单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
61	2026-06-10	Multiscale hyperbolic embedding reveals hierarchical structure in complex biological systems 2026-Jun-02, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-026-00725-z PMID:42230656	研究论文	提出多尺度双曲嵌入算法MuH-MDS，用于揭示复杂生物系统中的层次结构，提升计算效率和全局结构保留能力	通过绝热优化策略实现多尺度双曲多维缩放，显著加速计算（10倍）并扩展至8万样本数据集，同时保留局部细节与全局层次结构	未提及具体限制，可能涉及对超参数敏感或泛化性需进一步验证	开发一种可扩展且保真的双曲嵌入方法，用于分析复杂生物系统的层级组织	复杂生物系统（如线虫胚胎发生单细胞RNA-seq数据）的层级结构和生物学关系	机器学习和生物信息学	NA	单细胞RNA测序	多尺度双曲多维缩放（MuH-MDS）	单细胞基因表达数据	包含超过80,000个样本的scRNA-seq数据集	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
62	2026-06-10	Distinct transcription factors control tissue adaptation and effector function in infant and adult memory T cells 2026-Jun-02, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-026-02535-1 PMID:42230957	研究论文	通过单细胞RNA测序等技术，研究婴幼儿与成人记忆T细胞在组织适应和效应功能上的差异，发现HELIOS和KLF6是关键转录调控因子	首次揭示HELIOS (IKZF2) 作为婴幼儿特异性转录程序的关键调控因子，限制CCL5效应记忆T细胞的效应功能，并发现KLF6在成人组织中的调控作用	未提及具体局限性	探究人类记忆T细胞功能调控的年龄依赖性机制，特别是婴幼儿与成人记忆T细胞差异的分子基础	来自婴幼儿（2-9个月）和成人（40-63岁）器官捐献者的淋巴组织和粘膜组织中的T细胞	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序，单核RNA测序，ATAC测序，CRISPR-Cas9基因敲除	NA	单细胞转录组数据，单核转录组数据，染色质可及性数据	婴幼儿（2-9个月）和成人（40-63岁）器官捐献者样本	NA	单细胞RNA测序，单核RNA测序，ATAC测序	NA	NA
63	2026-06-10	Copper nanoregulator with organelle-level precision reprograms COMMD1-Mediated copper homeostasis for myocardial infarction repair 2026-Jun-02, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2026.124362 PMID:42258904	研究论文	通过单细胞转录组学、临床样本和动物模型，发现心肌梗死中铜稳态的负调控因子COMMD1，并构建pH响应性铜纳米调节剂Qu@Cu-SS31，通过线粒体靶向释放铜离子，调节COMMD1-Cu-ROS轴，抑制细胞焦亡和凋亡，促进心肌修复	首次鉴定出COMMD1作为心肌梗死中铜稳态的负调控因子，并开发出具有细胞器级别精度的铜纳米调节剂，实现线粒体靶向和pH响应性铜释放，建立了新的铜稳态调控策略	NA	研究铜稳态失调在心肌梗死中的作用机制，并开发靶向线粒体的铜纳米调节剂以促进心肌修复	心肌梗死小鼠模型、临床样本、缺血性心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠心肌梗死模型、临床样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
64	2026-06-10	The splenic norepinephrine-β2-adrenergic receptor axis aggravates sepsis-associated acute kidney injury via neutrophil-mediated immunosuppression 2026-Jun, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2026.01.024 PMID:41724376	研究论文	本文揭示了脾脏去甲肾上腺素-β2肾上腺素能受体轴通过调控中性粒细胞介导的免疫抑制，加重脓毒症相关性急性肾损伤的作用机制	首次阐明脾脏NE/β2-AR信号轴通过cAMP反应元件结合蛋白通路增强中性粒细胞前列腺素E2合成，从而抑制Th1细胞活化，加重局部感染和肾损伤的分子机制	研究主要基于小鼠模型，其临床转化价值尚需进一步验证；未明确NE/β2-AR信号在人类SA-AKI中的具体调控差异	探究脾脏NE/β2-AR信号轴在脓毒症相关性急性肾损伤中的作用机制	脓毒症相关性急性肾损伤小鼠模型	机器学习	脓毒症相关性急性肾损伤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型（具体样本量未提供）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
