单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-24	Interleukin-27-producing cells in gram-negative neonatal sepsis display diverse phenotypes and functions in the liver 2025-Jul-14, ImmunoHorizons DOI:10.1093/immhor/vlaf026 PMID:40682363	research paper	该研究通过单细胞水平分析揭示了在革兰氏阴性新生儿败血症中，肝脏内产生IL-27的细胞具有多样化的表型和功能	首次在单细胞水平上详细描述了新生儿败血症中IL-27产生细胞的表型和功能多样性，并揭示了这些细胞的转录组特征	研究仅使用了小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究新生儿败血症中IL-27产生细胞的特性及其在免疫失调中的作用	新生小鼠的肝脏细胞	免疫学	新生儿败血症	单细胞RNA测序、流式细胞术、全动物成像	IL-27p28eGFP报告小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，使用报告小鼠模型进行研究
62	2025-07-24	Concerted changes in Epithelium and Stroma: a multi-scale, multi-omics analysis of progression from Barrett's Esophagus to adenocarcinoma 2025-Jul-14, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.034 PMID:40695287	研究论文	通过多组学分析，研究从Barrett食管到腺癌的进展过程中上皮和基质的协同变化	整合单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学和空间蛋白质组学，揭示了Barrett食管进展为腺癌的多组分协调系统	样本量相对较小（26名患者的107个样本），且仅基于两个独立队列	探索Barrett食管进展为食管腺癌的分子和细胞机制	Barrett食管患者的上皮和基质组织	多组学分析	食管腺癌	单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学、空间蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据、力学数据、空间数据	26名患者的107个样本
63	2025-07-24	Cellular basis for cortical network aging in primates 2025-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.08.663725 PMID:40672262	研究论文	该研究通过整合皮质相似性网络与全脑空间转录组学，揭示了灵长类动物大脑网络老化的细胞基础	首次将皮质相似性网络与全脑空间转录组学整合，揭示了深部兴奋性神经元和少突胶质细胞在皮质相似性中的主导作用，以及特定细胞类型与区域脆弱性的关联	研究样本仅限于猕猴，人类数据的验证仍需进一步研究	探索大脑网络老化的细胞机制	猕猴（N=64，年龄1-26岁）的大脑皮质网络	神经科学	老年疾病	全脑空间转录组学	NA	转录组数据、影像数据	64只猕猴，年龄跨度1-26岁
64	2025-07-24	NeuN expression in health and disease: A histological perspective on neuronal heterogeneity 2025-Jul-11, Histology and histopathology IF:2.5Q2 DOI:10.14670/HH-18-965 PMID:40697072	综述	本文综述了神经元核蛋白（NeuN）在健康和疾病状态下的表达模式及其在神经科学研究与诊断中的应用	提出NeuN不应被视为二元标记物，而应作为神经元状态的动态指标，并建议采用多标记策略和分子工具提高神经元分析的分辨率	NeuN并非在所有成熟神经元中普遍表达，且在病理条件下其表达可能动态变化，这限制了其作为神经元死亡标志物的解释	探讨NeuN表达模式、调控机制及其在研究和诊断中的意义	神经元核蛋白（NeuN/Rbfox3）及其在不同神经元类型和病理条件下的表达	神经病理学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病和帕金森病）、脑缺血再灌注损伤、创伤性脑损伤和癫痫	免疫组织化学、空间转录组学、RNA测序	NA	组织学数据和转录组数据	NA
65	2025-07-24	Phenotypic heterogeneity and plasticity in colorectal cancer metastasis 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100881 PMID:40393458	研究论文	本研究探讨了结直肠癌（CRC）中表型异质性和可塑性在肿瘤进展、转移和治疗抵抗中的关键作用	揭示了具有再生和炎症表型的癌细胞状态，这些状态与小鼠模型中的转移起始细胞非常相似，并鉴定了AP-1和NF-κB转录因子作为其关键调控因子	调控因素和驱动表型异质性的外在信号仍未知	研究结直肠癌转移中的表型异质性和可塑性	结直肠癌患者的原发性和转移性肿瘤	癌症研究	结直肠癌	单细胞多组学和空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	原发性和转移性结直肠癌患者样本
66	2025-07-24	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型的骨转移生态系统，揭示了骨转移的趋同和趋异机制	发现了三种不同的骨转移生态系统原型，每种原型由特定的免疫细胞富集所表征，并验证了这些原型在不同癌症类型中的存在	样本量相对较小（42个骨转移样本），且未涵盖所有可能的癌症类型	研究不同癌症类型中骨转移的分子和细胞特征	42个来自八种癌症类型的骨转移样本	癌症生物学	骨转移	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学染色，生物信息学分析	NA	单细胞RNA测序数据，组织切片图像，批量RNA测序/微阵列数据	42个骨转移样本（来自8种癌症类型），验证集包括158个骨转移样本（来自超过10种癌症类型）
67	2025-07-24	SpaLinker identifies phenotype-associated spatial tumor microenvironment features by integrating bulk and spatial sequencing data 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100893 PMID:40480216	research paper	介绍SpaLinker，一种通过整合bulk和空间测序数据来识别与表型相关的空间肿瘤微环境特征的创新框架	SpaLinker利用空间转录组学数据在分子、细胞和组织结构水平上解析空间分辨的肿瘤微环境，并通过整合bulk RNA-seq数据评估空间定义特征的预后意义	由于空间测序样本的临床注释稀缺，定量链接空间解析特征与临床表型仍具挑战性	提升空间测序技术的临床实用性，识别与表型相关的空间肿瘤微环境特征	肿瘤微环境（TME）	digital pathology	pan-cancer	spatial transcriptomics (ST), bulk RNA-seq	phenotype-driven computational framework	spatial sequencing data, bulk RNA-seq data	多样的肿瘤ST数据集
68	2025-07-24	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Jul-09, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70057 PMID:40631762	研究论文	本研究探讨了Yap和Taz在嗅觉鞘细胞（OECs）和雪旺细胞（SCs）发育中的不同作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OECs和SCs发育中的差异性作用，并发现尽管这些变化影响了嗅觉感觉神经元和血管化，但GnRH-1神经元迁移未受影响	研究仅在小鼠胚胎鼻组织中进行，尚未在人类或其他模型中验证	探究Yap和Taz在OECs和SCs发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻组织中的OECs、SCs、GnRH-1神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	Sox10-Cre小鼠模型	RNA测序数据	小鼠胚胎鼻组织
69	2025-07-24	Cholinergic neuron-to-glioblastoma synapses in a human iPSC-derived co-culture model 2025-Jul-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102534 PMID:40541171	研究论文	该研究开发了一种使用人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的胆碱能神经元和患者来源的胶质母细胞瘤（GBM）类器官的共培养系统，以研究胆碱能神经元与GBM之间的突触相互作用	首次在人类细胞系统中研究了胆碱能神经元与GBM之间的突触相互作用，揭示了胆碱能输入促进GBM进展的机制	研究仅基于体外共培养系统，未在体内模型中验证结果	探究胆碱能神经元与胶质母细胞瘤（GBM）之间的突触相互作用及其对GBM生物学的影响	人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的胆碱能神经元和患者来源的GBM类器官	癌症神经科学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、钙成像、电子显微镜、跨单突触追踪	hiPSC衍生的共培养模型	RNA测序数据、成像数据	NA
70	2025-07-24	Integrin β1 activity controls colony morphology during human pluripotent stem cell state transitions 2025-Jul-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102538 PMID:40541174	研究论文	本文研究了整合素β1在调控人类诱导多能干细胞（hiPSC）从初始态向激发态转变过程中的作用	揭示了整合素β1在调控多能干细胞状态转变中前所未有的依赖整合素的调节机制，并展示了整合素抑制剂如何帮助精细调节hiPSC的功能和特性	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	探究整合素β1在调控人类诱导多能干细胞状态转变中的作用	人类诱导多能干细胞（hiPSC）	细胞生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
71	2025-07-24	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Jul-07, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	review	本文综述了空间转录组学在HIV组织持久性研究中的应用及其技术平台	空间转录组学以高分辨率（<1μm）捕获RNA分子，实现近单细胞水平的全基因组范围分析，揭示HIV感染细胞及其微环境的新机制	目标捕获中目标数量增加常导致灵敏度下降，且需确保分析严谨性并验证发现	探讨HIV在组织中的持久性机制并为治疗策略提供信息	HIV感染细胞及其周围微环境	生物信息学	HIV	空间转录组学、ATAC-seq、蛋白质捕获、T细胞受体测序	NA	RNA	NA
72	2025-07-24	spRefine Denoises and Imputes Spatial Transcriptomics with a Reference-Free Framework Powered by Genomic Language Model 2025-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.22.649977 PMID:40631230	研究论文	提出了一种名为spRefine的深度学习框架，利用基因组语言模型对空间转录组数据进行去噪和填补	spRefine是一个无需参考框架的深度学习模型，能够联合去噪和填补空间转录组数据，提高了数据整合的鲁棒性，并作为模型预训练和发现新生物信号的强大框架	未明确提及具体限制	克服空间转录组数据分析中的高噪声和基因测量缺失问题	空间转录组数据	空间转录组学	NA	基因组语言模型	深度学习框架	空间转录组数据	多个不同规模的数据集
73	2025-07-24	PROFET Predicts Continuous Gene Expression Dynamics from scRNA-seq Data to Elucidate Heterogeneity of Cancer Treatment Responses 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.662030 PMID:40631077	研究论文	开发了一个名为PROFET的计算框架，用于从稀疏采样的单细胞RNA测序数据重建连续的、非线性的单细胞基因表达轨迹	PROFET采用了一种新颖的Lipschitz正则化梯度流方法和神经力匹配技术来重建基因表达轨迹	NA	研究单细胞基因表达的连续动态变化，以阐明癌症治疗反应的异质性	单细胞RNA测序数据，特别是激素受体阳性乳腺癌对palbociclib治疗的反应	计算生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	神经力匹配	基因表达数据	合成数据、小鼠和人类数据集，以及新生成的palbociclib耐药乳腺癌细胞系数据
74	2025-07-24	Synovial tissue atlas in juvenile idiopathic arthritis reveals pathogenic niches associated with disease severity 2025-Jul-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6050 PMID:40601776	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学技术，分析了幼年特发性关节炎（JIA）患儿炎症关节的活检样本，建立了JIA滑膜的细胞图谱	首次在JIA中识别了与疾病严重程度相关的致病性细胞群体，并揭示了与成人发病的炎症性关节炎共有的致病细胞群体	研究样本来自疾病早期的未治疗患儿，可能无法代表疾病全过程的病理变化	提高对JIA炎症细胞基础的理解，指导靶向治疗策略的开发	幼年特发性关节炎（JIA）患儿的滑膜组织、滑液和外周血	数字病理学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、空间转录组学	NA	基因表达数据、图像数据	未治疗JIA患儿的关节活检样本、匹配的滑液和外周血样本
75	2025-07-24	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Jul-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	研究论文	本文研究了TET2突变的髓系细胞通过中枢神经系统浸润和增强的吞噬作用减缓阿尔茨海默病（AD）的进展	揭示了TET2突变克隆造血（CH）与晚发性AD风险降低47%的关联，并发现TET2突变骨髓移植在小鼠模型中减少认知衰退和β-淀粉样斑块形成	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类样本验证有限	探究TET2突变克隆造血对阿尔茨海默病发病机制的影响	TET2突变的髓系细胞、AD小鼠模型、人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的微胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因测序数据、行为数据	UK Biobank数据及AD小鼠模型
76	2025-07-24	scGGC: a two-stage strategy for single-cell clustering through cellular gene pathway construction 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf368 PMID:40698866	研究论文	提出了一种名为scGGC的新型单细胞聚类模型，通过整合图自编码器和生成对抗网络技术，提高了单细胞RNA测序数据的聚类准确性	scGGC的创新包括两部分：(i)构建包含细胞-细胞和细胞-基因关系的邻接矩阵，以捕捉图结构中的复杂相互作用，实现非线性降维和初始聚类；(ii)通过从初始聚类中选择高置信度样本进行对抗神经网络训练，提升聚类性能	未明确提及具体限制，但高维度、噪声和数据稀疏性仍是单细胞聚类分析的普遍挑战	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和细胞类型特异性标记基因的识别	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自编码器(GAE)和生成对抗网络(GAN)	单细胞RNA测序数据	九个公开可用的scRNA-seq数据集
77	2025-07-24	Applications and techniques of single-cell RNA sequencing across diverse species 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf354 PMID:40698863	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在不同物种中的应用和技术	scRNA-seq技术提供了前所未有的细胞异质性、谱系分化和细胞类型特异性基因表达模式的见解	技术和财务障碍限制了其在非模式生物和具有复杂细胞组成的组织中的应用	探讨scRNA-seq在分子生物学、肿瘤学、发育生物学和生态基因组学等领域的应用	不同物种的细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
78	2025-07-24	Path-MGCN: a pathway activity-based multi-view graph convolutional network for determining spatial domains 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf365 PMID:40698867	研究论文	提出了一种基于通路活性的多视图图卷积网络Path-MGCN，用于确定空间转录组数据中的空间域	Path-MGCN首次整合了通路信息，通过注意力机制自适应融合空间和功能邻近性的多视图图卷积网络，提高了空间转录组数据分析的准确性和可解释性	未明确提及具体限制，但可能受限于通路数据库的覆盖范围和计算复杂度	开发一个准确且可解释的框架来分析空间转录组数据，以理解组织结构和分子通路	人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠脑组织的空间转录组数据	数字病理学	乳腺癌	基因集变异分析(GSVA)、Zero-inflated negative binomial解码器	多视图图卷积网络(GCN)与注意力机制	空间转录组数据	多个数据集(人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠脑组织)
79	2025-07-24	SpaDCN: Deciphering Spatial Functional Landscape from Spatially Resolved Transcriptomics by Aligning Cell-Cell Communications 2025-Jul, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202402111 PMID:39962819	研究论文	提出了一种名为SpaDCN的空间动态图卷积网络框架，用于从空间分辨转录组数据中解析空间功能景观	通过整合细胞间通讯动态和基因表达数据，在空间背景下揭示具有一致细胞组织的空间功能区域	未明确提及具体局限性	解决空间分辨转录组技术中识别病理相关空间功能景观的挑战	空间分辨转录组数据	数字病理	癌症	空间分辨转录组技术(SRT)	动态图卷积网络(SpaDCN)	基因表达数据	NA
80	2025-07-24	Metabolic reprogramming in astrocytes prevents neuronal death through a UCHL1/PFKFB3/H4K8la positive feedback loop 2025-Jul, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01467-x PMID:40016338	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤(SCI)后通过UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路防止神经元死亡的机制	揭示了UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路在星形胶质细胞代谢重编程中的新机制，并提出了SCI治疗的潜在靶点	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	阐明星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤后的作用机制	星形胶质细胞和神经元	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA