单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-14	Validation of Fiber-Dominant Expressing Gene Promoters in Populus trichocarpa 2025-Jun-25, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants14131948 PMID:40647957	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和AspWood数据库的交叉分析，鉴定出杨树中潜在的木质部纤维主导表达基因，并验证了这些基因启动子在转基因杨树中的组织表达活性	首次在杨树中鉴定出木质部纤维主导表达的基因启动子，为林木育种中特定基因在木材纤维中的表达提供了新工具	研究仅针对杨树(Populus trichocarpa)进行，结果在其他树种中的适用性尚不明确	验证杨树中纤维主导表达基因的启动子活性，为林木遗传改良提供工具	杨树(Populus trichocarpa)的木质部纤维	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、激光捕获显微切割技术、RT-qPCR、启动子-GUS报告系统	NA	基因表达数据	32个候选基因，最终验证了9个基因的启动子活性
62	2025-07-14	Immunosuppressive Tumor Microenvironment of Osteosarcoma 2025-Jun-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132117 PMID:40647416	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析了骨肉瘤的免疫微环境，揭示了其免疫抑制特性	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术深入分析骨肉瘤的免疫微环境，并识别出关键的免疫抑制细胞类型及其相互作用机制	样本量较小（仅12个肿瘤活检样本），可能限制结果的普遍性	深入了解骨肉瘤的免疫微环境特性及其对治疗的影响	骨肉瘤肿瘤活检样本	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	细胞间通讯模型	RNA测序数据	12个骨肉瘤肿瘤活检样本（6个新测序+6个已发表数据）
63	2025-07-14	A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618577 PMID:39463993	meta-analysis	本研究评估了单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因（DEGs）的可重复性，并开发了一种新的非参数元分析方法SumRank，以提高DEGs的预测能力	开发了基于跨数据集相对差异表达排名可重复性的非参数元分析方法SumRank，显著提高了DEGs的特异性和敏感性	部分疾病（如阿尔茨海默病和精神分裂症）的单个数据集DEGs预测能力较差	评估单细胞转录组病例对照研究中DEGs的可重复性，并开发改进的元分析方法	阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）、亨廷顿病（HD）、精神分裂症（SCZ）和COVID-19的单细胞RNA测序研究	生物信息学	神经退行性疾病	scRNA-seq, snATAC-seq	SumRank	基因表达数据	多个已发表的单细胞转录组数据集
64	2025-07-14	Tissue extracellular vesicles suppress neonatal cardiac regeneration: a Pak2-Erk1/2-mediated macrophage paracrine signaling 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024193 PMID:39949198	研究论文	研究发现小鼠出生后第8天心肌组织来源的细胞外囊泡（P8-EVs）通过Pak2-Erk1/2信号轴调控巨噬细胞的旁分泌活动，从而影响心肌细胞增殖	首次揭示P8-EVs通过Pak2-Erk1/2信号轴调控巨噬细胞功能进而抑制心肌细胞增殖的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类心肌再生机制是否相同尚需验证	探究心肌细胞增殖能力随发育下降的分子机制	小鼠心肌细胞和巨噬细胞	心血管生物学	心血管疾病	生物信息学分析、高通量组学、单细胞测序	小鼠心肌梗死模型	单细胞转录组数据、蛋白组数据	未明确说明具体样本数量，使用P1/P8不同发育阶段小鼠心肌组织
65	2025-07-14	Similarities and differences in the response and molecular characteristics of peripheral sensory neurons associated with pain and itch 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024202 PMID:39953797	研究论文	本研究探讨了背根神经节（DRG）神经元对疼痛和瘙痒的不同反应及其分子特征	使用双光子钙成像和单细胞RNA测序技术揭示了多感觉神经元和单感觉神经元对疼痛和瘙痒的不同反应强度及转录组变化	研究未涉及DRG神经元在疼痛和瘙痒传导中的具体机制	探究DRG神经元对疼痛和瘙痒的不同反应及其分子基础	背根神经节（DRG）神经元	神经科学	慢性疼痛和瘙痒	双光子钙成像, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	钙成像数据, 转录组数据	未明确提及具体样本数量
66	2025-07-14	Identifying ADGRG1 as a specific marker for tumor-reactive T cells in acute myeloid leukemia 2024-Sep-06, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00560-0 PMID:39243082	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和V(D)J测序技术，识别了ADGRG1作为急性髓系白血病(AML)中肿瘤反应性T细胞的特定标志物	首次将ADGRG1鉴定为AML中CD8+T肿瘤反应性T细胞的特定标志物，并通过小鼠模型和CAR-T系统验证其功能	研究样本仅限于RUNX1::RUNX1T1突变的AML患者，可能不适用于其他亚型	探索AML中肿瘤反应性T细胞的特征及其特异性标志物	急性髓系白血病患者的骨髓T细胞	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序，单细胞V(D)J测序，STARTRAC-like算法	Runx1; Mx1-Cre小鼠模型	单细胞转录组数据	新诊断的RUNX1::RUNX1T1突变AML患者的骨髓T细胞
67	2025-07-13	Single-cell spatial transcriptomics reveals pathogenic mechanism of renal fibrosis in imiquimod-induced lupus nephritis in mice 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102087 PMID:40641741	研究论文	利用单细胞空间转录组学技术揭示咪喹莫特诱导的小鼠狼疮性肾炎肾纤维化的致病机制	首次应用空间转录组学技术在小鼠狼疮性肾炎模型中揭示肾纤维化的细胞和分子病理学途径，并发现了一种促纤维化的巨噬细胞亚型Lyz2巨噬细胞	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	深入理解狼疮性肾炎肾纤维化的细胞和分子机制，为疾病评估和新治疗策略开发提供依据	咪喹莫特诱导的狼疮性肾炎小鼠模型	数字病理学	狼疮性肾炎	空间转录组学	NA	转录组数据	狼疮性肾炎和对照小鼠肾脏样本
68	2025-07-13	Treg activation during allograft tolerance induction requires mitochondrial-induced TGFβ1 in type 1 conventional dendritic cells 2025-Jul-10, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178960 PMID:40644411	研究论文	研究探讨了1型常规树突状细胞（cDC1）在实体器官同种异体移植耐受诱导中的作用及其分子机制	首次揭示了cDC1在移植耐受中的关键作用及其通过线粒体代谢诱导TGF-β1表达以促进抗原特异性调节性T细胞生成的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索延长同种异体移植物存活的策略	1型常规树突状细胞（cDC1）和CD4+CD25+FoxP3+ T细胞	免疫学	器官移植	单细胞RNA测序和代谢分析	小鼠模型	基因表达数据和代谢数据	NA
69	2025-07-13	Single-Cell Analysis of Alternative Splicing and Gene Regulatory Network Reveals Remarkable Expression and Regulation Dynamics During Human Early Embryonic Development 2025-Jul, FASEB bioAdvances IF:2.5Q3 DOI:10.1096/fba.2025-00075 PMID:40641848	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，系统研究了人类早期胚胎发育中的基因表达动态，包括可变剪接、异构体转换和基因调控网络	整合基因表达水平、可变剪接、异构体转换和基因调控网络，全面揭示人类早期胚胎发育中的基因动态特征	研究仅覆盖了E3到E7阶段的胚胎发育，未涉及更早期或更晚期的发育阶段	探究人类早期胚胎发育过程中的基因表达动态变化	人类早期胚胎（E3到E7阶段）	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但涉及E3到E7阶段的胚胎
70	2025-07-13	Prognostic Value of TBC1D1 and Its Relationship With the Tumor Microenvironment in Pancreatic Cancer: A Study Based on Single-Cell Sequencing 2025-Jul, FASEB bioAdvances IF:2.5Q3 DOI:10.1096/fba.2025-00092 PMID:40641846	研究论文	本研究评估了TBC1D1在胰腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的相关性	首次揭示了TBC1D1在胰腺癌中的独立预后作用及其通过调节肿瘤微环境促进癌症进展的机制	样本量相对较小（168例患者），且缺乏功能实验验证TBC1D1的具体作用机制	评估TBC1D1在胰腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的关系	胰腺癌患者（168例）及其肿瘤组织	数字病理学	胰腺癌	免疫组织化学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	168例胰腺癌患者
71	2025-07-13	PhytoCluster: a generative deep learning model for clustering plant single-cell RNA-seq data 2025-Jun, aBIOTECH IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s42994-025-00196-6 PMID:40641652	研究论文	介绍了一种名为PhytoCluster的无监督深度学习算法，用于聚类植物单细胞RNA测序数据	提出了一种新的无监督深度学习算法PhytoCluster，能够有效处理高维度、稀疏性和生物噪声的单细胞RNA测序数据，并在聚类准确性、噪声去除和信号保留方面优于其他方法	未提及具体局限性	开发一种能够有效聚类植物单细胞RNA测序数据的算法	植物单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度学习	单细胞RNA测序数据	四个模拟数据集和五个真实scRNA-seq数据集
72	2025-07-13	Insights into human melanocyte development and characteristics through pluripotent stem cells combined with single-cell sequencing 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112373 PMID:40641554	研究论文	通过多能干细胞结合单细胞测序技术，研究人类黑色素细胞的发育过程及其特性	利用人类多能干细胞和单细胞测序技术，揭示了黑色素细胞发育过程中的细胞异质性、动态变化及信号通路相互作用	研究主要依赖于体外模型，可能无法完全模拟体内黑色素细胞的发育环境	探索人类黑色素细胞的发育过程及其特性，为色素相关疾病的研究提供新工具	人类多能干细胞衍生的黑色素细胞及正常人类黑色素细胞	发育生物学	色素相关疾病	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
73	2025-07-13	Humanized mouse model reveals T cell ANXA2 as a potential therapeutic target in ischemic stroke 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112302 PMID:40641552	研究论文	本研究通过建立人源化小鼠模型，探索了缺血性中风后T细胞的分子机制，并识别了潜在的治疗靶点ANXA2	首次使用人源化小鼠模型研究中风后T细胞变化，并发现ANXA2作为潜在治疗靶点	研究结果尚未在人体临床试验中得到验证	探索缺血性中风后T细胞的分子机制并寻找潜在治疗靶点	人源化小鼠模型和人类缺血性脑组织及外周血	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	人源化小鼠模型	基因表达数据	人源化小鼠模型和人类组织样本
74	2025-07-13	Integrative single-cell transcriptomics of sheep ovarian development reveals dynamic transcriptional programs relevant to reproductive traits 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112422 PMID:40641558	研究论文	该研究通过整合单细胞转录组学技术，揭示了绵羊卵巢发育过程中的动态转录程序及其与生殖特性的相关性	首次在绵羊卵巢发育的关键阶段（产前、青春期前、青春期后和成年期）进行了单细胞转录组分析，并识别了九种主要细胞类型及其动态基因表达模式	研究仅基于转录组数据，未进行功能验证实验	探索绵羊卵巢发育的转录动态及其与人类生殖生物学和疾病的相关性	绵羊卵巢组织	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	61,649个单细胞转录组，覆盖产前（E90）、青春期前（M3）、青春期后（M6）和成年期（Y2, Y4）四个关键发育阶段
75	2025-07-13	Rational therapeutic targeting of myeloid cells in glioblastoma: challenges and perspectives 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1472710 PMID:40642066	review	本文综述了胶质母细胞瘤（GB）中髓系细胞的异质性和可塑性，并讨论了靶向治疗GB相关巨噬细胞（GAMs）的前景与挑战	通过多组学、单细胞转录组学和多模态空间分析揭示了GB中髓系细胞的多样性及其在肿瘤微环境（TME）中的作用	综述性文章未涉及具体实验数据，主要基于现有研究的总结和讨论	探讨GB中髓系细胞的异质性及其在治疗中的潜在靶点	胶质母细胞瘤（GB）及其肿瘤微环境中的髓系细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	多组学、单细胞转录组学、多模态空间分析	NA	NA	NA
76	2025-07-13	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics to identify the lactylation-related protein TUBB2A as a potential biomarker for glioblastoma in cancer cells by machine learning 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1601533 PMID:40642071	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，结合机器学习方法，鉴定出与乳酰化相关的蛋白质TUBB2A作为胶质母细胞瘤的潜在生物标志物	创新性地展示了胶质母细胞瘤中乳酰化水平的显著升高，并验证了其作为独立预后因素的价值，同时建立了与乳酰化相关的预后基因模型	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探究乳酰化在胶质母细胞瘤中的作用及其作为生物标志物的潜力	胶质母细胞瘤细胞和组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、机器学习	AUCell、UCell、IQR方法	RNA-seq数据、空间转录组数据	人类胶质母细胞瘤样本
77	2025-07-13	Enhancing fibroblast-epithelial cell communications: Serpine2 as a key molecule in Fusobacterium nucleatum-promoted colon cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1563922 PMID:40642075	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq）技术，揭示了Fusobacterium nucleatum（Fn）通过增强成纤维细胞-上皮细胞间通讯促进结肠癌进展的分子机制，并鉴定出Serpine2作为关键分子	首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq技术系统解析Fn促结肠癌机制，发现Serpine2作为Fn介导的癌症转移新标志物	未阐明Serpine2下游具体作用通路，动物模型验证不足	揭示Fn促进结肠癌进展的分子机制	结肠癌组织样本、Fn细菌、成纤维细胞和上皮细胞	肿瘤微环境研究	结肠癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 机器学习算法	三种机器学习算法（未指定具体模型）	RNA测序数据、临床组织样本数据	临床组织样本及外部数据集（未提具体数量），体外共培养实验
78	2025-07-13	Amplification of select autonomous HERV loci and surrounding host gene transcription in monocytes from patients with post-acute sequelae of COVID-19 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1621657 PMID:40642078	研究论文	研究COVID-19后急性后遗症患者单核细胞中选择性自主HERV位点及其周围宿主基因转录的扩增	开发了基于窗口的HERV比对方法（WHA），并首次在PASC患者单核细胞中鉴定出共扩增的HERV位点和邻近宿主基因转录本	样本量较小（12名PASC患者），且仅分析了单核细胞中的HERV表达模式	探索COVID-19后急性后遗症（PASC）患者单核细胞中HERV的激活模式及其与宿主基因转录的关系	COVID-19后急性后遗症患者、流感患者、登革热患者和败血症患者的单核细胞	基因组学	COVID-19后急性后遗症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基于窗口的HERV比对方法（WHA）	NA	RNA测序数据	31名正常个体、12名PASC患者及多项研究中COVID-19、流感、登革热和败血症患者的数据
79	2025-07-13	Multi-omics analysis reveals the role of ribosome biogenesis in malignant clear cell renal cell carcinoma and the development of a machine learning-based prognostic model 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1602898 PMID:40642093	研究论文	通过多组学分析揭示了核糖体生物发生在恶性透明细胞肾细胞癌中的作用，并开发了一种基于机器学习的预后模型	首次整合了bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组测序数据，揭示了核糖体生物发生在ccRCC中的关键作用，并开发了一个基于118种机器学习算法组合的预后模型	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证，且模型的实际临床应用效果有待进一步评估	阐明核糖体生物发生在ccRCC发病机制和预后中的作用，并开发预后模型	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)	数字病理学	肾癌	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, qRT-PCR	机器学习	RNA测序数据	内部和外部验证队列(具体数量未明确说明)
80	2025-07-12	Deciphering distinct pathogenic mechanisms of ankylosing spondylitis and systemic sclerosis via shared biomarkers ZSWIM6 and CCL3L3: Insights from an integrative bioinformatics approach 2025-12, Autoimmunity IF:3.3Q3 DOI:10.1080/08916934.2024.2445557 PMID:39727004	研究论文	通过共享生物标志物ZSWIM6和CCL3L3，揭示强直性脊柱炎和系统性硬化症的不同致病机制	利用整合生物信息学方法识别ZSWIM6和CCL3L3作为强直性脊柱炎和系统性硬化症的潜在生物标志物，并探索其与特定免疫细胞类型的关联	研究主要基于RNA-seq数据，未进行实验验证	探索强直性脊柱炎和系统性硬化症的不同炎症致病机制，以提供新的治疗见解	强直性脊柱炎和系统性硬化症患者的外周血单核细胞和骨髓血样本	生物信息学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, CIBERSORT, GSEA	SVM	RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据	GSE73754和GSE19617数据集中的PBMCs样本，以及GSE194315数据集中的单细胞RNA测序数据