单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-26	Impact of Data Quality on Deep Learning Prediction of Spatial Transcriptomics from Histology Images 2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.04.674228 PMID:40964396	研究论文	本研究探讨分子数据和图像数据质量对基于深度学习的组织学图像空间转录组预测性能的影响	首次系统研究不同空间转录组技术（Xenium成像与Visium测序）导致的数据质量差异对基因表达预测的影响，提出数据质量改进是与模型架构优化并行的有效策略	插补实验的改进效果有限且无法泛化到测试集之外，技术局限性对数据质量的直接影响仍需谨慎考虑	评估数据质量因素对深度学习预测空间基因表达性能的影响	空间转录组数据和组织学图像数据	数字病理	NA	空间转录组技术（Xenium、Visium）	深度学习	组织学图像、基因表达数据	NA
62	2025-09-26	Tracing and Capturing the Epiblast Pluripotency of Sheep Preimplantation Embryos 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417764 PMID:40586282	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了绵羊植入前胚胎上胚层多能性变化，并成功建立了绵羊形成态和始发态多能干细胞系	首次在绵羊中建立形成态多能干细胞系，并系统比较了小鼠、猪和绵羊早期胚胎发育的保守性与差异性	研究主要聚焦于转录组层面，其他表观遗传调控机制有待进一步探索	探究绵羊上胚层多能性变化规律并建立多能干细胞系	绵羊植入前胚胎（E1-E14天）	发育生物学	NA	单细胞转录组分析、干细胞培养技术	NA	转录组数据	绵羊胚胎发育E1至E14天的单细胞样本
63	2025-09-26	Integrated Transcriptome and Metabolomics Analyses Show MYC as a Potential Therapeutic Target for Behçet's Uveitis 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417843 PMID:40586758	研究论文	通过整合代谢组学和单细胞转录组学分析，揭示MYC基因作为贝赫切特葡萄膜炎潜在治疗靶点	首次结合代谢组学与单细胞RNA测序技术揭示MYC通过调控糖代谢通路驱动T细胞异常活化	研究样本量有限，主要依赖小鼠模型验证机制	探索贝赫切特葡萄膜炎的代谢特征并鉴定新型治疗靶点	贝赫切特葡萄膜炎患者及实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型	生物医学研究	自身免疫性葡萄膜炎	非靶向代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	代谢组数据、单细胞转录组数据	贝赫切特葡萄膜炎患者与健康对照组的临床样本及EAU小鼠模型
64	2025-09-26	The Evolutionary Trajectory and Prognostic Value of GITR+ Tregs Reprogramed by Tumor-Intrinsic PD-1/c-MET Signaling in Pancreatic Cancer 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500806 PMID:40673866	研究论文	本研究揭示胰腺癌中肿瘤内在PD-1通过激活MET信号通路诱导GITR⁺ Tregs细胞积累的免疫调控机制	首次发现MET-IL-23-STAT4信号轴调控GITR⁺ Tregs介导的免疫逃逸，并证实MET抑制剂与GITR激动剂的协同抗肿瘤作用	研究主要基于胰腺导管腺癌模型，其他癌症类型的普适性需进一步验证	探究肿瘤内在PD-1/MET信号通路对调节性T细胞亚群的调控机制及其免疫治疗意义	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的T细胞亚群	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、原位PDAC模型、免疫组化分析	NA	基因表达数据、临床预后数据、动物实验数据	涉及胰腺癌患者组织样本和原位移植瘤模型的系统性分析
65	2025-09-26	NNMT inhibition in cancer-associated fibroblasts restores antitumour immunity 2025-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09303-5 PMID:40702186	研究论文	本研究通过抑制癌症相关成纤维细胞中的NNMT酶，恢复抗肿瘤免疫力并增强免疫检查点阻断疗效	首次发现NNMT通过诱导H3K27me3低甲基化驱动CAF分泌补体，招募免疫抑制性MDSCs，并开发出高效特异性NNMT抑制剂	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	探索NNMT在肿瘤微环境免疫抑制中的作用及靶向治疗潜力	高级别浆液性卵巢癌、乳腺癌和结肠癌模型	肿瘤免疫学	卵巢癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、高通量筛选	基因敲除小鼠模型、同系肿瘤模型	基因组学数据、体内实验数据	多种小鼠癌症模型（卵巢癌、乳腺癌、结肠癌）
