ameloblastoma 2025-Sep-03, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104237 PMID:40912374	研究论文	本研究探讨了细胞外基质糖蛋白Tenascin-C在成釉细胞瘤进展中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次揭示肿瘤-间质相互作用通过增强肿瘤源性TN-C表达促进成釉细胞瘤细胞迁移，并发现TN-C在侵袭前沿和恶性转化区域特异性高表达	NA	阐明Tenascin-C在成釉细胞瘤进展中的分子机制及临床意义	成釉细胞瘤标本、AM-1细胞系和人牙周膜成纤维细胞	数字病理学	成釉细胞瘤	免疫组化分析、RNA原位杂交、空间转录组学、共培养实验	NA	组织切片图像、基因表达数据	成釉细胞瘤标本（具体数量未注明）和体外细胞系模型
78	2025-09-07	Unraveling the developmental heterogeneity of human retinal ganglion cells within the developing retina to study to the continuity of maturation 2025-Sep-03, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.08.025 PMID:40912448	研究论文	利用单细胞RNA测序技术解析人类视网膜发育过程中视网膜神经节细胞的连续成熟轨迹	提出视网膜神经节细胞成熟是连续非离散过程的假设，并通过伪时间分析首次构建了RGC的完整成熟轨迹图谱	研究仅涵盖胎儿8-27周的发育阶段，未涉及出生后及成人视网膜的成熟过程	解析人类视网膜发育的细胞异质性，特别是视网膜神经节细胞的成熟连续性	人类胎儿视网膜组织中的视网膜神经节细胞(RGC)	单细胞基因组学	NA	scRNAseq（单细胞RNA测序）	伪时间分析	单细胞转录组数据	人类胎儿8-27周视网膜样本的单细胞测序数据
79	2025-09-07	Spatial and Functional Characterization of IL1RL1+ Mast Cells Reveals Immune Regulatory Roles in Renal Cancer 2025-Sep-03, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102049 PMID:40912479	研究论文	本研究揭示了IL1RL1+肥大细胞在肾透明细胞癌中的免疫调节作用及其作为预后生物标志物的潜力	首次通过单细胞和空间转录组技术系统解析IL1RL1+肥大细胞在肾癌微环境中的空间分布和免疫功能，并证实其通过MHC-I通路增强CD8+ T细胞活化	研究主要基于数据库分析和实验验证，临床样本的多样性和机制深度有待进一步拓展	探究IL1RL1在肾透明细胞癌肿瘤微环境中的表达模式、细胞定位及免疫调节功能	肾透明细胞癌(ccRCC)组织及肿瘤微环境中的IL1RL1+肥大细胞	肿瘤免疫学	肾癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(ST)、多重免疫组化(mIHC)、基因敲除实验	NA	基因表达数据、空间转录数据、免疫组化图像	TCGA和GEO数据库样本（具体数量未明确说明），包含肿瘤组织和癌旁正常组织
80	2025-09-07	GreenCells: A comprehensive resource for single-cell analysis of plant lncRNAs 2025-Sep-03, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110678 PMID:40912654	研究论文	开发了一个名为GreenCells的综合性数据库，专门用于在单细胞水平探索植物长链非编码RNA（lncRNA）	首个专门针对植物lncRNA的单细胞分析资源，填补了现有数据库主要关注蛋白质编码基因而忽略lncRNA的空白	NA	研究植物lncRNA在单细胞分辨率下的表达和功能	八种植物的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	整合了八种植物的scRNA-seq数据，识别了2,177个lncRNA标记基因和68,869个蛋白质编码标记基因