65	2026-06-10	Immunomodulatory strategies and targeted delivery systems in atherosclerosis therapy 2026-Jun, Expert opinion on drug delivery IF:5.0Q1 DOI:10.1080/17425247.2026.2636761 PMID:41729255	综述	本文综述了动脉粥样硬化免疫调节策略与靶向递送系统的最新进展，涵盖了从非特异性免疫抑制向精准干预的转变，以及纳米递送系统的演变	提出了免疫调节策略从广谱免疫抑制向亚群特异性精准干预（如靶向线粒体分裂DRP1、ANGPTL3、表观遗传调节因子SET7）的转变，以及纳米递送系统从单配体靶向向智能化仿生平台（如VLA-4/VCAM-1双靶向、ROS响应性释放）的演进	斑块穿透性欠佳、肝纳米载体蓄积风险以及系统性免疫抑制风险仍存在重大挑战	总结动脉粥样硬化免疫病理学与靶向纳米药物的研究现状，并展望未来发展方向	动脉粥样硬化免疫病理机制及靶向纳米递送系统	机器学习	心血管疾病	NA	NA	文本	NA	NA	NA	NA	NA
66	2026-06-10	Oncolytic zika virus therapy leverages CCR2+ monocytes to boost anti-glioblastoma T cell responses 2026-Jun-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noag037 PMID:41729934	研究论文	研究溶瘤寨卡病毒如何通过CCR2+单核细胞增强抗胶质母细胞瘤的CD8+ T细胞免疫反应	首次揭示溶瘤寨卡病毒通过激活和招募CCR2+单核细胞来增强抗肿瘤CD8+ T细胞反应的机制，强调了单核细胞-T细胞互作在克服胶质母细胞瘤免疫抑制中的治疗潜力	未明确提及，但从背景看可能存在样本量、模型类型或长期疗效评估方面的限制	探究溶瘤寨卡病毒治疗胶质母细胞瘤时，单核细胞在增强CD8+ T细胞反应中的作用机制	胶质母细胞瘤小鼠模型及其肿瘤微环境中的CCR2+单核细胞和CD8+ T细胞	机器学习	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	单细胞转录组数据	未明确提及样本数量，但使用了同基因免疫活性小鼠胶质母细胞瘤模型	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
67	2026-06-10	DNA methylation profiling reveals a novel subtype harboring IDH mutation in H3-altered gliomas 2026-Jun-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noag054 PMID:41832962	研究论文	通过DNA甲基化谱分析在H3突变胶质瘤中发现一种携带IDH突变的新亚型	首次通过全基因组DNA甲基化分析定义H3突变胶质瘤的四种甲基化亚型，并发现一种同时携带IDH和H3突变的新亚型IDH/H3_comut，该亚型具有良好的预后	样本量相对较小（49例代表性病例），且主要基于回顾性队列，需要更大规模和多中心验证	重新定义H3突变胶质瘤的表观遗传学分类，揭示其分子异质性和临床多样性	H3突变的胶质瘤患者，包括H3K27M和H3G34R/V突变类型	机器学习，数字病理学	神经胶质瘤	全基因组DNA甲基化测序，单细胞RNA-seq，ChIP-seq，空间转录组学	无监督聚类，单细胞转录组分析	DNA甲基化数据，单细胞转录组数据，空间转录组数据，ChIP-seq数据	来自375例H3突变胶质瘤临床队列中的49例代表性病例，以及TCGA数据	Illumina	单细胞RNA测序，空间转录组学，全基因组甲基化测序	NA	NA
68	2026-06-10	RENAL-CHIP: Rejection Evaluation via Non-Invasive Analysis of Circulating Podocytes With Herringbone-Chip Isolation Platform 2026-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202520426 PMID:41849694	研究论文	提出一种利用磁性鱼骨微流控芯片从血液中分离循环足细胞，实现非侵入性监测肾移植排斥反应的方法	首次将供体来源的循环足细胞作为急性排斥反应的血液标志物，并开发磁性可逆鱼骨微流控芯片实现高效捕获与释放	样本量较小（65名参与者），且仅验证了活检确诊排斥反应患者；循环足细胞分离依赖EpCAM抗体，可能遗漏其他表型细胞	开发一种非侵入性、精准的肾移植排斥反应诊断方法	肾移植受者外周血中的循环足细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 微流控芯片	NA	图像, 基因表达数据	65名参与者，其中移植排斥反应患者提供1 mL外周血样本	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'测序平台
