单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-18	Integrating single-cell transcriptomics, molecular docking, and dynamics simulations to characterize protein kinase X-linked mechanisms in osteosarcoma 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147335 PMID:40907924	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学、分子对接和动力学模拟，揭示了PRKX-CDC37相互作用在骨肉瘤中的关键作用，并发现麦角胺作为潜在抑制剂	首次揭示PRKX通过CDC37介导的变构通路驱动骨肉瘤进展，并发现HIS161为中心的催化口袋作为治疗靶点	研究主要基于计算模拟和体外实验，需要进一步体内实验验证	解析PRKX的激活机制并评估其作为生物标志物和治疗靶点的临床潜力	骨肉瘤细胞、PRKX-CDC37蛋白复合物	计算生物学	骨肉瘤	单细胞RNA-seq、分子对接、分子动力学模拟、siRNA敲低	分子动力学模型	基因表达数据、蛋白质结构数据	使用GSE152048单细胞RNA-seq数据集
62	2025-09-18	Response to Antiangiogenic Therapy Is Associated with AIMP Protein Family Expression in Glioblastoma and Lower-Grade Gliomas 2025-Sep-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0170 PMID:40874786	研究论文	本研究探讨AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗反应预测生物标志物的潜力	首次发现AIMP蛋白家族表达与胶质瘤抗血管生成治疗反应相关，并鉴定AIMP2-cg04317940甲基化作为临床分层标志物	回顾性研究设计，需要前瞻性验证	研究AIMP蛋白在血管生成中的作用及其作为治疗预测生物标志物的价值	胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本	数字病理学	胶质瘤	转录组学、表观遗传学、蛋白质组学、单细胞转录组分析	Cox比例风险模型	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据	来自TCGA、CGGA、REMBRANDT、Gravendeel、BELOB和REGOMA试验的多队列样本，以及四个单细胞转录组数据集
63	2025-09-18	From Pathophysiology to Innovative Therapies in Eye Diseases: A Brief Overview 2025-Sep-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178496 PMID:40943417	综述	本文综述了眼部疾病从病理生理学到创新疗法的进展，重点关注分子影像和精准治疗技术	整合了高分辨率成像技术（如OCT、MALDI-MSI、空间转录组）与人工智能、基因治疗及干细胞再生方法，推动眼科精准医学发展	这些技术在常规临床应用中仍需进一步验证、监管批准和长期安全性评估	探讨分子影像和先进疗法在眼科精准医学中的潜力和挑战	年龄相关性黄斑变性、糖尿病视网膜病变、青光眼和葡萄膜炎等致盲性眼病	数字病理	眼科疾病	OCT, OCT血管成像, MALDI-MSI, 空间转录组学, 单细胞转录组学, 蛋白质组学	机器学习	影像, 分子数据	NA
64	2025-09-18	IL7R+ T Cell-Macrophage Crosstalk Links Asthma to Alzheimer's Pathogenesis: Integrating Mendelian Randomization and CellChat Analysis 2025-Sep, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70809 PMID:40951943	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，探讨中重度哮喘与阿尔茨海默病之间的潜在因果联系和分子机制	首次整合孟德尔随机化、基因共定位分析和单细胞转录组数据，揭示IL7R+ T细胞与巨噬细胞通过MIF-CD74-CXCR4通路互作在哮喘与阿尔茨海默病关联中的作用	研究仅基于欧洲裔人群数据，遗传相关性分析未发现显著重叠，需更多人群验证	探究中重度哮喘与阿尔茨海默病之间的因果关系和生物学机制	欧洲裔人群的基因组数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、连锁不平衡评分回归(LDSC)	NA	基因组关联研究(GWAS)汇总统计数据、单细胞RNA测序数据	AD样本455,258例，中重度哮喘样本57,695例