66	2025-09-26	A Human Immuno-Lung Organoid Model to Study Macrophage-Mediated Lung Cell Senescence Upon SARS-CoV-2 Infection 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503932 PMID:40712141	研究论文	本研究建立人免疫-肺类器官模型，研究SARS-CoV-2感染后巨噬细胞介导的肺细胞衰老机制	首次建立包含hPSC来源肺泡/气道类器官与巨噬细胞共培养的免疫-肺类器官模型，并发现THBS1-(ITGA3+ITGB1)信号轴在驱动肺细胞衰老中的新作用	NA	探究SARS-CoV-2感染后巨噬细胞介导的肺损伤机制	非COVID和COVID-19肺组织样本（外植体和尸检样本）、人免疫-肺类器官模型	疾病模型构建	COVID-19	空间转录组检测（NanoString CosMx）	人免疫-肺类器官模型	空间转录组数据	非COVID和COVID-19肺组织样本（具体数量未明确说明）
67	2025-09-26	Assessing the impact of perfluoroalkyl substances on liver health: a comprehensive study using multi-donor human liver spheroids 2025-Sep, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109763 PMID:40914107	研究论文	本研究利用多供体人类肝脏球体模型评估全氟烷基物质对肝脏健康的影响机制	首次在包含多种细胞类型的人类肝脏球体模型中采用单细胞RNA测序技术，揭示不同PFAS化合物具有性别特异性的肝毒性机制	研究仅使用20μM单一浓度暴露，未考察剂量效应关系；体外模型可能无法完全模拟体内复杂环境	阐明不同全氟烷基物质导致人类肝脏功能障碍的具体细胞和分子机制	多供体人类肝脏球体模型（包含肝细胞、T/NK细胞和库普弗细胞等多种细胞类型）	毒理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序、脂质染色	多细胞球体模型	基因表达数据、成像数据	多供体人类肝脏球体（具体数量未明确说明）
68	2025-09-26	Zebrafish optic nerve injury results in systemic retinal ganglion cell dedifferentiation 2025-Sep, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011879 PMID:40971959	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究斑马鱼视网膜神经节细胞在视神经损伤后的去分化反应	首次发现斑马鱼所有RGC亚型均具有损伤耐受性，并揭示损伤引发RGC系统性去分化的新机制	研究局限于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物中验证其普适性	探索视神经损伤后视网膜神经节细胞的分子保护机制	斑马鱼视网膜神经节细胞	神经科学	眼科疾病/视神经损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	斑马鱼视神经损伤模型
69	2025-09-26	Stereo-cell: Advancing spatial single-cell biology towards clinical translation 2025-Sep, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70480 PMID:40984816	研究论文	介绍新型空间单细胞测序平台Stereo-cell的技术创新及其在临床转化中的应用潜力	开发了整合形态学、转录组学和蛋白质组学的空间单细胞多组学分析平台，填补高级组学与传统病理学之间的技术空白	数据整合、监管合规性和数字建模方面存在重要挑战	推动空间单细胞生物学向临床转化发展	空间单细胞生物学平台	空间组学	NA	空间单细胞测序、多组学整合分析	NA	空间多组学数据（形态学、转录组、蛋白质组）	NA
70	2025-09-26	CD103+CD8+ tissue-resident memory T lymphocytes of melanoma boost anti-tumour immunity and predict immunotherapy outcomes 2025-Sep, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70464 PMID:40985995	研究论文	本研究揭示了CD103+CD8+组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤抗肿瘤免疫中的关键作用及其对免疫治疗疗效的预测价值	首次明确CD103作为黑色素瘤中CD8+ TRM的特异性标志物，并阐明其通过整合素依赖性PI3K/AKT信号通路增强抗肿瘤功能的机制	研究主要基于小鼠模型和回顾性队列分析，需要前瞻性临床试验进一步验证	探究CD103+CD8+组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤抗肿瘤免疫中的作用机制和临床预测价值	黑色素瘤患者组织样本、小鼠模型、CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	黑色素瘤	多重免疫组化、scRNA测序、空间转录组学、体内外实验	小鼠移植瘤模型	基因组数据、空间分布数据、临床数据	多个独立队列的黑色素瘤患者样本