69	2026-06-10	scResponse: A Rank-Based Method for Identifying Cell States That Contribute to Immunotherapy Response by Single-Cell Data 2026-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202524397 PMID:41869876	研究论文	提出了一种基于排序的方法scResponse，通过单细胞数据识别影响免疫治疗反应的细胞状态	首次从单细胞分辨率出发，以排序方式定量评估不同细胞亚型和状态对免疫治疗疗效的贡献，并整合跨癌症分析发现关键代谢通路作用	作为概念验证，虽然实验验证了乙醛酸和视黄醇代谢的相反作用，但对其他新发现通路的机制验证尚不充分，且算法在不同数据集上的泛化性需要更多测试	开发一种可靠的算法，在单细胞水平上评估免疫治疗疗效，发现影响治疗反应的细胞状态和分子机制	免疫治疗前后肿瘤微环境中的多种细胞类型，包括血管细胞、巨噬细胞、CD8 T细胞、成纤维细胞和肿瘤细胞	机器学习	肿瘤	单细胞RNA测序	基于排名的统计模型	单细胞转录组数据	跨多种癌症类型的多个单细胞数据集	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
70	2026-06-10	A single-cell atlas of the human airways from patients with allergic rhinitis comorbid with asthma 2026-Jun, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2026.03.013 PMID:41887463	研究论文	使用单细胞RNA测序分析过敏性鼻炎合并哮喘患者上下气道上皮细胞的分子特征和转录变化	首次在特定且明确的微解剖区域收集过敏性鼻炎合并哮喘患者的鼻腔和支气管刷洗细胞进行单细胞RNA分析，揭示上下气道共享的基因表达改变和细胞间通讯变化	未明确提及研究局限性，但样本量相对较小（未提供具体数字）以及仅涉及体外实验验证GZMA-PARD3通路	通过单细胞RNA分析探究过敏性鼻炎合并哮喘患者上下气道中细胞群体分布和转录变化	过敏性鼻炎合并哮喘患者和健康志愿者的鼻腔和支气管刷洗细胞	单细胞基因组学	过敏性鼻炎合并哮喘	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	过敏性鼻炎合并哮喘患者和健康志愿者的鼻腔和支气管刷洗细胞（具体数量未提及）	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台
71	2026-06-10	Identification of rheumatoid arthritis manganese metabolism-related diagnostic biomarkers through bulk and single-cell RNA sequencing analysis 2026-Jun, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-026-08081-3 PMID:41913032	研究论文	通过批量与单细胞RNA测序分析鉴定类风湿关节炎锰代谢相关诊断生物标志物	首次系统探索锰代谢失调与RA发病机制之间的关联，结合整合组学分析揭示了细胞组成和通讯变化，并鉴定出5个锰代谢相关基因作为高准确率诊断标志物	未提及具体局限性	探索锰代谢失调在类风湿关节炎发病机制中的作用，并识别诊断性生物标志物	类风湿关节炎患者	机器学习	类风湿关节炎	RNA测序	LASSO, SVM, RF	基因表达数据	NA	NA	批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
72	2026-06-10	Deep single-cell decoding of human pancreatic islets reveals T2D β-cell gene expression defects 2026-Jun, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-026-00744-w PMID:41986506	research paper	对人类胰岛进行单细胞转录组深度解码，揭示2型糖尿病β细胞基因表达缺陷	首次在单细胞水平上对非糖尿病、前驱糖尿病和2型糖尿病患者的大规模胰岛细胞进行转录组分析，鉴定出14种细胞类型，并发现T2D相关基因与β细胞衰老亚群增加有关	样本量相对有限（48个供体），功能验证主要基于多模态方法但可能不足以完全确认因果关系	研究人类胰岛细胞在2型糖尿病中的特异性表达变化及其对病理生理的贡献	非糖尿病、前驱糖尿病和2型糖尿病患者的胰岛细胞	machine learning	type 2 diabetes	single-cell RNA-seq	NA	gene expression data	48个供体（非糖尿病、前驱糖尿病和2型糖尿病），总共245,878个细胞	10x Genomics	single-cell RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