65	2025-09-18	Identifying Myeloid-Derived Suppressor Cells and Lipocalin-2 as Therapeutic Targets for Intervertebral Disc Degeneration 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500505 PMID:40570207	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和GWAS整合分析，揭示了LCN2 MDSCs在椎间盘退变早期中的免疫保护作用及治疗潜力	首次将scDRS方法应用于椎间盘退变研究，发现LCN2 MDSCs亚群在早期疾病中的关键免疫调节功能	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床验证尚待进行	探索椎间盘退变的免疫细胞机制并识别治疗靶点	椎间盘退变过程中的免疫细胞亚群（特别是MDSCs和巨噬细胞）	单细胞基因组学	椎间盘退变	scRNA-seq, GWAS, scDRS, 基因敲除模型	NA	单细胞转录组数据	NA
66	2025-09-18	Region-specific gene expression and sex inform about disease susceptibility in the aorta 2025-Sep, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00692-4 PMID:40841834	研究论文	通过单细胞转录组学分析大血管不同区域的基因表达差异，揭示疾病易感性的区域和性别特异性机制	首次系统比较颈动脉、主动脉弓及胸腹主动脉的单细胞转录组，发现胚胎起源关联特征和性别特异性效应因子差异	NA	探究大血管疾病易感性的区域和性别特异性分子机制	小鼠和人类的大血管（颈动脉、主动脉弓、胸主动脉、腹主动脉）	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
67	2025-09-18	A Spinal Circuit for Modular Gating of Organ Somatosensation 2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.27.672386 PMID:40949983	研究论文	本研究识别并描述了一组遗传定义的腰骶脊髓中间神经元，这些神经元在调节膀胱感觉输入和排尿反射中起关键作用	首次明确了特定遗传标记的脊髓中间神经元亚型在协调膀胱-括约肌活动和门控内脏疼痛中的核心作用，并将经典脊髓门控模型扩展至内脏疼痛和器官反射控制	NA	探究协调膀胱感觉与运动功能的特定脊髓回路机制	遗传定义的腰骶脊髓中间神经元（标记为表达）	神经科学	膀胱功能障碍	单细胞转录组学、原位生理学、功能操纵、回路追踪	NA	基因表达数据、生理记录数据	NA
68	2025-09-18	shinyUMAP: an online tool for promoting understanding of single cell omics data visualization 2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.27.672621 PMID:40949989	研究论文	开发了一个名为shinyUMAP的在线工具，帮助用户交互式探索单细胞组学数据的UMAP可视化效果	提供了交互式平台让用户上传单细胞数据并调整UMAP超参数，直观观察细胞簇分布变化	NA	促进对单细胞组学数据可视化的正确理解，避免对细胞簇间关系的错误解读	单细胞组学数据（如scRNA-seq表达数据）	生物信息学	NA	UMAP（均匀流形近似与投影）	NA	单细胞组学数据	NA
69	2025-09-18	Tumour Single-Cell Bioinformatics: From Immune Profiling to Molecular Dynamics 2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70783 PMID:40954554	综述	系统总结单细胞RNA测序在解析肿瘤微环境中的应用进展及其对精准肿瘤学的意义	揭示肿瘤微环境中细胞异质性、新型免疫细胞亚群及动态功能状态，整合临床数据推动精准治疗	NA	解析肿瘤微环境以改善免疫治疗抵抗和推动精准肿瘤策略	肿瘤微环境中的免疫细胞、癌症相关成纤维细胞及细胞外基质	生物信息学	肿瘤	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
70	2025-09-18	Dopaminergic short axon cells integrate sensory and top-down inputs to enhance discriminative learning in the mouse olfactory bulb 2025-Sep, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003375 PMID:40956809	研究论文	研究揭示多巴胺能短轴突细胞在小鼠嗅球中通过整合感觉和自上而下输入来增强辨别学习的神经机制	发现SACs通过突触和结构可塑性实现基于气味效价的输入门控，并鉴定出斜角带水平支的胆碱能输入作为效价依赖信号	NA	探究嗅觉辨别学习中感觉表征增强的神经机制	小鼠嗅球的多巴胺能短轴突细胞(SACs)	神经科学	NA	光学成像、空间转录组学、电子显微镜	NA	神经活动数据、基因表达数据、超微结构数据	NA
