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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-04-19 |
Palmatine ameliorates MASLD in type 2 diabetes by modulating hepatic apoptosis and inflammation
2026-Mar-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-45476-3
PMID:41865191
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研究论文 | 本研究通过多组学生物信息学分析和实验验证,揭示了黄连素通过调控ADRB2、BCL3等五个核心靶点抑制肝细胞凋亡,从而改善2型糖尿病相关的代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD) | 首次采用顺序性多组学生物信息学工作流程,结合机器学习预测和单细胞测序验证,系统性地识别了黄连素治疗MASLD的五个核心靶点,并通过动物模型进行了机制验证 | 研究主要在动物模型中进行,尚未进行人体临床试验;多组学预测的靶点网络需要更深入的分子机制研究 | 探究黄连素改善2型糖尿病相关MASLD的作用机制 | 2型糖尿病相关的代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD) | 生物信息学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞测序,分子对接,多组学分析 | 机器学习 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2026-04-19 |
Advances in single-cell and spatial omics for studying symbiotic nitrogen fixation: comparative cellular and evolutionary perspectives
2026-Mar-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04024-y
PMID:41814406
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综述 | 本文综述了单细胞和空间组学技术在研究共生固氮方面的最新进展,从细胞和进化比较视角探讨了其在解析根瘤异质性、基因表达空间分布及调控动态中的作用 | 整合单细胞转录组、表观基因组(如染色质可及性和三维基因组结构)与空间转录组数据,从细胞层面揭示共生固氮的保守与物种特异性调控程序,为非豆科作物工程化提供新见解 | NA | 阐明共生固氮过程的细胞异质性、空间基因表达模式及调控网络,为工程化改造非豆科作物提供理论框架 | 豆科植物(模型豆科植物)和非豆科植物的根瘤组织 | 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组测序,空间转录组学,单细胞表观基因组分析(染色质可及性,三维基因组结构) | NA | 转录组数据,表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞表观基因组学 | NA | NA |
| 63 | 2026-03-11 |
DGM: deep graph clustering with mincut for analysis of single-cell transcriptomics
2026-Mar-09, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-12694-y
PMID:41803718
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2026-03-11 |
Single-cell RNA-seq and in vitro study reveal Fusobacterium nucleatum impairs β-cell identity in type 2 diabetes via the NF-κB-CDKN1C axis
2026-Mar-09, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07981-x
PMID:41803883
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2026-04-19 |
CD19+Ki67+B cells regulated by NAMPT as key modulators in triple-negative breast cancer with brain metastasis
2026-Mar-09, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-026-02251-6
PMID:41803986
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了CD19+Ki67+ B细胞通过激活NAMPT/ITGA5/ITGB1通路驱动三阴性乳腺癌脑转移的机制 | 首次在单细胞水平上鉴定出CD19+Ki67+ B细胞作为三阴性乳腺癌脑转移的关键调节细胞,并阐明了其通过NAMPT/ITGA5/ITGB1信号通路促进肿瘤进展的新机制 | 样本量相对较小(15例单细胞测序患者),需要在更大规模的前瞻性队列中进一步验证 | 探究三阴性乳腺癌脑转移的免疫调节机制,寻找潜在治疗靶点 | 三阴性乳腺癌患者(包括有和无脑转移者)、肿瘤类器官、B细胞亚群 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,RNA-seq,多重免疫荧光,细胞共培养 | NA | 单细胞转录组数据,批量RNA-seq数据,免疫荧光图像 | 15例患者(单细胞测序),两个独立RNA-seq队列(TCGA, GSE65194),湘雅真实世界队列,74例患者样本验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2026-04-19 |
Single-cell and multi-omics analysis identifies mitophagy-related biomarkers and therapeutic targets in ischemic stroke
2026-Mar-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-43377-z
PMID:41792398