73	2026-06-10	Spatial and single-cell characterization of human glioblastoma tumor microenvironment reveals malignant cellular communities 2026-Jun, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-026-02265-5 PMID:41992007	研究论文	通过整合多组学数据，揭示了胶质母细胞瘤肿瘤微环境中四种恶性细胞群落的空间组织和细胞间通讯特征	首次结合空间转录组学、单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和区域测序技术，系统描绘了胶质母细胞瘤的恶性细胞群落及其微环境的空间异质性，并鉴定了两种间充质样肿瘤细胞亚群及其与不同细胞类型的共定位和相互作用	未提及	揭示胶质母细胞瘤肿瘤微环境的复杂细胞和空间组织，以改进诊断和治疗	100名患者的原发胶质母细胞瘤组织样本	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组学、单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、区域测序	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	100名患者的121个空间转录组样本、单细胞RNA测序样本、单细胞ATAC测序样本和区域测序样本	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	NA	NA
74	2026-06-10	Integrated multi-dimensional analyses reveal a BTN3A2-centered diagnostic risk score and a monocyte-T cell axis as central drivers of dermatomyositis 2026-Jun, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-026-08143-6 PMID:42062698	research paper	通过整合多组学数据构建了以BTN3A2为中心的皮肌炎诊断风险模型，并揭示了单核细胞-T细胞轴在疾病发病机制中的核心作用	首次将BTN3A2同时作为诊断标志物和因果相关基因，结合多组学数据构建了高精度诊断风险模型，并发现单核细胞来源的LGALS9-CD44/CD45信号轴是连接遗传风险与免疫功能障碍的关键机制	研究主要基于公开数据集，缺乏独立的前瞻性队列验证；单细胞RNA-seq分析仅来自一个数据集，样本量可能有限；因果推断仍依赖孟德尔随机化，需要进一步功能实验验证	构建高精度皮肌炎诊断风险模型，识别因果相关基因，并揭示细胞类型特异性免疫回路	皮肌炎患者的外周血和组织样本	machine learning	dermatomyositis	RNA-seq, single-cell RNA-seq	LASSO	transcriptomic data	三个批量转录组数据集和一个单细胞RNA-seq数据集（GSE190684）	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	NA
75	2026-06-10	The role of CD34-high endothelial cells and FGF2 in vasa vasorum angiogenesis of Takayasu arteritis 2026-Jun, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-026-08140-9 PMID:42067750	研究论文	探究CD34高表达内皮细胞和FGF2在多发性大动脉炎血管滋养管新生中的作用	首次通过单细胞RNA测序发现多发性大动脉炎患者主动脉壁中CD34高表达内皮细胞显著扩增，并揭示FGF2-FGFR1轴可能介导血管滋养管病理性新生	样本量较小（仅3例TAK患者和3例对照），需要更大样本验证	研究CD34高表达内皮细胞和FGF2信号在多发性大动脉炎血管滋养管新生和炎症进展中的作用	多发性大动脉炎患者主动脉组织及血清	自然语言处理	心血管疾病	单细胞RNA测序, 免疫组化, 细胞因子微球阵列	NA	基因表达数据, 图像	3例TAK患者和3例对照的主动脉组织，48例TAK患者和24例健康对照的血清	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
76	2026-06-10	IL4I1+ macrophages drive hepatocellular carcinoma progression by responding to biomechanical cues 2026-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2026.101782 PMID:42096911	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学，鉴定出IL4I1+巨噬细胞是对生物力学信号响应的亚群，并促进肝癌进展	首次揭示IL4I1+巨噬细胞作为生物力学感应亚群，将力学信号转化为免疫抑制和促肿瘤信号的分子机制	未提及具体局限性	探索肝癌微环境中生物力学变化对巨噬细胞亚群的影响及其促癌机制	IL4I1+巨噬细胞	机器学习	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、原子力显微镜	NA	基因表达数据、空间转录组数据	3-6个独立实验样本（具体未详述）	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA
77	2026-06-10	Polyclonal selection of immune checkpoint mutations in thyroid autoimmunity 2026-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-026-10493-9 PMID:41981327	研究论文	本研究通过全外显子和靶向NanoSeq测序，在自身免疫性甲状腺疾病中发现B细胞克隆获得免疫检查点基因TNFRSF14和CD274的功能缺失突变，支持体细胞突变使自身反应性淋巴细胞逃避免疫耐受的假说	首次利用高精度单分子DNA测序技术NanoSeq系统检测自身免疫疾病中的体细胞驱动突变，发现多克隆B细胞同时获得免疫检查点基因突变	每个突变克隆占细胞比例很小（通常<1%），功能验证限于部分克隆，样本量未明确说明	验证体细胞突变使自身反应性淋巴细胞逃避免疫耐受检查点的假说	自身免疫性甲状腺疾病患者的B细胞克隆	digital pathology	自身免疫性甲状腺疾病	NanoSeq	NA	DNA序列	未明确说明具体样本数	Illumina	全外显子测序	Illumina NovaSeq	NA
78	2026-06-10	ScSpTITH: a rank-correlation framework for robust quantification of multi-dimensional tumor heterogeneity 2026-Jun-01, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-026-02841-6 PMID:42223713	research paper	提出ScSpTITH框架，利用斯皮尔曼等级相关稳健量化单细胞和空间转录组数据的多维度肿瘤异质性	首次采用基于标准差的基因筛选与斯皮尔曼等级相关相结合的策略，对单细胞RNA测序中70-95%的高零膨胀率具有内在鲁棒性，并在多维度（肿瘤间、肿瘤内空间区域、细胞群体和治疗条件）统一量化异质性	框架依赖于转录组特征选择，可能对低表达异质性基因不敏感；仅通过公共数据集验证，缺乏前瞻性临床队列的独立评估	开发一种能够抵抗单细胞测序技术噪声（如dropout伪影）的肿瘤异质性量化方法	单细胞RNA测序和空间转录组数据中的肿瘤细胞及肿瘤微环境细胞	machine learning	癌症	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组表达矩阵	包含多种癌症和发育数据集（具体数量原文未明确）	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
79	2026-06-10	Epigenetic reprogramming of T cell metabolism restores function and enhances anti-tumor immunity in lung cancer 2026-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-026-02515-5 PMID:42120791	研究论文	该研究通过表观遗传药物筛选发现BET抑制剂能重编程T细胞代谢，恢复其在肺癌中的功能并增强抗肿瘤免疫	首次发现BET抑制剂通过激活多胺生物合成途径和MYC-ODC轴，重新编程T细胞代谢，逆转T细胞耗竭状态，为癌症免疫治疗提供新策略	研究主要基于肺癌恶性胸腔积液样本，尚需在其他癌症类型和更大样本量中验证；BET抑制剂的长期安全性和有效性也需进一步评估	探索表观遗传药物逆转T细胞耗竭、增强抗肿瘤免疫的机制	肺癌患者恶性胸腔积液中的原发性耗竭T细胞	表观遗传学，免疫学，癌症生物学	肺癌	表观遗传药物筛选，转录组学，代谢组学， ATAC-seq，单细胞RNA-seq	NA	转录组数据，代谢组数据，染色质可及性数据，单细胞转录组数据	肺癌患者恶性胸腔积液样本，具体数量未在摘要中说明	NA	单细胞RNA-seq， ATAC-seq	NA	NA
80	2026-06-10	Temporal single-cell transcriptional dynamics of murine pancreatic islet remodeling during hyperglycaemia progression 2026-Jun-01, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2026.102387 PMID:42229582	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序，构建了高脂饮食诱导胰岛素抵抗过程中小鼠胰岛细胞重塑的高分辨率图谱	首次系统揭示了高脂饮食喂养下胰岛细胞从适应性到炎症状态的时间动态变化，并发现CCL27a-M1巨噬细胞信号通路在β细胞应激与系统性炎症之间的新型关联	未明确提及，但推测可能包括小鼠模型与人类胰岛的物种差异、样本量有限及验证实验的体外条件限制	解析肥胖诱导胰岛素抵抗过程中胰腺胰岛细胞组成和转录状态的纵向动态变化	C57BL/6小鼠（高脂饮食喂养8、16、24周及正常饮食对照）和INS-1细胞系，以及人类胰岛scRNA-seq数据	单细胞转录组学，机器学习	2型糖尿病，胰岛素抵抗	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	NA	单细胞转录组数据，单细胞染色质可及性数据	小鼠胰岛样本：高脂饮食8周、16周、24周及正常饮食对照组，具体数量未明示	10x Genomics	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序平台