单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-29	The Lung Is Not a Primary Site of Platelet Biogenesis 2025-Apr-30, Physiological research IF:1.9Q3 PMID:40432441	research paper	该研究探讨了肺部是否是血小板生成的主要部位，通过比较人类、大鼠和兔子的血小板参数及巨核细胞特征	研究首次通过多种实验方法（包括单细胞RNA测序）系统比较了不同物种肺部与骨髓中巨核细胞和血小板的生成能力	研究样本量相对有限（人类n=24-93，动物n=19-20），且仅比较了四种哺乳动物	验证肺部是否为血小板生物发生的主要场所	人类、小鼠、大鼠和兔子的血小板及巨核细胞	NA	NA	自动血液分析仪检测、免疫组织化学染色、单细胞RNA测序	NA	血液参数数据、组织切片图像、单细胞基因表达数据	人类93例（静脉血对比）、24例（心房对比）；大鼠20例；兔子19例
62	2025-05-29	Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development 2025-Apr-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.04.003 PMID:40300602	研究论文	该研究通过单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱，揭示了前脑神经发生的持续性与脑室区祖细胞代谢差异的关系	首次提供了单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱，并鉴定了线粒体蛋白FAM210B作为调控祖细胞自我复制分裂的关键因子	研究主要基于小鼠模型，人类大脑发育的类似机制尚需进一步验证	探索哺乳动物前脑区域扩张的发育机制	小鼠大脑发育过程中的祖细胞	神经发育生物学	NA	单细胞RNA测序，功能获得与缺失实验	NA	单细胞转录组数据	NA
63	2025-05-29	Integration of Single-Cell and Bulk Transcriptome to Reveal an Endothelial Transition Signature Predicting Bladder Cancer Prognosis 2025-Apr-28, Biology DOI:10.3390/biology14050486 PMID:40427675	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了一种预测膀胱癌预后的内皮细胞转变特征	发现了一种新的内皮细胞转变特征，并构建了一个预测膀胱癌预后的模型，该模型在多个癌症队列中表现出优越的预测性能	研究主要基于TCGA数据，可能在其他独立数据集中需要进一步验证	揭示内皮细胞在肿瘤进展中的作用，并开发膀胱癌的预后模型	内皮细胞（特别是tip-to-capillary ECs亚群）和膀胱癌患者	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序，机器学习	多种机器学习技术整合的预后模型	转录组数据	TCGA-BLCA、GSE32894、GSE32548和GSE70691队列中的多个样本
64	2025-05-29	Construction of Diagnostic Model for Regulatory T Cell-Related Genes in Sepsis Based on Machine Learning 2025-Apr-27, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13051060 PMID:40426888	研究论文	本文基于机器学习构建了与调节性T细胞相关的脓毒症诊断模型	利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据和多种机器学习算法筛选与脓毒症诊断相关的Treg相关基因，并构建高准确度的诊断模型	未提及样本量的具体大小，可能影响模型的泛化能力	识别与脓毒症诊断相关的调节性T细胞(Tregs)并构建诊断模型	脓毒症患者及其对照组的转录数据	机器学习	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), qPCR实验	多种机器学习算法	转录数据	NA
65	2025-05-29	Development and Experimental Validation of Machine Learning-Based Disulfidptosis-Related Ferroptosis Biomarkers in Inflammatory Bowel Disease 2025-Apr-27, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16050496 PMID:40428318	研究论文	本研究通过机器学习方法识别与炎症性肠病(IBD)相关的二硫化物下垂相关铁死亡基因(DRFGs)，并验证其诊断和预后潜力	首次将二硫化物下垂与铁死亡基因联系起来，并利用机器学习方法筛选核心DRFGs，揭示了它们在IBD中的调控机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，需要进一步临床验证	识别IBD的诊断标志物并阐明DRFGs在疾病进展中的机制作用	炎症性肠病(IBD)患者和小鼠模型	机器学习	炎症性肠病	RNA-seq, 单细胞测序, qRT-PCR	LASSO, 随机森林(RF)	基因表达数据	4个GEO数据集(GSE65114, GSE87473, GSE102133, GSE186582)和单细胞数据集(GSE217695)，以及DSS诱导的小鼠结肠炎模型
66	2025-05-29	Exploring the Molecular Mechanism and Role of Glutathione S-Transferase P in Prostate Cancer 2025-Apr-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13051051 PMID:40426879	研究论文	探讨谷胱甘肽S-转移酶P在前列腺癌中的分子机制和作用	首次通过双向孟德尔随机化分析证实谷胱甘肽S-转移酶P（GSTP）可降低前列腺癌风险，并利用单细胞RNA测序技术揭示了GSTP1在前列腺癌细胞中的特异性表达模式及其与P53通路和凋亡的关联	研究主要基于公共数据库的转录组数据，缺乏实验验证	探究谷胱甘肽代谢关键酶与前列腺癌之间的因果关系及其分子机制	前列腺癌组织和正常组织	生物信息学	前列腺癌	转录组分析、双向孟德尔随机化(MR)、LASSO回归、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LASSO回归模型	基因表达数据	来自GEO数据库的转录组数据集
67	2025-05-29	FPCAM: A Weighted Dictionary-Driven Model for Single-Cell Annotation in Pulmonary Fibrosis 2025-Apr-26, Biology DOI:10.3390/biology14050479 PMID:40427668	研究论文	本文介绍了一种名为FPCAM的全自动肺纤维化细胞类型注释模型，该模型通过优化的匹配算法和相似性矩阵构建，实现了高效、准确的细胞类型注释	FPCAM模型通过利用上调标记基因矩阵和手动整理的肺纤维化特异性基因-细胞关联词典，克服了现有注释工具依赖参考数据集、标记基因异质性和人工干预引入的主观偏差等限制	NA	开发一种高效、灵活且准确的细胞类型识别工具，以支持肺纤维化及其他相关疾病的scRNA-seq研究	肺纤维化中的细胞类型	数字病理学	肺纤维化	scRNA-seq	FPCAM	基因表达数据	外部验证数据集GSE135893
68	2025-05-29	Prognostic Significance of CLDN1, INHBA, and CXCL12 in Colon Adenocarcinoma: A Multi-Omics and Single-Cell Approach 2025-Apr-24, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13051035 PMID:40426863	研究论文	通过多组学和单细胞方法研究CLDN1、INHBA和CXCL12在结肠腺癌中的预后意义	结合多组学数据和单细胞RNA测序技术，识别出CLDN1、INHBA和CXCL12作为结肠腺癌的潜在预后生物标志物	需要进一步的实验验证才能将这些发现转化为精准医疗应用	识别结肠腺癌的潜在生物标志物以推动个性化治疗策略	结肠腺癌(COAD)患者	生物信息学	结肠癌	基因表达分析、PPI网络分析、scRNA-seq、免疫细胞浸润分析	NA	基因表达数据、miRNA数据、DNA甲基化数据、单细胞RNA测序数据	NA
69	2025-05-29	Exploring Therapeutic Potential of Bi-Qi Capsules in Treatment of Gout by Discovering Crucial Drug Targets 2025-Apr-24, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18050618 PMID:40430440	研究论文	本研究通过多维数据分析策略探索了痹祺胶囊在痛风治疗中的潜在作用及其关键药物靶点	采用多维数据分析策略（包括Mendelian随机化分析、单细胞RNA测序等）揭示了痹祺胶囊的抗痛风机制及其关键靶点	NA	探索痹祺胶囊在痛风治疗中的潜在作用及其关键药物靶点	痹祺胶囊的药物靶点及痛风差异表达基因	生物医学	痛风	Mendelian随机化分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（GSEA）、转录因子和ceRNA调控网络分析、分子对接	NA	基因表达数据	NA
70	2025-05-29	AI-based phenotyping of hepatic fiber morphology to inform molecular alterations in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025-Apr-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001360 PMID:40262132	研究论文	使用AI技术对代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)中的肝纤维形态进行表型分析，以揭示其分子改变	开发了基于AI的FibroNest算法，首次全面表征了MASLD中肝纤维形态表型及其相关分子改变，并发现FibroPC4与HCC发生的基因特征相关	样本量相对较小(94例)，且仅针对MASLD患者	揭示MASLD中肝纤维形态表型与分子改变的关系	代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)患者的肝活检样本	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	多层组学分析、空间单细胞转录组(CosMx)	FibroNest算法	图像、转录组数据	94例MASLD肝活检样本(其中12例并发HCC)
71	2025-05-29	Targeting Redox Signaling Through Exosomal MicroRNA: Insights into Tumor Microenvironment and Precision Oncology 2025-Apr-22, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox14050501 PMID:40427384	综述	本文系统探讨了ROS-miRNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控作用及其在精准肿瘤学中的潜在应用	揭示了ROS、miRNA和外泌体在肿瘤微环境中的复杂相互作用及其调控机制，并探讨了天然产物和草药化合物在这一轴中的治疗潜力	NA	探讨ROS-miRNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控作用及其在精准肿瘤学中的应用	肿瘤微环境中的ROS、miRNA和外泌体	精准医学	癌症	空间转录组学、单细胞分析	NA	NA	NA
72	2025-05-29	Anti-Peptidylarginine Deiminase 4 Autoantibodies Derived From Patients With Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis 2025-Apr-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43168 PMID:40176290	研究论文	本研究探讨了类风湿性关节炎(RA)患者中抗肽基精氨酸脱亚胺酶4(PAD4)自身抗体的致病机制，通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎	揭示了抗PAD4抗体通过结合单核细胞触发炎症级联反应，促进免疫细胞募集至关节和T细胞激活，最终导致滑膜成纤维细胞激活和更严重的关节炎	研究主要基于胶原诱导的关节炎小鼠模型和体外培养的人类单核细胞，可能不完全反映人类RA的复杂病理过程	阐明抗PAD4抗体在RA发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者和小鼠模型	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、体外细胞培养	胶原诱导的关节炎(CIA)小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但使用了人类外周血单核细胞和RA患者的单细胞RNA测序数据集
73	2025-05-29	RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08542-2 PMID:39910313	research paper	该研究揭示了RUNX2在肺纤维化中通过肺泡到病理成纤维细胞的转变促进纤维化的机制	发现LEPR成纤维细胞中的SCUBE2肺泡成纤维细胞是病理成纤维细胞的主要来源，并确定RUNX2是纤维化基因表达的关键调控因子	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索肺纤维化中病理成纤维细胞的来源及其调控机制	小鼠模型中的LEPR成纤维细胞和SCUBE2肺泡成纤维细胞	分子生物学	肺纤维化	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因表达数据	两种小鼠模型
74	2025-05-29	Immune-featured stromal niches associate with response to neoadjuvant immunotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102024 PMID:40107247	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析了22名口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本，探讨了肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系	首次揭示了免疫化疗应答者中SELP高内皮小静脉和APOD肌成纤维癌相关成纤维细胞的显著上调，以及STMN1毛细血管内皮细胞的下降，这些变化特异于免疫化疗组	样本量较小（仅22名患者），且仅针对口腔鳞状细胞癌	探讨肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系	22名口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	22名口腔鳞状细胞癌患者的配对肿瘤样本
75	2025-05-29	Neuroinflammatory pathways and potential therapeutic targets in neonatal post-hemorrhagic hydrocephalus 2025-Mar, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-024-03733-z PMID:39725707	review	本文综述了新生儿出血后脑积水（PHH）的分子病理生理学及新兴治疗方法	探讨了神经炎症通路、免疫介质及调控基因在PHH中的作用，并评估了基因组学、表观基因组学和蛋白质组学技术在识别关键分子靶点中的应用	新兴疗法如间充质干细胞干预在新生儿群体中的安全性及其对大脑发育的潜在影响尚未解决	研究PHH的病理生理学机制并探索针对性治疗方法	新生儿出血后脑积水（PHH）及其相关分子机制	神经科学	新生儿疾病	全基因组/外显子测序、蛋白质组学、表观遗传学、单细胞转录组学	NA	分子数据	NA
76	2025-05-29	Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08466-x PMID:39843748	research paper	该研究探讨了小肠组织中组织驻留记忆CD8 T细胞（T细胞）的多样性及其空间时间印记机制	揭示了小肠不同组织微环境如何驱动T细胞的表型异质性，并开发了新的计算方法和基因扰动策略来研究T细胞的分化	研究主要基于小鼠模型和人类样本的空间转录组学，可能不完全反映人体内的全部复杂性	探究组织驻留记忆CD8 T细胞多样性的起源及其在小肠中的空间分布	组织驻留记忆CD8 T细胞	免疫学	NA	空间转录组学、光学编码基因扰动策略	NA	转录组数据、空间分布数据	人类样本和小鼠模型
77	2025-05-29	A comprehensive spatio-cellular map of the human hypothalamus 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08504-8 PMID:39910307	research paper	该研究通过单核测序和空间转录组学技术，构建了一个全面的人类下丘脑空间细胞转录图谱'HYPOMAP'	首次结合单核测序和空间转录组学技术，对人类下丘脑进行全面的转录组分析，并发现了一些与BMI相关的基因	研究主要基于转录组数据，可能未涵盖所有细胞类型和功能的复杂性	构建人类下丘脑的空间细胞转录图谱，并探索其与代谢等疾病的关系	人类下丘脑细胞	生物信息学	代谢疾病	单核测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	433,369个人类下丘脑细胞
78	2025-05-29	Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells 2025-Feb-26, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08827-9 PMID:40011350	research paper	该研究通过整合多组学数据和单细胞测序分析，全面评估了ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达模式和功能影响，特别关注胶质母细胞瘤	研究发现ANXA2和ANXA4主要由GBM中的M2巨噬细胞表达，并揭示了它们与胶质瘤中巨噬细胞和CD4+静止记忆T细胞存在的强相关性	研究中使用的分析工具之间存在差异，强调了使用多种方法准确识别差异表达基因的必要性	研究ANXA家族在癌症中的预后意义，特别是在胶质瘤免疫细胞中的作用	ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达和功能，特别关注胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤	生物信息学	胶质瘤	多组学数据整合、单细胞测序分析	NA	基因组数据、单细胞测序数据	来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)的数据集
79	2025-05-29	Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC 2025-Feb-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86950-8 PMID:39894886	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境的动态变化并建立预后标志物	定义了新的Treg和耗竭T细胞特征基因TNFRSF4，并开发了一个新的预后模型，能够区分高风险和低风险PDAC患者	样本量相对较小（31个样本），且依赖于已发表的数据集	阐明PDAC进展过程中肿瘤微环境的动态变化并开发预后模型	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	单细胞转录组数据	31个样本（包括8个PDAC I期、9个PDAC II期、6个PDAC III期和8个PDAC IV期）
80	2025-05-29	Exploring the level of metabolic reprogramming and the role of prognostic factor SF3A3 in hepatocellular carcinoma through integrated single-cell landscape analysis 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0323559 PMID:40424306	研究论文	通过整合单细胞景观分析探索肝细胞癌中代谢重编程水平及预后因子SF3A3的作用	揭示了肝细胞癌中不同细胞亚群在肿瘤进展和免疫逃逸中的独特作用，并确定了SF3A3作为诊断和独立预后生物标志物的潜力	研究依赖于公共数据库的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据的质量和样本量	研究肝细胞癌中代谢重编程的异质性并识别新的治疗靶点	肝细胞癌（HCC）细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	公共数据库中的单细胞RNA测序数据