单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-08	DRUG AND SINGLE-CELL GENE EXPRESSION INTEGRATION IDENTIFIES SENSITIVE AND RESISTANT GLIOBLASTOMA CELL POPULATIONS 2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.15.654044 PMID:40462892	研究论文	开发了一种名为ISOSCELES的新框架，用于量化细胞药物敏感性和耐药性景观，并识别出针对胶质母细胞瘤(GBM)细胞状态的有效治疗组合	提出了ISOSCELES框架，整合单细胞基因表达和L1000表达特征，预测不同GBM细胞状态对治疗的敏感性和耐药性	NA	识别胶质母细胞瘤(GBM)中敏感和耐药的细胞群体，以开发更有效的治疗方法	胶质母细胞瘤(GBM)肿瘤细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	ISOSCELES	基因表达数据	新诊断和复发的GBM肿瘤样本
62	2025-06-08	NOTCH2 disrupts the synovial fibroblast identity and the inflammatory response of epiphyseal chondrocytes 2025-May-08, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110206 PMID:40345585	research paper	研究NOTCH2信号在小鼠软骨细胞中对转录组和细胞群体的影响，特别是在炎症反应和骨关节炎中的作用	揭示了NOTCH2功能获得性突变如何改变软骨细胞的转录组和细胞群体，特别是对关节滑膜成纤维细胞特性的破坏	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究NOTCH2信号在软骨细胞炎症反应和骨关节炎发病机制中的作用	小鼠软骨细胞，特别是NOTCH2功能获得性突变模型和条件性NOTCH2功能获得性模型	分子生物学	骨关节炎	RNA-Seq, scRNA-Seq	NA	转录组数据	两种NOTCH2功能获得性突变小鼠模型的初级骨骺细胞
63	2025-06-08	Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review 2025-05, United European gastroenterology journal IF:5.8Q1 DOI:10.1002/ueg2.12720 PMID:39656426	系统综述	本文系统综述了用于预测成人炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物治疗效果的多组学生物标志物	综合分析了多种组学方法（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学和代谢组学）在预测治疗效果中的应用，特别强调了多组学数据集整合模型的影响	研究基于PubMed文献，可能存在发表偏倚，且未涉及所有潜在生物标志物	推进精准医学领域，通过生物标志物预测炎症性肠病患者对不同治疗方案的响应	成人炎症性肠病患者	精准医学	炎症性肠病	多组学方法（基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学、代谢组学）	多组学整合模型	多组学数据	NA
64	2025-06-08	Case report: single-cell transcriptome sequencing reveals the clonal origin of mature plasmacytoid dendritic cell proliferation in early T-cell precursor lymphoblastic leukemia 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06301-5 PMID:40085211	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示早期T细胞前体淋巴细胞白血病中成熟浆细胞样树突状细胞增殖的克隆起源	首次在淋巴恶性肿瘤中发现MPDCP，并利用单细胞RNA测序技术揭示了pDC与淋巴细胞分化发育之间的潜在联系	需要进一步研究以确认这些发现并探索其临床意义	探讨MPDCP在淋巴恶性肿瘤中的存在及其与淋巴细胞分化的关系	一名69岁男性患者的早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病伴MPDCP病例	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1例患者
65	2025-06-08	Mechanism and Efficacy of Etanercept in Treating Autoimmune-like Manifestations of Coronavirus Disease 2019 in elderly individuals 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152898 PMID:40168796	研究论文	本研究评估了TNF抑制剂依那西普在老年COVID-19患者中的治疗效果，并揭示了其通过抑制血小板因子4和TNF-α缓解自身免疫样表现的机制	首次通过单细胞测序和转录组分析揭示了老年COVID-19患者的自身免疫样表现，并证实依那西普对此类患者的治疗效果	样本量较小（仅7名接受依那西普治疗的患者），且为观察性研究而非随机对照试验	评估依那西普在老年COVID-19患者中的治疗效果及其作用机制	老年COVID-19患者	医学研究	COVID-19	单细胞测序、转录组分析、分子对接	NA	临床指标数据、单细胞测序数据、转录组数据	7名接受依那西普治疗的COVID-19患者和2名未感染个体
66	2025-06-08	Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06321-1 PMID:40186663	研究论文	本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇并构建了风险预后模型	首次基于LMRGs构建DLBCL风险预后模型，并揭示其在免疫微环境中的作用机制	研究依赖于公共数据集，需进一步实验验证	探索LMRGs与DLBCL预后及免疫微环境的关联	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	数字病理学	淋巴瘤	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归，LASSO回归	基因表达数据	来自GSE10846和GSE87371数据集的DLBCL患者样本
67	2025-06-08	Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907 PMID:40300424	research paper	该研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了缺血性心肌病(ICM)中巨噬细胞自噬相关的新型诊断生物标志物	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析ICM中巨噬细胞自噬相关生物标志物，鉴定了6个具有诊断意义的枢纽基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于大鼠模型，需要更多临床样本验证	探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的生物标志物及其作用机制	巨噬细胞自噬相关基因和缺血性心肌病组织	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, RT-qPCR	大鼠ICM模型	基因表达数据	两个公开数据集(GSE46224和GSE116250)和大鼠模型
68	2025-06-08	Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904 PMID:40305898	研究论文	通过单细胞RNA和TCR库分析识别病毒特异性T细胞的标记物	发现了一组上调基因作为增殖抗原特异性T细胞的标记，可用于早期识别病毒抗原反应性T细胞	NA	识别抗原特异性T细胞的生物标志物，以改进过继细胞疗法	健康供体的外周血单核细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA-seq, TCR库分析	NA	RNA-seq数据	健康供体的外周血单核细胞
69	2025-06-08	Interpretable Machine Learning reveals the Role of PANoptosis in the Diagnosis and Subtyping of NAFLD 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152909 PMID:40311345	research paper	该研究通过可解释的机器学习方法揭示了PANoptosis在非酒精性脂肪肝病(NAFLD)诊断和分型中的作用	首次整合多组数据集和可解释机器学习解析PANoptosis在NAFLD中的作用，发现9个关键基因并构建高精度诊断模型，同时识别出两种PANoptosis驱动的亚型	研究结果需要进一步实验验证，临床转化潜力有待评估	阐明PANoptosis在NAFLD诊断、分型和免疫微环境重塑中的作用	非酒精性脂肪肝病(NAFLD)患者	machine learning	liver disease	interpretable machine learning, single-cell sequencing, molecular docking	diagnostic model	genomic data, clinical data	多个数据集(具体数量未明确说明)
70	2025-06-08	M-band wavelet-based multi-view clustering of cells 2025-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013060 PMID:40408513	research paper	该论文提出了一种基于M-band小波的单细胞RNA测序(scRNA-seq)多视图细胞聚类方法(WMC)，用于细胞类型、身份和功能状态的多视图聚类	该方法整合了M-band小波分析和UMAP，能够以高分辨率发现稀有细胞类型，并实现缺失细胞类型的可视化和新细胞类型的发现	NA	开发一种新的scRNA-seq数据分析方法，以更精细的分辨率揭示细胞异质性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	M-band小波分析, UMAP	基因表达数据	一组单细胞测序数据集(具体数量未提及)
71	2025-06-08	Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome 2025-Apr-07, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03623-9 PMID:40195449	研究论文	本研究揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并提供了用于临床前研究的模型	首次揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的具体机制，并成功构建了人源化疾病模型	研究样本量较小（仅9名男性患者），可能限制结果的普遍性	探究VEXAS综合征中造血克隆优势的致病机制	VEXAS综合征患者和构建的人源化模型	血液病学	VEXAS综合征	单细胞转录组学、碱基编辑	人源化模型	转录组数据、表型数据	9名男性VEXAS综合征患者
72	2025-06-08	IL-12-producing cytokine factories induce precursor exhausted T cells and elimination of primary and metastatic tumors 2025-Apr-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010685 PMID:40169286	research paper	本研究评估了局部施用IL-12细胞因子工厂的安全性和抗肿瘤效果，展示了其在多种癌症类型中的治疗效果	利用临床可转化的细胞因子递送平台，诱导前体耗竭T细胞（Tpex）在肿瘤微环境中的分化，避免了传统IL-12治疗的毒性问题	研究主要基于小鼠模型和非人类灵长类动物，临床效果尚需进一步验证	开发一种新型免疫治疗方法，以诱导Tpex细胞的招募和系统性免疫，对抗多种实体瘤	前体耗竭T细胞（Tpex）、结直肠癌小鼠模型、黑色素瘤小鼠模型	免疫治疗	结直肠癌、黑色素瘤	单细胞RNA测序、细胞因子递送平台	NA	RNA测序数据、体内实验数据	9只结直肠癌小鼠、黑色素瘤小鼠模型、非人类灵长类动物
73	2025-06-08	Ectopic Expansion of Pulmonary Vasculature in Fibrotic Lung Disease and Lung Adenocarcinoma Marked by Proangiogenic COL15A1+ Endothelial Cells 2025-Apr, Pulmonary circulation IF:2.2Q3 DOI:10.1002/pul2.70102 PMID:40463493	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了多种进展性间质性肺疾病（ILD）和非小细胞肺癌（NSCLC）中血管内皮细胞（EC）群体的共同和独特特征	识别了在ILD和NSCLC中扩展的两种EC亚型'Bronch-1'和'Bronch-2'，并发现支气管EC中与血管屏障完整性相关的转录本表达较低	样本量相对较小，特别是NSCLC组仅有8例样本	研究肺血管系统在纤维化肺病和肺腺癌中的异位扩张特征	健康肺组织、ILD、慢性阻塞性肺疾病和NSCLC患者的肺组织标本	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	健康肺组织59例，ILD 97例，慢性阻塞性肺疾病22例，NSCLC 8例
74	2025-06-08	Ferroptosis in idiopathic pulmonary fibrosis: mechanisms, impact, and therapeutic opportunities 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567994 PMID:40469306	综述	本文综述了铁死亡在特发性肺纤维化(IPF)中的机制、影响及治疗机会	整合了铁死亡生物学的最新进展，提出了针对IPF的精准抗纤维化治疗新方向	IPF的确切病因仍不明确，铁死亡在其中的具体作用机制有待进一步研究	探讨铁死亡在IPF发病机制中的作用及潜在治疗策略	特发性肺纤维化(IPF)及其相关细胞类型(肺泡上皮细胞、巨噬细胞、成纤维细胞等)	病理学	肺纤维化	scRNA-seq	NA	NA	NA
75	2025-06-08	Toward precision oncology in LUAD: a prognostic model using single-cell sequencing and WGCNA based on a disulfidptosis relative gene signature 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1581915 PMID:40469299	研究论文	本研究旨在利用单细胞测序和WGCNA构建一个基于二硫键凋亡相关基因特征的预后模型，以评估其在肺腺癌（LUAD）中的预后价值	首次将二硫键凋亡机制与LUAD预后模型相结合，并发现KCNK1作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	开发肺腺癌预后预测模型并探索新的治疗靶点	肺腺癌患者和相关的基因特征	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, LASSO回归	预后模型	基因表达数据	TCGA LUAD数据集中的样本
76	2025-06-08	Exploring the landscape of Parkinson's disease transcriptomics: a quantitative review of research progress and future directions 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1505374 PMID:40469842	综述	本文通过文献计量分析揭示了帕金森病转录组学领域的研究现状和新兴趋势	首次对2011年至2025年帕金森病转录组学研究进行全面文献计量分析，揭示了单细胞和空间转录组学技术进步推动的研究活动激增	数据异质性和生物标志物验证高失败率等挑战依然存在	探索帕金森病转录组学的研究进展和未来方向	帕金森病转录组学相关文献	生物信息学	帕金森病	文献计量分析	NA	文献数据	208篇研究文章
77	2025-06-08	Expression and potential regulatory mechanism of cellular senescence-related genes in Alzheimer's disease based on single-cell and bulk RNA datasets 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1595847 PMID:40470298	research paper	本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模测序数据，识别了阿尔茨海默病中细胞衰老相关基因的调控枢纽，并探索了潜在的分子机制和治疗靶点	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，系统分析了AD中细胞衰老相关基因的调控网络，并鉴定了特定细胞亚型中的关键基因	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索细胞衰老在阿尔茨海默病发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	阿尔茨海默病患者脑组织中的不同细胞亚型	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但分析了7种细胞亚型
78	2025-06-08	Biological and prognostic insights into the prostaglandin D2 signaling axis in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1562261 PMID:40474982	研究论文	本研究通过单细胞RNA数据分析，探索了肺腺癌肿瘤微环境中前列腺素D2信号轴的作用及其预后意义	首次在肺腺癌中系统性地研究了前列腺素D2信号轴的细胞间通讯机制及其临床意义	研究主要基于计算推断，部分结果需要更多实验验证	探索肺腺癌肿瘤微环境中代谢物介导的细胞间通讯机制	肺腺癌肿瘤微环境中的细胞类型和代谢物	肿瘤微环境	肺腺癌	scRNA-seq, RT-qPCR, 免疫荧光	MEBOCOST, ESTIMATE, ssGSEA	单细胞RNA数据, 批量RNA数据	TCGA-LUAD数据集和两个GEO数据集
79	2025-06-08	Single-cell and bulk transcriptome analyses reveal elevated amino acid metabolism promoting tumor-directed immune evasion in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1575829 PMID:40475762	研究论文	通过单细胞和批量转录组分析，揭示了结直肠癌中氨基酸代谢升高促进肿瘤导向的免疫逃逸	开发了一个基于AUCell算法的氨基酸代谢评分，并构建了一个31基因的AA评分和6基因的风险评分，用于预测PD-1阻断治疗的响应和预后	样本量相对较小，仅包括17名接受PD-1阻断治疗的CRC患者和23名CRC患者的独立数据集	探究结直肠癌中氨基酸代谢与免疫逃逸的关系，并开发预测预后和药物敏感性的工具	结直肠癌患者的肿瘤细胞和肿瘤浸润免疫细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO和Cox回归分析	AUCell算法、机器学习	转录组数据	17名接受PD-1阻断治疗的CRC患者的46,374个上皮细胞和23名CRC患者的独立数据集
80	2025-06-08	Expression of PSMD14 in lung adenocarcinoma and its impact on immune cell infiltration and prognosis: a comprehensive analysis based on RNA and single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560693 PMID:40475775	research paper	本研究探讨了PSMD14在肺腺癌中的表达及其对免疫细胞浸润和预后的影响	首次全面分析了PSMD14在肺腺癌中的表达及其与免疫细胞浸润和患者预后的关系，并整合了RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有限	探索PSMD14在肺腺癌中的表达及其对肿瘤免疫和临床结果的影响	肺腺癌患者样本及相关的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	digital pathology	lung cancer	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组化	NA	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 免疫组化图像	肺腺癌患者样本及公开数据集中的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据