71	2025-09-26	Genome-wide association study identifies FUT2 rs601338 polymorphism linking intra-pancreatic fat deposition to chronic pancreatitis 2025-Sep, Pancreatology : official journal of the International Association of Pancreatology (IAP) ... [et al.] IF:2.8Q2 DOI:10.1016/j.pan.2025.07.407 PMID:40744837	研究论文	通过全基因组关联研究揭示FUT2基因rs601338多态性通过影响胰腺脂肪沉积与慢性胰腺炎风险的遗传关联	首次发现FUT2基因变异与胰腺脂肪沉积的遗传关联，并通过多组学分析验证其在胰腺外分泌组织的特异性表达	研究人群主要基于欧洲裔，需要更多种族验证；样本排除胰腺疾病患者可能引入选择偏倚	探究胰腺脂肪沉积的遗传基础及其对胰腺疾病风险的影响机制	20,040名欧洲裔人群的遗传和影像学数据	遗传学	慢性胰腺炎	全基因组关联研究(GWAS)、转录组关联研究(TWAS)、单细胞转录组学、MRI胰腺质子密度脂肪分数(PDFF)检测	逻辑回归模型、Cox回归模型、交互作用分析	基因组数据、医学影像数据、临床表型数据	20,040名欧洲裔个体（排除急/慢性胰腺炎和胰腺癌患者）
72	2025-09-26	scHSC: enhancing single-cell RNA-seq clustering via hard sample contrastive learning 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf485 PMID:40977264	研究论文	提出一种基于困难样本对比学习的深度学习方法scHSC，用于提升单细胞RNA测序数据的聚类性能	通过困难样本挖掘和对比学习，同时整合基因表达和细胞间拓扑结构信息，采用自适应权重策略结合ZINB模型	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和细胞类型注释效果	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	对比学习、ZINB模型	基因表达数据	18个单细胞RNA测序真实数据集
73	2025-09-26	DeCoST: unveiling cell type heterogeneity in spatial transcriptomics based on inter-domain alignment and Gaussian kernel conditional autoregressive 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf490 PMID:40991330	研究论文	提出一种基于跨域对齐和高斯核条件自回归的空间转录组学细胞类型解卷积新方法DeCoST	首次整合高斯核条件自回归模型利用空间上下文信息，并采用域适应技术解决单细胞与空间转录组数据间的平台效应	NA	开发空间转录组数据解卷积计算方法以揭示组织微环境中的细胞类型异质性	人类胰腺导管腺癌、小鼠嗅球和小鼠脑组织样本	生物信息学	胰腺癌	空间转录组学	条件自回归模型、域适应技术	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	模拟数据集及真实案例研究（包含人类胰腺癌、小鼠嗅球和脑样本）
74	2025-09-26	Assessing tissue-specific gene expression of essential genes from human and mouse 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf487 PMID:40991328	研究论文	开发了一种名为scEssentials的统计方法，用于评估人类和小鼠必需基因在不同细胞类型中的表达稳健性和特异性	首次利用单细胞RNA测序图谱系统分析必需基因的组织特异性表达模式，并建立了基因相对必需性评分系统	分析方法依赖于现有数据库的完整性，尚未进行实验验证	开发统计框架研究必需基因在多细胞类型中的表达特性	人类和小鼠的必需基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、统计分析	统计模型	基因表达数据	超过60种细胞类型的单细胞图谱数据
75	2025-09-26	SMAD1/5-mediated recruitment of the histone demethylase KDM1A controls cell fate programs in embryonic stem cells 2025-Aug-12, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110591 PMID:40812426	研究论文	本研究揭示了SMAD1/5通过招募组蛋白去甲基化酶KDM1A调控胚胎干细胞命运程序的新机制	首次发现SMAD1/5通过招募KDM1A介导H3K4me1/2去甲基化来抑制基因表达的转录抑制机制	SMAD1/5缺失仅引起微小转录组变化，其具体功能机制仍需进一步研究	探究SMAD信号通路在胚胎干细胞命运决定中的作用机制	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）	Smad1/5双敲除（S1/5 dKO）胚胎干细胞模型	基因组学数据、表观遗传学数据	野生型和Smad1/5双敲除小鼠胚胎干细胞系