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研究论文 | 本研究通过单细胞和多组学分析,识别了缺血性卒中中与线粒体自噬相关的生物标志物和治疗靶点 | 整合了bulk和单细胞RNA测序数据,结合WGCNA和机器学习模型,首次在缺血性卒中中识别出五个核心线粒体自噬相关基因生物标志物,并揭示了小胶质细胞亚群中线粒体自噬活性的动态变化 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证部分有限,且缺血性卒中的具体病理机制仍需进一步体内外实验探索 | 探究线粒体自噬相关基因在缺血性卒中中的作用,以识别新的生物标志物和治疗靶点 | 缺血性卒中患者或模型中的基因表达数据,特别是线粒体自噬相关基因 | 生物信息学 | 缺血性卒中 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,qPCR | 机器学习模型,加权基因共表达网络分析(WGCNA) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2026-04-19 |
Parvimonas micra exacerbates periodontitis by infiltrating host cells through TmpC and circumventing lysosomal elimination via AppA
2026-Mar, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106187
PMID:41740230
|
研究论文 | 本研究揭示了小单胞菌通过TmpC蛋白侵入宿主细胞,并利用AppA蛋白逃逸溶酶体清除,从而加剧牙周炎的分子机制 | 首次系统阐明了小单胞菌在牙周炎发病中的关键作用,并发现了其通过表面黏附素TmpC结合宿主细胞受体以及利用AppA蛋白逃逸自噬清除的两种新机制 | 研究主要在动物模型和体外实验中进行,人体内的直接验证尚需进一步研究 | 探究小单胞菌在牙周炎发病过程中的具体作用机制 | 小单胞菌、牙周韧带干细胞、大鼠实验模型 | 微生物学与细胞生物学 | 牙周炎 | 16S rRNA测序、单细胞RNA测序、His pull-down assay、LC-MS/MS、micro-CT | NA | 测序数据、质谱数据、影像数据 | 人类龈沟液样本及实验大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2026-04-19 |
DuaST: an integrated deep learning framework for spatial transcriptomics with cross-branch interaction
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag174
PMID:41985058
|
研究论文 | 本文提出了DuaST,一个集成的双分支深度学习框架,用于空间转录组学数据分析,通过结合空间和非空间信息来提升生物表征学习 | DuaST设计了空间感知分支和非空间分支来分别建模邻域依赖和拓扑无关特征,并采用局部-全局对比学习、对抗对齐和基于注意力的融合机制来整合这些互补表示,从而强化跨分支交互并学习有生物学意义的表征 | NA | 开发一个通用的计算框架,以整合空间转录组学中的空间和非空间信息,用于空间域识别、空间可变基因检测和多组学分析 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习框架(双分支架构) | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 69 | 2026-04-19 |
Uncovering causal relationships in single-cell omic studies with causarray
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag175
PMID:41985059
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为causarray的因果推断框架,用于在单细胞组学研究中处理未测量混杂因素并揭示因果关系 | causarray整合了广义混杂调整方法和半参数推断,结合灵活的机器学习技术,能在伪批量及单细胞水平上稳健估计处理效应 | NA | 解决单细胞组学数据中因选择偏差和未测量混杂因素导致的因果推断挑战 | 单细胞组学数据,包括自闭症风险基因的Perturb-seq研究和阿尔茨海默病的病例对照转录组数据集 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序,CRISPR技术 | 机器学习技术 | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-04-19 |
scGPD: single-cell informed gene panel design for targeted spatial transcriptomics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag160
PMID:41996577
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scGPD的深度学习框架,用于基于单细胞RNA-seq数据设计紧凑、非冗余的基因Panel,以优化靶向空间转录组学分析 | 引入了基因-基因相关性感知的门控机制,从数据中提取信息特征,鼓励所选基因的多样性并消除冗余,克服了现有方法忽略基因间相关性的局限 | 未在摘要中明确说明 | 为靶向空间转录组学技术设计信息丰富且高效的基因Panel,以捕获组织内细胞和空间异质性的复杂性 | 单细胞RNA-seq数据和空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 深度学习框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 71 | 2026-04-19 |
STING activation induces polarized cytokine secretion of IFN-β and IL-17A promoting photoreceptor death and choroidal disruption in age-related macular degeneration
2026-Feb-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08491-w
PMID:41760600
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研究论文 | 本研究揭示了STING通路在年龄相关性黄斑变性(AMD)中作为免疫介导视网膜变性的调控者,通过双相、阶段依赖性功能,在健康组织中提供细胞保护,但在早期AMD进展中驱动致病性炎症 | 发现STING通路在AMD中作为主调控因子,通过空间组织化的炎症同时控制多种病理过程,从保护性监视转变为致病驱动因子,并确定了统一的治疗靶点 | NA | 探究STING通路在年龄相关性黄斑变性(AMD)发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 人类眼睛组织、患者来源的诱导多能干细胞-视网膜色素上皮细胞(iPSC-RPE)、人类视网膜类器官、Cryba1条件性敲除(cKO)AMD样小鼠模型、Il17a敲入小鼠、Cryba1/Sting双杂合(dhet)小鼠 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 免疫组织化学分析、单细胞转录组学、AAV2介导的IFN-β过表达 | NA | 图像、文本(转录组数据) | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2026-04-19 |
Ets1-regulated endothelial-secreted factors promote compact myocardial growth and contribute to the pathogenesis of ventricular non-compaction
2026-Feb-24, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf264
PMID:41329636
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研究论文 | 本研究揭示了Ets1调控的内皮细胞分泌因子在致密心肌发育中的关键作用,并提出了心室致密化不全的潜在治疗靶点 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了心室致密化不全中异常的心肌细胞和内皮细胞状态,并明确了Ets1在内膜和冠状动脉内皮中通过不同信号通路调控致密心肌生长的具体机制 | 研究主要基于小鼠模型,其结论在人类疾病中的适用性仍需进一步验证;治疗性ECM蛋白和Nrg1的体内疗效和安全性尚未评估 | 探究致密心肌变薄的机制,并鉴定治疗性内皮分泌因子,以阐明心室致密化不全的病理机制 | 小鼠心脏内皮细胞(心内膜和冠状动脉内皮)及致密心肌细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2026-04-19 |
CD14 Plays a Critical Role in Pain and Inflammation Across Multiple Models of Post-traumatic Osteoarthritis
2026-Feb-24, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70100
PMID:41735778
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研究论文 | 本研究通过基因敲除和抗体阻断方法,在多模型小鼠中验证了CD14在创伤后骨关节炎疼痛和炎症中的关键作用 | 首次在多严重程度、多进展速率的创伤后骨关节炎模型中系统验证CD14的致病作用,并采用单细胞转录组学和空间蛋白质组学揭示其调控机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本关联分析相对有限,临床转化效果需进一步验证 | 验证CD14抑制能否减轻骨关节炎进展过程中的滑膜炎症和相关疼痛 | 人类骨关节炎滑液样本、多种严重程度的小鼠创伤后骨关节炎模型(包括手术和非手术模型) | 数字病理学 | 骨关节炎 | 流式细胞术、单细胞转录组学、空间蛋白质组学、高维转录组和蛋白质组分析 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、行为学数据、组织病理学数据 | 人类滑液样本及多组小鼠模型(包含不同性别、肥胖等风险因素) | NA | 单细胞转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 74 | 2026-04-19 |
Multi-omics analysis reveals that CAPG positive macrophages are key immunosuppressive drivers and prognostic determinants in the ferroptosis landscape of hepatocellular carcinoma
2026-Feb-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04649-2
PMID:41723761
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研究论文 | 通过多组学分析揭示了CAPG阳性巨噬细胞在肝细胞癌铁死亡景观中是关键的免疫抑制驱动因素和预后决定因素 | 首次整合多组学数据系统描绘了HCC中铁死亡-免疫网络的组成与功能,并识别出CAPG阳性巨噬细胞作为核心免疫抑制驱动因素 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏体内外实验验证CAPG阳性巨噬细胞的具体功能机制 | 探究肝细胞癌中铁死亡与免疫微环境的相互作用及其对肿瘤进展和免疫治疗的影响 | 肝细胞癌患者样本中的免疫细胞,特别是巨噬细胞亚群 | 生物信息学与计算生物学 | 肝细胞癌 | 多组学分析、加权基因共表达网络分析、单细胞转录组测序、空间转录组学 | 预后模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 基于TCGA数据库的HCC样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 75 | 2026-04-19 |
Lactylation-related genes contribute to neurological injury and prognosis of acute ischemic stroke based on transcriptome and single-cell sequencing analysis
2026-Feb-22, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-026-01546-7
PMID:41724973
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研究论文 | 本研究通过转录组和单细胞测序分析,探讨了乳酰化相关基因在急性缺血性卒中神经损伤和预后中的作用 | 首次结合转录组和单细胞测序,揭示了乳酰化相关基因在急性缺血性卒中患者中的分子亚型分类及其通过NK&T细胞与神经细胞间通讯调节神经损伤的机制 | 样本量相对较小(60例患者和60例对照),且研究主要基于外周血单核细胞,可能未能完全反映脑内局部变化 | 阐明高乳酸诱导的乳酰化在调节急性缺血性卒中神经损伤和预后中的病理生理机制 | 急性缺血性卒中患者和健康对照的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 急性缺血性卒中 | 转录组测序, 单细胞测序分析 | LASSO回归 | 转录组数据, 单细胞数据 | 60例急性缺血性卒中患者和60例健康对照 | Illumina | 转录组测序, 单细胞测序分析 | Illumina测序平台 | NA |
| 76 | 2026-04-19 |
Milk fat globule-EGF factor 8 enhances the proliferation and migration of thyroid carcinoma cells through epithelial-mesenchymal transition and PI3K/AKT signaling pathway
2026-Feb-21, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-026-04242-5
PMID:41723511
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研究论文 | 本研究探讨了MFG-E8在甲状腺癌中的表达、功能及其通过调控EMT和PI3K/AKT信号通路促进癌细胞增殖与迁移的机制 | 首次揭示了MFG-E8在甲状腺癌(特别是高细胞亚型)中的关键作用,并阐明了其通过MFG-E8-PI3K/AKT-EMT轴驱动肿瘤进展和免疫抑制微环境形成的机制 | 研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析,缺乏体内动物模型验证;临床样本的异质性可能影响结果的普适性 | 探究MFG-E8在甲状腺癌中的表达、功能及其分子机制 | 甲状腺癌组织、甲状腺癌细胞系 | 癌症生物学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序、转录组测序、质谱分析、免疫组化、Western blotting、RT-PCR、生物信息学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 77 | 2026-04-19 |
Spatial multiomics reveals irreversible electroporation-induced immuno-metabolic characteristics of the inflammatory margin in liver cancer
2026-Feb-20, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09742-4
PMID:41714782
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研究论文 | 本研究通过空间多组学方法揭示了肝细胞癌中不可逆电穿孔诱导的炎症边缘的免疫代谢特征 | 首次整合空间转录组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序和飞行时间质谱流式细胞术,精确绘制了不可逆电穿孔诱导的炎症边缘的空间图谱,并发现了类似脂质相关巨噬细胞的Ly6CPD-L1细胞浸润及其免疫抑制表型 | 研究基于雄性C57BL/6小鼠原位肝细胞癌模型,可能无法完全反映人类肝细胞癌的复杂性 | 探究不可逆电穿孔治疗肝细胞癌时炎症边缘的免疫和代谢变化 | 雄性C57BL/6小鼠原位肝细胞癌模型 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学, 空间代谢组学, 单细胞RNA测序, 飞行时间质谱流式细胞术 | NA | 空间转录组数据, 空间代谢组数据, 单细胞RNA测序数据, 质谱流式细胞术数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学, 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 78 | 2026-04-19 |
Single-cell transcriptomic analysis and machine learning identify ATAD3A as a key gene that stabilizes mitochondrial-endoplasmic reticulum membranes, promoting bladder cancer progression
2026-Feb-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07857-0
PMID:41715136
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析和机器学习,识别出ATAD3A作为稳定线粒体-内质网膜的关键基因,促进膀胱癌进展 | 首次将线粒体相关内质网膜(MAM)与膀胱癌化疗耐药性联系起来,并利用机器学习识别出ATAD3A作为关键预测基因 | 研究主要基于生物信息学分析和体外/体内验证,临床样本验证和机制深入探索可能有限 | 探究MAM在膀胱癌中的作用,识别与化疗耐药相关的关键基因 | 膀胱癌患者样本、细胞模型和动物模型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA测序、单细胞转录组学、空间转录组学、机器学习、电子显微镜、荧光共聚焦显微镜 | 随机森林、LASSO-Cox回归 | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及广泛RNA测序和单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 79 | 2026-04-19 |
TWIST1 drives endothelial-to-mesenchymal-transition to stabilize atherosclerotic plaques
2026-Feb-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69808-z
PMID:41708636
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研究论文 | 本文探讨了转录因子TWIST1在动脉粥样硬化斑块中通过驱动内皮-间质转化来促进斑块稳定的作用 | 挑战了内皮-间质转化仅会破坏斑块稳定的传统观点,提出TWIST1驱动的内皮-间质转化可促进斑块稳定性 | NA | 研究TWIST1在动脉粥样硬化斑块进展中的作用及其对内皮-间质转化的调控机制 | 高胆固醇血症小鼠模型和人类主动脉内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、组织学图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2026-04-19 |
GPR35 protects against reperfusion injury in ischemic stroke by binding with the CR2 domain of Raf1
2026-Feb-10, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03726-1
PMID:41664072
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研究论文 | 本文通过单细胞测序和功能实验,揭示了GPR35在缺血性中风再灌注损伤中的保护作用及其与Raf1的CR2结构域结合的分子机制 | 首次发现GPR35通过与Raf1的CR2结构域直接结合,调控Raf1/ERK1/2/MAPK信号通路,从而减轻缺血性中风后的神经炎症和再灌注损伤 | 研究主要基于小鼠模型和体外系统,尚未在人类临床样本中进行验证,且药理激活剂zaprinast的特异性和长期安全性需进一步评估 | 探究GPR35在缺血性中风再灌注损伤中的作用机制,以寻找新的治疗靶点 | 小鼠脑组织、小胶质细胞、缺血性中风模型 | 神经科学 | 缺血性中风 | 单细胞测序、共免疫沉淀、基因敲低、过表达、药理激活 | 动物模型(小鼠)、体外氧糖剥夺系统 | 测序数据、蛋白质相互作用数据、行为学数据 | 未明确指定样本数量,但涉及小鼠模型和体外细胞系统 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |