单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-20	Incorporating hierarchical information into multiple instance learning for patient phenotype prediction with single-cell RNA-sequencing data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf241 PMID:40662783	research paper	该论文提出了一种将层次信息整合到基于注意力的多实例学习框架中的新方法，用于单细胞RNA测序数据的患者表型预测	在基于注意力的多实例学习框架中整合了单细胞RNA测序数据的层次结构信息，提高了模型性能和可解释性	未明确提及具体局限性	改进患者表型预测方法，特别是利用单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据和患者表型数据	machine learning	NA	scRNA-seq	attention-based MIL	RNA测序数据	未明确提及具体样本量，但提到对有限样本量具有鲁棒性
62	2025-07-20	Refinement strategies for Tangram for reliable single-cell to spatial mapping 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf194 PMID:40662790	research paper	本文改进了Tangram工具，以提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合的可靠性和一致性	通过基因子集训练、细胞过滤、正则化引入和邻域信息整合，提高了Tangram在细胞映射中的一致性	研究结果依赖于基因表达稀疏性，可能不适用于所有类型的数据集	提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合工具的可靠性和一致性	Tangram工具及其在单细胞RNA测序与空间转录组数据整合中的应用	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学	Tangram	基因表达数据	真实和模拟的小鼠数据集
63	2025-07-20	Anomaly detection in spatial transcriptomics via spatially localized density comparison 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf242 PMID:40662796	research paper	提出了一种名为Sardine的方法，用于检测空间转录组数据中的空间局部异常变化	Sardine方法通过空间局部密度估计来识别不同条件下细胞状态的局部空间变化，相比现有方法更准确地捕捉表达变化的空间模式	未提及具体的数据规模限制或计算效率问题	开发一种能够识别空间转录组数据中局部异常变化的方法	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	模拟数据、小鼠大脑皮层损伤前后的Visium数据集以及小鼠脊髓电疗的Visium数据集
64	2025-07-20	Predicting fine-grained cell types from histology images through cross-modal learning in spatial transcriptomics 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf201 PMID:40662792	research paper	提出了一种跨模态统一表示学习框架（CUCA），用于从组织学图像中识别细粒度细胞类型	利用跨模态嵌入对齐范式，协调形态学和分子模态的嵌入空间，弥合图像模式与分子表达特征之间的差距	可能忽略了基因表达数据中的关键分子特征	通过组织学图像预测细粒度细胞类型，以深入了解肿瘤生物学	组织学图像和空间转录组学数据	digital pathology	tumor	spatial transcriptomics	cross-modal unified representation learning framework (CUCA)	image, gene expression data	三个数据集
65	2025-07-20	Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf268 PMID:40662813	研究论文	本研究评估了五种空间转录组去卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性，并开发了一个模拟框架进行比较	首次系统评估RNA去卷积方法在染色质可及性数据上的表现，并开发了跨模态比较的模拟框架	在解析稀有细胞类型时，染色质可及性去卷积表现略逊于RNA去卷积	评估现有空间转录组去卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性	空间染色质可及性数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	空间染色质可及性分析、空间转录组分析	Cell2location、RCTD	空间多组学数据	基于模拟框架生成的数据集（具体数量未说明）
66	2025-07-20	Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf234 PMID:40662809	研究论文	介绍了一种新的伪对齐方案，用于快速且内存高效地处理单细胞ATAC-seq数据	提出了基于'虚拟颜色'的伪对齐方案，显著提高了处理大型基因组参考数据的速度和内存效率	未提及具体的技术局限性	开发一种快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据处理方法	单细胞ATAC-seq数据	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq	伪对齐算法	基因组序列数据	NA
67	2025-07-20	Prediction of gene regulatory connections with joint single-cell foundation models and graph-based learning 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf217 PMID:40662821	研究论文	提出了一种结合单细胞基础模型和图学习的基因调控链接预测框架scRegNet	利用大规模预训练的单细胞基础模型(scFMs)结合图学习方法，提高了基因调控网络(GRN)推断的准确性和鲁棒性	监督学习方法需要大量已知的TF-DNA结合数据，这些数据实验获取成本高且数量有限	解决基因调控链接预测问题，提高GRN推断的准确性	基因调控网络(GRN)	机器学习	NA	scRNA-seq	scFMs, 图学习	单细胞RNA测序数据	七个scRNA-seq基准数据集
68	2025-07-20	ARTEMIS integrates autoencoders and Schrödinger Bridges to predict continuous dynamics of gene expression, cell population, and perturbation from time-series single-cell data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf218 PMID:40662824	研究论文	ARTEMIS是一种生成模型，结合变分自编码器和Schrödinger Bridges，用于从时间序列单细胞数据中预测基因表达、细胞群体和扰动的连续动态	整合变分自编码器(VAE)与不平衡扩散Schrödinger Bridge，通过解决Schrödinger桥问题重建细胞轨迹，揭示基因表达动态和恢复细胞群体变化	高成本和测序的破坏性限制了观察，仅能获取离散时间点的未对齐细胞快照	解决单细胞测序数据中细胞轨迹重建和基因表达动态预测的挑战	胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌症细胞中的上皮-间质转化(EMT)	生物信息学	癌症	scRNA-seq	VAE, Schrödinger Bridge	单细胞RNA测序数据	三个scRNA-seq数据集
69	2025-07-20	Transcriptome assembly at single-cell resolution with Beaver 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf236 PMID:40662838	研究论文	本文介绍了一种名为Beaver的单细胞RNA测序数据转录组组装工具，旨在解决单细胞分辨率下全长转录本重建的挑战	Beaver通过设计转录片段图和动态规划算法，结合两个随机森林模型，显著提高了转录组组装的精确度	研究主要基于Smart-seq3 scRNA-seq数据，未验证在其他单细胞测序技术上的适用性	开发一种能够有效利用细胞间共享信息同时保留细胞特异性表达特征的单细胞转录组组装方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, Smart-seq3	随机森林	RNA测序数据	NA
70	2025-07-20	Cancer stem cells: Bridging microenvironmental interactions and clinical therapy 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70406 PMID:40665579	综述	本文综述了癌症干细胞（CSCs）的生物学特性、分子调控机制及其与肿瘤微环境的复杂相互作用，并探讨了靶向CSCs的治疗策略及其临床转化挑战	系统整合了CSC的基础机制与临床转化研究，为理解肿瘤生物学和开发精准治疗策略提供了全面框架	未明确提及具体研究的样本量或实验数据限制	探讨癌症干细胞在肿瘤发生、转移、复发和治疗抵抗中的作用，并评估靶向CSCs的治疗策略	癌症干细胞（CSCs）及其与肿瘤微环境的相互作用	肿瘤生物学	癌症	多组学分析、谱系追踪、单细胞测序技术	NA	NA	NA
71	2025-07-20	Inactivation of Histone Chaperone HIRA Unmasks a Link Between Normal Embryonic Development of Melanoblasts and Maintenance of Adult Melanocyte Stem Cells 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70070 PMID:40669469	research paper	该研究探讨了组蛋白伴侣HIRA在小鼠色素系统中的双重作用，特别是在胚胎发育和成年黑色素细胞干细胞维持中的重要性	揭示了HIRA在胚胎发育阶段对黑色素细胞谱系特性和成年干细胞维持的长远影响，填补了胚胎发育与成年健康之间具体联系的空白	研究仅限于小鼠模型，人类黑色素细胞系统的类似机制尚需验证	探索组蛋白伴侣HIRA在胚胎发育和成年黑色素细胞干细胞维持中的作用	小鼠黑色素细胞系统	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ATAC-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据, 染色质可及性数据	未明确说明具体样本数量，但涉及胚胎和成年小鼠的黑色素细胞分析
72	2025-07-20	Itaconate suppresses neonatal intestinal inflammation via metabolic reprogramming of M1 macrophage 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70419 PMID:40673634	研究论文	该研究探讨了衣康酸酯（ITA）通过代谢重编程M1巨噬细胞来抑制新生儿肠道炎症的作用	揭示了ITA作为NEC中巨噬细胞分化的代谢检查点的作用，并提出了4OI在NEC中的治疗效果	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限	研究ITA在新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）中的保护作用及其机制	新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）患者和小鼠模型	代谢重编程	坏死性小肠结肠炎	免疫荧光染色、液相色谱-质谱联用、单细胞测序	ACOD1-/-和ACOD1fl/flLysMcre NEC小鼠模型	临床样本数据和小鼠实验数据	临床NEC样本和小鼠模型
73	2025-07-20	Isolation of mitochondrial mutation-specific T cell receptors 2025-Jun-30, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf139 PMID:40587813	研究论文	该研究成功分离出针对线粒体突变的特异性T细胞受体（TCRs），为癌症免疫治疗提供了新思路	首次报道了针对肿瘤线粒体DNA（mtDNA）突变的特异性TCRs，并验证了其与HLA-A*0201限制性肽段的相互作用	研究中仅从一名供体中分离出特异性TCRs，且部分生物学障碍仍需考虑	探索肿瘤线粒体DNA突变是否能够产生可被TCRs识别的新抗原	肿瘤线粒体DNA突变及其衍生的新抗原	癌症免疫治疗	癌症	单细胞测序、表位预测算法	NA	基因组数据、肽段数据	10名健康供体（HLA-A*0201纯合子），38种肿瘤类型的3,798个非同义单核苷酸突变
74	2025-07-20	The CXCL16/CXCR6 axis is linked to immune effector cell-associated neurotoxicity in chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy 2025-Jun-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01498-6 PMID:40588764	研究论文	探讨CXCL16/CXCR6轴在CAR T细胞治疗中免疫效应细胞相关神经毒性综合征(ICANS)中的作用	首次发现CXCR6+ T细胞在ICANS中的富集及其与CXCL16表达髓系细胞的空间关联，为ICANS的发病机制提供了新的分子机制解释	样本量较小(n=11)，且部分数据来自单个死亡病例的尸检组织	阐明CAR T细胞治疗中ICANS的潜在分子机制	接受CAR T细胞治疗后发生ICANS的患者(n=11)及其对照样本	免疫治疗	神经毒性综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、多模态空间转录组学、免疫荧光	NA	外周血和脑脊液样本、尸检脑组织	11例ICANS患者(分级:1级3例，2级4例，3级1例，4级3例)及对照组样本
75	2025-07-20	Machine learning-guided single-cell multiomics uncovers GDF15-driven immunosuppressive niches in NSCLC: A translational framework for overcoming anti-PD-1 resistance 2025-Jun-28, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102459 PMID:40582068	研究论文	通过机器学习引导的单细胞多组学分析，揭示了非小细胞肺癌(NSCLC)中GDF15驱动的免疫抑制微环境，并提出了克服抗PD-1耐药的转化框架	开发了一种Accelerated Oblique Random Survival Forest模型，在预测准确性上优于传统Cox回归和深度学习方法，并首次将GDF15定位为预测ICB耐药的一流生物标志物	研究样本量相对较小(n=156)，且功能研究仅基于Lewis肺癌细胞，未涵盖其他NSCLC亚型	识别免疫检查点阻断(ICB)疗效的决定因素，并开发预测NSCLC免疫治疗反应的生物标志物	非小细胞肺癌(NSCLC)患者样本和Lewis肺癌细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、机器学习	Accelerated Oblique Random Survival Forest	多组学数据、单细胞数据	156例NSCLC患者样本
76	2025-07-20	Enhancing ovarian cancer prognosis with an artificial intelligence-derived model: Multi-omics integration and therapeutic implications 2025-Jun-27, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102439 PMID:40580871	研究论文	本研究通过整合多组学数据和人工智能技术，开发了一种用于卵巢癌预后预测的模型AIDPI，并探讨了其治疗意义	开发了基于人工智能的预后指数模型AIDPI，整合了多组学数据，并识别了MFAP4基因作为潜在治疗靶点	研究主要基于现有数据库的转录组数据，临床样本验证仍需进一步扩大	提高卵巢癌的预后预测准确性并探索新的治疗靶点	卵巢癌患者及其转录组数据	数字病理学	卵巢癌	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA测序）	机器学习算法集成	转录组数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多数据集
77	2025-07-20	Identification and validation of synergistic drug strategies targeting macrophage polarization in triple-negative breast cancer via single-cell transcriptomics and deep learning 2025-Jun-26, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102457 PMID:40580873	研究论文	通过单细胞转录组学和深度学习，识别并验证针对三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的协同药物策略	开发了一个基于巨噬细胞分化的分类器（MMDCSS），并发现非那雄胺作为ZBTB20调节剂能够逆转肿瘤诱导的M2巨噬细胞极化	研究样本量较小（24名TNBC患者），且未在更大规模的临床队列中验证	探索针对三阴性乳腺癌（TNBC）中巨噬细胞极化的治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者的肿瘤微环境（TME）和巨噬细胞极化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、计算药理学	深度学习	转录组数据	24名TNBC患者
78	2025-07-20	Mesenchymal stem/stromal cell therapy improves immune recovery in a feline model of severe coronavirus infection 2025-Jun-25, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szaf025 PMID:40659357	研究论文	本研究评估了异体间充质干细胞（MSC）疗法联合抗病毒治疗在猫传染性腹膜炎（FIP）中的安全性和有效性	首次在猫冠状病毒感染模型中展示了MSC疗法如何通过调节免疫功能障碍促进持久的免疫恢复，并揭示了PDGF-bb在淋巴恢复中的潜在作用	研究结束时仍存在残余细胞因子升高，表明慢性免疫失调特征可能未被完全解决	探索MSC疗法对严重冠状病毒感染引起的免疫功能障碍的改善效果	患有渗出性猫传染性腹膜炎的猫	兽医学与转化医学	冠状病毒感染（猫传染性腹膜炎）	单细胞RNA测序、血清细胞因子分析、主成分分析	NA	血液学数据、病毒学数据、免疫学数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量（猫的FIP模型）
79	2025-07-20	A scalable, all-optical method for mapping synaptic connectivity with cell-type specificity 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661552 PMID:40667305	研究论文	本文提出了一种可扩展的全光学方法，用于以细胞类型特异性映射突触连接	利用光学工具和空间转录组学技术，实现了高灵敏度、高通量和细胞类型特异性的突触连接映射	目前仅在小鼠运动皮层中进行了验证，尚未在其他脑区或物种中测试	开发一种高通量的光学方法来映射神经回路中的突触连接	小鼠运动皮层中的神经元	神经科学	NA	光学工具、空间转录组学	NA	光学成像数据、基因表达数据	超过1000个运动皮层神经元
80	2025-07-20	Regulatory network analysis of Dclk1 gene expression reveals a tuft cell-ILC2 axis that inhibits pancreatic tumor progression 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115734 PMID:40408246	研究论文	通过Dclk1基因表达的调控网络分析，揭示了一种抑制胰腺肿瘤进展的tuft细胞-ILC2轴	首次定义了胰腺Dclk1细胞，并揭示了tuft细胞-ILC2轴在抑制胰腺肿瘤中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类胰腺肿瘤中验证	研究Dclk1基因在胰腺肿瘤中的表达及其调控网络	Dclk1表达的细胞及其在胰腺肿瘤中的作用	分子生物学	胰腺肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Dclk1报告小鼠模型	基因表达数据	NA