71	2025-09-18	Comprehensive analysis of a lipid metabolism-related gene signature for ulcerative colitis 2025-Aug-31, Translational pediatrics IF:1.5Q2 DOI:10.21037/tp-2025-161 PMID:40949920	研究论文	本研究通过生物信息学分析识别了与溃疡性结肠炎相关的脂质代谢基因标志物，并评估其诊断潜力	结合多组学数据和机器学习方法，首次构建了基于脂质代谢相关基因的溃疡性结肠炎诊断模型	研究依赖于公共数据库的回顾性数据，缺乏独立临床队列验证	识别溃疡性结肠炎的诊断生物标志物并探索脂质代谢在疾病发生中的分子机制	溃疡性结肠炎患者和健康对照的组织与血液样本	生物信息学	溃疡性结肠炎	差异表达分析、WGCNA、机器学习、scRNA-seq、CIBERSORT、xCell	机器学习模型	基因表达数据	来自GEO数据库的UC患者和健康对照样本（具体数量未明确说明）
72	2025-09-18	Identification of metabolic driver genes and targeted drug screening for lung adenocarcinoma metastasis at the single-cell resolution 2025-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-484 PMID:40950658	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序识别肺腺癌转移中的代谢驱动基因，并基于此构建预后风险模型和筛选靶向药物	在单细胞分辨率下解析肺腺癌转移的代谢异质性，识别关键代谢驱动基因并验证特定药物（如胆酸）的抑制迁移效果	NA	解码肿瘤转移进展中的代谢驱动因素，优化肺腺癌预后预测并筛选特异性靶向药物	肺腺癌（LUAD）肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理	肺癌	scRNA-seq, NMF算法	预后风险模型	单细胞RNA测序数据	NA
73	2025-09-18	Thyroid differentiation score-related genes and prognostic model for thyroid cancer 2025-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-460 PMID:40950686	研究论文	本研究构建了一个基于甲状腺分化评分（TDS）相关基因的甲状腺癌预后风险模型，并探索了潜在生物标志物	首次建立包含ATP2C2、MCEMP1、FAM111B和UST的四基因风险模型，并发现UST通过p53信号通路在CD4+记忆细胞中发挥作用的新机制	研究基于TCGA单一数据集，需要外部验证数据进一步确认模型的泛化能力	构建甲状腺癌的预后预测模型并探索相关生物标志物	甲状腺癌（THCA）患者	生物信息学	甲状腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、功能富集分析	LASSO-Cox回归模型	基因表达数据	TCGA-THCA数据集中的样本
74	2025-09-18	Identification of mechanosensitive ion channel-related molecular subtypes and key genes for ovarian cancer 2025-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-1219 PMID:40950697	研究论文	本研究通过机械敏感性离子通道相关基因对卵巢癌进行分子亚型分类并鉴定关键基因	首次从机械敏感性离子通道角度识别卵巢癌的分子亚型和关键基因	研究基于TCGA数据库回顾性数据，需进一步实验验证	阐明机械敏感性离子通道在卵巢癌中的功能作用	卵巢癌患者	生物信息学	卵巢癌	RNA测序，单细胞RNA测序	LASSO和Cox回归分析	基因表达数据和临床数据	TCGA数据库中的卵巢癌样本
75	2025-09-18	BIRC5 expression correlates with immunosuppressive phenotype and predicts inferior response to immunotherapy in lung adenocarcinoma 2025-Aug-31, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2025-216 PMID:40950902	研究论文	本研究探讨BIRC5（survivin）在肺腺癌中的表达及其对临床预后和肿瘤微环境的影响，特别是与免疫治疗反应的关系	首次系统揭示BIRC5高表达与免疫抑制表型（如CD8+ T细胞减少和Tregs增加）及免疫检查点抑制剂疗效下降的关联	样本量有限（仅54例接受ICB治疗的患者），且为回顾性分析，需进一步前瞻性验证	评估BIRC5在肺腺癌中的临床意义、肿瘤微环境特征及对免疫治疗反应的预测价值	肺腺癌（LUAD）患者组织样本及非小细胞肺癌（NSCLC）接受免疫检查点阻断（ICB）治疗的患者	肿瘤免疫学	肺癌	转录组测序、单细胞测序、免疫浸润分析、log-rank检验、Cox回归分析	NA	临床数据、转录组数据、单细胞测序数据	535例LUAD样本、59例正常肺组织、54例接受ICB治疗的NSCLC患者
76	2025-09-18	Cross-platform transcriptomic data integration identifies an overactive neuro-immune signature in human osteoarthritis synovium 2025-Aug-30, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.08.013 PMID:40889615	研究论文	通过跨平台转录组数据整合分析，识别人类骨关节炎滑膜中过度活跃的神经免疫特征	首次采用加权Z检验整合多平台转录组数据，揭示STAT1、FLI1和VDR调控的神经免疫信号网络，并构建滑膜-背根神经节互作组	研究基于公共数据库的二次分析，样本量有限（N=139），且仅针对终末期骨关节炎	解析骨关节炎滑膜的转录表型，重点关注与疼痛相关的信号通路	人类非骨关节炎和骨关节炎患者的滑膜组织	生物信息学	骨关节炎	微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序、多组学数据整合	加权Z检验、基因调控网络分析	转录组数据	153例总样本（质量控制后139例）
77	2025-09-18	Machine learning integration of bulk and single-cell RNA-seq data reveals glycolytic heterogeneity in colorectal cancer 2025-Aug-30, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-03007-6 PMID:40884604	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据，揭示了结直肠癌中糖酵解代谢的异质性	首次通过多组学数据和机器学习框架识别出具有高糖酵解状态（HGS）的肿瘤亚群，并发现其与不良临床预后的关联	NA	系统探索结直肠癌糖酵解代谢的调控机制和细胞多样性	结直肠癌组织和细胞	机器学习	结直肠癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	机器学习特征选择算法	基因表达数据	多中心队列样本
78	2025-09-18	Identification of prognostic biomarkers in colorectal cancer through multi-omics profiling of programmed cell death pathways 2025-Aug-30, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-2024-861 PMID:40950352	研究论文	通过多组学分析程序性细胞死亡（PCD）通路，识别结直肠癌中的预后生物标志物	整合多组学数据（TCGA、单细胞测序、空间转录组）分析五种PCD通路，并利用动态网络生物标志物（DNB）模型识别阶段特异性关键转变	NA	分析程序性细胞死亡通路在结直肠癌中的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	结直肠癌（CRC）	生物信息学	结直肠癌	多组学分析（包括单细胞测序、空间转录组）、GSVA、ssGSEA、Cox回归、LASSO回归、DNB建模	回归模型（Cox、LASSO）、动态网络生物标志物（DNB）	基因组数据、转录组数据	基于TCGA等公共数据库的结直肠癌样本
79	2025-09-18	Liposomal Doxorubicin, but Not Platinum-Taxane, Supports MHC-II Expression and Immune Maturation in the Ovarian Tumor Microenvironment 2025-Aug-29, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172827 PMID:40940927	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和流式细胞术，比较了两种化疗方案（铂类-紫杉烷与脂质体阿霉素）对卵巢癌肿瘤微环境中免疫成熟和MHC-II表达的影响	首次发现脂质体阿霉素（PLD）能选择性上调肿瘤细胞MHC-II表达并促进免疫细胞成熟，而一线铂类-紫杉烷化疗无此效应	研究基于小鼠模型和有限体外实验，人类体内的实际效果仍需进一步验证	评估不同化疗方案与免疫系统的相互作用及其对卵巢癌肿瘤微环境的影响	卵巢癌小鼠模型、卵巢癌细胞系及患者肿瘤细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞转录组测序、流式细胞术	NA	转录组数据、细胞表型数据	NA（未明确说明具体样本数量）
80	2025-09-18	TGFB2/IGFBP5 activated by transcription factors STAT2 and SMAD3 initiate granulosa cell degeneration and cause follicular atresia in chickens 2025-Aug-28, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105747 PMID:40902342	研究论文	本研究通过鉴定TGFB2和IGFBP5的启动子并分析其上游转录调控因子，揭示了STAT2和SMAD3在鸡卵泡闭锁过程中调控颗粒细胞退化的分子机制	首次发现STAT2是TGFB2和IGFBP5的共同转录因子，并揭示了JAK/STAT与TGF-β/SMAD信号通路在卵泡闭锁中的协同调控作用	研究仅限于鸡模型，未在其他物种验证；机制研究主要基于体外实验，缺乏体内功能验证	阐明鸡卵泡闭锁的分子调控机制，寻找延长产蛋期和提高产蛋性能的新遗传靶点	鸡颗粒细胞和卵泡闭锁过程	分子生物学	生殖系统疾病	DNA pull-down assay, 质谱分析, 单细胞调控网络推断与聚类(SCENIC)分析, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，但基于先前单细胞RNA测序数据进行分析