76	2025-09-26	Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids 2025-Aug-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041 PMID:40592324	研究论文	通过共分化中胚层和内胚层实现肺和肠道类器官的器官特异性血管化	首创在类器官内部共分化中胚层与内胚层的方法，实现具有器官特异性功能的血管网络构建	NA	研究人类器官发生过程中的细胞间通讯机制和疾病模型构建	诱导多能干细胞衍生的肺和肠道类器官	组织工程	FOXF1突变相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、类器官培养、小鼠移植模型	NA	基因表达数据、功能实验数据	涉及患者来源的FOXF1突变样本（具体数量未明确说明）
77	2025-09-26	Giardia-induced Type 2 mucosal immunity attenuates intestinal inflammation caused by co-infection or colitis in mice 2025-Aug, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02051-2 PMID:40629110	研究论文	本研究揭示贾第鞭毛虫通过诱导2型黏膜免疫反应减轻肠道炎症的机制	首次发现贾第鞭毛虫感染可通过STAT6依赖性IL-10产生型Th2细胞扩增实现免疫调节保护作用	研究局限于小鼠模型，临床相关性需进一步验证	探究贾第鞭毛虫感染对肠道炎症的免疫调节机制	尼日利亚学龄儿童粪便样本及小鼠感染模型	免疫学	肠道感染性疾病	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	尼日利亚儿童流行病学数据及小鼠实验模型
78	2025-09-26	Deletion of gasdermin D promotes granulocytic myeloid-derived suppressor cell differentiation by decreased release of mitochondrial DNA to promote tumor escape 2025-Jul-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04104-1 PMID:40711527	研究论文	本研究揭示GSDMD缺失通过抑制线粒体DNA释放促进粒细胞样髓源抑制细胞分化，从而促进肿瘤免疫逃逸的机制	首次发现GSDMD在MDSCs中的调控作用，阐明其通过mtDNA-cGAS/STING/IRF8/7信号轴影响G-MDSC分化的新机制	研究主要基于小鼠模型和结直肠癌样本，尚未在其他癌种中验证	探究GSDMD在髓源抑制细胞分化及肿瘤免疫逃逸中的作用机制	结直肠癌患者样本、GSDMD基因敲除小鼠模型、髓源抑制细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、基因敲除技术	动物模型	基因表达数据、蛋白质数据	结直肠癌患者外周血样本及组织样本，GSDMD基因敲除小鼠模型
79	2025-09-26	The acute myeloid leukemia microenvironment impairs neutrophil maturation and function through NFκB signaling 2025-Jul-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024028199 PMID:40663784	研究论文	本研究揭示急性髓系白血病微环境通过NFκB信号通路破坏中性粒细胞成熟与功能	首次通过非照射中性粒细胞报告小鼠模型系统揭示AML微环境对中性粒细胞转录组、表观遗传和免疫抑制功能的全局影响	主要基于小鼠模型，临床样本验证仍需扩展	探究AML微环境对健康中性粒细胞发育与功能的影响机制	AML小鼠模型及患者的中性粒细胞	血液肿瘤学	急性髓系白血病	单细胞转录组测序、染色质重塑分析、细胞因子筛选、体外功能验证	NA	基因表达数据、表观遗传数据、功能实验数据	预临床小鼠模型及AML患者样本（具体数量未明确说明）
80	2025-09-26	Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial 2025-Jun-09, Journal of sport and health science IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063 PMID:40499717	研究论文	一项随机对照试验证明，新辅助化疗期间进行预康复运动可增强食管腺癌患者的肿瘤免疫反应	首次通过随机对照试验证实运动预康复能显著增加肿瘤浸润淋巴细胞和三级淋巴结构成熟度	样本量较小（n=22），未观察到临床结局的显著差异	探究预康复运动是否增强新辅助化疗期间肿瘤免疫浸润	局部晚期食管癌患者	肿瘤免疫学	食管癌	多光谱免疫组化、NanoString空间转录组学	随机对照试验	组织样本、心肺功能数据	22例患者（预康复组11例，对照组11例）